3RZ8 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5632250125885219__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5632250125885219__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3rz8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5632250125885219__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5632250125885219","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3rz8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5632250125885219__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02bdb32c9f24e361dda9f7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02bdb32c9f24e361dda9f7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02bdb32c9f24e361dda9f7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02bdb32c9f24e361dda9f7/pdb.gz): 380 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Fluoroalkyl and alkyl chains have similar hydrophobicities in binding to the "hydrophobic wall" of carbonic anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3rz8A00

3RZ0B 1TE3X 1XPZA 3CZVA 2WD3A 4LU3A 3DCWA 3ML2A 2X7SA 4QIYA 4PYXA 4QY3A 3RGEA 1G0EA 7CA2A 4FRCA 1MOOA 1RZEA 1G48A 4QSAA 2NWZA 3M1KA 2F14A 4ITPA 5DSRA 3KONA 2NWOA 4ZX1A 3S97A 1CVFA 5DSMA 1FQMA 4Q8XA 1Y7WA 1Z97A 1IF5A 3M2XA 3OYQA 4PYYA 4PZHA 5EHEA 5EHWA 5EH8A 1I9NA 1G53A 5E2KA 4E9OX 5DSIA 4IWZA 3MNHA 1TG9A 3FE4A 3U47A 1YDDA 1HECA 2CABA 3BL0A 4ITOA 3S74B 3U7CA 1CNCA 1CAKA 4XFWA 2NWPA 4N0XB 1BN1A 1CINA 3P4VA 4YHAA 5SZ2A 4N16A 1CVHA 4KUWA 5SZ4A 3P5LA 1LGDA 4YGNA 1BNUA 4HBAA 4JSSA 4ZX0A 3IBLA 4QJPA 3N0NA 4HF3A 5FL4A 2FW4A 1G3ZA 3CA2A 5IPZA 2QO8A 1V9EA 3R16A 2NXRA 5A6HA 4CNRA 1YDAA 2GD8A 3MNIA 5EKHA 4HU1A 3DC9A 1FQRA 3S72B 1JD0A 1IF6A 4KNNA 3UYNA 1CAIA 5A25A 3F7BA 4R5AA 2NNOA 1Z93A 2QOAA 3V3GB 4QJOA 3SAXA 3PYKA 1AVNA 3MWOA 5EH5A 1FSNA 4HT2A 4E3DA 3B4FA 5FL6A 4K1QA 1BN3A 4Z1JA 2HKKA 4Q83A 2X7UA 1TH9A 4COQA 3K2FA 4RFDA 4G0CA 3MNAA 1T9NA 1RZDA 1ZNCA 2NMXA 4Z1NA 2FNKA 1OQ5A 4RN4A 1CNYA 4JSZA 5EIJA 1CCUA 1RJ5A 4Q8YA 3T83A 4YGJA 1CAMA 1XQ0A 4MLXA 5AMLA 3W6HA 5FNHA 2VVAX 3HKTA 5FNGA 4XIXA 5FNJA 3N4BA 3ZP9A 1Z9YA 5SZ0A 2NNGA 4FU5A 4RUZA 1IF8A 3S77B 3U45X 1H9QA 1BNVA 4YVYA 3S8XA 4ZWIA 1CVEA 5SZ5A 3P44A 1TEUX 4FPTA 3ZNCA 4JSWA 4C3TA 5DSJA 3LXEA 4Q99A 1DCBA 4K0TA 5EH7A 5BNLA 5FNLA 1V9IC 8CA2A 1ZGFA 3M98A 3BETA 1BNMA 3U3AX 1YO1A 4Q0LA 4WR7A 1CA2A 5JGTB 1CVBA 4RIVA 3V3JA 4CNWA 1HEDA 3DD0A 1G45A 3CYUA 5L3OA 4RUYA 1A42A 1KWQA 4RH2A 1IF7A 2POWA 4FIKA 3KLDB 1I9OA 5DSOA 3T5UA 2NNVA 4WUQA 1HUGA 4Z1EA 3DVCA 3DV7A 1AZMA 5EZTX 1HCBA 3M1JA 1BNTA 1UGBA 3M14A 4MTYA 1CVDA 4QSIA 1FR4A 4YWPA 4L5WA 3V3IB 3IEOA 4MDMA 4KNJA 5SZ3A 3CAJA 4QK3A 5AMGA 5DVXA 4Z0QA 5LMDA 3M1WA 4Q7VA 3JXGA 4IDRX 4YGKA 1RAZA 1CNGA 3RJ7A 1CILA 2WEJA 3KS3A 4QSBA 4XIWA 4BF6A 4WW8A 5FLQA 2AW1A 3OY0A 1HVAA 3C7PA 3SBHA 4CNVA 1UGFA 12CAA 1BN4A 1YO0A 2GEHA 4Q07A 5FLRA 4CQ0A 3DAZA 1OKLA 2IT4A 3PJJA 3F7UA 4Q08A 3M2YA 3V3FA 1DMYA 3V3HB 2POUA 4MDLA 1UGEA 4FVOA 1LUGA 4Q7PA 1CZMA 1CA3A 1YO2A 4HEZA 5CJFA 3RYYA 3JXFA 5E2NA 5G0BA 3MZCA 1HEBA 5AMDA 1CIMA 3RYXB 1HCAA 5C8IA 1FQNA 1G54A 4Q7WA 5JEHB 4HEWA 4Q78A 2FMZA 1ZSAA 5JESB 3M2NA 1MUAA 4CNXA 2NXTA 5G03A 3D8WA 5BRUA 1ZFKA 2FNNA 3N2PA 4M2UA 4MDGA 5E2SA 1LZVA 1F2WA 3IGPA 4ZAOA 4MLTA 3IBNA 3M5TA 3RYVB 1UGGA 3DCSA 3S75B 5G0CA 3RG3A 1TB0X 2CBBA 5DSKA 5JQ0A 2CA2A 2NWYA 3DCCA 2CBAA 3S9TA 3MNKA 3V7XA 2WEGA 5J8ZA 1YDCA 4YGLA 2HFWA 3ML5A 1RZBA 5FNKA 1THKA 3QYKA 4CACA 3M40A 1I90A 1BZMA 4KNMA 1BNWA 2O4ZA 4DZ7A 2FOSA 3NI5A 3JXHC 3KIGA 1I91A 4G7AA 3DA2A 1ZSCA 3D0NA 3KOIA 4ZWYA 1DCAA 2Q1QA 2HOCA 1KEQA 1CVAA 1EOUA 4WW6A 4YX4A 4JS6A 4M2VA 1ZFQA 2H15A 1FLJA 2OSMA 3P5AA 4PXXA 4KNIA 5FNIA 1OKMA 1G4JA 5SZ7A 1CNJA 4Q8ZA 3V2MA 1CCSA 1ZGEA 2FOQA 4QTLA 1RZAA 4CA2A 3V2JA 1HEAA 3IBUA 1CNIA 4QIZA 3NJ9A 1CAOA 1DMXA 1G4OA 4RUXA 2ILIA 1I9PA 3S71B 5E28A 4LP6A 4RFCA 2FOYA 1UGDA 4K13A 5CACA 5JG3B 2WD2A 2CBDA 4K0SA 1ZSBA 1CAYA 1ZE8A 3HLJA 1G0FA 4QJMA 3T5ZA 4E3FA 4QJWA 5JEGB 4E4AA 3P3JA 1CAJA 3TVOX 9CA2A 4QJXA 5E5UA 1IF4A 3OKUA 3V5GA 2NN7A 3DVBA 1CNHA 1LG6A 4RIUA 3VBDA 3F4XA 4LHIA 1I9MA 4X5SA 4FVNA 1ZH9A 3KOKA 3P3HA 2NNSA 5G01A 2QP6A 3OILA 1CANA 5DOGA 4Q87A 1HUHA 4QEFA 4BCWA 1G6VA 4Q6DA 1XEVA 3S76A 5E2RA 2HNCA 5FLPA 3RLDA 1G52A 4QSJA 4QK2A 6CA2A 3SBIA 3MMFA 3EFTA 3TMJA 2WEHA 4YXOA 4YYTA 1BCDA 4HT0A 3Q31A 4E5QA 3RZ7A 1RZCA 2CBEA 4M2RA 5FL5A 4HEYA 3HKNA 3OIKA 3KNEA 3MHMA 3R17B 4ILXA 1G46A 4Z1KA 3MHOA 3M1QA 4WUPA 3MYQA 5FDCA 3DD8A 4Q90A 4WL4A 1I9LA 1H4NA 2H4NA 4BF1A 1CAHA 3D9ZA 3TVNX 4E49A 5SZ1A 3W6IA 5BRWA 3M3XA 1FSRA 1JCZA 1OKNA 2POVA 4DZ9A 1KWRA 1TG3A 3KKXA 3DVDA 3MNJA 3M5SA 2FNMA 3T85A 3B1BA 1LG5A 2W2JA 3FFPX 5CLUA 3M5EA 1KOQA 4KUYA 3P58A 1RAYA 3UYQA 1CNWA 1TEQX 3GZ0A 3IAIA 3MHCA 1XEGA 5E5RA 4Q49A 4KAPA 3RZ5A 5EKMA 4ETQC 2ZNCA 3OKVA 3PO6A 1UGCA 1I8ZA 3DBUA 4XE1A 3P55A 4Y0JA 5DRSA 3MHLA 5JQTA 1G1DA 4KV0A 3M04A 2ABEA 3IBIA 3S73B 4R59A 4TWLA 5JGSB 3OYSA 3MHIA 4XZ5A 1IF9A 3M2ZA 2WEOA 2EZ7A 4Q7SA 3OIMA 4ZWZA 1BNQA 3KWAA 5DSQA 4Q9YA 2OSFA 1TTMA 5SZ6A 3HKUA 4R5BA 2HL4A 5BRVA 5FLSA 4YGFA 4PQ7A 1URTA 4K0ZA 5DSLA 5E2MA 1J9WA 2FMGA 4E3GA 3M67A 2EU2A 5FDIA 1YDBA 5L6KA 4KUVA 1CALA 3T82A 5FNMA 3M96A 4YXIA 2X7TA 1H9NA 3SAPA 2Q1BA 3DC3A 3D93A 4JSAA 5DSPA 3RYZA 1RJ6A 3K7KA 2HD6A 1AM6A 3D92A 4Q6EA 3HS4A 3RZ8A 5DOHA 1BICA 5DSNA 2FOUA 2NN1A 2NXSA 5JEPB 4QK1A 5EHVA 1TBTX 3HKQA 5FLTA 2AX2A 1CNXA 5HPJA 3EFIA 1CAZA 4KP5A 3F8EA 4QJ0A 5CA2A 4L5VA 3K34A 4UOVA 3MNUA 4L5UA 4MO8A 4Q06A 2FOVA 5JG5B 1BV3A 1CRMA 5EKJA 3RYJB 2Q38A 5JDVB 3HFPA 2CBCA 1UGAA 1FQLA 4TWMA 4Q09A 3N3JA 1CNBA 4ZWXA 4YXUA 2VVBX 1FSQA 1CRAA 4KP8A 4M2WA 3RG4A 1KOPA 3BL1A 3NB5A 1CCTA 3MDZA 3S78B 4Q81A 1CNKA 5FLOA 4FL7A 1I9QA 5BYIA 3FW3A 5EOIA 1FR7A 3L14A 1BNNA 2EU3A 3T84A 3RZ1B 4GL1X 4E3HA 1JV0A 1CVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RZ0 B;  1TE3 X;  1XPZ A;  3CZV A;  2WD3 A;  4LU3 A;  3DCW A;  3ML2 A;  2X7S A;  4QIY A;  4PYX A;  4QY3 A;  3RGE A;  1G0E A;  7CA2 A;  4FRC A;  1MOO A;  1RZE A;  1G48 A;  4QSA A;  2NWZ A;  3M1K A;  2F14 A;  4ITP A;  5DSR A;  3KON A;  2NWO A;  4ZX1 A;  3S97 A;  1CVF A;  5DSM A;  1FQM A;  4Q8X A;  1Y7W A;  1Z97 A;  1IF5 A;  3M2X A;  3OYQ A;  4PYY A;  4PZH A;  5EHE A;  5EHW A;  5EH8 A;  1I9N A;  1G53 A;  5E2K A;  4E9O X;  5DSI A;  4IWZ A;  3MNH A;  1TG9 A;  3FE4 A;  3U47 A;  1YDD A;  1HEC A;  2CAB A;  3BL0 A;  4ITO A;  3S74 B;  3U7C A;  1CNC A;  1CAK A;  4XFW A;  2NWP A;  4N0X B;  1BN1 A;  1CIN A;  3P4V A;  4YHA A;  5SZ2 A;  4N16 A;  1CVH A;  4KUW A;  5SZ4 A;  3P5L A;  1LGD A;  4YGN A;  1BNU A;  4HBA A;  4JSS A;  4ZX0 A;  3IBL A;  4QJP A;  3N0N A;  4HF3 A;  5FL4 A;  2FW4 A;  1G3Z A;  3CA2 A;  5IPZ A;  2QO8 A;  1V9E A;  3R16 A;  2NXR A;  5A6H A;  4CNR A;  1YDA A;  2GD8 A;  3MNI A;  5EKH A;  4HU1 A;  3DC9 A;  1FQR A;  3S72 B;  1JD0 A;  1IF6 A;  4KNN A;  3UYN A;  1CAI A;  5A25 A;  3F7B A;  4R5A A;  2NNO A;  1Z93 A;  2QOA A;  3V3G B;  4QJO A;  3SAX A;  3PYK A;  1AVN A;  3MWO A;  5EH5 A;  1FSN A;  4HT2 A;  4E3D A;  3B4F A;  5FL6 A;  4K1Q A;  1BN3 A;  4Z1J A;  2HKK A;  4Q83 A;  2X7U A;  1TH9 A;  4COQ A;  3K2F A;  4RFD A;  4G0C A;  3MNA A;  1T9N A;  1RZD A;  1ZNC A;  2NMX A;  4Z1N A;  2FNK A;  1OQ5 A;  4RN4 A;  1CNY A;  4JSZ A;  5EIJ A;  1CCU A;  1RJ5 A;  4Q8Y A;  3T83 A;  4YGJ A;  1CAM A;  1XQ0 A;  4MLX A;  5AML A;  3W6H A;  5FNH A;  2VVA X;  3HKT A;  5FNG A;  4XIX A;  5FNJ A;  3N4B A;  3ZP9 A;  1Z9Y A;  5SZ0 A;  2NNG A;  4FU5 A;  4RUZ A;  1IF8 A;  3S77 B;  3U45 X;  1H9Q A;  1BNV A;  4YVY A;  3S8X A;  4ZWI A;  1CVE A;  5SZ5 A;  3P44 A;  1TEU X;  4FPT A;  3ZNC A;  4JSW A;  4C3T A;  5DSJ A;  3LXE A;  4Q99 A;  1DCB A;  4K0T A;  5EH7 A;  5BNL A;  5FNL A;  1V9I C;  8CA2 A;  1ZGF A;  3M98 A;  3BET A;  1BNM A;  3U3A X;  1YO1 A;  4Q0L A;  4WR7 A;  1CA2 A;  5JGT B;  1CVB A;  4RIV A;  3V3J A;  4CNW A;  1HED A;  3DD0 A;  1G45 A;  3CYU A;  5L3O A;  4RUY A;  1A42 A;  1KWQ A;  4RH2 A;  1IF7 A;  2POW A;  4FIK A;  3KLD B;  1I9O A;  5DSO A;  3T5U A;  2NNV A;  4WUQ A;  1HUG A;  4Z1E A;  3DVC A;  3DV7 A;  1AZM A;  5EZT X;  1HCB A;  3M1J A;  1BNT A;  1UGB A;  3M14 A;  4MTY A;  1CVD A;  4QSI A;  1FR4 A;  4YWP A;  4L5W A;  3V3I B;  3IEO A;  4MDM A;  4KNJ A;  5SZ3 A;  3CAJ A;  4QK3 A;  5AMG A;  5DVX A;  4Z0Q A;  5LMD A;  3M1W A;  4Q7V A;  3JXG A;  4IDR X;  4YGK A;  1RAZ A;  1CNG A;  3RJ7 A;  1CIL A;  2WEJ A;  3KS3 A;  4QSB A;  4XIW A;  4BF6 A;  4WW8 A;  5FLQ A;  2AW1 A;  3OY0 A;  1HVA A;  3C7P A;  3SBH A;  4CNV A;  1UGF A;  12CA A;  1BN4 A;  1YO0 A;  2GEH A;  4Q07 A;  5FLR A;  4CQ0 A;  3DAZ A;  1OKL A;  2IT4 A;  3PJJ A;  3F7U A;  4Q08 A;  3M2Y A;  3V3F A;  1DMY A;  3V3H B;  2POU A;  4MDL A;  1UGE A;  4FVO A;  1LUG A;  4Q7P A;  1CZM A;  1CA3 A;  1YO2 A;  4HEZ A;  5CJF A;  3RYY A;  3JXF A;  5E2N A;  5G0B A;  3MZC A;  1HEB A;  5AMD A;  1CIM A;  3RYX B;  1HCA A;  5C8I A;  1FQN A;  1G54 A;  4Q7W A;  5JEH B;  4HEW A;  4Q78 A;  2FMZ A;  1ZSA A;  5JES B;  3M2N A;  1MUA A;  4CNX A;  2NXT A;  5G03 A;  3D8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3RZ8A

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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