3S78 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__45774174941478__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__45774174941478__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3s78/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__45774174941478__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"45774174941478","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3s78/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__45774174941478__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02c7b83c5da327f2fa9542/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02c7b83c5da327f2fa9542/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d02c7b83c5da327f2fa9542/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d02c7b83c5da327f2fa9542/pdb.gz): 584 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the hydrophobic effect in the biomolecular recognition of arylsulfonamides by carbonic anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-05-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3s78B00

2NWOA 5E28A 3IAIA 4K0SA 2POVA 4WR7A 4JSAA 2HFWA 2AX2A 5E2RA 4YX4A 4ZAOA 4FVOA 3DVCA 3P4VA 5EH7A 1HVAA 4QSIA 1HUHA 4QIYA 2IT4A 2WEHA 5JGTB 3S77B 1ZGEA 5JEPB 2CABA 1BNMA 1CCSA 3W6IA 1G6VA 4HU1A 4ETQC 2FNMA 3UYQA 3LXEA 4HF3A 5EH8A 3RG3A 5C8IA 1CINA 3NJ9A 4TWLA 3RLDA 1I8ZA 1BNNA 1MUAA 4CNVA 1CAOA 1HECA 2CBDA 5EKJA 1CVAA 1CNJA 1URTA 2WEOA 4KUVA 3N0NA 1G48A 4QJPA 5JGSB 1BNWA 1Z97A 1I9QA 4QK3A 3DV7A 5SZ2A 1J9WA 3HKNA 1H4NA 4IDRX 5JDVB 4HEZA 4YHAA 3F7UA 3M5SA 2EU2A 3RGEA 3EFTA 3MNJA 5J8ZA 4YGNA 5AMGA 1CNKA 3D0NA 1CVDA 1OKNA 2VVAX 4QJMA 4WUQA 3RYXB 5AMDA 2X7SA 4RUZA 2H15A 4JS6A 4FRCA 3M1QA 5CA2A 2NWZA 3CYUA 4LHIA 5FLTA 4Q08A 1I91A 3ML2A 4Q8YA 1HCAA 1CVEA 3FW3A 4Q87A 5DSPA 5E2KA 3SBIA 2ABEA 3M98A 3V3IB 2FMZA 4R5BA 3RYYA 4QY3A 4JSZA 3ZP9A 5SZ6A 3DBUA 5EKHA 1FQMA 1KWQA 3U3AX 4MLTA 3U47A 1CALA 1TE3X 5FNLA 3P3HA 1YDDA 5FNKA 2X7TA 4XFWA 4QJOA 1IF5A 4K1QA 1AZMA 5A25A 4CNWA 3V3JA 4KV0A 5FDCA 1BNTA 1LGDA 2O4ZA 1CCTA 3OIMA 4M2UA 3TMJA 5G0CA 5HPJA 1FQRA 5BRWA 1JV0A 1OKMA 1ZFQA 4Q6EA 2FOQA 3T5UA 5EHWA 3DVBA 5EZTX 5FLPA 1IF9A 1TG3A 1TEQX 4E3DA 1CNIA 4RN4A 1UGFA 1HCBA 1TBTX 1KOPA 3RG4A 1H9QA 3M40A 3F8EA 3M96A 1FSQA 3F7BA 3RZ8A 1FLJA 3DCWA 3V2MA 1YDCA 3M1WA 3S76A 5DSIA 1ZSCA 3D92A 3MDZA 1RZCA 1G0EA 5JG5B 2H4NA 2CBEA 1ZSAA 3N3JA 2WD2A 3P5AA 3OYQA 4E3FA 5JEHB 2CBCA 4WUPA 4YWPA 1I9PA 4YVYA 1G52A 2FOSA 4Z0QA 2NN1A 5L6KA 3K7KA 3KWAA 3RYJB 4DZ7A 1CANA 4Q78A 1TEUX 5E2MA 1CNYA 3M04A 3T83A 4L5WA 4Q83A 4YXIA 3KOKA 1CAMA 4K0TA 1CAHA 5BRVA 4KNMA 5FL5A 3D8WA 3S8XA 2NXTA 1RZAA 1YO1A 2AW1A 3P44A 4MLXA 3MWOA 3ZNCA 2F14A 2NXSA 5SZ7A 1HUGA 3M2NA 4Q07A 3OIKA 4KUYA 1UGGA 4Q49A 3MHMA 1CNHA 2Q1BA 3V5GA 5BRUA 1V9EA 1KWRA 1CAJA 3C7PA 3PYKA 1CVBA 1LG5A 1XPZA 5FNIA 1IF6A 3M67A 3JXFA 3EFIA 1UGAA 2OSMA 3V3FA 3W6HA 5JG3B 3M5TA 4Q81A 4YGJA 5A6HA 1YO2A 3T82A 2Q1QA 4COQA 1CNCA 4Z1NA 2HKKA 4Q6DA 3OY0A 4RIUA 4Q90A 5DSJA 1JCZA 3T85A 3MNUA 1KEQA 3S75B 2ILIA 3S9TA 1RZEA 4Q0LA 1JD0A 1IF8A 3CZVA 3MYQA 1BZMA 3U45X 4WL4A 3OILA 4QK2A 4QK1A 4MDGA 3V3GB 3U7CA 1ZGFA 3P58A 8CA2A 1I9OA 5G0BA 4YYTA 4ITOA 3FFPX 4KUWA 2NXRA 5FNHA 3MNKA 5IPZA 5SZ3A 3HKUA 3TVOX 2GEHA 2GD8A 3MMFA 2NN7A 5DSMA 4M2VA 4Q9YA 1RJ5A 1V9IC 5DRSA 4Q09A 2CBAA 5DSKA 3T84A 4ZWYA 3N4BA 5BNLA 3DA2A 1BN3A 3MHIA 4YXUA 3IBUA 1AVNA 1UGEA 12CAA 3HS4A 1I90A 1UGBA 4X5SA 1H9NA 5FLRA 3SBHA 3SAPA 1CVCA 5FL4A 3R16A 3MHCA 3NI5A 5E2NA 3RYVB 4K13A 5JQ0A 3K2FA 4Z1KA 4IWZA 1HEBA 3OKVA 4E49A 3P3JA 3RZ0B 2WEJA 3GZ0A 3S72B 1LG6A 5DSLA 4WW6A 2NNSA 1ZE8A 4Z1EA 4ZWIA 2FW4A 2NWPA 4DZ9A 2HD6A 4XIWA 4HBAA 3M2YA 4Q8XA 4PYYA 3F4XA 1CRMA 1TB0X 2ZNCA 3FE4A 4QJ0A 4RFDA 4YGKA 5DOHA 2POWA 5FNGA 3KLDB 3B1BA 5G03A 2W2JA 3JXGA 3L14A 4QSBA 5LMDA 5EH5A 2NWYA 4XE1A 2HNCA 3RZ5A 3M5EA 1F2WA 1DCAA 1FSRA 4E3HA 4Q99A 4PYXA 2FNNA 2FNKA 1CNWA 3HFPA 3IBLA 1Y7WA 2Q38A 3KIGA 3KOIA 4ZX0A 3VBDA 3DCCA 1HEDA 1G3ZA 1MOOA 2EU3A 2HOCA 3D9ZA 4HT2A 6CA2A 5DVXA 5CJFA 3HLJA 4MDMA 1BNUA 4PQ7A 4ZWZA 4Z1JA 4LU3A 2NNVA 1CAIA 4BF1A 3TVNX 1THKA 4FL7A 4Q7WA 1G46A 4MO8A 1CNBA 4RIVA 1G54A 1T9NA 3RYZA 4N16A 3P5LA 1OKLA 2FOYA 4YGLA 5G01A 1KOQA 3P55A 3V2JA 5L3OA 4Q06A 4KP8A 3RZ1B 3Q31A 5SZ1A 3S97A 3HKTA 3KKXA 4RUXA 4R5AA 3M14A 7CA2A 5AMLA 1TH9A 5DOGA 3V3HB 1DMYA 3SAXA 4CQ0A 1DMXA 4M2WA 2HL4A 1I9MA 1XQ0A 2CA2A 2FOUA 4MTYA 1LZVA 4G0CA 1RZDA 3KNEA 3MHOA 5DSOA 1G1DA 3PO6A 4M2RA 5SZ0A 4QSAA 5SZ4A 5FNMA 2EZ7A 4QSJA 3M3XA 1CVFA 3DAZA 4RUYA 1EOUA 3HKQA 5EIJA 2NNOA 1FR4A 1Z93A 4E5QA 3MHLA 3S73B 1BICA 5EHVA 1DCBA 3IBIA 4KAPA 1YDAA 4KNNA 2QP6A 3BL1A 3S78B 1CNXA 5FDIA 5CACA 1IF4A 1BN1A 3V7XA 1XEVA 3MNHA 5FLSA 3M1JA 1Z9YA 1FQLA 3BETA 1ZNCA 2WEGA 5FNJA 4QJWA 4CNRA 4CA2A 1OQ5A 2QO8A 3B4FA 4RFCA 4N0XB 2NNGA 1ZH9A 3OKUA 4ILXA 4QTLA 4UOVA 5EOIA 9CA2A 2NMXA 1CA2A 3CA2A 5JEGB 5SZ5A 1YO0A 1RJ6A 4HT0A 1IF7A 3CAJA 4GL1X 4KNIA 1I9LA 5FL6A 1UGCA 4YXOA 1RAZA 4TWMA 3DVDA 1BNVA 3KS3A 5CLUA 3S74B 4QJXA 1ZFKA 4XZ5A 4RH2A 2OSFA 5E2SA 1G0FA 4FU5A 3ML5A 2POUA 5E5RA 1G45A 4KNJA 4E3GA 1UGDA 2WD3A 1CNGA 3MNIA 4G7AA 3DC3A 1CIMA 3IEOA 1ZSBA 1TG9A 2CBBA 4E9OX 1CAZA 5EHEA 4PXXA 4CACA 1BV3A 1HEAA 4L5UA 4CNXA 5EKMA 3JXHC 3OYSA 5FLOA 5JQTA 4Q8ZA 1I9NA 4BF6A 3IBNA 3UYNA 1CRAA 5DSNA 3MZCA 1CAYA 3M1KA 4Q7VA 1CVHA 4E4AA 4JSWA 3R17B 1CA3A 1AM6A 1BCDA 4MDLA 1G4OA 3DD8A 1BN4A 3BL0A 4XIXA 3RZ7A 4PZHA 4YGFA 1A42A 4C3TA 1RAYA 1LUGA 1RZBA 5DSRA 4HEWA 3M2ZA 4WW8A 4FIKA 2VVBX 4Q7PA 1CILA 3M2XA 2FMGA 3RJ7A 4ZWXA 3QYKA 5DSQA 4QEFA 4K0ZA 4KP5A 1G4JA 5BYIA 2FOVA 1XEGA 3MNAA 1FSNA 3IGPA 3D93A 4FPTA 4Q7SA 5E5UA 3S71B 2QOAA 3DCSA 1G53A 4Y0JA 3DD0A 3KONA 4HEYA 5JESB 1CZMA 1FR7A 1YDBA 1TTMA 3N2PA 4ITPA 3T5ZA 4JSSA 3DC9A 5FLQA 1FQNA 3NB5A 4BCWA 1BNQA 3PJJA 4FVNA 4L5VA 4ZX1A 2X7UA 1CCUA 3K34A 4LP6A 1CAKA 4QIZA 4R59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NWO A;  5E28 A;  3IAI A;  4K0S A;  2POV A;  4WR7 A;  4JSA A;  2HFW A;  2AX2 A;  5E2R A;  4YX4 A;  4ZAO A;  4FVO A;  3DVC A;  3P4V A;  5EH7 A;  1HVA A;  4QSI A;  1HUH A;  4QIY A;  2IT4 A;  2WEH A;  5JGT B;  3S77 B;  1ZGE A;  5JEP B;  2CAB A;  1BNM A;  1CCS A;  3W6I A;  1G6V A;  4HU1 A;  4ETQ C;  2FNM A;  3UYQ A;  3LXE A;  4HF3 A;  5EH8 A;  3RG3 A;  5C8I A;  1CIN A;  3NJ9 A;  4TWL A;  3RLD A;  1I8Z A;  1BNN A;  1MUA A;  4CNV A;  1CAO A;  1HEC A;  2CBD A;  5EKJ A;  1CVA A;  1CNJ A;  1URT A;  2WEO A;  4KUV A;  3N0N A;  1G48 A;  4QJP A;  5JGS B;  1BNW A;  1Z97 A;  1I9Q A;  4QK3 A;  3DV7 A;  5SZ2 A;  1J9W A;  3HKN A;  1H4N A;  4IDR X;  5JDV B;  4HEZ A;  4YHA A;  3F7U A;  3M5S A;  2EU2 A;  3RGE A;  3EFT A;  3MNJ A;  5J8Z A;  4YGN A;  5AMG A;  1CNK A;  3D0N A;  1CVD A;  1OKN A;  2VVA X;  4QJM A;  4WUQ A;  3RYX B;  5AMD A;  2X7S A;  4RUZ A;  2H15 A;  4JS6 A;  4FRC A;  3M1Q A;  5CA2 A;  2NWZ A;  3CYU A;  4LHI A;  5FLT A;  4Q08 A;  1I91 A;  3ML2 A;  4Q8Y A;  1HCA A;  1CVE A;  3FW3 A;  4Q87 A;  5DSP A;  5E2K A;  3SBI A;  2ABE A;  3M98 A;  3V3I B;  2FMZ A;  4R5B A;  3RYY A;  4QY3 A;  4JSZ A;  3ZP9 A;  5SZ6 A;  3DBU A;  5EKH A;  1FQM A;  1KWQ A;  3U3A X;  4MLT A;  3U47 A;  1CAL A;  1TE3 X;  5FNL A;  3P3H A;  1YDD A;  5FNK A;  2X7T A;  4XFW A;  4QJO A;  1IF5 A;  4K1Q A;  1AZM A;  5A25 A;  4CNW A;  3V3J A;  4KV0 A;  5FDC A;  1BNT A;  1LGD A;  2O4Z A;  1CCT A;  3OIM A;  4M2U A;  3TMJ A;  5G0C A;  5HPJ A;  1FQR A;  5BRW A;  1JV0 A;  1OKM A;  1ZFQ A;  4Q6E A;  2FOQ A;  3T5U A;  5EHW A;  3DVB A;  5EZT X;  5FLP A;  1IF9 A;  1TG3 A;  1TEQ X;  4E3D A;  1CNI A;  4RN4 A;  1UGF A;  1HCB A;  1TBT X;  1KOP A;  3RG4 A;  1H9Q A;  3M40 A;  3F8E A;  3M96 A;  1FSQ A;  3F7B A;  3RZ8 A;  1FLJ A;  3DCW A;  3V2M A;  1YDC A;  3M1W A;  3S76 A;  5DSI A;  1ZSC A;  3D92 A;  3MDZ A;  1RZC A;  1G0E A;  5JG5 B;  2H4N A;  2CBE A;  1ZSA A;  3N3J A;  2WD2 A;  3P5A A;  3OYQ A;  4E3F A;  5JEH B;  2CBC A;  4WUP A;  4YWP A;  1I9P A;  4YVY A;  1G52 A;  2FOS A;  4Z0Q A;  2NN1 A;  5L6K A;  3K7K A;  3KWA A;  3RYJ B;  4DZ7 A;  1CAN A;  4Q78 A;  1TEU X;  5E2M A;  1CNY A;  3M04 A;  3T83 A;  4L5W A;  4Q83 A;  4YXI A;  3KOK A;  1CAM A;  4K0T A;  1CAH A;  5BRV A;  4KNM A;  5FL5 A;  3D8W A;  3S8X A;  2NXT A;  1RZA A;  1YO1 A;  2AW1 A;  3P44 A;  4MLX A;  3MWO A;  3ZNC A;  2F14 A;  2NXS A;  5SZ7 A;  1HUG A;  3M2N A;  4Q07 A;  3OIK A;  4KUY A;  1UGG A;  4Q49 A;  3MHM A;  1CNH A;  2Q1B A;  3V5G A;  5BRU A;  1V9E A;  1KWR A;  1CAJ A;  3C7P A;  3PYK A;  1CVB A;  1LG5 A;  1XPZ A;  5FNI A;  1IF6 A;  3M67 A;  3JXF A;  3EFI A;  1UGA A;  2OSM A;  3V3F A;  3W6H A;  5JG3 B;  3M5T A;  4Q81 A;  4YGJ A;  5A6H A;  1YO2 A;  3T82 A;  2Q1Q A;  4COQ A;  1CNC A;  4Z1N A;  2HKK A;  4Q6D A;  3OY0 A;  4RIU A;  4Q90 A;  5DSJ A;  1JCZ A;  3T85 A;  3MNU A;  1KEQ A;  3S75 B;  2ILI A;  3S9T A;  1RZE A;  4Q0L A;  1JD0 A;  1IF8 A;  3CZV A;  3MYQ A;  1BZM A;  3U45 X;  4WL4 A;  3OIL A;  4QK2 A;  4QK1 A;  4MDG A;  3V3G B;  3U7C A;  1ZGF A;  3P58 A;  8CA2 A;  1I9O A;  5G0B A;  4YYT A;  4ITO A;  3FFP X;  4KUW A;  2NXR A;  5FNH A;  3MNK A;  5IPZ A;  5SZ3 A;  3HKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S78B

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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