3V3H | Genus

Total Genus 69

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	69
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGFGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNLGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSHDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVSKFRKLNFNGEGEPEEPMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__153464435677379__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__153464435677379__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3v3h/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__153464435677379__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"153464435677379","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3v3h/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__153464435677379__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d033ea6faf1fe93d6bff9ed/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d033ea6faf1fe93d6bff9ed/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d033ea6faf1fe93d6bff9ed/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d033ea6faf1fe93d6bff9ed/pdb.gz): 138 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Kinetic and structural characterization of thermostabilized mutants of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	69
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3v3hB00

1CA3A 4KUWA 3KONA 3MHCA 4ITOA 1HECA 5DOGA 3T84A 1CNHA 1RAZA 3P3JA 5SZ1A 4CNXA 2ABEA 4PXXA 5DSMA 1CAOA 4E3GA 1URTA 4QSJA 1YDCA 4G7AA 1ZGEA 2HNCA 1FQMA 1UGAA 4KAPA 4KNIA 4KNNA 4Q8YA 4BF6A 1I8ZA 9CA2A 3P58A 5L3OA 1BZMA 3S8XA 4YGFA 5E2KA 4KUVA 1I90A 5EOIA 3RYJB 3ZNCA 2ZNCA 4QJWA 1YDDA 3V2MA 5FLTA 4XE1A 5BRVA 5JQTA 3DC9A 4Q49A 4WW8A 3HKNA 1UGDA 4N0XB 2Q38A 3NJ9A 4E3HA 5SZ6A 2WEOA 3GZ0A 3P4VA 5EKHA 1YDBA 3N2PA 4FL7A 4COQA 4QIYA 4RUZA 4IWZA 4Q7SA 3KNEA 4XIXA 3RG4A 3DVBA 3K7KA 4FU5A 4CNVA 5CA2A 1UGBA 4MDLA 5SZ7A 3RZ8A 1BN1A 4M2RA 4Z0QA 5EHVA 4KP8A 3W6HA 3S97A 4KNMA 5CLUA 3T85A 5JG3B 1ZSBA 4ETQC 3HKUA 1LG6A 1LZVA 5G0BA 3V3JA 1RJ6A 3KLDB 3HKQA 5LMDA 2EZ7A 4YGJA 5EH7A 1CA2A 3CYUA 4YGKA 2FOYA 1MOOA 2FNNA 1IF6A 2WD3A 2FOQA 3FFPX 3HKTA 1CNJA 3MNUA 4QSBA 4FVNA 2OSFA 4WW6A 1G52A 5DSOA 3F4XA 4UOVA 5FNGA 3V5GA 4RFDA 2HOCA 3OKVA 4K0ZA 4YXUA 2HFWA 3DD0A 1BCDA 2IT4A 3V7XA 4DZ9A 4E4AA 5JEPB 4ITPA 4K0SA 5SZ3A 3M40A 1JCZA 2QOAA 5JESB 1IF8A 4TWMA 4RUXA 4YHAA 3JXGA 1HCAA 3B1BA 1JD0A 4R5BA 1G4JA 4YYTA 5SZ2A 4QJ0A 3S76A 2WEHA 3KKXA 1TH9A 4HU1A 5FDIA 1CCTA 3M5TA 3V2JA 3RYZA 3KIGA 3D9ZA 4CNRA 1TG9A 1CILA 3HS4A 4E3FA 1ZFQA 5E28A 4QK2A 3RYVB 2FOVA 2POVA 6CA2A 3RZ7A 1DCBA 3T83A 1XPZA 5FL6A 1YO0A 4R59A 5DVXA 3V3GB 4JSZA 5SZ5A 4JSWA 1FQRA 3T5UA 4FIKA 5FNLA 2HKKA 1AZMA 5EZTX 4E49A 4QY3A 1CVHA 5FLOA 3S77B 1CRMA 5E5UA 3MNAA 1HEDA 4Z1KA 5JEGB 1CVFA 2AX2A 4WL4A 5A25A 5BRUA 4MTYA 1TTMA 1CNIA 4PZHA 4QJXA 2X7UA 5J8ZA 2WD2A 1F2WA 1TG3A 1CAMA 4Q7WA 1BNVA 4MLTA 1UGGA 1G45A 3RZ0B 3S74B 1TB0X 2Q1QA 4JSAA 1CVCA 4Q99A 1IF9A 1TBTX 4Q0LA 1CNWA 5FNIA 2POWA 1DCAA 5E2SA 5DSQA 1CZMA 5FNJA 1CIMA 3K34A 1H4NA 5JGTB 3DCSA 4K13A 3M1JA 2AW1A 4YXIA 3M2ZA 3SBIA 3BL1A 2W2JA 1KOQA 1RZCA 1IF4A 3R17B 1J9WA 3IEOA 4K1QA 4BF1A 3M3XA 1G0FA 3OILA 1CNGA 3DCCA 5FLSA 4MDGA 1ZSCA 3N3JA 1HEAA 5DOHA 2H4NA 1KOPA 4QJOA 4C3TA 3TVNX 4RIVA 3U47A 1Y7WA 1BNNA 4FPTA 4IDRX 1CNXA 1HUGA 3M1KA 3CAJA 2FOSA 12CAA 1CCSA 1FSQA 3DBUA 3V3IB 3M96A 1ZSAA 1I9NA 3D92A 3IAIA 5G01A 5EH5A 2NNSA 5FL4A 1CAKA 1G1DA 3SBHA 1CANA 3CA2A 4HT2A 3EFTA 5EKMA 4WUQA 5CACA 5JG5B 2NWZA 3DAZA 3NB5A 4ZX1A 8CA2A 4YX4A 4YVYA 3DD8A 1I91A 3MZCA 4CNWA 2WEJA 5EIJA 3KS3A 3IBLA 4Q6DA 4QSAA 2VVBX 3JXHC 3MNJA 4CACA 3DC3A 1CINA 3U45X 3RG3A 1CNKA 4PYYA 1A42A 2NXRA 1BN4A 3MNIA 5E2MA 4Q83A 3MHIA 4Q90A 4KNJA 3S75B 5HPJA 1G48A 5DSIA 3L14A 5FLPA 3HFPA 3M2XA 1OKNA 4YGLA 4YWPA 1CVEA 7CA2A 3JXFA 4Q06A 3P5LA 2CBAA 2NNGA 1Z97A 4ILXA 5DSKA 1BV3A 1AVNA 3PJJA 5JGSB 5SZ4A 4Q8XA 1T9NA 3MMFA 2OSMA 3CZVA 2GEHA 2O4ZA 5E5RA 2NMXA 3MHMA 2CBCA 3M2NA 3M2YA 4K0TA 4Z1EA 3N4BA 2CBDA 4YXOA 4E3DA 3S9TA 5JEHB 1HVAA 2EU3A 2CBBA 2NXTA 2FOUA 2H15A 1I9MA 1RAYA 3EFIA 3M67A 5DRSA 2HL4A 1KWQA 3RGEA 1CNCA 4ZWXA 1TEUX 4ZWZA 1YDAA 3KWAA 4QJMA 1CRAA 1OKLA 1LGDA 5G0CA 2POUA 2FNKA 5IPZA 5JDVB 4Q9YA 1CALA 4RH2A 4QIZA 1G6VA 3M04A 4Q09A 4QK1A 4G0CA 1HEBA 1CAIA 3N0NA 1IF5A 3OIKA 3T5ZA 1CAHA 3DVDA 3RJ7A 5BRWA 1MUAA 1CNYA 1CAYA 1G54A 4HBAA 1CAZA 1FQNA 3MYQA 3RZ5A 3F7BA 3ZP9A 5FNMA 5FDCA 1RZAA 4M2VA 4TWLA 5DSJA 3BETA 1RZEA 2FMGA 4Q78A 3B4FA 5DSPA 1BN3A 4N16A 3QYKA 1FR4A 4L5WA 1CVDA 5EKJA 1IF7A 3ML2A 4JSSA 4QK3A 4FRCA 3SAPA 4QSIA 4X5SA 3D8WA 1FSNA 3VBDA 3PO6A 4HEWA 3IBUA 1DMYA 1KEQA 1EOUA 4FVOA 4E5QA 2EU2A 1RJ5A 2NN7A 1ZGFA 4GL1X 4Y0JA 1CCUA 1CVAA 3OYSA 4XFWA 1ZE8A 2CBEA 1Z9YA 4RFCA 3R16A 4Q81A 3K2FA 2X7TA 4MDMA 1UGFA 2ILIA 1JV0A 3UYNA 3NI5A 3ML5A 5EHWA 2CA2A 1Z93A 3DCWA 5FLRA 3U3AX 1DMXA 3BL0A 1FR7A 3S73B 1BNQA 4KP5A 4Z1NA 4JS6A 1BNUA 2NN1A 4LP6A 1FQLA 1G3ZA 4Q87A 3V3HB 2GD8A 1H9NA 3M5EA 4CQ0A 1HUHA 3D0NA 2HD6A 4KV0A 3M14A 4Q08A 5JQ0A 3KOIA 3OYQA 3T82A 5CJFA 4HEYA 4R5AA 1BNMA 4Q7PA 1I9PA 3MDZA 3RZ1B 3DVCA 3Q31A 1CVBA 5AMLA 3MNHA 4Q6EA 4QEFA 1I9LA 1CAJA 5DSNA 3RYYA 5FL5A 1RZDA 1UGEA 3S71B 3TVOX 3KOKA 4WR7A 1OKMA 5A6HA 3P5AA 5E2RA 1HCBA 4BCWA 3MWOA 5FNKA 3MHOA 3FE4A 1THKA 5FNHA 1G0EA 3IGPA 5DSRA 3P44A 1G53A 5EHEA 4HT0A 2FNMA 3U7CA 1H9QA 1AM6A 3D93A 2F14A 4M2WA 2NNOA 2WEGA 4XZ5A 2QP6A 4LU3A 4QTLA 5EH8A 3MHLA 3OKUA 4E9OX 1TEQX 3S78B 3HLJA 2X7SA 3F8EA 5DSLA 3TMJA 3FW3A 1UGCA 4Q07A 4RUYA 1XEGA 3DA2A 1I9QA 4MLXA 1XQ0A 1YO1A 4ZX0A 4PQ7A 3IBIA 4L5VA 1V9IC 3RYXB 1BNWA 3S72B 3W6IA 2NXSA 2VVAX 3C7PA 1FSRA 3IBNA 2CABA 4ZAOA 1OQ5A 2NNVA 1BNTA 3MNKA 5AMDA 2QO8A 4Q7VA 3UYQA 1V9EA 3LXEA 4M2UA 3PYKA 5C8IA 4QJPA 4RIUA 1G46A 5G03A 1LUGA 5SZ0A 3RLDA 4ZWYA 2FW4A 4KUYA 1G4OA 3M1WA 3DV7A 1I9OA 4XIWA 4CA2A 5E2NA 5AMGA 4HF3A 2NWOA 2NWYA 4WUPA 4Q8ZA 1LG5A 1ZH9A 3F7UA 1BICA 3M98A 3OIMA 4MO8A 4PYXA 2NWPA 1ZFKA 1KWRA 4DZ7A 4RN4A 3V3FA 1ZNCA 3P55A 1XEVA 1YO2A 5L6KA 5BNLA 3M1QA 4L5UA 1FLJA 1RZBA 1CNBA 2FMZA 3M5SA 2Q1BA 4ZWIA 3OY0A 3SAXA 4LHIA 5FLQA 3P3HA 4HEZA 5BYIA 1TE3X 4Z1JA 4YGNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CA3 A;  4KUW A;  3KON A;  3MHC A;  4ITO A;  1HEC A;  5DOG A;  3T84 A;  1CNH A;  1RAZ A;  3P3J A;  5SZ1 A;  4CNX A;  2ABE A;  4PXX A;  5DSM A;  1CAO A;  4E3G A;  1URT A;  4QSJ A;  1YDC A;  4G7A A;  1ZGE A;  2HNC A;  1FQM A;  1UGA A;  4KAP A;  4KNI A;  4KNN A;  4Q8Y A;  4BF6 A;  1I8Z A;  9CA2 A;  3P58 A;  5L3O A;  1BZM A;  3S8X A;  4YGF A;  5E2K A;  4KUV A;  1I90 A;  5EOI A;  3RYJ B;  3ZNC A;  2ZNC A;  4QJW A;  1YDD A;  3V2M A;  5FLT A;  4XE1 A;  5BRV A;  5JQT A;  3DC9 A;  4Q49 A;  4WW8 A;  3HKN A;  1UGD A;  4N0X B;  2Q38 A;  3NJ9 A;  4E3H A;  5SZ6 A;  2WEO A;  3GZ0 A;  3P4V A;  5EKH A;  1YDB A;  3N2P A;  4FL7 A;  4COQ A;  4QIY A;  4RUZ A;  4IWZ A;  4Q7S A;  3KNE A;  4XIX A;  3RG4 A;  3DVB A;  3K7K A;  4FU5 A;  4CNV A;  5CA2 A;  1UGB A;  4MDL A;  5SZ7 A;  3RZ8 A;  1BN1 A;  4M2R A;  4Z0Q A;  5EHV A;  4KP8 A;  3W6H A;  3S97 A;  4KNM A;  5CLU A;  3T85 A;  5JG3 B;  1ZSB A;  4ETQ C;  3HKU A;  1LG6 A;  1LZV A;  5G0B A;  3V3J A;  1RJ6 A;  3KLD B;  3HKQ A;  5LMD A;  2EZ7 A;  4YGJ A;  5EH7 A;  1CA2 A;  3CYU A;  4YGK A;  2FOY A;  1MOO A;  2FNN A;  1IF6 A;  2WD3 A;  2FOQ A;  3FFP X;  3HKT A;  1CNJ A;  3MNU A;  4QSB A;  4FVN A;  2OSF A;  4WW6 A;  1G52 A;  5DSO A;  3F4X A;  4UOV A;  5FNG A;  3V5G A;  4RFD A;  2HOC A;  3OKV A;  4K0Z A;  4YXU A;  2HFW A;  3DD0 A;  1BCD A;  2IT4 A;  3V7X A;  4DZ9 A;  4E4A A;  5JEP B;  4ITP A;  4K0S A;  5SZ3 A;  3M40 A;  1JCZ A;  2QOA A;  5JES B;  1IF8 A;  4TWM A;  4RUX A;  4YHA A;  3JXG A;  1HCA A;  3B1B A;  1JD0 A;  4R5B A;  1G4J A;  4YYT A;  5SZ2 A;  4QJ0 A;  3S76 A;  2WEH A;  3KKX A;  1TH9 A;  4HU1 A;  5FDI A;  1CCT A;  3M5T A;  3V2J A;  3RYZ A;  3KIG A;  3D9Z A;  4CNR A;  1TG9 A;  1CIL A;  3HS4 A;  4E3F A;  1ZFQ A;  5E28 A;  4QK2 A;  3RYV B;  2FOV A;  2POV A;  6CA2 A;  3RZ7 A;  1DCB A;  3T83 A;  1XPZ A;  5FL6 A;  1YO0 A;  4R59 A;  5DVX A;  3V3G B;  4JSZ A;  5SZ5 A;  4JSW A;  1FQR A;  3T5U A;  4FIK A;  5FNL A;  2HKK A;  1AZM A;  5EZT X;  4E49 A;  4QY3 A;  1CVH A;  5FLO A;  3S77 B;  1CRM A;  5E5U A;  3MNA A;  1HED A;  4Z1K A;  5JEG B;  1CVF A;  2AX2 A;  4WL4 A;  5A25 A;  5BRU A;  4MTY A;  1TTM A;  1CNI A;  4PZH A;  4QJX A;  2X7U A;  5J8Z A;  2WD2 A;  1F2W A;  1TG3 A;  1CAM A;  4Q7W A;  1BNV A;  4MLT A;  1UGG A;  1G45 A;  3RZ0 B;  3S74 B;  1TB0 X;  2Q1Q A;  4JSA A;  1CVC A;  4Q99 A;  1IF9 A;  1TBT X;  4Q0L A;  1CNW A;  5FNI A;  2POW A;  1DCA A;  5E2S A;  5DSQ A;  1CZM A;  5FNJ A;  1CIM A;  3K34 A;  1H4N A;  5JGT B;  3DCS A;  4K13 A;  3M1J A;  2AW1 A;  4YXI A;  3M2Z A;  3SBI A;  3BL1 A;  2W2J A;  1KOQ A;  1RZC A;  1IF4 A;  3R17 B;  1J9W A;  3IEO A;  4K1Q A;  4BF1 A;  3M3X A;  1G0F A;  3OIL A;  1CNG A;  3DCC A;  5FLS A;  4MDG A;  1ZSC A;  3N3J A;  1HEA A;  5DOH A;  2H4N A;  1KOP A;  4QJO A;  4C3T A;  3TVN X;  4RIV A;  3U47 A;  1Y7W A;  1BNN A;  4FPT A;  4IDR X;  1CNX A;  1HUG A;  3M1K A;  3CAJ A;  2FOS A;  12CA A;  1CCS A;  1FSQ A;  3DBU A;  3V3I B;  3M96 A;  1ZSA A;  1I9N A;  3D92 A;  3IAI A;  5G01 A;  5EH5 A;  2NNS A;  5FL4 A;  1CAK A;  1G1D A;  3SBH A;  1CAN A;  3CA2 A;  4HT2 A;  3EFT A;  5EKM A;  4WUQ A;  5CAC A;  5JG5 B;  2NWZ A;  3DAZ A;  3NB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3V3HB

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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