4E3G | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__346763882664023__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__346763882664023__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4e3g/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__346763882664023__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"346763882664023","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4e3g/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__346763882664023__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Nucleophile recognition as an alternative inhibition mode for benzoic acid based carbonic anhydrase inhibitors pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4e3gA00

5EHEA 1CAMA 2FOVA 5L6KA 3P3HA 4DZ9A 1UGAA 3M04A 2ABEA 3V3JA 3V3HB 4WL4A 2FMZA 9CA2A 5HPJA 3D8WA 3RLDA 2FMGA 3M67A 3RYVB 3DCSA 3DVCA 1OKNA 1LG5A 1KWRA 5IPZA 4XFWA 1HCAA 4N16A 1IF6A 3M96A 3FFPX 1I91A 4QTLA 4QIZA 4L5WA 1G54A 1TEUX 3MWOA 4Q9YA 1RZEA 2HNCA 4E4AA 3HKUA 2NN1A 1CVBA 1H9NA 1F2WA 1ZGEA 3M1QA 1YDAA 4JSZA 5EKHA 3HKQA 5E2MA 1XQ0A 5DSNA 4E3GA 1CAIA 4QSJA 5SZ5A 4XZ5A 2GD8A 4QK1A 3HKTA 4QJ0A 1G0EA 4YGLA 1OKLA 12CAA 1BNTA 4KAPA 4RN4A 3D93A 4ETQC 1TG9A 1CZMA 4QSIA 1Z97A 1ZSAA 3MHOA 1BN3A 4L5UA 1RZDA 3V7XA 1G0FA 3CA2A 1XEVA 4FVNA 2QOAA 4E3FA 1THKA 5JDVB 2Q1QA 1T9NA 1G6VA 1FLJA 4MDMA 5FL4A 3RYZA 2CBDA 1UGBA 1CCTA 1CVHA 1ZNCA 3U7CA 4RFDA 1CVAA 3OIKA 2WD3A 5FLSA 1OQ5A 3FE4A 2GEHA 3RZ5A 3TVOX 5EH8A 4PXXA 2X7UA 4QY3A 1V9IC 3OILA 1YO1A 4Q08A 3RJ7A 5BYIA 4YGFA 2ZNCA 3BL0A 2VVAX 4YHAA 3MNIA 1CILA 1CAOA 1UGFA 2NNGA 2O4ZA 1YDCA 4Q7SA 4X5SA 2HD6A 1KOPA 4MO8A 1CALA 4RIUA 3MHMA 1CA2A 1MOOA 5CJFA 1RJ6A 5EHVA 2WD2A 4E5QA 4CNRA 4FU5A 4Y0JA 2NWPA 1FR7A 4BF6A 4RUXA 1BNNA 5FLTA 2FW4A 1CINA 1ZH9A 4G7AA 5JEPB 4IDRX 5BRVA 1HEAA 5SZ6A 4CNVA 4PQ7A 3DCWA 3RZ7A 5A25A 3K7KA 3T83A 5AMGA 4RIVA 1TEQX 1KEQA 1HEDA 1FQNA 4HT2A 3SAXA 1FQLA 5FL5A 3SBIA 4CNXA 5JQ0A 1JCZA 1G1DA 1CNKA 3UYQA 3IEOA 1TBTX 4Q99A 5FLQA 5SZ3A 1RAZA 3KS3A 3K2FA 1DMYA 4WR7A 1Y7WA 4Q7PA 4HT0A 1TE3X 1DCAA 2AW1A 3IBUA 1HVAA 1URTA 7CA2A 5LMDA 3DVBA 4QEFA 5FNMA 4TWLA 3IBIA 3MNAA 1BNWA 2HFWA 1JD0A 1I9MA 3T85A 3LXEA 4WUPA 2NNVA 3RG3A 4Q87A 6CA2A 1CCUA 5AMLA 4Q0LA 5FDIA 3JXGA 2POVA 5BNLA 1AZMA 4KNMA 3KOKA 3P4VA 2WEOA 4QJOA 4ILXA 3V3GB 4KP5A 5SZ4A 1TG3A 4R59A 4ZWZA 4Z1NA 1CNHA 3M1WA 4JSWA 1KOQA 1RZAA 4Z0QA 3FW3A 1HUHA 3CZVA 3P55A 1CNXA 3T84A 4YXIA 1CNBA 3OKUA 5FL6A 5BRUA 4HEYA 1FQRA 1IF9A 1TH9A 4JSAA 4M2UA 5FNKA 4QJPA 1HECA 1IF4A 1RZCA 3S8XA 3DCCA 3M5EA 3M5TA 3KKXA 4CNWA 3N4BA 3RYXB 4Q6EA 4YWPA 1ZE8A 3MHCA 1AM6A 1ZSCA 4UOVA 1CNYA 1CVFA 3MNUA 3U47A 4YGNA 4WW8A 4L5VA 2CA2A 2FNNA 5DSKA 3B4FA 3BETA 4YVYA 5JGTB 1AVNA 5SZ2A 4ZX0A 1BV3A 3M5SA 3M2NA 5SZ7A 1HUGA 1G46A 5EZTX 3KIGA 1LUGA 3DVDA 4IWZA 2POWA 3L14A 2Q38A 3S76A 2FNKA 3GZ0A 3RGEA 1CAJA 1I9LA 5DSPA 5EH5A 3OYQA 3DV7A 1G53A 3IAIA 5DSMA 3F7UA 1G4OA 5CA2A 1IF5A 3B1BA 4Q07A 1LG6A 1BNVA 1Z9YA 2OSMA 4PYXA 1I9QA 5FNJA 5FDCA 5E2NA 2CABA 4QJXA 2QO8A 5E2KA 5DSOA 2NWYA 1TB0X 1HEBA 5SZ0A 3KONA 2HOCA 2F14A 4XIWA 2X7SA 1YO2A 3P44A 3R16A 5J8ZA 5A6HA 4LHIA 1IF7A 3S77B 3N2PA 5DOGA 1RZBA 5FLOA 4KV0A 4XIXA 3RYJB 3MZCA 1CNWA 1CVCA 3D92A 3MHIA 3ML2A 1ZFKA 3OYSA 2CBAA 3MHLA 3F7BA 3N3JA 3S73B 3T82A 1CVDA 3OKVA 4YYTA 3S72B 3BL1A 3HKNA 1JV0A 4FIKA 3MMFA 4RH2A 1G52A 4ZWYA 5FNLA 3DC9A 1G48A 4GL1X 4Q8XA 1CRAA 5DSRA 3V3FA 1CIMA 2HL4A 3W6IA 3NI5A 4Q81A 5FLPA 5EOIA 1G3ZA 5JQTA 4FL7A 4K0TA 3Q31A 1BNMA 4Q7WA 4K1QA 3W6HA 5FLRA 3M2ZA 3KWAA 2CBEA 3RZ0B 3IGPA 5E5RA 3U45X 4E3HA 2W2JA 4Q6DA 1UGGA 2NN7A 1CNIA 3F8EA 5AMDA 3D0NA 4HEWA 2EU2A 4QK3A 1G45A 4HEZA 1I9PA 2IT4A 4JS6A 1MUAA 1CNGA 2POUA 1H9QA 3M98A 4MLTA 4Q90A 4E3DA 1V9EA 3KLDB 1CANA 5E2RA 2ILIA 3V2JA 5DSIA 2FOQA 2NWZA 5E5UA 1CA3A 2H15A 2H4NA 1G4JA 4DZ7A 1OKMA 3S71B 3KNEA 1BNQA 1CRMA 3MYQA 3S75B 4WUQA 1ZGFA 3KOIA 4N0XB 4CQ0A 1RAYA 3R17B 4M2RA 1I8ZA 1FSQA 3MNJA 3ZNCA 3PJJA 3IBLA 4G0CA 4Q78A 3DC3A 2AX2A 5DOHA 4ITOA 4ZWIA 4Q7VA 3IBNA 1CCSA 1I90A 3EFTA 5L3OA 2NMXA 5DSJA 1BN1A 4LP6A 3S74B 1HCBA 1YDBA 4HU1A 1I9NA 1LZVA 4R5BA 1BCDA 5EKMA 4Q09A 3NB5A 3M1KA 5G03A 4YX4A 3T5ZA 1J9WA 4Q49A 3C7PA 4MDLA 1UGCA 4FRCA 4MDGA 2OSFA 3N0NA 5E2SA 3P58A 1Z93A 1H4NA 2NXSA 4E49A 1ZFQA 5JEHB 3S78B 2X7TA 3CYUA 1ZSBA 4KNIA 1XPZA 4QSAA 5BRWA 3U3AX 1BNUA 4YXOA 3DA2A 2VVBX 4K0SA 1DMXA 4CACA 3F4XA 4BF1A 3CAJA 2FOSA 2HKKA 3VBDA 5EH7A 5JGSB 3HLJA 3T5UA 3NJ9A 5DRSA 3JXFA 3SBHA 4TWMA 4ZX1A 5FNGA 2CBBA 3HFPA 1KWQA 3MNKA 4CA2A 3M40A 2NXTA 3V2MA 1UGDA 1XEGA 3DD0A 4KNJA 4XE1A 4RFCA 3JXHC 3PYKA 1YDDA 4RUYA 3P3JA 5G01A 3SAPA 3DBUA 1DCBA 3M3XA 3RZ8A 4Z1KA 3MNHA 4HBAA 4KNNA 4PZHA 5DVXA 2WEGA 1CVEA 4YGKA 3M2YA 4MTYA 3OIMA 4M2VA 2CBCA 3P5LA 4ZAOA 5FNHA 8CA2A 1FSNA 4ZWXA 2WEHA 4K13A 3UYNA 2EU3A 4Q8ZA 4QK2A 5G0BA 3ML5A 4QSBA 4KP8A 5DSQA 5CLUA 4QJWA 5JG5B 4R5AA 4FVOA 5SZ1A 2NWOA 3M1JA 2FOUA 4MLXA 4QJMA 1BN4A 4Q06A 5DSLA 3K34A 4E9OX 4Q8YA 4HF3A 1BICA 4BCWA 3HS4A 3TMJA 2QP6A 3TVNX 5G0CA 1FR4A 5EIJA 2NNSA 1CAYA 1IF8A 4K0ZA 1LGDA 2EZ7A 3S9TA 4KUWA 4KUYA 2FOYA 3DAZA 1TTMA 3V3IB 2WEJA 4LU3A 5C8IA 4Q83A 4PYYA 4ITPA 1FSRA 2NNOA 4JSSA 4FPTA 1A42A 1EOUA 5EKJA 5JESB 4C3TA 1RJ5A 3EFIA 3M14A 4QIYA 4Z1EA 1YO0A 2Q1BA 3S97A 3M2XA 3OY0A 3RYYA 3D9ZA 1I9OA 5JEGB 1CNCA 1CAKA 1FQMA 2FNMA 4COQA 3QYKA 3PO6A 3ZP9A 2NXRA 4RUZA 3DD8A 3MDZA 4WW6A 1BZMA 5E28A 5CACA 1CNJA 3RZ1B 4YGJA 5FNIA 5EHWA 1CAZA 4M2WA 1UGEA 4KUVA 3P5AA 4Z1JA 3RG4A 3V5GA 4YXUA 5JG3B 1CAHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EHE A;  1CAM A;  2FOV A;  5L6K A;  3P3H A;  4DZ9 A;  1UGA A;  3M04 A;  2ABE A;  3V3J A;  3V3H B;  4WL4 A;  2FMZ A;  9CA2 A;  5HPJ A;  3D8W A;  3RLD A;  2FMG A;  3M67 A;  3RYV B;  3DCS A;  3DVC A;  1OKN A;  1LG5 A;  1KWR A;  5IPZ A;  4XFW A;  1HCA A;  4N16 A;  1IF6 A;  3M96 A;  3FFP X;  1I91 A;  4QTL A;  4QIZ A;  4L5W A;  1G54 A;  1TEU X;  3MWO A;  4Q9Y A;  1RZE A;  2HNC A;  4E4A A;  3HKU A;  2NN1 A;  1CVB A;  1H9N A;  1F2W A;  1ZGE A;  3M1Q A;  1YDA A;  4JSZ A;  5EKH A;  3HKQ A;  5E2M A;  1XQ0 A;  5DSN A;  4E3G A;  1CAI A;  4QSJ A;  5SZ5 A;  4XZ5 A;  2GD8 A;  4QK1 A;  3HKT A;  4QJ0 A;  1G0E A;  4YGL A;  1OKL A;  12CA A;  1BNT A;  4KAP A;  4RN4 A;  3D93 A;  4ETQ C;  1TG9 A;  1CZM A;  4QSI A;  1Z97 A;  1ZSA A;  3MHO A;  1BN3 A;  4L5U A;  1RZD A;  3V7X A;  1G0F A;  3CA2 A;  1XEV A;  4FVN A;  2QOA A;  4E3F A;  1THK A;  5JDV B;  2Q1Q A;  1T9N A;  1G6V A;  1FLJ A;  4MDM A;  5FL4 A;  3RYZ A;  2CBD A;  1UGB A;  1CCT A;  1CVH A;  1ZNC A;  3U7C A;  4RFD A;  1CVA A;  3OIK A;  2WD3 A;  5FLS A;  1OQ5 A;  3FE4 A;  2GEH A;  3RZ5 A;  3TVO X;  5EH8 A;  4PXX A;  2X7U A;  4QY3 A;  1V9I C;  3OIL A;  1YO1 A;  4Q08 A;  3RJ7 A;  5BYI A;  4YGF A;  2ZNC A;  3BL0 A;  2VVA X;  4YHA A;  3MNI A;  1CIL A;  1CAO A;  1UGF A;  2NNG A;  2O4Z A;  1YDC A;  4Q7S A;  4X5S A;  2HD6 A;  1KOP A;  4MO8 A;  1CAL A;  4RIU A;  3MHM A;  1CA2 A;  1MOO A;  5CJF A;  1RJ6 A;  5EHV A;  2WD2 A;  4E5Q A;  4CNR A;  4FU5 A;  4Y0J A;  2NWP A;  1FR7 A;  4BF6 A;  4RUX A;  1BNN A;  5FLT A;  2FW4 A;  1CIN A;  1ZH9 A;  4G7A A;  5JEP B;  4IDR X;  5BRV A;  1HEA A;  5SZ6 A;  4CNV A;  4PQ7 A;  3DCW A;  3RZ7 A;  5A25 A;  3K7K A;  3T83 A;  5AMG A;  4RIV A;  1TEQ X;  1KEQ A;  1HED A;  1FQN A;  4HT2 A;  3SAX A;  1FQL A;  5FL5 A;  3SBI A;  4CNX A;  5JQ0 A;  1JCZ A;  1G1D A;  1CNK A;  3UYQ A;  3IEO A;  1TBT X;  4Q99 A;  5FLQ A;  5SZ3 A;  1RAZ A;  3KS3 A;  3K2F A;  1DMY A;  4WR7 A;  1Y7W A;  4Q7P A;  4HT0 A;  1TE3 X;  1DCA A;  2AW1 A;  3IBU A;  1HVA A;  1URT A;  7CA2 A;  5LMD A;  3DVB A;  4QEF A;  5FNM A;  4TWL A;  3IBI A;  3MNA A;  1BNW A;  2HFW A;  1JD0 A;  1I9M A;  3T85 A;  3LXE A;  4WUP A;  2NNV A;  3RG3 A;  4Q87 A;  6CA2 A;  1CCU A;  5AML A;  4Q0L A;  5FDI A;  3JXG A;  2POV A;  5BNL A;  1AZM A;  4KNM A;  3KOK A;  3P4V A;  2WEO A;  4QJO A;  4ILX A;  3V3G B;  4KP5 A;  5SZ4 A;  1TG3 A;  4R59 A;  4ZWZ A;  4Z1N A;  1CNH A;  3M1W A;  4JSW A;  1KOQ A;  1RZA A;  4Z0Q A;  3FW3 A;  1HUH A;  3CZV A;  3P55 A;  1CNX A;  3T84 A;  4YXI A;  1CNB A;  3OKU A;  5FL6 A;  5BRU A;  4HEY A;  1FQR A;  1IF9 A;  1TH9 A;  4JSA A;  4M2U A;  5FNK A;  4QJP A;  1HEC A;  1IF4 A;  1RZC A;  3S8X A;  3DCC A;  3M5E A;  3M5T A;  3KKX A;  4CNW A;  3N4B A;  3RYX B;  4Q6E A;  4YWP A;  1ZE8 A;  3MHC A;  1AM6 A;  1ZSC A;  4UOV A;  1CNY A;  1CVF A;  3MNU A;  3U47 A;  4YGN A;  4WW8 A;  4L5V A;  2CA2 A;  2FNN A;  5DSK A;  3B4F A;  3BET A;  4YVY A;  5JGT B;  1AVN A;  5SZ2 A;  4ZX0 A;  1BV3 A;  3M5S A;  3M2N A;  5SZ7 A;  1HUG A;  1G46 A;  5EZT X;  3KIG A;  1LUG A;  3DVD A;  4IWZ A;  2POW A;  3L14 A;  2Q38 A;  3S76 A;  2FNK A;  3GZ0 A;  3RGE A;  1CAJ A;  1I9L A;  5DSP A;  5EH5 A;  3OYQ A;  3DV7 A;  1G53 A;  3IAI A;  5DSM A;  3F7U A;  1G4O A;  5CA2 A;  1IF5 A;  3B1B A;  4Q07 A;  1LG6 A;  1BNV A;  1Z9Y A;  2OSM A;  4PYX A;  1I9Q A;  5FNJ A;  5FDC A;  5E2N A;  2CAB A;  4QJX A;  2QO8 A;  5E2K A;  5DSO A;  2NWY A;  1TB0 X;  1HEB A;  5SZ0 A;  3KON A;  2HOC A;  2F14 A;  4XIW A;  2X7S A;  1YO2 A;  3P44 A;  3R16 A;  5J8Z A;  5A6H A;  4LHI A;  1IF7 A;  3S77 B;  3N2P A;  5DOG A;  1RZB A;  5FLO A;  4KV0 A;  4XIX A;  3RYJ B;  3MZC A;  1CNW A;  1CVC A;  3D92 A;  3MHI A;  3ML2 A;  1ZFK A;  3OYS A;  2CBA A;  3MHL A;  3F7B A;  3N3J A;  3S73 B;  3T82 A;  1CVD A;  3OKV A;  4YYT A;  3S72 B;  3BL1 A;  3HKN A;  1JV0 A;  4FIK A;  3MMF A;  4RH2 A;  1G52 A;  4ZWY A;  5FNL A;  3DC9 A;  1G48 A;  4GL1 X;  4Q8X A;  1CRA A;  5DSR A;  3V3F A;  1CIM A;  2HL4 A;  3W6I A;  3NI5 A;  4Q81 A;  5FLP A;  5EOI A;  1G3Z A;  5JQT A;  4FL7 A;  4K0T A;  3Q31 A;  1BNM A;  4Q7W A;  4K1Q A;  3W6H A;  5FLR A;  3M2Z A;  3KWA A;  2CBE A;  3RZ0 B;  3IGP A;  5E5R A;  3U45 X;  4E3H A;  2W2J A;  4Q6D A;  1UGG A;  2NN7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4E3GA

Total Genus

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sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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