4E5Q | Genus

Total Genus 71

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	71
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__732651524827051__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__732651524827051__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4e5q/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__732651524827051__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"732651524827051","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4e5q/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__732651524827051__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03b525a0419d54da0d04fe/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03b525a0419d54da0d04fe/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03b525a0419d54da0d04fe/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03b525a0419d54da0d04fe/pdb.gz): 62 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Human carbonic anhydrase II-cyanate inhibitor complex: putting the debate to rest. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	71
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-03-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4e5qA00

1RZBA 1RZEA 1BN3A 4IDRX 3NJ9A 4Z1JA 4Q0LA 1JCZA 5LMDA 3PO6A 3JXGA 4QJPA 1LG6A 5E2KA 2ABEA 1BV3A 3MNKA 1G0FA 3IBNA 3U7CA 5EHWA 4KUWA 1G54A 4KNMA 4QK3A 1MOOA 3CAJA 1V9EA 2NNOA 3DCWA 1CZMA 4HT0A 2AW1A 5DSPA 1CAJA 1ZGEA 4RIUA 1YO2A 1Z9YA 3MYQA 3V7XA 2WEGA 3M3XA 4QEFA 3S97A 3RGEA 1KWQA 2NWZA 4MDMA 1CA2A 3IBUA 4ZWIA 1BN1A 5G01A 3T5UA 1RAZA 4WUQA 3N2PA 1CVHA 4KUYA 1KOQA 2QP6A 4R5BA 2ZNCA 2POWA 5DVXA 3ZP9A 3NI5A 3P55A 2CBAA 1XPZA 5FDCA 4ZAOA 2FMZA 2NMXA 1FLJA 2QOAA 1FR7A 3P5AA 2WEJA 1EOUA 12CAA 4YXOA 5CLUA 1CVCA 1YDDA 3M14A 3OY0A 4Q87A 5E2MA 2OSFA 2CBDA 4K0SA 4R59A 4Q9YA 2NXSA 4MTYA 3RJ7A 1CVEA 3KS3A 3V3FA 4Z1KA 3MNAA 4N16A 2NN7A 1CAZA 1KWRA 3TMJA 4K13A 4Q78A 3UYQA 5JGTB 1IF5A 4WW8A 3S75B 4M2UA 1CCSA 4X5SA 1UGGA 3HLJA 3K7KA 1CNJA 3M1JA 1CRMA 5JEHB 1CAMA 5SZ1A 5BRWA 3N0NA 4QSIA 1ZE8A 3M2ZA 4RUYA 5EKJA 1RJ5A 1CILA 1LZVA 3DCCA 3RZ7A 2FMGA 2NNGA 2X7TA 3S74B 4GL1X 5AMLA 1V9IC 4E3HA 3M98A 3KWAA 4MLTA 4JSWA 1RAYA 2Q1BA 4MDGA 4Q81A 1G0EA 1H4NA 1TG3A 2VVAX 4JSSA 3V3JA 1CIMA 1CNWA 2VVBX 5FNGA 5FNMA 3M1WA 5EKHA 3RYYA 3ZNCA 5IPZA 5BYIA 4QSAA 1IF8A 3IAIA 2WEOA 3D9ZA 4WW6A 1Z93A 1CINA 3F4XA 3MNHA 1UGDA 4Q49A 1AZMA 1Y7WA 1TEUX 3D93A 4FIKA 4COQA 5G03A 1RJ6A 4ILXA 4HEZA 3M1QA 1CNXA 4Q7SA 3T84A 1IF4A 3QYKA 1J9WA 4XZ5A 3RLDA 5AMGA 4YWPA 4YX4A 1AM6A 4XE1A 3FE4A 4JS6A 3TVNX 4IWZA 2FOVA 5FL4A 3KNEA 3MZCA 4PZHA 2FOUA 1BNVA 3N3JA 3R17B 4C3TA 1A42A 1G52A 4ZWZA 5JGSB 3U3AX 2FOSA 3S78B 3V3GB 1CNKA 5JQTA 3V3IB 2F14A 3MNUA 4BF6A 3SBIA 4QJ0A 1TG9A 5BRUA 2EZ7A 5SZ5A 4MO8A 1YO0A 5SZ6A 4QY3A 1I91A 1FQMA 1MUAA 3F8EA 4Q83A 5FLSA 5E2NA 1CAIA 5E28A 1DCAA 1ZFQA 3OIKA 3DV7A 3R16A 4LU3A 3BL1A 4Q06A 4QK1A 4K1QA 4CNVA 3MHOA 1BICA 1DMXA 3PJJA 1CVBA 4Q6DA 3RG4A 5FNIA 1OKMA 2WEHA 3BL0A 3S76A 3M2YA 3DVDA 5FLRA 3VBDA 4ITPA 1T9NA 1TE3X 4BCWA 4CACA 5DSKA 5BNLA 1CNCA 1OKLA 3ML5A 3OKUA 4Z0QA 1JV0A 1G48A 3SBHA 4MDLA 1HECA 1BN4A 3MDZA 1HUHA 3IEOA 5SZ7A 3D92A 4LHIA 2WD3A 5DRSA 1YO1A 1CRAA 1ZGFA 4K0TA 4FVOA 3UYNA 3P4VA 1FR4A 1G4JA 8CA2A 1THKA 3CA2A 2HOCA 5DOHA 3F7BA 1I9PA 1I9QA 5JDVB 1CNIA 3V3HB 4XIXA 3KOIA 3B1BA 3RZ5A 4M2RA 1KEQA 1IF9A 4HEYA 3HKQA 1BNNA 1BNTA 4TWLA 3MHMA 5DSRA 3M5TA 1TB0X 4DZ7A 3JXFA 3HFPA 3MNIA 4BF1A 3D8WA 2POVA 3M04A 3K34A 4YGNA 3HS4A 3MHIA 1I9OA 3DBUA 1Z97A 5EH7A 1BCDA 1CALA 5EHEA 2NWOA 3U47A 1I9LA 3V2JA 5FLTA 4LP6A 2Q1QA 4M2VA 4CNRA 9CA2A 4FL7A 4Q7VA 2GEHA 5EKMA 4YGJA 3S72B 4CNWA 4HT2A 1CAYA 4RUXA 4CA2A 5DOGA 3DCSA 3RYXB 3M2XA 4E9OX 1CAOA 3W6HA 4FVNA 1FQRA 4TWMA 4HU1A 3T82A 3CYUA 2NNVA 4QJXA 3DD0A 4Z1EA 2FW4A 2HKKA 5EOIA 4YYTA 3DVBA 1TTMA 1BNUA 4Q08A 5FNJA 3RYVB 3MHCA 5JG3B 3OIMA 2HNCA 1IF6A 1IF7A 3M5SA 3HKTA 4FRCA 4KAPA 4KP5A 4Q09A 4RIVA 1JD0A 1ZSBA 1G53A 4WR7A 3M1KA 3MHLA 5DSNA 1HVAA 3L14A 1UGCA 3BETA 3EFTA 3V5GA 4KNJA 1CNHA 5DSJA 4L5UA 4E3FA 2WD2A 3K2FA 2ILIA 1HCAA 1XEGA 3DAZA 1I9NA 3IGPA 3RG3A 3ML2A 1CANA 3RZ8A 4KP8A 1LUGA 4QIZA 1CA3A 1UGBA 5DSMA 1UGFA 3DA2A 4RFDA 2NNSA 2HL4A 4KNIA 5EHVA 2EU3A 2CBCA 1RZCA 1YDBA 2H15A 4Q6EA 7CA2A 1H9NA 3M5EA 5G0BA 3D0NA 1G1DA 1RZAA 2FNKA 5FNKA 1CCTA 1DCBA 1H9QA 1UGEA 2QO8A 3P44A 1CVDA 1ZNCA 5C8IA 4YGKA 3T83A 4QTLA 3S73B 5G0CA 4QIYA 4WUPA 3PYKA 4FPTA 4QJWA 1HUGA 1I9MA 3GZ0A 2CABA 1CNBA 2FNMA 3P5LA 4M2WA 4YHAA 4YXUA 5DSIA 3RYZA 4CQ0A 1ZSAA 4L5WA 1TEQX 4FU5A 3CZVA 3S71B 3P3HA 1TBTX 4PQ7A 5SZ3A 2X7SA 4XIWA 4YVYA 1FSQA 4ZWXA 5JESB 1FQLA 1BZMA 4JSZA 2NXRA 1LGDA 2AX2A 4KUVA 2W2JA 4PYYA 1CVAA 1DMYA 4E3GA 2NXTA 3DVCA 1OKNA 4JSAA 4Q99A 4K0ZA 5BRVA 3W6IA 1TH9A 1URTA 1CVFA 3KONA 3OYSA 4QJMA 5A25A 5J8ZA 4Q8ZA 3DC3A 4RN4A 1HEAA 6CA2A 4Q8YA 1I8ZA 5FLQA 3T5ZA 2FOYA 1FQNA 2CBEA 3IBLA 1CAHA 4WL4A 2HD6A 4HF3A 5EIJA 4G7AA 5FL6A 1HEDA 5SZ4A 1ZFKA 1OQ5A 2OSMA 3B4FA 4KNNA 2X7UA 3LXEA 1G45A 3DC9A 3S77B 4E4AA 3OILA 5A6HA 2HFWA 4Q07A 4E5QA 1YDCA 5HPJA 5EH5A 4ZX0A 1CCUA 4N0XB 1XQ0A 1UGAA 4YGFA 3DD8A 5EH8A 3T85A 1G4OA 3MWOA 1CAKA 5JQ0A 1G6VA 2Q38A 4MLXA 5E5UA 1BNWA 5E5RA 3TVOX 2POUA 2FNNA 4L5VA 4PYXA 4KV0A 5CA2A 3KKXA 5E2SA 5JEPB 4Y0JA 4ITOA 4E3DA 3V2MA 2NN1A 3OKVA 5JG5B 4CNXA 3S8XA 1F2WA 5FDIA 3S9TA 5FLPA 5FLOA 3SAPA 4HBAA 2FOQA 3M96A 3HKNA 5SZ2A 1G46A 4Q8XA 3RZ0B 3FFPX 1CNYA 5DSOA 1ZSCA 4RFCA 5E2RA 5L6KA 2CBBA 2O4ZA 5CACA 4R5AA 4YXIA 3RYJB 3EFIA 2IT4A 4QSJA 4QSBA 4XFWA 5FNLA 1LG5A 2EU2A 2GD8A 2NWYA 1FSNA 2NWPA 4G0CA 4HEWA 5DSLA 3M2NA 4ZX1A 3KOKA 5FL5A 4DZ9A 4RH2A 1KOPA 1I90A 1CNGA 3FW3A 1RZDA 4PXXA 4QK2A 2H4NA 3HKUA 3KLDB 3C7PA 5DSQA 1BNQA 1FSRA 5SZ0A 4Q7PA 3IBIA 3F7UA 3MMFA 3SAXA 3KIGA 3MNJA 3P3JA 4RUZA 3N4BA 1YDAA 1ZH9A 3U45X 3Q31A 3JXHC 4Z1NA 1G3ZA 4UOVA 3OYQA 4ZWYA 1AVNA 5FNHA 3M67A 4YGLA 5EZTX 5AMDA 5JEGB 4Q7WA 1BNMA 5CJFA 2CA2A 1HEBA 4E49A 3M40A 5L3OA 3P58A 3NB5A 4QJOA 4ETQC 3RZ1B 1HCBA 1XEVA 4Q90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RZB A;  1RZE A;  1BN3 A;  4IDR X;  3NJ9 A;  4Z1J A;  4Q0L A;  1JCZ A;  5LMD A;  3PO6 A;  3JXG A;  4QJP A;  1LG6 A;  5E2K A;  2ABE A;  1BV3 A;  3MNK A;  1G0F A;  3IBN A;  3U7C A;  5EHW A;  4KUW A;  1G54 A;  4KNM A;  4QK3 A;  1MOO A;  3CAJ A;  1V9E A;  2NNO A;  3DCW A;  1CZM A;  4HT0 A;  2AW1 A;  5DSP A;  1CAJ A;  1ZGE A;  4RIU A;  1YO2 A;  1Z9Y A;  3MYQ A;  3V7X A;  2WEG A;  3M3X A;  4QEF A;  3S97 A;  3RGE A;  1KWQ A;  2NWZ A;  4MDM A;  1CA2 A;  3IBU A;  4ZWI A;  1BN1 A;  5G01 A;  3T5U A;  1RAZ A;  4WUQ A;  3N2P A;  1CVH A;  4KUY A;  1KOQ A;  2QP6 A;  4R5B A;  2ZNC A;  2POW A;  5DVX A;  3ZP9 A;  3NI5 A;  3P55 A;  2CBA A;  1XPZ A;  5FDC A;  4ZAO A;  2FMZ A;  2NMX A;  1FLJ A;  2QOA A;  1FR7 A;  3P5A A;  2WEJ A;  1EOU A;  12CA A;  4YXO A;  5CLU A;  1CVC A;  1YDD A;  3M14 A;  3OY0 A;  4Q87 A;  5E2M A;  2OSF A;  2CBD A;  4K0S A;  4R59 A;  4Q9Y A;  2NXS A;  4MTY A;  3RJ7 A;  1CVE A;  3KS3 A;  3V3F A;  4Z1K A;  3MNA A;  4N16 A;  2NN7 A;  1CAZ A;  1KWR A;  3TMJ A;  4K13 A;  4Q78 A;  3UYQ A;  5JGT B;  1IF5 A;  4WW8 A;  3S75 B;  4M2U A;  1CCS A;  4X5S A;  1UGG A;  3HLJ A;  3K7K A;  1CNJ A;  3M1J A;  1CRM A;  5JEH B;  1CAM A;  5SZ1 A;  5BRW A;  3N0N A;  4QSI A;  1ZE8 A;  3M2Z A;  4RUY A;  5EKJ A;  1RJ5 A;  1CIL A;  1LZV A;  3DCC A;  3RZ7 A;  2FMG A;  2NNG A;  2X7T A;  3S74 B;  4GL1 X;  5AML A;  1V9I C;  4E3H A;  3M98 A;  3KWA A;  4MLT A;  4JSW A;  1RAY A;  2Q1B A;  4MDG A;  4Q81 A;  1G0E A;  1H4N A;  1TG3 A;  2VVA X;  4JSS A;  3V3J A;  1CIM A;  1CNW A;  2VVB X;  5FNG A;  5FNM A;  3M1W A;  5EKH A;  3RYY A;  3ZNC A;  5IPZ A;  5BYI A;  4QSA A;  1IF8 A;  3IAI A;  2WEO A;  3D9Z A;  4WW6 A;  1Z93 A;  1CIN A;  3F4X A;  3MNH A;  1UGD A;  4Q49 A;  1AZM A;  1Y7W A;  1TEU X;  3D93 A;  4FIK A;  4COQ A;  5G03 A;  1RJ6 A;  4ILX A;  4HEZ A;  3M1Q A;  1CNX A;  4Q7S A;  3T84 A;  1IF4 A;  3QYK A;  1J9W A;  4XZ5 A;  3RLD A;  5AMG A;  4YWP A;  4YX4 A;  1AM6 A;  4XE1 A;  3FE4 A;  4JS6 A;  3TVN X;  4IWZ A;  2FOV A;  5FL4 A;  3KNE A;  3MZC A;  4PZH A;  2FOU A;  1BNV A;  3N3J A;  3R17 B;  4C3T A;  1A42 A;  1G52 A;  4ZWZ A;  5JGS B;  3U3A X;  2FOS A;  3S78 B;  3V3G B;  1CNK A;  5JQT A;  3V3I B;  2F14 A;  3MNU A;  4BF6 A;  3SBI A;  4QJ0 A;  1TG9 A;  5BRU A;  2EZ7 A;  5SZ5 A;  4MO8 A;  1YO0 A;  5SZ6 A;  4QY3 A;  1I91 A;  1FQM A;  1MUA A;  3F8E A;  4Q83 A;  5FLS A;  5E2N A;  1CAI A;  5E28 A;  1DCA A;  1ZFQ A;  3OIK A;  3DV7 A;  3R16 A;  4LU3 A;  3BL1 A;  4Q06 A;  4QK1 A;  4K1Q A;  4CNV A;  3MHO A;  1BIC A;  1DMX A;  3PJJ A;  1CVB A;  4Q6D A;  3RG4 A;  5FNI A;  1OKM A;  2WEH A;  3BL0 A;  3S76 A;  3M2Y A;  3DVD A;  5FLR A;  3VBD A;  4ITP A;  1T9N A;  1TE3 X;  4BCW A;  4CAC A;  5DSK A;  5BNL A;  1CNC A;  1OKL A;  3ML5 A;  3OKU A;  4Z0Q A;  1JV0 A;  1G48 A;  3SBH A;  4MDL A;  1HEC A;  1BN4 A;  3MDZ A;  1HUH A;  3IEO A;  5SZ7 A;  3D92 A;  4LHI A;  2WD3 A;  5DRS A;  1YO1 A;  1CRA A;  1ZGF A;  4K0T A;  4FVO A;  3UYN A;  3P4V A;  1FR4 A;  1G4J A;  8CA2 A;  1THK A;  3CA2 A;  2HOC A;  5DOH A;  3F7B A;  1I9P A;  1I9Q A;  5JDV B;  1CNI A;  3V3H B;  4XIX A;  3KOI A;  3B1B A;  3RZ5 A;  4M2R A;  1KEQ A;  1IF9 A;  4HEY A; 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4E5QA

Total Genus

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Chain Sequence

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