4FPT | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__437551287579114__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__437551287579114__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4fpt/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__437551287579114__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"437551287579114","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4fpt/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__437551287579114__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d000c4a43e90330224fe61a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d000c4a43e90330224fe61a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d000c4a43e90330224fe61a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d000c4a43e90330224fe61a/pdb.gz): 2689 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	High resolution crystal structures of Carbonic Anhydrase II in complex with novel sulfamide binders rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	78
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4fptA00

3M04A 5FLPA 5DRSA 4MTYA 3T5ZA 1UGEA 3S71B 4KV0A 5CJFA 4QK2A 1CNCA 3V3JA 4M2VA 2OSFA 5JQ0A 4QJMA 1BN4A 1CNIA 3NI5A 4TWLA 1AM6A 4CACA 1BN3A 4E3GA 1CCTA 4E3DA 1I9PA 1YO0A 2WEGA 4YGJA 1F2WA 3VBDA 1KWQA 5FDIA 3OKUA 1ZE8A 1I91A 5JESB 1IF5A 1UGGA 3KONA 3K34A 1CVEA 4YX4A 4E4AA 2QOAA 5BRVA 3MNHA 3M1QA 1UGCA 3M2YA 3EFTA 2H4NA 1G0EA 1IF7A 4ILXA 5FNMA 3RYJB 4HT0A 3T82A 1HEAA 1Z97A 3M67A 1RZBA 1CNGA 1CNBA 3HKQA 4HEZA 1UGDA 4JS6A 3RG4A 3DCCA 2OSMA 4TWMA 4WW8A 3MNJA 5SZ7A 3ZNCA 2CBAA 3B1BA 2NXRA 3F7UA 5DSKA 3KLDB 4Z1EA 4DZ9A 1CAZA 4ZX1A 2FOUA 3FE4A 4M2WA 4Q49A 1THKA 3HKTA 5EHEA 4E49A 1JCZA 2AW1A 4FVOA 3SBIA 3W6HA 3DV7A 4COQA 4Y0JA 5JG5B 5JDVB 3RLDA 1MOOA 4K0ZA 3W6IA 4HU1A 4Z1NA 1BICA 4FU5A 3EFIA 4XE1A 2HFWA 5DVXA 1CVDA 1I9MA 3PO6A 5FNLA 2NWPA 3MHMA 2GD8A 4MDGA 5EH5A 4QEFA 3D93A 1TEQX 4K0SA 4Q7SA 3M40A 5G03A 4QSJA 3HKNA 3MHCA 4UOVA 4Q8ZA 1DMXA 3DVBA 4WL4A 3P5AA 3RZ0B 4Q6DA 3HS4A 1BZMA 1G46A 2POVA 4YGKA 2NMXA 5DSRA 3M5TA 3MHLA 3CAJA 1FR4A 3P58A 3ZP9A 4QSIA 4RN4A 5FL5A 1LG6A 5BYIA 4QJWA 3P5LA 4E5QA 4Q08A 5FNHA 4Z0QA 3OILA 3MYQA 5JGSB 1FSNA 1RZDA 3TMJA 3IAIA 1CNYA 4K0TA 4Q87A 4ITPA 4Q09A 1J9WA 5E28A 4MLTA 4G0CA 4Q6EA 3V2MA 1G52A 4QJ0A 5FLTA 3RYYA 4YXOA 1CVAA 3C7PA 5E5RA 3SBHA 1RAYA 4LU3A 4CNWA 4QIYA 1XQ0A 2CBDA 3TVNX 1G6VA 2H15A 3CA2A 1V9EA 5A25A 3PJJA 2EU2A 1G1DA 1OKLA 3M5EA 3T85A 2WD3A 3D0NA 3GZ0A 3MNKA 4ZWYA 2QO8A 3L14A 3DVDA 1CRMA 2WEHA 1Z9YA 1CA2A 1FSQA 4ZWXA 5DOHA 1RJ5A 1XEVA 1MUAA 4PZHA 4Q90A 4XFWA 1HVAA 1G4OA 8CA2A 5FLSA 4KNNA 3S77B 2EZ7A 5G0CA 1BNMA 1CALA 1H9QA 2HD6A 3HKUA 3N3JA 5JEHB 4JSSA 3QYKA 1OQ5A 3M98A 4L5UA 5DSIA 5FLRA 1YDAA 4QJXA 1ZFKA 2ABEA 4RUZA 12CAA 1CNXA 3IBUA 5FDCA 4QK3A 5DOGA 4IWZA 1BN1A 2CBEA 4FL7A 4CQ0A 1ZGFA 5EOIA 5FL6A 2F14A 4E3FA 2WEJA 4RIVA 5E2RA 4G7AA 2IT4A 1BNNA 3OYSA 1H9NA 9CA2A 3OY0A 1CVHA 2FNKA 5J8ZA 3P3JA 4JSZA 1ZFQA 3RYXB 1ZSBA 4MO8A 4HEYA 1OKNA 1YO2A 2O4ZA 4BF1A 1IF9A 2AX2A 5E5UA 1G4JA 5DSNA 5JG3B 4E3HA 3P44A 1CAYA 2NNGA 5BRWA 2QP6A 1KOQA 4WUQA 5DSJA 3BL0A 3U45X 3RZ1B 3V2JA 4DZ7A 5BNLA 4GL1X 1KEQA 4Q9YA 2FNMA 3RZ8A 4Q78A 1T9NA 3P55A 1UGBA 5SZ5A 5DSOA 1KOPA 4N0XB 1CAIA 3RYZA 3S8XA 4YXIA 3S73B 4ZAOA 1Z93A 4Q07A 4Z1JA 1ZSCA 4MDMA 2NWZA 3MNUA 4HF3A 4PYYA 1ZGEA 4K13A 3S74B 4Q83A 5A6HA 1HCAA 4Q8YA 4KNIA 4M2RA 5HPJA 1CCUA 1V9IC 4YGNA 1UGAA 1LG5A 3T5UA 5JGTB 4KUVA 5DSQA 3UYNA 5FNKA 3MDZA 5IPZA 3MNIA 4Q7WA 2HL4A 5JEGB 4QSAA 1HEBA 3U7CA 4KNJA 1CILA 2FOQA 3RGEA 2Q38A 2W2JA 5E2KA 4YVYA 1CNHA 1G3ZA 4MDLA 1CINA 2FMGA 2FOVA 1RZEA 3JXGA 3RYVB 5CA2A 1A42A 3U3AX 3R17B 4BF6A 5FNJA 1IF4A 3NJ9A 4QJPA 5E2MA 1BNQA 3P3HA 2CBBA 4KAPA 4RFCA 3M1WA 1CNWA 3M2XA 3K2FA 5FNIA 3DVCA 4JSAA 1CCSA 4HT2A 1FSRA 1YDCA 5EH7A 4CNVA 1I9NA 2NXTA 1CVFA 3Q31A 4KNMA 4CNRA 4FRCA 3KOIA 4Q8XA 1RAZA 4HBAA 5G01A 4KP5A 4CNXA 1BCDA 1LZVA 1TEUX 1TB0X 1ZNCA 2ILIA 1YO1A 3S75B 5JQTA 3M3XA 4N16A 2FW4A 3M2ZA 5JEPB 2X7SA 3KNEA 3M1JA 3PYKA 6CA2A 3M96A 3KWAA 4R5BA 3S9TA 4YWPA 2X7TA 4XIXA 4KUYA 4QTLA 1G54A 2ZNCA 3HLJA 1CZMA 5AMLA 2NNVA 3N4BA 4YXUA 3DCWA 2NNOA 1CVBA 3B4FA 1HECA 4BCWA 4RH2A 3D8WA 4ZWIA 2Q1QA 4HEWA 3RZ7A 3MHOA 5SZ3A 2VVAX 2Q1BA 1I9OA 4Q7PA 1TG9A 1RJ6A 2NN1A 3NB5A 3MZCA 5FLOA 4KUWA 1IF8A 4RFDA 1I90A 2NN7A 4RIUA 3CYUA 3N2PA 3IGPA 4RUXA 1CIMA 2HOCA 3D9ZA 4XIWA 3RJ7A 3OYQA 1FQNA 3IEOA 2GEHA 3FW3A 3M5SA 4R59A 4WUPA 2WEOA 4ETQC 3JXHC 4PYXA 4YYTA 3UYQA 1OKMA 1TE3X 1URTA 5FLQA 3V3IB 1ZH9A 3DCSA 1HCBA 2CABA 3ML2A 4LHIA 1BNWA 1CAJA 2EU3A 3FFPX 4C3TA 3RG3A 1UGFA 4YHAA 3KIGA 4RUYA 1RZAA 2HKKA 3JXFA 3KKXA 3T83A 4XZ5A 1DCBA 3D92A 5SZ1A 1AVNA 1Y7WA 4WW6A 1I9QA 5FL4A 3DD8A 5G0BA 3IBNA 1CANA 2CA2A 1JD0A 4Q81A 3F8EA 3N0NA 4X5SA 5SZ4A 5DSPA 5DSLA 2POWA 4L5WA 4YGLA 3R16A 3T84A 5EHVA 3DA2A 2WD2A 3MMFA 1BNTA 3LXEA 1CNJA 2NNSA 3F4XA 4M2UA 3IBIA 5EKHA 2HNCA 1CAHA 3MNAA 3DC9A 1CAKA 4QIZA 3V5GA 4ZWZA 1G45A 5EKJA 1LGDA 2FNNA 5EIJA 3V3GB 4LP6A 1XEGA 3U47A 3P4VA 1YDBA 3OKVA 2VVBX 1CVCA 1TBTX 2NWYA 4FPTA 1EOUA 3TVOX 3BL1A 4L5VA 3S97A 5EHWA 1DCAA 1FLJA 1TH9A 5FNGA 3HFPA 2NXSA 3DAZA 3DBUA 1ZSAA 2CBCA 5DSMA 5BRUA 3M2NA 1BNVA 4PQ7A 3DD0A 2FOSA 1BV3A 3KOKA 3MWOA 4KP8A 5L6KA 4QY3A 2FMZA 1I8ZA 1HUGA 1CAOA 1CA3A 3K7KA 4FVNA 7CA2A 4E9OX 4Q0LA 4MLXA 4QSBA 3RZ5A 3S78B 3SAPA 5LMDA 5EH8A 5SZ0A 3M14A 1LUGA 3M1KA 4JSWA 5CLUA 1G48A 1XPZA 1TG3A 1KWRA 4PXXA 4R5AA 1DMYA 1TTMA 3OIMA 1I9LA 1FR7A 2NWOA 1HEDA 1FQRA 4WR7A 1CNKA 4YGFA 3CZVA 1JV0A 4ITOA 4Q7VA 1HUHA 2POUA 3ML5A 1FQLA 4Q06A 3KS3A 5E2NA 3MHIA 4FIKA 3S72B 1RZCA 5SZ2A 5SZ6A 1AZMA 5C8IA 3V7XA 3BETA 3DC3A 5L3OA 5EZTX 3OIKA 2FOYA 4ZX0A 3V3HB 1CRAA 5CACA 3IBLA 5AMGA 3F7BA 4IDRX 4CA2A 4Z1KA 1IF6A 1H4NA 1BNUA 3S76A 1G53A 1YDDA 4Q99A 5EKMA 3SAXA 1CAMA 2X7UA 5E2SA 1G0FA 4QJOA 4K1QA 3V3FA 4QK1A 5AMDA 1FQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M04 A;  5FLP A;  5DRS A;  4MTY A;  3T5Z A;  1UGE A;  3S71 B;  4KV0 A;  5CJF A;  4QK2 A;  1CNC A;  3V3J A;  4M2V A;  2OSF A;  5JQ0 A;  4QJM A;  1BN4 A;  1CNI A;  3NI5 A;  4TWL A;  1AM6 A;  4CAC A;  1BN3 A;  4E3G A;  1CCT A;  4E3D A;  1I9P A;  1YO0 A;  2WEG A;  4YGJ A;  1F2W A;  3VBD A;  1KWQ A;  5FDI A;  3OKU A;  1ZE8 A;  1I91 A;  5JES B;  1IF5 A;  1UGG A;  3KON A;  3K34 A;  1CVE A;  4YX4 A;  4E4A A;  2QOA A;  5BRV A;  3MNH A;  3M1Q A;  1UGC A;  3M2Y A;  3EFT A;  2H4N A;  1G0E A;  1IF7 A;  4ILX A;  5FNM A;  3RYJ B;  4HT0 A;  3T82 A;  1HEA A;  1Z97 A;  3M67 A;  1RZB A;  1CNG A;  1CNB A;  3HKQ A;  4HEZ A;  1UGD A;  4JS6 A;  3RG4 A;  3DCC A;  2OSM A;  4TWM A;  4WW8 A;  3MNJ A;  5SZ7 A;  3ZNC A;  2CBA A;  3B1B A;  2NXR A;  3F7U A;  5DSK A;  3KLD B;  4Z1E A;  4DZ9 A;  1CAZ A;  4ZX1 A;  2FOU A;  3FE4 A;  4M2W A;  4Q49 A;  1THK A;  3HKT A;  5EHE A;  4E49 A;  1JCZ A;  2AW1 A;  4FVO A;  3SBI A;  3W6H A;  3DV7 A;  4COQ A;  4Y0J A;  5JG5 B;  5JDV B;  3RLD A;  1MOO A;  4K0Z A;  3W6I A;  4HU1 A;  4Z1N A;  1BIC A;  4FU5 A;  3EFI A;  4XE1 A;  2HFW A;  5DVX A;  1CVD A;  1I9M A;  3PO6 A;  5FNL A;  2NWP A;  3MHM A;  2GD8 A;  4MDG A;  5EH5 A;  4QEF A;  3D93 A;  1TEQ X;  4K0S A;  4Q7S A;  3M40 A;  5G03 A;  4QSJ A;  3HKN A;  3MHC A;  4UOV A;  4Q8Z A;  1DMX A;  3DVB A;  4WL4 A;  3P5A A;  3RZ0 B;  4Q6D A;  3HS4 A;  1BZM A;  1G46 A;  2POV A;  4YGK A;  2NMX A;  5DSR A;  3M5T A;  3MHL A;  3CAJ A;  1FR4 A;  3P58 A;  3ZP9 A;  4QSI A;  4RN4 A;  5FL5 A;  1LG6 A;  5BYI A;  4QJW A;  3P5L A;  4E5Q A;  4Q08 A;  5FNH A;  4Z0Q A;  3OIL A;  3MYQ A;  5JGS B;  1FSN A;  1RZD A;  3TMJ A;  3IAI A;  1CNY A;  4K0T A;  4Q87 A;  4ITP A;  4Q09 A;  1J9W A;  5E28 A;  4MLT A;  4G0C A;  4Q6E A;  3V2M A;  1G52 A;  4QJ0 A;  5FLT A;  3RYY A;  4YXO A;  1CVA A;  3C7P A;  5E5R A;  3SBH A;  1RAY A;  4LU3 A;  4CNW A;  4QIY A;  1XQ0 A;  2CBD A;  3TVN X;  1G6V A;  2H15 A;  3CA2 A;  1V9E A;  5A25 A;  3PJJ A;  2EU2 A;  1G1D A;  1OKL A;  3M5E A;  3T85 A;  2WD3 A;  3D0N A;  3GZ0 A;  3MNK A;  4ZWY A;  2QO8 A;  3L14 A;  3DVD A;  1CRM A;  2WEH A;  1Z9Y A;  1CA2 A;  1FSQ A;  4ZWX A;  5DOH A;  1RJ5 A;  1XEV A;  1MUA A;  4PZH A;  4Q90 A;  4XFW A;  1HVA A;  1G4O A;  8CA2 A;  5FLS A;  4KNN A;  3S77 B;  2EZ7 A;  5G0C A;  1BNM A;  1CAL A;  1H9Q A;  2HD6 A;  3HKU A;  3N3J A;  5JEH B;  4JSS A;  3QYK A;  1OQ5 A;  3M98 A;  4L5U A;  5DSI A;  5FLR A;  1YDA A;  4QJX A;  1ZFK A;  2ABE A;  4RUZ A;  12CA A;  1CNX A;  3IBU A;  5FDC A;  4QK3 A;  5DOG A;  4IWZ A;  1BN1 A;  2CBE A;  4FL7 A;  4CQ0 A;  1ZGF A;  5EOI A;  5FL6 A;  2F14 A;  4E3F A;  2WEJ A;  4RIV A;  5E2R A;  4G7A A;  2IT4 A;  1BNN A;  3OYS A;  1H9N A;  9CA2 A;  3OY0 A;  1CVH A;  2FNK A;  5J8Z A;  3P3J A;  4JSZ A;  1ZFQ A;  3RYX B;  1ZSB A;  4MO8 A;  4HEY A;  1OKN A;  1YO2 A;  2O4Z A;  4BF1 A;  1IF9 A;  2AX2 A;  5E5U A;  1G4J A;  5DSN A;  5JG3 B;  4E3H A;  3P44 A;  1CAY A;  2NNG A;  5BRW A;  2QP6 A;  1KOQ A;  4WUQ A;  5DSJ A;  3BL0 A;  3U45 X;  3RZ1 B;  3V2J A;  4DZ7 A;  5BNL A;  4GL1 X;  1KEQ A;  4Q9Y A;  2FNM A;  3RZ8 A;  4Q78 A;  1T9N A;  3P55 A;  1UGB A;  5SZ5 A;  5DSO A;  1KOP A;  4N0X B; 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4FPTA

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Chain Sequence

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