4G7AA

The crystal structure of an alpha carbonic anhydrase from the extremophilic bacterium sulfurihydrogenibium yellowstonense yo3aop1
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
Knots found
sequence length
224
structure length
224
Chain Sequence
EWSYEGEKGPEHWAQLKPEFFWCKLKNQSPINIDKKYKVKANLPKLNLYYKTAKESEVVNNGHTIQINIKEDNTLNYLGEKYQLKQFHFHTPSEHTIEKKSYPLEIHFVHKTEDGKILVVGVMAKLGKTNKELDKILNVAPAEEGEKILDKNLNLNNLIPKDKRYMTYSGSLTTPPCTEGVRWIVLKKPISISKQQLEKLKSVMVNPNNRPVQEINSRWIIEGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of the first `extremo-{alpha}-carbonic anhydrase', a dimeric enzyme from the thermophilic bacterium Sulfurihydrogenibium yellowstonense YO3AOP1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Sulfurihydrogenibium sp. yo3aop1
molecule keywords Carbonate dehydratase
total genus 61
structure length 224
sequence length 224
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 2012-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 4g7aA00
1ZFQA 4RN4A 4YXIA 3GZ0A 5DSLA 3M98A 4MDMA 4Q8ZA 3V7XA 2OSFA 3SAXA 3TMJA 1G46A 4QJWA 3IEOA 1CNJA 1G4JA 3IBIA 2WEGA 2FNNA 3OKUA 1FSQA 2HNCA 3T82A 1TE3X 3M96A 4HU1A 5C8IA 9CA2A 4KUVA 1G4OA 3F4XA 4E4AA 1KEQA 4XIWA 4FVNA 2ILIA 3S74B 5G0CA 2FOUA 3KS3A 3MHOA 3MHIA 5DSNA 3S78B 3BL0A 3NJ9A 3DVDA 3RG4A 2HOCA 1KWRA 1XEVA 3V3IB 5FDIA 5JDVB 3HKUA 5DSIA 3MHCA 3ML2A 4CNRA 3K7KA 4QJ0A 3ML5A 1BN4A 2H15A 5G0BA 4M2UA 1CAYA 3CA2A 1BNWA 5FNLA 3CZVA 3IAIA 4L5UA 3ZP9A 4C3TA 4MLTA 3JXGA 1ZFKA 1CAOA 3V5GA 4M2WA 3SBHA 4RIUA 5JEPB 3DA2A 4Z0QA 4Q07A 3K34A 1CRAA 4QTLA 3W6IA 4ZWZA 1HCAA 3M2ZA 3V3FA 4HEWA 2FNMA 4YGKA 4N16A 2NXSA 1LG6A 3MYQA 2HL4A 5EIJA 4JS6A 5FNKA 4Q0LA 5FNIA 3DBUA 3RZ8A 4YXOA 3IGPA 3HKNA 1A42A 4WW8A 5DSPA 3RYXB 3MNUA 2NXTA 3DC3A 5E2KA 1UGAA 4Z1NA 4KAPA 4K13A 5EKMA 1CNKA 5AMDA 3DCWA 1I90A 4E3FA 1XQ0A 4Z1KA 1CAKA 1KWQA 4RUXA 2VVAX 4Q06A 1XPZA 4YWPA 2X7UA 1CNXA 4QIZA 3KKXA 5E28A 4WUPA 4RH2A 4K0TA 3S71B 1MUAA 4KV0A 4BF1A 2CBEA 1RZDA 1CCTA 1ZGEA 6CA2A 1KOPA 3KONA 4YXUA 3RG3A 4RFCA 1ZSBA 1G0FA 1V9EA 4MLXA 3DC9A 4K0SA 4KP8A 3NB5A 2CBCA 1FQMA 3EFTA 3D9ZA 4WW6A 1CZMA 4XE1A 3D93A 1H4NA 4KUYA 3PO6A 4BF6A 3OY0A 3P4VA 3MNHA 3HKQA 3W6HA 3QYKA 2NMXA 5FL5A 1CVAA 5EHVA 4Q6EA 3KNEA 5CJFA 1TBTX 4XIXA 3M1WA 4L5VA 5DOHA 5FL4A 1BV3A 4CNWA 1BN1A 1ZSAA 3MDZA 2POUA 4FIKA 3CAJA 1CVFA 2FOYA 2FOQA 1ZSCA 3KIGA 3OYQA 4HEYA 3S77B 3T84A 1CVHA 1CANA 1DMYA 1UGDA 3DD8A 4FVOA 5IPZA 1JCZA 3MNIA 4R5BA 1CAJA 4XFWA 1OKMA 1FR4A 1I9OA 4COQA 3OILA 4DZ7A 3V2JA 1G52A 3S9TA 5L3OA 4IWZA 1BNQA 3M5SA 3M5TA 5G03A 1RJ6A 1YDDA 1CVEA 2CBDA 4IDRX 4Q90A 5SZ4A 3S97A 1RZCA 3KLDB 1OQ5A 5SZ6A 1MOOA 3SBIA 2CBAA 3U7CA 3OKVA 3V3HB 1IF5A 5FL6A 1G54A 5EH8A 5SZ0A 1RZEA 1YO2A 4G0CA 3S75B 3RZ7A 4QSBA 1CIMA 1FQRA 4Q7SA 4QSJA 4YVYA 2NWYA 1IF4A 4JSZA 1FQLA 5JGTB 4ITPA 2IT4A 1FQNA 3DVCA 4HF3A 1UGBA 2X7SA 3T85A 5JQ0A 5A25A 1OKLA 3SAPA 2NNSA 2WEJA 1I9QA 2QP6A 4ILXA 4KNIA 1BNMA 5EHWA 4E9OX 4QK2A 5E2NA 1CA2A 3BETA 3B4FA 3LXEA 3RZ0B 3F7UA 1EOUA 3P5AA 1AVNA 1FLJA 4KP5A 3DV7A 3MHMA 4FU5A 4Q08A 5FLTA 5CLUA 4MDGA 1V9IC 2F14A 5JG3B 12CAA 1HEDA 1AM6A 1HUHA 4JSWA 1IF6A 4Z1EA 3RZ5A 3F7BA 3V2MA 4GL1X 3IBLA 5SZ7A 3M1JA 4Y0JA 1ZE8A 3OYSA 5AMLA 5JEHB 1ZH9A 3F8EA 1I91A 3N4BA 5E2RA 3NI5A 5FNMA 5E2SA 2POVA 4YGFA 3RYVB 1Y7WA 3HS4A 3RZ1B 5EZTX 3OIKA 4HBAA 2NWZA 1KOQA 3TVOX 1CNYA 5JQTA 3IBNA 3BL1A 1G48A 1CRMA 5FDCA 2CA2A 4CQ0A 1I9NA 3CYUA 5E5RA 1H9NA 2NWPA 1BCDA 1Z9YA 4Q09A 4R59A 3MHLA 3V3JA 3N2PA 5A6HA 5DSOA 2EU3A 4KUWA 7CA2A 2HD6A 4KNJA 5EKJA 1LUGA 4CNXA 1UGEA 3MNKA 4YGNA 2NNGA 3DVBA 1CCUA 3MMFA 4RIVA 3M2XA 1CNBA 1UGGA 4QSIA 2NXRA 2AX2A 3VBDA 1RZAA 3P44A 4LP6A 3P3HA 3UYQA 1ZGFA 1URTA 1YO0A 4R5AA 2NNOA 1DCAA 5LMDA 3DAZA 3Q31A 5DSJA 4HT2A 1CNHA 4K1QA 3DCSA 1I8ZA 1HEAA 4TWMA 4Q7WA 1I9LA 5DSQA 1CVCA 2WEHA 1JD0A 4Q83A 3V3GB 1CNGA 3M67A 1CA3A 4FPTA 1RAZA 3KOKA 4E3HA 1IF7A 5DSRA 4DZ9A 1BICA 4QSAA 1TH9A 4Q7PA 4YHAA 5SZ3A 3B1BA 3T5ZA 3DCCA 1TTMA 3HKTA 4E3GA 5J8ZA 3ZNCA 3FW3A 1G1DA 2HKKA 3TVNX 2Q1BA 3RLDA 1G45A 4QJMA 4Q87A 3RYJB 3U3AX 1CAMA 2NN7A 3R17B 4Q81A 4YYTA 5BNLA 5HPJA 4PYXA 4L5WA 1HEBA 3M40A 4QJXA 3N3JA 3T83A 1RZBA 1YDAA 2FNKA 5EH5A 4Q49A 1TEQX 2FMZA 4QK1A 4M2RA 1HVAA 1DCBA 3M2YA 3HFPA 3M5EA 3P55A 5CA2A 4CNVA 1TG9A 5BRVA 2Q38A 3S76A 1G3ZA 3MWOA 2WD3A 3D92A 3JXFA 1G6VA 1CAHA 3RGEA 3EFIA 3S72B 2FMGA 5SZ1A 2QO8A 5FNGA 1RJ5A 5FNJA 3UYNA 1XEGA 2EZ7A 4UOVA 5G01A 3D8WA 4RUZA 1CNWA 3D0NA 5JG5B 4WUQA 4QY3A 5FLRA 1FSRA 1CVBA 5L6KA 4Q6DA 2O4ZA 4PQ7A 4QIYA 3U47A 3U45X 1CAIA 1I9MA 5EOIA 2ZNCA 2ABEA 3P5LA 1UGCA 3K2FA 2OSMA 4K0ZA 1HCBA 2FOSA 4ETQC 4ZX0A 1HUGA 2FW4A 3RJ7A 4FRCA 1BNVA 1ZNCA 4ZWXA 1THKA 2NN1A 3S73B 1G53A 8CA2A 3P3JA 5DOGA 4MDLA 3IBUA 5SZ2A 1JV0A 3N0NA 1F2WA 3RYYA 1AZMA 4YX4A 4PXXA 5BRWA 5E2MA 1BNTA 3M1KA 1T9NA 3MNJA 3M2NA 4Q7VA 1FSNA 1BN3A 2GD8A 4KNMA 3OIMA 5DSKA 4CACA 4X5SA 4TWLA 5E5UA 3FFPX 4JSAA 5JESB 1CILA 1CVDA 3DD0A 4Q8XA 3M04A 3T5UA 2CBBA 1CNCA 2NWOA 2WD2A 1YO1A 1FR7A 1BNNA 2NNVA 5JGSB 1Z93A 1TEUX 2W2JA 5FLQA 1CCSA 5DVXA 3JXHC 2EU2A 2X7TA 3HLJA 1HECA 1I9PA 5EHEA 4E5QA 2POWA 4WL4A 3C7PA 5AMGA 3MNAA 1UGFA 5CACA 5SZ5A 5FLOA 5BRUA 1DMXA 1IF8A 4RFDA 4M2VA 4BCWA 5DRSA 2HFWA 2QOAA 4QJPA 4ITOA 4HEZA 1BZMA 1LG5A 4FL7A 4ZAOA 1YDBA 2CABA 4LU3A 1H9QA 3R16A 1TG3A 5EKHA 4Q8YA 4RUYA 2Q1QA 4KNNA 5FLPA 4E3DA 1CINA 3PYKA 4N0XB 4ZWYA 1RAYA 3P58A 4ZWIA 2WEOA 3MZCA 4YGJA 1CAZA 4QEFA 4MTYA 1CNIA 5BYIA 1YDCA 2VVBX 4HT0A 2H4NA 2AW1A 4PZHA 1IF9A 1J9WA 3KOIA 2GEHA 1TB0X 4LHIA 2FOVA 5JEGB 3M3XA 4ZX1A 3RYZA 3M14A 4MO8A 4QJOA 4Q99A 1CALA 3KWAA 4Q9YA 1LGDA 3PJJA 4E49A 4QK3A 4XZ5A 5DSMA 3S8XA 5FLSA 5EH7A 4G7AA 4WR7A 1LZVA 4CA2A 5FNHA 3M1QA 4JSSA 4Z1JA 1OKNA 1BNUA 4PYYA 4YGLA 1Z97A 3FE4A 4Q78A 1G0EA 3L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZFQ A;  4RN4 A;  4YXI A;  3GZ0 A;  5DSL A;  3M98 A;  4MDM A;  4Q8Z A;  3V7X A;  2OSF A;  3SAX A;  3TMJ A;  1G46 A;  4QJW A;  3IEO A;  1CNJ A;  1G4J A;  3IBI A;  2WEG A;  2FNN A;  3OKU A;  1FSQ A;  2HNC A;  3T82 A;  1TE3 X;  3M96 A;  4HU1 A;  5C8I A;  9CA2 A;  4KUV A;  1G4O A;  3F4X A;  4E4A A;  1KEQ A;  4XIW A;  4FVN A;  2ILI A;  3S74 B;  5G0C A;  2FOU A;  3KS3 A;  3MHO A;  3MHI A;  5DSN A;  3S78 B;  3BL0 A;  3NJ9 A;  3DVD A;  3RG4 A;  2HOC A;  1KWR A;  1XEV A;  3V3I B;  5FDI A;  5JDV B;  3HKU A;  5DSI A;  3MHC A;  3ML2 A;  4CNR A;  3K7K A;  4QJ0 A;  3ML5 A;  1BN4 A;  2H15 A;  5G0B A;  4M2U A;  1CAY A;  3CA2 A;  1BNW A;  5FNL A;  3CZV A;  3IAI A;  4L5U A;  3ZP9 A;  4C3T A;  4MLT A;  3JXG A;  1ZFK A;  1CAO A;  3V5G A;  4M2W A;  3SBH A;  4RIU A;  5JEP B;  3DA2 A;  4Z0Q A;  4Q07 A;  3K34 A;  1CRA A;  4QTL A;  3W6I A;  4ZWZ A;  1HCA A;  3M2Z A;  3V3F A;  4HEW A;  2FNM A;  4YGK A;  4N16 A;  2NXS A;  1LG6 A;  3MYQ A;  2HL4 A;  5EIJ A;  4JS6 A;  5FNK A;  4Q0L A;  5FNI A;  3DBU A;  3RZ8 A;  4YXO A; 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