The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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Knots found |
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sequence length |
224
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structure length |
224
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Chain Sequence |
EWSYEGEKGPEHWAQLKPEFFWCKLKNQSPINIDKKYKVKANLPKLNLYYKTAKESEVVNNGHTIQINIKEDNTLNYLGEKYQLKQFHFHTPSEHTIEKKSYPLEIHFVHKTEDGKILVVGVMAKLGKTNKELDKILNVAPAEEGEKILDKNLNLNNLIPKDKRYMTYSGSLTTPPCTEGVRWIVLKKPISISKQQLEKLKSVMVNPNNRPVQEINSRWIIEGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of the first `extremo-{alpha}-carbonic anhydrase', a dimeric enzyme from the thermophilic bacterium Sulfurihydrogenibium yellowstonense YO3AOP1.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Sulfurihydrogenibium sp. yo3aop1
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| molecule keywords |
Carbonate dehydratase
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| total genus |
61
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| structure length |
224
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| sequence length |
224
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: S +31
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.1: Carbonic anhydrase. |
| pdb deposition date | 2012-07-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00194 | Carb_anhydrase | Eukaryotic-type carbonic anhydrase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Carbonic Anhydrase II | Alpha carbonic anhydrase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4QY3 A; 5JEG B; 4Q08 A; 3M1W A; 2VVA X; 3M14 A; 3V3G B; 4Q49 A; 3F4X A; 3TVN X; 1V9E A; 1CZM A; 5DOG A; 4C3T A; 4MDM A; 2NN1 A; 3RYJ B; 2WD3 A; 3L14 A; 2OSF A; 4FIK A; 3C7P A; 4X5S A; 1CAH A; 1ZGE A; 4Q7V A; 3S76 A; 5EH8 A; 4KNJ A; 3M2Z A; 3P5L A; 4RH2 A; 1CNK A; 3RYV B; 5FL4 A; 3T84 A; 4KUW A; 1LUG A; 1CAZ A; 3V5G A; 1TH9 A; 2QO8 A; 4QJX A; 4M2V A; 5JEP B; 5FLO A; 4ZX1 A; 4R5A A; 4Q07 A; 3T5U A; 4WR7 A; 5JQT A; 1RZB A; 1CAL A; 3F8E A; 5FLR A; 5FNH A; 1ZGF A; 4Z1K A; 1G48 A; 1HUG A; 1UGE A; 3MYQ A; 3RYX B; 2Q38 A; 4UOV A; 3M1J A; 1CA2 A; 2FNN A; 4KNM A; 5DSO A; 3RLD A; 4E3G A; 4RUZ A; 2ABE A; 4RFC A; 3M2Y A; 3MNH A; 4N0X B; 2NWZ A; 4HF3 A; 3IAI A; 1IF8 A; 5BYI A; 3IEO A; 3FW3 A; 4JSS A; 3MHO A; 4Q7S A; 2O4Z A; 4QEF A; 5G03 A; 3UYN A; 3P58 A; 4R5B A; 3F7U A; 4E3F A; 3TMJ A; 1FSR A; 4G0C A; 4KUV A; 3DD0 A; 3N2P A; 4YGL A; 5JEH B; 1BNN A; 3RG4 A; 4LHI A; 5FNJ A; 1G53 A; 4R59 A; 1BN1 A; 2NNG A; 3OKV A; 4YGK A; 1BIC A; 2EU3 A; 5CJF A; 2POU A; 1HEB A; 3EFT A; 4Q83 A; 1THK A; 4ZAO A; 4DZ7 A; 2NN7 A; 1DCB A; 3DV7 A; 1OKN A; 5JGT B; 5DSP A; 2EU2 A; 3U45 X; 4QJP A; 1YDC A; 3DD8 A; 3S73 B; 1EOU A; 1I8Z A; 1I9O A; 1BN3 A; 4RIV A; 4KP8 A; 4YXO A; 4FL7 A; 5EHV A; 5J8Z A; 4Z1N A; 1CAO A; 3KON A; 1H9N A; 2NWO A; 3PJJ A; 1ZFQ A; 4ZWZ A; 4CNR A; 5E2S A; 1TBT X; 1OKL A; 2H15 A; 2QP6 A; 3IBN A; 2F14 A; 4L5V A; 3VBD A; 4Q06 A; 3S74 B; 5JG3 B; 4RUX A; 1TG3 A; 1I9L A; 5BRW A; 4Z1E A; 1CAJ A; 3P5A A; 5EHE A; 2NXR A; 5E5U A; 2POW A; 3FFP X; 4Q7P A; 5FLQ A; 3M2X A; 5LMD A; 3IBL A; 3JXH C; 1CNY A; 5EKM A; 1MOO A; 1I91 A; 4CNW A; 5DSJ A; 1I9M A; 1CRA A; 4K0T A; 4JS6 A; 4E9O X; 5G0B A; 1CAI A; 2IT4 A; 4MDG A; 4QTL A; 1T9N A; 1JCZ A; 5FNG A; 4QSI A; 4G7A A; 2CA2 A; 2GEH A; 3DVB A; 3KKX A; 2NWY A; 3M5E A; 2NWP A; 1RZD A; 3S75 B; 1OKM A; 3N3J A; 3BL0 A; 3FE4 A; 3V3J A; 3RZ8 A; 4YXI A; 4Q81 A; 4YYT A; 2HD6 A; 4CNV A; 1CVE A; 2AX2 A; 2HL4 A; 2HOC A; 4WW8 A; 5DOH A; 4FRC A; 4KUY A; 4YGF A; 3P44 A; 4FPT A; 3DBU A; 1RJ5 A; 1BNV A; 4IDR X; 3BET A; 4RUY A; 5G01 A; 1CIN A; 4IWZ A; 4YXU A; 1RZA A; 4QJW A; 3RJ7 A; 3GZ0 A; 4HEZ A; 4ITO A; 2WEG A; 4JSA A; 4XIW A; 7CA2 A; 3RYY A; 3BL1 A; 4ZWX A; 2CBB A; 3S77 B; 4WW6 A; 3KNE A; 4PYX A; 5SZ7 A; 1TB0 X; 4YGJ A; 5EH5 A; 5A6H A; 1FSQ A; 1I9N A; 4JSZ A; 4YX4 A; 3KOI A; 1ZNC A; 5DSL A; 1BNM A; 4HBA A; 2WEO A; 3QYK A; 4HT2 A; 1JV0 A; 4RIU A; 5AML A; 1ZSB A; 4JSW A; 1KWR A; 2FMZ A; 4DZ9 A; 3S9T A; 1AVN A; 1G0E A; 4TWM A; 1CNH A; 3V3I B; 3V3F A; 5FL5 A; 1FSN A; 4BF1 A; 3S71 B; 5BNL A; 4MO8 A; 3DC3 A; 4M2W A; 4ILX A; 1YO0 A; 3RZ1 B; 4XIX A; 1TTM A; 3IBI A; 1BN4 A; 3HKU A; 1KOQ A; 5FDC A; 1CAY A; 4YVY A; 4PZH A; 1CAK A; 1G0F A; 1LGD A; 3M1K A; 5SZ3 A; 3EFI A; 1HVA A; 3B4F A; 1YDD A; 4KAP A; 3V7X A; 3HKQ A; 4Q8Y A; 3T5Z A; 3MDZ A; 3UYQ A; 5E2M A; 4QJM A; 4BF6 A; 1XPZ A; 4COQ A; 2NXS A; 1CVA A; 4HT0 A; 5DSM A; 2GD8 A; 3MHL A; 3M67 A; 1ZE8 A; 1FR4 A; 4Z1J A; 3S72 B; 1Z93 A; 5BRU A; 4KNN A; 1TE3 X; 3D8W A; 3KOK A; 3MNI A; 3B1B A; 1CNW A; 1DCA A; 3KWA A; 4E49 A; 3S78 B; 4WUP A; 4Q87 A; 1CNJ A; 1CNG A; 4K13 A; 1AM6 A; 4E4A A; 3OIM A; 4FVO A; 4Z0Q A; 1IF5 A; 3OY0 A; 5DSR A; 3U47 A; 2CBD A; 2NNV A; 3NJ9 A; 5EH7 A; 3MZC A; 3OIL A; 4QJO A; 1BNU A; 5E2R A; 5E5R A; 3M40 A; 3V2J A; 4MDL A; 1IF4 A; 3DAZ A; 5SZ1 A; 5CA2 A; 3NI5 A; 5EZT X; 3DCS A; 1IF7 A; 4ZWI A; 5FNI A; 5DSQ A; 5CAC A; 4QJ0 A; 3CAJ A; 3PO6 A; 5FLT A; 1UGA A; 2X7U A; 4ETQ C; 4Q78 A; 3MHC A; 3D9Z A; 1RAZ A; 1BCD A; 1H4N A; 1G45 A; 5EOI A; 5DSN A; 1KOP A; 12CA A; 3S8X A; 3MNU A; 4QSJ A; 3TVO X; 4RN4 A; 1FQN A; 3P55 A; 1OQ5 A; 1BNQ A; 4M2U A; 3RGE A; 9CA2 A; 4Q6E A; 1XEV A; 2CAB A; 1CVB A; 3D92 A; 1G46 A; 4Q90 A; 3V3H B; 1UGF A; 5EHW A; 1RZE A; 1ZH9 A; 4PQ7 A; 2WEH A; 3CA2 A; 3OKU A; 3SAP A; 1YDA A; 3V2M A; 5JDV B; 5L6K A; 4K0Z A; 4Q99 A; 1CCU A; 3HKN A; 1IF9 A; 3MWO A; 2POV A; 2NNS A; 2X7S A; 2AW1 A; 5C8I A; 4KV0 A; 1G4J A; 3N4B A; 1Z97 A; 4LP6 A; 3M3X A; 4Y0J A; 5SZ2 A; 3HS4 A; 3RG3 A; 3P3H A; 1HUH A; 1YDB A; 3MHM A; 3T82 A; 3U3A X; 1UGG A; 4L5W A; 1HEC A; 1CCS A; 4XFW A; 2NNO A; 1CIM A; 5FL6 A; 2W2J A; 2FOS A; 2X7T A; 4FU5 A; 5EKH A; 4YWP A; 4XZ5 A; 1FR7 A; 2Q1Q A; 4E3H A; 1MUA A; 1I90 A; 1RZC A; 1LG5 A; 3HLJ A; 3P4V A; 1HCB A; 3RZ0 B; 1DMX A; 3SBI A; 4E3D A; 5DVX A; 3MNK A; 1HED A; 1FQR A; 4MLX A; 5SZ5 A; 1CIL A; 1TEU X; 5L3O A; 5G0C A; 5AMD A; 2QOA A; 3K2F A; 1UGB A; 3IBU A; 3F7B A; 4PXX A; 2FOQ A; 1JD0 A; 1BV3 A; 5FLS A; 1LG6 A; 4RFD A; 1CA3 A; 1LZV A; 4Q9Y A; 3K34 A; 2HFW A; 3KS3 A; 3LXE A; 4Q8Z A; 4ZWY A; 2EZ7 A; 4QIY A; 4QIZ A; 3RZ7 A; 2CBE A; 2OSM A; 2ILI A; 4CA2 A; 4CAC A; 1CNI A; 1FQL A; 5SZ0 A; 1KEQ A; 4QK1 A; 1HEA A; 4GL1 X; 1RAY A; 5JG5 B; 1I9P A; 4QK3 A; 1G6V A; 4K0S A; 3MHI A; 1ZSC A; 4TWL A; 4HEW A; 3DA2 A; 1ZFK A; 3DVC A; 1CVC A; 5AMG A; 5A25 A; 5FLP A; 5EKJ A; 3OIK A; 5FNK A; 3RZ5 A; 4CNX A; 3MMF A; 4M2R A; 4HEY A; 1J9W A; 1AZM A; 4BCW A; 5BRV A; 1BNW A; 1TG9 A; 1BNT A; 5E28 A; 3ML2 A; 4PYY A; 1BZM A; 2FW4 A; 3KIG A; 3SAX A; 1ZSA A; 2FNM A; 4Q0L A; 2CBA A; 3DVD A; 4N16 A; 4KNI A; 1TEQ X; 1V9I C; 4QSA A; 3ZP9 A; 3JXG A; 2H4N A; 5DSK A; 1FLJ A; 1UGD A; 5SZ4 A; 1RJ6 A; 4ZX0 A; 1IF6 A; 1UGC A; 3W6I A; 1CAM A; 1CVD A; 5FNL A; 2VVB X; 1CVF A; 3HKT A; 3DC9 A; 3M1Q A; 3CZV A; 3JXF A; 4KP5 A; 3CYU A; 2FMG A; 1G4O A; 3SBH A; 2FOY A; 3M98 A; 3MNA A; 3U7C A; 5FNM A; 1H9Q A; 3W6H A; 1KWQ A; 2WEJ A; 2ZNC A; 2Q1B A; 4YGN A; 4ITP A; 3PYK A; 1G3Z A; 3P3J A; 5EIJ A; 4FVN A; 3M5T A; 3ML5 A; 4QK2 A; 5E2K A; 3D93 A; 1HCA A; 3HFP A; 1Y7W A; 1CCT A; 1YO1 A; 4CQ0 A; 3MNJ A; 4L5U A; 5SZ6 A; 2CBC A; 5JQ0 A; 8CA2 A; 1URT A; 1G54 A; 3RYZ A; 4Q8X A; 4Q6D A; 1CNB A; 1YO2 A; 2NXT A; 3R16 A; 5FDI A; 3T85 A; 1XQ0 A; 4LU3 A; 1CAN A; 3ZNC A; 2FOU A; 2HNC A; 3KLD B; 3NB5 A; 1CRM A; 3M2N A; 3IGP A; 4HU1 A; 1DMY A; 5CLU A; 4YHA A; 1CVH A; 4WL4 A; 6CA2 A; 5DRS A; 3DCC A; 3R17 B; 5E2N A; 5HPJ A; 1Z9Y A; 3M04 A; 3M96 A; 3OYQ A; 5DSI A; 1F2W A; 4WUQ A; 2FOV A; 4Q09 A; 3Q31 A; 3DCW A; 3T83 A; 3S97 A; 1A42 A; 2FNK A; 3M5S A; 4K1Q A; 3OYS A; 4QSB A; 1I9Q A; 5IPZ A; 2HKK A; 2WD2 A; 3D0N A; 1G52 A; 2NMX A; 4XE1 A; 3K7K A; 4E5Q A; 4MLT A; 5JGS B; 5JES B; 1FQM A; 1XEG A; 4Q7W A; 1CNC A; 1G1D A; 1CNX A; 4MTY A; 3N0N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4QY3 A; 5JEG B; 4Q08 A; 3M1W A; 2VVA X; 3M14 A; 3V3G B; 4Q49 A; 3F4X A; 3TVN X; 1V9E A; 1CZM A; 5DOG A; 4C3T A; 4MDM A; 2NN1 A; 3RYJ B; 2WD3 A; 3L14 A; 2OSF A; 4FIK A; 3C7P A; 4X5S A; 1CAH A; 1ZGE A; 4Q7V A; 3S76 A; 5EH8 A; 4KNJ A; 3M2Z A; 3P5L A; 4RH2 A; 1CNK A; 3RYV B; 5FL4 A; 3T84 A; 4KUW A; 1LUG A; 1CAZ A; 3V5G A; 1TH9 A; 2QO8 A; 4QJX A; 4M2V A; 5JEP B; 5FLO A; 4ZX1 A; 4R5A A; 4Q07 A; 3T5U A; 4WR7 A; 5JQT A; 1RZB A; 1CAL A; 3F8E A; 5FLR A; 5FNH A; 1ZGF A; 4Z1K A; 1G48 A; 1HUG A; 1UGE A; 3MYQ A; 3RYX B; 2Q38 A; 4UOV A; 3M1J A; 1CA2 A; 2FNN A; 4KNM A; 5DSO A; 3RLD A; 4E3G A; 4RUZ A; 2ABE A; 4RFC A; 3M2Y A; 3MNH A; 4N0X B; 2NWZ A; 4HF3 A; 3IAI A; 1IF8 A; 5BYI A; 3IEO A; 3FW3 A; 4JSS A; 3MHO A; 4Q7S A; 2O4Z A; 4QEF A; 5G03 A; 3UYN A; 3P58 A; 4R5B A; 3F7U A; 4E3F A; 3TMJ A; 1FSR A; 4G0C A; 4KUV A; 3DD0 A; 3N2P A; 4YGL A; 5JEH B; 1BNN A; 3RG4 A; 4LHI A; 5FNJ A; 1G53 A; 4R59 A; 1BN1 A; 2NNG A; 3OKV A; 4YGK A; 1BIC A; 2EU3 A; 5CJF A; 2POU A; 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