4HEY | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGAAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0243472129882627__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0243472129882627__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4hey/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0243472129882627__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0243472129882627","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4hey/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0243472129882627__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0040fbbaa4b865fc3b8e3b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0040fbbaa4b865fc3b8e3b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0040fbbaa4b865fc3b8e3b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0040fbbaa4b865fc3b8e3b/pdb.gz): 2366 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural insight into activity enhancement and inhibition of H64A carbonic anhydrase II by imidazoles. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-10-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4heyA00

2FOSA 4E9OX 4Q90A 4HEZA 1CAJA 5JG5B 4Q8XA 4RIUA 4YXUA 4Z1JA 2ZNCA 4Z0QA 1V9EA 1YO0A 1XEGA 1I9NA 1CNCA 4M2WA 4DZ9A 2W2JA 4TWLA 4RH2A 4HT0A 5A6HA 4YHAA 4E3DA 4KUYA 3KLDB 3BL0A 3MHOA 2QP6A 1TB0X 4XZ5A 4BCWA 1CZMA 3KONA 4QEFA 2NWOA 4XFWA 1I90A 2VVAX 3F8EA 4G7AA 1I8ZA 3KWAA 5CLUA 3M14A 1IF9A 3B4FA 4MO8A 1FQNA 4YXIA 3S9TA 3MHCA 3M67A 3M5TA 5CJFA 5JGTB 5EKMA 5FL5A 4E3HA 3DAZA 4QJWA 5AMDA 3M1JA 4RN4A 3V3GB 3PJJA 4QJXA 1LUGA 2NNVA 4Q78A 4YVYA 3M2NA 1YDCA 2FNNA 2FW4A 4WL4A 2X7TA 3OKUA 5EKJA 4Q6DA 3NJ9A 3DCCA 4Q09A 4CNWA 4Z1NA 4HT2A 1UGDA 3DC3A 2OSFA 3HKTA 3MMFA 5E2SA 4QY3A 4FU5A 5G01A 1BNTA 3U45X 5DOGA 3CYUA 2CBBA 3V3IB 5EKHA 4YGNA 1MUAA 2POWA 1IF6A 4M2RA 4PZHA 2EU3A 4XE1A 2CBCA 3W6IA 3MHMA 4FVNA 4Q87A 2NXSA 5EH7A 1CANA 4MLTA 4HF3A 1CAKA 4QK1A 1YO1A 5G03A 1EOUA 3JXGA 5JEPB 4CNVA 3KNEA 3FW3A 4M2VA 1CVEA 5FDCA 5SZ3A 3SAPA 5E5UA 1BN1A 1CNBA 3DCSA 2ILIA 3ZNCA 4KP8A 5EH8A 4JS6A 4QJOA 4ZAOA 3ZP9A 4FIKA 1CAHA 2X7SA 1G52A 4HU1A 3CZVA 1BNVA 1HEBA 3K2FA 5EHVA 4ZWYA 3RZ7A 1BN3A 5CACA 1DMYA 1ZE8A 4MTYA 3HFPA 1RZDA 3RLDA 3F4XA 3S75B 3M5SA 4ETQC 3BETA 1CNXA 3FFPX 1UGGA 3N2PA 2NN1A 4QJPA 3DA2A 3TMJA 1TTMA 5FL4A 3MHIA 1CVAA 3DD0A 4N16A 4Q8ZA 2AX2A 3GZ0A 3D92A 3S8XA 3M98A 3P55A 5SZ0A 4Q83A 3PYKA 5BRUA 8CA2A 1G3ZA 2CBEA 1YDDA 5BNLA 2HFWA 1RAZA 1CCSA 5JESB 2CBDA 5E2NA 3KS3A 4Q08A 3EFTA 2WEGA 1RZBA 4FPTA 1IF7A 1FSNA 5AMLA 3DV7A 5EH5A 4ZWXA 2FMZA 3DVCA 3P58A 5J8ZA 2ABEA 4WUQA 9CA2A 4KUVA 1FR4A 1ZH9A 3HKNA 4QIYA 4YGFA 5DSNA 1RAYA 4Q0LA 3P3HA 1DCBA 3M1QA 1KWRA 3ML2A 1RZAA 3C7PA 2NWZA 1CA2A 5JEGB 3V5GA 4MLXA 4QSAA 1AVNA 4Q9YA 1BNNA 2WD2A 1RZEA 1OKLA 5SZ1A 3IBIA 1I91A 5L6KA 1CVHA 5FNHA 2FOVA 2CA2A 2NXTA 1BCDA 1OKNA 4QK3A 1FSRA 3RG4A 4IDRX 3VBDA 4KNJA 3B1BA 1OKMA 1TH9A 1G48A 4X5SA 4E5QA 3DVBA 3SAXA 3OY0A 1G54A 4RUXA 1ZGFA 4ZWZA 3M5EA 1UGAA 1CINA 1YO2A 1CNWA 2IT4A 1TG9A 1BNQA 2FNKA 5C8IA 4N0XB 5EHWA 2POUA 2Q38A 3K7KA 3KOIA 3RZ0B 1HCAA 3M1WA 5BRWA 1BZMA 4CACA 1T9NA 5EIJA 3U3AX 5G0BA 4GL1X 5E2RA 3P5AA 4HEWA 3HLJA 4YYTA 3TVOX 4JSAA 3F7BA 4PYXA 3EFIA 3MNKA 5DRSA 2QOAA 3MHLA 3RZ1B 6CA2A 1JCZA 5E2MA 3DVDA 1CAMA 3OILA 1CNJA 4K13A 3RZ8A 1FLJA 4C3TA 3MDZA 1FQRA 3N3JA 5FLSA 5L3OA 3DBUA 3N0NA 4XIWA 1MOOA 3MNIA 3RJ7A 1CRMA 2NXRA 1BN4A 3IAIA 3P5LA 1BNMA 4Q6EA 3V2JA 1THKA 1HUGA 3DC9A 3NI5A 3DCWA 5BYIA 4RUZA 5FDIA 5FLPA 4G0CA 4Q7SA 3LXEA 3OYSA 4FRCA 4L5WA 1IF5A 4RFCA 4YXOA 2HKKA 3CAJA 4JSZA 2HNCA 3RYXB 3MNAA 4HEYA 5FNIA 3P4VA 3T85A 3M2ZA 3N4BA 5FNKA 5JDVB 1LZVA 1DMXA 1I9LA 4QTLA 1OQ5A 1UGEA 1CCUA 3IBLA 3D93A 1CNHA 1ZSAA 1LGDA 3U7CA 4COQA 5FLTA 2NMXA 5FLOA 3IBUA 1H9NA 4QSJA 3T82A 1URTA 3S97A 2EU2A 1Z9YA 3QYKA 4LP6A 4TWMA 3M04A 2FNMA 4E49A 1HCBA 1CNKA 1Z93A 3P3JA 4KV0A 3NB5A 4PXXA 1AM6A 4DZ7A 4KNNA 3S78B 3JXHC 2O4ZA 1UGCA 4E3FA 4ITOA 2NNOA 2GEHA 1RJ5A 4CQ0A 4Z1KA 4Q99A 3T5UA 2POVA 3T84A 4ITPA 1IF8A 3S71B 3S73B 4WR7A 2NWPA 1ZFQA 5DOHA 3RGEA 1YDAA 5DVXA 3BL1A 2CABA 1CVDA 1TE3X 4QJ0A 1AZMA 4R59A 4CNXA 4Q7WA 5EHEA 3S76A 3KKXA 1A42A 2Q1QA 1CRAA 3MNHA 5SZ2A 3MZCA 4BF1A 1CVBA 4E3GA 2NNGA 3OIKA 4R5AA 1G46A 1XPZA 3IGPA 5BRVA 1FR7A 5DSKA 4Q49A 3RYJB 2Q1BA 5G0CA 1FSQA 1LG5A 2FOYA 4BF6A 5FLQA 4MDMA 3OIMA 3S77B 4YGLA 1I9MA 1BNWA 3M2XA 4JSSA 4YGJA 3ML5A 5IPZA 1YDBA 4KAPA 3V2MA 3R16A 1CNYA 1Z97A 1HUHA 4PYYA 4QSIA 1I9QA 1F2WA 3T83A 5CA2A 5DSRA 3L14A 5FNLA 5JQTA 1JD0A 1DCAA 5EOIA 1G1DA 1TBTX 2H15A 1CVCA 2HL4A 3HS4A 3M1KA 1ZGEA 5FL6A 1KOPA 5E28A 2OSMA 4YGKA 2F14A 4KNIA 4RFDA 3V3JA 5JQ0A 4YWPA 3MWOA 4QJMA 5DSOA 5FLRA 2WEHA 1BV3A 3W6HA 5JG3B 3RG3A 3MNUA 1CNIA 1HEAA 1JV0A 4JSWA 1G0FA 4HBAA 1H9QA 4K1QA 4XIXA 5DSQA 2NNSA 1TEQX 1RJ6A 4M2UA 2AW1A 3UYQA 4ZX0A 1HVAA 1KWQA 3R17B 1CAZA 5SZ5A 1G6VA 4KP5A 2FMGA 2QO8A 4Q7PA 5A25A 3S74B 1ZSCA 3FE4A 4UOVA 1IF4A 5EZTX 1UGBA 4WW6A 1CALA 2EZ7A 5E2KA 3V3FA 4QIZA 3RYYA 3CA2A 3KOKA 4L5UA 2FOQA 3RYZA 1CVFA 4CNRA 1J9WA 2FOUA 2H4NA 2NN7A 3JXFA 2WEOA 3D9ZA 1UGFA 2HOCA 5SZ4A 4KNMA 3S72B 1G4OA 1ZFKA 3M2YA 5DSMA 5FNGA 1CILA 3DD8A 3IEOA 3V7XA 3OKVA 4QK2A 4Q7VA 3V3HB 1KOQA 3HKUA 1V9IC 4K0SA 5E5RA 1H4NA 1CNGA 5JGSB 4L5VA 1G45A 4RUYA 5SZ7A 4CA2A 5JEHB 5HPJA 1TEUX 1XEVA 1ZSBA 4WW8A 1CIMA 1LG6A 5FNMA 7CA2A 4MDLA 5DSLA 4MDGA 2WEJA 4PQ7A 3T5ZA 1I9PA 1I9OA 1FQLA 1G0EA 3M40A 5DSPA 1HEDA 1HECA 1BICA 1CCTA 3K34A 1RZCA 4QSBA 4Q8YA 4IWZA 4KUWA 1G53A 2GD8A 5SZ6A 4Y0JA 3TVNX 1BNUA 5LMDA 3U47A 12CAA 3SBHA 1ZNCA 3Q31A 5AMGA 1KEQA 2CBAA 3D0NA 4LU3A 3MYQA 4FL7A 4E4AA 1CAYA 3RZ5A 4WUPA 4Q06A 3UYNA 1CAIA 1CAOA 3KIGA 4LHIA 4R5BA 2X7UA 3F7UA 1G4JA 3P44A 3HKQA 3D8WA 4K0TA 1Y7WA 2HD6A 2VVBX 4Z1EA 4ZWIA 3IBNA 3PO6A 4Q07A 5FNJA 4Q81A 1FQMA 5DSJA 3M3XA 1TG3A 2NWYA 3SBIA 4FVOA 2WD3A 1XQ0A 4RIVA 4ILXA 1CA3A 3MNJA 5DSIA 3RYVB 4ZX1A 3OYQA 3M96A 4YX4A 4K0ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FOS A;  4E9O X;  4Q90 A;  4HEZ A;  1CAJ A;  5JG5 B;  4Q8X A;  4RIU A;  4YXU A;  4Z1J A;  2ZNC A;  4Z0Q A;  1V9E A;  1YO0 A;  1XEG A;  1I9N A;  1CNC A;  4M2W A;  4DZ9 A;  2W2J A;  4TWL A;  4RH2 A;  4HT0 A;  5A6H A;  4YHA A;  4E3D A;  4KUY A;  3KLD B;  3BL0 A;  3MHO A;  2QP6 A;  1TB0 X;  4XZ5 A;  4BCW A;  1CZM A;  3KON A;  4QEF A;  2NWO A;  4XFW A;  1I90 A;  2VVA X;  3F8E A;  4G7A A;  1I8Z A;  3KWA A;  5CLU A;  3M14 A;  1IF9 A;  3B4F A;  4MO8 A;  1FQN A;  4YXI A;  3S9T A;  3MHC A;  3M67 A;  3M5T A;  5CJF A;  5JGT B;  5EKM A;  5FL5 A;  4E3H A;  3DAZ A;  4QJW A;  5AMD A;  3M1J A;  4RN4 A;  3V3G B;  3PJJ A;  4QJX A;  1LUG A;  2NNV A;  4Q78 A;  4YVY A;  3M2N A;  1YDC A;  2FNN A;  2FW4 A;  4WL4 A;  2X7T A;  3OKU A;  5EKJ A;  4Q6D A;  3NJ9 A;  3DCC A;  4Q09 A;  4CNW A;  4Z1N A;  4HT2 A;  1UGD A;  3DC3 A;  2OSF A;  3HKT A;  3MMF A;  5E2S A;  4QY3 A;  4FU5 A;  5G01 A;  1BNT A;  3U45 X;  5DOG A;  3CYU A;  2CBB A;  3V3I B;  5EKH A;  4YGN A;  1MUA A;  2POW A;  1IF6 A;  4M2R A;  4PZH A;  2EU3 A;  4XE1 A;  2CBC A;  3W6I A;  3MHM A;  4FVN A;  4Q87 A;  2NXS A;  5EH7 A;  1CAN A;  4MLT A;  4HF3 A;  1CAK A;  4QK1 A;  1YO1 A;  5G03 A;  1EOU A;  3JXG A;  5JEP B;  4CNV A;  3KNE A;  3FW3 A;  4M2V A;  1CVE A;  5FDC A;  5SZ3 A;  3SAP A;  5E5U A;  1BN1 A;  1CNB A;  3DCS A;  2ILI A;  3ZNC A;  4KP8 A;  5EH8 A;  4JS6 A;  4QJO A;  4ZAO A;  3ZP9 A;  4FIK A;  1CAH A;  2X7S A;  1G52 A;  4HU1 A;  3CZV A;  1BNV A;  1HEB A;  3K2F A;  5EHV A;  4ZWY A;  3RZ7 A;  1BN3 A;  5CAC A;  1DMY A;  1ZE8 A;  4MTY A;  3HFP A;  1RZD A;  3RLD A;  3F4X A;  3S75 B;  3M5S A;  4ETQ C;  3BET A;  1CNX A;  3FFP X;  1UGG A;  3N2P A;  2NN1 A;  4QJP A;  3DA2 A;  3TMJ A;  1TTM A;  5FL4 A;  3MHI A;  1CVA A;  3DD0 A;  4N16 A;  4Q8Z A;  2AX2 A;  3GZ0 A;  3D92 A;  3S8X A;  3M98 A;  3P55 A;  5SZ0 A;  4Q83 A;  3PYK A;  5BRU A;  8CA2 A;  1G3Z A;  2CBE A;  1YDD A;  5BNL A;  2HFW A;  1RAZ A;  1CCS A;  5JES B;  2CBD A;  5E2N A;  3KS3 A;  4Q08 A;  3EFT A;  2WEG A;  1RZB A;  4FPT A;  1IF7 A;  1FSN A;  5AML A;  3DV7 A;  5EH5 A;  4ZWX A;  2FMZ A;  3DVC A;  3P58 A;  5J8Z A;  2ABE A;  4WUQ A;  9CA2 A;  4KUV A;  1FR4 A;  1ZH9 A;  3HKN A;  4QIY A;  4YGF A;  5DSN A;  1RAY A;  4Q0L A;  3P3H A;  1DCB A;  3M1Q A;  1KWR A;  3ML2 A;  1RZA A;  3C7P A;  2NWZ A;  1CA2 A;  5JEG B;  3V5G A;  4MLX A;  4QSA A;  1AVN A;  4Q9Y A;  1BNN A;  2WD2 A;  1RZE A;  1OKL A;  5SZ1 A;  3IBI A;  1I91 A;  5L6K A;  1CVH A;  5FNH A;  2FOV A;  2CA2 A;  2NXT A;  1BCD A;  1OKN A;  4QK3 A;  1FSR A;  3RG4 A;  4IDR X;  3VBD A;  4KNJ A;  3B1B A;  1OKM A;  1TH9 A;  1G48 A;  4X5S A;  4E5Q A;  3DVB A;  3SAX A;  3OY0 A;  1G54 A;  4RUX A;  1ZGF A;  4ZWZ A;  3M5E A;  1UGA A;  1CIN A;  1YO2 A;  1CNW A;  2IT4 A;  1TG9 A;  1BNQ A;  2FNK A;  5C8I A;  4N0X B;  5EHW A;  2POU A;  2Q38 A;  3K7K A;  3KOI A;  3RZ0 B;  1HCA A;  3M1W A;  5BRW A;  1BZM A;  4CAC A;  1T9N A;  5EIJ A;  3U3A X;  5G0B A;  4GL1 X;  5E2R A;  3P5A A;  4HEW A;  3HLJ A;  4YYT A;  3TVO X;  4JSA A;  3F7B A;  4PYX A;  3EFI A;  3MNK A;  5DRS A;  2QOA A;  3MHL A;  3RZ1 B;  6CA2 A;  1JCZ A;  5E2M A;  3DVD A;  1CAM A;  3OIL A;  1CNJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4HEYA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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