4HF3 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGAAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__922085842505521__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__922085842505521__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4hf3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__922085842505521__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"922085842505521","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4hf3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__922085842505521__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d004171370d26bd2ca449c7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d004171370d26bd2ca449c7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d004171370d26bd2ca449c7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d004171370d26bd2ca449c7/pdb.gz): 647 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural insight into activity enhancement and inhibition of H64A carbonic anhydrase II by imidazoles. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2012-10-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4hf3A00

3FE4A 3M04A 8CA2A 5DVXA 3DD0A 3K2FA 2H4NA 3L14A 2FOVA 3U7CA 4YYTA 1XPZA 5EKJA 2W2JA 2POVA 4WW8A 1CCUA 5DSPA 12CAA 3RZ7A 5G03A 1BZMA 4CACA 1XQ0A 4ILXA 3JXGA 3P3JA 1BCDA 5SZ4A 1OKNA 3RYXB 3N2PA 2HOCA 3SBIA 1I91A 2POUA 4KP8A 1CAOA 2FOYA 1CNXA 2NNOA 4QK1A 3TVNX 3HKNA 3B1BA 2AX2A 3MWOA 5L3OA 1CNBA 4HBAA 5DSQA 2F14A 5FNIA 3V3GB 3F7BA 4Q7SA 3V3HB 1HUGA 1A42A 1G48A 4CNXA 1HECA 5A25A 3DCWA 3KS3A 2EU3A 4K0SA 4YWPA 3NB5A 1TG3A 3F8EA 3M40A 1THKA 4COQA 1Z97A 3M1JA 2IT4A 4ZX1A 3MNKA 2FNNA 4BCWA 4WL4A 3CA2A 4YXUA 1BNMA 1KOPA 4RFDA 2FW4A 5SZ2A 1YDCA 3S71B 1BN3A 5FLRA 3T83A 4Q6DA 2FOUA 4YGLA 1BNWA 3U47A 4QSJA 4PYYA 3M14A 3S78B 3KLDB 1HCBA 4KNNA 4Q7VA 5EH8A 3MDZA 1G45A 4FVOA 1TEUX 4JSAA 4Q87A 3R16A 2ABEA 2X7TA 1H9NA 4M2RA 4Q83A 4HU1A 3IGPA 3M5TA 1G54A 4KP5A 5JEGB 5FNMA 4C3TA 4QSIA 4CNWA 4FRCA 1CA2A 3DCCA 4UOVA 3KOKA 2FNMA 2POWA 4E3HA 3S9TA 1LGDA 4G0CA 3V3JA 3DAZA 1FSNA 4Z1JA 3S72B 1FQLA 1CIMA 4QSAA 2NWYA 5JQ0A 2Q1QA 2HD6A 3FW3A 1CRMA 1UGGA 3RYYA 5JQTA 1AVNA 3T82A 3RYJB 4Q8ZA 4E3DA 1YDBA 9CA2A 3RYVB 3IBIA 1RAZA 4IDRX 4MDMA 5JG5B 2H15A 2VVAX 4Q07A 5FL5A 3RZ1B 2X7SA 3QYKA 4QK2A 5E2NA 1CANA 1FLJA 4QJPA 2VVBX 4YVYA 2CBAA 2WEHA 1ZFQA 4Q90A 3U3AX 3GZ0A 3M96A 4JSWA 1EOUA 1JD0A 4Q06A 4ETQC 2GD8A 3FFPX 3S76A 2Q1BA 3V2MA 1IF8A 4WUPA 1YDAA 4RUXA 3S73B 5CACA 3NI5A 4ZWXA 5CA2A 5EKMA 1BNTA 4ZWIA 4PZHA 5BNLA 1I9OA 1G6VA 3V3IB 2CABA 1CAJA 1HEAA 2O4ZA 2NWZA 1I90A 5FLQA 1Y7WA 3K7KA 2HKKA 3HKUA 1ZSAA 2CBBA 3ZNCA 1LG5A 4QEFA 4YGKA 1H9QA 1I9QA 1ZH9A 6CA2A 4K13A 5E5UA 3EFTA 4ITPA 4PXXA 1RZCA 3HLJA 1CVAA 1CVFA 4HEWA 1XEVA 1XEGA 1TG9A 3MNHA 5G0BA 3V2JA 4FIKA 5EHWA 4R59A 3PJJA 3RYZA 4E4AA 5C8IA 2QO8A 4KUWA 3KIGA 4Q81A 3R17B 3MHLA 5FLPA 3S77B 2NWPA 1HEBA 2CBCA 4Q0LA 5DRSA 3RG4A 3M1WA 5JESB 3MHOA 3LXEA 5DSIA 3IBUA 1OQ5A 4QIZA 3MNIA 3Q31A 4MTYA 4YXIA 4ITOA 1CNCA 1FR4A 2WEJA 3MNAA 1RJ5A 4HF3A 2ZNCA 4R5BA 1KOQA 4Z0QA 1IF6A 1CNYA 4GL1X 4CA2A 1CNIA 3RZ8A 1G3ZA 2HNCA 3S8XA 3RGEA 4RIUA 4M2VA 1BV3A 3OIMA 5JEPB 1FSRA 5SZ3A 3TVOX 1ZNCA 4Z1KA 4Q78A 4Q7WA 3RLDA 5AMDA 4KUYA 4RN4A 1CAZA 4YGJA 3KOIA 4KV0A 1URTA 5FLSA 4KNIA 5SZ0A 5G01A 3M98A 1G0EA 3HS4A 1RJ6A 4RIVA 1RZBA 4QJMA 3DD8A 3CZVA 5FDCA 3MYQA 4KUVA 2AW1A 5IPZA 2FNKA 3KWAA 4MDGA 5EHVA 3RZ0B 3ML5A 4R5AA 1DMXA 1UGBA 3MNUA 4M2WA 4K1QA 2NNVA 3NJ9A 1UGFA 1CRAA 1LZVA 4XZ5A 3P58A 4PQ7A 1CAHA 4E9OX 1MUAA 1CVDA 5EHEA 1BICA 1YO0A 3W6HA 4QSBA 4MDLA 5FNGA 2GEHA 3S97A 2NXSA 3M67A 2ILIA 2WD2A 3KONA 1IF9A 4KNMA 4LHIA 1TH9A 4CNRA 4Q8YA 3D9ZA 5DSJA 4WW6A 1Z9YA 1RZDA 3IBLA 3OIKA 3SAXA 3VBDA 5EZTX 4TWMA 2OSFA 4QJ0A 3P3HA 5FNLA 5SZ7A 1CNHA 2NWOA 3BL1A 3HKQA 3P44A 3RZ5A 1BNVA 3DVBA 4G7AA 2WEOA 5FDIA 3DBUA 1TEQX 4WUQA 4QJXA 1CNGA 3B4FA 5E2KA 1DCBA 5BRVA 5DSOA 1HUHA 1H4NA 4FPTA 4TWLA 4ZWYA 4QY3A 4ZAOA 3DV7A 4E3GA 1I9LA 3F4XA 3D92A 3V5GA 1ZSCA 4RUYA 1OKMA 3N4BA 5BRUA 4CNVA 4YX4A 3JXFA 1G4OA 2HL4A 1LG6A 5EIJA 5FL6A 3PO6A 2CBEA 3HFPA 1CA3A 3IAIA 4PYXA 5SZ5A 1CNKA 1G0FA 1G53A 1G52A 3MHIA 3M1QA 1ZSBA 5BYIA 3UYNA 4X5SA 1ZFKA 3ZP9A 2NN7A 3MMFA 5FNKA 4Q09A 3M3XA 1G1DA 1JCZA 4QIYA 1UGCA 5JGTB 1LUGA 2WEGA 1IF5A 5A6HA 1MOOA 4RH2A 5E2SA 4KAPA 4M2UA 1BN4A 3W6IA 5JGSB 1G46A 4QK3A 1CCSA 1UGDA 3N0NA 3RG3A 1FSQA 1CVHA 1BNUA 3P4VA 1UGAA 1CAYA 3M2XA 3KKXA 2OSMA 3T5ZA 3MZCA 4KNJA 1UGEA 3P5LA 5FLOA 1CAKA 5DSLA 3D8WA 4K0ZA 3KNEA 3PYKA 1YO2A 5FLTA 1TB0X 4E49A 1CNWA 3DC3A 3EFIA 5DOGA 2FMGA 2HFWA 3DC9A 2QP6A 5CJFA 3M2ZA 3T85A 1KWQA 5EKHA 3V7XA 5E2MA 1DCAA 3OKVA 1FR7A 1ZGFA 5DOHA 3SAPA 4LU3A 4Z1EA 1CNJA 1Z93A 1V9IC 4Y0JA 1HCAA 3OKUA 3P5AA 2NN1A 3MNJA 4JSSA 5HPJA 3M5EA 3OYQA 2NXRA 2X7UA 4JSZA 3CAJA 4K0TA 1OKLA 1G4JA 1YO1A 5DSNA 4YGNA 4ZWZA 1CAIA 3IBNA 7CA2A 3M2YA 4DZ9A 5SZ6A 4LP6A 1FQMA 2EZ7A 4HT0A 3HKTA 4HT2A 3SBHA 1ZE8A 2CBDA 3V3FA 3IEOA 4Q9YA 3JXHC 1I9MA 1RAYA 3OYSA 4Q6EA 3ML2A 5EH5A 5FNHA 2Q38A 2EU2A 4MLTA 5JEHB 3M2NA 1AM6A 2QOAA 5LMDA 3DCSA 1HVAA 1CAMA 5DSKA 1I8ZA 2NMXA 5EH7A 3MHMA 4BF1A 5DSMA 3DVCA 3UYQA 1JV0A 4N0XB 4XIWA 1F2WA 4RUZA 2NNSA 4XFWA 5DSRA 1AZMA 2NNGA 3S74B 5E2RA 5J8ZA 4Q99A 1BN1A 1I9NA 4QTLA 4FVNA 1CINA 3M1KA 4DZ7A 5CLUA 4N16A 4YHAA 3RJ7A 2FOQA 3N3JA 4FU5A 1HEDA 3CYUA 2FMZA 1YDDA 3D0NA 4YGFA 5AMGA 5JG3B 3DA2A 3OY0A 1KEQA 5FL4A 3DVDA 1FQRA 3MHCA 5L6KA 3C7PA 1KWRA 4JS6A 1TBTX 4ZX0A 5EOIA 3TMJA 4XE1A 2NXTA 5SZ1A 3U45X 3T5UA 4QJWA 3K34A 3T84A 3BL0A 4E5QA 5FNJA 4YXOA 1TTMA 3D93A 5AMLA 4L5UA 1RZEA 3OILA 5G0CA 1TE3X 3P55A 4MLXA 2CA2A 1RZAA 4Q49A 4FL7A 4IWZA 5BRWA 1V9EA 1IF4A 4Q08A 3BETA 1CALA 3F7UA 2FOSA 5JDVB 4QJOA 1CCTA 4Q8XA 4MO8A 1CVBA 5E5RA 4Z1NA 4L5WA 1J9WA 5E28A 4HEYA 4WR7A 1IF7A 4XIXA 1CVCA 4BF6A 1DMYA 1I9PA 4E3FA 1CVEA 2WD3A 4Q7PA 3M5SA 1BNQA 1CZMA 1FQNA 1T9NA 4L5VA 3S75B 4CQ0A 1ZGEA 1CILA 1BNNA 4HEZA 4RFCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FE4 A;  3M04 A;  8CA2 A;  5DVX A;  3DD0 A;  3K2F A;  2H4N A;  3L14 A;  2FOV A;  3U7C A;  4YYT A;  1XPZ A;  5EKJ A;  2W2J A;  2POV A;  4WW8 A;  1CCU A;  5DSP A;  12CA A;  3RZ7 A;  5G03 A;  1BZM A;  4CAC A;  1XQ0 A;  4ILX A;  3JXG A;  3P3J A;  1BCD A;  5SZ4 A;  1OKN A;  3RYX B;  3N2P A;  2HOC A;  3SBI A;  1I91 A;  2POU A;  4KP8 A;  1CAO A;  2FOY A;  1CNX A;  2NNO A;  4QK1 A;  3TVN X;  3HKN A;  3B1B A;  2AX2 A;  3MWO A;  5L3O A;  1CNB A;  4HBA A;  5DSQ A;  2F14 A;  5FNI A;  3V3G B;  3F7B A;  4Q7S A;  3V3H B;  1HUG A;  1A42 A;  1G48 A;  4CNX A;  1HEC A;  5A25 A;  3DCW A;  3KS3 A;  2EU3 A;  4K0S A;  4YWP A;  3NB5 A;  1TG3 A;  3F8E A;  3M40 A;  1THK A;  4COQ A;  1Z97 A;  3M1J A;  2IT4 A;  4ZX1 A;  3MNK A;  2FNN A;  4BCW A;  4WL4 A;  3CA2 A;  4YXU A;  1BNM A;  1KOP A;  4RFD A;  2FW4 A;  5SZ2 A;  1YDC A;  3S71 B;  1BN3 A;  5FLR A;  3T83 A;  4Q6D A;  2FOU A;  4YGL A;  1BNW A;  3U47 A;  4QSJ A;  4PYY A;  3M14 A;  3S78 B;  3KLD B;  1HCB A;  4KNN A;  4Q7V A;  5EH8 A;  3MDZ A;  1G45 A;  4FVO A;  1TEU X;  4JSA A;  4Q87 A;  3R16 A;  2ABE A;  2X7T A;  1H9N A;  4M2R A;  4Q83 A;  4HU1 A;  3IGP A;  3M5T A;  1G54 A;  4KP5 A;  5JEG B;  5FNM A;  4C3T A;  4QSI A;  4CNW A;  4FRC A;  1CA2 A;  3DCC A;  4UOV A;  3KOK A;  2FNM A;  2POW A;  4E3H A;  3S9T A;  1LGD A;  4G0C A;  3V3J A;  3DAZ A;  1FSN A;  4Z1J A;  3S72 B;  1FQL A;  1CIM A;  4QSA A;  2NWY A;  5JQ0 A;  2Q1Q A;  2HD6 A;  3FW3 A;  1CRM A;  1UGG A;  3RYY A;  5JQT A;  1AVN A;  3T82 A;  3RYJ B;  4Q8Z A;  4E3D A;  1YDB A;  9CA2 A;  3RYV B;  3IBI A;  1RAZ A;  4IDR X;  4MDM A;  5JG5 B;  2H15 A;  2VVA X;  4Q07 A;  5FL5 A;  3RZ1 B;  2X7S A;  3QYK A;  4QK2 A;  5E2N A;  1CAN A;  1FLJ A;  4QJP A;  2VVB X;  4YVY A;  2CBA A;  2WEH A;  1ZFQ A;  4Q90 A;  3U3A X;  3GZ0 A;  3M96 A;  4JSW A;  1EOU A;  1JD0 A;  4Q06 A;  4ETQ C;  2GD8 A;  3FFP X;  3S76 A;  2Q1B A;  3V2M A;  1IF8 A;  4WUP A;  1YDA A;  4RUX A;  3S73 B;  5CAC A;  3NI5 A;  4ZWX A;  5CA2 A;  5EKM A;  1BNT A;  4ZWI A;  4PZH A;  5BNL A;  1I9O A;  1G6V A;  3V3I B;  2CAB A;  1CAJ A;  1HEA A;  2O4Z A;  2NWZ A;  1I90 A;  5FLQ A;  1Y7W A;  3K7K A;  2HKK A;  3HKU A;  1ZSA A;  2CBB A;  3ZNC A;  1LG5 A;  4QEF A;  4YGK A;  1H9Q A;  1I9Q A;  1ZH9 A;  6CA2 A;  4K13 A;  5E5U A;  3EFT A;  4ITP A;  4PXX A;  1RZC A;  3HLJ A;  1CVA A;  1CVF A;  4HEW A;  1XEV A;  1XEG A;  1TG9 A;  3MNH A;  5G0B A;  3V2J A;  4FIK A;  5EHW A;  4R59 A;  3PJJ A;  3RYZ A;  4E4A A;  5C8I A;  2QO8 A;  4KUW A;  3KIG A;  4Q81 A;  3R17 B;  3MHL A;  5FLP A;  3S77 B;  2NWP A;  1HEB A;  2CBC A;  4Q0L A;  5DRS A;  3RG4 A;  3M1W A;  5JES B;  3MHO A;  3LXE A;  5DSI A;  3IBU A;  1OQ5 A;  4QIZ A;  3MNI A;  3Q31 A;  4MTY A;  4YXI A;  4ITO A;  1CNC A;  1FR4 A;  2WEJ A;  3MNA A;  1RJ5 A;  4HF3 A;  2ZNC A;  4R5B A;  1KOQ A;  4Z0Q A;  1IF6 A;  1CNY A;  4GL1 X;  4CA2 A;  1CNI A;  3RZ8 A;  1G3Z A;  2HNC A;  3S8X A;  3RGE A;  4RIU A;  4M2V A;  1BV3 A;  3OIM A;  5JEP B;  1FSR A;  5SZ3 A;  3TVO X;  1ZNC A;  4Z1K A;  4Q78 A;  4Q7W A;  3RLD A;  5AMD A;  4KUY A;  4RN4 A;  1CAZ A;  4YGJ A;  3KOI A;  4KV0 A;  1URT A;  5FLS A;  4KNI A;  5SZ0 A;  5G01 A;  3M98 A; 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4HF3A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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