4ITO | Genus

Total Genus 75

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__222001290643662__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__222001290643662__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4ito/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__222001290643662__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"222001290643662","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4ito/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__222001290643662__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Human CA II inhibition by novel sulfonamide rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-01-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4itoA00

1G48A 2HFWA 2POVA 3OIKA 4N16A 5E2KA 1UGCA 3RGEA 4CA2A 4RH2A 3M40A 3DBUA 1HEBA 1MUAA 4CNWA 1FQMA 3DC3A 5FLSA 1I9LA 5EOIA 4Q8ZA 1CNYA 2IT4A 1YO0A 2NXSA 4E5QA 1FQNA 4MDLA 2CBCA 4YGJA 1BNTA 1DCAA 2FOVA 1ZSCA 3V5GA 4JSAA 1TG3A 3DVBA 1HECA 1CCSA 3ML2A 4TWMA 5G0BA 4QJOA 2POUA 4UOVA 5FLQA 4YVYA 4DZ7A 5CJFA 4Q8XA 5BRVA 2EU2A 2WEOA 1OQ5A 2CBAA 4MLTA 4RN4A 1UGGA 1CNKA 3MHIA 2QP6A 4MDGA 1HCBA 3F7BA 1CCTA 5EKMA 4ZAOA 4QJWA 1G54A 3MNHA 3T84A 1HUHA 5A6HA 3M96A 4COQA 3IBIA 5J8ZA 1I91A 4RIUA 3V7XA 4MO8A 5DSRA 1I9MA 5SZ0A 3HLJA 4X5SA 2HKKA 3MNKA 4PQ7A 4HU1A 2WEJA 1CAYA 3R17B 5C8IA 3OKVA 3U3AX 2Q1QA 1Z93A 3T82A 5SZ4A 4FU5A 1LZVA 2CBEA 5JQTA 1BICA 4YGKA 1OKLA 4Q99A 3V2MA 4QK2A 1CAIA 4KAPA 4XZ5A 5JESB 4N0XB 4Y0JA 3S75B 1CILA 2CA2A 4MTYA 3RZ7A 1BNUA 1BNWA 1FSRA 4KP5A 3SBHA 2O4ZA 3DVDA 2FMGA 4TWLA 5E5UA 3OY0A 1I9PA 3HKNA 3IBLA 2X7UA 1KOQA 3PJJA 5JGSB 5CACA 5AMGA 1F2WA 3RZ1B 3N0NA 5FL5A 4Q78A 2NWPA 1CVDA 3DV7A 3OKUA 1HVAA 4Q90A 4FIKA 5FDCA 4Q7SA 1CNXA 3M2ZA 3F7UA 1HCAA 1IF7A 4JSSA 2WEHA 2FNKA 5JDVB 3EFIA 1LGDA 4QIZA 1BCDA 2ABEA 1T9NA 1UGFA 3P3JA 4ZX0A 4Q0LA 4QK3A 1FR7A 4ILXA 1CZMA 2FNNA 4K0ZA 4Q7PA 1FR4A 3W6HA 1CANA 1RZBA 4RUZA 3KKXA 2HD6A 2VVBX 5DVXA 3F4XA 1CAMA 5EH8A 4LHIA 4ZWYA 3C7PA 4IWZA 4QEFA 4L5WA 1TE3X 1KWQA 2NNSA 1IF5A 1Z9YA 3DD8A 3RYJB 5EHEA 3DA2A 3KLDB 1EOUA 1ZFKA 1A42A 3RYYA 3P3HA 2NWOA 3K2FA 1G52A 3RYZA 1XEGA 1FSNA 3RYVB 3V3GB 4K13A 5FLOA 1TH9A 4KNIA 4KV0A 4YGFA 3V3HB 2POWA 3KS3A 3M5TA 1G46A 3N4BA 5E2NA 1IF4A 3W6IA 2H15A 1CALA 3M67A 1ZE8A 2QOAA 1BZMA 2NN7A 4KNMA 5JEGB 4XIWA 1UGEA 2FOSA 4KP8A 3MNUA 1AM6A 5EHVA 5FNMA 1CA3A 5SZ3A 3B1BA 4XIXA 5FLPA 3V3FA 4CNXA 3HKUA 3M14A 4XE1A 1V9IC 4L5UA 4QJMA 4CNVA 2FNMA 3IBNA 3JXGA 3F8EA 1XPZA 3RJ7A 5EIJA 3MHOA 4M2RA 4WUQA 3SAPA 1CNJA 1HEDA 1UGDA 5JG5B 1IF8A 3MHCA 3MHMA 4HT0A 4QIYA 3TMJA 3MHLA 4HEYA 3K34A 3D0NA 4LU3A 5DSPA 4BCWA 4RIVA 4PXXA 4JSWA 1J9WA 4R5BA 1G0EA 5FNHA 1BV3A 3DD0A 4PYYA 3CZVA 3DC9A 3B4FA 3P5LA 5AMDA 4RUYA 4Q8YA 4K0SA 3M1QA 2VVAX 3U47A 4YGLA 5BNLA 4QJXA 9CA2A 4BF6A 5DSMA 1LG5A 4Q7WA 3S72B 2AX2A 1CNIA 1I9NA 5E2RA 1FQRA 4JS6A 5FDIA 5EZTX 3T5ZA 3MWOA 5SZ5A 4IDRX 1FQLA 1G0FA 1ZGEA 4GL1X 4MDMA 1G1DA 5G01A 2NMXA 3JXFA 3P4VA 5BYIA 2Q38A 3JXHC 3PO6A 4RFDA 1ZH9A 2HL4A 2NWYA 4M2VA 4YXOA 4FRCA 3DCCA 3M1JA 3SAXA 3L14A 1TEUX 3M2YA 1G3ZA 4MLXA 1OKNA 5E28A 4HF3A 1AVNA 3S9TA 3K7KA 4E4AA 4Q6DA 3UYNA 1FSQA 3BL1A 2NXTA 1CNGA 2NN1A 2NNOA 3S77B 5EHWA 3IAIA 2WEGA 4XFWA 5DSQA 4QJ0A 4KUVA 1CAOA 4Z0QA 1RAZA 5G03A 5E5RA 1CRMA 3M98A 4G7AA 1TB0X 3S97A 1YDCA 4YXUA 1THKA 4PZHA 3R16A 3HKQA 3S8XA 4YX4A 1CVHA 3FFPX 3T85A 2HNCA 3KNEA 1ZGFA 5EKJA 4KUWA 1CNHA 1UGBA 3MNAA 4JSZA 3RG4A 4Q7VA 2AW1A 1JCZA 3MDZA 3MYQA 5HPJA 3OIMA 4YYTA 1CIMA 3D93A 1CCUA 3MNJA 1TEQX 5DSLA 3DAZA 1CNWA 1YO1A 3NB5A 4Q07A 4FL7A 1RZDA 5IPZA 3N2PA 4Z1NA 3UYQA 4Q08A 5DSKA 3IGPA 3S78B 5EH5A 4WR7A 2CBBA 5FL4A 1BNVA 4RUXA 1JV0A 1CNCA 1I9QA 3CA2A 5SZ1A 2H4NA 3KIGA 4WW8A 4HEZA 2FOUA 3ML5A 3DVCA 1RZEA 4ZX1A 3HKTA 4PYXA 1G4OA 1ZFQA 4QTLA 1UGAA 1XEVA 4WL4A 1AZMA 5SZ6A 4Q81A 3U45X 3EFTA 7CA2A 1RZCA 1DMXA 2NWZA 1RJ5A 4ETQC 4YHAA 3M5EA 3P55A 4WW6A 5CLUA 3TVNX 6CA2A 4HT2A 5JEPB 8CA2A 1YO2A 1CAZA 5DOGA 3ZP9A 2ZNCA 1BNQA 3RG3A 1CAJA 5E2MA 1KWRA 4KUYA 3S73B 5EKHA 4Z1EA 1YDAA 2W2JA 5L6KA 1RAYA 1RJ6A 5JG3B 3KOKA 1CNBA 4K1QA 4LP6A 5A25A 4Q6EA 1CVEA 1DCBA 5FLRA 1KOPA 1CVBA 2WD3A 5AMLA 5BRWA 5BRUA 2Q1BA 3RLDA 3MMFA 3V2JA 4YXIA 1LG6A 4M2UA 5JEHB 4WUPA 3NI5A 3N3JA 4Q06A 1CVCA 5DRSA 1G53A 3FW3A 5CA2A 1CVAA 4HBAA 4QSBA 4FPTA 3Q31A 5EH7A 3DCWA 2FW4A 3M5SA 3CYUA 5G0CA 5SZ2A 1H4NA 1I9OA 1CVFA 4YGNA 1DMYA 1H9NA 1BNMA 3RYXB 1G4JA 3KONA 4QSJA 3IEOA 4QK1A 3DCSA 1I90A 2FOQA 3RZ0B 4CACA 3PYKA 1CINA 2QO8A 4Q87A 5L3OA 2NXRA 1G45A 4G0CA 4ITPA 1RZAA 5DSJA 4Q83A 3P58A 2FMZA 3HFPA 3NJ9A 4QSIA 1FLJA 5FNJA 3M1WA 2CABA 5JQ0A 4FVOA 1Z97A 1I8ZA 2EZ7A 3MZCA 3FE4A 4Z1JA 2NNVA 5JGTB 3LXEA 4Q09A 4K0TA 12CAA 1CAKA 3KOIA 3V3JA 3SBIA 3IBUA 2ILIA 2NNGA 2OSMA 4R59A 1XQ0A 3HS4A 3BETA 4Q9YA 1BN4A 3OYQA 4KNNA 1ZSAA 3CAJA 3MNIA 4C3TA 5FNKA 2GD8A 3QYKA 3M2NA 5FNIA 2X7SA 4E3GA 2OSFA 1MOOA 5E2SA 1IF6A 3S74B 4KNJA 2X7TA 4ZWZA 4BF1A 3D92A 3OYSA 4E49A 3VBDA 4HEWA 4ITOA 5SZ7A 4CQ0A 5FNLA 2EU3A 5DOHA 1TBTX 3D9ZA 1ZNCA 1ZSBA 4Z1KA 4M2WA 5DSNA 4RFCA 4E3DA 1H9QA 2F14A 3RZ8A 5DSIA 4ZWIA 4Q49A 2HOCA 4R5AA 2GEHA 3OILA 1YDDA 3T5UA 1BNNA 4DZ9A 4L5VA 4YWPA 3V3IB 1CRAA 4E3FA 5FLTA 4QSAA 3GZ0A 1TG9A 5LMDA 1YDBA 3M2XA 4QY3A 1JD0A 3T83A 1CAHA 1HEAA 4FVNA 4CNRA 4E3HA 3M04A 5DSOA 1G6VA 1URTA 3P44A 3P5AA 1IF9A 5FL6A 1TTMA 3TVOX 2FOYA 3KWAA 1CA2A 3BL0A 3D8WA 4E9OX 1V9EA 1Y7WA 3M1KA 5FNGA 1KEQA 1BN3A 1OKMA 3U7CA 3S71B 3M3XA 3RZ5A 1LUGA 3ZNCA 2WD2A 4ZWXA 3S76A 4QJPA 1HUGA 2CBDA 1BN1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G48 A;  2HFW A;  2POV A;  3OIK A;  4N16 A;  5E2K A;  1UGC A;  3RGE A;  4CA2 A;  4RH2 A;  3M40 A;  3DBU A;  1HEB A;  1MUA A;  4CNW A;  1FQM A;  3DC3 A;  5FLS A;  1I9L A;  5EOI A;  4Q8Z A;  1CNY A;  2IT4 A;  1YO0 A;  2NXS A;  4E5Q A;  1FQN A;  4MDL A;  2CBC A;  4YGJ A;  1BNT A;  1DCA A;  2FOV A;  1ZSC A;  3V5G A;  4JSA A;  1TG3 A;  3DVB A;  1HEC A;  1CCS A;  3ML2 A;  4TWM A;  5G0B A;  4QJO A;  2POU A;  4UOV A;  5FLQ A;  4YVY A;  4DZ7 A;  5CJF A;  4Q8X A;  5BRV A;  2EU2 A;  2WEO A;  1OQ5 A;  2CBA A;  4MLT A;  4RN4 A;  1UGG A;  1CNK A;  3MHI A;  2QP6 A;  4MDG A;  1HCB A;  3F7B A;  1CCT A;  5EKM A;  4ZAO A;  4QJW A;  1G54 A;  3MNH A;  3T84 A;  1HUH A;  5A6H A;  3M96 A;  4COQ A;  3IBI A;  5J8Z A;  1I91 A;  4RIU A;  3V7X A;  4MO8 A;  5DSR A;  1I9M A;  5SZ0 A;  3HLJ A;  4X5S A;  2HKK A;  3MNK A;  4PQ7 A;  4HU1 A;  2WEJ A;  1CAY A;  3R17 B;  5C8I A;  3OKV A;  3U3A X;  2Q1Q A;  1Z93 A;  3T82 A;  5SZ4 A;  4FU5 A;  1LZV A;  2CBE A;  5JQT A;  1BIC A;  4YGK A;  1OKL A;  4Q99 A;  3V2M A;  4QK2 A;  1CAI A;  4KAP A;  4XZ5 A;  5JES B;  4N0X B;  4Y0J A;  3S75 B;  1CIL A;  2CA2 A;  4MTY A;  3RZ7 A;  1BNU A;  1BNW A;  1FSR A;  4KP5 A;  3SBH A;  2O4Z A;  3DVD A;  2FMG A;  4TWL A;  5E5U A;  3OY0 A;  1I9P A;  3HKN A;  3IBL A;  2X7U A;  1KOQ A;  3PJJ A;  5JGS B;  5CAC A;  5AMG A;  1F2W A;  3RZ1 B;  3N0N A;  5FL5 A;  4Q78 A;  2NWP A;  1CVD A;  3DV7 A;  3OKU A;  1HVA A;  4Q90 A;  4FIK A;  5FDC A;  4Q7S A;  1CNX A;  3M2Z A;  3F7U A;  1HCA A;  1IF7 A;  4JSS A;  2WEH A;  2FNK A;  5JDV B;  3EFI A;  1LGD A;  4QIZ A;  1BCD A;  2ABE A;  1T9N A;  1UGF A;  3P3J A;  4ZX0 A;  4Q0L A;  4QK3 A;  1FR7 A;  4ILX A;  1CZM A;  2FNN A;  4K0Z A;  4Q7P A;  1FR4 A;  3W6H A;  1CAN A;  1RZB A;  4RUZ A;  3KKX A;  2HD6 A;  2VVB X;  5DVX A;  3F4X A;  1CAM A;  5EH8 A;  4LHI A;  4ZWY A;  3C7P A;  4IWZ A;  4QEF A;  4L5W A;  1TE3 X;  1KWQ A;  2NNS A;  1IF5 A;  1Z9Y A;  3DD8 A;  3RYJ B;  5EHE A;  3DA2 A;  3KLD B;  1EOU A;  1ZFK A;  1A42 A;  3RYY A;  3P3H A;  2NWO A;  3K2F A;  1G52 A;  3RYZ A;  1XEG A;  1FSN A;  3RYV B;  3V3G B;  4K13 A;  5FLO A;  1TH9 A;  4KNI A;  4KV0 A;  4YGF A;  3V3H B;  2POW A;  3KS3 A;  3M5T A;  1G46 A;  3N4B A;  5E2N A;  1IF4 A;  3W6I A;  2H15 A;  1CAL A;  3M67 A;  1ZE8 A;  2QOA A;  1BZM A;  2NN7 A;  4KNM A;  5JEG B;  4XIW A;  1UGE A;  2FOS A;  4KP8 A;  3MNU A;  1AM6 A;  5EHV A;  5FNM A;  1CA3 A;  5SZ3 A;  3B1B A;  4XIX A;  5FLP A;  3V3F A;  4CNX A;  3HKU A;  3M14 A;  4XE1 A;  1V9I C;  4L5U A;  4QJM A;  4CNV A;  2FNM A;  3IBN A;  3JXG A;  3F8E A;  1XPZ A;  3RJ7 A;  5EIJ A;  3MHO A;  4M2R A;  4WUQ A;  3SAP A;  1CNJ A;  1HED A;  1UGD A;  5JG5 B;  1IF8 A;  3MHC A;  3MHM A;  4HT0 A;  4QIY A;  3TMJ A;  3MHL A;  4HEY A;  3K34 A;  3D0N A;  4LU3 A;  5DSP A;  4BCW A;  4RIV A;  4PXX A;  4JSW A;  1J9W A;  4R5B A;  1G0E A;  5FNH A;  1BV3 A;  3DD0 A;  4PYY A;  3CZV A;  3DC9 A;  3B4F A;  3P5L A;  5AMD A;  4RUY A;  4Q8Y A;  4K0S A;  3M1Q A;  2VVA X;  3U47 A;  4YGL A;  5BNL A;  4QJX A;  9CA2 A;  4BF6 A;  5DSM A;  1LG5 A;  4Q7W A;  3S72 B;  2AX2 A;  1CNI A;  1I9N A;  5E2R A;  1FQR A;  4JS6 A;  5FDI A;  5EZT X;  3T5Z A;  3MWO A;  5SZ5 A;  4IDR X;  1FQL A;  1G0F A;  1ZGE A;  4GL1 X;  4MDM A;  1G1D A;  5G01 A;  2NMX A;  3JXF A;  3P4V A;  5BYI A;  2Q38 A;  3JXH C;  3PO6 A;  4RFD A;  1ZH9 A;  2HL4 A;  2NWY A;  4M2V A;  4YXO A;  4FRC A;  3DCC A;  3M1J A;  3SAX A;  3L14 A;  1TEU X;  3M2Y A;  1G3Z A;  4MLX A;  1OKN A;  5E28 A;  4HF3 A;  1AVN A;  3S9T A;  3K7K A;  4E4A A;  4Q6D A;  3UYN A;  1FSQ A;  3BL1 A;  2NXT A;  1CNG A;  2NN1 A;  2NNO A;  3S77 B;  5EHW A;  3IAI A;  2WEG A;  4XFW A;  5DSQ A;  4QJ0 A;  4KUV A;  1CAO A;  4Z0Q A;  1RAZ A;  5G03 A;  5E5R A;  1CRM A;  3M98 A;  4G7A A;  1TB0 X;  3S97 A;  1YDC A;  4YXU A;  1THK A;  4PZH A;  3R16 A;  3HKQ A;  3S8X A;  4YX4 A;  1CVH A;  3FFP X;  3T85 A;  2HNC A;  3KNE A;  1ZGF A;  5EKJ A;  4KUW A;  1CNH A;  1UGB A;  3MNA A;  4JSZ A;  3RG4 A;  4Q7V A;  2AW1 A;  1JCZ A;  3MDZ A;  3MYQ A;  5HPJ A;  3OIM A;  4YYT A;  1CIM A;  3D93 A;  1CCU A;  3MNJ A;  1TEQ X;  5DSL A;  3DAZ A;  1CNW A;  1YO1 A;  3NB5 A;  4Q07 A;  4FL7 A;  1RZD A;  5IPZ A;  3N2P A;  4Z1N A;  3UYQ A;  4Q08 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4ITOA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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