4JSA | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFDFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__210723612321068__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__210723612321068__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4jsa/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__210723612321068__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"210723612321068","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4jsa/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__210723612321068__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d005f1dbb1c97f61f5c8319/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d005f1dbb1c97f61f5c8319/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d005f1dbb1c97f61f5c8319/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d005f1dbb1c97f61f5c8319/pdb.gz): 1125 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Metalloprotein-Inhibitor Binding: Human Carbonic Anhydrase II as a Model for Probing Metal-Ligand Interactions in a Metalloprotein Active Site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4jsaA00

1CAOA 2ILIA 1CAIA 3DAZA 5JEPB 2QP6A 3M1WA 3U45X 5JQ0A 2CBBA 3M5SA 3RZ0B 4WR7A 3FFPX 4ZWIA 2CBCA 3M2XA 5BRUA 1FQLA 5DSNA 1FSRA 1RAZA 3M67A 3OYSA 1I9MA 3PO6A 2ZNCA 4JS6A 4QEFA 3SAPA 3M1KA 3W6IA 2WD2A 5DSPA 4QTLA 1V9IC 1HEDA 4WUPA 2IT4A 1MOOA 2HFWA 5FNKA 3UYNA 4CNXA 1CNBA 3MZCA 2WD3A 2POUA 3KNEA 3N2PA 4QSIA 5L6KA 5E2SA 3CAJA 4RN4A 1J9WA 4MTYA 1RZAA 3RYJB 1FLJA 1CNGA 4Q0LA 4QK2A 2NNGA 2Q38A 1AVNA 5G0CA 3K34A 4LP6A 5EHWA 5DSKA 5EZTX 5FDCA 2NNSA 3HLJA 4Q99A 3S97A 5HPJA 4Q06A 1LUGA 5DSOA 1ZNCA 2QOAA 4CNVA 4RIVA 1CIMA 5G03A 1CNIA 4FL7A 3T5UA 1Z93A 2FMGA 4R5AA 4TWMA 3N3JA 5BRWA 2OSFA 1CVFA 4RUXA 1UGGA 1CNKA 2AX2A 1CVDA 1RZBA 1ZFQA 1CZMA 2CABA 3EFTA 3N0NA 4QIYA 4RFDA 3ZNCA 1I9NA 5AMLA 3S8XA 3M2YA 1BNQA 3P55A 3PYKA 3F8EA 5EKJA 1G53A 1I9OA 3OY0A 8CA2A 3MNAA 3T5ZA 5JG5B 3TVOX 1ZE8A 3GZ0A 5EKHA 3U47A 1HCAA 1BN3A 4HEYA 4Q49A 3V3IB 2NWYA 1BNNA 4ILXA 3RG3A 4PYXA 4K0SA 1A42A 3MHMA 5J8ZA 1G54A 2NNVA 1OQ5A 1UGEA 4XIXA 5FLPA 3S76A 1YO2A 3V3JA 1Y7WA 1HUGA 3OKUA 4MDLA 2HKKA 2EU3A 5FLOA 4RH2A 1XPZA 3S74B 2AW1A 3D8WA 1G48A 3V2JA 4YHAA 1ZH9A 2NN1A 3KWAA 3RGEA 3JXHC 3IBNA 3M14A 3IBUA 3B1BA 1KOPA 1BCDA 3D9ZA 5SZ3A 4X5SA 3KLDB 1CAKA 3M1QA 4KP8A 1HCBA 4E3GA 4JSAA 3V3HB 4C3TA 3RJ7A 4COQA 3V7XA 3F4XA 3D93A 3M3XA 3DCWA 3VBDA 4BF6A 2FOVA 1CA3A 5DSJA 4MO8A 5CJFA 3R16A 3NB5A 2ABEA 4E9OX 4G7AA 1RZDA 3CA2A 5SZ0A 3W6HA 3D92A 1CA2A 4RUYA 3P3JA 4CACA 4Q83A 2CA2A 3OILA 1RJ6A 4RIUA 1FSNA 4MLTA 3S72B 1TBTX 3OIKA 2NWZA 1CINA 5DSRA 1CNXA 2WEJA 4GL1X 1G6VA 5EH7A 3NJ9A 3HS4A 1UGDA 4CNRA 3P5LA 4Q9YA 4FVNA 3TVNX 5AMDA 4DZ9A 1TB0X 2WEOA 3P3HA 2X7UA 3MHLA 2QO8A 4HT0A 5DVXA 2Q1QA 1BV3A 1OKMA 2FMZA 1FR4A 1Z97A 1FQMA 4R5BA 5DSQA 2O4ZA 2NN7A 1ZSCA 4HU1A 5FL6A 4CQ0A 4K0ZA 4QJ0A 3S78B 3HKUA 1HEAA 2FNNA 1BNTA 3M96A 1FQRA 1FQNA 4E49A 4N0XB 5A6HA 1FSQA 9CA2A 4PXXA 4WW8A 5L3OA 5DOGA 1IF9A 4KUYA 5E2RA 4XIWA 4E3DA 3HFPA 1DCBA 3P58A 4Q08A 2FOSA 2X7TA 4KP5A 4Q81A 4QJXA 1G0EA 4WW6A 5SZ1A 5E2NA 3T84A 4YGKA 4FRCA 1LZVA 3RYVB 4ITPA 3KKXA 1TG9A 3ML5A 5EHVA 3KOKA 5FNIA 3HKNA 2Q1BA 1CAHA 4KUVA 5DOHA 3DVDA 4FIKA 1DMXA 2OSMA 5FNLA 3PJJA 4QJMA 1BN4A 3OIMA 5DSMA 3DA2A 3KONA 4L5UA 2EZ7A 1I8ZA 1I9PA 5EOIA 1ZFKA 5E2MA 5FNMA 3RYYA 3EFIA 4KV0A 5BNLA 4M2WA 4M2VA 1BNVA 1IF5A 1I91A 1RJ5A 4Q7SA 3MDZA 1XEVA 2FNKA 3TMJA 1YDDA 4WL4A 2GEHA 4QK1A 7CA2A 1H4NA 5A25A 4QSJA 4Q7WA 5DRSA 4ZAOA 1F2WA 4Z1NA 1CNHA 5EH8A 1YDBA 3V3GB 1CVBA 4UOVA 3MYQA 1ZSBA 1CNJA 4MLXA 2FOYA 5FLSA 3IEOA 3M40A 4BCWA 4RUZA 2POVA 1HUHA 5SZ5A 3RZ1B 1OKNA 3DCCA 1CNYA 3HKQA 3IAIA 1EOUA 4DZ7A 4QJOA 1CAJA 4Q90A 5FL5A 3T85A 5G01A 5CLUA 3S73B 3DD8A 2HD6A 3FW3A 3V5GA 1H9QA 5E5UA 6CA2A 3P5AA 4N16A 3BETA 3IBLA 3DVBA 5JESB 3C7PA 3F7BA 2NWPA 1TG3A 3M5TA 1JV0A 5EKMA 3MNUA 1KEQA 1CRAA 5EH5A 5FNGA 4YXOA 4K0TA 4Q8XA 3P44A 3MMFA 4Q7VA 3DVCA 2FNMA 1BNMA 1BN1A 4YGNA 2F14A 1BICA 3KIGA 1AZMA 3K2FA 4KNNA 2NNOA 3M1JA 4E3FA 5JGSB 3RLDA 3NI5A 4YX4A 2FOUA 3S9TA 1DMYA 1TEUX 1CCUA 4RFCA 1KOQA 2NXTA 4IWZA 4Q7PA 5CACA 4Q8YA 5JG3B 3T83A 4QY3A 4HEZA 5JDVB 2HOCA 4JSSA 4BF1A 1ZSAA 1YO1A 1I9QA 4YGFA 1YO0A 1CVEA 4ZWZA 3BL1A 5SZ7A 5JGTB 2HNCA 1CVCA 5FNHA 5BYIA 4R59A 2NXSA 5FLTA 4LU3A 5FL4A 5DSLA 4E3HA 3U3AX 1XEGA 1DCAA 3M98A 4K13A 4YYTA 1G4JA 5SZ6A 4Q8ZA 5JEHB 3M04A 4KNIA 3U7CA 4CNWA 4XE1A 5JEGB 1JCZA 1RZCA 3K7KA 3MNKA 1CRMA 3MWOA 3SAXA 3N4BA 3M2NA 3S77B 5DSIA 1KWQA 5EHEA 3DD0A 1Z9YA 5E2KA 4KNMA 4ZX0A 4ZX1A 4YGLA 4M2RA 1TH9A 4YWPA 1HVAA 2CBEA 3DBUA 1H9NA 3D0NA 1CCTA 1I90A 1AM6A 3RZ5A 3F7UA 4Z1EA 1CNCA 1BNUA 1TTMA 4QIZA 3RYXB 2W2JA 3KS3A 1UGCA 2FOQA 5SZ2A 3S71B 4Q6DA 1HECA 3IGPA 4YVYA 4HF3A 4Z1JA 5C8IA 1CALA 3IBIA 3ML2A 4ITOA 5EIJA 5G0BA 4Q07A 4IDRX 1G1DA 1UGFA 1IF6A 1G46A 4FPTA 1IF4A 3V3FA 4M2UA 4E4AA 5JQTA 2CBAA 4MDMA 4QSAA 2WEGA 3SBHA 2VVAX 1XQ0A 2X7SA 2H15A 2NMXA 4HT2A 4L5WA 1OKLA 1URTA 3DC3A 1V9EA 4ETQC 3V2MA 1RAYA 3JXGA 12CAA 4CA2A 3B4FA 2NXRA 4JSWA 3CZVA 5AMGA 4KNJA 4ZWXA 5IPZA 4E5QA 4Z1KA 3ZP9A 1IF7A 1CAMA 4FU5A 4L5VA 4LHIA 4Y0JA 1LGDA 4JSZA 1YDAA 1TE3X 1FR7A 1TEQX 3LXEA 1CAYA 3MNIA 3QYKA 3M5EA 4TWLA 4XZ5A 2H4NA 3RG4A 5LMDA 3BL0A 1MUAA 3MHOA 2POWA 4PQ7A 4PYYA 3RYZA 1CANA 1BNWA 3Q31A 5FLRA 2GD8A 3CYUA 4Z0QA 5FNJA 4XFWA 2HL4A 4KAPA 4Q6EA 1CAZA 1CVAA 3DCSA 4QJWA 5E5RA 3M2ZA 1RZEA 3T82A 2NWOA 1ZGFA 4Q09A 3SBIA 1THKA 4ZWYA 3MHCA 4Q78A 4HBAA 1G52A 3FE4A 3HKTA 3MHIA 3RZ8A 3OYQA 5FLQA 4KUWA 1I9LA 3DC9A 5CA2A 3P4VA 4YXUA 3MNHA 2VVBX 1UGAA 1LG6A 5BRVA 4FVOA 4G0CA 4QJPA 1CNWA 1IF8A 3DV7A 3JXFA 5E28A 1CVHA 3RZ7A 1G4OA 4HEWA 1YDCA 4WUQA 3OKVA 1G45A 3MNJA 3R17B 2FW4A 1G3ZA 4K1QA 3KOIA 5FDIA 4QSBA 1BZMA 4YGJA 1G0FA 4YXIA 1ZGEA 4QK3A 1CCSA 1JD0A 1T9NA 3UYQA 1HEBA 1UGBA 4PZHA 1CILA 1KWRA 4MDGA 5SZ4A 4Q87A 3S75B 2WEHA 2CBDA 3L14A 2EU2A 1LG5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CAO A;  2ILI A;  1CAI A;  3DAZ A;  5JEP B;  2QP6 A;  3M1W A;  3U45 X;  5JQ0 A;  2CBB A;  3M5S A;  3RZ0 B;  4WR7 A;  3FFP X;  4ZWI A;  2CBC A;  3M2X A;  5BRU A;  1FQL A;  5DSN A;  1FSR A;  1RAZ A;  3M67 A;  3OYS A;  1I9M A;  3PO6 A;  2ZNC A;  4JS6 A;  4QEF A;  3SAP A;  3M1K A;  3W6I A;  2WD2 A;  5DSP A;  4QTL A;  1V9I C;  1HED A;  4WUP A;  2IT4 A;  1MOO A;  2HFW A;  5FNK A;  3UYN A;  4CNX A;  1CNB A;  3MZC A;  2WD3 A;  2POU A;  3KNE A;  3N2P A;  4QSI A;  5L6K A;  5E2S A;  3CAJ A;  4RN4 A;  1J9W A;  4MTY A;  1RZA A;  3RYJ B;  1FLJ A;  1CNG A;  4Q0L A;  4QK2 A;  2NNG A;  2Q38 A;  1AVN A;  5G0C A;  3K34 A;  4LP6 A;  5EHW A;  5DSK A;  5EZT X;  5FDC A;  2NNS A;  3HLJ A;  4Q99 A;  3S97 A;  5HPJ A;  4Q06 A;  1LUG A;  5DSO A;  1ZNC A;  2QOA A;  4CNV A;  4RIV A;  1CIM A;  5G03 A;  1CNI A;  4FL7 A;  3T5U A;  1Z93 A;  2FMG A;  4R5A A;  4TWM A;  3N3J A;  5BRW A;  2OSF A;  1CVF A;  4RUX A;  1UGG A;  1CNK A;  2AX2 A;  1CVD A;  1RZB A;  1ZFQ A;  1CZM A;  2CAB A;  3EFT A;  3N0N A;  4QIY A;  4RFD A;  3ZNC A;  1I9N A;  5AML A;  3S8X A;  3M2Y A;  1BNQ A;  3P55 A;  3PYK A;  3F8E A;  5EKJ A;  1G53 A;  1I9O A;  3OY0 A;  8CA2 A;  3MNA A;  3T5Z A;  5JG5 B;  3TVO X;  1ZE8 A;  3GZ0 A;  5EKH A;  3U47 A;  1HCA A;  1BN3 A;  4HEY A;  4Q49 A;  3V3I B;  2NWY A;  1BNN A;  4ILX A;  3RG3 A;  4PYX A;  4K0S A;  1A42 A;  3MHM A;  5J8Z A;  1G54 A;  2NNV A;  1OQ5 A;  1UGE A;  4XIX A;  5FLP A;  3S76 A;  1YO2 A;  3V3J A;  1Y7W A;  1HUG A;  3OKU A;  4MDL A;  2HKK A;  2EU3 A;  5FLO A;  4RH2 A;  1XPZ A;  3S74 B;  2AW1 A;  3D8W A;  1G48 A;  3V2J A;  4YHA A;  1ZH9 A;  2NN1 A;  3KWA A;  3RGE A;  3JXH C;  3IBN A;  3M14 A;  3IBU A;  3B1B A;  1KOP A;  1BCD A;  3D9Z A;  5SZ3 A;  4X5S A;  3KLD B;  1CAK A;  3M1Q A;  4KP8 A;  1HCB A;  4E3G A;  4JSA A;  3V3H B;  4C3T A;  3RJ7 A;  4COQ A;  3V7X A;  3F4X A;  3D93 A;  3M3X A;  3DCW A;  3VBD A;  4BF6 A;  2FOV A;  1CA3 A;  5DSJ A;  4MO8 A;  5CJF A;  3R16 A;  3NB5 A;  2ABE A;  4E9O X;  4G7A A;  1RZD A;  3CA2 A;  5SZ0 A;  3W6H A;  3D92 A;  1CA2 A;  4RUY A;  3P3J A;  4CAC A;  4Q83 A;  2CA2 A;  3OIL A;  1RJ6 A;  4RIU A;  1FSN A;  4MLT A;  3S72 B;  1TBT X;  3OIK A;  2NWZ A;  1CIN A;  5DSR A;  1CNX A;  2WEJ A;  4GL1 X;  1G6V A;  5EH7 A;  3NJ9 A;  3HS4 A;  1UGD A;  4CNR A;  3P5L A;  4Q9Y A;  4FVN A;  3TVN X;  5AMD A;  4DZ9 A;  1TB0 X;  2WEO A;  3P3H A;  2X7U A;  3MHL A;  2QO8 A;  4HT0 A;  5DVX A;  2Q1Q A;  1BV3 A;  1OKM A;  2FMZ A;  1FR4 A;  1Z97 A;  1FQM A;  4R5B A;  5DSQ A;  2O4Z A;  2NN7 A;  1ZSC A;  4HU1 A;  5FL6 A;  4CQ0 A;  4K0Z A;  4QJ0 A;  3S78 B;  3HKU A;  1HEA A;  2FNN A;  1BNT A;  3M96 A;  1FQR A;  1FQN A;  4E49 A;  4N0X B;  5A6H A;  1FSQ A;  9CA2 A;  4PXX A;  4WW8 A;  5L3O A;  5DOG A;  1IF9 A;  4KUY A;  5E2R A;  4XIW A;  4E3D A;  3HFP A;  1DCB A;  3P58 A;  4Q08 A;  2FOS A;  2X7T A;  4KP5 A;  4Q81 A;  4QJX A;  1G0E A;  4WW6 A;  5SZ1 A;  5E2N A;  3T84 A;  4YGK A;  4FRC A;  1LZV A;  3RYV B;  4ITP A;  3KKX A;  1TG9 A;  3ML5 A;  5EHV A;  3KOK A;  5FNI A;  3HKN A;  2Q1B A;  1CAH A;  4KUV A;  5DOH A;  3DVD A;  4FIK A;  1DMX A;  2OSM A;  5FNL A;  3PJJ A;  4QJM A;  1BN4 A;  3OIM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JSAA

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