4JSW | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFCFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__898237507646094__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__898237507646094__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4jsw/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__898237507646094__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"898237507646094","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4jsw/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__898237507646094__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d005f3b7ed72cb3dc3884c6/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d005f3b7ed72cb3dc3884c6/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d005f3b7ed72cb3dc3884c6/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d005f3b7ed72cb3dc3884c6/pdb.gz): 759 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Metalloprotein-Inhibitor Binding: Human Carbonic Anhydrase II as a Model for Probing Metal-Ligand Interactions in a Metalloprotein Active Site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4jswA00

4RN4A 5FL4A 5JESB 4E3DA 3D92A 3RZ0B 3KOIA 3DVCA 3KKXA 3R17B 1CINA 3V3GB 4E49A 5E2KA 3M1WA 1G0EA 3DC3A 4BF1A 4ZWXA 2EZ7A 1CCSA 5JGSB 3K7KA 1OKMA 3D8WA 4YVYA 4ZWIA 3M14A 3S8XA 3RZ5A 4HF3A 5FNIA 1CZMA 1JCZA 1IF7A 4MLTA 3M2ZA 5FNMA 2WEJA 3FE4A 4HU1A 1BNTA 4Q6EA 1CAMA 1LUGA 4C3TA 1XPZA 4ETQC 1CVDA 5E2RA 4GL1X 3DD0A 2O4ZA 3U45X 2Q1QA 4WR7A 5E2SA 4Z1EA 3IBLA 1G46A 4YGKA 1ZSCA 1AZMA 4FVOA 5SZ2A 3DAZA 4QSBA 4QJOA 3P4VA 2GEHA 4XZ5A 3TMJA 5JEHB 4JS6A 1KOQA 4JSAA 4CACA 3HS4A 1FQMA 3K2FA 3OKVA 1RZCA 1BZMA 1TG3A 2HOCA 4CNVA 3IBUA 1CA2A 4MTYA 1YO2A 4KP8A 1I8ZA 1ZSAA 5EH8A 5SZ0A 1CRAA 3MHCA 1DMYA 5EOIA 4LU3A 3M2YA 4FIKA 4MDGA 4Q7VA 5JQ0A 1BNUA 1FLJA 3N2PA 2AW1A 4ILXA 4Y0JA 5JEGB 1H9NA 2NN1A 5C8IA 4K0TA 5FNGA 1JV0A 3SAXA 4QY3A 4Q7WA 1IF4A 1CVEA 1CVBA 4LP6A 4YGNA 4M2UA 3B1BA 3M67A 3N3JA 5EKJA 3V3JA 3NB5A 1OQ5A 1URTA 3OILA 4PXXA 4QIYA 4Q8YA 4IWZA 5CACA 4XIXA 4E3GA 2FMZA 4PYYA 1G6VA 3KONA 3SAPA 3DA2A 4YXOA 5A25A 3M2NA 4BF6A 3V7XA 4QTLA 3MYQA 5A6HA 3KIGA 3JXFA 4JSSA 3DBUA 2AX2A 2F14A 1KOPA 4QJPA 4BCWA 4WUQA 3RG4A 5FLPA 1BNMA 1J9WA 3BL1A 5EH7A 5G03A 4KNNA 5JEPB 5BRUA 1CALA 4HT0A 1BICA 1IF8A 3Q31A 5DSRA 3HKNA 3CZVA 3F8EA 3TVNX 4E3HA 5EH5A 3OYSA 4KP5A 1G4OA 4HEWA 3D9ZA 4QSIA 5FLRA 1HVAA 1ZFQA 2OSMA 4QK1A 4YX4A 3DV7A 1CNXA 3KLDB 3U47A 5AMLA 2X7TA 1MOOA 3V3HB 4KV0A 1YDCA 4ZX1A 4XFWA 1Z97A 1CVHA 2NXRA 4RFDA 1CAYA 5AMGA 1CNJA 5CA2A 5SZ1A 1G3ZA 1HCBA 1AVNA 2HD6A 3MHLA 5G01A 5SZ3A 3W6IA 4E3FA 3DCCA 1CNWA 1I9PA 2H15A 5AMDA 3MZCA 4JSZA 2QO8A 3ZNCA 1CCUA 4RFCA 5FLTA 2ILIA 1I90A 5EZTX 4PQ7A 2WEGA 1FSQA 3IBIA 1AM6A 4ITPA 3M04A 4ITOA 1BNQA 1HUHA 3DVBA 5FDIA 5FDCA 2HL4A 2H4NA 5JGTB 4YHAA 3BL0A 4Q0LA 3S73B 5E28A 2CBAA 1BV3A 1DCBA 4Q87A 2VVAX 5JDVB 4Z1NA 3S71B 1BN3A 2FOUA 4MLXA 3P3HA 4Q06A 1YDDA 5EKHA 5SZ6A 2WD3A 3V3FA 4Q9YA 1ZE8A 3M1JA 5J8ZA 2POVA 2FOQA 2VVBX 4Z1KA 2FOVA 1BNWA 3NJ9A 3W6HA 2HFWA 12CAA 2FMGA 5FNKA 3M1KA 2CBCA 5DOGA 5BRWA 3P3JA 4WUPA 4YGFA 2CABA 1I91A 2CBBA 5EHEA 4QK3A 5DSMA 3M98A 2GD8A 2FOSA 3K34A 3RZ8A 3RYJB 3T5UA 4ZWZA 1KEQA 1HEDA 1UGAA 3M5SA 4X5SA 3R16A 1ZGEA 4ZX0A 7CA2A 1UGBA 2WD2A 4KNMA 3RJ7A 3CYUA 4YXIA 2WEOA 3OIMA 1TH9A 3MNAA 2HNCA 4CA2A 1CNYA 1JD0A 1UGDA 1Z9YA 5DRSA 1G53A 3BETA 4Q07A 4TWMA 1G4JA 4Q09A 3CA2A 5HPJA 5JG5B 1CNCA 3T5ZA 5DOHA 1LG6A 1F2WA 5FNLA 1KWRA 1CAOA 1HEAA 4HEZA 4DZ9A 4L5UA 3VBDA 1BNVA 5DVXA 5DSIA 1EOUA 3OYQA 4QJWA 4ZWYA 5DSOA 4N16A 1BNNA 3RYVB 4YYTA 5BNLA 3HLJA 3RYYA 4M2VA 1T9NA 2NWPA 3T83A 1CILA 4G7AA 3PYKA 4XIWA 1CVCA 2NNSA 1V9EA 3IGPA 3MMFA 4KAPA 4QSAA 5G0BA 4E4AA 4QEFA 3FFPX 4QSJA 3F7UA 6CA2A 3SBIA 2HKKA 4RIUA 1RZDA 3SBHA 4M2WA 2QOAA 4PYXA 5EHVA 1CNKA 3M40A 5EKMA 3MWOA 4L5WA 5IPZA 3HKTA 1FQLA 1LG5A 4QK2A 3C7PA 4MO8A 5SZ4A 2WEHA 3OKUA 3RYXB 4RUZA 1CNIA 3P58A 2ABEA 2NWYA 5DSLA 1G48A 3RZ1B 3S9TA 3IAIA 1FR7A 4KUVA 3V2JA 1V9IC 2NNVA 4CQ0A 5JQTA 4IDRX 2FNKA 1TTMA 1XEVA 4COQA 2NNOA 5DSJA 1FQNA 1CVAA 1Z93A 3F7BA 2CA2A 3U7CA 1CAJA 3EFIA 1LGDA 5G0CA 2FOYA 3CAJA 3M1QA 4FU5A 4KNJA 3V2MA 4RH2A 3V3IB 1I9QA 1CNGA 3HKQA 1XEGA 4WL4A 4KUWA 3L14A 1BN1A 3MNUA 5FL5A 4RIVA 5L3OA 4K0SA 1BN4A 3S72B 3UYNA 1TEQX 3DVDA 4E5QA 8CA2A 1FSNA 5E5UA 1I9OA 2CBEA 5L6KA 1HCAA 1RAYA 1THKA 3N0NA 3D93A 5E5RA 1BCDA 1TBTX 1LZVA 3DD8A 1ZNCA 4Q90A 3S77B 1TB0X 3MHOA 5EHWA 1CRMA 1FQRA 3S74B 1HUGA 1RAZA 1RJ5A 4FVNA 1YO0A 4QIZA 1I9LA 1CAKA 4KNIA 3MNIA 2FNNA 4Q8ZA 4Q99A 5CLUA 1G54A 1TG9A 4QJ0A 1OKNA 1G1DA 2FW4A 5DSPA 1ZFKA 5FLOA 2NWZA 2EU2A 3N4BA 5DSQA 2W2JA 4WW6A 1YDBA 3OIKA 3TVOX 1CNBA 1IF9A 4HT2A 4N0XB 4WW8A 3QYKA 3P44A 3P55A 1FSRA 2NNGA 3S75B 1UGCA 3HFPA 4RUYA 4JSWA 2CBDA 3EFTA 1TEUX 4XE1A 2X7UA 3NI5A 4Z1JA 1UGFA 3F4XA 5E2NA 4Q7SA 1TE3X 4L5VA 3S97A 4Q81A 3KNEA 4E9OX 3FW3A 4Q83A 5EIJA 3RLDA 1CANA 4R5BA 2NMXA 1CAIA 3HKUA 1CAZA 1CAHA 3MHIA 4K0ZA 4Q7PA 1IF6A 1RJ6A 4DZ7A 4QJXA 4CNXA 3T84A 4FRCA 3M2XA 3M96A 3MNJA 5E2MA 1DMXA 2POUA 4CNWA 1HECA 3KS3A 1DCAA 1G0FA 3M5EA 5BYIA 5SZ7A 5FNJA 4RUXA 3B4FA 5DSNA 3U3AX 1CNHA 5FLSA 3S76A 3LXEA 1KWQA 3T82A 3OY0A 4YXUA 3RG3A 3IBNA 1UGEA 3M5TA 3MHMA 1CVFA 5JG3B 3KOKA 4QJMA 1RZEA 3ML5A 4FL7A 4Q78A 4MDMA 4R59A 3T85A 4LHIA 3S78B 1RZAA 2NXSA 5BRVA 3DCWA 2POWA 5FLQA 1IF5A 1CA3A 1YDAA 1ZSBA 3PJJA 2X7SA 5FL6A 1YO1A 5CJFA 2NWOA 4Q6DA 4MDLA 4UOVA 4YGJA 4Z0QA 1UGGA 4PZHA 4Q8XA 1G45A 2FNMA 3ZP9A 3D0NA 3IEOA 3P5LA 4YGLA 2NN7A 3M3XA 3V5GA 1I9NA 1RZBA 4ZAOA 4CNRA 1ZH9A 1HEBA 4FPTA 3DC9A 3GZ0A 1MUAA 5FNHA 3DCSA 3RYZA 9CA2A 4HBAA 4K1QA 4TWLA 1I9MA 2QP6A 2EU3A 1H9QA 1Y7WA 1A42A 1FR4A 1G52A 4YWPA 1OKLA 5DSKA 4Q49A 1ZGFA 5LMDA 3PO6A 2ZNCA 1CCTA 2Q1BA 4HEYA 3RGEA 1XQ0A 3JXHC 3JXGA 4K13A 4KUYA 3MNHA 1H4NA 4G0CA 4M2RA 3UYQA 3ML2A 3MNKA 4Q08A 4R5AA 2NXTA 2IT4A 3MDZA 2Q38A 3P5AA 3RZ7A 1CIMA 2OSFA 5SZ5A 3KWAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RN4 A;  5FL4 A;  5JES B;  4E3D A;  3D92 A;  3RZ0 B;  3KOI A;  3DVC A;  3KKX A;  3R17 B;  1CIN A;  3V3G B;  4E49 A;  5E2K A;  3M1W A;  1G0E A;  3DC3 A;  4BF1 A;  4ZWX A;  2EZ7 A;  1CCS A;  5JGS B;  3K7K A;  1OKM A;  3D8W A;  4YVY A;  4ZWI A;  3M14 A;  3S8X A;  3RZ5 A;  4HF3 A;  5FNI A;  1CZM A;  1JCZ A;  1IF7 A;  4MLT A;  3M2Z A;  5FNM A;  2WEJ A;  3FE4 A;  4HU1 A;  1BNT A;  4Q6E A;  1CAM A;  1LUG A;  4C3T A;  1XPZ A;  4ETQ C;  1CVD A;  5E2R A;  4GL1 X;  3DD0 A;  2O4Z A;  3U45 X;  2Q1Q A;  4WR7 A;  5E2S A;  4Z1E A;  3IBL A;  1G46 A;  4YGK A;  1ZSC A;  1AZM A;  4FVO A;  5SZ2 A;  3DAZ A;  4QSB A;  4QJO A;  3P4V A;  2GEH A;  4XZ5 A;  3TMJ A;  5JEH B;  4JS6 A;  1KOQ A;  4JSA A;  4CAC A;  3HS4 A;  1FQM A;  3K2F A;  3OKV A;  1RZC A;  1BZM A;  1TG3 A;  2HOC A;  4CNV A;  3IBU A;  1CA2 A;  4MTY A;  1YO2 A;  4KP8 A;  1I8Z A;  1ZSA A;  5EH8 A;  5SZ0 A;  1CRA A;  3MHC A;  1DMY A;  5EOI A;  4LU3 A;  3M2Y A;  4FIK A;  4MDG A;  4Q7V A;  5JQ0 A;  1BNU A;  1FLJ A;  3N2P A;  2AW1 A;  4ILX A;  4Y0J A;  5JEG B;  1H9N A;  2NN1 A;  5C8I A;  4K0T A;  5FNG A;  1JV0 A;  3SAX A;  4QY3 A;  4Q7W A;  1IF4 A;  1CVE A;  1CVB A;  4LP6 A;  4YGN A;  4M2U A;  3B1B A;  3M67 A;  3N3J A;  5EKJ A;  3V3J A;  3NB5 A;  1OQ5 A;  1URT A;  3OIL A;  4PXX A;  4QIY A;  4Q8Y A;  4IWZ A;  5CAC A;  4XIX A;  4E3G A;  2FMZ A;  4PYY A;  1G6V A;  3KON A;  3SAP A;  3DA2 A;  4YXO A;  5A25 A;  3M2N A;  4BF6 A;  3V7X A;  4QTL A;  3MYQ A;  5A6H A;  3KIG A;  3JXF A;  4JSS A;  3DBU A;  2AX2 A;  2F14 A;  1KOP A;  4QJP A;  4BCW A;  4WUQ A;  3RG4 A;  5FLP A;  1BNM A;  1J9W A;  3BL1 A;  5EH7 A;  5G03 A;  4KNN A;  5JEP B;  5BRU A;  1CAL A;  4HT0 A;  1BIC A;  1IF8 A;  3Q31 A;  5DSR A;  3HKN A;  3CZV A;  3F8E A;  3TVN X;  4E3H A;  5EH5 A;  3OYS A;  4KP5 A;  1G4O A;  4HEW A;  3D9Z A;  4QSI A;  5FLR A;  1HVA A;  1ZFQ A;  2OSM A;  4QK1 A;  4YX4 A;  3DV7 A;  1CNX A;  3KLD B;  3U47 A;  5AML A;  2X7T A;  1MOO A;  3V3H B;  4KV0 A;  1YDC A;  4ZX1 A;  4XFW A;  1Z97 A;  1CVH A;  2NXR A;  4RFD A;  1CAY A;  5AMG A;  1CNJ A;  5CA2 A;  5SZ1 A;  1G3Z A;  1HCB A;  1AVN A;  2HD6 A;  3MHL A;  5G01 A;  5SZ3 A;  3W6I A;  4E3F A;  3DCC A;  1CNW A;  1I9P A;  2H15 A;  5AMD A;  3MZC A;  4JSZ A;  2QO8 A;  3ZNC A;  1CCU A;  4RFC A;  5FLT A;  2ILI A;  1I90 A;  5EZT X;  4PQ7 A;  2WEG A;  1FSQ A;  3IBI A;  1AM6 A;  4ITP A;  3M04 A;  4ITO A;  1BNQ A;  1HUH A;  3DVB A;  5FDI A;  5FDC A;  2HL4 A;  2H4N A;  5JGT B;  4YHA A;  3BL0 A;  4Q0L A;  3S73 B;  5E28 A;  2CBA A;  1BV3 A;  1DCB A;  4Q87 A;  2VVA X;  5JDV B;  4Z1N A;  3S71 B;  1BN3 A;  2FOU A;  4MLX A;  3P3H A;  4Q06 A;  1YDD A;  5EKH A;  5SZ6 A;  2WD3 A;  3V3F A;  4Q9Y A;  1ZE8 A;  3M1J A;  5J8Z A;  2POV A;  2FOQ A;  2VVB X;  4Z1K A;  2FOV A;  1BNW A;  3NJ9 A;  3W6H A;  2HFW A;  12CA A;  2FMG A;  5FNK A;  3M1K A;  2CBC A;  5DOG A;  5BRW A;  3P3J A;  4WUP A;  4YGF A;  2CAB A;  1I91 A;  2CBB A;  5EHE A;  4QK3 A;  5DSM A;  3M98 A;  2GD8 A;  2FOS A;  3K34 A;  3RZ8 A;  3RYJ B;  3T5U A;  4ZWZ A;  1KEQ A;  1HED A;  1UGA A;  3M5S A;  4X5S A;  3R16 A;  1ZGE A;  4ZX0 A;  7CA2 A;  1UGB A;  2WD2 A;  4KNM A;  3RJ7 A;  3CYU A; 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4JSWA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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