4K0S | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVTFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDLGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTEGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__849334872208583__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__849334872208583__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4k0s/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__849334872208583__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"849334872208583","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4k0s/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__849334872208583__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0060a0bb1c97f61f5c8491/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0060a0bb1c97f61f5c8491/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0060a0bb1c97f61f5c8491/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0060a0bb1c97f61f5c8491/pdb.gz): 553 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Developing isoform specific inhibitors against hCAIX using CAIX mimic rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-04-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4k0sA00

5EH7A 4KUWA 3V2JA 4KAPA 4XFWA 4ZWXA 3TVOX 1CAHA 5E5RA 2POWA 1V9EA 2WEGA 1ZSCA 2POVA 3M5SA 5SZ6A 3JXGA 1ZGFA 5EHVA 5SZ3A 3T85A 1RZAA 4JSZA 5AMLA 4N0XB 4Q78A 1TH9A 3P58A 3K2FA 3P5AA 3P5LA 2IT4A 3BL1A 4Q7VA 1F2WA 1FQNA 5G0BA 3KS3A 3U47A 3MHLA 1J9WA 3DA2A 3M5TA 3RZ1B 2AW1A 1KWRA 4Q87A 3MNHA 3DCWA 5CLUA 3RG3A 4PYYA 3CYUA 3HKTA 3M5EA 4MLTA 4IWZA 1YO1A 4QIYA 5BRUA 1CNCA 4Q0LA 1BN1A 4CNRA 1IF8A 2NWYA 3RYVB 1XPZA 3PO6A 4CNXA 1KEQA 4YXIA 3OY0A 1HCBA 2ILIA 1RZCA 2VVAX 4FRCA 2ABEA 1HEAA 5JDVB 1ZNCA 3HFPA 1MOOA 4CACA 3M40A 4PQ7A 3B4FA 4G0CA 5FL5A 4HEYA 5EKMA 3ML5A 2FMGA 5HPJA 3OKUA 3UYQA 5FL6A 2CBCA 3JXHC 4BCWA 3DBUA 1I90A 1RAYA 4HT0A 4FU5A 3D8WA 3S78B 4KP5A 2CBBA 4FPTA 4C3TA 4HEZA 5BNLA 4Z1KA 1YDAA 5E2KA 3SBIA 4ITPA 2NNOA 3M98A 1UGBA 4XE1A 1XQ0A 4RIUA 2W2JA 3KKXA 1CAIA 5FLTA 1YDBA 3V7XA 1DMYA 2HOCA 4Y0JA 4Q8YA 5DSLA 1ZFQA 5CACA 3IAIA 3KOKA 4X5SA 3MNAA 5JEPB 5E2RA 3W6IA 3MHCA 3M2XA 1G3ZA 2HL4A 3ZP9A 7CA2A 5SZ1A 1FQLA 1CCTA 2QO8A 2WEOA 2FOVA 4Q7SA 3V3HB 1FLJA 1CNYA 1CVCA 4MDGA 3MNIA 1ZGEA 3M96A 4KNIA 1HECA 5EHEA 2Q1BA 3W6HA 4BF1A 2X7UA 5G0CA 3T5ZA 3S76A 4RUYA 2Q38A 4DZ9A 1CIMA 1CVAA 2FOUA 3B1BA 1G0FA 1CVEA 2F14A 3KONA 3RYZA 2OSFA 1FQMA 2NWOA 4QK2A 4QJMA 3SBHA 1CAMA 1UGAA 3M67A 1JCZA 4JSWA 2NN7A 2NXTA 4ZWZA 3S9TA 1LUGA 2GD8A 2EU3A 3S74B 4QJXA 3M14A 3PJJA 2Q1QA 5DSJA 4Q99A 4M2WA 2NNVA 2CBDA 5FNLA 4FVNA 2HD6A 3M3XA 4FIKA 4KNNA 1G53A 1CZMA 4K0SA 4MLXA 5EKJA 4KUYA 1G48A 4Q8XA 1H4NA 3MHMA 2NMXA 1IF4A 3HKUA 4CNVA 4RH2A 5SZ7A 3U7CA 4RN4A 3M1QA 5SZ5A 5DSNA 3RGEA 4RUZA 3DD0A 5E2NA 5EH5A 5SZ0A 5DOHA 4JSSA 4KUVA 2VVBX 4XIWA 3FE4A 3OYSA 1KOQA 3F7UA 12CAA 1HUGA 1OKNA 1LG6A 1I91A 5EHWA 1CAZA 4ZWYA 4KNMA 1LZVA 5FLPA 3SAPA 4M2VA 3HKNA 4QK3A 3R17B 3MYQA 1THKA 5DSPA 5FNHA 3KIGA 1HEBA 2WD3A 2HKKA 4XZ5A 3DD8A 4R59A 4Q7WA 5FNMA 5DSMA 4ILXA 3NB5A 4WR7A 9CA2A 3V3FA 4UOVA 2QOAA 5FLQA 3MHOA 1UGCA 3U45X 5FL4A 1RJ6A 4WUQA 3GZ0A 5JEHB 3NJ9A 3S72B 5IPZA 2NXSA 5FLOA 1YDDA 2FNKA 3RJ7A 4Q09A 2HFWA 1I9NA 4K1QA 1UGEA 5BRWA 3FW3A 5L3OA 5FNIA 4HU1A 5DSKA 1A42A 3IBLA 4CA2A 1CNKA 1CALA 1Z9YA 4Z0QA 5L6KA 4Q08A 1T9NA 3P55A 4QJPA 4RIVA 5CJFA 4TWMA 3M04A 3ML2A 3MNJA 4LP6A 1CCUA 1CAOA 1XEGA 1ZFKA 4TWLA 4PZHA 4Q8ZA 1G54A 3BETA 4N16A 1AM6A 1H9QA 3DC3A 5FDIA 4WW6A 1I9OA 1BN3A 5EZTX 4Q83A 1DCAA 5AMDA 4YGFA 4HBAA 4JSAA 3S73B 5JESB 3EFTA 1I9PA 1BNTA 2FOQA 4GL1X 3IEOA 3NI5A 1HUHA 4E9OX 4FL7A 3DVBA 4Z1NA 3OILA 3K7KA 3M2NA 1I8ZA 1IF5A 1I9QA 4KP8A 5FDCA 5JEGB 1CAKA 1KWQA 4QJ0A 3JXFA 4MO8A 3S71B 4Q6DA 5DVXA 4CNWA 1DMXA 5DOGA 4Q07A 5JGTB 1HEDA 4ZX0A 4YWPA 3RYYA 1CCSA 1FSRA 4QK1A 5DSIA 3V3GB 4WW8A 1CAJA 2NNGA 5A6HA 5JG3B 5JQTA 4M2RA 2GEHA 1HCAA 4YX4A 4Q81A 1IF6A 1Y7WA 3SAXA 2X7SA 5FNKA 1Z93A 3S77B 2FMZA 4RFDA 5JQ0A 3VBDA 3MMFA 5E5UA 3DCCA 4M2UA 1RAZA 1TG3A 5AMGA 5DRSA 2CBEA 5EH8A 4YGJA 1FR7A 4Q6EA 4YXUA 4K0ZA 4QSBA 1BV3A 4KV0A 3V3IB 1XEVA 3D0NA 5C8IA 1CA3A 1JD0A 1BCDA 3KWAA 3DAZA 3MNKA 4BF6A 2FNMA 3U3AX 4COQA 3BL0A 4KNJA 1FSQA 3CAJA 1Z97A 4WUPA 1JV0A 1CANA 3L14A 4ETQC 1TE3X 1G4OA 1EOUA 1AVNA 3V5GA 1G6VA 4E5QA 4QTLA 3KOIA 1BICA 2NN1A 3DV7A 1UGDA 3MHIA 5FLSA 4K13A 4IDRX 3S75B 3QYKA 4JS6A 3KNEA 3LXEA 1CNIA 2H4NA 5EIJA 4Q49A 5LMDA 4L5VA 1LG5A 3M2YA 1RZEA 4E3FA 1ZSBA 4Q9YA 1OKLA 1CNBA 4E49A 5JG5B 1URTA 1OQ5A 1BN4A 4PXXA 3MZCA 1TG9A 4R5BA 1CVDA 3M1KA 1G45A 5SZ2A 3T82A 1TBTX 3FFPX 4QJWA 4YGKA 2NWPA 4RFCA 1FQRA 4ITOA 4WL4A 3UYNA 4QSJA 3OIMA 1TTMA 4QIZA 2WEHA 1I9LA 5DSOA 1RJ5A 5E2SA 3RZ0B 2FOYA 4L5UA 3OYQA 1RZDA 3MWOA 3EFIA 1BNQA 5BYIA 3RYXB 1TEQX 4MDLA 4HT2A 3F7BA 3F4XA 4FVOA 3P3JA 4QEFA 4G7AA 2CA2A 4QJOA 2CABA 4Q7PA 3RLDA 2NNSA 3TVNX 3HS4A 3MNUA 1ZSAA 1UGFA 1OKMA 2HNCA 3IBNA 4L5WA 3D9ZA 1AZMA 3K34A 5E28A 4ZAOA 3CA2A 1G0EA 5EKHA 1G46A 3N2PA 3HLJA 5G01A 1BNMA 1RZBA 2ZNCA 5A25A 1DCBA 3P4VA 4E3DA 1CILA 1BNNA 3OKVA 1I9MA 3D93A 3T5UA 3ZNCA 1CVBA 1FR4A 4HF3A 1YO2A 5CA2A 5SZ4A 3CZVA 1CVFA 1UGGA 4XIXA 5DSRA 1TEUX 4Z1JA 3HKQA 1LGDA 5G03A 1H9NA 5EOIA 4QSIA 2FW4A 4YGNA 4E4AA 3RG4A 4RUXA 1V9IC 1IF9A 2FNNA 1TB0X 1BNUA 3M1WA 4DZ7A 3RZ8A 3DVCA 2EZ7A 3PYKA 1CNWA 1CINA 1CNJA 2NXRA 4LU3A 3KLDB 4YGLA 1MUAA 1YO0A 1IF7A 3IGPA 3P3HA 1ZE8A 3OIKA 3TMJA 5BRVA 2WEJA 3R16A 1YDCA 3N4BA 4R5AA 3DVDA 3D92A 3T84A 3P44A 1KOPA 4Q90A 3M2ZA 2X7TA 3RZ7A 5JGSB 5FNGA 3C7PA 6CA2A 3RZ5A 2H15A 1CRMA 1CA2A 2AX2A 3IBUA 1CNGA 3V3JA 2NWZA 5FNJA 1ZH9A 5FLRA 4QY3A 8CA2A 3N0NA 4LHIA 4YYTA 2POUA 1CVHA 4CQ0A 1CNXA 4YVYA 4MTYA 4Q06A 3S8XA 4E3HA 3N3JA 3M1JA 4MDMA 4PYXA 4YHAA 2QP6A 4K0TA 1G52A 2EU2A 4YXOA 3F8EA 1HVAA 1G4JA 1CNHA 1G1DA 4ZWIA 4HEWA 3RYJB 3T83A 4ZX1A 5J8ZA 3V2MA 1BZMA 4Z1EA 4QSAA 1CAYA 2O4ZA 1FSNA 2WD2A 3S97A 3DCSA 3Q31A 3MDZA 3IBIA 1BNWA 5E2MA 5DSQA 1CRAA 2FOSA 1BNVA 2OSMA 4E3GA 2CBAA 3DC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EH7 A;  4KUW A;  3V2J A;  4KAP A;  4XFW A;  4ZWX A;  3TVO X;  1CAH A;  5E5R A;  2POW A;  1V9E A;  2WEG A;  1ZSC A;  2POV A;  3M5S A;  5SZ6 A;  3JXG A;  1ZGF A;  5EHV A;  5SZ3 A;  3T85 A;  1RZA A;  4JSZ A;  5AML A;  4N0X B;  4Q78 A;  1TH9 A;  3P58 A;  3K2F A;  3P5A A;  3P5L A;  2IT4 A;  3BL1 A;  4Q7V A;  1F2W A;  1FQN A;  5G0B A;  3KS3 A;  3U47 A;  3MHL A;  1J9W A;  3DA2 A;  3M5T A;  3RZ1 B;  2AW1 A;  1KWR A;  4Q87 A;  3MNH A;  3DCW A;  5CLU A;  3RG3 A;  4PYY A;  3CYU A;  3HKT A;  3M5E A;  4MLT A;  4IWZ A;  1YO1 A;  4QIY A;  5BRU A;  1CNC A;  4Q0L A;  1BN1 A;  4CNR A;  1IF8 A;  2NWY A;  3RYV B;  1XPZ A;  3PO6 A;  4CNX A;  1KEQ A;  4YXI A;  3OY0 A;  1HCB A;  2ILI A;  1RZC A;  2VVA X;  4FRC A;  2ABE A;  1HEA A;  5JDV B;  1ZNC A;  3HFP A;  1MOO A;  4CAC A;  3M40 A;  4PQ7 A;  3B4F A;  4G0C A;  5FL5 A;  4HEY A;  5EKM A;  3ML5 A;  2FMG A;  5HPJ A;  3OKU A;  3UYQ A;  5FL6 A;  2CBC A;  3JXH C;  4BCW A;  3DBU A;  1I90 A;  1RAY A;  4HT0 A;  4FU5 A;  3D8W A;  3S78 B;  4KP5 A;  2CBB A;  4FPT A;  4C3T A;  4HEZ A;  5BNL A;  4Z1K A;  1YDA A;  5E2K A;  3SBI A;  4ITP A;  2NNO A;  3M98 A;  1UGB A;  4XE1 A;  1XQ0 A;  4RIU A;  2W2J A;  3KKX A;  1CAI A;  5FLT A;  1YDB A;  3V7X A;  1DMY A;  2HOC A;  4Y0J A;  4Q8Y A;  5DSL A;  1ZFQ A;  5CAC A;  3IAI A;  3KOK A;  4X5S A;  3MNA A;  5JEP B;  5E2R A;  3W6I A;  3MHC A;  3M2X A;  1G3Z A;  2HL4 A;  3ZP9 A;  7CA2 A;  5SZ1 A;  1FQL A;  1CCT A;  2QO8 A;  2WEO A;  2FOV A;  4Q7S A;  3V3H B;  1FLJ A;  1CNY A;  1CVC A;  4MDG A;  3MNI A;  1ZGE A;  3M96 A;  4KNI A;  1HEC A;  5EHE A;  2Q1B A;  3W6H A;  4BF1 A;  2X7U A;  5G0C A;  3T5Z A;  3S76 A;  4RUY A;  2Q38 A;  4DZ9 A;  1CIM A;  1CVA A;  2FOU A;  3B1B A;  1G0F A;  1CVE A;  2F14 A;  3KON A;  3RYZ A;  2OSF A;  1FQM A;  2NWO A;  4QK2 A;  4QJM A;  3SBH A;  1CAM A;  1UGA A;  3M67 A;  1JCZ A;  4JSW A;  2NN7 A;  2NXT A;  4ZWZ A;  3S9T A;  1LUG A;  2GD8 A;  2EU3 A;  3S74 B;  4QJX A;  3M14 A;  3PJJ A;  2Q1Q A;  5DSJ A;  4Q99 A;  4M2W A;  2NNV A;  2CBD A;  5FNL A;  4FVN A;  2HD6 A;  3M3X A;  4FIK A;  4KNN A;  1G53 A;  1CZM A;  4K0S A;  4MLX A;  5EKJ A;  4KUY A;  1G48 A;  4Q8X A;  1H4N A;  3MHM A;  2NMX A;  1IF4 A;  3HKU A;  4CNV A;  4RH2 A;  5SZ7 A;  3U7C A;  4RN4 A;  3M1Q A;  5SZ5 A;  5DSN A;  3RGE A;  4RUZ A;  3DD0 A;  5E2N A;  5EH5 A;  5SZ0 A;  5DOH A;  4JSS A;  4KUV A;  2VVB X;  4XIW A;  3FE4 A;  3OYS A;  1KOQ A;  3F7U A;  12CA A;  1HUG A;  1OKN A;  1LG6 A;  1I91 A;  5EHW A;  1CAZ A;  4ZWY A;  4KNM A;  1LZV A;  5FLP A;  3SAP A;  4M2V A;  3HKN A;  4QK3 A;  3R17 B;  3MYQ A;  1THK A;  5DSP A;  5FNH A;  3KIG A;  1HEB A;  2WD3 A;  2HKK A;  4XZ5 A;  3DD8 A;  4R59 A;  4Q7W A;  5FNM A;  5DSM A;  4ILX A;  3NB5 A;  4WR7 A;  9CA2 A;  3V3F A;  4UOV A;  2QOA A;  5FLQ A;  3MHO A;  1UGC A;  3U45 X;  5FL4 A;  1RJ6 A;  4WUQ A;  3GZ0 A;  5JEH B;  3NJ9 A;  3S72 B;  5IPZ A;  2NXS A;  5FLO A;  1YDD A;  2FNK A;  3RJ7 A;  4Q09 A;  2HFW A;  1I9N A;  4K1Q A;  1UGE A;  5BRW A;  3FW3 A;  5L3O A;  5FNI A;  4HU1 A;  5DSK A;  1A42 A;  3IBL A;  4CA2 A;  1CNK A;  1CAL A;  1Z9Y A;  4Z0Q A;  5L6K A;  4Q08 A;  1T9N A;  3P55 A;  4QJP A;  4RIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4K0SA

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