4KNMA

Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme xiii with 2-chloro-4-{[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)sulfanyl]acetyl}benzenesulfonamide
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
Knots found
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
LSWGYREHNGPIHWKEFFPIADGDQQSPIEIKTKEVKYDSSLRPLSIKYDPSSAKIISNSGHSFNVDFDDTENKSVLRGGPLTGSYRLRQVHLHWGSADDHGSEHIVDGVSYAAELHVVHWNSDKYPSFVEAAHEPDGLAVLGVFLQIGEPNSQLQKITDTLDSIKEKGKQTRFTNFDLLSLLPPSWDYWTYPGSLTVPPLLESVTWIVLKQPINISSQQLAKFRSLLCTAEGEAAAFLVSNHRPPQPLKGRKVRASFH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Benzenesulfonamides with pyrimidine moiety as inhibitors of human carbonic anhydrases I, II, VI, VII, XII, and XIII
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Carbonic anhydrase 13
total genus 78
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: S +31
ec nomenclature ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date 2013-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 4knmA00
3MDZA 3TMJA 2CABA 3P58A 2VVBX 4Q7SA 4YGFA 1TG3A 4LU3A 1YDDA 1CCUA 1CVCA 5DSQA 1RAYA 1CIMA 1RJ6A 1LGDA 4QSIA 3DVDA 1YO0A 3MHLA 2CBBA 3JXGA 4Q8XA 4FIKA 4HEZA 4Q9YA 1YO1A 4QSAA 4XE1A 3DBUA 4DZ9A 3N2PA 5JGTB 3MNJA 3DC9A 2NWYA 2AX2A 4RUYA 3M2XA 3FE4A 4MLXA 2QP6A 5G0BA 1CNJA 5BRWA 3HKNA 2HFWA 2POVA 5EHVA 4CA2A 4E3FA 4LHIA 4Q7PA 3S97A 3OYSA 5JQ0A 2WEGA 5DSRA 3JXHC 4WUQA 1CALA 1CAZA 2FOQA 3N4BA 2CBAA 3SAXA 1XQ0A 2NNOA 5FNIA 1UGAA 4KUYA 1G48A 1G45A 4KAPA 5LMDA 1HUHA 4FRCA 1CNYA 3S8XA 4RN4A 3N0NA 3B1BA 2AW1A 3F4XA 5DSKA 4E9OX 5A6HA 1CNKA 3DVBA 4Z1EA 2H4NA 4QJXA 3D92A 3M40A 4Q07A 1UGGA 1DCBA 2NWZA 3M67A 4QSBA 3OY0A 5FNKA 4N0XB 3DVCA 4CACA 1BCDA 2W2JA 4MDGA 1BNMA 4YYTA 5EKHA 4HF3A 1H9NA 1T9NA 1Z97A 1I90A 4PXXA 3T85A 1RZAA 3U45X 4KP5A 4QIYA 1CANA 1HUGA 4LP6A 4X5SA 4Q09A 3T82A 1HEBA 3KONA 5JEHB 4BF1A 5E2RA 5JEGB 3MHMA 4WW8A 5SZ1A 3FFPX 1CVDA 5EKJA 1TE3X 1ZNCA 4HT0A 5L6KA 4IDRX 1LUGA 4YXIA 1I9OA 3GZ0A 3IBUA 1BNWA 2Q38A 5CA2A 1TEQX 2NXSA 2EU2A 5CLUA 3M1JA 1AVNA 1ZSCA 2FOSA 4Q8YA 1HCAA 2F14A 4Q7WA 3KIGA 4KUWA 3VBDA 1CAMA 1RZBA 1G0FA 5JQTA 4ZX0A 1G52A 4YGLA 1ZSBA 3OIMA 3K7KA 5SZ4A 3K2FA 5EIJA 7CA2A 3M5SA 2CBCA 3M5TA 3TVOX 4DZ7A 3D0NA 4MDLA 1BNVA 1H9QA 1IF4A 3NI5A 2FNNA 1G4JA 4XIXA 1CA3A 1CVHA 5FL6A 4Q8ZA 1HECA 1MOOA 1CVFA 1JV0A 3M3XA 1CNWA 1ZFQA 2CBEA 3M14A 2GD8A 3RG3A 4GL1X 4QTLA 3IAIA 2OSMA 1FQNA 3KWAA 1RAZA 3ZNCA 5FNJA 4G7AA 1I9QA 3D9ZA 4L5UA 4L5WA 3CZVA 3M2NA 4YHAA 4HU1A 3T5ZA 5JGSB 3S9TA 4MLTA 1CNGA 3V3HB 1FSNA 4WR7A 3K34A 5FDIA 1G3ZA 3MWOA 3P4VA 3RYJB 3W6IA 3RG4A 5AMGA 3RYVB 2GEHA 3PO6A 4K0TA 3RZ8A 6CA2A 5EH7A 2ABEA 1URTA 5J8ZA 1I9LA 1CRMA 3S75B 4JSSA 4Q87A 2NN1A 4FL7A 4ZAOA 1BICA 4RIUA 3UYNA 5JG5B 1BN4A 4QSJA 3M04A 4K0ZA 4XZ5A 1I91A 1UGFA 3N3JA 3BETA 4FVNA 1CAYA 2NWPA 3TVNX 4ZWXA 4PZHA 4RFCA 3U7CA 4FU5A 3IGPA 5JESB 5JDVB 1CVEA 4YVYA 1XEVA 1TBTX 1RZCA 4WL4A 2WEJA 5FLPA 3DD0A 3UYQA 3IBLA 5E5RA 5E2MA 1BNNA 1KEQA 3DCWA 4Q7VA 3T83A 3KLDB 4PQ7A 5FL5A 1BN3A 3M5EA 4JSAA 4Z1NA 3RYYA 1ZH9A 4QK1A 5FL4A 1H4NA 3RZ1B 4FVOA 2QO8A 2ZNCA 3DCSA 1LG5A 1MUAA 4QJPA 4E3GA 4YWPA 4YGNA 2NXRA 5A25A 1FLJA 5FLQA 3RGEA 2HL4A 1EOUA 4QK3A 3NB5A 1OKNA 1TEUX 3HFPA 3CAJA 1DMXA 3W6HA 2FNMA 3MNKA 3V3IB 4Q6DA 5JG3B 2NWOA 1RJ5A 1CRAA 3S76A 1G0EA 4QEFA 5G03A 5JEPB 4ZWZA 2Q1QA 2X7UA 4FPTA 3DV7A 3R17B 1V9EA 2IT4A 1LG6A 3L14A 5DSJA 2HOCA 1DCAA 5G0CA 1XPZA 2EU3A 3OYQA 1DMYA 1YO2A 1ZGEA 2FOYA 3U47A 2X7TA 1TTMA 4MO8A 4KNNA 4ITPA 4QJMA 3S77B 4CQ0A 1CCSA 5BYIA 4R59A 5DRSA 3IBIA 3DC3A 3RJ7A 3P55A 3SAPA 1CA2A 4K13A 1CNCA 5AMLA 2CBDA 1BZMA 1Z9YA 1UGEA 1CNHA 3DA2A 1CAIA 2NNVA 4JSWA 2FMZA 3DCCA 5HPJA 3S78B 4HBAA 4R5BA 4TWMA 3C7PA 5C8IA 2CA2A 1I9PA 1KWQA 3D93A 2POUA 3NJ9A 3MNUA 1UGDA 4QK2A 4R5AA 1UGBA 3RYXB 3KOKA 3RZ0B 4YXOA 2FMGA 3DAZA 3OKVA 1F2WA 3KKXA 1TH9A 5DSPA 3MNIA 3LXEA 1BV3A 4QY3A 3IBNA 1CVAA 1IF7A 3RLDA 1KOQA 3F7UA 1FQLA 4Q06A 4XIWA 1HEAA 4Q83A 3S74B 3MYQA 5SZ3A 2HNCA 4CNVA 1KWRA 4KUVA 5SZ2A 4CNWA 5DVXA 4HT2A 2FOUA 3T84A 5AMDA 3IEOA 1I8ZA 4G0CA 4M2VA 5SZ7A 3EFTA 4RUXA 2VVAX 1HVAA 4E49A 5FLTA 1UGCA 4YGKA 1JD0A 1IF5A 1RZDA 5DSIA 2NNSA 5E2NA 3KNEA 3B4FA 4HEWA 3OILA 4KP8A 3PYKA 3V2JA 3S72B 3HKTA 4UOVA 4ZX1A 1CAJA 2WD3A 4Q0LA 4Q90A 3M2YA 4RFDA 4ZWYA 4Q81A 1YDBA 5FNGA 1IF8A 3ZP9A 1KOPA 4CNRA 1Z93A 4CNXA 3QYKA 5EHEA 5EOIA 1CNXA 2O4ZA 3DD8A 3PJJA 1FR4A 4ITOA 5CJFA 3ML2A 4JS6A 1BNQA 1FSRA 3BL1A 3Q31A 4K0SA 4Q08A 4Q99A 5E5UA 3MHOA 4KNJA 3HKQA 3HKUA 4WUPA 5E2SA 3P5AA 3R16A 5EH8A 1BNUA 2NMXA 3RYZA 1V9IC 3V3JA 4Y0JA 5G01A 4L5VA 1HEDA 2NNGA 3CA2A 5EKMA 3U3AX 5BRUA 3P44A 4ILXA 5FLSA 1CZMA 3M2ZA 4MDMA 9CA2A 3D8WA 3BL0A 3SBIA 2ILIA 4QJ0A 4KNMA 5SZ5A 3P5LA 5FLOA 4E5QA 4WW6A 4Z0QA 2H15A 4BF6A 1YDAA 3JXFA 1TB0X 4MTYA 5BNLA 4YXUA 1FQRA 4K1QA 2NXTA 1A42A 4E3HA 1G6VA 3MHIA 1CINA 5FNHA 3M1WA 1ZSAA 4PYXA 1CAOA 1YDCA 5EZTX 5FNMA 1THKA 4KV0A 4RUZA 5EH5A 2POWA 1XEGA 3MNHA 4Z1JA 1BNTA 5DSLA 5SZ6A 3OIKA 1FSQA 4YGJA 3V3GB 3EFIA 3V2MA 4TWLA 3S73B 4HEYA 4QIZA 5CACA 5DSNA 2WEHA 3V7XA 1AM6A 3RZ5A 4M2RA 4YX4A 5BRVA 1AZMA 1FQMA 1G46A 3KOIA 3OKUA 1CNIA 3P3HA 4QJOA 1CILA 3KS3A 3FW3A 1CAKA 4QJWA 1LZVA 2WD2A 1TG9A 1J9WA 2NN7A 2WEOA 2HKKA 3HLJA 3V3FA 4RH2A 1OKLA 4RIVA 1CVBA 1RZEA 2Q1BA 4M2WA 4KNIA 1CNBA 3CYUA 3M98A 5FLRA 1I9MA 4Q49A 2FW4A 2HD6A 1OKMA 3HS4A 2FNKA 5DOGA 3SBHA 4E3DA 3M1KA 3T5UA 1JCZA 2EZ7A 12CAA 3MHCA 2QOAA 1ZGFA 4XFWA 5DOHA 1G54A 1CAHA 1G1DA 3M96A 2FOVA 1HCBA 4JSZA 1IF9A 5DSOA 4M2UA 3M1QA 3MZCA 4Q6EA 4C3TA 1Y7WA 5L3OA 1FR7A 1BN1A 4Z1KA 1G53A 1OQ5A 3P3JA 3V5GA 4IWZA 3F8EA 4ZWIA 4COQA 4Q78A 3ML5A 5FNLA 3F7BA 4PYYA 5E28A 5E2KA 2OSFA 5IPZA 4E4AA 1CCTA 4ETQC 5DSMA 3MNAA 5FDCA 4BCWA 1IF6A 3RZ7A 3MMFA 1ZFKA 3S71B 5SZ0A 4N16A 8CA2A 1ZE8A 5EHWA 1G4OA 2X7SA 1I9NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MDZ A;  3TMJ A;  2CAB A;  3P58 A;  2VVB X;  4Q7S A;  4YGF A;  1TG3 A;  4LU3 A;  1YDD A;  1CCU A;  1CVC A;  5DSQ A;  1RAY A;  1CIM A;  1RJ6 A;  1LGD A;  4QSI A;  3DVD A;  1YO0 A;  3MHL A;  2CBB A;  3JXG A;  4Q8X A;  4FIK A;  4HEZ A;  4Q9Y A;  1YO1 A;  4QSA A;  4XE1 A;  3DBU A;  4DZ9 A;  3N2P A;  5JGT B;  3MNJ A;  3DC9 A;  2NWY A;  2AX2 A;  4RUY A;  3M2X A;  3FE4 A;  4MLX A;  2QP6 A;  5G0B A;  1CNJ A;  5BRW A;  3HKN A;  2HFW A;  2POV A;  5EHV A;  4CA2 A;  4E3F A;  4LHI A;  4Q7P A;  3S97 A;  3OYS A;  5JQ0 A;  2WEG A;  5DSR A;  3JXH C;  4WUQ A;  1CAL A;  1CAZ A;  2FOQ A;  3N4B A;  2CBA A;  3SAX A;  1XQ0 A;  2NNO A;  5FNI A;  1UGA A;  4KUY A;  1G48 A;  1G45 A;  4KAP A;  5LMD A;  1HUH A;  4FRC A;  1CNY A;  3S8X A;  4RN4 A;  3N0N A;  3B1B A;  2AW1 A;  3F4X A;  5DSK A;  4E9O X;  5A6H A;  1CNK A;  3DVB A;  4Z1E A;  2H4N A;  4QJX A;  3D92 A;  3M40 A;  4Q07 A;  1UGG A;  1DCB A;  2NWZ A;  3M67 A;  4QSB A;  3OY0 A;  5FNK A;  4N0X B;  3DVC A;  4CAC A;  1BCD A;  2W2J A;  4MDG A;  1BNM A;  4YYT A;  5EKH A; 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