4M2R | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__430339818820073__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__430339818820073__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4m2r/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__430339818820073__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"430339818820073","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4m2r/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__430339818820073__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007393598d2200f36e297c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007393598d2200f36e297c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007393598d2200f36e297c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007393598d2200f36e297c/pdb.gz): 321 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural study of interaction between brinzolamide and dorzolamide inhibition of human carbonic anhydrases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4m2rA00

3RGEA 1XPZA 2NWOA 4TWMA 2H15A 1BNNA 3S8XA 4YGLA 3S76A 3IBNA 3V2JA 3MZCA 3D9ZA 1DMYA 4YGJA 4Q78A 3B1BA 3S77B 5DSQA 1EOUA 1G52A 3MYQA 4E49A 1ZFQA 3M96A 2QO8A 4Q87A 1F2WA 2O4ZA 4QIZA 1YDBA 2WD3A 3RZ0B 4ZAOA 5AMGA 5JGSB 2POVA 4QSIA 5DSKA 3R17B 3S78B 4BF1A 4Q8YA 2X7SA 3U3AX 5JEGB 2ILIA 3RZ7A 4RH2A 1CVHA 4RUXA 1ZGEA 1G6VA 5FNHA 4PYXA 5E5RA 5FLPA 4XE1A 4CACA 5JDVB 3W6IA 1Z97A 4IWZA 3BETA 3ZNCA 4FU5A 4ZWIA 3OYSA 4WR7A 1I9QA 1LZVA 4E9OX 1CCSA 4E3GA 4FRCA 2WEJA 5FNKA 2F14A 5JG5B 1BCDA 3N4BA 4M2VA 2CBBA 2OSFA 1TEUX 2W2JA 4E4AA 3IBUA 4JS6A 2CABA 2POWA 1YO2A 3S75B 5SZ7A 1IF5A 2HFWA 3CYUA 3RYXB 2EU3A 5EKMA 2Q38A 3M1JA 2CA2A 1FR7A 5CA2A 3M98A 5EIJA 5FLSA 12CAA 3PYKA 1MOOA 5FDIA 4QK3A 3MMFA 4RFDA 3K7KA 1CVEA 4RN4A 4Q07A 5E2NA 1CNIA 1FQMA 5SZ2A 5C8IA 3MNUA 1IF7A 5FNLA 4Q6EA 4QSBA 4KP5A 5G0CA 4KV0A 2NNGA 4PQ7A 1LUGA 1CNHA 1HUGA 3KKXA 1I9PA 5DSPA 1G0EA 3RJ7A 2GEHA 3V3FA 2HL4A 1I9LA 3ML2A 4YYTA 4YWPA 2FNNA 3KONA 4L5UA 2WEGA 1XEGA 4PXXA 4L5VA 5JQ0A 3W6HA 1CNBA 3M67A 1YDDA 5E2SA 3HKNA 1CRMA 4G0CA 2NWPA 4R5BA 1UGCA 4WW8A 4QIYA 3S9TA 3JXGA 3CAJA 5EOIA 3T85A 3KS3A 1TB0X 1CNYA 3M04A 3RLDA 8CA2A 1V9IC 2QP6A 4X5SA 3F7BA 4Z1JA 5HPJA 5DOGA 3M2XA 3DV7A 5SZ6A 3D92A 1G3ZA 4LHIA 4QEFA 3F4XA 2FW4A 5DSMA 4Z0QA 5CJFA 2NNOA 2POUA 3D0NA 3MNJA 4KAPA 4CNXA 2FMGA 5L3OA 5SZ1A 2FOVA 1CCTA 5FNMA 1TBTX 4Q09A 4Q49A 3MWOA 2X7TA 1TG3A 2HD6A 3P4VA 4WUPA 1G4JA 4Q9YA 5DRSA 4MDLA 4Q7SA 3M1KA 1G0FA 4ZX1A 3ML5A 2HKKA 3KIGA 4LP6A 4WUQA 5BYIA 5AMDA 1TH9A 3RG3A 4QSJA 3C7PA 3B4FA 4Q83A 4QJMA 4QK2A 4G7AA 4CNVA 4Z1NA 3T83A 1CCUA 1CNGA 1HVAA 2NXSA 3T5ZA 5EKHA 5EH8A 1ZFKA 1IF9A 4Q7PA 4KNIA 5E2KA 1CA3A 4HEZA 4COQA 4Q81A 4QY3A 3DC3A 4K0TA 3Q31A 3HKTA 4YX4A 3M2NA 2AX2A 1CNXA 1BNUA 4Q99A 5DSOA 1CALA 1CIMA 1CNKA 1CNCA 3CA2A 4FPTA 4CA2A 1RZBA 2VVBX 4MDMA 5FL5A 3IBLA 3F7UA 3S72B 5BRUA 1I9NA 2FNMA 2QOAA 4JSWA 1ZSCA 4HEYA 4XIWA 1BNVA 4Y0JA 2X7UA 3RYZA 3V3GB 2VVAX 4JSAA 1CRAA 3MHLA 3OIKA 1BNQA 1FR4A 1G54A 1YO0A 4ETQC 1DMXA 1G4OA 1XEVA 3D93A 5BRWA 5FLTA 1KOPA 3JXFA 1BNWA 5E5UA 1G46A 1JV0A 2Q1QA 3SAXA 3P5AA 4QJOA 1FSRA 4ITOA 3DVDA 9CA2A 1Z93A 1HEDA 1UGAA 4TWLA 3DCWA 5JGTB 3N2PA 4MDGA 3UYQA 1TG9A 3P5LA 1TEQX 1I8ZA 3EFTA 4Q0LA 1BV3A 2GD8A 4FL7A 3S71B 3MNIA 4CNRA 2WEHA 5DSIA 2NNVA 4Q90A 5FLOA 2NN1A 5JG3B 4DZ9A 4R59A 3L14A 1CAOA 2NWYA 4KNNA 4YGFA 3V7XA 1J9WA 3PO6A 1I91A 2CBDA 1FSQA 3KOIA 3P3HA 4ZWXA 4HT0A 3UYNA 5JESB 5EKJA 4FVOA 2EU2A 4MLXA 4QTLA 4RUZA 1HECA 1MUAA 3DVBA 2NN7A 3BL1A 3MDZA 5FL6A 4DZ7A 4ILXA 1UGFA 4Q7WA 1OKNA 3VBDA 2AW1A 3TMJA 4YGNA 3SBHA 4LU3A 4M2UA 3M2YA 5FL4A 1KWQA 3HLJA 4FVNA 4K0ZA 5DSLA 5EH7A 4ZX0A 2FOUA 3MNKA 4XFWA 1CA2A 1KEQA 1Z9YA 1CVAA 4PZHA 5EH5A 5DOHA 1ZSBA 3RYVB 1ZSAA 3MNAA 1LG6A 3DC9A 4RIUA 4ZWZA 4RUYA 2NXRA 1HEAA 3OKUA 1CZMA 5BNLA 1DCBA 4MTYA 5FNJA 3P58A 2FOQA 3RYYA 1G1DA 4E3HA 1CINA 3HKQA 3MHCA 3RZ8A 1OKLA 3DAZA 3M3XA 1CVFA 1DCAA 4BF6A 4XZ5A 1CNWA 5EZTX 4M2WA 1ZGFA 2NWZA 1H9QA 1G48A 5J8ZA 4N0XB 1I9OA 3V3HB 2NXTA 1BN3A 1CAZA 3S97A 3SAPA 3KNEA 1BNMA 2HNCA 4FIKA 4RIVA 4QJWA 1RJ5A 4E5QA 1TTMA 3EFIA 3K2FA 2H4NA 3RZ1B 1AM6A 4YXOA 3OY0A 1RAZA 2WD2A 3HKUA 3OYQA 3NJ9A 1CANA 4HBAA 4UOVA 2OSMA 4CNWA 4HU1A 3N3JA 2ZNCA 1I90A 1CNJA 4YGKA 3MHIA 4IDRX 5A25A 1RZAA 2HOCA 5DVXA 3N0NA 1CAIA 3OILA 4Q6DA 3DD0A 3S74B 1Y7WA 3FE4A 3ZP9A 4QK1A 4YXIA 3TVNX 5BRVA 3R16A 4N16A 3M1QA 1H9NA 4KUWA 3M40A 4ITPA 1CAMA 1FSNA 1OKMA 3SBIA 1CAYA 1HEBA 1IF6A 5AMLA 5SZ4A 3M2ZA 2NMXA 4XIXA 3RZ5A 3KOKA 4Q8XA 5FLRA 3V5GA 1FQRA 1LG5A 1THKA 2Q1BA 4KP8A 4QJ0A 3DBUA 1XQ0A 4R5AA 3P55A 4GL1X 5E2RA 4KUYA 1JCZA 5FNGA 4HT2A 1YO1A 4K1QA 3S73B 5LMDA 3V3IB 5IPZA 1ZE8A 1KWRA 4HF3A 3M1WA 1UGDA 1FQNA 4E3DA 3IEOA 5EHWA 2EZ7A 2FMZA 5L6KA 1BZMA 1V9EA 3M5TA 5G03A 4Q7VA 1CVCA 4Z1KA 5JEHB 1RAYA 3U47A 3MNHA 1URTA 3M14A 5JQTA 1CAJA 2FNKA 4Q08A 3RG4A 5FLQA 4MLTA 1BNTA 5A6HA 1ZNCA 4C3TA 1AZMA 1AVNA 1BN1A 3CZVA 3IAIA 1HCAA 1I9MA 1IF4A 4K0SA 1FLJA 4KNMA 4MO8A 5CACA 4ZWYA 7CA2A 3V2MA 5DSNA 3M5EA 4KUVA 5FDCA 4QSAA 5FNIA 3F8EA 5SZ0A 3BL0A 3D8WA 3MHMA 3IGPA 3KWAA 4Q8ZA 1JD0A 3KLDB 3NB5A 2NNSA 1RJ6A 3MHOA 1HCBA 4M2RA 3OKVA 1TE3X 1CAKA 4QJXA 5CLUA 3IBIA 3DCCA 2CBEA 4Z1EA 4K13A 1H4NA 1T9NA 4JSZA 3T84A 2CBCA 1LGDA 4YVYA 1UGEA 3DVCA 1FQLA 5EHEA 6CA2A 3GZ0A 4PYYA 3OIMA 5G01A 4QJPA 3DCSA 4WL4A 5E2MA 3DD8A 4CQ0A 1IF8A 1YDCA 3P44A 5DSJA 1UGBA 3JXHC 3K34A 3U45X 1RZCA 4L5WA 4HEWA 3RYJB 3HFPA 4BCWA 1OQ5A 3TVOX 1BICA 1CILA 1CVDA 5EHVA 1YDAA 2ABEA 4E3FA 3P3JA 4WW6A 1RZEA 5G0BA 5SZ5A 3DA2A 2FOSA 4KNJA 2WEOA 1UGGA 5DSRA 3NI5A 3QYKA 1G45A 3T5UA 4YXUA 2FOYA 3FFPX 4Q06A 3U7CA 3PJJA 3T82A 1ZH9A 5SZ3A 2IT4A 4YHAA 1A42A 3LXEA 1G53A 3V3JA 3FW3A 1CVBA 1KOQA 4JSSA 5JEPB 4RFCA 1CAHA 5E28A 1BN4A 2CBAA 3M5SA 3HS4A 1HUHA 1RZDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RGE A;  1XPZ A;  2NWO A;  4TWM A;  2H15 A;  1BNN A;  3S8X A;  4YGL A;  3S76 A;  3IBN A;  3V2J A;  3MZC A;  3D9Z A;  1DMY A;  4YGJ A;  4Q78 A;  3B1B A;  3S77 B;  5DSQ A;  1EOU A;  1G52 A;  3MYQ A;  4E49 A;  1ZFQ A;  3M96 A;  2QO8 A;  4Q87 A;  1F2W A;  2O4Z A;  4QIZ A;  1YDB A;  2WD3 A;  3RZ0 B;  4ZAO A;  5AMG A;  5JGS B;  2POV A;  4QSI A;  5DSK A;  3R17 B;  3S78 B;  4BF1 A;  4Q8Y A;  2X7S A;  3U3A X;  5JEG B;  2ILI A;  3RZ7 A;  4RH2 A;  1CVH A;  4RUX A;  1ZGE A;  1G6V A;  5FNH A;  4PYX A;  5E5R A;  5FLP A;  4XE1 A;  4CAC A;  5JDV B;  3W6I A;  1Z97 A;  4IWZ A;  3BET A;  3ZNC A;  4FU5 A;  4ZWI A;  3OYS A;  4WR7 A;  1I9Q A;  1LZV A;  4E9O X;  1CCS A;  4E3G A;  4FRC A;  2WEJ A;  5FNK A;  2F14 A;  5JG5 B;  1BCD A;  3N4B A;  4M2V A;  2CBB A;  2OSF A;  1TEU X;  2W2J A;  4E4A A;  3IBU A;  4JS6 A;  2CAB A;  2POW A;  1YO2 A;  3S75 B;  5SZ7 A;  1IF5 A;  2HFW A;  3CYU A;  3RYX B;  2EU3 A;  5EKM A;  2Q38 A;  3M1J A;  2CA2 A;  1FR7 A;  5CA2 A;  3M98 A;  5EIJ A;  5FLS A;  12CA A;  3PYK A;  1MOO A;  5FDI A;  4QK3 A;  3MMF A;  4RFD A;  3K7K A;  1CVE A;  4RN4 A;  4Q07 A;  5E2N A;  1CNI A;  1FQM A;  5SZ2 A;  5C8I A;  3MNU A;  1IF7 A;  5FNL A;  4Q6E A;  4QSB A;  4KP5 A;  5G0C A;  4KV0 A;  2NNG A;  4PQ7 A;  1LUG A;  1CNH A;  1HUG A;  3KKX A;  1I9P A;  5DSP A;  1G0E A;  3RJ7 A;  2GEH A;  3V3F A;  2HL4 A;  1I9L A;  3ML2 A;  4YYT A;  4YWP A;  2FNN A;  3KON A;  4L5U A;  2WEG A;  1XEG A;  4PXX A;  4L5V A;  5JQ0 A;  3W6H A;  1CNB A;  3M67 A;  1YDD A;  5E2S A;  3HKN A;  1CRM A;  4G0C A;  2NWP A;  4R5B A;  1UGC A;  4WW8 A;  4QIY A;  3S9T A;  3JXG A;  3CAJ A;  5EOI A;  3T85 A;  3KS3 A;  1TB0 X;  1CNY A;  3M04 A;  3RLD A;  8CA2 A;  1V9I C;  2QP6 A;  4X5S A;  3F7B A;  4Z1J A;  5HPJ A;  5DOG A;  3M2X A;  3DV7 A;  5SZ6 A;  3D92 A;  1G3Z A;  4LHI A;  4QEF A;  3F4X A;  2FW4 A;  5DSM A;  4Z0Q A;  5CJF A;  2NNO A;  2POU A;  3D0N A;  3MNJ A;  4KAP A;  4CNX A;  2FMG A;  5L3O A;  5SZ1 A;  2FOV A;  1CCT A;  5FNM A;  1TBT X;  4Q09 A;  4Q49 A;  3MWO A;  2X7T A;  1TG3 A;  2HD6 A;  3P4V A;  4WUP A;  1G4J A;  4Q9Y A;  5DRS A;  4MDL A;  4Q7S A;  3M1K A;  1G0F A;  4ZX1 A;  3ML5 A;  2HKK A;  3KIG A;  4LP6 A;  4WUQ A;  5BYI A;  5AMD A;  1TH9 A;  3RG3 A;  4QSJ A;  3C7P A;  3B4F A;  4Q83 A;  4QJM A;  4QK2 A;  4G7A A;  4CNV A;  4Z1N A;  3T83 A;  1CCU A;  1CNG A;  1HVA A;  2NXS A;  3T5Z A;  5EKH A;  5EH8 A;  1ZFK A;  1IF9 A;  4Q7P A;  4KNI A;  5E2K A;  1CA3 A;  4HEZ A;  4COQ A;  4Q81 A;  4QY3 A;  3DC3 A;  4K0T A;  3Q31 A;  3HKT A;  4YX4 A;  3M2N A;  2AX2 A;  1CNX A;  1BNU A;  4Q99 A;  5DSO A;  1CAL A;  1CIM A;  1CNK A;  1CNC A;  3CA2 A;  4FPT A;  4CA2 A;  1RZB A;  2VVB X;  4MDM A;  5FL5 A;  3IBL A;  3F7U A;  3S72 B;  5BRU A;  1I9N A;  2FNM A;  2QOA A;  4JSW A;  1ZSC A;  4HEY A;  4XIW A;  1BNV A;  4Y0J A;  2X7U A;  3RYZ A;  3V3G B;  2VVA X;  4JSA A;  1CRA A;  3MHL A;  3OIK A;  1BNQ A;  1FR4 A;  1G54 A;  1YO0 A;  4ETQ C;  1DMX A;  1G4O A;  1XEV A;  3D93 A;  5BRW A;  5FLT A;  1KOP A;  3JXF A;  1BNW A;  5E5U A;  1G46 A;  1JV0 A;  2Q1Q A;  3SAX A;  3P5A A;  4QJO A;  1FSR A;  4ITO A;  3DVD A;  9CA2 A;  1Z93 A;  1HED A;  1UGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4M2RA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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