4MDL | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__25584274748278__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__25584274748278__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4mdl/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__25584274748278__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"25584274748278","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4mdl/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__25584274748278__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0075e0598d2200f36e2b46/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0075e0598d2200f36e2b46/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0075e0598d2200f36e2b46/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0075e0598d2200f36e2b46/pdb.gz): 508 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Carborane-based carbonic anhydrase inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-08-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4mdlA00

4ILXA 4FIKA 3MWOA 4PYYA 3MNUA 1CRAA 3V3HB 3DD0A 5DSRA 3V3FA 2CBAA 1CNKA 4G7AA 5AMGA 1FR4A 4E4AA 3FFPX 4ZX1A 4YYTA 4ZWYA 1CNYA 5FL6A 4QIZA 1H9NA 4RH2A 1BNNA 1CVBA 2POWA 2WD2A 2ZNCA 3KIGA 3N2PA 4Z1JA 3S71B 1HCAA 4MDLA 3T84A 4C3TA 4Q83A 4E5QA 1G53A 3OKUA 1FSRA 1DMYA 4DZ7A 3S78B 5BRWA 1ZFQA 3M5EA 4KNNA 1BNVA 4QJXA 3F8EA 1CAJA 4KP8A 3IGPA 3SBHA 1FQRA 5FNIA 4RIVA 3SAPA 1CVFA 1Z9YA 2FW4A 4RFDA 4Q6DA 3S76A 3KNEA 3T85A 4R5BA 4E3DA 5G03A 5SZ2A 1AM6A 4Q09A 5EIJA 5EKHA 4YXIA 3BL1A 4HEZA 2OSMA 4Q0LA 5BRUA 1G45A 4QIYA 1DCAA 5E28A 1Z93A 2FOUA 2NXTA 3T83A 2NWPA 2WEOA 4L5VA 3KOKA 1TTMA 4CNRA 1RJ5A 5FL5A 4QK1A 1H4NA 5JEGB 1YO0A 1CNWA 1HECA 5JGSB 2OSFA 4RUXA 5BRVA 5CJFA 3SBIA 5FNGA 2WEJA 4ITPA 5EH7A 2WEHA 1I9QA 5E2KA 1G6VA 3V3JA 1BV3A 1CNCA 1RZDA 4FRCA 1CVAA 3MYQA 3IBUA 4QK3A 5FNLA 5EZTX 4Q87A 4Q9YA 1Y7WA 3DA2A 3T82A 1IF5A 2H15A 3HS4A 4XFWA 4M2WA 4FL7A 1YO1A 4ZWZA 4IWZA 4KNMA 3F7BA 1TG9A 1G48A 1G54A 3RZ7A 3UYNA 1G3ZA 5SZ6A 5EHEA 2NNVA 1JCZA 3V5GA 4Q06A 4QJPA 3QYKA 3HFPA 3M1JA 1TE3X 3R17B 1CAMA 4ZX0A 4YWPA 1UGGA 4HT2A 1CCUA 5DSKA 5E2RA 4TWMA 3M2ZA 5DSQA 3W6IA 3JXFA 3MMFA 1RJ6A 3MHCA 2FMZA 5EH8A 1V9IC 4M2UA 3FE4A 1RAYA 3M96A 3TVOX 4Z1EA 3OYQA 1DMXA 3RYZA 1YDAA 4K1QA 1HVAA 1UGCA 1UGFA 1YO2A 2CBEA 3OIKA 4Q7VA 4E49A 1G4OA 3KLDB 5CA2A 3CYUA 2NXSA 5FL4A 1I91A 1IF9A 1CAHA 2POUA 3U47A 3RGEA 1IF4A 2FOQA 1G52A 1T9NA 1YDCA 2NN7A 4JSSA 5FLQA 4CNXA 2NNOA 4K0SA 3P55A 4Q7WA 1I8ZA 4YGNA 5EOIA 3IBLA 3MZCA 4M2VA 3M1KA 4KAPA 3M2XA 3OILA 5EH5A 5SZ0A 1BNQA 2CBCA 3IEOA 5EHWA 4YXOA 1OKLA 2IT4A 1JV0A 1RZEA 4COQA 3EFTA 1KOPA 4PYXA 4E3HA 4RIUA 3TVNX 3DC3A 3F7UA 3S74B 3L14A 2AX2A 1OKNA 3NI5A 3DCCA 5DSLA 4Q6EA 5AMLA 3MHLA 1I9OA 1TB0X 4KUWA 3ZP9A 2WD3A 3HKNA 1I9LA 2NN1A 1ZFKA 4PQ7A 4Q8ZA 4MO8A 4XIWA 5JG3B 1CRMA 1BZMA 5BNLA 2HNCA 1XEVA 1CCTA 3PJJA 12CAA 4YGFA 3V2MA 4FPTA 3RZ5A 3P5AA 1BICA 2CABA 4RUYA 4QSBA 4Q08A 5EKMA 4QJMA 3C7PA 1JD0A 5IPZA 1CILA 1IF6A 5SZ3A 3M5TA 1ZGEA 3D8WA 4UOVA 5G01A 4YXUA 4ZAOA 1CNGA 1UGAA 4ITOA 4LP6A 3S8XA 1KOQA 1BNWA 2FNNA 4KUYA 4HBAA 3U3AX 1LG5A 2NWYA 2ILIA 4KV0A 1UGDA 4E9OX 5JGTB 5C8IA 3T5UA 5G0CA 1A42A 4JSZA 4MTYA 3K34A 3MDZA 3RJ7A 3HKQA 4DZ9A 3KONA 3RG4A 2HL4A 4WW6A 3M04A 4ETQC 3HKUA 2GD8A 4HT0A 3P44A 3M67A 2FOSA 3M2YA 3M98A 2FMGA 3P58A 3BL0A 5DVXA 3CZVA 5SZ7A 3U7CA 3JXGA 3S75B 3B1BA 3SAXA 1J9WA 4CNWA 1TEQX 1ZNCA 1CNHA 2AW1A 3R16A 5JG5B 3S9TA 5L6KA 5E2SA 3B4FA 4N0XB 4CNVA 4E3FA 4K13A 1CZMA 1YDBA 4Y0JA 5DRSA 4CACA 5EHVA 5FNJA 1CANA 4HEWA 4RN4A 3KS3A 4Q90A 3M3XA 3P3HA 1I90A 1BCDA 4WL4A 4E3GA 3TMJA 1LUGA 2CA2A 3N0NA 3DCWA 4QEFA 3DAZA 1ZGFA 3K7KA 1LZVA 3DVDA 4QTLA 1ZSCA 2W2JA 3MNAA 4HF3A 5A25A 2NWOA 4Z0QA 1HUHA 3MHMA 4X5SA 3Q31A 1FQMA 1ZE8A 1OQ5A 1HEBA 3PYKA 2EU2A 5FLPA 2HOCA 1CNXA 3V3GB 4HU1A 1CALA 4IDRX 3S97A 1CNJA 1CAOA 5FNMA 3RZ8A 1AZMA 1FR7A 3DCSA 3LXEA 5J8ZA 3RYYA 4WUPA 4CQ0A 1CNIA 3MNIA 4PZHA 4CA2A 5G0BA 1IF8A 3V2JA 1FQNA 4JS6A 4XZ5A 2NXRA 3P5LA 3OIMA 4TWLA 2O4ZA 5BYIA 1I9PA 4ZWXA 1KWRA 1KEQA 3DD8A 4Q07A 1TH9A 5SZ5A 3M1QA 3OKVA 1BNTA 5JEHB 4WW8A 4Q78A 4R5AA 5FNKA 5DSPA 5DSMA 4QK2A 3RLDA 1KWQA 5E5UA 3IBIA 5LMDA 2VVBX 4FU5A 1BNMA 1TG3A 1XPZA 4WUQA 1BN3A 4XE1A 1HEAA 4GL1X 1H9QA 3CA2A 5AMDA 1G0EA 3RYVB 3M40A 2NWZA 3S73B 1THKA 1MUAA 3IBNA 2Q38A 2FNKA 4YGLA 3RZ1B 4YGJA 5L3OA 3MHIA 4RUZA 1EOUA 1LG6A 1AVNA 2F14A 3MNKA 4HEYA 3OY0A 5HPJA 4RFCA 4QSAA 4YVYA 5JQTA 4KNIA 2X7TA 3CAJA 1HUGA 2VVAX 3ML5A 3P3JA 3RYJB 1BN4A 4K0ZA 3HLJA 1CA3A 2CBBA 3M1WA 1URTA 2HFWA 4Q8YA 3V7XA 1TBTX 2HD6A 4FVNA 1FSNA 1I9MA 1XQ0A 3NB5A 1HEDA 3PO6A 1ZSAA 9CA2A 3KKXA 1FQLA 3D92A 1FSQA 1IF7A 4YGKA 1RZCA 3KOIA 4PXXA 5E5RA 1CNBA 4MDGA 3EFIA 3RG3A 3F4XA 4L5WA 8CA2A 4M2RA 4MLXA 1ZH9A 1CIMA 3ZNCA 3M14A 3M5SA 2ABEA 1RZBA 4JSAA 5FLOA 2GEHA 4LU3A 5FDCA 1CCSA 4MLTA 3MNHA 2HKKA 4QJ0A 3KWAA 1CAYA 3UYQA 1BN1A 4FVOA 1CVCA 1G1DA 3MHOA 5A6HA 2FOVA 3D93A 5DOHA 3DC9A 6CA2A 5DSOA 4YHAA 2X7UA 5CLUA 3K2FA 3RYXB 2NMXA 1LGDA 4ZWIA 4Q99A 1CVHA 5CACA 3MNJA 5FLRA 3U45X 3OYSA 3P4VA 4QY3A 5FDIA 4KNJA 3DBUA 1OKMA 4Z1NA 7CA2A 1G46A 4XIXA 3D9ZA 2FOYA 5JEPB 4Q7SA 5SZ1A 3HKTA 5EKJA 4K0TA 1CVEA 4YX4A 2CBDA 3VBDA 2QOAA 3JXHC 3GZ0A 5DOGA 4Q49A 1DCBA 1Z97A 1MOOA 3ML2A 5FNHA 1CAZA 4L5UA 1G0FA 1BNUA 2Q1QA 1TEUX 1XEGA 4BF6A 4BCWA 2H4NA 3FW3A 3RZ0B 5FLSA 3IAIA 3V3IB 2EZ7A 3BETA 1UGEA 1I9NA 5DSIA 4R59A 2QO8A 4WR7A 1G4JA 3DVBA 3D0NA 4N16A 3N3JA 3NJ9A 4MDMA 3T5ZA 2Q1BA 1CINA 4Q8XA 1CVDA 5JDVB 1ZSBA 4QJOA 5E2MA 1F2WA 1CA2A 2EU3A 5DSNA 1YDDA 5FLTA 2X7SA 2FNMA 1HCBA 1FLJA 4QSIA 4G0CA 4BF1A 5JESB 5SZ4A 2NNSA 1V9EA 3S77B 1CAKA 5E2NA 4Z1KA 4Q81A 4KP5A 3S72B 4JSWA 5JQ0A 2POVA 3W6HA 4LHIA 1UGBA 1RZAA 4QJWA 5DSJA 4QSJA 4Q7PA 3DV7A 3DVCA 1CAIA 3N4BA 1RAZA 2NNGA 2WEGA 4KUVA 2QP6A 3M2NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ILX A;  4FIK A;  3MWO A;  4PYY A;  3MNU A;  1CRA A;  3V3H B;  3DD0 A;  5DSR A;  3V3F A;  2CBA A;  1CNK A;  4G7A A;  5AMG A;  1FR4 A;  4E4A A;  3FFP X;  4ZX1 A;  4YYT A;  4ZWY A;  1CNY A;  5FL6 A;  4QIZ A;  1H9N A;  4RH2 A;  1BNN A;  1CVB A;  2POW A;  2WD2 A;  2ZNC A;  3KIG A;  3N2P A;  4Z1J A;  3S71 B;  1HCA A;  4MDL A;  3T84 A;  4C3T A;  4Q83 A;  4E5Q A;  1G53 A;  3OKU A;  1FSR A;  1DMY A;  4DZ7 A;  3S78 B;  5BRW A;  1ZFQ A;  3M5E A;  4KNN A;  1BNV A;  4QJX A;  3F8E A;  1CAJ A;  4KP8 A;  3IGP A;  3SBH A;  1FQR A;  5FNI A;  4RIV A;  3SAP A;  1CVF A;  1Z9Y A;  2FW4 A;  4RFD A;  4Q6D A;  3S76 A;  3KNE A;  3T85 A;  4R5B A;  4E3D A;  5G03 A;  5SZ2 A;  1AM6 A;  4Q09 A;  5EIJ A;  5EKH A;  4YXI A;  3BL1 A;  4HEZ A;  2OSM A;  4Q0L A;  5BRU A;  1G45 A;  4QIY A;  1DCA A;  5E28 A;  1Z93 A;  2FOU A;  2NXT A;  3T83 A;  2NWP A;  2WEO A;  4L5V A;  3KOK A;  1TTM A;  4CNR A;  1RJ5 A;  5FL5 A;  4QK1 A;  1H4N A;  5JEG B;  1YO0 A;  1CNW A;  1HEC A;  5JGS B;  2OSF A;  4RUX A;  5BRV A;  5CJF A;  3SBI A;  5FNG A;  2WEJ A;  4ITP A;  5EH7 A;  2WEH A;  1I9Q A;  5E2K A;  1G6V A;  3V3J A;  1BV3 A;  1CNC A;  1RZD A;  4FRC A;  1CVA A;  3MYQ A;  3IBU A;  4QK3 A;  5FNL A;  5EZT X;  4Q87 A;  4Q9Y A;  1Y7W A;  3DA2 A;  3T82 A;  1IF5 A;  2H15 A;  3HS4 A;  4XFW A;  4M2W A;  4FL7 A;  1YO1 A;  4ZWZ A;  4IWZ A;  4KNM A;  3F7B A;  1TG9 A;  1G48 A;  1G54 A;  3RZ7 A;  3UYN A;  1G3Z A;  5SZ6 A;  5EHE A;  2NNV A;  1JCZ A;  3V5G A;  4Q06 A;  4QJP A;  3QYK A;  3HFP A;  3M1J A;  1TE3 X;  3R17 B;  1CAM A;  4ZX0 A;  4YWP A;  1UGG A;  4HT2 A;  1CCU A;  5DSK A;  5E2R A;  4TWM A;  3M2Z A;  5DSQ A;  3W6I A;  3JXF A;  3MMF A;  1RJ6 A;  3MHC A;  2FMZ A;  5EH8 A;  1V9I C;  4M2U A;  3FE4 A;  1RAY A;  3M96 A;  3TVO X;  4Z1E A;  3OYQ A;  1DMX A;  3RYZ A;  1YDA A;  4K1Q A;  1HVA A;  1UGC A;  1UGF A;  1YO2 A;  2CBE A;  3OIK A;  4Q7V A;  4E49 A;  1G4O A;  3KLD B;  5CA2 A;  3CYU A;  2NXS A;  5FL4 A;  1I91 A;  1IF9 A;  1CAH A;  2POU A;  3U47 A;  3RGE A;  1IF4 A;  2FOQ A;  1G52 A;  1T9N A;  1YDC A;  2NN7 A;  4JSS A;  5FLQ A;  4CNX A;  2NNO A;  4K0S A;  3P55 A;  4Q7W A;  1I8Z A;  4YGN A;  5EOI A;  3IBL A;  3MZC A;  4M2V A;  3M1K A;  4KAP A;  3M2X A;  3OIL A;  5EH5 A;  5SZ0 A;  1BNQ A;  2CBC A;  3IEO A;  5EHW A;  4YXO A;  1OKL A;  2IT4 A;  1JV0 A;  1RZE A;  4COQ A;  3EFT A;  1KOP A;  4PYX A;  4E3H A;  4RIU A;  3TVN X;  3DC3 A;  3F7U A;  3S74 B;  3L14 A;  2AX2 A;  1OKN A;  3NI5 A;  3DCC A;  5DSL A;  4Q6E A;  5AML A;  3MHL A;  1I9O A;  1TB0 X;  4KUW A;  3ZP9 A;  2WD3 A;  3HKN A;  1I9L A;  2NN1 A;  1ZFK A;  4PQ7 A;  4Q8Z A;  4MO8 A;  4XIW A;  5JG3 B;  1CRM A;  1BZM A;  5BNL A;  2HNC A;  1XEV A;  1CCT A;  3PJJ A;  12CA A;  4YGF A;  3V2M A;  4FPT A;  3RZ5 A;  3P5A A;  1BIC A;  2CAB A;  4RUY A;  4QSB A;  4Q08 A;  5EKM A;  4QJM A;  3C7P A;  1JD0 A;  5IPZ A;  1CIL A;  1IF6 A;  5SZ3 A;  3M5T A;  1ZGE A;  3D8W A;  4UOV A;  5G01 A;  4YXU A;  4ZAO A;  1CNG A;  1UGA A;  4ITO A;  4LP6 A;  3S8X A;  1KOQ A;  1BNW A;  2FNN A;  4KUY A;  4HBA A;  3U3A X;  1LG5 A;  2NWY A;  2ILI A;  4KV0 A;  1UGD A;  4E9O X;  5JGT B;  5C8I A;  3T5U A;  5G0C A;  1A42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4MDLA

Total Genus

Knots found

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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