4MDL | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__352117789778131__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__352117789778131__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4mdl/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__352117789778131__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"352117789778131","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4mdl/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__352117789778131__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Carborane-based carbonic anhydrase inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2013-08-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4mdlA00

3DCCA 7CA2A 4RIUA 4XZ5A 4CQ0A 4FRCA 3JXFA 1FLJA 3T5UA 1CAKA 1BN1A 1CIMA 4Q6EA 4RUXA 3M2ZA 1RAYA 5E2MA 4BCWA 4HT2A 1CNXA 1FR4A 4Z1JA 1ZNCA 1EOUA 4Q8YA 1Z9YA 1BICA 1JV0A 1HECA 1DMXA 3T83A 3U45X 4ILXA 4YXOA 5JEHB 1IF6A 1V9EA 3M1QA 3GZ0A 3HS4A 5FLOA 2NXRA 2NMXA 5FNMA 4YYTA 5L6KA 4CNXA 4K13A 4FIKA 5G0CA 4Q8ZA 3T84A 3EFIA 1TE3X 3C7PA 3CZVA 4KUVA 3U7CA 3KWAA 3MDZA 2X7SA 3M5TA 3P3JA 5A25A 3F7UA 5FLPA 2OSFA 1G4OA 1TG9A 3V3IB 2FOVA 5DRSA 1TEUX 5EHVA 3RYJB 4MDGA 1HCAA 1ZFQA 2EZ7A 1CRAA 1CNIA 1OKLA 3JXGA 2ZNCA 1YDCA 5SZ5A 4K0TA 2IT4A 1F2WA 5SZ4A 5FDCA 1UGFA 4RFDA 3P55A 4IDRX 5E2SA 1CNHA 4WW8A 4DZ9A 2EU2A 4G0CA 3Q31A 4Q7WA 1CCSA 4Q09A 4Z1NA 3ML2A 4Q8XA 2FNNA 9CA2A 2FOUA 4MTYA 5E5UA 1I9NA 3SBHA 4KUYA 5DSQA 1CAJA 1CVBA 5IPZA 1DMYA 1KEQA 4M2WA 2NXTA 4KUWA 1CALA 4ZWIA 2O4ZA 1CA2A 2NNGA 5BYIA 5DSIA 2OSMA 2NWZA 2CA2A 4CNRA 1CNWA 5DSRA 5DSJA 3FE4A 2VVAX 1CNCA 1CINA 4L5WA 1CNGA 2X7TA 5SZ1A 4QJPA 3DV7A 1CNYA 4KP8A 1IF9A 2CBEA 1YO1A 5EOIA 3S73B 3T5ZA 3OIMA 4YVYA 3U47A 5CACA 3OKVA 1HEBA 3KNEA 5CLUA 2CBAA 4XE1A 5SZ3A 4YWPA 4CNVA 3TMJA 4WR7A 3OYSA 4R59A 3EFTA 4YXUA 1RJ6A 1G48A 4Q7VA 3M3XA 1UGEA 4QEFA 3S75B 5DVXA 3F8EA 3TVNX 1G53A 4QK1A 5DOHA 1CAZA 3RLDA 5FNLA 1BNUA 2ABEA 5FLTA 3M1JA 4K0ZA 1HUGA 5JQTA 4WUQA 3MHOA 4PYYA 1ZSCA 3HFPA 5FL6A 5EH7A 5G01A 1H4NA 5EHWA 2AX2A 1ZSBA 4QJOA 1RZAA 1H9NA 5DOGA 1HVAA 1G0EA 2FNKA 3MHCA 4ZX1A 1TEQX 4QIZA 3RG4A 5JGSB 4QJMA 4E3HA 3K34A 4QSJA 2CABA 1TB0X 2CBCA 5FNGA 4QY3A 1I8ZA 1BZMA 4X5SA 5E2RA 2POUA 3HKQA 4Z1EA 2NNVA 1RZCA 1URTA 3HLJA 2NWOA 3FW3A 2FOQA 1TTMA 3OILA 2Q38A 4KAPA 3SAXA 1I90A 2H4NA 5J8ZA 1LGDA 5JEGB 3ML5A 5FNIA 5JEPB 4PYXA 1YO0A 4JSAA 3MNJA 4QK2A 1ZH9A 3IBLA 1ZGEA 2WD2A 4UOVA 4WL4A 4MO8A 4KNIA 3D9ZA 3DCSA 2QP6A 4Q78A 1CCUA 4RH2A 5FLRA 5LMDA 2HFWA 1A42A 1FSQA 4KV0A 3DCWA 3N0NA 3MNUA 4KNJA 1G1DA 1RZDA 3MHIA 4LP6A 1DCAA 3S97A 1CVDA 1MOOA 3S77B 5CJFA 1UGGA 3PO6A 4TWLA 3ZNCA 2FOSA 4YX4A 3DVCA 4E49A 3KOIA 4G7AA 1IF5A 3OY0A 4COQA 4GL1X 1H9QA 3DA2A 1TBTX 3M5EA 2W2JA 1YDDA 4YGNA 2AW1A 3NB5A 4HT0A 5SZ7A 4L5UA 4E3FA 4MLXA 5EKHA 1BV3A 3JXHC 2H15A 3U3AX 3DAZA 3K7KA 4PQ7A 5L3OA 2ILIA 3ZP9A 4BF6A 1CAHA 3MHMA 3DD8A 1V9IC 1HEDA 4FPTA 3V7XA 4K1QA 2EU3A 3D93A 2NWPA 4JSZA 1ZE8A 3V2JA 3KONA 4FVOA 2X7UA 1Z97A 1LG6A 3MWOA 4Q7SA 3S78B 3S76A 5EH5A 3BETA 3KIGA 1ZGFA 3S74B 1BN4A 4Q06A 4HEWA 5BRUA 4KNMA 1AM6A 4YGJA 4YGLA 5A6HA 3S8XA 4TWMA 4C3TA 1UGCA 4R5AA 3D0NA 3IBNA 3L14A 4XIXA 3RYXB 3RYZA 4R5BA 3M1WA 1CAMA 4Z1KA 1CAYA 1KWRA 2FOYA 3FFPX 4FU5A 2Q1QA 1FQLA 5AMLA 1CVEA 2CBDA 1ZFKA 3DC9A 4JSWA 3SAPA 1BCDA 5EKMA 3V2MA 5FNHA 5JDVB 5BNLA 1FQNA 4K0SA 5JESB 4E3DA 2GEHA 5HPJA 6CA2A 3BL0A 4KP5A 1CNBA 5DSKA 2QO8A 5FNJA 3RYYA 4Q90A 1G0FA 5C8IA 4N16A 5SZ0A 2WEGA 3IAIA 5EH8A 4BF1A 2HKKA 5BRWA 3M2NA 4Q49A 5JG3B 3S72B 1JCZA 4PXXA 4QSBA 1DCBA 12CAA 1UGDA 1FR7A 5FLSA 3SBIA 2GD8A 1TH9A 1BNWA 3RZ8A 3M2XA 3TVOX 1FSRA 3MNHA 1BNVA 1RJ5A 1G52A 3B1BA 4E9OX 4QJ0A 3BL1A 3B4FA 3DVDA 5JGTB 5FDIA 3CA2A 4M2VA 8CA2A 1OQ5A 4E4AA 1I9PA 3MNIA 1CRMA 3K2FA 5FL4A 1UGAA 5DSLA 3RZ7A 3P4VA 4FVNA 3DC3A 4CACA 3T82A 5FLQA 4ZWYA 3P5LA 3LXEA 3W6HA 3V3JA 3V3GB 3N3JA 1I9OA 4WW6A 3NI5A 1HUHA 3M98A 3RYVB 5EKJA 5E2KA 3M5SA 4M2UA 5E28A 5BRVA 2HNCA 4YGFA 3HKUA 2VVBX 5DSPA 1RAZA 1Y7WA 1RZBA 4MDLA 3M04A 5AMGA 4MLTA 1CVAA 3RG3A 4Q07A 1G4JA 5AMDA 4Q87A 2POWA 1BNQA 4QSAA 3NJ9A 3KKXA 3UYQA 3M96A 2FNMA 2WEJA 5FNKA 4QJWA 3VBDA 2HD6A 5DSMA 4N0XB 4QSIA 1HEAA 3P44A 2HOCA 4Q81A 4Q7PA 1CAIA 3KLDB 3KS3A 5EIJA 4HEYA 4HEZA 3M40A 3RGEA 3V5GA 1Z93A 4QIYA 4IWZA 4ETQC 1FQMA 1XPZA 1CZMA 4HF3A 3RJ7A 1ZSAA 2NWYA 4M2RA 1CVHA 3N4BA 5G03A 3PYKA 1YDBA 5JQ0A 3IBUA 1CANA 3F7BA 4FL7A 1XEVA 1FQRA 1LUGA 2NN1A 3MNAA 1I9LA 3MMFA 1AZMA 3MNKA 3OIKA 1T9NA 3R16A 4YHAA 4Q08A 1TG3A 1THKA 3DVBA 3RZ5A 3N2PA 2HL4A 1G3ZA 4ZAOA 1OKNA 3V3HB 1G6VA 4YXIA 4Q83A 1XEGA 1FSNA 4ITPA 3OYQA 1JD0A 1UGBA 2FMGA 2WEOA 1OKMA 3CAJA 4XFWA 1I9MA 1YDAA 3RZ0B 3QYKA 3MYQA 4XIWA 2FMZA 1KOPA 4YGKA 3W6IA 3P5AA 3HKTA 4QTLA 1KOQA 3UYNA 3F4XA 1G45A 1LG5A 2NN7A 4ITOA 5JG5B 3CYUA 1AVNA 4WUPA 3S9TA 4QJXA 3MZCA 3OKUA 5FL5A 4Q6DA 5EZTX 3RZ1B 2QOAA 4Q9YA 5SZ2A 1G54A 1I9QA 3P58A 1YO2A 2POVA 5DSNA 1CILA 4PZHA 3S71B 4CNWA 5G0BA 1CVFA 4E3GA 1CCTA 2WD3A 1G46A 3DBUA 1HCBA 2FW4A 1CA3A 2NNSA 5SZ6A 1CVCA 4RUYA 4QK3A 5EHEA 4DZ7A 1LZVA 2NXSA 3DD0A 4RFCA 1KWQA 3MHLA 1IF4A 3M2YA 1BNTA 3V3FA 5DSOA 4RIVA 4LU3A 4KNNA 1MUAA 4JSSA 4ZWXA 3D8WA 4Q0LA 1IF7A 1J9WA 3PJJA 5E2NA 4Z0QA 2WEHA 4L5VA 1I91A 4RN4A 3HKNA 4Y0JA 4CA2A 5CA2A 3IEOA 4Q99A 3M14A 4RUZA 5E5RA 4ZWZA 3M67A 4MDMA 2Q1BA 1CAOA 3KOKA 2NNOA 1CNKA 2CBBA 3R17B 1RZEA 2F14A 1CNJA 1XQ0A 3M1KA 4HBAA 4HU1A 3IGPA 4JS6A 3IBIA 1IF8A 3P3HA 4ZX0A 4E5QA 3D92A 1BNMA 4LHIA 1BN3A 3T85A 1BNNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DCC A;  7CA2 A;  4RIU A;  4XZ5 A;  4CQ0 A;  4FRC A;  3JXF A;  1FLJ A;  3T5U A;  1CAK A;  1BN1 A;  1CIM A;  4Q6E A;  4RUX A;  3M2Z A;  1RAY A;  5E2M A;  4BCW A;  4HT2 A;  1CNX A;  1FR4 A;  4Z1J A;  1ZNC A;  1EOU A;  4Q8Y A;  1Z9Y A;  1BIC A;  1JV0 A;  1HEC A;  1DMX A;  3T83 A;  3U45 X;  4ILX A;  4YXO A;  5JEH B;  1IF6 A;  1V9E A;  3M1Q A;  3GZ0 A;  3HS4 A;  5FLO A;  2NXR A;  2NMX A;  5FNM A;  4YYT A;  5L6K A;  4CNX A;  4K13 A;  4FIK A;  5G0C A;  4Q8Z A;  3T84 A;  3EFI A;  1TE3 X;  3C7P A;  3CZV A;  4KUV A;  3U7C A;  3KWA A;  3MDZ A;  2X7S A;  3M5T A;  3P3J A;  5A25 A;  3F7U A;  5FLP A;  2OSF A;  1G4O A;  1TG9 A;  3V3I B;  2FOV A;  5DRS A;  1TEU X;  5EHV A;  3RYJ B;  4MDG A;  1HCA A;  1ZFQ A;  2EZ7 A;  1CRA A;  1CNI A;  1OKL A;  3JXG A;  2ZNC A;  1YDC A;  5SZ5 A;  4K0T A;  2IT4 A;  1F2W A;  5SZ4 A;  5FDC A;  1UGF A;  4RFD A;  3P55 A;  4IDR X;  5E2S A;  1CNH A;  4WW8 A;  4DZ9 A;  2EU2 A;  4G0C A;  3Q31 A;  4Q7W A;  1CCS A;  4Q09 A;  4Z1N A;  3ML2 A;  4Q8X A;  2FNN A;  9CA2 A;  2FOU A;  4MTY A;  5E5U A;  1I9N A;  3SBH A;  4KUY A;  5DSQ A;  1CAJ A;  1CVB A;  5IPZ A;  1DMY A;  1KEQ A;  4M2W A;  2NXT A;  4KUW A;  1CAL A;  4ZWI A;  2O4Z A;  1CA2 A;  2NNG A;  5BYI A;  5DSI A;  2OSM A;  2NWZ A;  2CA2 A;  4CNR A;  1CNW A;  5DSR A;  5DSJ A;  3FE4 A;  2VVA X;  1CNC A;  1CIN A;  4L5W A;  1CNG A;  2X7T A;  5SZ1 A;  4QJP A;  3DV7 A;  1CNY A;  4KP8 A;  1IF9 A;  2CBE A;  1YO1 A;  5EOI A;  3S73 B;  3T5Z A;  3OIM A;  4YVY A;  3U47 A;  5CAC A;  3OKV A;  1HEB A;  3KNE A;  5CLU A;  2CBA A;  4XE1 A;  5SZ3 A;  4YWP A;  4CNV A;  3TMJ A;  4WR7 A;  3OYS A;  4R59 A;  3EFT A;  4YXU A;  1RJ6 A;  1G48 A;  4Q7V A;  3M3X A;  1UGE A;  4QEF A;  3S75 B;  5DVX A;  3F8E A;  3TVN X;  1G53 A;  4QK1 A;  5DOH A;  1CAZ A;  3RLD A;  5FNL A;  1BNU A;  2ABE A;  5FLT A;  3M1J A;  4K0Z A;  1HUG A;  5JQT A;  4WUQ A;  3MHO A;  4PYY A;  1ZSC A;  3HFP A;  5FL6 A;  5EH7 A;  5G01 A;  1H4N A;  5EHW A;  2AX2 A;  1ZSB A;  4QJO A;  1RZA A;  1H9N A;  5DOG A;  1HVA A;  1G0E A;  2FNK A;  3MHC A;  4ZX1 A;  1TEQ X;  4QIZ A;  3RG4 A;  5JGS B;  4QJM A;  4E3H A;  3K34 A;  4QSJ A;  2CAB A;  1TB0 X;  2CBC A;  5FNG A;  4QY3 A;  1I8Z A;  1BZM A;  4X5S A;  5E2R A;  2POU A;  3HKQ A;  4Z1E A;  2NNV A;  1RZC A;  1URT A;  3HLJ A;  2NWO A;  3FW3 A;  2FOQ A;  1TTM A;  3OIL A;  2Q38 A;  4KAP A;  3SAX A;  1I90 A;  2H4N A;  5J8Z A;  1LGD A;  5JEG B;  3ML5 A;  5FNI A;  5JEP B;  4PYX A;  1YO0 A;  4JSA A;  3MNJ A;  4QK2 A;  1ZH9 A;  3IBL A;  1ZGE A;  2WD2 A;  4UOV A;  4WL4 A;  4MO8 A;  4KNI A;  3D9Z A;  3DCS A;  2QP6 A;  4Q78 A;  1CCU A;  4RH2 A;  5FLR A;  5LMD A;  2HFW A;  1A42 A;  1FSQ A;  4KV0 A;  3DCW A;  3N0N A;  3MNU A;  4KNJ A;  1G1D A;  1RZD A;  3MHI A;  4LP6 A;  1DCA A;  3S97 A;  1CVD A;  1MOO A;  3S77 B;  5CJF A;  1UGG A;  3PO6 A;  4TWL A;  3ZNC A;  2FOS A;  4YX4 A;  3DVC A;  4E49 A;  3KOI A;  4G7A A;  1IF5 A;  3OY0 A;  4COQ A;  4GL1 X;  1H9Q A;  3DA2 A;  1TBT X;  3M5E A;  2W2J A;  1YDD A;  4YGN A;  2AW1 A;  3NB5 A;  4HT0 A;  5SZ7 A;  4L5U A;  4E3F A;  4MLX A;  5EKH A;  1BV3 A;  3JXH C;  2H15 A;  3U3A X;  3DAZ A;  3K7K A;  4PQ7 A;  5L3O A;  2ILI A;  3ZP9 A;  4BF6 A;  1CAH A;  3MHM A;  3DD8 A;  1V9I C;  1HED A;  4FPT A;  3V7X A;  4K1Q A;  2EU3 A;  3D93 A;  2NWP A;  4JSZ A;  1ZE8 A;  3V2J A;  3KON A;  4FVO A;  2X7U A;  1Z97 A;  1LG6 A;  3MWO A;  4Q7S A;  3S78 B;  3S76 A;  5EH5 A;  3BET A;  3KIG A;  1ZGF A;  3S74 B;  1BN4 A;  4Q06 A;  4HEW A;  5BRU A;  4KNM A;  1AM6 A;  4YGJ A;  4YGL A;  5A6H A;  3S8X A;  4TWM A;  4C3T A;  1UGC A;  4R5A A;  3D0N A;  3IBN A;  3L14 A;  4XIX A;  3RYX B;  3RYZ A;  4R5B A;  3M1W A;  1CAM A;  4Z1K A;  1CAY A;  1KWR A;  2FOY A;  3FFP X;  4FU5 A;  2Q1Q A;  1FQL A;  5AML A;  1CVE A;  2CBD A;  1ZFK A;  3DC9 A;  4JSW A;  3SAP A;  1BCD A;  5EKM A;  3V2M A;  5FNH A;  5JDV B;  5BNL A;  1FQN A;  4K0S A;  5JES B;  4E3D A;  2GEH A;  5HPJ A;  6CA2 A;  3BL0 A;  4KP5 A;  1CNB A;  5DSK A;  2QO8 A;  5FNJ A;  3RYY A;  4Q90 A;  1G0F A;  5C8I A;  4N16 A;  5SZ0 A;  2WEG A;  3IAI A;  5EH8 A;  4BF1 A;  2HKK A;  5BRW A;  3M2N A;  4Q49 A;  5JG3 B;  3S72 B;  1JCZ A;  4PXX A;  4QSB A;  1DCB A;  12CA A;  1UGD A;  1FR7 A;  5FLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4MDLA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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