4Q49 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__104099492905592__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__104099492905592__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4q49/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__104099492905592__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"104099492905592","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4q49/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__104099492905592__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0098012af9fbe3f0975a96/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0098012af9fbe3f0975a96/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0098012af9fbe3f0975a96/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0098012af9fbe3f0975a96/pdb.gz): 551 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Joint neutron crystallographic and NMR solution studies of Tyr residue ionization and hydrogen bonding: Implications for enzyme-mediated proton transfer. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-04-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4q49A00

5DOGA 1V9EA 3F7UA 3M98A 1IF6A 1BN3A 3MZCA 1TG9A 2O4ZA 5DSRA 1CNXA 1JCZA 4R59A 2WEOA 1FR4A 4E3FA 3D8WA 1BNUA 2X7TA 4KNJA 3T85A 5DSPA 3S73B 4X5SA 3RZ1B 4Q7VA 5FL6A 3RZ5A 1DMYA 1OKLA 3MHCA 1YDAA 3P55A 3P5LA 1RZCA 1CNIA 3M1WA 3P4VA 4YXOA 1HEDA 5FLTA 5CJFA 4ZWIA 3TVOX 2NWZA 2FNNA 4CNVA 1BNTA 4FPTA 4KUWA 1CIMA 3W6IA 5FNHA 1YO0A 4QY3A 4MLXA 5SZ3A 2CBEA 5G0CA 4PYYA 1LG6A 3EFIA 3N4BA 2FOVA 4L5WA 3RZ8A 3V7XA 1ZSBA 1CVEA 5FLPA 3DA2A 2IT4A 5FNLA 1I91A 1I9QA 3K2FA 3UYQA 1XEGA 5EKJA 3V5GA 5FL5A 3U45X 1TEQX 1CCUA 3RGEA 4JSSA 3T5UA 1KOPA 1CNBA 3RZ0B 3S97A 2X7SA 4WW6A 3S77B 4K13A 4YX4A 1CILA 2NWYA 3M2NA 5E2NA 3MYQA 3M2YA 2GD8A 4PQ7A 4FIKA 4Y0JA 4Q7WA 4K0ZA 3IBNA 3V3FA 1HEAA 1CNKA 4QJWA 2H15A 2CA2A 3S75B 4M2VA 5EHVA 3KKXA 4KAPA 4ZAOA 4FVNA 2FW4A 5BNLA 3HFPA 3S9TA 3KONA 1Z93A 5E5UA 5EH7A 1HUHA 4QJXA 3RZ7A 1G54A 4MDMA 3TMJA 1I8ZA 3U3AX 5FNMA 4Q78A 3MHLA 5DSNA 8CA2A 4Q87A 1V9IC 2HL4A 5EIJA 2HOCA 4XIXA 4XFWA 1BICA 1THKA 5A6HA 5AMGA 3M96A 1G0EA 1BZMA 3CZVA 4M2WA 4JSAA 3T82A 1CAJA 4K0SA 5E2RA 3JXFA 1DMXA 3IEOA 4G0CA 1TEUX 3M1KA 5EKMA 5L6KA 1LUGA 1LZVA 3V2JA 3U47A 4YVYA 6CA2A 3IBLA 1RZDA 3FW3A 1BNVA 1CAIA 5DSJA 3D9ZA 2FOUA 3M04A 4QK3A 1BNWA 4RFCA 1LGDA 5SZ7A 4Q8XA 3IGPA 1G4OA 2OSFA 4KUYA 4UOVA 5SZ1A 2W2JA 4Z1KA 3RYYA 5JESB 3KOKA 4QJOA 4YWPA 1G45A 3M5SA 3T5ZA 1CAKA 5FLRA 5FNKA 2CBDA 4E3GA 5EOIA 1FQNA 4KNNA 1AZMA 4Q0LA 4RN4A 1TB0X 1ZFKA 1A42A 3OIMA 3S74B 2ILIA 4HEWA 1HECA 2NNOA 2H4NA 3ML2A 2FOYA 5JG3B 4QK1A 3F4XA 3OILA 3V3IB 4CNXA 4RIUA 3D93A 3OYQA 2NXSA 1BN1A 1CCTA 1CAHA 4L5UA 3DVBA 3SAXA 4Q8YA 3D92A 3PO6A 5EH8A 2Q1BA 5AMDA 3MNJA 3K34A 4RUZA 4KV0A 1TG3A 2GEHA 4QJ0A 1FSQA 2ZNCA 3M1JA 1I9OA 1ZSCA 1UGAA 3OKVA 1XEVA 4N0XB 4Q90A 1RJ6A 4RH2A 4KNMA 3KS3A 4JSZA 1BNNA 2Q38A 4Q49A 4Q6DA 3S8XA 3BL1A 2POWA 1OKMA 1TBTX 3RYZA 3RYJB 3DC3A 4G7AA 1CAYA 4WR7A 5FNGA 4WUQA 3KWAA 4QSJA 1UGEA 4HU1A 3MHMA 4Q9YA 1XPZA 1BCDA 1UGBA 2FMZA 1G4JA 1RZBA 1CNHA 4DZ9A 3S76A 1IF7A 4E9OX 4R5AA 1I9NA 4ZWXA 3TVNX 1G48A 3HS4A 2CABA 3PYKA 4WUPA 1H9NA 4HEZA 4M2RA 4ZX1A 1URTA 1DCBA 4HBAA 1ZNCA 4ZWZA 1AM6A 4Q07A 3MNUA 2HD6A 3KOIA 4ILXA 5JGTB 5DVXA 2WEHA 5CACA 2VVBX 5BRVA 5SZ6A 5JEGB 1UGDA 3M5EA 4TWMA 4PYXA 5FNIA 2QOAA 4WW8A 1CNYA 5A25A 3QYKA 1CVDA 3MHOA 3IBUA 3M40A 2CBBA 3NI5A 5C8IA 3DVDA 3ZP9A 1UGCA 3T84A 5E2SA 2HKKA 5DOHA 4K0TA 4QTLA 4COQA 2FNKA 3LXEA 3F8EA 3MNKA 1T9NA 4YGKA 3DVCA 2FNMA 5JQ0A 5LMDA 1KWRA 1I9MA 4TWLA 2FOQA 2WD2A 4CA2A 3HKQA 3DBUA 1FSNA 1HUGA 2QP6A 2QO8A 3M2XA 4QSIA 2WEGA 4YGLA 4RUYA 2Q1QA 1UGFA 3DCWA 1YDDA 3B4FA 4XIWA 1CZMA 4E4AA 4ETQC 1CANA 4R5BA 3DCCA 4Q6EA 4HT2A 4ITOA 7CA2A 1CCSA 3RLDA 1CVHA 2CBCA 1OKNA 3P5AA 4KNIA 1CAOA 2HFWA 5EH5A 1CRMA 4QSBA 2WEJA 4ZWYA 4IWZA 3DCSA 1CNGA 3MDZA 3HKTA 1OQ5A 4LHIA 1CA3A 3L14A 3R17B 4E3HA 3D0NA 2NWPA 1HCBA 1KOQA 3B1BA 3OY0A 2POVA 5FNJA 5G03A 1EOUA 3CAJA 4Q08A 1ZH9A 4YGFA 2EZ7A 5DSKA 5BRWA 4DZ7A 2NN7A 4XE1A 4QK2A 4XZ5A 4C3TA 4E49A 4Z0QA 1FQMA 4Q83A 1CVBA 3KNEA 4ZX0A 1LG5A 5G0BA 1HVAA 4Z1EA 4E5QA 1BN4A 3DC9A 3C7PA 1KWQA 4FRCA 3M1QA 5DSIA 1KEQA 4E3DA 1G52A 5DSMA 5JEHB 4KP5A 4M2UA 4K1QA 3KLDB 1F2WA 4N16A 3U7CA 4CQ0A 3SBHA 4BCWA 5IPZA 3GZ0A 3CYUA 1IF4A 5FLQA 4YXIA 1H4NA 3RG3A 1MUAA 4Q7PA 4LP6A 5E2KA 3W6HA 3MHIA 1CVAA 2NXTA 3OKUA 4RFDA 1JV0A 4PZHA 1G6VA 2NMXA 2AW1A 3FE4A 1JD0A 1YDCA 3P3HA 3MNAA 3M5TA 5FLOA 4ITPA 4CNRA 1YO2A 2F14A 5JG5B 4CACA 5SZ4A 2NXRA 5G01A 3DAZA 1CNWA 1CAMA 3S71B 1BNQA 4BF6A 4QSAA 5DSQA 5JGSB 1YO1A 4Q09A 5EKHA 3S72B 1I9PA 2NNSA 5CLUA 4Z1JA 4Z1NA 1CNJA 3R16A 1BV3A 2OSMA 1CINA 3Q31A 5EZTX 1CNCA 4QJMA 3V3JA 3HKUA 1CALA 4Q06A 1FSRA 1CRAA 4JS6A 3V3HB 1UGGA 3S78B 1RZAA 1ZFQA 3UYNA 4KP8A 2WD3A 3RYVB 5FLSA 1FLJA 1HEBA 2NNVA 4YGNA 1TTMA 3P58A 4FVOA 3MMFA 5DSOA 4PXXA 3VBDA 1ZSAA 4FL7A 5L3OA 1G0FA 4JSWA 5FL4A 1CVFA 3M67A 3JXGA 2HNCA 1AVNA 4FU5A 4Q8ZA 4YYTA 1RJ5A 3KIGA 1ZGEA 4KUVA 2POUA 3IAIA 4YXUA 5SZ5A 4GL1X 1I9LA 3BETA 1CA2A 3K7KA 3PJJA 5AMLA 1G53A 4MDLA 3NB5A 3EFTA 1RAZA 4WL4A 4QJPA 5HPJA 1TE3X 5JQTA 5JEPB 3HLJA 3RYXB 3OIKA 2X7UA 3MNHA 5DRSA 3SBIA 3M2ZA 9CA2A 3MNIA 1I90A 1TH9A 1DCAA 1Z97A 3FFPX 1IF9A 1CAZA 2FOSA 2NNGA 4MO8A 5SZ0A 3N2PA 4MLTA 3ML5A 3MWOA 3CA2A 1XQ0A 2EU2A 5E28A 1H9QA 5EHWA 4YHAA 4Q81A 5E2MA 3DD8A 3P3JA 3DV7A 4IDRX 4LU3A 3P44A 12CAA 3BL0A 1MOOA 4MTYA 4RUXA 3N3JA 4HEYA 1FQLA 2NWOA 2CBAA 4Q99A 4HT0A 4BF1A 1G46A 2NN1A 4L5VA 3SAPA 3RJ7A 3F7BA 4CNWA 5BRUA 1RAYA 4QEFA 4HF3A 5FDIA 5FDCA 5JDVB 1CVCA 3M14A 1G1DA 3RG4A 1ZGFA 3DD0A 3JXHC 1G3ZA 3N0NA 1IF5A 4Q7SA 4QIYA 3V3GB 1Z9YA 3M3XA 4QIZA 3T83A 4YGJA 2EU3A 1IF8A 1BNMA 1RZEA 4MDGA 1Y7WA 2FMGA 3NJ9A 3IBIA 5CA2A 3OYSA 1J9WA 5J8ZA 1YDBA 3ZNCA 5SZ2A 2VVAX 1FR7A 5DSLA 5EHEA 3V2MA 1ZE8A 5E5RA 2ABEA 3HKNA 4RIVA 1HCAA 5BYIA 1FQRA 2AX2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DOG A;  1V9E A;  3F7U A;  3M98 A;  1IF6 A;  1BN3 A;  3MZC A;  1TG9 A;  2O4Z A;  5DSR A;  1CNX A;  1JCZ A;  4R59 A;  2WEO A;  1FR4 A;  4E3F A;  3D8W A;  1BNU A;  2X7T A;  4KNJ A;  3T85 A;  5DSP A;  3S73 B;  4X5S A;  3RZ1 B;  4Q7V A;  5FL6 A;  3RZ5 A;  1DMY A;  1OKL A;  3MHC A;  1YDA A;  3P55 A;  3P5L A;  1RZC A;  1CNI A;  3M1W A;  3P4V A;  4YXO A;  1HED A;  5FLT A;  5CJF A;  4ZWI A;  3TVO X;  2NWZ A;  2FNN A;  4CNV A;  1BNT A;  4FPT A;  4KUW A;  1CIM A;  3W6I A;  5FNH A;  1YO0 A;  4QY3 A;  4MLX A;  5SZ3 A;  2CBE A;  5G0C A;  4PYY A;  1LG6 A;  3EFI A;  3N4B A;  2FOV A;  4L5W A;  3RZ8 A;  3V7X A;  1ZSB A;  1CVE A;  5FLP A;  3DA2 A;  2IT4 A;  5FNL A;  1I91 A;  1I9Q A;  3K2F A;  3UYQ A;  1XEG A;  5EKJ A;  3V5G A;  5FL5 A;  3U45 X;  1TEQ X;  1CCU A;  3RGE A;  4JSS A;  3T5U A;  1KOP A;  1CNB A;  3RZ0 B;  3S97 A;  2X7S A;  4WW6 A;  3S77 B;  4K13 A;  4YX4 A;  1CIL A;  2NWY A;  3M2N A;  5E2N A;  3MYQ A;  3M2Y A;  2GD8 A;  4PQ7 A;  4FIK A;  4Y0J A;  4Q7W A;  4K0Z A;  3IBN A;  3V3F A;  1HEA A;  1CNK A;  4QJW A;  2H15 A;  2CA2 A;  3S75 B;  4M2V A;  5EHV A;  3KKX A;  4KAP A;  4ZAO A;  4FVN A;  2FW4 A;  5BNL A;  3HFP A;  3S9T A;  3KON A;  1Z93 A;  5E5U A;  5EH7 A;  1HUH A;  4QJX A;  3RZ7 A;  1G54 A;  4MDM A;  3TMJ A;  1I8Z A;  3U3A X;  5FNM A;  4Q78 A;  3MHL A;  5DSN A;  8CA2 A;  4Q87 A;  1V9I C;  2HL4 A;  5EIJ A;  2HOC A;  4XIX A;  4XFW A;  1BIC A;  1THK A;  5A6H A;  5AMG A;  3M96 A;  1G0E A;  1BZM A;  3CZV A;  4M2W A;  4JSA A;  3T82 A;  1CAJ A;  4K0S A;  5E2R A;  3JXF A;  1DMX A;  3IEO A;  4G0C A;  1TEU X;  3M1K A;  5EKM A;  5L6K A;  1LUG A;  1LZV A;  3V2J A;  3U47 A;  4YVY A;  6CA2 A;  3IBL A;  1RZD A;  3FW3 A;  1BNV A;  1CAI A;  5DSJ A;  3D9Z A;  2FOU A;  3M04 A;  4QK3 A;  1BNW A;  4RFC A;  1LGD A;  5SZ7 A;  4Q8X A;  3IGP A;  1G4O A;  2OSF A;  4KUY A;  4UOV A;  5SZ1 A;  2W2J A;  4Z1K A;  3RYY A;  5JES B;  3KOK A;  4QJO A;  4YWP A;  1G45 A;  3M5S A;  3T5Z A;  1CAK A;  5FLR A;  5FNK A;  2CBD A;  4E3G A;  5EOI A;  1FQN A;  4KNN A;  1AZM A;  4Q0L A;  4RN4 A;  1TB0 X;  1ZFK A;  1A42 A;  3OIM A;  3S74 B;  2ILI A;  4HEW A;  1HEC A;  2NNO A;  2H4N A;  3ML2 A;  2FOY A;  5JG3 B;  4QK1 A;  3F4X A;  3OIL A;  3V3I B;  4CNX A;  4RIU A;  3D93 A;  3OYQ A;  2NXS A;  1BN1 A;  1CCT A;  1CAH A;  4L5U A;  3DVB A;  3SAX A;  4Q8Y A;  3D92 A;  3PO6 A;  5EH8 A;  2Q1B A;  5AMD A;  3MNJ A;  3K34 A;  4RUZ A;  4KV0 A;  1TG3 A;  2GEH A;  4QJ0 A;  1FSQ A;  2ZNC A;  3M1J A;  1I9O A;  1ZSC A;  1UGA A;  3OKV A;  1XEV A;  4N0X B;  4Q90 A;  1RJ6 A;  4RH2 A;  4KNM A;  3KS3 A;  4JSZ A;  1BNN A;  2Q38 A;  4Q49 A;  4Q6D A;  3S8X A;  3BL1 A;  2POW A;  1OKM A;  1TBT X;  3RYZ A;  3RYJ B;  3DC3 A;  4G7A A;  1CAY A;  4WR7 A;  5FNG A;  4WUQ A;  3KWA A;  4QSJ A;  1UGE A;  4HU1 A;  3MHM A;  4Q9Y A;  1XPZ A;  1BCD A;  1UGB A;  2FMZ A;  1G4J A;  1RZB A;  1CNH A;  4DZ9 A;  3S76 A;  1IF7 A;  4E9O X;  4R5A A;  1I9N A;  4ZWX A;  3TVN X;  1G48 A;  3HS4 A;  2CAB A;  3PYK A;  4WUP A;  1H9N A;  4HEZ A;  4M2R A;  4ZX1 A;  1URT A;  1DCB A;  4HBA A;  1ZNC A;  4ZWZ A;  1AM6 A;  4Q07 A;  3MNU A;  2HD6 A;  3KOI A;  4ILX A;  5JGT B;  5DVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4Q49A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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