4Q7V | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__871885641169045__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__871885641169045__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4q7v/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__871885641169045__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"871885641169045","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4q7v/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__871885641169045__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Exploring the influence of the protein environment on metal-binding pharmacophores. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-04-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4q7vA00

1CCTA 3M5EA 1HCAA 4KNJA 3IBUA 3S77B 1FLJA 4R5BA 4N0XB 2FNMA 1CNBA 4M2RA 3CA2A 2WD3A 4QJMA 1BNMA 2CBDA 5HPJA 5E2RA 5E5UA 2FW4A 2QOAA 3M04A 4KV0A 5C8IA 4QJXA 3DD8A 5CJFA 2AW1A 1UGEA 3HLJA 2OSMA 3K2FA 3V3JA 3M1JA 4Q49A 3FFPX 5G03A 1CAIA 5FL5A 1RZEA 3MHLA 1CRMA 1RZDA 5G0CA 3FW3A 4E9OX 4LHIA 3DA2A 1CANA 3MWOA 5EH7A 1CVBA 4Q08A 1UGDA 3B4FA 4FVNA 4RUXA 5JG5B 1G0EA 4CA2A 5EH5A 4R59A 2Q38A 3N2PA 4G7AA 3M2YA 3RZ1B 3S71B 4RN4A 3V2MA 3P55A 4Q83A 2ILIA 3MNIA 1BNTA 1CNXA 2EU3A 1BN3A 1G52A 4MDMA 4Z1JA 3HFPA 4XZ5A 5BNLA 3KONA 3V3FA 3DC9A 3V7XA 1LG6A 4TWMA 1YDDA 5BRUA 2QP6A 2HD6A 5CACA 4HEYA 5E2MA 5A6HA 3CZVA 4Q7WA 3UYQA 1KWQA 4FPTA 4Q09A 1FSQA 1I9OA 2CA2A 1YDBA 3T85A 3HKNA 4QK1A 1DCBA 5FLTA 4FRCA 4XIXA 3MYQA 3HKTA 3S97A 1BN4A 4E3DA 2VVAX 1CNGA 2IT4A 1HCBA 2FOUA 4WUQA 5FLQA 1ZSCA 1LG5A 3ZP9A 2FOYA 1CNWA 4KNMA 3NI5A 3KLDB 3HKUA 3DAZA 5JQTA 4QJOA 1Z9YA 3D93A 3JXFA 1KOPA 2HL4A 2POUA 4JSSA 4CNVA 3DC3A 5DSNA 2OSFA 1YO0A 1RZBA 1H9NA 4QSAA 1FSRA 1UGBA 3U3AX 4PQ7A 4WL4A 5FLPA 3R16A 1OKLA 4Q6DA 3M1QA 5SZ6A 3W6IA 1CNYA 3M96A 3NJ9A 4JSZA 5FLOA 4FU5A 1CAMA 1CAOA 1I9MA 3DVDA 5EHEA 5FNKA 1OKMA 1H9QA 1KOQA 3RG4A 2HKKA 5JQ0A 1HEBA 3K7KA 5AMDA 1DMYA 4CNXA 3DCCA 5IPZA 5DSIA 5DVXA 3OKUA 9CA2A 2POWA 4WW6A 5L3OA 4JSWA 4GL1X 1I90A 3OY0A 4Z1KA 1BNVA 5JEPB 1FQLA 4ZWIA 4XIWA 2CBCA 1CNJA 5FNLA 1TB0X 1CAYA 3EFIA 5FNHA 1FR4A 1CALA 1FR7A 4G0CA 3RYXB 1H4NA 3L14A 1G1DA 2ZNCA 1G6VA 3FE4A 3S9TA 6CA2A 1EOUA 1LZVA 1YDCA 1A42A 4KP8A 3EFTA 4KUVA 1CVFA 3OYSA 4IDRX 4ITOA 8CA2A 1UGFA 3MNAA 1HEDA 4Z1NA 3KWAA 1RJ5A 1ZGEA 2WEGA 3OKVA 1Z97A 3M2ZA 2WEHA 5CA2A 2W2JA 1FQNA 1BN1A 4HT2A 1UGAA 2FNNA 3S73B 1IF9A 3R17B 3V3HB 3SAPA 4XFWA 1TH9A 2X7TA 1IF6A 3LXEA 4YHAA 1DCAA 3RZ0B 4Q8XA 1RZAA 4MTYA 3M5SA 1BICA 1G54A 5EHWA 4Q6EA 3D8WA 1UGGA 4YGJA 5JG3B 5FDIA 4E3FA 3IEOA 4IWZA 4YGLA 4Q8ZA 1HUHA 2HNCA 4M2UA 4YVYA 5E2SA 1DMXA 4E49A 2VVBX 4YYTA 5DSQA 4PZHA 4QSJA 4L5UA 5DSMA 3DVCA 3S78B 4ZX1A 3U47A 4CQ0A 4QEFA 1URTA 4RUYA 2H4NA 1CILA 2CBBA 1LGDA 4Q7PA 3ZNCA 4E3GA 1TEQX 3SBIA 2CABA 4M2WA 5SZ7A 3DVBA 3S72B 3MHIA 4DZ9A 3TMJA 4E3HA 3T82A 3OIMA 1XPZA 5FNIA 4Q9YA 5FL4A 3M40A 4Q7SA 1G3ZA 1CRAA 3BETA 1T9NA 4RFDA 3RYYA 4E5QA 5E28A 3V2JA 4ZWZA 3MHOA 3RJ7A 3V3IB 2GD8A 1I9PA 1TE3X 4MDGA 2X7UA 4R5AA 1JD0A 3MHCA 4Q99A 4LP6A 3SBHA 1CZMA 2NNSA 5EOIA 1G45A 2QO8A 4RIVA 5G0BA 4HEWA 4L5VA 4CNWA 1TG3A 5BYIA 1I8ZA 4Q07A 5LMDA 2O4ZA 3TVOX 3N4BA 2NXRA 4Z1EA 3M5TA 3M2XA 4KNNA 2CBEA 3P5AA 3HKQA 3NB5A 2FOQA 4Z0QA 4HF3A 4PYYA 4BF1A 4KUWA 2NWPA 3F7BA 4YGFA 1AVNA 4BF6A 1Y7WA 5EHVA 3M1KA 5DSRA 4COQA 4LU3A 4MDLA 2POVA 3K34A 4K0SA 1KWRA 1F2WA 1TG9A 3M1WA 1BCDA 1XEVA 4ZWXA 2FNKA 2FMZA 3N0NA 3IBNA 3C7PA 2H15A 2FOSA 4QK3A 1HEAA 4KP5A 1XEGA 5DSPA 5DSOA 3DBUA 3T5UA 1HUGA 1LUGA 2Q1QA 4JSAA 2Q1BA 4MLTA 3RG3A 2WEOA 1BZMA 3MHMA 5E2NA 1I9LA 2GEHA 4X5SA 4ZX0A 3PYKA 2CBAA 4FIKA 3T83A 1RAZA 1CVEA 3CYUA 1AZMA 4PYXA 3F8EA 4MO8A 4QSIA 1RJ6A 3DCSA 5EKJA 2FMGA 3BL1A 4ILXA 4QY3A 5SZ4A 3VBDA 5FNGA 3CAJA 1IF4A 3V5GA 3JXHC 3P44A 2NXTA 3RYVB 4Y0JA 2F14A 3P3HA 3ML2A 1ZFQA 3MNHA 4JS6A 4L5WA 1IF8A 1JCZA 1BNQA 1YDAA 5DOGA 3RZ7A 4QSBA 5E2KA 4K0TA 1CA2A 4KAPA 4QK2A 5J8ZA 1G53A 1BNNA 1ZSBA 1JV0A 2HOCA 3MZCA 3S74B 4XE1A 2NXSA 5JEGB 5DOHA 3M2NA 4Q87A 3S75B 3IBIA 1V9IC 1CNHA 2EZ7A 2ABEA 3KOIA 5SZ0A 3MMFA 5L6KA 4HU1A 1CA3A 3DD0A 5EIJA 3RLDA 4YGNA 1RZCA 4C3TA 12CAA 3MNUA 5DSKA 3S8XA 2FOVA 1CCSA 3MNJA 1CVCA 3IGPA 1OKNA 1CNIA 1CVAA 4FL7A 3Q31A 1CCUA 3RYZA 3TVNX 3IAIA 5FNMA 3GZ0A 3P3JA 4QJPA 2NWYA 3UYNA 5A25A 3SAXA 4FVOA 5FLSA 4ZWYA 1CNCA 2EU2A 4N16A 1XQ0A 4K0ZA 2AX2A 4QJ0A 3T84A 2NN7A 5EZTX 3MDZA 4PXXA 5CLUA 1ZH9A 4ITPA 5FL6A 4DZ7A 1IF7A 5AMLA 5FNJA 1TEUX 3RYJB 2HFWA 3P58A 3P5LA 2WD2A 1G46A 4WR7A 1YO2A 2NWZA 4ETQC 4YGKA 3BL0A 5JEHB 3RZ5A 3HS4A 4YX4A 1V9EA 3S76A 1ZSAA 4QIYA 3F4XA 1G0FA 4RH2A 3DV7A 1J9WA 4UOVA 3M67A 1THKA 1ZGFA 4YXOA 1ZNCA 5BRWA 4E4AA 5JGSB 3W6HA 1BV3A 3PO6A 4HEZA 4Q0LA 4YWPA 4ZAOA 3M98A 5BRVA 1I9NA 3DCWA 3KNEA 4M2VA 5JDVB 1HECA 3D92A 4KNIA 4QTLA 5JESB 2NMXA 1MOOA 1MUAA 2X7SA 3M3XA 1G4OA 2NN1A 1CINA 1HVAA 1TBTX 2WEJA 3V3GB 1IF5A 1FQMA 4MLXA 5SZ1A 4HT0A 1CAZA 1Z93A 2NNVA 4RUZA 4QJWA 4CNRA 1AM6A 3KS3A 4Q78A 3OYQA 2NNGA 4WUPA 4QIZA 1BNWA 3KIGA 5SZ5A 4YXUA 3RZ8A 4Q7VA 4YXIA 2NNOA 4Q06A 5EH8A 1YO1A 5FDCA 7CA2A 5SZ2A 3D9ZA 1G4JA 1CNKA 1FQRA 3N3JA 1KEQA 4K1QA 1I9QA 3KKXA 3MNKA 3P4VA 5AMGA 3RGEA 5G01A 1ZFKA 3OIKA 1CVDA 5DSJA 3F7UA 3OILA 4CACA 4Q8YA 3B1BA 1OQ5A 3U45X 4KUYA 4HBAA 4Q81A 3KOKA 3QYKA 5DSLA 4BCWA 1RAYA 4TWLA 4K13A 1CVHA 5SZ3A 1ZE8A 5JGTB 1G48A 1CAJA 5EKMA 3IBLA 3T5ZA 5EKHA 1CAHA 4RFCA 1UGCA 1FSNA 2NWOA 3D0NA 4RIUA 5FLRA 1CIMA 3ML5A 4Q90A 1I91A 5E5RA 1TTMA 1CAKA 3U7CA 5DRSA 4WW8A 3PJJA 3M14A 3JXGA 1BNUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CCT A;  3M5E A;  1HCA A;  4KNJ A;  3IBU A;  3S77 B;  1FLJ A;  4R5B A;  4N0X B;  2FNM A;  1CNB A;  4M2R A;  3CA2 A;  2WD3 A;  4QJM A;  1BNM A;  2CBD A;  5HPJ A;  5E2R A;  5E5U A;  2FW4 A;  2QOA A;  3M04 A;  4KV0 A;  5C8I A;  4QJX A;  3DD8 A;  5CJF A;  2AW1 A;  1UGE A;  3HLJ A;  2OSM A;  3K2F A;  3V3J A;  3M1J A;  4Q49 A;  3FFP X;  5G03 A;  1CAI A;  5FL5 A;  1RZE A;  3MHL A;  1CRM A;  1RZD A;  5G0C A;  3FW3 A;  4E9O X;  4LHI A;  3DA2 A;  1CAN A;  3MWO A;  5EH7 A;  1CVB A;  4Q08 A;  1UGD A;  3B4F A;  4FVN A;  4RUX A;  5JG5 B;  1G0E A;  4CA2 A;  5EH5 A;  4R59 A;  2Q38 A;  3N2P A;  4G7A A;  3M2Y A;  3RZ1 B;  3S71 B;  4RN4 A;  3V2M A;  3P55 A;  4Q83 A;  2ILI A;  3MNI A;  1BNT A;  1CNX A;  2EU3 A;  1BN3 A;  1G52 A;  4MDM A;  4Z1J A;  3HFP A;  4XZ5 A;  5BNL A;  3KON A;  3V3F A;  3DC9 A;  3V7X A;  1LG6 A;  4TWM A;  1YDD A;  5BRU A;  2QP6 A;  2HD6 A;  5CAC A;  4HEY A;  5E2M A;  5A6H A;  3CZV A;  4Q7W A;  3UYQ A;  1KWQ A;  4FPT A;  4Q09 A;  1FSQ A;  1I9O A;  2CA2 A;  1YDB A;  3T85 A;  3HKN A;  4QK1 A;  1DCB A;  5FLT A;  4FRC A;  4XIX A;  3MYQ A;  3HKT A;  3S97 A;  1BN4 A;  4E3D A;  2VVA X;  1CNG A;  2IT4 A;  1HCB A;  2FOU A;  4WUQ A;  5FLQ A;  1ZSC A;  1LG5 A;  3ZP9 A;  2FOY A;  1CNW A;  4KNM A;  3NI5 A;  3KLD B;  3HKU A;  3DAZ A;  5JQT A;  4QJO A;  1Z9Y A;  3D93 A;  3JXF A;  1KOP A;  2HL4 A;  2POU A;  4JSS A;  4CNV A;  3DC3 A;  5DSN A;  2OSF A;  1YO0 A;  1RZB A;  1H9N A;  4QSA A;  1FSR A;  1UGB A;  3U3A X;  4PQ7 A;  4WL4 A;  5FLP A;  3R16 A;  1OKL A;  4Q6D A;  3M1Q A;  5SZ6 A;  3W6I A;  1CNY A;  3M96 A;  3NJ9 A;  4JSZ A;  5FLO A;  4FU5 A;  1CAM A;  1CAO A;  1I9M A;  3DVD A;  5EHE A;  5FNK A;  1OKM A;  1H9Q A;  1KOQ A;  3RG4 A;  2HKK A;  5JQ0 A;  1HEB A;  3K7K A;  5AMD A;  1DMY A;  4CNX A;  3DCC A;  5IPZ A;  5DSI A;  5DVX A;  3OKU A;  9CA2 A;  2POW A;  4WW6 A;  5L3O A;  4JSW A;  4GL1 X;  1I90 A;  3OY0 A;  4Z1K A;  1BNV A;  5JEP B;  1FQL A;  4ZWI A;  4XIW A;  2CBC A;  1CNJ A;  5FNL A;  1TB0 X;  1CAY A;  3EFI A;  5FNH A;  1FR4 A;  1CAL A;  1FR7 A;  4G0C A;  3RYX B;  1H4N A;  3L14 A;  1G1D A;  2ZNC A;  1G6V A;  3FE4 A;  3S9T A;  6CA2 A;  1EOU A;  1LZV A;  1YDC A;  1A42 A;  4KP8 A;  3EFT A;  4KUV A;  1CVF A;  3OYS A;  4IDR X;  4ITO A;  8CA2 A;  1UGF A;  3MNA A;  1HED A;  4Z1N A;  3KWA A;  1RJ5 A;  1ZGE A;  2WEG A;  3OKV A;  1Z97 A;  3M2Z A;  2WEH A;  5CA2 A;  2W2J A;  1FQN A;  1BN1 A;  4HT2 A;  1UGA A;  2FNN A;  3S73 B;  1IF9 A;  3R17 B;  3V3H B;  3SAP A;  4XFW A;  1TH9 A;  2X7T A;  1IF6 A;  3LXE A;  4YHA A;  1DCA A;  3RZ0 B;  4Q8X A;  1RZA A;  4MTY A;  3M5S A;  1BIC A;  1G54 A;  5EHW A;  4Q6E A;  3D8W A;  1UGG A;  4YGJ A;  5JG3 B;  5FDI A;  4E3F A;  3IEO A;  4IWZ A;  4YGL A;  4Q8Z A;  1HUH A;  2HNC A;  4M2U A;  4YVY A;  5E2S A;  1DMX A;  4E49 A;  2VVB X;  4YYT A;  5DSQ A;  4PZH A;  4QSJ A;  4L5U A;  5DSM A;  3DVC A;  3S78 B;  4ZX1 A;  3U47 A;  4CQ0 A;  4QEF A;  1URT A;  4RUY A;  2H4N A;  1CIL A;  2CBB A;  1LGD A;  4Q7P A;  3ZNC A;  4E3G A;  1TEQ X;  3SBI A;  2CAB A;  4M2W A;  5SZ7 A;  3DVB A;  3S72 B;  3MHI A;  4DZ9 A;  3TMJ A;  4E3H A;  3T82 A;  3OIM A;  1XPZ A;  5FNI A;  4Q9Y A;  5FL4 A;  3M40 A;  4Q7S A;  1G3Z A;  1CRA A;  3BET A;  1T9N A;  4RFD A;  3RYY A;  4E5Q A;  5E28 A;  3V2J A;  4ZWZ A;  3MHO A;  3RJ7 A;  3V3I B;  2GD8 A;  1I9P A;  1TE3 X;  4MDG A;  2X7U A;  4R5A A;  1JD0 A;  3MHC A;  4Q99 A;  4LP6 A;  3SBH A;  1CZM A;  2NNS A;  5EOI A;  1G45 A;  2QO8 A;  4RIV A;  5G0B A;  4HEW A;  4L5V A;  4CNW A;  1TG3 A;  5BYI A;  1I8Z A;  4Q07 A;  5LMD A;  2O4Z A;  3TVO X;  3N4B A;  2NXR A;  4Z1E A;  3M5T A;  3M2X A;  4KNN A;  2CBE A;  3P5A A;  3HKQ A;  3NB5 A;  2FOQ A;  4Z0Q A;  4HF3 A;  4PYY A;  4BF1 A;  4KUW A;  2NWP A;  3F7B A;  4YGF A;  1AVN A;  4BF6 A;  1Y7W A;  5EHV A;  3M1K A;  5DSR A;  4COQ A;  4LU3 A;  4MDL A;  2POV A;  3K34 A;  4K0S A;  1KWR A;  1F2W A;  1TG9 A;  3M1W A;  1BCD A;  1XEV A;  4ZWX A;  2FNK A;  2FMZ A;  3N0N A;  3IBN A;  3C7P A;  2H15 A;  2FOS A;  4QK3 A;  1HEA A;  4KP5 A;  1XEG A;  5DSP A;  5DSO A;  3DBU A;  3T5U A;  1HUG A;  1LUG A;  2Q1Q A;  4JSA A;  2Q1B A;  4MLT A;  3RG3 A;  2WEO A;  1BZM A;  3MHM A;  5E2N A;  1I9L A;  2GEH A;  4X5S A;  4ZX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4Q7VA

Total Genus

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Chain Sequence

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