4Q8Y | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__855231070904074__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__855231070904074__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4q8y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__855231070904074__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"855231070904074","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4q8y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__855231070904074__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d009b3077b9c70ac1b03393/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d009b3077b9c70ac1b03393/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d009b3077b9c70ac1b03393/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d009b3077b9c70ac1b03393/pdb.gz): 346 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Exploring the influence of the protein environment on metal-binding pharmacophores. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-04-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4q8yA00

1CVHA 4ITPA 4X5SA 1CNGA 3RG3A 4ZX1A 3DVDA 3RZ7A 5AMGA 5EH8A 5E2RA 4Q78A 4FL7A 5FNIA 4XZ5A 5SZ6A 1CCTA 4KNIA 5EHWA 3DVCA 1IF5A 1ZH9A 4QSAA 1HVAA 4Q87A 5LMDA 4CNRA 4KNNA 4WW6A 4FU5A 1ZNCA 2CBBA 5IPZA 5AMDA 3KS3A 5EHEA 3MDZA 1ZE8A 5FLTA 5EKJA 1CAOA 3ML5A 3B4FA 2POVA 2FOYA 5E5UA 3JXFA 4CA2A 3M67A 3P44A 1KWRA 2FNMA 4JSSA 3T83A 1LG6A 4QJWA 3OKVA 3P3JA 3NJ9A 3PJJA 4KNJA 1CA2A 4WL4A 2WEOA 2Q1BA 5JGSB 3D0NA 1IF7A 1BNNA 4Q6EA 3DC3A 1TEQX 2CA2A 3S78B 4HF3A 4HEWA 3RZ8A 4N0XB 2WEGA 4Z0QA 3DCWA 4RFDA 1CNIA 4L5UA 4HU1A 4JSAA 3HKQA 3DV7A 2NN7A 4Q83A 4M2WA 1CVDA 1T9NA 4CNWA 1I9MA 3NI5A 2NNSA 3JXGA 2NN1A 3K34A 5E2NA 12CAA 4Q08A 1BICA 1CCUA 2NWOA 1V9EA 4MTYA 3HKNA 4MDGA 1CNJA 5JQTA 1CNWA 5DSIA 1UGCA 1LZVA 2HL4A 1ZFQA 3S72B 2CBAA 2X7TA 4YWPA 5JQ0A 1CANA 5EOIA 4KV0A 1G3ZA 4K13A 4Q7SA 1KOQA 1UGGA 2FOSA 3DCCA 3S75B 3VBDA 4Q81A 3TVOX 4YXIA 3MHLA 4YXUA 1RJ6A 4PZHA 3RYXB 4YX4A 1TEUX 4XFWA 4IWZA 3T84A 4ZAOA 3V7XA 2EZ7A 3M1WA 5FLPA 1MUAA 5G03A 3P58A 1CAHA 1CAMA 1G0EA 4HEYA 4Q9YA 4JS6A 1TH9A 1RZEA 1AZMA 1Z97A 2OSFA 4QJMA 3HKTA 1FQLA 1HEBA 3MWOA 4ETQC 5J8ZA 4ZWZA 1CRAA 1YDAA 3MNKA 5E2KA 2HOCA 2NNVA 1EOUA 3CZVA 1XEVA 1G46A 3ZP9A 2HD6A 4CQ0A 5A6HA 3SBIA 3R16A 1UGBA 1CAZA 3TVNX 1TE3X 3EFTA 3JXHC 4QY3A 4QIYA 3DBUA 1YO2A 5FDCA 3DVBA 1BNWA 2CBEA 4QK2A 4PQ7A 4L5WA 4KP5A 1FSRA 1CVAA 2F14A 3M5SA 3M2ZA 3S76A 1YO0A 2WEJA 4TWLA 5FNLA 1XQ0A 1HUGA 3DAZA 4FRCA 3V3HB 3OIKA 3RYVB 1IF9A 4YGFA 4DZ7A 1G4JA 3M14A 1HCBA 1CNKA 1DCBA 4HT0A 3V2MA 2NWYA 2FNKA 1Z9YA 4XIXA 1RZCA 2Q38A 3MMFA 4WUQA 4KUYA 1G6VA 5G0BA 3DD0A 1KEQA 1HEDA 3NB5A 3IBLA 1BNTA 1TB0X 3PO6A 3M2XA 3KOIA 3M1JA 3MNIA 2IT4A 4Q49A 4Q8XA 5G01A 4Z1JA 3V3IB 5FNGA 2EU3A 3P55A 1G45A 1V9IC 4MO8A 4GL1X 4K1QA 2VVAX 1LGDA 4PYYA 2FOVA 1CILA 5BRVA 4C3TA 1DMYA 4LHIA 8CA2A 4TWMA 4Q06A 5JEHB 5CJFA 4M2UA 2NNOA 5JEPB 5E2SA 2POUA 1URTA 3V3JA 4COQA 5G0CA 4QJXA 3CYUA 3KONA 4ITOA 5E28A 1I9PA 3P5LA 3R17B 5FLQA 5BNLA 4RH2A 4Z1KA 3F8EA 1DMXA 3T5ZA 3ML2A 5EH5A 3P5AA 2HKKA 5SZ3A 4Z1NA 1FQMA 1KOPA 4FIKA 4PYXA 3UYQA 3MHIA 3SAPA 4YXOA 2X7UA 2QO8A 3MNJA 3W6HA 5DSRA 4YYTA 4QK3A 3RJ7A 4N16A 4Y0JA 2HNCA 4RFCA 4Z1EA 3HS4A 5EIJA 1HUHA 1RAYA 1CCSA 2CBDA 1I90A 3K7KA 3M3XA 1CNCA 3MNHA 7CA2A 4E49A 1FSQA 3OILA 4QSJA 2QOAA 1G48A 1FR7A 3F7BA 4QIZA 9CA2A 2NNGA 2H15A 1KWQA 4K0SA 5FNHA 1CRMA 3V2JA 5SZ5A 3U7CA 3MHCA 1YDCA 4RN4A 1BNQA 2CABA 1FQNA 5L6KA 3RZ0B 3OYQA 2W2JA 4RUXA 2GD8A 1THKA 2FMZA 3RYJB 3RLDA 1ZGFA 3T5UA 4Q90A 3UYNA 1ZGEA 1BNUA 1CVCA 2FMGA 1ZFKA 3IGPA 5C8IA 5HPJA 3P4VA 5FL6A 3K2FA 3KNEA 4LU3A 5SZ0A 4MDLA 1H4NA 3RYYA 1BN3A 3Q31A 1YDDA 1H9NA 3V5GA 1MOOA 4JSWA 1G0FA 1I91A 4DZ9A 3KOKA 1HECA 4Q6DA 2WD2A 5JG3B 1CNHA 1XPZA 3MZCA 4WUPA 1I9NA 3DD8A 4QTLA 1RZDA 2OSMA 3HLJA 4G0CA 3W6IA 4YGLA 5FLSA 3IBIA 1TG9A 3SAXA 5L3OA 1CVEA 3S97A 1CAJA 5JGTB 2GEHA 5FL5A 1I8ZA 5DSJA 3KWAA 4ILXA 2FNNA 1CAKA 1JD0A 1RZBA 4XE1A 5CLUA 5CACA 4KUWA 3KIGA 4MLXA 5DSNA 5JG5B 3RYZA 4WR7A 5DSKA 4CACA 5FL4A 5A25A 2AX2A 5FLOA 3F4XA 1CAYA 5DSOA 4M2RA 3DC9A 1OKMA 1BN1A 1IF8A 2NMXA 2NWPA 3U3AX 2QP6A 5DSPA 3EFIA 1CIMA 4ZX0A 4FVOA 3T82A 4E9OX 5FNKA 1CZMA 2WEHA 4R5AA 1CINA 2H4NA 3C7PA 1BNVA 1H9QA 4RIVA 3TMJA 1CNYA 4E3DA 3S77B 2FOQA 1Z93A 1G52A 1UGDA 5DOHA 3IAIA 3S71B 5CA2A 5JESB 4UOVA 4Q7VA 5DOGA 4K0ZA 3BETA 3FE4A 4QSIA 1DCAA 4IDRX 3FW3A 4Q7PA 1F2WA 1AVNA 1FQRA 4JSZA 1TG3A 1G54A 5FDIA 4KAPA 2HFWA 4K0TA 3OKUA 3RG4A 4PXXA 3HKUA 4E3GA 2NXRA 3M2NA 4MLTA 3S74B 4Q0LA 1G53A 5EH7A 2POWA 3N2PA 5EHVA 1TBTX 4KNMA 4BF6A 4Q99A 3S73B 1FLJA 4R5BA 1YDBA 4ZWIA 3M5TA 3MHMA 1CNXA 4MDMA 4YGJA 5SZ7A 4L5VA 1JCZA 4G7AA 1G1DA 3S9TA 1BNMA 3KKXA 4RUYA 4HBAA 2VVBX 1BV3A 5EKHA 1LG5A 1UGFA 3HFPA 3D93A 3BL1A 4QK1A 4QSBA 4Q07A 4YGNA 4M2VA 3OYSA 3M98A 3QYKA 4Q7WA 2Q1QA 1CNBA 4KP8A 3BL0A 4BCWA 2ABEA 3D8WA 3M1QA 4BF1A 1LUGA 4Q8YA 2AW1A 3M2YA 4QJ0A 5SZ2A 5SZ1A 5JEGB 4FPTA 2FOUA 5FLRA 5BYIA 5DSLA 3N4BA 3N3JA 1HCAA 3SBHA 2ILIA 3RZ1B 1UGEA 4E3FA 1CA3A 1UGAA 3MYQA 3IBNA 1YO1A 1AM6A 5DVXA 1RZAA 1ZSCA 3RZ5A 1RAZA 3M1KA 3U47A 1JV0A 3F7UA 3M96A 3CAJA 5JDVB 3PYKA 1XEGA 3OY0A 3KLDB 4RUZA 1I9QA 2X7SA 3D92A 4Q09A 3RGEA 5DSQA 4RIUA 2O4ZA 3IBUA 1I9OA 3M40A 3P3HA 1BCDA 5E5RA 3V3GB 5DRSA 3DCSA 1TTMA 4CNVA 4KUVA 4XIWA 4LP6A 3DA2A 1FR4A 3U45X 4ZWXA 5FNMA 3S8XA 1ZSAA 1FSNA 1J9WA 2NWZA 1IF4A 1CAIA 5EKMA 4E4AA 3M04A 4QEFA 1ZSBA 3MNAA 2CBCA 4YHAA 2NXTA 3V3FA 5E2MA 4HEZA 3L14A 3MNUA 3D9ZA 1I9LA 3N0NA 4QJOA 4CNXA 1A42A 1IF6A 1OKLA 4ZWYA 3M5EA 1Y7WA 4WW8A 5EZTX 6CA2A 1OQ5A 3CA2A 3MHOA 1RJ5A 4HT2A 1CVBA 5AMLA 1BN4A 2NXSA 1OKNA 4YVYA 1CVFA 3LXEA 5DSMA 4YGKA 4QJPA 2ZNCA 4Q8ZA 3OIMA 5BRWA 1HEAA 3IEOA 2EU2A 5SZ4A 3B1BA 3ZNCA 4E3HA 4E5QA 5FNJA 1G4OA 1BZMA 3T85A 5BRUA 4R59A 2WD3A 1CALA 3GZ0A 2FW4A 4FVNA 3FFPX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CVH A;  4ITP A;  4X5S A;  1CNG A;  3RG3 A;  4ZX1 A;  3DVD A;  3RZ7 A;  5AMG A;  5EH8 A;  5E2R A;  4Q78 A;  4FL7 A;  5FNI A;  4XZ5 A;  5SZ6 A;  1CCT A;  4KNI A;  5EHW A;  3DVC A;  1IF5 A;  1ZH9 A;  4QSA A;  1HVA A;  4Q87 A;  5LMD A;  4CNR A;  4KNN A;  4WW6 A;  4FU5 A;  1ZNC A;  2CBB A;  5IPZ A;  5AMD A;  3KS3 A;  5EHE A;  3MDZ A;  1ZE8 A;  5FLT A;  5EKJ A;  1CAO A;  3ML5 A;  3B4F A;  2POV A;  2FOY A;  5E5U A;  3JXF A;  4CA2 A;  3M67 A;  3P44 A;  1KWR A;  2FNM A;  4JSS A;  3T83 A;  1LG6 A;  4QJW A;  3OKV A;  3P3J A;  3NJ9 A;  3PJJ A;  4KNJ A;  1CA2 A;  4WL4 A;  2WEO A;  2Q1B A;  5JGS B;  3D0N A;  1IF7 A;  1BNN A;  4Q6E A;  3DC3 A;  1TEQ X;  2CA2 A;  3S78 B;  4HF3 A;  4HEW A;  3RZ8 A;  4N0X B;  2WEG A;  4Z0Q A;  3DCW A;  4RFD A;  1CNI A;  4L5U A;  4HU1 A;  4JSA A;  3HKQ A;  3DV7 A;  2NN7 A;  4Q83 A;  4M2W A;  1CVD A;  1T9N A;  4CNW A;  1I9M A;  3NI5 A;  2NNS A;  3JXG A;  2NN1 A;  3K34 A;  5E2N A;  12CA A;  4Q08 A;  1BIC A;  1CCU A;  2NWO A;  1V9E A;  4MTY A;  3HKN A;  4MDG A;  1CNJ A;  5JQT A;  1CNW A;  5DSI A;  1UGC A;  1LZV A;  2HL4 A;  1ZFQ A;  3S72 B;  2CBA A;  2X7T A;  4YWP A;  5JQ0 A;  1CAN A;  5EOI A;  4KV0 A;  1G3Z A;  4K13 A;  4Q7S A;  1KOQ A;  1UGG A;  2FOS A;  3DCC A;  3S75 B;  3VBD A;  4Q81 A;  3TVO X;  4YXI A;  3MHL A;  4YXU A;  1RJ6 A;  4PZH A;  3RYX B;  4YX4 A;  1TEU X;  4XFW A;  4IWZ A;  3T84 A;  4ZAO A;  3V7X A;  2EZ7 A;  3M1W A;  5FLP A;  1MUA A;  5G03 A;  3P58 A;  1CAH A;  1CAM A;  1G0E A;  4HEY A;  4Q9Y A;  4JS6 A;  1TH9 A;  1RZE A;  1AZM A;  1Z97 A;  2OSF A;  4QJM A;  3HKT A;  1FQL A;  1HEB A;  3MWO A;  4ETQ C;  5J8Z A;  4ZWZ A;  1CRA A;  1YDA A;  3MNK A;  5E2K A;  2HOC A;  2NNV A;  1EOU A;  3CZV A;  1XEV A;  1G46 A;  3ZP9 A;  2HD6 A;  4CQ0 A;  5A6H A;  3SBI A;  3R16 A;  1UGB A;  1CAZ A;  3TVN X;  1TE3 X;  3EFT A;  3JXH C;  4QY3 A;  4QIY A;  3DBU A;  1YO2 A;  5FDC A;  3DVB A;  1BNW A;  2CBE A;  4QK2 A;  4PQ7 A;  4L5W A;  4KP5 A;  1FSR A;  1CVA A;  2F14 A;  3M5S A;  3M2Z A;  3S76 A;  1YO0 A;  2WEJ A;  4TWL A;  5FNL A;  1XQ0 A;  1HUG A;  3DAZ A;  4FRC A;  3V3H B;  3OIK A;  3RYV B;  1IF9 A;  4YGF A;  4DZ7 A;  1G4J A;  3M14 A;  1HCB A;  1CNK A;  1DCB A;  4HT0 A;  3V2M A;  2NWY A;  2FNK A;  1Z9Y A;  4XIX A;  1RZC A;  2Q38 A;  3MMF A;  4WUQ A;  4KUY A;  1G6V A;  5G0B A;  3DD0 A;  1KEQ A;  1HED A;  3NB5 A;  3IBL A;  1BNT A;  1TB0 X;  3PO6 A;  3M2X A;  3KOI A;  3M1J A;  3MNI A;  2IT4 A;  4Q49 A;  4Q8X A;  5G01 A;  4Z1J A;  3V3I B;  5FNG A;  2EU3 A;  3P55 A;  1G45 A;  1V9I C;  4MO8 A;  4GL1 X;  4K1Q A;  2VVA X;  1LGD A;  4PYY A;  2FOV A;  1CIL A;  5BRV A;  4C3T A;  1DMY A;  4LHI A;  8CA2 A;  4TWM A;  4Q06 A;  5JEH B;  5CJF A;  4M2U A;  2NNO A;  5JEP B;  5E2S A;  2POU A;  1URT A;  3V3J A;  4COQ A;  5G0C A;  4QJX A;  3CYU A;  3KON A;  4ITO A;  5E28 A;  1I9P A;  3P5L A;  3R17 B;  5FLQ A;  5BNL A;  4RH2 A;  4Z1K A;  3F8E A;  1DMX A;  3T5Z A;  3ML2 A;  5EH5 A;  3P5A A;  2HKK A;  5SZ3 A;  4Z1N A;  1FQM A;  1KOP A;  4FIK A;  4PYX A;  3UYQ A;  3MHI A;  3SAP A;  4YXO A;  2X7U A;  2QO8 A;  3MNJ A;  3W6H A;  5DSR A;  4YYT A;  4QK3 A;  3RJ7 A;  4N16 A;  4Y0J A;  2HNC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4Q8YA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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