4RIU | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVTFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLLQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTEGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLAECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__718838746816123__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__718838746816123__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4riu/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__718838746816123__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"718838746816123","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4riu/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__718838746816123__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Saccharin: A lead compound for structure-based drug design of carbonic anhydrase IX inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	80
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-10-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4riuA00

5EHVA 3MNKA 3OYQA 4BCWA 4LP6A 1CNGA 1DMYA 5DSNA 3DV7A 5G01A 5G03A 3F8EA 5DSPA 1LZVA 3IBLA 4RFCA 2EU3A 3U45X 1ZFQA 4Z1KA 1I9PA 2AX2A 1JD0A 5DSIA 1RZBA 3M1KA 4YGLA 1FQLA 4WW8A 5FNHA 3N3JA 3U3AX 2NXRA 3DVCA 4L5UA 4R59A 2HL4A 1UGBA 3VBDA 5EZTX 1ZSBA 5FLOA 3IGPA 3K2FA 4HEYA 3S73B 1BV3A 3RG4A 5DSJA 1CNJA 5DSRA 1RZAA 4N16A 2WD3A 4RFDA 5SZ7A 1XQ0A 3M40A 4JSWA 1CVEA 3T82A 3K34A 3KLDB 4N0XB 1XEVA 2FNMA 4CNVA 3P58A 4RIVA 3M2ZA 2Q1QA 5DSLA 3T83A 2VVAX 2NNOA 5SZ0A 1BNMA 3HLJA 4R5BA 4E3DA 2EZ7A 5JEGB 4ETQC 4K0TA 1YDCA 2FOVA 3MNAA 2X7UA 1BNUA 3BETA 3DCCA 4QSJA 4WUQA 1YO0A 4YYTA 4Q0LA 1G0EA 3HS4A 6CA2A 1LUGA 3MHIA 3K7KA 3OY0A 1OKNA 3MYQA 3M1QA 4CNWA 1TE3X 3DC9A 5SZ2A 3MHOA 3EFIA 2Q1BA 1UGAA 4QJXA 3LXEA 3ML2A 3RYJB 3M1JA 4CA2A 3MNJA 4HU1A 4M2UA 1THKA 4Q7VA 1CVDA 3MMFA 3M5EA 2QO8A 3MHCA 2H15A 5G0BA 1G48A 5JDVB 5BRWA 3HKTA 1CRMA 5AMGA 1G1DA 3S75B 2WEGA 1RAZA 4QSBA 4QJ0A 3D8WA 1ZFKA 2HKKA 3NB5A 4Q87A 1AM6A 1IF5A 1CAJA 5FNLA 5DOHA 3S71B 1RZDA 5L6KA 3RYXB 5BYIA 3U7CA 1TG9A 4Q8ZA 5FLSA 5JEPB 1BNTA 5FLRA 4WL4A 3T5ZA 1CANA 1BN4A 1CNBA 2HOCA 3Q31A 1CCTA 4QSIA 2X7SA 3T84A 4RUXA 1FQMA 3M67A 5E2NA 4WW6A 3S72B 1ZGEA 3BL1A 3RZ8A 4HF3A 2OSFA 3CAJA 5SZ1A 4MO8A 1FSRA 5EKJA 1TH9A 3OYSA 3IBNA 3V3IB 3IAIA 1I91A 4QEFA 4QK1A 5FDIA 4Z1NA 2QOAA 3FE4A 2FMZA 5FL5A 1IF9A 3DAZA 3FW3A 4ZWIA 1G6VA 3NJ9A 2NNVA 4Q08A 1BCDA 4E9OX 2ABEA 1RAYA 3P3HA 5CLUA 1FQRA 1G54A 4QJMA 1H9NA 4YGKA 4KV0A 4ZX0A 1HEAA 5LMDA 1G4OA 5SZ5A 2CBCA 1Y7WA 1I9QA 2HFWA 3D93A 1CAIA 1DCBA 5IPZA 5JG3B 4Q7WA 4BF6A 4CACA 3OILA 3DC3A 4LHIA 1I9MA 4ILXA 4MTYA 1CCUA 4R5AA 3UYNA 12CAA 2EU2A 1CZMA 1FR7A 2NMXA 4ZWXA 3F7UA 3OIKA 2NWOA 4E4AA 2WD2A 4KUWA 4QJWA 4G7AA 1KOPA 2NWYA 3P44A 4FIKA 3SAPA 5E28A 4ZX1A 4MDLA 1HUHA 2POUA 1RZCA 5BNLA 3RZ5A 3RJ7A 4MDMA 3FFPX 2AW1A 3V3GB 5FNGA 4KUVA 4K0SA 3CA2A 5EIJA 3MHMA 1YO1A 1G3ZA 4HEWA 4Q81A 4ZWZA 1UGDA 4ITOA 1HUGA 4YGJA 5CACA 3HKQA 2FOUA 2POWA 4CNXA 3CYUA 5EKMA 3BL0A 4Q07A 1CNWA 5EH8A 2NWZA 3RZ7A 4JSAA 3RG3A 3S9TA 3KS3A 1LG5A 4QY3A 3OKUA 5EKHA 4YXUA 5E5RA 1V9EA 4M2VA 3S76A 3M14A 4DZ7A 3KWAA 5JQ0A 2FMGA 4IWZA 2NXTA 2VVBX 1RZEA 4M2RA 5FNMA 3T5UA 1DMXA 3M2YA 4JS6A 3N4BA 3R16A 4HT2A 1AZMA 1TEQX 2IT4A 3D9ZA 4Q6EA 1FSQA 3M5SA 4Q83A 4L5VA 3V2MA 4CQ0A 1BNVA 3S8XA 5E2RA 4KNNA 3IBIA 3S78B 4Q99A 1IF8A 4KNMA 1BZMA 4X5SA 4FU5A 2QP6A 4PQ7A 5BRUA 4Q8XA 1CAKA 3DVBA 4YGFA 5J8ZA 3PJJA 1XEGA 1KOQA 2F14A 3D0NA 4FPTA 4IDRX 4LU3A 5AMDA 3M96A 4FRCA 1IF7A 4YVYA 3DD0A 4QK2A 5SZ4A 1CAZA 3IEOA 3MNIA 4RH2A 3P4VA 2FNKA 2W2JA 5DRSA 2CBDA 3KKXA 3EFTA 1TBTX 2WEOA 4RN4A 5DSOA 3JXFA 2O4ZA 4Q7PA 3JXGA 3N0NA 1FLJA 1ZSCA 1XPZA 4JSZA 1G45A 3ZP9A 1BN3A 4JSSA 1YO2A 3SAXA 4QSAA 5JGTB 2CA2A 3S97A 2HD6A 2FOQA 1I9LA 4K0ZA 1CVBA 3OIMA 2FOYA 1HVAA 3M5TA 3P5LA 4PYYA 4MLTA 4XIWA 5EH5A 2H4NA 5A25A 1LG6A 3HKNA 4GL1X 7CA2A 5A6HA 4YXOA 1MOOA 4YXIA 2NWPA 1Z9YA 3KOKA 1ZSAA 4KP5A 5AMLA 3DA2A 4E3FA 1H4NA 5DOGA 1AVNA 1CAMA 4KAPA 1I9OA 1CA2A 1UGCA 1V9IC 1A42A 4QJOA 5C8IA 2NN1A 4COQA 1HCAA 1CINA 2NXSA 3P3JA 3NI5A 3MWOA 4G0CA 4MLXA 1OQ5A 4L5WA 4QIYA 9CA2A 3SBIA 4RUZA 1MUAA 3N2PA 3DCSA 1OKMA 4TWMA 1CIMA 1ZGFA 1Z93A 1BNWA 3R17B 4HEZA 3KONA 3T85A 3ML5A 3F4XA 3S74B 4Z1EA 1IF6A 1TEUX 4DZ9A 2NNSA 4TWLA 5SZ3A 4E5QA 1ZNCA 5FNIA 1EOUA 4Q7SA 4C3TA 5HPJA 4ZWYA 1JV0A 5SZ6A 1F2WA 2POVA 5DSKA 5FNJA 3DD8A 3QYKA 5FLTA 5FL4A 4YWPA 3M04A 1FR4A 4HT0A 1YDAA 4XFWA 1CNIA 1HEDA 2CBAA 1CNHA 1CNCA 5L3OA 3RYZA 1YDBA 3UYQA 4XE1A 1CILA 1CA3A 3M98A 5FNKA 4FL7A 5EHEA 1JCZA 4PZHA 1J9WA 1KEQA 1ZE8A 4ZAOA 5BRVA 3HKUA 3P55A 1IF4A 3P5AA 2HNCA 4RUYA 4KUYA 4WUPA 1CVHA 3W6IA 3M2NA 3RGEA 5E2KA 2NN7A 1UGFA 3V3HB 4Q06A 1G52A 3B4FA 4M2WA 4XZ5A 1T9NA 3CZVA 1TG3A 4QK3A 1CRAA 3KOIA 2WEHA 4FVNA 4HBAA 1HECA 3V3FA 4E3HA 1CALA 3TMJA 2CABA 4PXXA 1BN1A 1CNKA 4MDGA 3DVDA 3M3XA 4E49A 3MNUA 3MZCA 4Q90A 1FQNA 3B1BA 3RZ0B 3RLDA 3V2JA 4E3GA 4KNJA 1HEBA 2X7TA 1I90A 3RYYA 2ZNCA 3S77B 4Q6DA 5FLQA 3ZNCA 4ITPA 2GEHA 4Z0QA 1KWQA 4WR7A 1URTA 2CBBA 3DBUA 4K13A 4Q09A 5E2SA 5JESB 1BICA 1BNNA 5G0CA 4UOVA 4Q78A 4XIXA 2CBEA 3GZ0A 1CVFA 1CAYA 1YDDA 4K1QA 5FLPA 3IBUA 5FL6A 3RZ1B 5DSMA 3V5GA 1RJ6A 3MDZA 3DCWA 3V3JA 4BF1A 1BNQA 2Q38A 4YHAA 3KNEA 1Z97A 5JG5B 4KNIA 4Q8YA 1FSNA 3L14A 2NNGA 2WEJA 4KP8A 3D92A 5DVXA 3SBHA 1CVAA 4PYXA 1UGGA 1LGDA 3MNHA 1OKLA 2FOSA 5E5UA 5JGSB 3V7XA 5FDCA 1H9QA 1I8ZA 2ILIA 3PYKA 3RYVB 4YX4A 4RIUA 1KWRA 5CA2A 1TTMA 4QJPA 3W6HA 1DCAA 4CNRA 5DSQA 5JQTA 1ZH9A 1CVCA 3HFPA 3C7PA 4FVOA 5EOIA 1G0FA 1RJ5A 3JXHC 4Z1JA 3MHLA 1G4JA 3KIGA 1UGEA 1HCBA 2FNNA 2GD8A 1CCSA 1CNXA 5EHWA 4QIZA 4YGNA 5JEHB 3F7BA 2FW4A 4QTLA 1G46A 5E2MA 5CJFA 3M1WA 1I9NA 3M2XA 1G53A 4Q9YA 4Q49A 3TVOX 1CAOA 1CNYA 3OKVA 3TVNX 2OSMA 5EH7A 1CAHA 8CA2A 1TB0X 3PO6A 4Y0JA 3U47A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EHV A;  3MNK A;  3OYQ A;  4BCW A;  4LP6 A;  1CNG A;  1DMY A;  5DSN A;  3DV7 A;  5G01 A;  5G03 A;  3F8E A;  5DSP A;  1LZV A;  3IBL A;  4RFC A;  2EU3 A;  3U45 X;  1ZFQ A;  4Z1K A;  1I9P A;  2AX2 A;  1JD0 A;  5DSI A;  1RZB A;  3M1K A;  4YGL A;  1FQL A;  4WW8 A;  5FNH A;  3N3J A;  3U3A X;  2NXR A;  3DVC A;  4L5U A;  4R59 A;  2HL4 A;  1UGB A;  3VBD A;  5EZT X;  1ZSB A;  5FLO A;  3IGP A;  3K2F A;  4HEY A;  3S73 B;  1BV3 A;  3RG4 A;  5DSJ A;  1CNJ A;  5DSR A;  1RZA A;  4N16 A;  2WD3 A;  4RFD A;  5SZ7 A;  1XQ0 A;  3M40 A;  4JSW A;  1CVE A;  3T82 A;  3K34 A;  3KLD B;  4N0X B;  1XEV A;  2FNM A;  4CNV A;  3P58 A;  4RIV A;  3M2Z A;  2Q1Q A;  5DSL A;  3T83 A;  2VVA X;  2NNO A;  5SZ0 A;  1BNM A;  3HLJ A;  4R5B A;  4E3D A;  2EZ7 A;  5JEG B;  4ETQ C;  4K0T A;  1YDC A;  2FOV A;  3MNA A;  2X7U A;  1BNU A;  3BET A;  3DCC A;  4QSJ A;  4WUQ A;  1YO0 A;  4YYT A;  4Q0L A;  1G0E A;  3HS4 A;  6CA2 A;  1LUG A;  3MHI A;  3K7K A;  3OY0 A;  1OKN A;  3MYQ A;  3M1Q A;  4CNW A;  1TE3 X;  3DC9 A;  5SZ2 A;  3MHO A;  3EFI A;  2Q1B A;  1UGA A;  4QJX A;  3LXE A;  3ML2 A;  3RYJ B;  3M1J A;  4CA2 A;  3MNJ A;  4HU1 A;  4M2U A;  1THK A;  4Q7V A;  1CVD A;  3MMF A;  3M5E A;  2QO8 A;  3MHC A;  2H15 A;  5G0B A;  1G48 A;  5JDV B;  5BRW A;  3HKT A;  1CRM A;  5AMG A;  1G1D A;  3S75 B;  2WEG A;  1RAZ A;  4QSB A;  4QJ0 A;  3D8W A;  1ZFK A;  2HKK A;  3NB5 A;  4Q87 A;  1AM6 A;  1IF5 A;  1CAJ A;  5FNL A;  5DOH A;  3S71 B;  1RZD A;  5L6K A;  3RYX B;  5BYI A;  3U7C A;  1TG9 A;  4Q8Z A;  5FLS A;  5JEP B;  1BNT A;  5FLR A;  4WL4 A;  3T5Z A;  1CAN A;  1BN4 A;  1CNB A;  2HOC A;  3Q31 A;  1CCT A;  4QSI A;  2X7S A;  3T84 A;  4RUX A;  1FQM A;  3M67 A;  5E2N A;  4WW6 A;  3S72 B;  1ZGE A;  3BL1 A;  3RZ8 A;  4HF3 A;  2OSF A;  3CAJ A;  5SZ1 A;  4MO8 A;  1FSR A;  5EKJ A;  1TH9 A;  3OYS A;  3IBN A;  3V3I B;  3IAI A;  1I91 A;  4QEF A;  4QK1 A;  5FDI A;  4Z1N A;  2QOA A;  3FE4 A;  2FMZ A;  5FL5 A;  1IF9 A;  3DAZ A;  3FW3 A;  4ZWI A;  1G6V A;  3NJ9 A;  2NNV A;  4Q08 A;  1BCD A;  4E9O X;  2ABE A;  1RAY A;  3P3H A;  5CLU A;  1FQR A;  1G54 A;  4QJM A;  1H9N A;  4YGK A;  4KV0 A;  4ZX0 A;  1HEA A;  5LMD A;  1G4O A;  5SZ5 A;  2CBC A;  1Y7W A;  1I9Q A;  2HFW A;  3D93 A;  1CAI A;  1DCB A;  5IPZ A;  5JG3 B;  4Q7W A;  4BF6 A;  4CAC A;  3OIL A;  3DC3 A;  4LHI A;  1I9M A;  4ILX A;  4MTY A;  1CCU A;  4R5A A;  3UYN A;  12CA A;  2EU2 A;  1CZM A;  1FR7 A;  2NMX A;  4ZWX A;  3F7U A;  3OIK A;  2NWO A;  4E4A A;  2WD2 A;  4KUW A;  4QJW A;  4G7A A;  1KOP A;  2NWY A;  3P44 A;  4FIK A;  3SAP A;  5E28 A;  4ZX1 A;  4MDL A;  1HUH A;  2POU A;  1RZC A;  5BNL A;  3RZ5 A;  3RJ7 A;  4MDM A;  3FFP X;  2AW1 A;  3V3G B;  5FNG A;  4KUV A;  4K0S A;  3CA2 A;  5EIJ A;  3MHM A;  1YO1 A;  1G3Z A;  4HEW A;  4Q81 A;  4ZWZ A;  1UGD A;  4ITO A;  1HUG A;  4YGJ A;  5CAC A;  3HKQ A;  2FOU A;  2POW A;  4CNX A;  3CYU A;  5EKM A;  3BL0 A;  4Q07 A;  1CNW A;  5EH8 A;  2NWZ A;  3RZ7 A;  4JSA A;  3RG3 A;  3S9T A;  3KS3 A;  1LG5 A;  4QY3 A;  3OKU A;  5EKH A;  4YXU A;  5E5R A;  1V9E A;  4M2V A;  3S76 A;  3M14 A;  4DZ7 A;  3KWA A;  5JQ0 A;  2FMG A;  4IWZ A;  2NXT A;  2VVB X;  1RZE A;  4M2R A;  5FNM A;  3T5U A;  1DMX A;  3M2Y A;  4JS6 A;  3N4B A;  3R16 A;  4HT2 A;  1AZM A;  1TEQ X;  2IT4 A;  3D9Z A;  4Q6E A;  1FSQ A;  3M5S A;  4Q83 A;  4L5V A;  3V2M A;  4CQ0 A;  1BNV A;  3S8X A;  5E2R A;  4KNN A;  3IBI A;  3S78 B;  4Q99 A;  1IF8 A;  4KNM A;  1BZM A;  4X5S A;  4FU5 A;  2QP6 A;  4PQ7 A;  5BRU A;  4Q8X A;  1CAK A;  3DVB A;  4YGF A;  5J8Z A;  3PJJ A;  1XEG A;  1KOQ A;  2F14 A;  3D0N A;  4FPT A;  4IDR X;  4LU3 A;  5AMD A;  3M96 A;  4FRC A;  1IF7 A;  4YVY A;  3DD0 A;  4QK2 A;  5SZ4 A;  1CAZ A;  3IEO A;  3MNI A;  4RH2 A;  3P4V A;  2FNK A;  2W2J A;  5DRS A;  2CBD A;  3KKX A;  3EFT A;  1TBT X;  2WEO A;  4RN4 A;  5DSO A;  3JXF A;  2O4Z A;  4Q7P A;  3JXG A;  3N0N A;  1FLJ A;  1ZSC A;  1XPZ A;  4JSZ A;  1G45 A;  3ZP9 A;  1BN3 A;  4JSS A;  1YO2 A;  3SAX A;  4QSA A;  5JGT B;  2CA2 A;  3S97 A;  2HD6 A;  2FOQ A;  1I9L A;  4K0Z A;  1CVB A;  3OIM A;  2FOY A;  1HVA A;  3M5T A;  3P5L A;  4PYY A;  4MLT A;  4XIW A;  5EH5 A;  2H4N A;  5A25 A;  1LG6 A;  3HKN A;  4GL1 X;  7CA2 A;  5A6H A;  4YXO A;  1MOO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4RIUA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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