4RIV | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVTFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLLQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTEGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLAECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__948441966073325__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__948441966073325__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4riv/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__948441966073325__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"948441966073325","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4riv/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__948441966073325__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00a62f77b9c70ac1b03b73/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00a62f77b9c70ac1b03b73/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00a62f77b9c70ac1b03b73/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00a62f77b9c70ac1b03b73/pdb.gz): 474 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Saccharin: A lead compound for structure-based drug design of carbonic anhydrase IX inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	82
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2014-10-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4rivA00

1FSNA 3D92A 3SBIA 4QSJA 1CNWA 1IF8A 4YGKA 4YXUA 2CBAA 2WD2A 3D8WA 4Q9YA 1LG5A 4Q09A 3S72B 5JQTA 2NN7A 1G45A 4YWPA 2FMGA 1IF4A 3IBIA 1RZDA 3S8XA 4Q7SA 1FQNA 5E5RA 1ZGEA 1ZSBA 5BYIA 5BRWA 3PYKA 2FNKA 1CVFA 4BF6A 4WUQA 3DVCA 2FOQA 3L14A 5SZ7A 3RYVB 3SAXA 3JXGA 3DCCA 4Q87A 1MOOA 3MDZA 4FPTA 3M3XA 5SZ5A 4YXIA 4JSSA 2QP6A 3CAJA 1FQRA 4KUYA 1XEVA 3N3JA 4KNJA 4RUZA 4KNMA 3MHOA 1G52A 4Q06A 5FNJA 4E9OX 3RG3A 1V9EA 1BN1A 1YDDA 5DOGA 4K0TA 12CAA 1CNXA 3T84A 2HKKA 4Q6EA 3RYJB 1I9LA 3W6IA 4CA2A 4R5AA 2WEGA 2GD8A 3HKTA 3C7PA 2Q1QA 3PJJA 1Z97A 3S78B 1IF9A 2OSFA 4ZWXA 4Z1NA 1OKLA 4RIVA 1UGEA 4L5WA 4QJPA 3M2YA 1CNHA 4XE1A 2FOVA 3KWAA 4K0ZA 4N0XB 4L5UA 4YGLA 3V2JA 2FW4A 5FNLA 2NXSA 3KOIA 4KP5A 4Q78A 4XIWA 3IBNA 5EHWA 5L3OA 3RYYA 3UYQA 2HD6A 3F4XA 1BV3A 4R59A 1G0EA 3N4BA 4QK2A 3KONA 2H4NA 1CVDA 2NNVA 4ILXA 5AMLA 2FMZA 1HECA 2X7UA 1CNJA 3KIGA 5DSJA 4FVOA 3T5UA 3K7KA 1I9QA 1FSRA 4KP8A 5JG5B 1LZVA 1FLJA 1CRMA 1HCBA 3MMFA 4TWLA 5CLUA 1TB0X 1JV0A 3GZ0A 4K1QA 2POUA 1CNYA 1XEGA 3MNHA 4M2WA 1LGDA 5FLPA 1BN4A 5FLRA 5JDVB 1I9PA 3DV7A 3FW3A 3M1KA 1I90A 5EKMA 1CCSA 3DVDA 1H9NA 4MTYA 3MHMA 5FLOA 3M96A 4HEWA 4E5QA 1KEQA 1G46A 8CA2A 1G3ZA 4UOVA 1DMXA 4QIYA 5DSLA 5FL4A 2NNSA 1TG3A 2FOUA 5BRUA 1YO2A 1BCDA 2WD3A 5DSMA 5FNKA 4YVYA 3S74B 3M40A 1CAHA 1JCZA 3PO6A 4RFDA 3MWOA 3KS3A 3V3GB 3TVNX 5E5UA 3ZNCA 2NNGA 4Q07A 4WW6A 5DSPA 3OKUA 4Q0LA 5DOHA 2FOYA 1RZCA 1DMYA 1BZMA 2NWYA 3RZ0B 1TH9A 5DVXA 3OIMA 4KUWA 3T83A 1BNVA 3F7UA 4ZX1A 4Q08A 3M04A 2EU3A 1UGAA 2NN1A 1ZSAA 4RIUA 1Y7WA 5E2SA 5SZ2A 2Q38A 3SAPA 4Q8YA 5FNIA 2NWOA 4QJWA 1OKNA 4ITPA 4JSZA 2NXRA 4MDLA 3M67A 1FSQA 1TEUX 2QO8A 3FFPX 3M2ZA 1ZNCA 2OSMA 4RH2A 3U45X 1FR4A 2W2JA 4Q99A 5L6KA 1UGGA 3M1QA 4M2UA 3DVBA 1CNGA 1J9WA 4G0CA 4X5SA 3OYQA 4CNVA 4Z0QA 5SZ0A 3R17B 1G6VA 4Q8ZA 1G0FA 1AM6A 4JSWA 1HEAA 5AMGA 1KOPA 4MO8A 2WEJA 3M1WA 4CNXA 2H15A 4Z1EA 3U7CA 3S76A 5JGSB 3R16A 2HNCA 4K13A 3P5LA 1BNQA 1TTMA 3P58A 3D9ZA 5FDIA 2WEOA 1ZH9A 1RJ6A 3KNEA 3P4VA 1BNUA 4HEYA 3VBDA 3JXHC 3HKQA 3P3HA 1I9MA 5IPZA 2X7TA 1CA3A 1HEBA 3N0NA 4Q8XA 4QTLA 5EIJA 1URTA 2WEHA 5AMDA 3V3IB 4FL7A 4N16A 5E2RA 5JESB 5J8ZA 3OYSA 1Z93A 2ZNCA 3Q31A 5CA2A 1HUHA 3FE4A 5G01A 4MLTA 1T9NA 1I9OA 4Q7WA 5JEPB 3CA2A 4M2VA 1EOUA 1AVNA 3MYQA 3P44A 2ABEA 4HU1A 1THKA 3HS4A 1BNMA 1ZFQA 2NWPA 1YDAA 3OKVA 3U47A 4Q6DA 4QJOA 3D93A 5E2NA 1RAZA 5C8IA 2CABA 2ILIA 2CBCA 4LU3A 3V5GA 4QJMA 1CIMA 3M5TA 2VVAX 5EZTX 3T82A 4BCWA 1LUGA 2VVBX 5FLQA 1CILA 4JS6A 5EH5A 3KLDB 3RYXB 1FQMA 1MUAA 1HVAA 2AX2A 4WUPA 3RJ7A 1CAKA 1TE3X 5FL5A 4ITOA 5DRSA 3S97A 1CAOA 1CAYA 4PZHA 4BF1A 1CAMA 1CCTA 4YHAA 1G48A 1BNWA 5E2KA 5BRVA 3RZ5A 1CVCA 5JEHB 1V9IC 3LXEA 4KUVA 4TWMA 1RZAA 1CNKA 2FOSA 4QJ0A 4E3FA 4XIXA 3SBHA 4QSIA 4KV0A 4QSBA 3UYNA 1JD0A 1CINA 2CBEA 2NMXA 4QEFA 3DC3A 3NJ9A 1G1DA 3M5EA 2NXTA 5FNMA 1YO1A 1TBTX 4IWZA 3V3FA 4K0SA 5EH7A 1CNCA 1BNNA 1UGFA 3EFTA 5FDCA 1FQLA 3CYUA 4MDMA 4YYTA 3IEOA 4PYYA 1DCAA 3RZ8A 1H9QA 1CALA 1I8ZA 1H4NA 3K34A 5CJFA 1HUGA 4QY3A 3HKUA 5JEGB 1G53A 3IBLA 3DC9A 3M2XA 3N2PA 3S75B 1ZSCA 3RZ7A 5EHEA 4E3HA 4JSAA 5FLTA 2IT4A 2O4ZA 2X7SA 5SZ1A 4HT0A 2AW1A 2FNNA 5EKHA 3S77B 3V3JA 2F14A 3MHIA 4GL1X 4KAPA 1ZGFA 3CZVA 5CACA 3HKNA 3KKXA 4L5VA 4E3GA 2NNOA 3V7XA 4YGFA 4RUXA 1KOQA 4Q7VA 5SZ6A 1YO0A 1YDCA 4DZ7A 5G0CA 4CQ0A 5E2MA 5FNHA 1ZE8A 3M98A 4PYXA 5SZ4A 1CRAA 3P5AA 4Q83A 3M1JA 4YX4A 3DCWA 5LMDA 1LG6A 5HPJA 3RLDA 4CNRA 1RZEA 4QK3A 5JGTB 1RZBA 3F7BA 3M2NA 1IF6A 4MLXA 5FNGA 4HF3A 4HEZA 3S73B 5G03A 3U3AX 4PXXA 4IDRX 3DCSA 2GEHA 2POVA 3TMJA 2CA2A 4KNNA 3F8EA 2EU2A 3BL0A 5EHVA 1AZMA 3RG4A 4RFCA 1FR7A 5G0BA 1G4JA 2Q1BA 5JQ0A 4Q90A 1CAIA 1XQ0A 2EZ7A 3EFIA 1G54A 4FU5A 5FLSA 4E3DA 1BNTA 1CNIA 4YGJA 5E28A 4Q49A 4XFWA 4ETQC 3MZCA 4WW8A 3T5ZA 5BNLA 4G7AA 4CACA 2HL4A 4R5BA 4FRCA 3V3HB 3KOKA 1XPZA 3IAIA 3ZP9A 2HOCA 5JG3B 5SZ3A 1KWQA 1CZMA 3S9TA 4YXOA 1UGDA 1KWRA 2CBDA 4ZAOA 1HCAA 4M2RA 4ZWYA 1CNBA 3OILA 3S71B 4Z1KA 3DBUA 4E49A 6CA2A 1F2WA 2POWA 3W6HA 1I91A 2CBBA 3MNAA 4HBAA 4FIKA 3BL1A 4QIZA 7CA2A 1G4OA 4HT2A 1IF7A 3BETA 1OKMA 3MNKA 1ZFKA 5DSQA 5EKJA 3OY0A 1TG9A 4E4AA 3NB5A 1UGBA 3IBUA 3MNUA 1I9NA 1A42A 1IF5A 5DSRA 4RUYA 4RN4A 3IGPA 3K2FA 4QSAA 3RYZA 1OQ5A 1DCBA 1CVBA 4COQA 4Y0JA 2NWZA 3OIKA 4ZWZA 4WR7A 4Q7PA 1BN3A 5A6HA 3P3JA 3HFPA 1TEQX 5FL6A 3T85A 1CVEA 4CNWA 1Z9YA 1RAYA 1RJ5A 3B4FA 3MNJA 9CA2A 1BICA 4QK1A 3MNIA 4LP6A 4WL4A 4Z1JA 3DD8A 3M5SA 3V2MA 1CCUA 1CAJA 5DSIA 5DSKA 3DAZA 1YDBA 3DD0A 4C3TA 3D0NA 1CANA 5EOIA 4PQ7A 3RZ1B 5A25A 2QOAA 3RGEA 3MHLA 4XZ5A 3HLJA 4Q81A 3TVOX 4QJXA 5DSNA 4ZWIA 1CVAA 1CA2A 3P55A 2FNMA 5DSOA 4MDGA 4KNIA 1CVHA 3QYKA 3JXFA 2HFWA 1HEDA 3MHCA 3ML5A 3B1BA 4ZX0A 3NI5A 4DZ9A 4YGNA 5EH8A 1CAZA 3ML2A 3M14A 3DA2A 1UGCA 4LHIA 4FVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FSN A;  3D92 A;  3SBI A;  4QSJ A;  1CNW A;  1IF8 A;  4YGK A;  4YXU A;  2CBA A;  2WD2 A;  3D8W A;  4Q9Y A;  1LG5 A;  4Q09 A;  3S72 B;  5JQT A;  2NN7 A;  1G45 A;  4YWP A;  2FMG A;  1IF4 A;  3IBI A;  1RZD A;  3S8X A;  4Q7S A;  1FQN A;  5E5R A;  1ZGE A;  1ZSB A;  5BYI A;  5BRW A;  3PYK A;  2FNK A;  1CVF A;  4BF6 A;  4WUQ A;  3DVC A;  2FOQ A;  3L14 A;  5SZ7 A;  3RYV B;  3SAX A;  3JXG A;  3DCC A;  4Q87 A;  1MOO A;  3MDZ A;  4FPT A;  3M3X A;  5SZ5 A;  4YXI A;  4JSS A;  2QP6 A;  3CAJ A;  1FQR A;  4KUY A;  1XEV A;  3N3J A;  4KNJ A;  4RUZ A;  4KNM A;  3MHO A;  1G52 A;  4Q06 A;  5FNJ A;  4E9O X;  3RG3 A;  1V9E A;  1BN1 A;  1YDD A;  5DOG A;  4K0T A;  12CA A;  1CNX A;  3T84 A;  2HKK A;  4Q6E A;  3RYJ B;  1I9L A;  3W6I A;  4CA2 A;  4R5A A;  2WEG A;  2GD8 A;  3HKT A;  3C7P A;  2Q1Q A;  3PJJ A;  1Z97 A;  3S78 B;  1IF9 A;  2OSF A;  4ZWX A;  4Z1N A;  1OKL A;  4RIV A;  1UGE A;  4L5W A;  4QJP A;  3M2Y A;  1CNH A;  4XE1 A;  2FOV A;  3KWA A;  4K0Z A;  4N0X B;  4L5U A;  4YGL A;  3V2J A;  2FW4 A;  5FNL A;  2NXS A;  3KOI A;  4KP5 A;  4Q78 A;  4XIW A;  3IBN A;  5EHW A;  5L3O A;  3RYY A;  3UYQ A;  2HD6 A;  3F4X A;  1BV3 A;  4R59 A;  1G0E A;  3N4B A;  4QK2 A;  3KON A;  2H4N A;  1CVD A;  2NNV A;  4ILX A;  5AML A;  2FMZ A;  1HEC A;  2X7U A;  1CNJ A;  3KIG A;  5DSJ A;  4FVO A;  3T5U A;  3K7K A;  1I9Q A;  1FSR A;  4KP8 A;  5JG5 B;  1LZV A;  1FLJ A;  1CRM A;  1HCB A;  3MMF A;  4TWL A;  5CLU A;  1TB0 X;  1JV0 A;  3GZ0 A;  4K1Q A;  2POU A;  1CNY A;  1XEG A;  3MNH A;  4M2W A;  1LGD A;  5FLP A;  1BN4 A;  5FLR A;  5JDV B;  1I9P A;  3DV7 A;  3FW3 A;  3M1K A;  1I90 A;  5EKM A;  1CCS A;  3DVD A;  1H9N A;  4MTY A;  3MHM A;  5FLO A;  3M96 A;  4HEW A;  4E5Q A;  1KEQ A;  1G46 A;  8CA2 A;  1G3Z A;  4UOV A;  1DMX A;  4QIY A;  5DSL A;  5FL4 A;  2NNS A;  1TG3 A;  2FOU A;  5BRU A;  1YO2 A;  1BCD A;  2WD3 A;  5DSM A;  5FNK A;  4YVY A;  3S74 B;  3M40 A;  1CAH A;  1JCZ A;  3PO6 A;  4RFD A;  3MWO A;  3KS3 A;  3V3G B;  3TVN X;  5E5U A;  3ZNC A;  2NNG A;  4Q07 A;  4WW6 A;  5DSP A;  3OKU A;  4Q0L A;  5DOH A;  2FOY A;  1RZC A;  1DMY A;  1BZM A;  2NWY A;  3RZ0 B;  1TH9 A;  5DVX A;  3OIM A;  4KUW A;  3T83 A;  1BNV A;  3F7U A;  4ZX1 A;  4Q08 A;  3M04 A;  2EU3 A;  1UGA A;  2NN1 A;  1ZSA A;  4RIU A;  1Y7W A;  5E2S A;  5SZ2 A;  2Q38 A;  3SAP A;  4Q8Y A;  5FNI A;  2NWO A;  4QJW A;  1OKN A;  4ITP A;  4JSZ A;  2NXR A;  4MDL A;  3M67 A;  1FSQ A;  1TEU X;  2QO8 A;  3FFP X;  3M2Z A;  1ZNC A;  2OSM A;  4RH2 A;  3U45 X;  1FR4 A;  2W2J A;  4Q99 A;  5L6K A;  1UGG A;  3M1Q A;  4M2U A;  3DVB A;  1CNG A;  1J9W A;  4G0C A;  4X5S A;  3OYQ A;  4CNV A;  4Z0Q A;  5SZ0 A;  3R17 B;  1G6V A;  4Q8Z A;  1G0F A;  1AM6 A;  4JSW A;  1HEA A;  5AMG A;  1KOP A;  4MO8 A;  2WEJ A;  3M1W A;  4CNX A;  2H15 A;  4Z1E A;  3U7C A;  3S76 A;  5JGS B;  3R16 A;  2HNC A;  4K13 A;  3P5L A;  1BNQ A;  1TTM A;  3P58 A;  3D9Z A;  5FDI A;  2WEO A;  1ZH9 A;  1RJ6 A;  3KNE A;  3P4V A;  1BNU A;  4HEY A;  3VBD A;  3JXH C;  3HKQ A;  3P3H A;  1I9M A;  5IPZ A;  2X7T A;  1CA3 A;  1HEB A;  3N0N A;  4Q8X A;  4QTL A;  5EIJ A;  1URT A;  2WEH A;  5AMD A;  3V3I B;  4FL7 A;  4N16 A;  5E2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4RIVA

Total Genus

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Chain Sequence

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