The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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Knots found |
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sequence length |
239
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structure length |
239
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Chain Sequence |
DEFSYIDGNPNGPENWGNLKPEWETCGKGMEQSPIQLRDNRVIFDQTLGKLRRNYRAVDARLRNSGHDVLVDFKGNAGSLSINRVEYQLKRIHFHSPSEHEMNGERFDLEAQLVHESQDQKRAVVSILFRFGRADPFLSDLEDFIKQFSNSQKNEINAGVVDPNQLQIDDSAYYRYMGSFTAPPCTEGISWTVMRKVATVSPRQVLLLKQAVNENAINNARPLQPTNFRSVFYFEQLKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Plant protein
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| source organism |
Dioscorea japonica
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| publication title |
Yam Tuber Storage Protein Reduces Plant Oxidants Using the Coupled Reactions as Carbonic Anhydrase and Dehydroascorbate Reductase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Dioscorin 5
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| total genus |
63
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| structure length |
239
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| sequence length |
239
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00194 | Carb_anhydrase | Eukaryotic-type carbonic anhydrase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Carbonic Anhydrase II | Alpha carbonic anhydrase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5E2R A; 4Q7V A; 2NXS A; 1IF8 A; 5JG3 B; 3M2X A; 5L3O A; 3Q31 A; 1UGC A; 4PXX A; 5AMD A; 2W2J A; 3HKQ A; 2Q1Q A; 4CNV A; 2AW1 A; 1FQR A; 3JXH C; 4HU1 A; 1G0E A; 1FR7 A; 2NNO A; 1BNU A; 3DC3 A; 4Q81 A; 4PYX A; 1XEG A; 3HKN A; 2H15 A; 4R5B A; 5FNM A; 5JEP B; 1AZM A; 3PJJ A; 5L6K A; 5SZ5 A; 3RLD A; 1ZSA A; 4Q78 A; 3M2Y A; 5E2M A; 3RZ5 A; 5EKJ A; 4Q8Y A; 1CCT A; 4ZWZ A; 2VVA X; 3DVB A; 5FLO A; 1G53 A; 3RYX B; 3HS4 A; 4ITP A; 1RZD A; 4PQ7 A; 4KAP A; 1IF6 A; 1TH9 A; 2WD3 A; 4RFC A; 1ZNC A; 1ZGF A; 1KEQ A; 2EZ7 A; 5J8Z A; 4COQ A; 1DCA A; 4HT0 A; 4KUV A; 3CAJ A; 1H9Q A; 3R17 B; 4RIV A; 4BF6 A; 1I9Q A; 4BF1 A; 4KP8 A; 3FE4 A; 1HUG A; 4ZWI A; 2CAB A; 1CIL A; 3KOI A; 1BN4 A; 1CAJ A; 1FQM A; 4QJX A; 1I91 A; 5EH5 A; 5DSP A; 1CAI A; 4Q6D A; 4WL4 A; 1LG5 A; 1FSQ A; 2GEH A; 5FNG A; 1CVD A; 4FL7 A; 3M3X A; 4QY3 A; 1F2W A; 1EOU A; 1G46 A; 1CNJ A; 1CVB A; 1G6V A; 3RZ8 A; 1XEV A; 5A6H A; 4G0C A; 4E49 A; 3M2Z A; 5FNK A; 3M98 A; 4MLT A; 1Z9Y A; 1ZSB A; 5FNI A; 1RZA A; 1RAZ A; 5BNL A; 3OKU A; 2GD8 A; 1JCZ A; 2OSF A; 1UGG A; 4Q06 A; 5DVX A; 4QJM A; 1BN1 A; 1AM6 A; 3NJ9 A; 1FLJ A; 3IBN A; 5EZT X; 5SZ0 A; 4QSI A; 4MO8 A; 5E28 A; 4CNW A; 1HUH A; 2Q1B A; 2X7T A; 5EHW A; 5FNH A; 1CAY A; 4K0Z A; 3FFP X; 4PZH A; 1V9I C; 2NNG A; 2NNV A; 4QTL A; 3RZ0 B; 2HD6 A; 4DZ7 A; 5IPZ A; 4C3T A; 3M2N A; 1CNX A; 4ZX0 A; 4Q07 A; 1IF9 A; 3T84 A; 1FQL A; 3S78 B; 1CVF A; 2HKK A; 2QOA A; 4QJ0 A; 3M67 A; 4FIK A; 3EFT A; 1ZH9 A; 3S8X A; 1I9O A; 3V3F A; 3RJ7 A; 2WEG A; 5EKH A; 4WUP A; 2NWZ A; 3U7C A; 4Q7W A; 3PO6 A; 4Q87 A; 1CAH A; 3S75 B; 4CNX A; 1BCD A; 3N2P A; 3DD0 A; 3GZ0 A; 3T83 A; 5FNL A; 3MZC A; 4M2U A; 3M5S A; 4Q8Z A; 5DSQ A; 4KNJ A; 4JSA A; 1HEA A; 3NI5 A; 4MDM A; 4Q9Y A; 3MNU A; 5DSO A; 4DZ9 A; 4R59 A; 3M1J A; 3DCS A; 1CNG A; 1HCB A; 5G01 A; 3V3I B; 3P4V A; 1YDB A; 4Q49 A; 3C7P A; 3S72 B; 4BCW A; 2CBE A; 3MHM A; 3V2M A; 4FVO A; 3DCC A; 3M5T A; 4YVY A; 2POU A; 3S73 B; 2FW4 A; 2EU3 A; 4UOV A; 5SZ4 A; 5EH8 A; 5JGS B; 5FL4 A; 5EKM A; 1UGA A; 3QYK A; 1YDD A; 3BL1 A; 1G4O A; 3IBU A; 1BNW A; 1CNC A; 3HFP A; 3OY0 A; 3KS3 A; 5SZ6 A; 4YYT A; 4MLX A; 2F14 A; 3IAI A; 3P58 A; 4MDL A; 3P3J A; 5DRS A; 2NXR A; 4ZAO A; 2NN7 A; 1UGB A; 1CNI A; 3OIK A; 4LHI A; 1OKM A; 4ILX A; 4E5Q A; 2Q38 A; 4YXO A; 4RIU A; 5LMD A; 4XIX A; 3B1B A; 1CRM A; 4MTY A; 5EHE A; 1THK A; 4QSB A; 2NMX A; 3ML5 A; 4HT2 A; 1LGD A; 3MHC A; 4RH2 A; 5JDV B; 3IEO A; 4WUQ A; 4QK3 A; 3D92 A; 3OYS A; 1TG3 A; 1TBT X; 12CA A; 3SAP A; 3KIG A; 4YX4 A; 1Z93 A; 4Q8X A; 1DMY A; 4Z1N A; 1CAM A; 1XPZ A; 5SZ3 A; 3S97 A; 5FDI A; 1CAZ A; 1CVC A; 1AVN A; 4K0S A; 3T5Z A; 5JQ0 A; 1FSR A; 3KNE A; 1G0F A; 4K13 A; 2X7U A; 3R16 A; 3ZP9 A; 4WW8 A; 1Y7W A; 1BNV A; 3K2F A; 1G48 A; 5FL6 A; 5FLT A; 4CA2 A; 1ZSC A; 1FR4 A; 1URT A; 1CNW A; 5G0C A; 1TEU X; 4XE1 A; 4XFW A; 3V7X A; 4ZX1 A; 5DSI A; 4E3G A; 1CCS A; 1I90 A; 4QIY A; 1CAO A; 4TWM A; 1TE3 X; 2NN1 A; 1CIN A; 4JSS A; 4E4A A; 3F8E A; 2QO8 A; 5FLP A; 1RAY A; 5A25 A; 3N3J A; 1TTM A; 5FLR A; 1JD0 A; 3UYN A; 3U45 X; 9CA2 A; 1Z97 A; 5SZ2 A; 3MNJ A; 1OQ5 A; 2WD2 A; 4LP6 A; 4Q7S A; 3KWA A; 5EIJ A; 3M04 A; 4Q99 A; 5JG5 B; 1G52 A; 3DV7 A; 4FU5 A; 5DOG A; 4M2W A; 1CAN A; 1CNB A; 2WEJ A; 3MHL A; 4RN4 A; 5EHV A; 5C8I A; 4G7A A; 2POV A; 5JES B; 6CA2 A; 1G1D A; 4LU3 A; 4Q08 A; 3T85 A; 4RUX A; 3D0N A; 3RYZ A; 3MDZ A; 4JSZ A; 3MYQ A; 2NNS A; 4YGJ A; 3IBI A; 2POW A; 4Q0L A; 4HBA A; 5FL5 A; 7CA2 A; 2AX2 A; 3RZ1 B; 5FDC A; 1YO1 A; 3MNK A; 3M1K A; 5BRU A; 2CBA A; 4YGN A; 2FOS A; 5BRV A; 1BIC A; 3RG3 A; 3S74 B; 3MMF A; 4L5U A; 3EFI A; 4Q09 A; 2NXT A; 2HNC A; 1V9E A; 1A42 A; 1OKL A; 2FOV A; 2WEH A; 3DCW A; 2FNN A; 3V3J A; 4QJP A; 5DSR A; 3IBL A; 1DCB A; 3NB5 A; 2FOQ A; 5E5U A; 2FNM A; 3D93 A; 1TEQ X; 2O4Z A; 3VBD A; 1KWR A; 3MWO A; 4N0X B; 4XIW A; 1LUG A; 3RZ7 A; 1CNY A; 3U47 A; 4K0T A; 1CZM A; 3F7B A; 4KUW A; 1ZE8 A; 1HED A; 1G4J A; 3T82 A; 1CAK A; 3DVC A; 5FLS A; 1G54 A; 3K7K A; 3N0N A; 1CNK A; 1HEB A; 1I9M A; 1IF7 A; 4FPT A; 8CA2 A; 4TWL A; 3M96 A; 4QK1 A; 3DA2 A; 3DVD A; 5DSM A; 3TVN X; 3ML2 A; 4ZWY A; 5SZ1 A; 2WEO A; 4E3F A; 4YGL A; 3B4F A; 4ZWX A; 1HVA A; 5DSJ A; 4KNI A; 4L5W A; 2FNK A; 4Y0J A; 4MDG A; 1XQ0 A; 4YHA A; 4HF3 A; 4X5S A; 1ZFK A; 3CA2 A; 2ZNC A; 1HEC A; 2VVB X; 3OYQ A; 5SZ7 A; 3KOK A; 1CVH A; 1YDA A; 3M5E A; 3UYQ A; 3FW3 A; 3OIL A; 3V5G A; 1CAL A; 4CAC A; 3TMJ A; 1I9N A; 1I8Z A; 3OIM A; 4Z1J A; 4KUY A; 3S77 B; 1TG9 A; 3ZNC A; 5BYI A; 5JEG B; 3V3G B; 1RZC A; 1J9W A; 4KP5 A; 3DD8 A; 1BZM A; 2NWO A; 1IF4 A; 1BNM A; 3JXG A; 4YWP A; 4L5V A; 1BN3 A; 3CZV A; 3KON A; 4K1Q A; 2FMG A; 4GL1 X; 1YO0 A; 4QJW A; 3MNA A; 1CA3 A; 1G45 A; 1MOO A; 5DOH A; 1ZFQ A; 5JQT A; 4CNR A; 5G03 A; 1LG6 A; 5DSN A; 5HPJ A; 3N4B A; 2OSM A; 1HCA A; 4YXU A; 5JGT B; 2FOY A; 3P44 A; 3RYV B; 4HEZ A; 4FVN A; 2H4N A; 5AMG A; 5DSL A; 1CNH A; 5E2K A; 4YGF A; 3W6I A; 1JV0 A; 3S9T A; 3P3H A; 3SBH A; 1T9N A; 1RJ5 A; 3BL0 A; 3P5L A; 3M1W A; 3KLD B; 4QK2 A; 4WR7 A; 1IF5 A; 3V3H B; 4Q90 A; 4YXI A; 3SAX A; 4QEF A; 4CQ0 A; 3RG4 A; 1CIM A; 1ZGE A; 1FQN A; 5AML A; 3MNH A; 3LXE A; 1BNN A; 2X7S A; 3T5U A; 3U3A X; 4KNN A; 3L14 A; 4QSA A; 1OKN A; 1TB0 X; 2ILI A; 5E2N A; 4RUZ A; 1G3Z A; 1BNQ A; 4Q83 A; 1YO2 A; 3M1Q A; 3W6H A; 1I9L A; 2NWP A; 4M2R A; 5E2S A; 5FLQ A; 1UGD A; 4R5A A; 1CA2 A; 4E3D A; 1KOP A; 1CRA A; 2CBD A; 1CVE A; 3OKV A; 2HOC A; 4KNM A; 4ETQ C; 1CVA A; 3HLJ A; 5CAC A; 3S76 A; 3DAZ A; 4HEY A; 4YGK A; 3M40 A; 4ITO A; 4IDR X; 3SBI A; 5DSK A; 2CBC A; 3MHO A; 3MNI A; 3IGP A; 5FNJ A; 2FMZ A; 1DMX A; 4HEW A; 3V2J A; 1KWQ A; 1BV3 A; 5BRW A; 2HL4 A; 3HKT A; 3K34 A; 4RUY A; 3DC9 A; 3RYJ B; 1RZE A; 5CJF A; 4N16 A; 4PYY A; 1YDC A; 1FSN A; 2NWY A; 2CA2 A; 3F7U A; 3CYU A; 2CBB A; 4XZ5 A; 4QSJ A; 1H9N A; 1I9P A; 4QJO A; 2FOU A; 4JS6 A; 4E9O X; 1UGF A; 3RGE A; 5CA2 A; 4RFD A; 5EOI A; 1UGE A; 4Q6E A; 1CCU A; 2QP6 A; 3P5A A; 4JSW A; 5E5R A; 1RJ6 A; 3JXF A; 3S71 B; 1KOQ A; 3MHI A; 3F4X A; 4Q7P A; 5JEH B; 3P55 A; 5EH7 A; 4E3H A; 3HKU A; 3D9Z A; 4Z1E A; 2ABE A; 1MUA A; 5CLU A; 4Z0Q A; 3RYY A; 1RZB A; 4KV0 A; 2IT4 A; 1BNT A; 3PYK A; 4FRC A; 2HFW A; 4WW6 A; 4Z1K A; 3DBU A; 3D8W A; 4QIZ A; 4M2V A; 3BET A; 1LZV A; 2EU2 A; 3M14 A; 3KKX A; 4IWZ A; 3TVO X; 5G0B A; 1H4N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5E2R A; 4Q7V A; 2NXS A; 1IF8 A; 5JG3 B; 3M2X A; 5L3O A; 3Q31 A; 1UGC A; 4PXX A; 5AMD A; 2W2J A; 3HKQ A; 2Q1Q A; 4CNV A; 2AW1 A; 1FQR A; 3JXH C; 4HU1 A; 1G0E A; 1FR7 A; 2NNO A; 1BNU A; 3DC3 A; 4Q81 A; 4PYX A; 1XEG A; 3HKN A; 2H15 A; 4R5B A; 5FNM A; 5JEP B; 1AZM A; 3PJJ A; 5L6K A; 5SZ5 A; 3RLD A; 1ZSA A; 4Q78 A; 3M2Y A; 5E2M A; 3RZ5 A; 5EKJ A; 4Q8Y A; 1CCT A; 4ZWZ A; 2VVA X; 3DVB A; 5FLO A; 1G53 A; 3RYX B; 3HS4 A; 4ITP A; 1RZD A; 4PQ7 A; 4KAP A; 1IF6 A; 1TH9 A; 2WD3 A; 4RFC A; 1ZNC A; 1ZGF A; 1KEQ A; 2EZ7 A; 5J8Z A; 4COQ A; 1DCA A; 4HT0 A; 4KUV A; 3CAJ A; 1H9Q A; 3R17 B; 4RIV A; 4BF6 A; 1I9Q A; 4BF1 A; 4KP8 A; 3FE4 A; 1HUG A; 4ZWI A; 2CAB A; 1CIL A; 3KOI A; 1BN4 A; 1CAJ A; 1FQM A; 4QJX A; 1I91 A; 5EH5 A; 5DSP A; 1CAI A; 4Q6D A; 4WL4 A; 1LG5 A; 1FSQ A; 2GEH A; 5FNG A; 1CVD A; 4FL7 A; 3M3X A; 4QY3 A; 1F2W A; 1EOU A; 1G46 A; 1CNJ A; 1CVB A; 1G6V A; 3RZ8 A; 1XEV A; 5A6H A; 4G0C A; 4E49 A; 3M2Z A; 5FNK A; 3M98 A; 4MLT A; 1Z9Y A; 1ZSB A; 5FNI A; 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