4TWL | Genus

Total Genus 63

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	239
structure length	239
Chain Sequence	DEFSYIDGNPNGPENWGNLKPEWETCGKGMEQSPIQLRDNRVIFDQTLGKLRRNYRAVDARLRNSGHDVLVDFKGNAGSLSINRVEYQLKRIHFHSPSEHEMNGERFDLEAQLVHESQDQKRAVVSILFRFGRADPFLSDLEDFIKQFSNSQKNEINAGVVDPNQLQIDDSAYYRYMGSFTAPPCTEGISWTVMRKVATVSPRQVLLLKQAVNENAINNARPLQPTNFRSVFYFEQLKS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__71979099243866__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__71979099243866__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4twl/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__71979099243866__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"71979099243866","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4twl/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__71979099243866__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00aff4a49f232387f848ed/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00aff4a49f232387f848ed/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00aff4a49f232387f848ed/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00aff4a49f232387f848ed/pdb.gz): 1087 ms

reading 239 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

239 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:238});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Yam Tuber Storage Protein Reduces Plant Oxidants Using the Coupled Reactions as Carbonic Anhydrase and Dehydroascorbate Reductase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dioscorin 5
molecule tags	Plant protein
source organism	Dioscorea japonica
total genus	63
structure length	239
sequence length	239
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-07-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4twlA00

5E2RA 3DA2A 3RYYA 1AM6A 5DSMA 3S97A 2NNVA 3KKXA 1CNBA 5E2KA 4YWPA 4Q7WA 1CVHA 4LHIA 4Q81A 3T85A 4Q9YA 4RFDA 3F7BA 1Z93A 1G46A 4Y0JA 1ZNCA 1CZMA 5JQ0A 1G48A 3IBUA 5FNHA 3OY0A 2Q38A 5CLUA 3RG4A 1G1DA 3M5TA 1KWRA 3U45X 1OKLA 1HCAA 4YVYA 1I9MA 4LP6A 3ZNCA 4XIWA 5JEGB 5G01A 3BL1A 3OIKA 3MHMA 3CAJA 5DVXA 5BRUA 3RYJB 1TB0X 1UGEA 3UYQA 3RZ7A 1HCBA 3RJ7A 2WEGA 5JEPB 1IF4A 1G0EA 1TEQX 2POVA 3M40A 2NXSA 4Q78A 1CAZA 4YXOA 5L6KA 3MDZA 1BN4A 12CAA 3FW3A 3M98A 4KP8A 2GEHA 5J8ZA 3PJJA 3DBUA 1LGDA 3U7CA 1CNYA 1RZAA 4WUQA 4BF6A 4YX4A 1A42A 1ZE8A 3T5ZA 4XFWA 1CAYA 1H4NA 3V3FA 5E2NA 1CRMA 4YXUA 1UGBA 4QIZA 4RUXA 4ZAOA 4M2WA 2CA2A 5DSNA 1RAYA 2NNGA 1Z97A 5DSOA 1UGGA 4MTYA 5BNLA 4XZ5A 3M1WA 5FL5A 3U47A 1HUHA 4ILXA 3IEOA 1H9QA 5FDIA 3DCCA 3S75B 3IBIA 3JXHC 4ITOA 1TG3A 1CNWA 4R5BA 1FR4A 4BCWA 3S9TA 2O4ZA 3M04A 8CA2A 1CVFA 3D93A 5FL6A 1OKMA 1FSNA 2AX2A 3HS4A 3KS3A 4Q7PA 3TVOX 4RUYA 4K0TA 4ZWXA 3DVBA 1BNNA 1FQRA 2WEHA 1TG9A 4ZWYA 5JGSB 4YXIA 5IPZA 3JXGA 4Q8ZA 3P4VA 4UOVA 3RZ5A 5AMDA 3LXEA 1BNQA 5G0BA 3BL0A 1OKNA 1TEUX 1OQ5A 3P3JA 1RJ6A 3M2YA 4JSZA 5FLSA 5HPJA 2AW1A 3T83A 4WUPA 4N16A 3RYVB 1I9QA 1CVEA 4KNMA 1V9IC 5SZ3A 2EU2A 1G3ZA 3K7KA 5BYIA 1YO2A 2H4NA 4BF1A 3KNEA 4X5SA 3EFIA 2NWOA 5FLTA 5SZ7A 4TWMA 1RZDA 1CAIA 3MZCA 3Q31A 1YO0A 3M1JA 3NJ9A 4Z1JA 3DD8A 1DCAA 2OSMA 3QYKA 4FL7A 4QK2A 4TWLA 3M2ZA 4Q7SA 3EFTA 3M14A 3V2MA 3KLDB 3F8EA 4RN4A 4ZWIA 2OSFA 4PXXA 2FMZA 3S77B 3BETA 1G0FA 4RUZA 4XIXA 4JSSA 2ZNCA 4IWZA 3S78B 2CBAA 1ZFKA 4GL1X 3U3AX 5EHEA 2X7TA 2CBBA 5E5RA 4KP5A 1CVCA 1UGDA 1CAOA 4FRCA 4YHAA 3IBLA 3RZ8A 2FNKA 4DZ9A 2NWZA 3ZP9A 3V5GA 1DMYA 1THKA 2Q1BA 2CBCA 2NWYA 3GZ0A 1BICA 1JD0A 1HEDA 4QSBA 4Z1EA 3S73B 3KWAA 4E3GA 1MUAA 2FW4A 1XEVA 4MDLA 3M2XA 3B1BA 3W6IA 4ETQC 3D0NA 5DSKA 5JEHB 3V7XA 3KONA 1CA3A 3F4XA 4LU3A 3MHIA 4CNWA 1IF9A 4JSAA 5EH5A 1Y7WA 4QTLA 3P44A 4KNNA 2NNSA 2NNOA 2NXRA 3N0NA 1XEGA 3V3HB 5EOIA 4YGFA 3DV7A 4FVOA 1IF7A 2QOAA 4MLTA 3MNIA 4KNIA 2NWPA 5FNLA 3VBDA 1ZGEA 4ZWZA 5SZ4A 4Q06A 3M1KA 3R17B 2NXTA 1BNTA 4Z0QA 5CACA 2WEJA 1I9OA 3RGEA 1RAZA 3F7UA 1T9NA 1YDCA 3N3JA 2Q1QA 3P3HA 4N0XB 4E4AA 4E3DA 2WEOA 2FMGA 4KUWA 4WR7A 1CAHA 4JSWA 2IT4A 4IDRX 3UYNA 1YDAA 4Q07A 3MNAA 4CA2A 1CCSA 1CAJA 3SAXA 4QIYA 1IF6A 3MMFA 1CANA 1CIMA 3K34A 1LG5A 3S76A 4G0CA 4KNJA 1YO1A 3MNJA 4ZX1A 2NN1A 3RYXB 1MOOA 4E3FA 5FNJA 5E2MA 1I9LA 4Q8YA 5EHWA 1RZBA 1ZH9A 3DCWA 5C8IA 4HEWA 3IBNA 3SAPA 4Q49A 1AVNA 4E3HA 4K0ZA 2HFWA 4QJOA 3P55A 1CA2A 3T84A 1H9NA 3JXFA 1CVAA 5FNGA 4XE1A 4HT0A 3MNKA 3OKUA 5EKHA 2ABEA 3MWOA 3SBIA 2FOQA 3FFPX 5EKJA 5A6HA 3OYSA 4M2RA 3S74B 4CNVA 4CNXA 3DVDA 1XQ0A 4RIVA 3KIGA 4HEZA 3CZVA 3DAZA 9CA2A 3DC3A 1BZMA 4ZX0A 3PYKA 2CABA 5JESB 3RG3A 4KUVA 1CRAA 4MO8A 1J9WA 3KOKA 5BRWA 1ZSCA 3CYUA 4Q6DA 1JCZA 3V2JA 5EZTX 3V3IB 4QSIA 3DVCA 1G4OA 2WD3A 5JDVB 1UGCA 3HKQA 4DZ7A 1YDDA 1Z9YA 4QY3A 1TE3X 2EU3A 4Q08A 4Z1KA 2CBEA 3P58A 1CNHA 4RH2A 2QP6A 3TMJA 4HU1A 3MHCA 5FNIA 1BNVA 4K13A 4YGLA 3NB5A 4JS6A 4Q90A 4PYXA 5FL4A 2F14A 1BN3A 5EH8A 1CAKA 1KEQA 4Z1NA 1HEAA 1RZCA 4Q8XA 5LMDA 5DRSA 1FR7A 2FOYA 2HD6A 4HF3A 4WW6A 4Q99A 2HKKA 1KOPA 1CCUA 4HT2A 4Q09A 3S72B 4C3TA 4L5UA 4Q87A 3TVNX 5JQTA 1EOUA 4QSJA 1V9EA 1URTA 3MNHA 1CNKA 3HKTA 5FDCA 3N2PA 1IF5A 6CA2A 1CNIA 3M5EA 4CQ0A 5EH7A 4Q0LA 1TBTX 1CNJA 4L5VA 5FLRA 4QJWA 3IAIA 3OIMA 5DSRA 1BCDA 5G0CA 2QO8A 4KUYA 1CILA 3CA2A 1CVDA 4FU5A 1AZMA 1JV0A 4Q7VA 3N4BA 1CCTA 3OKVA 5A25A 1CNCA 3RZ0B 1HUGA 3NI5A 4M2UA 1I8ZA 1G54A 1G6VA 3P5LA 3RLDA 5DSQA 1CNXA 1TH9A 4E9OX 4KAPA 1LZVA 5G03A 3MHOA 1KOQA 5SZ5A 1RJ5A 4ITPA 5E5UA 1I91A 4PYYA 2W2JA 5FLOA 5EIJA 4CNRA 1FSQA 4PQ7A 4PZHA 5DSIA 3MNUA 1I9NA 5BRVA 3M1QA 1CVBA 1HECA 5SZ1A 4QK1A 2NN7A 5DOHA 4QEFA 5CA2A 1CNGA 3OILA 1TTMA 3PO6A 3S8XA 3OYQA 5JG5B 4FPTA 4YGJA 4QSAA 2H15A 4FVNA 3MHLA 5FNKA 3L14A 1HEBA 4RIUA 3B4FA 1RZEA 5JG3B 5AMLA 1BN1A 3ML5A 4QJMA 5CJFA 5DSPA 2EZ7A 5SZ0A 4MDGA 5E2SA 3ML2A 4L5WA 3SBHA 1FQMA 1G53A 3K2FA 1ZFQA 1ZSBA 4YGKA 3S71B 5JGTB 1BNWA 1LUGA 1I9PA 5FNMA 2FNNA 1ZGFA 1CINA 3KOIA 5E28A 2CBDA 1FSRA 1IF8A 3M2NA 4KV0A 2HNCA 4HBAA 4MLXA 2WD2A 3W6HA 4HEYA 4Q83A 1KWQA 5SZ2A 1DMXA 1ZSAA 4R5AA 2VVBX 4CACA 1G45A 5AMGA 3IGPA 4E5QA 1BV3A 3HLJA 2GD8A 1I90A 2NMXA 1FQLA 4YGNA 4COQA 3M5SA 3DC9A 2ILIA 2VVAX 3P5AA 5FLPA 4E49A 1BNMA 4QJ0A 2FNMA 5DSJA 3MYQA 4FIKA 4WL4A 1LG6A 5L3OA 3RZ1B 2FOSA 2X7UA 5SZ6A 3D9ZA 4WW8A 4RFCA 3M3XA 3V3GB 3HKNA 1G52A 4QJPA 4R59A 5EHVA 3T82A 1CAMA 3C7PA 3D8WA 4K0SA 5DOGA 1F2WA 2FOVA 5FLQA 1XPZA 3M67A 1DCBA 2POUA 3HKUA 1G4JA 4YYTA 1CALA 1UGAA 2HL4A 1BNUA 4MDMA 3DCSA 3M96A 3FE4A 1UGFA 2FOUA 3R16A 1FLJA 2POWA 2HOCA 1YDBA 5DSLA 3T5UA 4M2VA 3V3JA 5EKMA 3HFPA 3RYZA 4G7AA 7CA2A 3D92A 4QJXA 4K1QA 4Q6EA 4QK3A 3DD0A 1FQNA 1HVAA 2X7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E2R A;  3DA2 A;  3RYY A;  1AM6 A;  5DSM A;  3S97 A;  2NNV A;  3KKX A;  1CNB A;  5E2K A;  4YWP A;  4Q7W A;  1CVH A;  4LHI A;  4Q81 A;  3T85 A;  4Q9Y A;  4RFD A;  3F7B A;  1Z93 A;  1G46 A;  4Y0J A;  1ZNC A;  1CZM A;  5JQ0 A;  1G48 A;  3IBU A;  5FNH A;  3OY0 A;  2Q38 A;  5CLU A;  3RG4 A;  1G1D A;  3M5T A;  1KWR A;  3U45 X;  1OKL A;  1HCA A;  4YVY A;  1I9M A;  4LP6 A;  3ZNC A;  4XIW A;  5JEG B;  5G01 A;  3BL1 A;  3OIK A;  3MHM A;  3CAJ A;  5DVX A;  5BRU A;  3RYJ B;  1TB0 X;  1UGE A;  3UYQ A;  3RZ7 A;  1HCB A;  3RJ7 A;  2WEG A;  5JEP B;  1IF4 A;  1G0E A;  1TEQ X;  2POV A;  3M40 A;  2NXS A;  4Q78 A;  1CAZ A;  4YXO A;  5L6K A;  3MDZ A;  1BN4 A;  12CA A;  3FW3 A;  3M98 A;  4KP8 A;  2GEH A;  5J8Z A;  3PJJ A;  3DBU A;  1LGD A;  3U7C A;  1CNY A;  1RZA A;  4WUQ A;  4BF6 A;  4YX4 A;  1A42 A;  1ZE8 A;  3T5Z A;  4XFW A;  1CAY A;  1H4N A;  3V3F A;  5E2N A;  1CRM A;  4YXU A;  1UGB A;  4QIZ A;  4RUX A;  4ZAO A;  4M2W A;  2CA2 A;  5DSN A;  1RAY A;  2NNG A;  1Z97 A;  5DSO A;  1UGG A;  4MTY A;  5BNL A;  4XZ5 A;  3M1W A;  5FL5 A;  3U47 A;  1HUH A;  4ILX A;  3IEO A;  1H9Q A;  5FDI A;  3DCC A;  3S75 B;  3IBI A;  3JXH C;  4ITO A;  1TG3 A;  1CNW A;  4R5B A;  1FR4 A;  4BCW A;  3S9T A;  2O4Z A;  3M04 A;  8CA2 A;  1CVF A;  3D93 A;  5FL6 A;  1OKM A;  1FSN A;  2AX2 A;  3HS4 A;  3KS3 A;  4Q7P A;  3TVO X;  4RUY A;  4K0T A;  4ZWX A;  3DVB A;  1BNN A;  1FQR A;  2WEH A;  1TG9 A;  4ZWY A;  5JGS B;  4YXI A;  5IPZ A;  3JXG A;  4Q8Z A;  3P4V A;  4UOV A;  3RZ5 A;  5AMD A;  3LXE A;  1BNQ A;  5G0B A;  3BL0 A;  1OKN A;  1TEU X;  1OQ5 A;  3P3J A;  1RJ6 A;  3M2Y A;  4JSZ A;  5FLS A;  5HPJ A;  2AW1 A;  3T83 A;  4WUP A;  4N16 A;  3RYV B;  1I9Q A;  1CVE A;  4KNM A;  1V9I C;  5SZ3 A;  2EU2 A;  1G3Z A;  3K7K A;  5BYI A;  1YO2 A;  2H4N A;  4BF1 A;  3KNE A;  4X5S A;  3EFI A;  2NWO A;  5FLT A;  5SZ7 A;  4TWM A;  1RZD A;  1CAI A;  3MZC A;  3Q31 A;  1YO0 A;  3M1J A;  3NJ9 A;  4Z1J A;  3DD8 A;  1DCA A;  2OSM A;  3QYK A;  4FL7 A;  4QK2 A;  4TWL A;  3M2Z A;  4Q7S A;  3EFT A;  3M14 A;  3V2M A;  3KLD B;  3F8E A;  4RN4 A;  4ZWI A;  2OSF A;  4PXX A;  2FMZ A;  3S77 B;  3BET A;  1G0F A;  4RUZ A;  4XIX A;  4JSS A;  2ZNC A;  4IWZ A;  3S78 B;  2CBA A;  1ZFK A;  4GL1 X;  3U3A X;  5EHE A;  2X7T A;  2CBB A;  5E5R A;  4KP5 A;  1CVC A;  1UGD A;  1CAO A;  4FRC A;  4YHA A;  3IBL A;  3RZ8 A;  2FNK A;  4DZ9 A;  2NWZ A;  3ZP9 A;  3V5G A;  1DMY A;  1THK A;  2Q1B A;  2CBC A;  2NWY A;  3GZ0 A;  1BIC A;  1JD0 A;  1HED A;  4QSB A;  4Z1E A;  3S73 B;  3KWA A;  4E3G A;  1MUA A;  2FW4 A;  1XEV A;  4MDL A;  3M2X A;  3B1B A;  3W6I A;  4ETQ C;  3D0N A;  5DSK A;  5JEH B;  3V7X A;  3KON A;  1CA3 A;  3F4X A;  4LU3 A;  3MHI A;  4CNW A;  1IF9 A;  4JSA A;  5EH5 A;  1Y7W A;  4QTL A;  3P44 A;  4KNN A;  2NNS A;  2NNO A;  2NXR A;  3N0N A;  1XEG A;  3V3H B;  5EOI A;  4YGF A;  3DV7 A;  4FVO A;  1IF7 A;  2QOA A;  4MLT A;  3MNI A;  4KNI A;  2NWP A;  5FNL A;  3VBD A;  1ZGE A;  4ZWZ A;  5SZ4 A;  4Q06 A;  3M1K A;  3R17 B;  2NXT A;  1BNT A;  4Z0Q A;  5CAC A;  2WEJ A;  1I9O A;  3RGE A;  1RAZ A;  3F7U A;  1T9N A;  1YDC A;  3N3J A;  2Q1Q A;  3P3H A;  4N0X B;  4E4A A;  4E3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4TWLA

Total Genus

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Chain Sequence

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