4TWM | Genus

Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	60
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	239
structure length	239
Chain Sequence	DEFSYIDGNPNGPENWGNLKPEWETCGKGMEQSPIQLRDNRVIFDQTLGKLRRNYRAVDARLRNSGHDVLVDFKGNAGSLSINRVEYQLKRIHFHSPSEHEMNGERFDLEAQLVHESQDQKRAVVSILFRFGRADPFLSDLEDFIKQFSNSQKNEINAGVVDPNQLQIDDSAYYRYMGSFTAPPCTEGISWTVMRKVATVSPRQVLLLKQAVNENAINNARPLQPTNFRSVFYFEQLKS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__769253117399968__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__769253117399968__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4twm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__769253117399968__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"769253117399968","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4twm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__769253117399968__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz): 1561 ms

reading 239 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

239 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:238});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Yam Tuber Storage Protein Reduces Plant Oxidants Using the Coupled Reactions as Carbonic Anhydrase and Dehydroascorbate Reductase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dioscorin 5
molecule tags	Plant protein
source organism	Dioscorea japonica
total genus	60
structure length	239
sequence length	239
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-07-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4twmA00

4Q6EA 3D0NA 1HCAA 5HPJA 5L3OA 2CBCA 1FQRA 4WW6A 2NXSA 1HEBA 1RZEA 3D9ZA 4Y0JA 2FNKA 2CABA 4Q7VA 5DRSA 5JGSB 7CA2A 3IEOA 2HFWA 5FNHA 5CACA 3S75B 1BNTA 1TE3X 2CBDA 3R17B 3ML5A 5DSOA 5EH5A 3KS3A 5FLTA 3IBLA 3SAXA 4ILXA 4QIYA 4M2VA 1LGDA 2FNMA 5SZ2A 4IDRX 3P44A 2FOVA 3M98A 2QO8A 5SZ3A 3OYQA 4JSWA 5L6KA 4QJOA 4Q99A 3DV7A 3RGEA 1IF8A 2ABEA 3CYUA 4YGFA 3HS4A 1UGCA 1RAYA 4Q8ZA 4XIWA 1I91A 2HOCA 4Z1EA 1CANA 4QTLA 4Z1KA 1V9EA 2FOUA 1CNXA 2Q1BA 3S8XA 1YO1A 2FW4A 5CJFA 1OKNA 1CVBA 4G7AA 3HKTA 3EFTA 3P55A 4CA2A 4K0SA 2CA2A 5EHVA 4HEWA 4UOVA 5FDIA 3KOIA 1LG6A 3M2NA 4Q07A 4QSIA 4K13A 3K2FA 3HLJA 4R5BA 2NNGA 5G01A 1FR4A 1RZBA 3U7CA 1HECA 4KAPA 3P4VA 3SBIA 3DC9A 3ZP9A 1UGEA 3TVNX 3M1KA 3NB5A 5EKJA 4JSSA 2FMZA 3ZNCA 4HT0A 1CVCA 2H15A 5EKHA 4ZAOA 3M2ZA 3D92A 4PXXA 4QJMA 5J8ZA 4JSAA 3KWAA 3W6HA 5E2KA 4ZWYA 5BNLA 4QJPA 1G1DA 3M96A 1CA3A 4ZX0A 4N16A 3S76A 4GL1X 2ZNCA 5DSQA 3MNHA 1A42A 5SZ1A 1CNKA 1URTA 1EOUA 3PO6A 4CNXA 3DCSA 4WUQA 1FSNA 1MUAA 3F8EA 4FU5A 1HUGA 4WW8A 1ZNCA 3JXGA 5SZ6A 2NNOA 1BNVA 3T85A 5EZTX 4XIXA 3N0NA 3DVDA 3V3JA 3RG4A 1ZSBA 5IPZA 5FLPA 3IAIA 3N2PA 2X7TA 1HCBA 4ITOA 1LG5A 3ML2A 2NN7A 2ILIA 1CIMA 1KWRA 3N4BA 3OY0A 4M2WA 4XE1A 5DSPA 4BF1A 1DCBA 4Q7WA 3MZCA 5FNIA 5SZ7A 5E28A 1CNCA 1BICA 3OKVA 3T84A 3S72B 1I9NA 3V2JA 1IF5A 5BYIA 4KUYA 1H9NA 1CNIA 5C8IA 2OSMA 3RZ7A 3BL1A 4QJWA 3JXHC 5E5RA 3M14A 3KIGA 2EZ7A 3T5UA 4YX4A 2HD6A 3N3JA 4ZWIA 1RJ5A 3HKNA 4RIVA 4E3FA 5FNMA 4YGKA 4E3HA 4Z1JA 1FSQA 4QSAA 1FR7A 4QSBA 3JXFA 4QJXA 2GEHA 1G52A 4Q06A 5EKMA 1KOQA 3S78B 5EHWA 4QJ0A 12CAA 3V3HB 4ZWXA 5DSKA 1OKMA 5FNJA 2W2JA 4HBAA 4QK1A 5FL6A 5SZ0A 3V5GA 3OYSA 2Q1QA 3QYKA 1BNNA 1CAHA 1J9WA 3MYQA 1CAKA 2POVA 4CNVA 4Z1NA 1CCUA 1I9OA 1CAZA 1ZFKA 4M2UA 5AMLA 1CVFA 3NJ9A 3RYYA 3OILA 1YDBA 4Q49A 3V3GB 4MDLA 5CLUA 5FNGA 4KUVA 3U47A 4Q6DA 5BRWA 1AM6A 4FRCA 3RYJB 2FNNA 1CCTA 5EH8A 3BL0A 1YO2A 3RYZA 4Q81A 3M5SA 5FL5A 1KEQA 3M1WA 1UGDA 3UYQA 1Y7WA 5EIJA 3U3AX 3DD0A 1LZVA 1CVEA 1CNBA 1JD0A 4ITPA 4K0TA 4ETQC 3HFPA 3K34A 5FNLA 1BN3A 1CAOA 2NXRA 3RZ5A 1H9QA 1OKLA 4ZX1A 3T83A 1BNQA 4TWMA 4E5QA 4YGJA 5DSJA 2FOQA 1IF4A 2HNCA 1CVAA 1IF6A 1RZDA 3MNUA 4MDMA 3MWOA 3V2MA 2NWPA 4XFWA 4PZHA 2OSFA 4RH2A 3VBDA 2Q38A 5FNKA 1CNJA 4WL4A 3D8WA 3CA2A 5DSMA 2QOAA 2EU2A 3T82A 4RUYA 1CAMA 1TH9A 4R5AA 5FDCA 4PYXA 4QIZA 3S71B 3MNAA 3KOKA 3P58A 3OKUA 1HEAA 3M5TA 1FLJA 2CBEA 1ZGFA 3B4FA 3DC3A 1YDDA 3S97A 1BNWA 1YDCA 3HKQA 1CALA 3D93A 1CVHA 3MNIA 2FMGA 1YDAA 3U45X 1UGAA 3M04A 5EHEA 5DSRA 3TVOX 4N0XB 1TB0X 4Q09A 4XZ5A 4MLXA 1CNHA 4KNNA 3KLDB 3P5AA 5JG5B 1RJ6A 1CRAA 2VVAX 4PQ7A 1UGBA 4X5SA 3P3HA 2FOYA 1G0FA 4L5VA 4E9OX 4YGLA 4YWPA 4Q08A 1JCZA 2CBAA 1RZCA 4KNIA 5DSLA 2EU3A 4CQ0A 4RIUA 5DOHA 2AW1A 1HVAA 4LU3A 1G0EA 2WD3A 3OIMA 4HEZA 1CNYA 4CNRA 3P3JA 1BV3A 2WEHA 3MDZA 1TEUX 1CAIA 1TEQX 1I9PA 6CA2A 1G3ZA 1TG9A 3M2XA 3V3FA 1YO0A 1I9MA 3FW3A 3MHIA 2NWZA 4LP6A 2GD8A 4E3GA 3S73B 2IT4A 2FOSA 4QY3A 3DAZA 1T9NA 1BCDA 4YXIA 5JGTB 3F7BA 4E49A 3B1BA 2WEJA 5BRUA 5A6HA 1AVNA 8CA2A 3MHMA 2X7UA 3RYXB 5DOGA 1DCAA 3BETA 4LHIA 1ZFQA 1CILA 3MMFA 4YXUA 1DMXA 4MO8A 1ZE8A 3SAPA 1FQMA 4Q83A 1FQNA 1JV0A 3DVBA 3NI5A 1THKA 2HL4A 4K0ZA 3LXEA 3S77B 5AMDA 4IWZA 5FL4A 2F14A 4MLTA 4QEFA 1BZMA 1BNMA 1IF9A 1UGFA 1Z9YA 3F4XA 1Z93A 3KKXA 3DBUA 3S74B 1KOPA 4BCWA 4HF3A 1H4NA 1CAJA 2POUA 4YXOA 4R59A 4COQA 5E2MA 3S9TA 3MHLA 5CA2A 4RFDA 3DVCA 4KP8A 4Q9YA 3CZVA 3IBNA 3V3IB 1BN4A 4Q7PA 4QK2A 1TG3A 4RN4A 1BNUA 4FVOA 5G03A 4QK3A 3DD8A 1KWQA 5AMGA 2NNSA 5JG3B 1XPZA 4RUXA 1G46A 3PYKA 3SBHA 1CNWA 4Q8YA 4KP5A 1TBTX 2QP6A 4WR7A 4PYYA 4JS6A 3F7UA 2H4NA 4QSJA 1CCSA 1MOOA 1TTMA 3DA2A 1G4JA 4YYTA 1CINA 9CA2A 4E4AA 3IBUA 5JEPB 4Q8XA 4YVYA 4K1QA 4ZWZA 4YHAA 5JDVB 3UYNA 3C7PA 3HKUA 3KONA 3KNEA 1OQ5A 3RZ0B 2AX2A 5G0CA 1CA2A 5JQ0A 2O4ZA 4CNWA 2NNVA 2WEGA 5G0BA 1Z97A 5SZ5A 1XEVA 1XQ0A 5E2RA 2NN1A 1BN1A 1HUHA 3R16A 1CNGA 1G45A 1LUGA 3MHOA 4KNJA 3MHCA 3RLDA 3PJJA 3FE4A 1IF7A 5JESB 5E2NA 2NWOA 3CAJA 1F2WA 5JEHB 3Q31A 3W6IA 3FFPX 1CZMA 5DVXA 2X7SA 2HKKA 4KV0A 4BF6A 1ZSCA 4RUZA 4WUPA 4MTYA 1ZGEA 4G0CA 5EH7A 2WEOA 3RZ8A 1I90A 3M40A 4Q78A 5FLQA 5EOIA 3T5ZA 3P5LA 4CACA 2POWA 1I8ZA 5FLOA 3M1JA 3OIKA 1G4OA 4DZ9A 4M2RA 4JSZA 4L5WA 4Q7SA 3RG3A 4FL7A 3M3XA 1RAZA 3RJ7A 3M1QA 4Q90A 5SZ4A 4L5UA 3M2YA 5FLSA 3RZ1B 1I9QA 3TMJA 1CVDA 3MNJA 4FIKA 3V7XA 4E3DA 4RFCA 4Q87A 5DSIA 1XEGA 2WD2A 5E5UA 1UGGA 1FQLA 5JEGB 3L14A 3GZ0A 5DSNA 1ZH9A 3K7KA 1G54A 1CAYA 2NXTA 4FVNA 1G48A 1HEDA 2CBBA 4Z0QA 1AZMA 3MNKA 3DCWA 4DZ7A 4HT2A 4HEYA 4KNMA 4YGNA 2VVBX 3IGPA 3IBIA 4MDGA 3RYVB 1V9IC 3DCCA 5A25A 3M5EA 2NWYA 4TWLA 3M67A 4FPTA 1ZSAA 1I9LA 4HU1A 4Q0LA 1FSRA 5LMDA 4C3TA 1DMYA 1CRMA 1RZAA 5BRVA 1G6VA 3EFIA 5E2SA 1G53A 5FLRA 5JQTA 4KUWA 2NMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q6E A;  3D0N A;  1HCA A;  5HPJ A;  5L3O A;  2CBC A;  1FQR A;  4WW6 A;  2NXS A;  1HEB A;  1RZE A;  3D9Z A;  4Y0J A;  2FNK A;  2CAB A;  4Q7V A;  5DRS A;  5JGS B;  7CA2 A;  3IEO A;  2HFW A;  5FNH A;  5CAC A;  3S75 B;  1BNT A;  1TE3 X;  2CBD A;  3R17 B;  3ML5 A;  5DSO A;  5EH5 A;  3KS3 A;  5FLT A;  3IBL A;  3SAX A;  4ILX A;  4QIY A;  4M2V A;  1LGD A;  2FNM A;  5SZ2 A;  4IDR X;  3P44 A;  2FOV A;  3M98 A;  2QO8 A;  5SZ3 A;  3OYQ A;  4JSW A;  5L6K A;  4QJO A;  4Q99 A;  3DV7 A;  3RGE A;  1IF8 A;  2ABE A;  3CYU A;  4YGF A;  3HS4 A;  1UGC A;  1RAY A;  4Q8Z A;  4XIW A;  1I91 A;  2HOC A;  4Z1E A;  1CAN A;  4QTL A;  4Z1K A;  1V9E A;  2FOU A;  1CNX A;  2Q1B A;  3S8X A;  1YO1 A;  2FW4 A;  5CJF A;  1OKN A;  1CVB A;  4G7A A;  3HKT A;  3EFT A;  3P55 A;  4CA2 A;  4K0S A;  2CA2 A;  5EHV A;  4HEW A;  4UOV A;  5FDI A;  3KOI A;  1LG6 A;  3M2N A;  4Q07 A;  4QSI A;  4K13 A;  3K2F A;  3HLJ A;  4R5B A;  2NNG A;  5G01 A;  1FR4 A;  1RZB A;  3U7C A;  1HEC A;  4KAP A;  3P4V A;  3SBI A;  3DC9 A;  3ZP9 A;  1UGE A;  3TVN X;  3M1K A;  3NB5 A;  5EKJ A;  4JSS A;  2FMZ A;  3ZNC A;  4HT0 A;  1CVC A;  2H15 A;  5EKH A;  4ZAO A;  3M2Z A;  3D92 A;  4PXX A;  4QJM A;  5J8Z A;  4JSA A;  3KWA A;  3W6H A;  5E2K A;  4ZWY A;  5BNL A;  4QJP A;  1G1D A;  3M96 A;  1CA3 A;  4ZX0 A;  4N16 A;  3S76 A;  4GL1 X;  2ZNC A;  5DSQ A;  3MNH A;  1A42 A;  5SZ1 A;  1CNK A;  1URT A;  1EOU A;  3PO6 A;  4CNX A;  3DCS A;  4WUQ A;  1FSN A;  1MUA A;  3F8E A;  4FU5 A;  1HUG A;  4WW8 A;  1ZNC A;  3JXG A;  5SZ6 A;  2NNO A;  1BNV A;  3T85 A;  5EZT X;  4XIX A;  3N0N A;  3DVD A;  3V3J A;  3RG4 A;  1ZSB A;  5IPZ A;  5FLP A;  3IAI A;  3N2P A;  2X7T A;  1HCB A;  4ITO A;  1LG5 A;  3ML2 A;  2NN7 A;  2ILI A;  1CIM A;  1KWR A;  3N4B A;  3OY0 A;  4M2W A;  4XE1 A;  5DSP A;  4BF1 A;  1DCB A;  4Q7W A;  3MZC A;  5FNI A;  5SZ7 A;  5E28 A;  1CNC A;  1BIC A;  3OKV A;  3T84 A;  3S72 B;  1I9N A;  3V2J A;  1IF5 A;  5BYI A;  4KUY A;  1H9N A;  1CNI A;  5C8I A;  2OSM A;  3RZ7 A;  3BL1 A;  4QJW A;  3JXH C;  5E5R A;  3M14 A;  3KIG A;  2EZ7 A;  3T5U A;  4YX4 A;  2HD6 A;  3N3J A;  4ZWI A;  1RJ5 A;  3HKN A;  4RIV A;  4E3F A;  5FNM A;  4YGK A;  4E3H A;  4Z1J A;  1FSQ A;  4QSA A;  1FR7 A;  4QSB A;  3JXF A;  4QJX A;  2GEH A;  1G52 A;  4Q06 A;  5EKM A;  1KOQ A;  3S78 B;  5EHW A;  4QJ0 A;  12CA A;  3V3H B;  4ZWX A;  5DSK A;  1OKM A;  5FNJ A;  2W2J A;  4HBA A;  4QK1 A;  5FL6 A;  5SZ0 A;  3V5G A;  3OYS A;  2Q1Q A;  3QYK A;  1BNN A;  1CAH A;  1J9W A;  3MYQ A;  1CAK A;  2POV A;  4CNV A;  4Z1N A;  1CCU A;  1I9O A;  1CAZ A;  1ZFK A;  4M2U A;  5AML A;  1CVF A;  3NJ9 A;  3RYY A;  3OIL A;  1YDB A;  4Q49 A;  3V3G B;  4MDL A;  5CLU A;  5FNG A;  4KUV A;  3U47 A;  4Q6D A;  5BRW A;  1AM6 A;  4FRC A;  3RYJ B;  2FNN A;  1CCT A;  5EH8 A;  3BL0 A;  1YO2 A;  3RYZ A;  4Q81 A;  3M5S A;  5FL5 A;  1KEQ A;  3M1W A;  1UGD A;  3UYQ A;  1Y7W A;  5EIJ A;  3U3A X;  3DD0 A;  1LZV A;  1CVE A;  1CNB A;  1JD0 A;  4ITP A;  4K0T A;  4ETQ C;  3HFP A;  3K34 A;  5FNL A;  1BN3 A;  1CAO A;  2NXR A;  3RZ5 A;  1H9Q A;  1OKL A;  4ZX1 A;  3T83 A;  1BNQ A;  4TWM A;  4E5Q A;  4YGJ A;  5DSJ A;  2FOQ A;  1IF4 A;  2HNC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4TWMA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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