4TWM | Genus

Total Genus 60

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	60
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	239
structure length	239
Chain Sequence	DEFSYIDGNPNGPENWGNLKPEWETCGKGMEQSPIQLRDNRVIFDQTLGKLRRNYRAVDARLRNSGHDVLVDFKGNAGSLSINRVEYQLKRIHFHSPSEHEMNGERFDLEAQLVHESQDQKRAVVSILFRFGRADPFLSDLEDFIKQFSNSQKNEINAGVVDPNQLQIDDSAYYRYMGSFTAPPCTEGISWTVMRKVATVSPRQVLLLKQAVNENAINNARPLQPTNFRSVFYFEQLKS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__115868770030606__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__115868770030606__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4twm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__115868770030606__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"115868770030606","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4twm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__115868770030606__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00af9d44c4551e9231a844/pdb.gz): 381 ms

reading 239 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

239 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:238});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Yam Tuber Storage Protein Reduces Plant Oxidants Using the Coupled Reactions as Carbonic Anhydrase and Dehydroascorbate Reductase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dioscorin 5
molecule tags	Plant protein
source organism	Dioscorea japonica
total genus	60
structure length	239
sequence length	239
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-07-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4twmA00

3P58A 3P3HA 3OYSA 1CVEA 2WEHA 3S77B 4FVNA 2NXSA 3KOKA 1OKMA 1G3ZA 5E28A 4YYTA 4YX4A 4CNRA 2QP6A 1CVBA 3P44A 3PYKA 2O4ZA 5G0BA 1XQ0A 3DD8A 12CAA 1CAZA 3P5AA 1G0EA 3M1KA 4YHAA 1TEQX 1YO1A 3KONA 1BZMA 3R17B 4M2VA 2CBBA 4BF1A 1CALA 5FL5A 2FNKA 2H15A 3K7KA 3OKUA 4FPTA 5SZ1A 3UYQA 5EIJA 2FNMA 5EH5A 2EZ7A 3FW3A 3F8EA 4Q8XA 5FNMA 3KS3A 5A25A 5G03A 2FOUA 4C3TA 1HECA 2FOVA 3MNHA 4IWZA 4DZ9A 1YO0A 4Q99A 5BRVA 3KIGA 5DSOA 1ZFKA 5DSLA 3RYVB 2WD2A 4YVYA 1CAMA 4R5AA 1ZSCA 3K2FA 4Z1NA 7CA2A 3S71B 3F4XA 1CNCA 4RUZA 3IBUA 3MHLA 2POUA 4ITOA 4TWLA 5DOHA 4ZX1A 4RIVA 4QIYA 1RJ5A 1BNTA 5HPJA 4UOVA 1IF7A 1CNHA 4PZHA 2Q1BA 3N4BA 3SAPA 3N2PA 1ZE8A 1MUAA 4Q87A 5AMDA 3DAZA 4Q7WA 1LGDA 1MOOA 4ZX0A 2WD3A 1I8ZA 4CACA 3M2YA 4Q6EA 4WR7A 1YDDA 5DSRA 1YO2A 5IPZA 5SZ4A 5SZ3A 1ZSAA 1JV0A 3P55A 1HUGA 4KNNA 1TBTX 4YWPA 1FSNA 1LG5A 3VBDA 4WL4A 3DCCA 1RZEA 1CRMA 3HKQA 3BETA 3DVBA 2FMGA 1HVAA 3M1WA 4Q78A 4XIXA 3U47A 3OIKA 1HUHA 4HU1A 3RZ1B 4YXUA 4E3GA 3CAJA 1OKLA 4L5WA 4PYYA 4RN4A 5L3OA 3R16A 1XEVA 5JG3B 1FLJA 4YGKA 5SZ7A 1KOPA 4Q90A 1CCUA 4KP5A 1ZGEA 4CNXA 2F14A 1ZH9A 5FLSA 1TG3A 4Q09A 4XZ5A 4HEWA 4Z1JA 3KLDB 4Q6DA 1IF5A 2EU3A 1I9QA 4KNJA 1G45A 1G6VA 2NWZA 5JQTA 3DBUA 3HFPA 1TEUX 4GL1X 4QY3A 3FE4A 5EKMA 4YGLA 1BNMA 6CA2A 3M96A 8CA2A 2FOQA 3D92A 1CNXA 4LP6A 3Q31A 5EHEA 3RZ0B 1UGDA 5DSMA 2EU2A 5JEGB 1HEDA 1CNIA 1CAJA 5FNHA 4G0CA 3JXGA 1CCSA 4JSWA 1JCZA 1H4NA 3HKTA 3UYNA 5G01A 4KAPA 1CNBA 5FLPA 2X7UA 4Q8YA 3HKNA 3C7PA 5E2SA 1BNVA 3V3HB 5FNIA 3W6IA 1CNYA 4XIWA 4DZ7A 4CQ0A 3IAIA 1YDBA 4R59A 1UGEA 3F7UA 3B4FA 2VVBX 1J9WA 4QK1A 3T5UA 1DMYA 2FMZA 3HLJA 1CILA 2GD8A 4Q0LA 1IF4A 1KEQA 4Y0JA 1I91A 4HF3A 5JGTB 5DSNA 3M3XA 4IDRX 1TE3X 4L5VA 5FL4A 1DCBA 5G0CA 3M67A 4MDLA 5FDIA 4N0XB 1CNGA 1V9IC 2NMXA 2X7SA 4Q8ZA 4HEYA 3OY0A 2NN1A 1JD0A 3M14A 4L5UA 3P4VA 3JXHC 3OKVA 4LU3A 4ZWYA 4ILXA 1G48A 1CNKA 4ZAOA 2H4NA 3OIMA 3OILA 1BN4A 3S75B 1CVAA 1Z93A 2HOCA 2HKKA 1IF9A 2POWA 3FFPX 1CAKA 3DVCA 3V3GB 3N3JA 5BNLA 5AMGA 3RYJB 3LXEA 5JESB 2NNVA 3RZ7A 3M98A 3U3AX 4E5QA 5DRSA 1TTMA 3S8XA 1RAYA 4QJXA 4YGFA 4QEFA 2CBAA 4KV0A 5E2NA 1FR4A 1ZGFA 5DVXA 4Q81A 3RYYA 1Z9YA 4Z1EA 4M2WA 4Z1KA 3RJ7A 2CABA 4Q83A 1H9NA 1BNUA 1IF8A 1BCDA 3V5GA 1OQ5A 2GEHA 3M5TA 3MNAA 3IBLA 3SBHA 3M2NA 5DSIA 5A6HA 4QJPA 1CAOA 1CZMA 3QYKA 5EKHA 1RAZA 4YGJA 2FW4A 2ZNCA 1AZMA 5E2RA 3M1QA 4KNMA 4Q7VA 3RYZA 4QJ0A 4CA2A 4MLTA 2FOSA 5FNJA 3TVOX 4YGNA 4HT0A 1TB0X 1G1DA 1UGBA 1YDAA 4LHIA 5EHWA 3W6HA 4FIKA 1TG9A 1LUGA 4QK2A 3RYXB 4QSIA 1THKA 2IT4A 4E9OX 1ZFQA 3CZVA 1DMXA 3V7XA 4Q49A 4RIUA 1UGCA 2HFWA 1Z97A 2NWYA 4E49A 4KUWA 1TH9A 5EHVA 1KOQA 5CA2A 2NXTA 4JSZA 1LG6A 1BICA 5SZ5A 3S97A 3L14A 4ITPA 5J8ZA 1OKNA 1HEBA 2HD6A 4PYXA 5JG5B 3RGEA 3KNEA 4JSSA 1G4OA 2FOYA 5CJFA 3DD0A 3S74B 4KP8A 4Q06A 5JGSB 3CYUA 1G0FA 4FRCA 3ZNCA 4ETQC 5EKJA 3MDZA 3P3JA 4K1QA 1CCTA 4HT2A 4MTYA 3M2XA 2CBEA 3S76A 4PQ7A 3B1BA 3KOIA 4QSJA 4YXIA 3IBNA 5DOGA 4WW8A 2OSFA 1IF6A 3ML5A 3MHMA 3HS4A 1FR7A 3T82A 1FSRA 4BCWA 2NNGA 2CBCA 2W2JA 3MZCA 5DSJA 4WUQA 3TMJA 5E2KA 2WEGA 3DCWA 3MHOA 4E4AA 3T83A 1BV3A 1I9OA 3DCSA 3M5SA 3IEOA 4M2RA 3V3FA 5BRUA 4ZWIA 5L6KA 5SZ0A 3CA2A 4N16A 4JSAA 3S73B 2Q38A 2NWOA 5CACA 3DVDA 5DSPA 4Z0QA 5FNGA 1AM6A 4QJMA 3M2ZA 4COQA 3D8WA 4Q7PA 3MWOA 2QOAA 2ILIA 3S9TA 5C8IA 1RJ6A 3MYQA 3NB5A 1RZAA 4JS6A 3DC3A 4WW6A 5SZ2A 3K34A 1CAHA 1KWRA 3NI5A 4TWMA 5JDVB 4MDGA 5SZ6A 4QIZA 4QSBA 4FVOA 1G54A 1CA2A 1LZVA 3V2MA 1A42A 1FQRA 1H9QA 4K0TA 3ZP9A 1BN1A 4MO8A 3RZ8A 1XEGA 3V2JA 1G52A 2NNSA 1BN3A 2OSMA 3RLDA 1I9MA 1YDCA 5E2MA 5CLUA 1FQNA 4QSAA 1FQMA 3D0NA 3F7BA 1G4JA 3JXFA 5EH7A 5BRWA 3IGPA 1CVDA 3M5EA 1HEAA 1HCAA 4RFCA 3BL1A 4QJWA 1EOUA 5FLRA 1CVCA 1URTA 2HNCA 3T5ZA 4QTLA 3KKXA 1UGGA 2NN7A 3RZ5A 1XPZA 2FNNA 5EH8A 1CINA 3IBIA 3T85A 2NNOA 4RUYA 4KUYA 1I90A 4X5SA 3MNIA 4YXOA 5JQ0A 3EFTA 3KWAA 3SBIA 2WEOA 1BNNA 3OYQA 3T84A 1I9LA 1CA3A 2Q1QA 1I9NA 1AVNA 3EFIA 1T9NA 4CNWA 4E3DA 2NXRA 1V9EA 4ZWZA 3HKUA 1DCAA 1G46A 2NWPA 5FLQA 3SAXA 3DV7A 4K13A 4Q7SA 2POVA 5DSQA 9CA2A 5DSKA 4PXXA 3V3JA 2AW1A 1RZBA 1CVHA 1CAYA 4KNIA 5FNLA 5JEHB 1F2WA 3U7CA 3MNJA 3S72B 4R5BA 3D93A 4WUPA 5FDCA 2ABEA 1G53A 1CNJA 5FNKA 4ZWXA 3V3IB 1UGFA 1BNWA 4BF6A 1CIMA 4M2UA 4HEZA 5LMDA 1CANA 1FSQA 4XFWA 4RFDA 3S78B 4CNVA 2WEJA 4MDMA 5EOIA 2CA2A 3RG3A 5FL6A 2AX2A 5BYIA 3M04A 5FLTA 1CNWA 3MHCA 5JEPB 1RZDA 4Q08A 4FL7A 4RH2A 5FLOA 1HCBA 5EZTX 1ZNCA 3MMFA 3TVNX 5E5UA 3GZ0A 3MNUA 3PO6A 1KWQA 1CAIA 1CVFA 3NJ9A 4FU5A 4K0SA 3DC9A 1UGAA 3DA2A 3U45X 4E3FA 1ZSBA 2X7TA 3M40A 1I9PA 5E5RA 3ML2A 4MLXA 4QJOA 1RZCA 4E3HA 2VVAX 3M1JA 1FQLA 4K0ZA 2HL4A 3RG4A 4QK3A 4RUXA 1CRAA 2CBDA 3BL0A 3N0NA 5AMLA 3D9ZA 1BNQA 4Q9YA 3MHIA 3P5LA 3MNKA 4G7AA 4Q07A 3PJJA 4KUVA 4HBAA 1Y7WA 2QO8A 4XE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P58 A;  3P3H A;  3OYS A;  1CVE A;  2WEH A;  3S77 B;  4FVN A;  2NXS A;  3KOK A;  1OKM A;  1G3Z A;  5E28 A;  4YYT A;  4YX4 A;  4CNR A;  2QP6 A;  1CVB A;  3P44 A;  3PYK A;  2O4Z A;  5G0B A;  1XQ0 A;  3DD8 A;  12CA A;  1CAZ A;  3P5A A;  1G0E A;  3M1K A;  4YHA A;  1TEQ X;  1YO1 A;  3KON A;  1BZM A;  3R17 B;  4M2V A;  2CBB A;  4BF1 A;  1CAL A;  5FL5 A;  2FNK A;  2H15 A;  3K7K A;  3OKU A;  4FPT A;  5SZ1 A;  3UYQ A;  5EIJ A;  2FNM A;  5EH5 A;  2EZ7 A;  3FW3 A;  3F8E A;  4Q8X A;  5FNM A;  3KS3 A;  5A25 A;  5G03 A;  2FOU A;  4C3T A;  1HEC A;  2FOV A;  3MNH A;  4IWZ A;  4DZ9 A;  1YO0 A;  4Q99 A;  5BRV A;  3KIG A;  5DSO A;  1ZFK A;  5DSL A;  3RYV B;  2WD2 A;  4YVY A;  1CAM A;  4R5A A;  1ZSC A;  3K2F A;  4Z1N A;  7CA2 A;  3S71 B;  3F4X A;  1CNC A;  4RUZ A;  3IBU A;  3MHL A;  2POU A;  4ITO A;  4TWL A;  5DOH A;  4ZX1 A;  4RIV A;  4QIY A;  1RJ5 A;  1BNT A;  5HPJ A;  4UOV A;  1IF7 A;  1CNH A;  4PZH A;  2Q1B A;  3N4B A;  3SAP A;  3N2P A;  1ZE8 A;  1MUA A;  4Q87 A;  5AMD A;  3DAZ A;  4Q7W A;  1LGD A;  1MOO A;  4ZX0 A;  2WD3 A;  1I8Z A;  4CAC A;  3M2Y A;  4Q6E A;  4WR7 A;  1YDD A;  5DSR A;  1YO2 A;  5IPZ A;  5SZ4 A;  5SZ3 A;  1ZSA A;  1JV0 A;  3P55 A;  1HUG A;  4KNN A;  1TBT X;  4YWP A;  1FSN A;  1LG5 A;  3VBD A;  4WL4 A;  3DCC A;  1RZE A;  1CRM A;  3HKQ A;  3BET A;  3DVB A;  2FMG A;  1HVA A;  3M1W A;  4Q78 A;  4XIX A;  3U47 A;  3OIK A;  1HUH A;  4HU1 A;  3RZ1 B;  4YXU A;  4E3G A;  3CAJ A;  1OKL A;  4L5W A;  4PYY A;  4RN4 A;  5L3O A;  3R16 A;  1XEV A;  5JG3 B;  1FLJ A;  4YGK A;  5SZ7 A;  1KOP A;  4Q90 A;  1CCU A;  4KP5 A;  1ZGE A;  4CNX A;  2F14 A;  1ZH9 A;  5FLS A;  1TG3 A;  4Q09 A;  4XZ5 A;  4HEW A;  4Z1J A;  3KLD B;  4Q6D A;  1IF5 A;  2EU3 A;  1I9Q A;  4KNJ A;  1G45 A;  1G6V A;  2NWZ A;  5JQT A;  3DBU A;  3HFP A;  1TEU X;  4GL1 X;  4QY3 A;  3FE4 A;  5EKM A;  4YGL A;  1BNM A;  6CA2 A;  3M96 A;  8CA2 A;  2FOQ A;  3D92 A;  1CNX A;  4LP6 A;  3Q31 A;  5EHE A;  3RZ0 B;  1UGD A;  5DSM A;  2EU2 A;  5JEG B;  1HED A;  1CNI A;  1CAJ A;  5FNH A;  4G0C A;  3JXG A;  1CCS A;  4JSW A;  1JCZ A;  1H4N A;  3HKT A;  3UYN A;  5G01 A;  4KAP A;  1CNB A;  5FLP A;  2X7U A;  4Q8Y A;  3HKN A;  3C7P A;  5E2S A;  1BNV A;  3V3H B;  5FNI A;  3W6I A;  1CNY A;  4XIW A;  4DZ7 A;  4CQ0 A;  3IAI A;  1YDB A;  4R59 A;  1UGE A;  3F7U A;  3B4F A;  2VVB X;  1J9W A;  4QK1 A;  3T5U A;  1DMY A;  2FMZ A;  3HLJ A;  1CIL A;  2GD8 A;  4Q0L A;  1IF4 A;  1KEQ A;  4Y0J A;  1I91 A;  4HF3 A;  5JGT B;  5DSN A;  3M3X A;  4IDR X;  1TE3 X;  4L5V A;  5FL4 A;  1DCB A;  5G0C A;  3M67 A;  4MDL A;  5FDI A;  4N0X B;  1CNG A;  1V9I C;  2NMX A;  2X7S A;  4Q8Z A;  4HEY A;  3OY0 A;  2NN1 A;  1JD0 A;  3M14 A;  4L5U A;  3P4V A;  3JXH C;  3OKV A;  4LU3 A;  4ZWY A;  4ILX A;  1G48 A;  1CNK A;  4ZAO A;  2H4N A;  3OIM A;  3OIL A;  1BN4 A;  3S75 B;  1CVA A;  1Z93 A;  2HOC A;  2HKK A;  1IF9 A;  2POW A;  3FFP X;  1CAK A;  3DVC A;  3V3G B;  3N3J A;  5BNL A;  5AMG A;  3RYJ B;  3LXE A;  5JES B;  2NNV A;  3RZ7 A;  3M98 A;  3U3A X;  4E5Q A;  5DRS A;  1TTM A;  3S8X A;  1RAY A;  4QJX A;  4YGF A;  4QEF A;  2CBA A;  4KV0 A;  5E2N A;  1FR4 A;  1ZGF A;  5DVX A;  4Q81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4TWMA

Total Genus

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Chain Sequence

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