4YX4 | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__869248114831735__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__869248114831735__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4yx4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__869248114831735__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"869248114831735","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4yx4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__869248114831735__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Kinetic and Structural Insights into the Mechanism of Binding of Sulfonamides to Human Carbonic Anhydrase by Computational and Experimental Studies. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4yx4A00

3V5GA 1I9MA 3KWAA 3DVBA 1RZCA 4JS6A 5SZ7A 1AVNA 3K2FA 3KOKA 4WUQA 3RYXB 2CA2A 2NNVA 3V2JA 4QJWA 4ILXA 1TE3X 4PQ7A 3LXEA 1THKA 4KNMA 2Q1BA 2AW1A 4QEFA 3T84A 4ZWXA 4JSWA 4E3HA 3KKXA 3L14A 3D0NA 1Z97A 3DAZA 4FVNA 3T82A 4L5WA 5E2KA 5G0BA 5FDIA 5DSNA 4Z0QA 2FW4A 4MDLA 3ML2A 4Q07A 4MLXA 3T5ZA 1RZEA 2H4NA 1F2WA 5SZ5A 1Z9YA 1J9WA 1CAHA 1BN1A 3U47A 3V3HB 5JG3B 5JG5B 5FDCA 5SZ0A 3D93A 2W2JA 4QSAA 2CBDA 5DRSA 3NI5A 4YXUA 3HKTA 4RUXA 3EFTA 3R17B 5CACA 1CIMA 1HUHA 2GD8A 1BNNA 2FOUA 1CNWA 3R16A 3D92A 2IT4A 1UGGA 5FLQA 1ZSAA 3RG4A 4MO8A 4CQ0A 2POUA 1Y7WA 4YGFA 3MHLA 4ZWZA 4LU3A 1H4NA 4QJOA 4M2RA 4ITPA 3KONA 3MWOA 3CA2A 3M96A 2ABEA 3S78B 4Q8YA 4JSZA 2NNGA 4ETQC 5FL5A 4MTYA 5DSJA 1HCAA 4QSBA 3V3IB 3M5SA 4Q7WA 5A25A 1CNJA 3MNAA 5FLPA 4Q87A 1LG6A 1TEQX 3IEOA 4TWMA 4ZX0A 4YGNA 4QJ0A 3SAPA 1XPZA 5SZ2A 2HOCA 1HECA 4L5VA 1CVAA 1CZMA 1HUGA 4QSIA 3HKNA 4Q81A 2HNCA 5DVXA 1Z93A 3W6IA 3TVNX 4CNWA 5BRWA 3DA2A 1IF7A 2X7UA 5BRVA 2FNKA 3P44A 4YGKA 1G45A 3NB5A 4ZWYA 1CNGA 1FSRA 4JSSA 1G52A 4FVOA 4KV0A 5G0CA 4K0SA 4RH2A 3D8WA 3IGPA 3UYNA 3VBDA 5JEGB 3MNHA 4Q7SA 4M2UA 5IPZA 4K0ZA 1YDAA 2WEJA 3DCWA 3U3AX 5J8ZA 3M1JA 5CA2A 1AZMA 2WEHA 3C7PA 1HEAA 3DD0A 3S72B 1I8ZA 3MDZA 5SZ1A 3M5EA 4Q49A 9CA2A 3HKUA 3N0NA 5FNMA 4C3TA 1CCSA 4N0XB 4WR7A 4E3DA 4YGLA 1DMYA 3M2NA 1IF6A 1G54A 1ZGEA 3P55A 1ZFKA 4CACA 2ZNCA 3RLDA 1IF5A 1OKNA 1TG3A 3TVOX 4KNNA 1YDDA 1CNBA 5FLTA 2NXTA 1CRMA 3KS3A 3M40A 2CBAA 1BNWA 1I9QA 3U7CA 1CAOA 1TG9A 3DV7A 1I9LA 3F7BA 4HF3A 5JQ0A 2O4ZA 1UGEA 2QO8A 4ZX1A 4RUZA 5JEPB 2FMZA 3M1WA 2QP6A 4Q6EA 2NWPA 2EU2A 4QJPA 1V9EA 4CNVA 4E5QA 3ML5A 3HLJA 1G4OA 1YO0A 4R5AA 4Q90A 3JXHC 4BF6A 1ZGFA 1UGBA 2NNSA 4Q7PA 4RN4A 3JXFA 4WL4A 3OILA 1OKLA 1CAYA 5LMDA 3S76A 5E2SA 2NMXA 3BETA 3S77B 1I9PA 4DZ7A 4Q08A 3JXGA 4Z1JA 1CAIA 3W6HA 3B1BA 1LG5A 5G01A 2HKKA 1KWQA 5FLSA 4XE1A 1BZMA 5EH7A 2VVAX 3PYKA 3PJJA 4Q99A 4RUYA 5JDVB 3MNUA 7CA2A 5FNGA 3KIGA 3RGEA 5E28A 1BNVA 1RJ5A 4YXOA 2NWZA 3F7UA 4E4AA 4Z1KA 3IBLA 1JV0A 1CVCA 5EHVA 3SBIA 3EFIA 1CILA 4QJMA 4Q09A 1G6VA 1T9NA 3QYKA 3DCCA 4Q8XA 5EOIA 1RZBA 5DSRA 4K1QA 4BF1A 1CNKA 1RAZA 5E2MA 2CBEA 5DSMA 1CAKA 2NWYA 2Q1QA 1CAMA 5SZ4A 5EH8A 3DVCA 4K0TA 2QOAA 4CA2A 4YYTA 4HEYA 4QTLA 4YGJA 5FNIA 3RYVB 1H9QA 3OIMA 2FMGA 4KP8A 5E2NA 3M2ZA 4RFDA 5C8IA 2WEOA 5E2RA 3B4FA 5EKHA 4UOVA 12CAA 4QJXA 2EZ7A 3OIKA 1OQ5A 5L3OA 2EU3A 4M2VA 1ZNCA 3CAJA 1BNQA 4Q6DA 3S74B 3S8XA 1XEGA 2HFWA 4FL7A 3SBHA 3CYUA 3N4BA 4KUYA 1HCBA 3S97A 4FPTA 1ZH9A 4N16A 2H15A 3M14A 4XIXA 5AMGA 3OKUA 4CNRA 1KOQA 2HD6A 3KLDB 6CA2A 1YDBA 5L6KA 5JEHB 1CALA 3M2XA 2NXRA 1UGCA 2VVBX 3MHIA 4R5BA 4Q83A 4HT2A 1UGAA 1DCAA 3DC9A 5EZTX 3V3FA 4LP6A 3PO6A 5DSPA 5FNKA 5EIJA 5EKJA 4ZAOA 4DZ9A 1EOUA 1CVFA 3FFPX 5EHEA 5DSKA 4G7AA 5FNHA 4HBAA 3S71B 1CVDA 1BN4A 1HEDA 3DBUA 4LHIA 4KAPA 2AX2A 4WW8A 4WW6A 1V9IC 1ZSBA 4G0CA 2FOSA 4ITOA 3P3HA 5A6HA 1BN3A 3MNIA 5BNLA 1CCUA 3RYZA 5DSLA 4QIYA 3V2MA 1YO1A 5FL6A 5JGTB 3S75B 2GEHA 2X7TA 3M1KA 1TBTX 4YHAA 3M1QA 5DSIA 2FNNA 3N3JA 4XFWA 1FR4A 4KUWA 3CZVA 1TH9A 1I9NA 4IDRX 3MHOA 2FOVA 1BNTA 2ILIA 4YX4A 1CNXA 3P4VA 1BICA 5DSQA 1CA2A 3P5AA 5DOHA 4CNXA 4JSAA 2HL4A 4RIUA 1BNMA 2OSFA 4PYXA 3P5LA 4MLTA 1ZFQA 3OYQA 1HVAA 5G03A 3T5UA 1G0EA 1TTMA 3RYYA 3U45X 3RJ7A 3NJ9A 3OY0A 1CVEA 3Q31A 3N2PA 1IF9A 3FE4A 1YO2A 1BNUA 3S73B 1KWRA 4FIKA 3RZ5A 8CA2A 4Q8ZA 4QK2A 1XEVA 3HKQA 4IWZA 2FOQA 1LGDA 2POVA 1CA3A 1CVHA 3F4XA 4Z1EA 1ZSCA 3KNEA 3RZ7A 2CBBA 4QY3A 3RYJB 4E49A 3MMFA 5JESB 3DVDA 4XIWA 1DMXA 1I9OA 3M67A 3T83A 3K7KA 1UGFA 3MYQA 3D9ZA 1CRAA 4E9OX 1KOPA 4KNIA 4KP5A 4RFCA 3HFPA 2NXSA 2NN7A 3IBNA 1FQLA 4KUVA 1RAYA 4KNJA 5CJFA 3F8EA 3MHCA 2WD2A 4WUPA 5FNJA 1JD0A 3P3JA 4GL1X 5SZ6A 1FR7A 5AMDA 3MNKA 3S9TA 4Q78A 3M04A 1CAJA 1AM6A 2X7SA 3M2YA 4HEZA 1A42A 1FLJA 2WEGA 3M98A 2F14A 1LZVA 1BCDA 5EHWA 1I90A 4PXXA 3FW3A 3M5TA 1ZE8A 2CBCA 1DCBA 4MDGA 4X5SA 5AMLA 1CVBA 4PZHA 4TWLA 4QSJA 2POWA 4PYYA 3K34A 4RIVA 5EKMA 3DCSA 1IF4A 3P58A 5JGSB 4MDMA 3KOIA 3V3GB 3IBUA 1FSQA 2OSMA 3HS4A 4FRCA 1CNCA 3RZ0B 3RG3A 4HU1A 1CINA 3RZ1B 2Q38A 4M2WA 1CNHA 1G0FA 3DD8A 2NNOA 4K13A 5BRUA 1URTA 1LUGA 1CCTA 1BV3A 1FQNA 2NN1A 4QK1A 4Q06A 3T85A 4COQA 5EH5A 4FU5A 3ZP9A 1JCZA 4R59A 4XZ5A 1G4JA 3GZ0A 3DC3A 3IBIA 5JQTA 1CANA 5E5UA 1FQRA 3MNJA 5FLOA 1FSNA 5E5RA 3MHMA 3SAXA 1CNIA 1CAZA 4Y0JA 2NWOA 4Z1NA 5DOGA 2CABA 3TMJA 3MZCA 5SZ3A 1G53A 1RJ6A 1XQ0A 1I91A 1MOOA 1RZDA 4QIZA 1HEBA 3V3JA 1TEUX 2WD3A 4E3GA 4E3FA 1RZAA 4L5UA 1OKMA 4YWPA 4Q7VA 5FNLA 3RZ8A 4HEWA 2FNMA 1G1DA 1CNYA 5FL4A 4Q0LA 2FOYA 3ZNCA 5DSOA 3OKVA 5CLUA 1G3ZA 1UGDA 5FLRA 1TB0X 4Q9YA 1G46A 5HPJA 1H9NA 1G48A 1KEQA 4HT0A 4QK3A 3UYQA 1IF8A 3OYSA 1MUAA 3BL1A 3V7XA 4YXIA 5BYIA 4BCWA 3M3XA 3BL0A 4YVYA 4ZWIA 1FQMA 1YDCA 3IAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3V5G A;  1I9M A;  3KWA A;  3DVB A;  1RZC A;  4JS6 A;  5SZ7 A;  1AVN A;  3K2F A;  3KOK A;  4WUQ A;  3RYX B;  2CA2 A;  2NNV A;  3V2J A;  4QJW A;  4ILX A;  1TE3 X;  4PQ7 A;  3LXE A;  1THK A;  4KNM A;  2Q1B A;  2AW1 A;  4QEF A;  3T84 A;  4ZWX A;  4JSW A;  4E3H A;  3KKX A;  3L14 A;  3D0N A;  1Z97 A;  3DAZ A;  4FVN A;  3T82 A;  4L5W A;  5E2K A;  5G0B A;  5FDI A;  5DSN A;  4Z0Q A;  2FW4 A;  4MDL A;  3ML2 A;  4Q07 A;  4MLX A;  3T5Z A;  1RZE A;  2H4N A;  1F2W A;  5SZ5 A;  1Z9Y A;  1J9W A;  1CAH A;  1BN1 A;  3U47 A;  3V3H B;  5JG3 B;  5JG5 B;  5FDC A;  5SZ0 A;  3D93 A;  2W2J A;  4QSA A;  2CBD A;  5DRS A;  3NI5 A;  4YXU A;  3HKT A;  4RUX A;  3EFT A;  3R17 B;  5CAC A;  1CIM A;  1HUH A;  2GD8 A;  1BNN A;  2FOU A;  1CNW A;  3R16 A;  3D92 A;  2IT4 A;  1UGG A;  5FLQ A;  1ZSA A;  3RG4 A;  4MO8 A;  4CQ0 A;  2POU A;  1Y7W A;  4YGF A;  3MHL A;  4ZWZ A;  4LU3 A;  1H4N A;  4QJO A;  4M2R A;  4ITP A;  3KON A;  3MWO A;  3CA2 A;  3M96 A;  2ABE A;  3S78 B;  4Q8Y A;  4JSZ A;  2NNG A;  4ETQ C;  5FL5 A;  4MTY A;  5DSJ A;  1HCA A;  4QSB A;  3V3I B;  3M5S A;  4Q7W A;  5A25 A;  1CNJ A;  3MNA A;  5FLP A;  4Q87 A;  1LG6 A;  1TEQ X;  3IEO A;  4TWM A;  4ZX0 A;  4YGN A;  4QJ0 A;  3SAP A;  1XPZ A;  5SZ2 A;  2HOC A;  1HEC A;  4L5V A;  1CVA A;  1CZM A;  1HUG A;  4QSI A;  3HKN A;  4Q81 A;  2HNC A;  5DVX A;  1Z93 A;  3W6I A;  3TVN X;  4CNW A;  5BRW A;  3DA2 A;  1IF7 A;  2X7U A;  5BRV A;  2FNK A;  3P44 A;  4YGK A;  1G45 A;  3NB5 A;  4ZWY A;  1CNG A;  1FSR A;  4JSS A;  1G52 A;  4FVO A;  4KV0 A;  5G0C A;  4K0S A;  4RH2 A;  3D8W A;  3IGP A;  3UYN A;  3VBD A;  5JEG B;  3MNH A;  4Q7S A;  4M2U A;  5IPZ A;  4K0Z A;  1YDA A;  2WEJ A;  3DCW A;  3U3A X;  5J8Z A;  3M1J A;  5CA2 A;  1AZM A;  2WEH A;  3C7P A;  1HEA A;  3DD0 A;  3S72 B;  1I8Z A;  3MDZ A;  5SZ1 A;  3M5E A;  4Q49 A;  9CA2 A;  3HKU A;  3N0N A;  5FNM A;  4C3T A;  1CCS A;  4N0X B;  4WR7 A;  4E3D A;  4YGL A;  1DMY A;  3M2N A;  1IF6 A;  1G54 A;  1ZGE A;  3P55 A;  1ZFK A;  4CAC A;  2ZNC A;  3RLD A;  1IF5 A;  1OKN A;  1TG3 A;  3TVO X;  4KNN A;  1YDD A;  1CNB A;  5FLT A;  2NXT A; 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 5DSM A;  1CAK A;  2NWY A;  2Q1Q A;  1CAM A;  5SZ4 A;  5EH8 A;  3DVC A;  4K0T A;  2QOA A;  4CA2 A;  4YYT A;  4HEY A;  4QTL A;  4YGJ A;  5FNI A;  3RYV B;  1H9Q A;  3OIM A;  2FMG A;  4KP8 A;  5E2N A;  3M2Z A;  4RFD A;  5C8I A;  2WEO A;  5E2R A;  3B4F A;  5EKH A;  4UOV A;  12CA A;  4QJX A;  2EZ7 A;  3OIK A;  1OQ5 A;  5L3O A;  2EU3 A;  4M2V A;  1ZNC A;  3CAJ A;  1BNQ A;  4Q6D A;  3S74 B;  3S8X A;  1XEG A;  2HFW A;  4FL7 A;  3SBH A;  3CYU A;  3N4B A;  4KUY A;  1HCB A;  3S97 A;  4FPT A;  1ZH9 A;  4N16 A;  2H15 A;  3M14 A;  4XIX A;  5AMG A;  3OKU A;  4CNR A;  1KOQ A;  2HD6 A;  3KLD B;  6CA2 A;  1YDB A;  5L6K A;  5JEH B;  1CAL A;  3M2X A;  2NXR A;  1UGC A;  2VVB X;  3MHI A;  4R5B A;  4Q83 A;  4HT2 A;  1UGA A;  1DCA A;  3DC9 A;  5EZT X;  3V3F A;  4LP6 A;  3PO6 A;  5DSP A;  5FNK A;  5EIJ A;  5EKJ A;  4ZAO A;  4DZ9 A;  1EOU A;  1CVF A;  3FFP X;  5EHE A;  5DSK A;  4G7A A;  5FNH A;  4HBA A;  3S71 B;  1CVD A;  1BN4 A;  1HED A;  3DBU A;  4LHI A;  4KAP A;  2AX2 A;  4WW8 A;  4WW6 A;  1V9I C;  1ZSB A;  4G0C A; 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4YX4A

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Chain Sequence

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