4ZWY | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__209030199461521__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__209030199461521__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4zwy/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__209030199461521__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"209030199461521","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4zwy/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__209030199461521__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03f383aff056756289032e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03f383aff056756289032e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03f383aff056756289032e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03f383aff056756289032e/pdb.gz): 1097 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping Selective Inhibition of the Cancer-Related Carbonic Anhydrase IX Using Structure-Activity Relationships of Glucosyl-Based Sulfamates. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-05-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	4zwyA00

4YWPA 3M1WA 4MLXA 1BN3A 4PYYA 3MDZA 1HEBA 1I9QA 3D0NA 4BF1A 3RZ1B 1TEUX 1YDDA 3M1KA 4WL4A 1CAMA 4YXUA 1CAIA 3SBHA 1FQMA 4RIUA 1JV0A 1CCTA 1CNCA 3Q31A 5DOGA 4YX4A 1IF7A 1YO2A 3M2ZA 1CINA 1RZEA 5G0CA 2FOVA 3MHLA 1RZCA 3FE4A 5EH7A 1IF8A 4HBAA 1CNWA 4QJPA 3T84A 1CRAA 4Q87A 2NXSA 2POVA 4CNVA 3BL1A 3F8EA 3N4BA 1CVAA 3S9TA 1IF9A 2NN7A 3IBNA 1KOPA 3DA2A 3T5UA 4QJMA 5E5UA 6CA2A 2CBBA 3B4FA 3ML2A 3MHIA 4ETQC 4PZHA 2FNMA 3OKUA 3P55A 3DVCA 3K34A 1XEVA 2ILIA 3S78B 1UGAA 3V3JA 1LUGA 3C7PA 3S73B 4Z0QA 3S75B 3EFTA 3JXFA 4YHAA 3RG4A 3QYKA 4CA2A 4RUZA 5FLRA 4CACA 1KWQA 1KEQA 2EU3A 3D92A 2FNKA 1ZH9A 4RIVA 3DD0A 1AM6A 1FR7A 5DSOA 4K13A 4Q81A 3P58A 3ZNCA 3DD8A 1G45A 4JSWA 2CBEA 2WEJA 4KUWA 3T83A 4E49A 4Q7WA 1TG3A 1ZSCA 5JGSB 1FQNA 3BETA 3FFPX 3OY0A 5SZ7A 1YDBA 1CAZA 1HCBA 1KOQA 5JGTB 4K1QA 4ZWIA 1BNTA 1MOOA 5JEHB 4MDMA 1G1DA 2NNGA 3F7UA 4WUQA 1ZSBA 1YO1A 4Q6DA 4CQ0A 1CNBA 1CAKA 5SZ5A 3RYXB 3S97A 3P44A 1HEAA 1OKLA 4KP5A 4CNWA 2X7SA 1I90A 5L3OA 1G54A 3RZ0B 4Z1EA 1TTMA 4FIKA 3NB5A 4QEFA 2VVAX 2FMGA 1BN4A 4KNIA 3SAPA 5DSIA 4BF6A 3N0NA 8CA2A 5AMGA 2ZNCA 5FDIA 2ABEA 3B1BA 1CVFA 2WD3A 3DBUA 5CJFA 5FNJA 4Q8ZA 4Q9YA 5EKHA 4RH2A 3CA2A 5E2RA 1XQ0A 1RAZA 4QSBA 4ZWYA 1CCUA 3M5EA 1F2WA 3MWOA 2AX2A 1G52A 4ZAOA 1G46A 3PYKA 1CAYA 1BNWA 4E3HA 1CAHA 4KUVA 4QK3A 5FLOA 4MTYA 3CYUA 2HOCA 3M98A 4QSJA 5JEGB 1RZDA 1ZNCA 4FVNA 4JSZA 3IBLA 3M04A 5J8ZA 1BNQA 3MNKA 3KIGA 1CCSA 1G4JA 4MO8A 4ZWXA 1DMXA 2POWA 3RZ5A 5EHWA 5DSJA 3HKUA 1J9WA 3HLJA 3M67A 4FRCA 5FNKA 3S72B 5EIJA 2NWPA 1UGGA 3DCWA 3RG3A 4ZWZA 1CNHA 1FSNA 1ZGFA 3DVBA 1V9IC 3KS3A 2F14A 1LGDA 2W2JA 3UYNA 3MNJA 1JCZA 1DCBA 4G0CA 4PXXA 4M2RA 5HPJA 1CVBA 1G53A 3R16A 4E3DA 4Q09A 5BYIA 4MDLA 3R17B 4Q07A 4CNXA 1BNMA 5JEPB 5EKJA 3IBIA 3U45X 3HKNA 4L5UA 1ZFQA 2NNSA 1FQLA 5FL6A 5DSPA 1H4NA 4KV0A 2NWZA 4HEZA 3OYSA 3KONA 4Y0JA 4M2WA 4QK1A 3P5LA 1I9NA 5EZTX 4QIZA 4DZ9A 1UGEA 2QP6A 4Q0LA 2Q38A 3N2PA 3IBUA 1I91A 1TE3X 3MNUA 1Y7WA 1CA3A 2HKKA 5AMDA 5JG3B 3HFPA 4E4AA 3GZ0A 3T82A 2O4ZA 3N3JA 4HT2A 2EZ7A 1KWRA 3S77B 3JXHC 5SZ2A 1ZSAA 4JSSA 1BNNA 3DCCA 3TVOX 1TG9A 3M3XA 5LMDA 5EH8A 2HL4A 3D8WA 4CNRA 2H15A 1BV3A 1EOUA 3W6HA 3P3JA 4GL1X 2WD2A 1TBTX 3M2XA 3M5TA 1LZVA 3KNEA 2NWYA 3OILA 3MNAA 4R5AA 3TMJA 1CNGA 3HKTA 3KWAA 4YGLA 2CBDA 1UGCA 2CBCA 2GD8A 2NN1A 1G3ZA 5CACA 1CA2A 1CNJA 3RZ8A 4QSIA 2CBAA 4FL7A 3RYJB 1CNXA 3DAZA 3M1QA 3V2JA 3RYVB 1HCAA 3V2MA 2FOQA 3M40A 1UGBA 4QTLA 1FQRA 1BCDA 1IF5A 1YDCA 1FSQA 12CAA 5CLUA 4Q7SA 1RJ6A 4QJ0A 4Q8XA 3MNHA 1I8ZA 3MZCA 3K7KA 3CAJA 3RYZA 1HEDA 3M2NA 4Q83A 2OSFA 3DCSA 3K2FA 2VVBX 1BICA 4L5VA 3RJ7A 2EU2A 1CNIA 3PJJA 4MDGA 5EH5A 4Z1KA 5BRVA 1BZMA 1RAYA 4DZ7A 3ML5A 5EOIA 1Z93A 5G03A 1A42A 3BL0A 1Z9YA 2CA2A 4JSAA 1TEQX 4Q06A 5FNGA 4YXIA 3IGPA 1CVDA 1LG5A 3M5SA 5FLQA 2FOUA 4Q7PA 1CVCA 1G0FA 3NI5A 3L14A 3OIMA 4LP6A 2NWOA 3ZP9A 5L6KA 1LG6A 5DVXA 4YYTA 3DVDA 1FR4A 2FOSA 4Q99A 4UOVA 4WW6A 5SZ3A 2NXRA 2FMZA 4ITOA 2H4NA 1OKMA 2HNCA 3P4VA 4Q08A 4QJXA 3RZ7A 3M96A 4PQ7A 4RFCA 1URTA 1ZGEA 4TWMA 1RZBA 2FOYA 5E2MA 5E28A 3S74B 1CNYA 3MMFA 2WEOA 4K0ZA 4QK2A 1DCAA 1HUGA 1CRMA 3DC3A 3U3AX 2NXTA 1DMYA 2NNVA 1BNUA 3OKVA 4Z1NA 4Q78A 4KNNA 3S71B 1TB0X 5FLPA 1ZE8A 4HEYA 4IDRX 2POUA 3LXEA 4PYXA 4XIWA 4E3FA 1G48A 5JG5B 3HS4A 4FU5A 1ZFKA 4LHIA 3F7BA 1V9EA 2WEHA 1XEGA 1HECA 4XE1A 3EFIA 5IPZA 3PO6A 3JXGA 4COQA 3S76A 4Q6EA 1G0EA 1THKA 1CILA 4LU3A 1CIMA 1AVNA 7CA2A 3RYYA 1G6VA 5E2SA 3M1JA 5FNIA 1Z97A 4ILXA 1CVEA 3M14A 4QY3A 1JD0A 1I9OA 5DRSA 5C8IA 1YO0A 4XZ5A 2HFWA 4KNJA 5E2KA 3W6IA 4ZX1A 2X7UA 3KKXA 3TVNX 4C3TA 4QJWA 1T9NA 1OQ5A 4RFDA 5FL4A 1UGDA 5E5RA 3P3HA 4E9OX 5JQ0A 3IAIA 5DSQA 5G01A 3V3IB 4HU1A 1CVHA 1I9PA 4YGFA 1BN1A 4YGKA 1I9MA 4R5BA 3MYQA 1RZAA 2GEHA 3F4XA 2Q1QA 3RLDA 3M2YA 1I9LA 3V3HB 5BNLA 3DC9A 4G7AA 1H9NA 5JESB 5DSLA 5SZ1A 1CAOA 1G4OA 1XPZA 2IT4A 4QJOA 3V5GA 4YXOA 4TWLA 4KNMA 2Q1BA 3FW3A 5DSRA 3SBIA 5JDVB 5CA2A 4JS6A 3DV7A 3U47A 1CNKA 2NNOA 4QSAA 4YVYA 9CA2A 3V7XA 4HT0A 4YGNA 2NMXA 5FL5A 5BRUA 1BNVA 3OIKA 5DOHA 4E5QA 3V3FA 3MNIA 1FSRA 2OSMA 2CABA 5DSKA 4QIYA 5E2NA 5FNLA 4KAPA 5BRWA 5JQTA 1H9QA 3T85A 5EHVA 3S8XA 3OYQA 1HVAA 5EKMA 4HEWA 3SAXA 4HF3A 4M2VA 4Q7VA 4Q49A 2QO8A 3D93A 4R59A 1TH9A 1UGFA 1OKNA 4WR7A 5SZ6A 4K0SA 4RUXA 5FNMA 2FNNA 3U7CA 5G0BA 4MLTA 4RN4A 5DSNA 5SZ0A 1MUAA 3KOKA 4N0XB 5A25A 4ZX0A 2X7TA 4Z1JA 1RJ5A 3T5ZA 5FLSA 5A6HA 3CZVA 1CZMA 3P5AA 4WW8A 4FPTA 3V3GB 2AW1A 3KLDB 4FVOA 4WUPA 3VBDA 2WEGA 3HKQA 4YGJA 1HUHA 3RGEA 4M2UA 1AZMA 2FW4A 1CALA 4IWZA 5SZ4A 3MHCA 4X5SA 4XFWA 1YDAA 5FDCA 4E3GA 1IF4A 5FLTA 1FLJA 4Q90A 4BCWA 3MHMA 3UYQA 4KUYA 3KOIA 4N16A 4RUYA 4ITPA 3NJ9A 3D9ZA 1CANA 5AMLA 5DSMA 5EHEA 3IEOA 1CAJA 4L5WA 3MHOA 4XIXA 4K0TA 2HD6A 4KP8A 1IF6A 5FNHA 4Q8YA 2QOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YWP A;  3M1W A;  4MLX A;  1BN3 A;  4PYY A;  3MDZ A;  1HEB A;  1I9Q A;  3D0N A;  4BF1 A;  3RZ1 B;  1TEU X;  1YDD A;  3M1K A;  4WL4 A;  1CAM A;  4YXU A;  1CAI A;  3SBH A;  1FQM A;  4RIU A;  1JV0 A;  1CCT A;  1CNC A;  3Q31 A;  5DOG A;  4YX4 A;  1IF7 A;  1YO2 A;  3M2Z A;  1CIN A;  1RZE A;  5G0C A;  2FOV A;  3MHL A;  1RZC A;  3FE4 A;  5EH7 A;  1IF8 A;  4HBA A;  1CNW A;  4QJP A;  3T84 A;  1CRA A;  4Q87 A;  2NXS A;  2POV A;  4CNV A;  3BL1 A;  3F8E A;  3N4B A;  1CVA A;  3S9T A;  1IF9 A;  2NN7 A;  3IBN A;  1KOP A;  3DA2 A;  3T5U A;  4QJM A;  5E5U A;  6CA2 A;  2CBB A;  3B4F A;  3ML2 A;  3MHI A;  4ETQ C;  4PZH A;  2FNM A;  3OKU A;  3P55 A;  3DVC A;  3K34 A;  1XEV A;  2ILI A;  3S78 B;  1UGA A;  3V3J A;  1LUG A;  3C7P A;  3S73 B;  4Z0Q A;  3S75 B;  3EFT A;  3JXF A;  4YHA A;  3RG4 A;  3QYK A;  4CA2 A;  4RUZ A;  5FLR A;  4CAC A;  1KWQ A;  1KEQ A;  2EU3 A;  3D92 A;  2FNK A;  1ZH9 A;  4RIV A;  3DD0 A;  1AM6 A;  1FR7 A;  5DSO A;  4K13 A;  4Q81 A;  3P58 A;  3ZNC A;  3DD8 A;  1G45 A;  4JSW A;  2CBE A;  2WEJ A;  4KUW A;  3T83 A;  4E49 A;  4Q7W A;  1TG3 A;  1ZSC A;  5JGS B;  1FQN A;  3BET A;  3FFP X;  3OY0 A;  5SZ7 A;  1YDB A;  1CAZ A;  1HCB A;  1KOQ A;  5JGT B;  4K1Q A;  4ZWI A;  1BNT A;  1MOO A;  5JEH B;  4MDM A;  1G1D A;  2NNG A;  3F7U A;  4WUQ A;  1ZSB A;  1YO1 A;  4Q6D A;  4CQ0 A;  1CNB A;  1CAK A;  5SZ5 A;  3RYX B;  3S97 A;  3P44 A;  1HEA A;  1OKL A;  4KP5 A;  4CNW A;  2X7S A;  1I90 A;  5L3O A;  1G54 A;  3RZ0 B;  4Z1E A;  1TTM A;  4FIK A;  3NB5 A;  4QEF A;  2VVA X;  2FMG A;  1BN4 A;  4KNI A;  3SAP A;  5DSI A;  4BF6 A;  3N0N A;  8CA2 A;  5AMG A;  2ZNC A;  5FDI A;  2ABE A;  3B1B A;  1CVF A;  2WD3 A;  3DBU A;  5CJF A;  5FNJ A;  4Q8Z A;  4Q9Y A;  5EKH A;  4RH2 A;  3CA2 A;  5E2R A;  1XQ0 A;  1RAZ A;  4QSB A;  4ZWY A;  1CCU A;  3M5E A;  1F2W A;  3MWO A;  2AX2 A;  1G52 A;  4ZAO A;  1G46 A;  3PYK A;  1CAY A;  1BNW A;  4E3H A;  1CAH A;  4KUV A;  4QK3 A;  5FLO A;  4MTY A;  3CYU A;  2HOC A;  3M98 A;  4QSJ A;  5JEG B;  1RZD A;  1ZNC A;  4FVN A;  4JSZ A;  3IBL A;  3M04 A;  5J8Z A;  1BNQ A;  3MNK A;  3KIG A;  1CCS A;  1G4J A;  4MO8 A;  4ZWX A;  1DMX A;  2POW A;  3RZ5 A;  5EHW A;  5DSJ A;  3HKU A;  1J9W A;  3HLJ A;  3M67 A;  4FRC A;  5FNK A;  3S72 B;  5EIJ A;  2NWP A;  1UGG A;  3DCW A;  3RG3 A;  4ZWZ A;  1CNH A;  1FSN A;  1ZGF A;  3DVB A;  1V9I C;  3KS3 A;  2F14 A;  1LGD A;  2W2J A;  3UYN A;  3MNJ A;  1JCZ A;  1DCB A;  4G0C A;  4PXX A;  4M2R A;  5HPJ A;  1CVB A;  1G53 A;  3R16 A;  4E3D A;  4Q09 A;  5BYI A;  4MDL A;  3R17 B;  4Q07 A;  4CNX A;  1BNM A;  5JEP B;  5EKJ A;  3IBI A;  3U45 X;  3HKN A;  4L5U A;  1ZFQ A;  2NNS A;  1FQL A;  5FL6 A;  5DSP A;  1H4N A;  4KV0 A;  2NWZ A;  4HEZ A;  3OYS A;  3KON A;  4Y0J A;  4M2W A;  4QK1 A;  3P5L A;  1I9N A;  5EZT X;  4QIZ A;  4DZ9 A;  1UGE A;  2QP6 A;  4Q0L A;  2Q38 A;  3N2P A;  3IBU A;  1I91 A;  1TE3 X;  3MNU A;  1Y7W A;  1CA3 A;  2HKK A;  5AMD A;  5JG3 B;  3HFP A;  4E4A A;  3GZ0 A;  3T82 A;  2O4Z A;  3N3J A;  4HT2 A;  2EZ7 A;  1KWR A;  3S77 B;  3JXH C;  5SZ2 A;  1ZSA A;  4JSS A;  1BNN A;  3DCC A;  3TVO X;  1TG9 A;  3M3X A;  5LMD A;  5EH8 A;  2HL4 A;  3D8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4ZWYA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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