5A6H | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	SHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__945451101110181__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__945451101110181__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5a6h/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__945451101110181__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"945451101110181","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5a6h/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__945451101110181__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0d0ee72c473eb4be3b7705/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0d0ee72c473eb4be3b7705/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0d0ee72c473eb4be3b7705/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0d0ee72c473eb4be3b7705/pdb.gz): 65 ms

reading 259 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

259 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:258});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	An Unusual Natural Product Primary Sulfonamide: Synthesis, Carbonic Anhydrase Inhibition and Protein X-Ray Structures of Psammaplin C. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	79
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-06-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5a6hA00

1G45A 3MNJA 4YXUA 2POWA 1HEAA 1G3ZA 1MUAA 3JXHC 1BN4A 3OIKA 5DSMA 3V3IB 1J9WA 3S8XA 5SZ3A 3IGPA 1BN1A 3RYJB 4KAPA 5JGTB 4YXOA 4L5UA 4PXXA 5DOGA 1XEVA 1CNIA 3EFTA 4Q8ZA 3MYQA 5C8IA 5J8ZA 4HT0A 4WW6A 2AW1A 3S75B 2IT4A 1FQLA 1G4JA 2FMGA 3DD0A 5E28A 2W2JA 4JSWA 4RN4A 4TWMA 3OYSA 3DVCA 5AMDA 4YHAA 1HECA 1I91A 5CA2A 4Q83A 5DSNA 2QP6A 3MNHA 4FVOA 3LXEA 3S78B 3M40A 1CVCA 5EHVA 1G0EA 1I9QA 2HOCA 4Z0QA 5JQ0A 1IF8A 5G03A 4IWZA 2CBCA 2HL4A 3S74B 5JEHB 1OQ5A 2WEHA 2NWOA 1FQNA 1I8ZA 2NXTA 2CABA 2Q1BA 5E2RA 3M5TA 4ZWYA 3DC9A 3N0NA 1BNTA 3RYXB 1HUHA 4BF6A 1LZVA 4YGFA 5FDIA 4XE1A 5EH7A 5SZ1A 4KP5A 2VVBX 2POUA 1V9IC 2ILIA 4Q6EA 1H9NA 4QY3A 5DSLA 4Z1NA 1I9MA 2OSFA 4LU3A 3P4VA 4M2WA 3KIGA 5DSRA 3RLDA 4YGLA 2NNOA 1HVAA 3IBIA 4KUWA 5EKJA 4FL7A 3PO6A 5AMGA 3T5ZA 2CBAA 1CCTA 1CNBA 4K13A 5LMDA 4MDMA 4Q8YA 4YX4A 3CYUA 1CAOA 5EH5A 4CQ0A 1CNKA 1I9NA 1OKNA 6CA2A 3TVOX 5FNGA 5SZ7A 5FNJA 4YGNA 4QJOA 4Q0LA 4HEWA 3V5GA 1FQMA 2FNNA 1UGEA 3S97A 4E3GA 2CA2A 3K34A 5HPJA 4XZ5A 4PYYA 1V9EA 1CVEA 3W6HA 3S76A 2ABEA 1YDCA 2WEGA 4UOVA 2FMZA 3M98A 5DSKA 3KOKA 1IF6A 4XFWA 4QJXA 4WR7A 1I9OA 4KNMA 4WL4A 4E49A 3BETA 4RIUA 3RYZA 3T85A 5JG5B 5DVXA 1RZEA 5JGSB 1CVFA 2POVA 1HEDA 5G01A 2NNVA 2QOAA 3M04A 3B4FA 4JSZA 3S73B 4XIWA 3U7CA 3NI5A 5BNLA 1CAIA 4Q07A 4L5VA 3JXGA 3QYKA 1ZGFA 4RH2A 4Q90A 4Z1EA 1G46A 3V3FA 1G48A 1ZSBA 1OKLA 1CNWA 1ZNCA 1DCBA 1XEGA 4CNVA 4E3DA 4HT2A 4K0TA 4QIZA 2NXRA 4Q6DA 5FNMA 1THKA 4QK3A 3MMFA 1CZMA 3HKTA 1BV3A 1T9NA 4JSSA 1JV0A 4CNXA 5EIJA 4E5QA 1CCUA 3MHLA 3W6IA 5CLUA 5E5UA 3IBUA 4Q7PA 3IAIA 3RZ1B 5FL4A 2ZNCA 3M1WA 5EH8A 2HKKA 3RZ7A 1FSQA 5BRVA 1ZSCA 2FOQA 4M2VA 1CVBA 4BF1A 1Z97A 4YGKA 4LP6A 1ZFQA 3IBLA 4Q08A 3ML5A 4COQA 1ZFKA 1UGGA 4WUQA 3DCCA 5FLPA 5JESB 3KOIA 3KS3A 4QEFA 5DSIA 2NWZA 5L6KA 4G7AA 4K1QA 1CVDA 2H15A 2H4NA 3DA2A 3M96A 1G0FA 1JD0A 3V2MA 3F4XA 4QJWA 1RAYA 2NMXA 2X7UA 1CILA 3T83A 3N2PA 1ZH9A 2NNSA 2GEHA 4FIKA 4XIXA 1CA2A 4K0SA 5JEGB 3KLDB 1F2WA 1HEBA 2O4ZA 5G0BA 5JDVB 4QTLA 4MO8A 3T84A 1Y7WA 3T5UA 4YXIA 1TG9A 3VBDA 3MZCA 3D9ZA 3MDZA 3RZ8A 1G6VA 4FVNA 1RJ6A 5SZ6A 5EHWA 1FR4A 5BRUA 5IPZA 3M3XA 1CAMA 3OKVA 3D0NA 2F14A 1CNYA 4RUXA 1CAJA 3N3JA 3N4BA 3HS4A 1BNMA 4YGJA 4Z1KA 3MWOA 1CAYA 3C7PA 3RZ5A 4X5SA 1G54A 3M2XA 4G0CA 1CNHA 4ITPA 1TH9A 1LUGA 1Z9YA 5FLOA 1IF4A 3NJ9A 3MNIA 3BL1A 1G4OA 4ZWIA 3KKXA 2FOSA 1CNJA 3P3HA 3V3JA 3L14A 3ZNCA 4FRCA 2EU2A 1CAKA 3S71B 1G52A 1H9QA 3M5SA 4M2UA 4HEYA 4CNRA 1AVNA 4Q49A 4JSAA 1URTA 3M1QA 4QSAA 2WEOA 4QSJA 4MLTA 3B1BA 1FQRA 1I90A 4E4AA 1XQ0A 4KNJA 4Q7VA 4QK2A 3HKUA 4YYTA 3TVNX 3D93A 1HCAA 4N16A 3S77B 4HF3A 1AM6A 3SAXA 5EHEA 3BL0A 3DBUA 4Q87A 4QSIA 1YO0A 5SZ4A 1ZE8A 1RZBA 5DSQA 3P44A 2WD2A 5E2MA 2NN1A 4R5BA 5E5RA 3M67A 1TBTX 1IF5A 3P58A 1CNCA 3HFPA 1LG6A 4N0XB 5FLSA 5E2NA 3CAJA 4Q09A 3RYVB 4CA2A 1IF7A 3IEOA 3MNKA 1Z93A 1HUGA 2CBDA 5AMLA 1CRAA 4FPTA 4DZ7A 1A42A 2OSMA 3DVDA 2HNCA 4RFDA 4Q81A 1KWQA 5DSOA 4JS6A 1BZMA 1RAZA 4YVYA 1UGBA 1CVHA 1KEQA 1FSNA 1AZMA 5SZ5A 1HCBA 4HU1A 1CNXA 4IDRX 4C3TA 4R5AA 3RYYA 3V3GB 3ZP9A 4CNWA 5FNIA 3CZVA 3RG3A 4QIYA 1CINA 4K0ZA 3F8EA 1OKMA 1CVAA 4HBAA 1RZCA 1RJ5A 3OIMA 5SZ2A 5G0CA 4ZX0A 3DVBA 4QJMA 3OY0A 4KNNA 3K7KA 4ITOA 5DOHA 4L5WA 5FDCA 3R17B 1YO2A 4E3HA 1CAHA 3D92A 1DCAA 4KV0A 3P5AA 3S9TA 3NB5A 1KOQA 1CALA 3DD8A 4PQ7A 3MNUA 3RG4A 3RGEA 1TTMA 3EFIA 5FNHA 2FNMA 3SBIA 3HLJA 5CJFA 3OYQA 4TWLA 4RFCA 3HKNA 4MLXA 3P3JA 5DRSA 4KP8A 4M2RA 5FL6A 1YDBA 3HKQA 1TG3A 4QSBA 3IBNA 3UYQA 1TB0X 4ZAOA 3OILA 2WD3A 1FLJA 3V7XA 2NNGA 3P5LA 3FFPX 3JXFA 1CIMA 2NN7A 4Q78A 1TEUX 1ZGEA 4FU5A 4MTYA 2CBEA 5EKHA 1TEQX 1H4NA 1I9LA 3M1JA 4GL1X 1RZDA 5BRWA 1BNWA 1FR7A 5FLRA 1YDDA 3U45X 5E2SA 7CA2A 1UGCA 3MNAA 4RUYA 4ZWXA 4QJPA 2VVAX 5FL5A 3MHIA 2AX2A 1BCDA 2FW4A 3KWAA 5E2KA 5A6HA 1CA3A 5FNLA 5A25A 1ZSAA 4KUVA 4RUZA 2FNKA 2GD8A 2NWYA 1IF9A 2FOVA 2FOUA 4WUPA 5EKMA 1KWRA 3T82A 4BCWA 5EOIA 1YDAA 2Q1QA 1I9PA 3PYKA 2NWPA 3KNEA 3DCSA 3PJJA 4MDLA 4ILXA 3M1KA 1BN3A 3DV7A 3K2FA 5CACA 1CAZA 12CAA 1YO1A 4DZ9A 4WW8A 3GZ0A 3V2JA 1EOUA 3DC3A 4ZWZA 5JQTA 4Q99A 4Q9YA 3M2NA 5JEPB 4RIVA 3MHCA 5SZ0A 1LG5A 4R59A 1CCSA 4KNIA 4CACA 4LHIA 4MDGA 1BICA 1UGFA 3M2ZA 2FOYA 2EU3A 4Q06A 1CANA 4E3FA 4HEZA 5FLQA 3SAPA 5DSJA 3OKUA 4Q8XA 3FW3A 1RZAA 2EZ7A 5EZTX 2NXSA 4ZX1A 3KONA 3UYNA 3F7UA 9CA2A 5FLTA 1UGDA 1BNQA 3D8WA 2X7TA 1CRMA 3P55A 1FSRA 3V3HB 2WEJA 3RZ0B 2QO8A 3DAZA 1CNGA 2HFWA 1G1DA 4Y0JA 3FE4A 3SBHA 1UGAA 1TE3X 3R16A 4KUYA 1DMYA 1DMXA 3Q31A 4QK1A 5FNKA 4YWPA 4Z1JA 1G53A 3RJ7A 3TMJA 1MOOA 2Q38A 1XPZA 3M5EA 3MHOA 3S72B 3M14A 4E9OX 1BNUA 3U3AX 3MHMA 3M2YA 5L3OA 4PZHA 1BNNA 4PYXA 3U47A 8CA2A 2CBBA 5DSPA 3DCWA 1KOPA 2X7SA 3F7BA 4ETQC 3CA2A 1LGDA 4Q7WA 3ML2A 1JCZA 4QJ0A 5BYIA 5JG3B 2HD6A 4Q7SA 1BNVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G45 A;  3MNJ A;  4YXU A;  2POW A;  1HEA A;  1G3Z A;  1MUA A;  3JXH C;  1BN4 A;  3OIK A;  5DSM A;  3V3I B;  1J9W A;  3S8X A;  5SZ3 A;  3IGP A;  1BN1 A;  3RYJ B;  4KAP A;  5JGT B;  4YXO A;  4L5U A;  4PXX A;  5DOG A;  1XEV A;  1CNI A;  3EFT A;  4Q8Z A;  3MYQ A;  5C8I A;  5J8Z A;  4HT0 A;  4WW6 A;  2AW1 A;  3S75 B;  2IT4 A;  1FQL A;  1G4J A;  2FMG A;  3DD0 A;  5E28 A;  2W2J A;  4JSW A;  4RN4 A;  4TWM A;  3OYS A;  3DVC A;  5AMD A;  4YHA A;  1HEC A;  1I91 A;  5CA2 A;  4Q83 A;  5DSN A;  2QP6 A;  3MNH A;  4FVO A;  3LXE A;  3S78 B;  3M40 A;  1CVC A;  5EHV A;  1G0E A;  1I9Q A;  2HOC A;  4Z0Q A;  5JQ0 A;  1IF8 A;  5G03 A;  4IWZ A;  2CBC A;  2HL4 A;  3S74 B;  5JEH B;  1OQ5 A;  2WEH A;  2NWO A;  1FQN A;  1I8Z A;  2NXT A;  2CAB A;  2Q1B A;  5E2R A;  3M5T A;  4ZWY A;  3DC9 A;  3N0N A;  1BNT A;  3RYX B;  1HUH A;  4BF6 A;  1LZV A;  4YGF A;  5FDI A;  4XE1 A;  5EH7 A;  5SZ1 A;  4KP5 A;  2VVB X;  2POU A;  1V9I C;  2ILI A;  4Q6E A;  1H9N A;  4QY3 A;  5DSL A;  4Z1N A;  1I9M A;  2OSF A;  4LU3 A;  3P4V A;  4M2W A;  3KIG A;  5DSR A;  3RLD A;  4YGL A;  2NNO A;  1HVA A;  3IBI A;  4KUW A;  5EKJ A;  4FL7 A;  3PO6 A;  5AMG A;  3T5Z A;  2CBA A;  1CCT A;  1CNB A;  4K13 A;  5LMD A;  4MDM A;  4Q8Y A;  4YX4 A;  3CYU A;  1CAO A;  5EH5 A;  4CQ0 A;  1CNK A;  1I9N A;  1OKN A;  6CA2 A;  3TVO X;  5FNG A;  5SZ7 A;  5FNJ A;  4YGN A;  4QJO A;  4Q0L A;  4HEW A;  3V5G A;  1FQM A;  2FNN A;  1UGE A;  3S97 A;  4E3G A;  2CA2 A;  3K34 A;  5HPJ A;  4XZ5 A;  4PYY A;  1V9E A;  1CVE A;  3W6H A;  3S76 A;  2ABE A;  1YDC A;  2WEG A;  4UOV A;  2FMZ A;  3M98 A;  5DSK A;  3KOK A;  1IF6 A;  4XFW A;  4QJX A;  4WR7 A;  1I9O A;  4KNM A;  4WL4 A;  4E49 A;  3BET A;  4RIU A;  3RYZ A;  3T85 A;  5JG5 B;  5DVX A;  1RZE A;  5JGS B;  1CVF A;  2POV A;  1HED A;  5G01 A;  2NNV A;  2QOA A;  3M04 A;  3B4F A;  4JSZ A;  3S73 B;  4XIW A;  3U7C A;  3NI5 A;  5BNL A;  1CAI A;  4Q07 A;  4L5V A;  3JXG A;  3QYK A;  1ZGF A;  4RH2 A;  4Q90 A;  4Z1E A;  1G46 A;  3V3F A;  1G48 A;  1ZSB A;  1OKL A;  1CNW A;  1ZNC A;  1DCB A;  1XEG A;  4CNV A;  4E3D A;  4HT2 A;  4K0T A;  4QIZ A;  2NXR A;  4Q6D A;  5FNM A;  1THK A;  4QK3 A;  3MMF A;  1CZM A;  3HKT A;  1BV3 A;  1T9N A;  4JSS A;  1JV0 A;  4CNX A;  5EIJ A;  4E5Q A;  1CCU A;  3MHL A;  3W6I A;  5CLU A;  5E5U A;  3IBU A;  4Q7P A;  3IAI A;  3RZ1 B;  5FL4 A;  2ZNC A;  3M1W A;  5EH8 A;  2HKK A;  3RZ7 A;  1FSQ A;  5BRV A;  1ZSC A;  2FOQ A;  4M2V A;  1CVB A;  4BF1 A;  1Z97 A;  4YGK A;  4LP6 A;  1ZFQ A;  3IBL A;  4Q08 A;  3ML5 A;  4COQ A;  1ZFK A;  1UGG A;  4WUQ A;  3DCC A;  5FLP A;  5JES B;  3KOI A;  3KS3 A;  4QEF A;  5DSI A;  2NWZ A;  5L6K A;  4G7A A;  4K1Q A;  1CVD A;  2H15 A;  2H4N A;  3DA2 A;  3M96 A;  1G0F A;  1JD0 A;  3V2M A;  3F4X A;  4QJW A;  1RAY A;  2NMX A;  2X7U A;  1CIL A;  3T83 A;  3N2P A;  1ZH9 A;  2NNS A;  2GEH A;  4FIK A;  4XIX A;  1CA2 A;  4K0S A;  5JEG B;  3KLD B;  1F2W A;  1HEB A;  2O4Z A;  5G0B A;  5JDV B;  4QTL A;  4MO8 A;  3T84 A;  1Y7W A;  3T5U A;  4YXI A;  1TG9 A;  3VBD A;  3MZC A;  3D9Z A;  3MDZ A;  3RZ8 A;  1G6V A;  4FVN A;  1RJ6 A;  5SZ6 A;  5EHW A;  1FR4 A;  5BRU A;  5IPZ A;  3M3X A;  1CAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5A6HA

Total Genus

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Chain Sequence

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