5DSL | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__928226129010431__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__928226129010431__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5dsl/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__928226129010431__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"928226129010431","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5dsl/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__928226129010431__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00f9dbe74d78509a08bc2e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00f9dbe74d78509a08bc2e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00f9dbe74d78509a08bc2e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00f9dbe74d78509a08bc2e/pdb.gz): 587 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Tracking solvent and protein movement during CO2 release in carbonic anhydrase II crystals pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5dslA00

1CRAA 2HD6A 4CACA 4R5AA 3IBUA 3KLDB 5FNMA 4YX4A 3DV7A 5C8IA 1BNQA 2H15A 5CACA 1IF9A 2IT4A 2GEHA 1FLJA 3DAZA 4FIKA 2EU2A 4HEYA 1TB0X 3NB5A 4QJOA 2WEHA 1THKA 4Z1JA 4YXOA 1CVAA 1CIMA 2Q1QA 5HPJA 3T85A 4QEFA 8CA2A 3JXHC 1IF6A 2NXSA 5FLTA 1DMYA 1HEDA 5AMGA 5JGTB 5JQ0A 5SZ1A 1JD0A 5JEPB 5AMDA 5DSQA 5G01A 4DZ9A 2NNGA 3EFTA 1CNKA 2CABA 4E3HA 1XEGA 2QP6A 4ZAOA 5FNLA 1CAIA 1ZFQA 4LP6A 4PZHA 1IF5A 3V3JA 4Q8ZA 4MLTA 2FOVA 4QSJA 2FMZA 1ZGEA 4E3FA 3V2MA 1BZMA 1CALA 1ZNCA 4IWZA 4KAPA 5CLUA 1CNWA 1RJ6A 3M14A 2FNMA 4RIUA 4ITOA 5E2KA 1HECA 4L5VA 4RUXA 4E3GA 1AZMA 1CNYA 4HBAA 1ZGFA 4KNMA 3M98A 1FR4A 1CVFA 3MMFA 1KEQA 3DA2A 3RG4A 3T83A 5EZTX 1CNHA 5JDVB 4KUYA 4Z0QA 4Z1EA 3DD0A 2O4ZA 1RAYA 1BNMA 4ETQC 1DMXA 3CAJA 3K2FA 4QK2A 3D93A 1CAZA 4JSAA 4L5WA 1CVDA 1BCDA 4RN4A 4Q6EA 5JG3B 3U3AX 3MHOA 3D8WA 4LHIA 1G46A 2NNOA 4Q8YA 4WUQA 3S8XA 1FQRA 2HOCA 3M5TA 4K0SA 5E28A 3RZ8A 4QJPA 5DRSA 3ML2A 5JG5B 1FQLA 5DSLA 1RAZA 1BNWA 3S72B 1CCSA 3D92A 1Z9YA 2WD3A 3QYKA 3S71B 3F8EA 3BL0A 1RZBA 3M1KA 4PYYA 3F7UA 3M5SA 1CINA 5DSOA 3MHCA 4PXXA 1FSRA 1UGBA 3UYNA 5DSRA 4TWLA 4ZX0A 1YDBA 3T5ZA 4XIWA 3P55A 3MNUA 1CNBA 4ITPA 1JCZA 3RZ5A 4COQA 1G48A 1UGAA 1BV3A 4Z1NA 4BF6A 1CAKA 3W6IA 3S77B 3D9ZA 5BNLA 2HFWA 2AW1A 3N3JA 3P5LA 3PYKA 4KNIA 1TBTX 3IBIA 3M40A 4CNWA 1CA3A 4M2UA 5FL6A 5JESB 3OIMA 1OQ5A 1CZMA 3MHMA 4N16A 2F14A 1CCUA 4ZWXA 2QOAA 1T9NA 4QJ0A 5DSIA 4Q49A 3NJ9A 1OKMA 5FLQA 3OYSA 2NN1A 3DCWA 5EKHA 3KONA 4R5BA 4MO8A 3M1QA 3DD8A 1G4JA 3N2PA 3K7KA 5LMDA 3OIKA 1YO1A 2CA2A 5DSNA 3M2XA 3P5AA 4WL4A 2OSFA 3DBUA 3S75B 4K0TA 1RZEA 3V3FA 5FL4A 1CVBA 5DSMA 5FDIA 1G0FA 4HEWA 4Q87A 3V3IB 4ZWYA 1FSQA 4KP5A 4ZX1A 5SZ2A 3DVBA 4G0CA 5EHVA 2VVBX 4M2WA 2X7TA 1CNJA 12CAA 3FW3A 3IBNA 3P58A 3M04A 3M2NA 3HKNA 5A6HA 1TG9A 3IAIA 1FR7A 3JXGA 1DCBA 1JV0A 5EHWA 1Y7WA 5G0CA 3RZ1B 1FQNA 3TVNX 3DCSA 1CNGA 2NXRA 1XPZA 3M67A 4HEZA 4YGJA 3HLJA 1BN1A 4M2RA 4WUPA 3RJ7A 1BICA 3W6HA 1LZVA 3HKQA 3L14A 4KP8A 1MUAA 3R17B 4Q09A 1AVNA 1BNUA 1KWRA 1LG5A 1BNVA 4YGNA 1TG3A 2GD8A 3SAPA 1UGGA 1I8ZA 4JS6A 4QSBA 3MNHA 3RYJB 3KOIA 4YGKA 5E2NA 4HT2A 1IF4A 2CBEA 2POWA 4L5UA 4MDLA 3RZ0B 3T82A 4Q6DA 2W2JA 4UOVA 3OYQA 4CA2A 3RZ7A 4Q0LA 4QSAA 2WEGA 3IGPA 3TMJA 3M3XA 4E49A 2HNCA 2FOSA 1RJ5A 3M1WA 1CILA 3SAXA 5G03A 2NNSA 1MOOA 5SZ0A 1CVCA 4QTLA 4MDMA 5EOIA 2CBCA 1LGDA 4QK1A 4N0XB 4WR7A 4DZ7A 1YDDA 3RLDA 1IF8A 4ILXA 5EH8A 2HKKA 1CAHA 3OY0A 3P3HA 2FW4A 1G52A 4LU3A 2EU3A 5FNIA 3DVDA 4YWPA 5J8ZA 5L6KA 1H9NA 4X5SA 1G1DA 4KNJA 2NWOA 3OILA 1OKLA 5BRVA 2NNVA 1HCAA 3B4FA 1CAYA 5FNJA 3MNKA 3RYVB 3S97A 3LXEA 3S76A 4ZWIA 3RYYA 4QIYA 4E5QA 4FU5A 3MNJA 3SBIA 4Q06A 1TEQX 1G6VA 3DC3A 1BNNA 4WW8A 1BN3A 1IF7A 2FOQA 3T84A 1G45A 2WEOA 2QO8A 1I9QA 4JSSA 1HCBA 1YDAA 1BNTA 4Y0JA 5JEGB 3TVOX 1CVEA 1LG6A 3HKUA 2VVAX 7CA2A 3OKUA 4RFCA 4Q7WA 4PYXA 3U7CA 3KKXA 3KWAA 3MWOA 3ZNCA 1G3ZA 5E5RA 5JQTA 3HKTA 3RGEA 5EHEA 3HS4A 3RYXB 3MZCA 4FVNA 4G7AA 4BCWA 4XE1A 3V3HB 4MTYA 4GL1X 3M1JA 1A42A 1URTA 2NN7A 1ZSCA 3R16A 1KOPA 4YHAA 4RFDA 4Q9YA 3KNEA 4YGFA 1HEBA 4RIVA 1Z93A 5SZ3A 5A25A 3FFPX 4YYTA 5E2MA 2ZNCA 3BL1A 3MYQA 1AM6A 4Q7SA 1OKNA 1YO2A 1UGEA 5EH7A 1ZSAA 4CQ0A 4K0ZA 5DSJA 1UGCA 1TTMA 1CNCA 4QJXA 4CNVA 3EFIA 4Q8XA 1TEUX 4Q7PA 3CA2A 1G53A 3FE4A 1TE3X 3IBLA 1G54A 4HT0A 5SZ6A 3M96A 5FL5A 2H4NA 1YO0A 3DCCA 4Q7VA 4K1QA 1CAMA 3UYQA 5SZ7A 5FLRA 3F4XA 3ZP9A 1I9LA 1EOUA 5EKJA 4Q81A 1Z97A 4FRCA 3PJJA 5DVXA 4Q90A 4FL7A 4TWMA 3T5UA 5FLOA 3S73B 2Q1BA 1F2WA 5EIJA 4QSIA 1RZAA 3P44A 2CBBA 3P3JA 2Q38A 4CNXA 2CBDA 2NWPA 1CAJA 3M5EA 3CYUA 5DSKA 3M2ZA 3MHIA 2FNKA 4XIXA 3SBHA 3MHLA 4JSZA 2WEJA 4MDGA 4YXIA 5AMLA 2ABEA 4PQ7A 1ZE8A 2NWZA 1HVAA 4Q07A 5E2RA 1I9PA 2NMXA 4YXUA 3HFPA 2FNNA 3S78B 4E3DA 5E2SA 1RZCA 3DVCA 1V9IC 5FDCA 3S9TA 1XEVA 6CA2A 3KOKA 2EZ7A 1KOQA 1KWQA 5SZ4A 4KV0A 1HUGA 1I9MA 3MNAA 1DCAA 4KUVA 4QK3A 1BN4A 1CRMA 3MDZA 4HU1A 4JSWA 3V5GA 4QY3A 3V2JA 1HUHA 2AX2A 3JXFA 1ZFKA 3GZ0A 3PO6A 4RUYA 4XFWA 2X7SA 1CNXA 5EH5A 5IPZA 2NWYA 1YDCA 3N0NA 3BETA 4Q78A 4R59A 4ZWZA 2FOYA 3RYZA 3DC9A 5FLSA 1I9OA 4E4AA 4C3TA 1TH9A 3K34A 3MNIA 1V9EA 1I9NA 4Q99A 5CA2A 3OKVA 3F7BA 1RZDA 2POVA 3CZVA 2FOUA 4FVOA 5E5UA 5FNKA 1G0EA 5EKMA 5G0BA 3S74B 4KUWA 5JGSB 4IDRX 4QIZA 1ZH9A 1FSNA 3NI5A 4K13A 3V3GB 1XQ0A 5BRWA 1CA2A 3U47A 1FQMA 3B1BA 4FPTA 1I91A 4YVYA 1CANA 1CCTA 5BYIA 3P4VA 3V7XA 1CAOA 1I90A 4BF1A 3RG3A 4MLXA 9CA2A 5DOGA 1G4OA 3IEOA 4M2VA 3N4BA 5L3OA 1LUGA 4RH2A 5JEHB 3D0NA 4WW6A 3KIGA 1CNIA 4Q83A 4QJWA 1UGDA 3U45X 4CNRA 2OSMA 2X7UA 1H9QA 1H4NA 5DSPA 2FMGA 4HF3A 4KNNA 5FNGA 2POUA 4YGLA 4E9OX 3VBDA 5FLPA 5FNHA 1J9WA 1CVHA 3C7PA 2CBAA 3ML5A 5SZ5A 2WD2A 4RUZA 2HL4A 1HEAA 5CJFA 4XZ5A 3KS3A 5DOHA 4QJMA 3M2YA 5BRUA 2NXTA 4Q08A 1ZSBA 4Z1KA 3Q31A 1UGFA 2ILIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CRA A;  2HD6 A;  4CAC A;  4R5A A;  3IBU A;  3KLD B;  5FNM A;  4YX4 A;  3DV7 A;  5C8I A;  1BNQ A;  2H15 A;  5CAC A;  1IF9 A;  2IT4 A;  2GEH A;  1FLJ A;  3DAZ A;  4FIK A;  2EU2 A;  4HEY A;  1TB0 X;  3NB5 A;  4QJO A;  2WEH A;  1THK A;  4Z1J A;  4YXO A;  1CVA A;  1CIM A;  2Q1Q A;  5HPJ A;  3T85 A;  4QEF A;  8CA2 A;  3JXH C;  1IF6 A;  2NXS A;  5FLT A;  1DMY A;  1HED A;  5AMG A;  5JGT B;  5JQ0 A;  5SZ1 A;  1JD0 A;  5JEP B;  5AMD A;  5DSQ A;  5G01 A;  4DZ9 A;  2NNG A;  3EFT A;  1CNK A;  2CAB A;  4E3H A;  1XEG A;  2QP6 A;  4ZAO A;  5FNL A;  1CAI A;  1ZFQ A;  4LP6 A;  4PZH A;  1IF5 A;  3V3J A;  4Q8Z A;  4MLT A;  2FOV A;  4QSJ A;  2FMZ A;  1ZGE A;  4E3F A;  3V2M A;  1BZM A;  1CAL A;  1ZNC A;  4IWZ A;  4KAP A;  5CLU A;  1CNW A;  1RJ6 A;  3M14 A;  2FNM A;  4RIU A;  4ITO A;  5E2K A;  1HEC A;  4L5V A;  4RUX A;  4E3G A;  1AZM A;  1CNY A;  4HBA A;  1ZGF A;  4KNM A;  3M98 A;  1FR4 A;  1CVF A;  3MMF A;  1KEQ A;  3DA2 A;  3RG4 A;  3T83 A;  5EZT X;  1CNH A;  5JDV B;  4KUY A;  4Z0Q A;  4Z1E A;  3DD0 A;  2O4Z A;  1RAY A;  1BNM A;  4ETQ C;  1DMX A;  3CAJ A;  3K2F A;  4QK2 A;  3D93 A;  1CAZ A;  4JSA A;  4L5W A;  1CVD A;  1BCD A;  4RN4 A;  4Q6E A;  5JG3 B;  3U3A X;  3MHO A;  3D8W A;  4LHI A;  1G46 A;  2NNO A;  4Q8Y A;  4WUQ A;  3S8X A;  1FQR A;  2HOC A;  3M5T A;  4K0S A;  5E28 A;  3RZ8 A;  4QJP A;  5DRS A;  3ML2 A;  5JG5 B;  1FQL A;  5DSL A;  1RAZ A;  1BNW A;  3S72 B;  1CCS A;  3D92 A;  1Z9Y A;  2WD3 A;  3QYK A;  3S71 B;  3F8E A;  3BL0 A;  1RZB A;  3M1K A;  4PYY A;  3F7U A;  3M5S A;  1CIN A;  5DSO A;  3MHC A;  4PXX A;  1FSR A;  1UGB A;  3UYN A;  5DSR A;  4TWL A;  4ZX0 A;  1YDB A;  3T5Z A;  4XIW A;  3P55 A;  3MNU A;  1CNB A;  4ITP A;  1JCZ A;  3RZ5 A;  4COQ A;  1G48 A;  1UGA A;  1BV3 A;  4Z1N A;  4BF6 A;  1CAK A;  3W6I A;  3S77 B;  3D9Z A;  5BNL A;  2HFW A;  2AW1 A;  3N3J A;  3P5L A;  3PYK A;  4KNI A;  1TBT X;  3IBI A;  3M40 A;  4CNW A;  1CA3 A;  4M2U A;  5FL6 A;  5JES B;  3OIM A;  1OQ5 A;  1CZM A;  3MHM A;  4N16 A;  2F14 A;  1CCU A;  4ZWX A;  2QOA A;  1T9N A;  4QJ0 A;  5DSI A;  4Q49 A;  3NJ9 A;  1OKM A;  5FLQ A;  3OYS A;  2NN1 A;  3DCW A;  5EKH A;  3KON A;  4R5B A;  4MO8 A;  3M1Q A;  3DD8 A;  1G4J A;  3N2P A;  3K7K A;  5LMD A;  3OIK A;  1YO1 A;  2CA2 A;  5DSN A;  3M2X A;  3P5A A;  4WL4 A;  2OSF A;  3DBU A;  3S75 B;  4K0T A;  1RZE A;  3V3F A;  5FL4 A;  1CVB A;  5DSM A;  5FDI A;  1G0F A;  4HEW A;  4Q87 A;  3V3I B;  4ZWY A;  1FSQ A;  4KP5 A;  4ZX1 A;  5SZ2 A;  3DVB A;  4G0C A;  5EHV A;  2VVB X;  4M2W A;  2X7T A;  1CNJ A;  12CA A;  3FW3 A;  3IBN A;  3P58 A;  3M04 A;  3M2N A;  3HKN A;  5A6H A;  1TG9 A;  3IAI A;  1FR7 A;  3JXG A;  1DCB A;  1JV0 A;  5EHW A;  1Y7W A;  5G0C A;  3RZ1 B;  1FQN A;  3TVN X;  3DCS A;  1CNG A;  2NXR A;  1XPZ A;  3M67 A;  4HEZ A;  4YGJ A;  3HLJ A;  1BN1 A;  4M2R A;  4WUP A;  3RJ7 A;  1BIC A;  3W6H A;  1LZV A;  3HKQ A;  3L14 A;  4KP8 A;  1MUA A;  3R17 B;  4Q09 A;  1AVN A;  1BNU A;  1KWR A;  1LG5 A;  1BNV A;  4YGN A;  1TG3 A;  2GD8 A;  3SAP A;  1UGG A;  1I8Z A;  4JS6 A;  4QSB A;  3MNH A;  3RYJ B;  3KOI A;  4YGK A;  5E2N A;  4HT2 A;  1IF4 A;  2CBE A;  2POW A;  4L5U A;  4MDL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5DSLA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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