5DSM | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__86516150353797__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__86516150353797__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5dsm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__86516150353797__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"86516150353797","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5dsm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__86516150353797__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00fa5be74d78509a08bc4a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00fa5be74d78509a08bc4a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00fa5be74d78509a08bc4a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00fa5be74d78509a08bc4a/pdb.gz): 726 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Tracking solvent and protein movement during CO2 release in carbonic anhydrase II crystals pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5dsmA00

3M5SA 1FSNA 1YDBA 3K2FA 5EOIA 4M2UA 4WW6A 3V3JA 5EKMA 5E2KA 3F7BA 4Q7SA 1RAYA 2WEGA 4KUVA 5EH8A 1CAKA 4ILXA 4Q99A 3KOIA 5JEPB 1ZGEA 3DVDA 1BNTA 4E3FA 3HKQA 5A25A 1CANA 2NNVA 3DC9A 1RJ6A 3RZ8A 4QJ0A 1YDAA 4MTYA 5IPZA 1RZBA 4YVYA 2ABEA 3DCCA 4Q83A 2W2JA 3ZNCA 3V3HB 4MDLA 2FNKA 3T83A 3D9ZA 4M2WA 4XIWA 1YDDA 2HOCA 5AMLA 2POVA 2HD6A 3M96A 4YGNA 2O4ZA 1OKLA 3PYKA 1CAMA 5SZ0A 3IGPA 4FPTA 3V3IB 4QTLA 3S73B 3TMJA 3RYXB 4Z1KA 1ZSAA 1F2WA 1I9LA 4G0CA 4KUYA 1RZAA 3S77B 5CA2A 3BETA 1G45A 3DD8A 1LG6A 4FRCA 1DMXA 3MNHA 3MNUA 3P3HA 4RUZA 3MNKA 5JDVB 1HCAA 2QO8A 3MDZA 3V7XA 3DVCA 1AM6A 3C7PA 1BNMA 1G0EA 5JGTB 5DSMA 2Q1QA 5G01A 4CA2A 1LGDA 3RGEA 2AX2A 1ZFQA 1HUHA 4RIVA 4DZ9A 1CNWA 2NWOA 2H4NA 2VVAX 3CYUA 4X5SA 4R5BA 3DCWA 1G53A 5DSLA 4BCWA 1H9QA 1LUGA 5JQ0A 3BL1A 3MZCA 4LU3A 5FDIA 1OKMA 3KLDB 4RIUA 1RJ5A 4LHIA 2NXTA 5FNJA 1HEBA 5FLQA 1CVBA 3K7KA 1ZFKA 1G52A 3HLJA 1BN1A 3KONA 3M1QA 1MOOA 3HS4A 1T9NA 3S97A 3S72B 2NNOA 4QEFA 3RZ1B 4Q7VA 2F14A 4CACA 3IEOA 2FNMA 5DOGA 1Z97A 1CNBA 3DAZA 3S78B 1I8ZA 1YO2A 4LP6A 4Q6EA 1UGCA 5BRVA 5E2SA 1CIMA 1HVAA 3D92A 1BNQA 1UGAA 4RFDA 5J8ZA 5DOHA 5BRUA 5JG5B 4Z1EA 1EOUA 4KNIA 4R5AA 4M2RA 3P4VA 5FL4A 5CLUA 1I91A 5EH7A 5FL6A 2NNGA 1TBTX 5L6KA 4Q87A 3M98A 3S76A 1TH9A 1CA2A 1BICA 1CCTA 4ZX0A 1BN3A 2EU2A 2NN7A 5HPJA 4Q6DA 1CAYA 3M40A 3P5AA 5DSNA 4Q7WA 3DBUA 5E2RA 4PXXA 5DSIA 3B4FA 3F8EA 4Z0QA 1JV0A 4HT0A 4YGJA 3U45X 3HKUA 1JD0A 1CCUA 1RZDA 1UGEA 3OYSA 4HU1A 3RLDA 4XE1A 4JSSA 3PJJA 4TWMA 5SZ4A 1H9NA 3S74B 2WEJA 2GD8A 1ZSBA 1FSRA 1XEGA 1CNYA 2FOUA 4DZ7A 5AMDA 4R59A 4L5WA 4ZWZA 1TTMA 4FU5A 5FLPA 3D8WA 3OKUA 1TE3X 7CA2A 4FVOA 2CBBA 4JSWA 2EU3A 3V3FA 2FOYA 3P58A 5E2NA 1I9OA 2FOSA 2NXRA 3S75B 3ML2A 4KP5A 4ZX1A 3JXGA 1CVAA 1CVCA 4ZAOA 1CINA 5EHEA 1TG3A 3KOKA 3MHLA 9CA2A 1CZMA 1G46A 2WD3A 5G0CA 4IWZA 3T84A 5JGSB 3ML5A 1IF6A 5DRSA 4KUWA 4Z1NA 3L14A 1BNVA 3N3JA 3DVBA 5FLOA 3RYVB 1OKNA 3OIKA 4Q08A 3EFTA 4PYXA 4K0ZA 4E5QA 4RUYA 2FOVA 5SZ2A 3MHCA 1ZNCA 6CA2A 5EIJA 3M1JA 4COQA 1I9QA 1DMYA 1G4OA 4HEZA 3DCSA 1AZMA 1CNIA 5EH5A 3FE4A 2ZNCA 4ZWIA 3N2PA 3W6IA 1A42A 1V9IC 5EHWA 1CNXA 1IF7A 3RYYA 1IF9A 3LXEA 1ZGFA 3DD0A 3MNIA 4QSIA 3NB5A 3IBIA 3IBUA 1FR4A 3MHIA 3RJ7A 1I9PA 2ILIA 2OSFA 1FQMA 1LZVA 2AW1A 1IF8A 5E5RA 2QP6A 4KV0A 3RG3A 4CNRA 1HEAA 5EKJA 4CNXA 2GEHA 2HL4A 3T5UA 3VBDA 5FLRA 4XZ5A 3IBLA 4ZWXA 1TB0X 1I90A 3N4BA 3KS3A 3M1KA 5BRWA 2HFWA 3P5LA 5DSRA 2IT4A 3T5ZA 4KP8A 4K13A 4QJPA 1LG5A 1FLJA 5LMDA 2CBEA 5A6HA 2NN1A 4Q81A 3OIMA 1CAOA 1H4NA 4PQ7A 4RUXA 3HKNA 4E9OX 5FNIA 1BCDA 2NXSA 1RZCA 3MNAA 2POWA 4HBAA 5DSPA 5JEHB 3RZ5A 2X7SA 1KOPA 4JSZA 4L5UA 5SZ7A 3K34A 3KWAA 2H15A 3JXFA 4QJMA 3V5GA 3KIGA 5DSJA 3QYKA 1G4JA 1HCBA 3M5TA 4N16A 4M2VA 4E49A 2CA2A 4Q8XA 4WR7A 1ZSCA 1XPZA 1JCZA 1CNHA 4QIYA 1URTA 5FNMA 4CNWA 1UGFA 3RG4A 3KNEA 4Q0LA 1CRMA 4JSAA 3KKXA 3SBIA 4Z1JA 3RZ7A 1G1DA 2CBCA 3F7UA 5E28A 5SZ6A 1YO1A 2CBDA 5SZ1A 4N0XB 4HT2A 4Q8YA 3NI5A 5EHVA 1Z9YA 4Q07A 3SAPA 3SBHA 4C3TA 5CJFA 4MLXA 2POUA 4FL7A 4WUQA 4RFCA 1FQLA 5BNLA 3OKVA 1DCAA 4WUPA 3DV7A 1BZMA 2X7UA 1XQ0A 3HFPA 1UGDA 4MLTA 3RZ0B 1Y7WA 3M2XA 4GL1X 5DVXA 1OQ5A 1CA3A 5JQTA 1V9EA 1I9NA 4E3HA 3V2MA 4ITOA 1YDCA 2FOQA 3FW3A 3UYNA 4YWPA 1IF4A 1TEUX 5BYIA 1BNNA 5EKHA 4KNJA 4QJOA 3S9TA 3U7CA 1KOQA 1CNGA 5G0BA 1CNKA 1CILA 1RAZA 2Q38A 2VVBX 3M5EA 5JG3B 1CVDA 5G03A 3MYQA 2NNSA 1BV3A 3S71B 4PYYA 4Q90A 1ZH9A 3CA2A 1UGBA 3CAJA 3PO6A 5DSKA 1MUAA 4Q09A 3EFIA 3IBNA 4YXOA 3M14A 5L3OA 3T82A 1CAIA 1KEQA 1KWRA 1CNJA 4YYTA 2Q1BA 3D0NA 4QJWA 1CVFA 5EZTX 3RYZA 5DSQA 3T85A 4QIZA 2HNCA 5JESB 4MDMA 4KAPA 2OSMA 1G54A 5E5UA 1CAJA 5SZ5A 4YX4A 1KWQA 4Q06A 4Q8ZA 4XFWA 4IDRX 3M2NA 4FIKA 4YGKA 3SAXA 1HEDA 1BN4A 5FLTA 4RN4A 3W6HA 5JEGB 2CBAA 4L5VA 1FQRA 4CNVA 3Q31A 2FMGA 4WW8A 3ZP9A 4E3GA 4YGLA 3V3GB 4XIXA 1CAZA 4E3DA 12CAA 4ZWYA 3JXHC 1ZE8A 4YGFA 4MDGA 4MO8A 3UYQA 3OY0A 2NWPA 4K1QA 3B1BA 5FNKA 2WD2A 3FFPX 4JS6A 3V2JA 5FNGA 3U47A 4HEYA 4QK1A 2FMZA 8CA2A 5E2MA 1CCSA 5FDCA 1UGGA 1TG9A 1TEQX 4Q78A 4QJXA 4K0SA 3BL0A 5AMGA 3MHOA 4TWLA 3M04A 2WEHA 4PZHA 1FQNA 5DSOA 1Z93A 4YXUA 4ITPA 3MWOA 3M3XA 3MNJA 3F4XA 5SZ3A 2QOAA 5FLSA 2X7TA 5FL5A 2FW4A 4Q7PA 4BF6A 1CVEA 3D93A 3OYQA 4QSAA 4HF3A 4YXIA 4Q49A 5C8IA 3CZVA 1G0FA 2WEOA 1FSQA 1THKA 1J9WA 2FNNA 3NJ9A 3M2YA 5CACA 1HUGA 1XEVA 1IF5A 3M2ZA 2NWZA 1CRAA 3R16A 3HKTA 1BNWA 3MMFA 4G7AA 3TVOX 3M1WA 3S8XA 3TVNX 2NWYA 1YO0A 3DA2A 5FNLA 4BF1A 1DCBA 3RYJB 3R17B 4Q9YA 4RH2A 3U3AX 2NMXA 3GZ0A 1RZEA 3IAIA 4QSBA 4Y0JA 4WL4A 3N0NA 1BNUA 2HKKA 3P3JA 3P55A 4CQ0A 4QY3A 1G48A 1AVNA 1CAHA 4YHAA 1I9MA 1CNCA 1HECA 4QK3A 3P44A 4E4AA 1CVHA 4K0TA 4HEWA 1G6VA 3M67A 5FNHA 1FR7A 4ETQC 4UOVA 3MHMA 4FVNA 1G3ZA 1CALA 4KNMA 2EZ7A 4QSJA 3DC3A 4KNNA 2CABA 4QK2A 3OILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M5S A;  1FSN A;  1YDB A;  3K2F A;  5EOI A;  4M2U A;  4WW6 A;  3V3J A;  5EKM A;  5E2K A;  3F7B A;  4Q7S A;  1RAY A;  2WEG A;  4KUV A;  5EH8 A;  1CAK A;  4ILX A;  4Q99 A;  3KOI A;  5JEP B;  1ZGE A;  3DVD A;  1BNT A;  4E3F A;  3HKQ A;  5A25 A;  1CAN A;  2NNV A;  3DC9 A;  1RJ6 A;  3RZ8 A;  4QJ0 A;  1YDA A;  4MTY A;  5IPZ A;  1RZB A;  4YVY A;  2ABE A;  3DCC A;  4Q83 A;  2W2J A;  3ZNC A;  3V3H B;  4MDL A;  2FNK A;  3T83 A;  3D9Z A;  4M2W A;  4XIW A;  1YDD A;  2HOC A;  5AML A;  2POV A;  2HD6 A;  3M96 A;  4YGN A;  2O4Z A;  1OKL A;  3PYK A;  1CAM A;  5SZ0 A;  3IGP A;  4FPT A;  3V3I B;  4QTL A;  3S73 B;  3TMJ A;  3RYX B;  4Z1K A;  1ZSA A;  1F2W A;  1I9L A;  4G0C A;  4KUY A;  1RZA A;  3S77 B;  5CA2 A;  3BET A;  1G45 A;  3DD8 A;  1LG6 A;  4FRC A;  1DMX A;  3MNH A;  3MNU A;  3P3H A;  4RUZ A;  3MNK A;  5JDV B;  1HCA A;  2QO8 A;  3MDZ A;  3V7X A;  3DVC A;  1AM6 A;  3C7P A;  1BNM A;  1G0E A;  5JGT B;  5DSM A;  2Q1Q A;  5G01 A;  4CA2 A;  1LGD A;  3RGE A;  2AX2 A;  1ZFQ A;  1HUH A;  4RIV A;  4DZ9 A;  1CNW A;  2NWO A;  2H4N A;  2VVA X;  3CYU A;  4X5S A;  4R5B A;  3DCW A;  1G53 A;  5DSL A;  4BCW A;  1H9Q A;  1LUG A;  5JQ0 A;  3BL1 A;  3MZC A;  4LU3 A;  5FDI A;  1OKM A;  3KLD B;  4RIU A;  1RJ5 A;  4LHI A;  2NXT A;  5FNJ A;  1HEB A;  5FLQ A;  1CVB A;  3K7K A;  1ZFK A;  1G52 A;  3HLJ A;  1BN1 A;  3KON A;  3M1Q A;  1MOO A;  3HS4 A;  1T9N A;  3S97 A;  3S72 B;  2NNO A;  4QEF A;  3RZ1 B;  4Q7V A;  2F14 A;  4CAC A;  3IEO A;  2FNM A;  5DOG A;  1Z97 A;  1CNB A;  3DAZ A;  3S78 B;  1I8Z A;  1YO2 A;  4LP6 A;  4Q6E A;  1UGC A;  5BRV A;  5E2S A;  1CIM A;  1HVA A;  3D92 A;  1BNQ A;  1UGA A;  4RFD A;  5J8Z A;  5DOH A;  5BRU A;  5JG5 B;  4Z1E A;  1EOU A;  4KNI A;  4R5A A;  4M2R A;  3P4V A;  5FL4 A;  5CLU A;  1I91 A;  5EH7 A;  5FL6 A;  2NNG A;  1TBT X;  5L6K A;  4Q87 A;  3M98 A;  3S76 A;  1TH9 A;  1CA2 A;  1BIC A;  1CCT A;  4ZX0 A;  1BN3 A;  2EU2 A;  2NN7 A;  5HPJ A;  4Q6D A;  1CAY A;  3M40 A;  3P5A A;  5DSN A;  4Q7W A;  3DBU A;  5E2R A;  4PXX A;  5DSI A;  3B4F A;  3F8E A;  4Z0Q A;  1JV0 A;  4HT0 A;  4YGJ A;  3U45 X;  3HKU A;  1JD0 A;  1CCU A;  1RZD A;  1UGE A;  3OYS A;  4HU1 A;  3RLD A;  4XE1 A;  4JSS A;  3PJJ A;  4TWM A;  5SZ4 A;  1H9N A;  3S74 B;  2WEJ A;  2GD8 A;  1ZSB A;  1FSR A;  1XEG A;  1CNY A;  2FOU A;  4DZ7 A;  5AMD A;  4R59 A;  4L5W A;  4ZWZ A;  1TTM A;  4FU5 A;  5FLP A;  3D8W A;  3OKU A;  1TE3 X;  7CA2 A;  4FVO A;  2CBB A;  4JSW A;  2EU3 A;  3V3F A;  2FOY A;  3P58 A;  5E2N A;  1I9O A;  2FOS A;  2NXR A;  3S75 B;  3ML2 A;  4KP5 A;  4ZX1 A;  3JXG A;  1CVA A;  1CVC A;  4ZAO A;  1CIN A;  5EHE A;  1TG3 A;  3KOK A;  3MHL A;  9CA2 A;  1CZM A;  1G46 A;  2WD3 A;  5G0C A;  4IWZ A;  3T84 A;  5JGS B;  3ML5 A;  1IF6 A;  5DRS A;  4KUW A;  4Z1N A;  3L14 A;  1BNV A;  3N3J A;  3DVB A;  5FLO A;  3RYV B;  1OKN A;  3OIK A;  4Q08 A;  3EFT A;  4PYX A;  4K0Z A;  4E5Q A;  4RUY A;  2FOV A;  5SZ2 A;  3MHC A;  1ZNC A;  6CA2 A;  5EIJ A;  3M1J A;  4COQ A;  1I9Q A;  1DMY A;  1G4O A;  4HEZ A;  3DCS A;  1AZM A;  1CNI A;  5EH5 A;  3FE4 A;  2ZNC A;  4ZWI A;  3N2P A;  3W6I A;  1A42 A;  1V9I C;  5EHW A;  1CNX A;  1IF7 A;  3RYY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5DSMA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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