5E2K | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__372278882655502__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__372278882655502__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5e2k/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__372278882655502__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"372278882655502","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5e2k/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__372278882655502__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00fbfec144c5f425437582/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00fbfec144c5f425437582/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00fbfec144c5f425437582/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00fbfec144c5f425437582/pdb.gz): 819 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	4-Arylbenzenesulfonamides as Human Carbonic Anhydrase Inhibitors (hCAIs): Synthesis by Pd Nanocatalyst-Mediated Suzuki-Miyaura Reaction, Enzyme Inhibition, and X-ray Crystallographic Studies. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-10-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5e2kA00

1XEVA 3RZ1B 4Q6DA 4E5QA 1OKLA 1YDCA 4Q81A 2WEJA 1CCTA 3UYQA 1HEDA 1IF4A 5E2RA 4R59A 4YXIA 4KNMA 1J9WA 5JDVB 1I9NA 1IF9A 3OILA 3DA2A 4ILXA 1BNNA 5FL6A 4BCWA 1URTA 3DCCA 1AVNA 3M3XA 1CNGA 5E5UA 3HKQA 5JQTA 3RG4A 5DVXA 4FL7A 4Z1JA 4LHIA 2FW4A 4XZ5A 4K0SA 4KUYA 3KONA 4E3HA 5CJFA 5JQ0A 3S74B 4Q83A 3U47A 5HPJA 2NN7A 1G4JA 4DZ9A 1YO1A 2CBEA 1ZE8A 2NWOA 3KOKA 4QK3A 4Q90A 3IBUA 4Z0QA 3MHLA 2QO8A 3S77B 2Q1BA 3QYKA 1H4NA 2NXRA 3P3JA 1TH9A 4Q7VA 3OIKA 4KAPA 4XIXA 1CAHA 3MDZA 1HECA 5SZ5A 4JSWA 4RUXA 4XFWA 2AX2A 1ZFQA 4Q09A 3DVDA 5E5RA 1CNWA 4N0XB 5JEHB 2HL4A 4L5UA 3RYXB 1BICA 2EZ7A 3OKVA 4MO8A 1G45A 1T9NA 1I9QA 3P4VA 3RYVB 4ETQC 3PJJA 4Q9YA 1JV0A 1TTMA 3MNJA 4K13A 2ABEA 3V3HB 5FNLA 4Q7PA 4M2VA 1G0EA 1H9NA 5FNMA 1G54A 4Y0JA 4IDRX 1BNUA 3M1QA 3IBIA 3DAZA 5IPZA 4WW6A 1I90A 3T5ZA 3MHCA 3P3HA 3RYJB 4E4AA 3U45X 2AW1A 4Q7SA 5DSQA 5JG5B 4ITPA 3ZNCA 1IF6A 4R5BA 4FIKA 4L5VA 4QY3A 5FNKA 1FSNA 3MNKA 4MDMA 5SZ4A 3HKTA 3MHIA 3EFTA 4YGLA 4Q99A 3S75B 1LGDA 3M2ZA 1RZCA 3M2NA 3M67A 5FNIA 3VBDA 3BL0A 5AMLA 3V3GB 4K0ZA 2FOQA 5JEGB 4WL4A 5DSRA 4Q7WA 5FNHA 4JS6A 2HKKA 3KKXA 3C7PA 4XE1A 3V7XA 4COQA 4QSIA 2FNMA 2X7UA 5A6HA 5CACA 4N16A 4HEZA 1HUHA 3F4XA 1G53A 4KV0A 1KEQA 4IWZA 3F7UA 1RJ6A 4E9OX 2NNGA 1FSRA 2FNKA 3K7KA 1CNKA 2FNNA 2CABA 3HKNA 3D8WA 5L3OA 3CA2A 1RAYA 3W6IA 1CNXA 1UGGA 3S9TA 4RIVA 4Q49A 2QP6A 3DBUA 4Q8YA 3KNEA 2WEGA 3T83A 3M96A 3CYUA 4HEWA 4E3GA 4FU5A 2ZNCA 2H15A 5JEPB 3MMFA 2FOVA 2HOCA 2POUA 1ZH9A 4Q08A 1BN1A 1DCAA 3JXFA 1YO2A 3N3JA 5EHEA 1IF7A 5DSOA 3S73B 1UGFA 4FPTA 2WEHA 6CA2A 2NNOA 1H9QA 4YXOA 4Q07A 2IT4A 1XPZA 4K1QA 2NWPA 5BYIA 4Q87A 3DC9A 1UGAA 1CVDA 4ZX0A 5FLSA 3R16A 3W6HA 1F2WA 4WW8A 3TVNX 1G1DA 1I8ZA 1I91A 1CAZA 3M98A 3RJ7A 1OKNA 3DVBA 2Q1QA 1G46A 3RZ5A 3F7BA 4PQ7A 3IBNA 1Y7WA 3MYQA 4QIZA 4QJWA 3JXGA 1CNCA 3D92A 1CCSA 5SZ6A 1CNJA 1RZDA 3IBLA 1BCDA 4RFDA 4ZX1A 1CALA 1DCBA 1CRMA 4PYXA 1FQRA 1BNMA 5EKMA 3DCWA 2X7SA 2CBBA 3V3JA 1CAJA 1Z93A 1FR7A 4KUVA 3RYZA 4YHAA 8CA2A 2X7TA 1IF5A 3B4FA 4K0TA 5E2SA 2GD8A 3OYSA 1I9MA 4KNJA 3PYKA 1CVAA 2VVBX 4UOVA 2FOUA 5EH5A 1HEBA 1KOQA 2HD6A 4PXXA 4RIUA 1CVEA 3Q31A 4QK2A 1BN4A 1BV3A 3S71B 2WD2A 1TG9A 4HEYA 1OQ5A 5CA2A 2VVAX 5EHVA 3SBHA 3M1WA 1CA2A 3MWOA 4JSAA 1XEGA 5BNLA 5SZ1A 4FRCA 3OYQA 4HU1A 4QSAA 5DSJA 1FLJA 4LU3A 1Z97A 1RAZA 2CBAA 3MHOA 4LP6A 1UGEA 1CAIA 4YXUA 4WUPA 5JESB 1ZGEA 4YGNA 2F14A 1HUGA 3S78B 1JCZA 4HT2A 4QK1A 1G52A 3LXEA 1BZMA 1ZFKA 5FLOA 1EOUA 5AMDA 5SZ3A 3SAPA 5FNJA 3M2XA 4JSSA 1FQLA 3CZVA 4ZAOA 1TE3X 2OSMA 5DSNA 1YO0A 5DSPA 3DCSA 2OSFA 1DMXA 2POWA 3V2JA 4KP8A 2WD3A 3MHMA 1KOPA 5EHWA 3N0NA 3PO6A 4Q06A 1TEUX 4QJXA 4FVNA 1TG3A 3P55A 3JXHC 1MOOA 4Q6EA 1G6VA 3K2FA 3P5LA 2FOYA 2WEOA 3S97A 3KOIA 4WUQA 3K34A 3UYNA 5JGTB 4DZ7A 3HKUA 3P44A 1G3ZA 3KWAA 1FSQA 4CACA 1RZEA 1CILA 3DD8A 1TB0X 2CA2A 2NXTA 4KUWA 1LUGA 5FDIA 5AMGA 5FLQA 4QSJA 4RUZA 1CNYA 4GL1X 1V9EA 3DVCA 3KS3A 1TEQX 1CNHA 3OIMA 3OY0A 1CIMA 3RGEA 7CA2A 4ITOA 4QJMA 4RFCA 5G01A 4E49A 3IAIA 1LZVA 2W2JA 4MLTA 5FLTA 2O4ZA 4QEFA 3MNAA 5EIJA 1HCAA 4L5WA 1CAOA 1CANA 5FLRA 5G03A 4CA2A 3M1KA 1FR4A 4KNIA 4WR7A 1CNIA 4G0CA 4M2UA 1CVCA 3HFPA 2NN1A 2HNCA 4X5SA 4PZHA 1CVHA 4YWPA 4YGJA 3V3FA 2FMGA 3MNHA 4HBAA 1FQNA 3L14A 1BN3A 3KIGA 2CBDA 3RG3A 4MTYA 3M5EA 3S76A 3SBIA 12CAA 4TWMA 4Q8XA 1FQMA 4MDLA 5DSMA 1HVAA 1KWRA 4M2WA 5E2KA 5BRUA 3BL1A 3ML5A 1YDBA 1BNVA 5EH7A 3R17B 5SZ0A 9CA2A 3NJ9A 3T85A 5CLUA 5FNGA 3MZCA 3SAXA 3U3AX 4C3TA 4QJOA 1YDDA 5EKJA 5G0CA 3M04A 5JGSB 4QTLA 3M1JA 2NXSA 5J8ZA 3M40A 4YGKA 4ZWIA 1JD0A 1RJ5A 3DC3A 2H4NA 5E28A 3IEOA 3T84A 2POVA 1G48A 3MNUA 1HCBA 3D0NA 4G7AA 1RZBA 1DMYA 1BNWA 2ILIA 2NNVA 4JSZA 1CVBA 1G4OA 1CVFA 2FMZA 3BETA 5FDCA 2EU2A 3MNIA 1CRAA 5FL4A 1ZSCA 4YX4A 1A42A 1CNBA 3ML2A 1ZNCA 1CAMA 4YYTA 5E2NA 5FLPA 4CNRA 4MDGA 1UGCA 4QSBA 3P5AA 3S72B 5BRWA 3FE4A 4BF6A 1BNTA 4PYYA 3S8XA 1UGDA 2NWYA 1V9IC 5EKHA 5DOGA 2GEHA 3N2PA 1ZSBA 3RZ8A 4Z1KA 4HT0A 4E3DA 4E3FA 1ZSAA 2NNSA 4M2RA 1CA3A 1BNQA 5BRVA 3FW3A 1LG6A 3HS4A 1AM6A 3D9ZA 3TMJA 5EOIA 2EU3A 5FL5A 3KLDB 4CNVA 3U7CA 5LMDA 4TWLA 1UGBA 3HLJA 5C8IA 5A25A 1I9OA 3M2YA 4QIYA 3RYYA 4KP5A 4RUYA 4Z1EA 4Q8ZA 3M5SA 5DRSA 3M5TA 2NMXA 3GZ0A 5EH8A 4ZWXA 1YDAA 1ZGFA 3OKUA 2HFWA 4MLXA 4RN4A 3FFPX 5L6KA 1KWQA 3EFIA 1CZMA 3M14A 3IGPA 1LG5A 2QOAA 2NWZA 4FVOA 4HF3A 5G0BA 3V2MA 3TVOX 5DSIA 1I9PA 3CAJA 1CINA 1CCUA 1MUAA 2FOSA 5JG3B 3F8EA 5EZTX 1HEAA 3RZ0B 4YGFA 3DD0A 4ZWYA 3B1BA 1OKMA 4RH2A 4CNWA 5SZ7A 2CBCA 3ZP9A 4QJ0A 1RZAA 3P58A 4KNNA 1CAYA 4QJPA 4YVYA 1THKA 3V5GA 1TBTX 3N4BA 3T82A 3RZ7A 5SZ2A 3D93A 5E2MA 4CQ0A 3NI5A 5DSLA 5DSKA 1XQ0A 4ZWZA 1IF8A 4CNXA 4XIWA 1AZMA 2Q38A 4R5AA 3T5UA 4BF1A 4Q0LA 4Z1NA 3NB5A 4Q78A 1I9LA 1G0FA 1Z9YA 3RLDA 3V3IB 5DOHA 3DV7A 1CAKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XEV A;  3RZ1 B;  4Q6D A;  4E5Q A;  1OKL A;  1YDC A;  4Q81 A;  2WEJ A;  1CCT A;  3UYQ A;  1HED A;  1IF4 A;  5E2R A;  4R59 A;  4YXI A;  4KNM A;  1J9W A;  5JDV B;  1I9N A;  1IF9 A;  3OIL A;  3DA2 A;  4ILX A;  1BNN A;  5FL6 A;  4BCW A;  1URT A;  3DCC A;  1AVN A;  3M3X A;  1CNG A;  5E5U A;  3HKQ A;  5JQT A;  3RG4 A;  5DVX A;  4FL7 A;  4Z1J A;  4LHI A;  2FW4 A;  4XZ5 A;  4K0S A;  4KUY A;  3KON A;  4E3H A;  5CJF A;  5JQ0 A;  3S74 B;  4Q83 A;  3U47 A;  5HPJ A;  2NN7 A;  1G4J A;  4DZ9 A;  1YO1 A;  2CBE A;  1ZE8 A;  2NWO A;  3KOK A;  4QK3 A;  4Q90 A;  3IBU A;  4Z0Q A;  3MHL A;  2QO8 A;  3S77 B;  2Q1B A;  3QYK A;  1H4N A;  2NXR A;  3P3J A;  1TH9 A;  4Q7V A;  3OIK A;  4KAP A;  4XIX A;  1CAH A;  3MDZ A;  1HEC A;  5SZ5 A;  4JSW A;  4RUX A;  4XFW A;  2AX2 A;  1ZFQ A;  4Q09 A;  3DVD A;  5E5R A;  1CNW A;  4N0X B;  5JEH B;  2HL4 A;  4L5U A;  3RYX B;  1BIC A;  2EZ7 A;  3OKV A;  4MO8 A;  1G45 A;  1T9N A;  1I9Q A;  3P4V A;  3RYV B;  4ETQ C;  3PJJ A;  4Q9Y A;  1JV0 A;  1TTM A;  3MNJ A;  4K13 A;  2ABE A;  3V3H B;  5FNL A;  4Q7P A;  4M2V A;  1G0E A;  1H9N A;  5FNM A;  1G54 A;  4Y0J A;  4IDR X;  1BNU A;  3M1Q A;  3IBI A;  3DAZ A;  5IPZ A;  4WW6 A;  1I90 A;  3T5Z A;  3MHC A;  3P3H A;  3RYJ B;  4E4A A;  3U45 X;  2AW1 A;  4Q7S A;  5DSQ A;  5JG5 B;  4ITP A;  3ZNC A;  1IF6 A;  4R5B A;  4FIK A;  4L5V A;  4QY3 A;  5FNK A;  1FSN A;  3MNK A;  4MDM A;  5SZ4 A;  3HKT A;  3MHI A;  3EFT A;  4YGL A;  4Q99 A;  3S75 B;  1LGD A;  3M2Z A;  1RZC A;  3M2N A;  3M67 A;  5FNI A;  3VBD A;  3BL0 A;  5AML A;  3V3G B;  4K0Z A;  2FOQ A;  5JEG B;  4WL4 A;  5DSR A;  4Q7W A;  5FNH A;  4JS6 A;  2HKK A;  3KKX A;  3C7P A;  4XE1 A;  3V7X A;  4COQ A;  4QSI A;  2FNM A;  2X7U A;  5A6H A;  5CAC A;  4N16 A;  4HEZ A;  1HUH A;  3F4X A;  1G53 A;  4KV0 A;  1KEQ A;  4IWZ A;  3F7U A;  1RJ6 A;  4E9O X;  2NNG A;  1FSR A;  2FNK A;  3K7K A;  1CNK A;  2FNN A;  2CAB A;  3HKN A;  3D8W A;  5L3O A;  3CA2 A;  1RAY A;  3W6I A;  1CNX A;  1UGG A;  3S9T A;  4RIV A;  4Q49 A;  2QP6 A;  3DBU A;  4Q8Y A;  3KNE A;  2WEG A;  3T83 A;  3M96 A;  3CYU A;  4HEW A;  4E3G A;  4FU5 A;  2ZNC A;  2H15 A;  5JEP B;  3MMF A;  2FOV A;  2HOC A;  2POU A;  1ZH9 A;  4Q08 A;  1BN1 A;  1DCA A;  3JXF A;  1YO2 A;  3N3J A;  5EHE A;  1IF7 A;  5DSO A;  3S73 B;  1UGF A;  4FPT A;  2WEH A;  6CA2 A;  2NNO A;  1H9Q A;  4YXO A;  4Q07 A;  2IT4 A;  1XPZ A;  4K1Q A;  2NWP A;  5BYI A;  4Q87 A;  3DC9 A;  1UGA A;  1CVD A;  4ZX0 A;  5FLS A;  3R16 A;  3W6H A;  1F2W A;  4WW8 A;  3TVN X;  1G1D A;  1I8Z A;  1I91 A;  1CAZ A;  3M98 A;  3RJ7 A;  1OKN A;  3DVB A;  2Q1Q A;  1G46 A;  3RZ5 A;  3F7B A;  4PQ7 A;  3IBN A;  1Y7W A;  3MYQ A;  4QIZ A;  4QJW A;  3JXG A;  1CNC A;  3D92 A;  1CCS A;  5SZ6 A;  1CNJ A;  1RZD A;  3IBL A;  1BCD A;  4RFD A;  4ZX1 A;  1CAL A;  1DCB A;  1CRM A;  4PYX A;  1FQR A;  1BNM A;  5EKM A;  3DCW A;  2X7S A;  2CBB A;  3V3J A;  1CAJ A;  1Z93 A;  1FR7 A;  4KUV A;  3RYZ A;  4YHA A;  8CA2 A;  2X7T A;  1IF5 A;  3B4F A;  4K0T A;  5E2S A;  2GD8 A;  3OYS A;  1I9M A;  4KNJ A;  3PYK A;  1CVA A;  2VVB X;  4UOV A;  2FOU A;  5EH5 A;  1HEB A;  1KOQ A;  2HD6 A;  4PXX A;  4RIU A;  1CVE A;  3Q31 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5E2KA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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