5E2S | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__631932803760244__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__631932803760244__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5e2s/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__631932803760244__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"631932803760244","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5e2s/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__631932803760244__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00fc1484c06aa91cdad4f0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00fc1484c06aa91cdad4f0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00fc1484c06aa91cdad4f0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00fc1484c06aa91cdad4f0/pdb.gz): 599 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	4-Arylbenzenesulfonamides as Human Carbonic Anhydrase Inhibitors (hCAIs): Synthesis by Pd Nanocatalyst-Mediated Suzuki-Miyaura Reaction, Enzyme Inhibition, and X-ray Crystallographic Studies. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-10-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5e2sA00

2F14A 1CCSA 4FPTA 3M1QA 4QEFA 5SZ0A 3N4BA 4LU3A 1HUHA 1TG3A 5JGTB 3D8WA 4Z1NA 3PYKA 1ZSCA 1J9WA 2HFWA 4Q08A 4K0ZA 5FNLA 1ZE8A 4N0XB 5E2SA 4G0CA 4QK1A 2EZ7A 1V9IC 1AZMA 5FNHA 4XIXA 5SZ3A 1CVAA 1FR7A 3RG4A 3RYYA 4QIYA 5CJFA 2NWPA 4E3GA 5AMGA 2O4ZA 1HEDA 3V3IB 4JSAA 1IF6A 4R59A 3KIGA 3W6HA 1CAHA 4ILXA 4Q6DA 4MO8A 3P5AA 4FRCA 4ZAOA 1XQ0A 3P55A 2GD8A 4CNWA 3M2ZA 1HVAA 4K0TA 4JSWA 4X5SA 5FLOA 4Z1EA 3MHCA 4LP6A 5DSRA 3U3AX 3BETA 1MUAA 1A42A 3MNJA 4KNMA 5FLPA 1FQNA 2CBCA 3V2JA 3S71B 4YXUA 1CA3A 1CZMA 1HCAA 2FOVA 3DD8A 2FNKA 4PYYA 3HS4A 3MNAA 1ZGEA 4Q8XA 3HKQA 1G45A 2CA2A 1ZSAA 5EKJA 3RYZA 1RJ6A 2X7UA 5SZ7A 5FNJA 2FMZA 3P5LA 3DCCA 5JEPB 2X7SA 5FLRA 4RFCA 5JEHB 5DOHA 1UGDA 5FL5A 3F7BA 4E49A 1G6VA 3D0NA 5EHVA 3FFPX 3RYVB 1CIMA 1IF9A 4N16A 4WUPA 2EU2A 4M2RA 3P58A 3V7XA 1TE3X 3OKVA 4Q87A 4ZX1A 3DV7A 1BN1A 4PYXA 5E28A 2POUA 4KNJA 4QSAA 3W6IA 3TMJA 1TEUX 3DVCA 4FIKA 4Q8ZA 1Y7WA 1JV0A 3RGEA 3S97A 4KUWA 4HF3A 2Q1BA 4L5VA 3K34A 1AM6A 1FR4A 1TB0X 3F8EA 2OSMA 5JQTA 1I9NA 2H15A 4XFWA 1UGCA 3MZCA 1FQRA 5CACA 3V3GB 5E5UA 3ML2A 3HKTA 1CAOA 2FOYA 3M2XA 5FDCA 3ZP9A 1OKLA 5E2NA 5FL6A 2NXSA 3M96A 4MDMA 1YO0A 4YGNA 5EH8A 4YGFA 3LXEA 3M3XA 3N2PA 4RIVA 3HKNA 1DCBA 4WL4A 4QSBA 1CNBA 5L3OA 3V2MA 1CVFA 3JXFA 1H9QA 2FOQA 2NNVA 3KOIA 5IPZA 4XE1A 1G0EA 2OSFA 3IBUA 1G46A 3P3JA 4MDGA 1CNWA 1DMYA 2CBDA 2WD3A 5CLUA 4K13A 5FLTA 2CBBA 2AX2A 5DSLA 4BCWA 5BYIA 3S9TA 5HPJA 4KP8A 4JSZA 3M5EA 3M1KA 1CNXA 1BCDA 2WEHA 4DZ9A 4YVYA 3EFIA 1KWRA 4QJPA 5EOIA 3P3HA 5DSPA 4Q7SA 4CNVA 4HEZA 4QSIA 4QY3A 4IWZA 1XPZA 2POWA 4Q7PA 4C3TA 4CQ0A 1TH9A 1YDBA 5G03A 4ETQC 5SZ4A 2AW1A 3T82A 3SAPA 1UGGA 2NMXA 3S75B 2NN1A 3D9ZA 4FVNA 5FLSA 2POVA 4ZWXA 4HU1A 4MTYA 1CNGA 1BNUA 1FSNA 3S78B 4CNXA 3RZ7A 4KUYA 3V5GA 1BNVA 3M5TA 1I9LA 4Z0QA 1F2WA 4ZX0A 5EH7A 4YX4A 1OKMA 1I90A 2NNSA 5SZ1A 3T83A 2QP6A 5FNGA 2HKKA 4YXIA 4QJWA 3QYKA 4QJOA 4YGJA 1IF8A 2X7TA 5JESB 3MHLA 2NWZA 1YDCA 3IBLA 1YO2A 3DBUA 1I9QA 3N3JA 5G0BA 2ILIA 5A6HA 4RUZA 3MHMA 3OIMA 4E9OX 5EKHA 3UYNA 1CANA 1XEVA 3K7KA 4MDLA 3RYJB 1ZNCA 3NI5A 3S73B 1BNTA 3CA2A 4HT0A 3DC9A 1BZMA 3MNIA 3IBNA 4BF6A 4ZWZA 4RH2A 1CCTA 1KOPA 3ML5A 4MLTA 4QSJA 5DOGA 2FMGA 3Q31A 4E5QA 8CA2A 2HD6A 1CVEA 5E2MA 3TVNX 5EHEA 3V3HB 3KONA 3HLJA 3KWAA 3RZ8A 3MMFA 4CA2A 2FW4A 5LMDA 3M5SA 2QOAA 2FNNA 3JXGA 4TWLA 1HECA 1CINA 3M98A 4BF1A 2WEOA 3MHIA 4XIWA 1LZVA 1IF4A 2NXRA 1CAKA 4M2VA 3M04A 1HEAA 1BNMA 3RYXB 5JG5B 3ZNCA 12CAA 1UGAA 5BRVA 1LUGA 2WD2A 3IGPA 3MNKA 4FL7A 4HEWA 4TWMA 1URTA 3OY0A 4RFDA 1OKNA 1RZAA 3RG3A 1TG9A 4PXXA 3DAZA 3S76A 1HEBA 4YGLA 3KS3A 1I8ZA 3T85A 3CYUA 1Z93A 3F7UA 4Q49A 3RJ7A 3PO6A 1CAMA 3B1BA 3CZVA 1YDDA 1KOQA 1G52A 2FNMA 5EKMA 1UGEA 1MOOA 4QJ0A 3EFTA 3DA2A 1HCBA 4HT2A 1CVBA 5DSKA 3RZ5A 5L6KA 4JS6A 1LG6A 2NNGA 3IBIA 3IEOA 1CA2A 2CBAA 1I91A 5JGSB 1UGBA 5EIJA 2FOSA 3OYQA 1G4JA 3N0NA 4M2WA 1EOUA 1ZFQA 3T5ZA 4E3HA 3B4FA 3T84A 2CABA 1G48A 3OYSA 6CA2A 5CA2A 3NJ9A 1ZH9A 4COQA 4UOVA 3M2YA 1H9NA 4ITPA 3RZ0B 4WR7A 1FLJA 1I9OA 1CNIA 4KAPA 4KP5A 1CRAA 2CBEA 3OILA 1BN4A 2NN7A 3MNHA 3IAIA 4Q6EA 5EH5A 4Z1KA 3DVBA 4QJMA 2NNOA 1RZBA 5FNKA 5FNIA 1BNWA 1AVNA 5J8ZA 3MDZA 1TEQX 4FVOA 5DSJA 2Q1QA 4GL1X 5DSOA 2NWYA 3F4XA 4YWPA 3HKUA 2EU3A 5BRWA 1ZSBA 2W2JA 4Q7VA 1ZGFA 3S77B 4ZWYA 1V9EA 1CAZA 4QK2A 1I9MA 4ZWIA 3MHOA 5AMDA 5SZ5A 1CCUA 1OQ5A 2HNCA 3JXHC 2Q38A 2HOCA 5DVXA 4MLXA 1BNNA 4Q8YA 5C8IA 1LG5A 4QK3A 2QO8A 4YYTA 1G0FA 4QIZA 5JEGB 4YGKA 4Q78A 1BN3A 3RLDA 1TBTX 3P44A 5SZ2A 3S8XA 4Q90A 3U7CA 2FOUA 1RJ5A 3M1JA 4WW6A 3K2FA 1RAYA 1G54A 3CAJA 3SBIA 5EHWA 3MNUA 4KNIA 3T5UA 4KV0A 1BICA 1G3ZA 2WEJA 3DD0A 3VBDA 1T9NA 3OKUA 4Q81A 2VVBX 3KOKA 3M40A 4DZ7A 1DCAA 3UYQA 2VVAX 4E3FA 4RUYA 1CNKA 3FE4A 4KUVA 4K0SA 1CNCA 1DMXA 4YHAA 1RZCA 1FQLA 1THKA 1CVDA 4Y0JA 1CRMA 4E3DA 4Q83A 5E5RA 1CALA 5E2KA 5DSQA 4PQ7A 1IF7A 5FNMA 1CILA 5BRUA 9CA2A 4RIUA 1LGDA 1G4OA 4L5UA 2H4NA 1CAIA 3M67A 2ABEA 3U45X 3OIKA 4HBAA 4Q09A 1FQMA 1BNQA 1RZDA 1YO1A 5DRSA 1CAYA 3DCWA 1RZEA 1FSQA 3D93A 4RUXA 5FDIA 3SAXA 4Q07A 1UGFA 3TVOX 5BNLA 5JDVB 3GZ0A 1H4NA 3NB5A 4IDRX 4R5BA 3V3FA 5E2RA 1Z9YA 4PZHA 5JG3B 3DCSA 5G01A 4CACA 1FSRA 3V3JA 2NXTA 3M2NA 3U47A 2WEGA 5FL4A 3HFPA 5G0CA 3PJJA 4G7AA 3BL0A 4Q9YA 4Q0LA 1XEGA 1TTMA 1JCZA 1CNJA 3R16A 5A25A 3L14A 4K1QA 2IT4A 4RN4A 1CNHA 1IF5A 1Z97A 5FLQA 4R5AA 1HUGA 3S72B 3SBHA 3MWOA 1CVHA 5DSNA 4WW8A 5SZ6A 4YXOA 4XZ5A 3S74B 1G53A 1CAJA 3DVDA 3M1WA 1KEQA 4CNRA 3KKXA 5JQ0A 4JSSA 3R17B 3BL1A 3KNEA 1G1DA 2HL4A 4Q06A 4Z1JA 4E4AA 3RZ1B 1CNYA 3MYQA 3P4VA 1KWQA 3KLDB 1BV3A 3M14A 7CA2A 2ZNCA 4KNNA 1CVCA 3D92A 4FU5A 5AMLA 4Q99A 5DSMA 2NWOA 1I9PA 3FW3A 2GEHA 4L5WA 4LHIA 4M2UA 3C7PA 3DC3A 4HEYA 5EZTX 1RAZA 4WUQA 5DSIA 1YDAA 4Q7WA 1JD0A 4QTLA 1ZFKA 4QJXA 4ITOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F14 A;  1CCS A;  4FPT A;  3M1Q A;  4QEF A;  5SZ0 A;  3N4B A;  4LU3 A;  1HUH A;  1TG3 A;  5JGT B;  3D8W A;  4Z1N A;  3PYK A;  1ZSC A;  1J9W A;  2HFW A;  4Q08 A;  4K0Z A;  5FNL A;  1ZE8 A;  4N0X B;  5E2S A;  4G0C A;  4QK1 A;  2EZ7 A;  1V9I C;  1AZM A;  5FNH A;  4XIX A;  5SZ3 A;  1CVA A;  1FR7 A;  3RG4 A;  3RYY A;  4QIY A;  5CJF A;  2NWP A;  4E3G A;  5AMG A;  2O4Z A;  1HED A;  3V3I B;  4JSA A;  1IF6 A;  4R59 A;  3KIG A;  3W6H A;  1CAH A;  4ILX A;  4Q6D A;  4MO8 A;  3P5A A;  4FRC A;  4ZAO A;  1XQ0 A;  3P55 A;  2GD8 A;  4CNW A;  3M2Z A;  1HVA A;  4K0T A;  4JSW A;  4X5S A;  5FLO A;  4Z1E A;  3MHC A;  4LP6 A;  5DSR A;  3U3A X;  3BET A;  1MUA A;  1A42 A;  3MNJ A;  4KNM A;  5FLP A;  1FQN A;  2CBC A;  3V2J A;  3S71 B;  4YXU A;  1CA3 A;  1CZM A;  1HCA A;  2FOV A;  3DD8 A;  2FNK A;  4PYY A;  3HS4 A;  3MNA A;  1ZGE A;  4Q8X A;  3HKQ A;  1G45 A;  2CA2 A;  1ZSA A;  5EKJ A;  3RYZ A;  1RJ6 A;  2X7U A;  5SZ7 A;  5FNJ A;  2FMZ A;  3P5L A;  3DCC A;  5JEP B;  2X7S A;  5FLR A;  4RFC A;  5JEH B;  5DOH A;  1UGD A;  5FL5 A;  3F7B A;  4E49 A;  1G6V A;  3D0N A;  5EHV A;  3FFP X;  3RYV B;  1CIM A;  1IF9 A;  4N16 A;  4WUP A;  2EU2 A;  4M2R A;  3P58 A;  3V7X A;  1TE3 X;  3OKV A;  4Q87 A;  4ZX1 A;  3DV7 A;  1BN1 A;  4PYX A;  5E28 A;  2POU A;  4KNJ A;  4QSA A;  3W6I A;  3TMJ A;  1TEU X;  3DVC A;  4FIK A;  4Q8Z A;  1Y7W A;  1JV0 A;  3RGE A;  3S97 A;  4KUW A;  4HF3 A;  2Q1B A;  4L5V A;  3K34 A;  1AM6 A;  1FR4 A;  1TB0 X;  3F8E A;  2OSM A;  5JQT A;  1I9N A;  2H15 A;  4XFW A;  1UGC A;  3MZC A;  1FQR A;  5CAC A;  3V3G B;  5E5U A;  3ML2 A;  3HKT A;  1CAO A;  2FOY A;  3M2X A;  5FDC A;  3ZP9 A;  1OKL A;  5E2N A;  5FL6 A;  2NXS A;  3M96 A;  4MDM A;  1YO0 A;  4YGN A;  5EH8 A;  4YGF A;  3LXE A;  3M3X A;  3N2P A;  4RIV A;  3HKN A;  1DCB A;  4WL4 A;  4QSB A;  1CNB A;  5L3O A;  3V2M A;  1CVF A;  3JXF A;  1H9Q A;  2FOQ A;  2NNV A;  3KOI A;  5IPZ A;  4XE1 A;  1G0E A;  2OSF A;  3IBU A;  1G46 A;  3P3J A;  4MDG A;  1CNW A;  1DMY A;  2CBD A;  2WD3 A;  5CLU A;  4K13 A;  5FLT A;  2CBB A;  2AX2 A;  5DSL A;  4BCW A;  5BYI A;  3S9T A;  5HPJ A;  4KP8 A;  4JSZ A;  3M5E A;  3M1K A;  1CNX A;  1BCD A;  2WEH A;  4DZ9 A;  4YVY A;  3EFI A;  1KWR A;  4QJP A;  5EOI A;  3P3H A;  5DSP A;  4Q7S A;  4CNV A;  4HEZ A;  4QSI A;  4QY3 A;  4IWZ A;  1XPZ A;  2POW A;  4Q7P A;  4C3T A;  4CQ0 A;  1TH9 A;  1YDB A;  5G03 A;  4ETQ C;  5SZ4 A;  2AW1 A;  3T82 A;  3SAP A;  1UGG A;  2NMX A;  3S75 B;  2NN1 A;  3D9Z A;  4FVN A;  5FLS A;  2POV A;  4ZWX A;  4HU1 A;  4MTY A;  1CNG A;  1BNU A;  1FSN A;  3S78 B;  4CNX A;  3RZ7 A;  4KUY A;  3V5G A;  1BNV A;  3M5T A;  1I9L A;  4Z0Q A;  1F2W A;  4ZX0 A;  5EH7 A;  4YX4 A;  1OKM A;  1I90 A;  2NNS A;  5SZ1 A;  3T83 A;  2QP6 A;  5FNG A;  2HKK A;  4YXI A;  4QJW A;  3QYK A;  4QJO A;  4YGJ A;  1IF8 A;  2X7T A;  5JES B;  3MHL A;  2NWZ A;  1YDC A;  3IBL A;  1YO2 A;  3DBU A;  1I9Q A;  3N3J A;  5G0B A;  2ILI A;  5A6H A;  4RUZ A;  3MHM A;  3OIM A;  4E9O X;  5EKH A;  3UYN A;  1CAN A;  1XEV A;  3K7K A;  4MDL A;  3RYJ B;  1ZNC A;  3NI5 A;  3S73 B;  1BNT A;  3CA2 A;  4HT0 A;  3DC9 A;  1BZM A;  3MNI A;  3IBN A;  4BF6 A;  4ZWZ A; 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5E2SA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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