5EHE | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__065892018636193__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__065892018636193__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5ehe/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__065892018636193__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"065892018636193","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5ehe/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__065892018636193__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d010284c144c5f42543788a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d010284c144c5f42543788a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d010284c144c5f42543788a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d010284c144c5f42543788a/pdb.gz): 2668 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 37 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Intrinsic Thermodynamics and Structures of 2,4- and 3,4-Substituted Fluorinated Benzenesulfonamides Binding to Carbonic Anhydrases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-10-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5eheA00

3R17B 4R5AA 4G7AA 1Z9YA 1UGBA 3SBIA 4ITPA 4Q7SA 3S76A 1CAHA 4QJWA 5E5RA 2X7TA 1TE3X 1BNMA 3DCWA 3V3FA 4Y0JA 3HFPA 3M98A 3HLJA 3QYKA 4PYYA 3JXFA 1CNKA 2Q1BA 3SAXA 4E3DA 3DD0A 3R16A 4Q83A 2ABEA 4ZWZA 4Q90A 2IT4A 4QJMA 4Z1KA 4HT0A 1CAJA 1CVDA 1JD0A 4QIZA 2WD2A 1RAYA 1CNGA 1TEUX 4N16A 4PXXA 4QEFA 2HNCA 4Q9YA 5JGTB 3DCCA 3KONA 2VVBX 4Z0QA 4QSJA 1CCTA 1FQRA 5G0CA 1BV3A 5EKHA 1CRMA 3D0NA 3HKNA 1FR4A 2CABA 5EKJA 4RIVA 3TVNX 5EIJA 4Q99A 1KWQA 1JCZA 1HUGA 5G0BA 1I9PA 4WL4A 1EOUA 4CNVA 1CANA 2FW4A 1YDAA 4DZ9A 4QJPA 4CNXA 3MHCA 2FOYA 3P5AA 3S74B 4JSAA 3M1QA 5JEGB 3S72B 3MNHA 2CBBA 4QIYA 5SZ3A 3M5TA 3S71B 3RZ0B 4Z1NA 4X5SA 3M1JA 3W6IA 3SBHA 5DOHA 1Z93A 2EU3A 1TEQX 1CAKA 1V9EA 5E2MA 3IBUA 2VVAX 4YGFA 2H4NA 1CAOA 1ZNCA 5A6HA 1ZH9A 4WUPA 3V3JA 3OIMA 4MDMA 1BZMA 3HKQA 1BNWA 5CA2A 3DBUA 1I9OA 2NNSA 3M96A 4QK1A 1FSRA 1BICA 4E9OX 5BNLA 3ML5A 5DVXA 2POUA 3V3HB 3CZVA 1CAYA 1G3ZA 3RGEA 1JV0A 1OKMA 4QJ0A 5JEPB 2W2JA 1AZMA 3MZCA 2CBEA 3PJJA 3CYUA 2CA2A 4UOVA 3NJ9A 5E2SA 5FLRA 3S78B 5JESB 5JQTA 1KWRA 4Q49A 2FOVA 5A25A 3T84A 3DD8A 3FW3A 4FIKA 1I9LA 1HCBA 1OKLA 5LMDA 5SZ4A 1V9IC 3ZP9A 1ZSCA 4M2UA 1CNYA 1LG6A 3OILA 1ZFQA 3P44A 2OSFA 3OYSA 3P58A 1H4NA 2NWPA 1BCDA 5EH7A 2FNKA 1YO1A 5EH5A 1IF5A 1CAZA 3DCSA 4L5VA 4R59A 4Q6DA 4Z1EA 1RZCA 4MO8A 3IBIA 4MDLA 3RYJB 2WEOA 4HF3A 1DMYA 1CNBA 3DAZA 3HS4A 3S97A 4QSIA 2NWYA 3M2XA 4COQA 5HPJA 4Z1JA 3FE4A 1FQMA 1CCUA 1KEQA 3RJ7A 3V2JA 2FMZA 2ZNCA 1CVEA 3M5EA 1CVBA 1BN1A 1HEAA 3KWAA 4TWLA 3Q31A 3K7KA 1CAIA 1CA3A 5DSNA 4ZWIA 4GL1X 1FLJA 4FPTA 3MMFA 5SZ2A 4KP8A 5G03A 3M14A 4IDRX 4LP6A 2HOCA 3HKUA 2GD8A 3KLDB 4RFDA 4XIXA 5DSIA 1CALA 1CNIA 4C3TA 5L3OA 3MNAA 3KNEA 4ZX1A 3OYQA 1G45A 3RLDA 3JXHC 5BYIA 2POVA 4Q8YA 2WEHA 2AW1A 4ILXA 1TBTX 4CNWA 3RZ1B 1UGAA 1YDDA 1FQNA 3P55A 4YXOA 4RUYA 1KOQA 1RZEA 1H9NA 2Q38A 3DC3A 5BRVA 1AM6A 1HEBA 1G52A 3F8EA 5E2KA 4KV0A 1IF9A 3OKVA 4QY3A 1MOOA 1G53A 3TVOX 1BN3A 4ZWXA 3KS3A 3RZ5A 3IEOA 4RUXA 3ZNCA 3VBDA 1UGGA 2NWOA 2WEGA 3DVBA 1XEVA 1Z97A 3DV7A 2POWA 5DSKA 1BNUA 1ZE8A 5JDVB 2FNNA 4DZ7A 3T5ZA 3T5UA 4XE1A 5JGSB 2CBCA 3SAPA 4Q78A 5E2RA 2QP6A 3M67A 3C7PA 4E3FA 5G01A 3MNUA 3IBLA 5FLTA 5EH8A 3U47A 4YGNA 4JSZA 1DCBA 2NNOA 1TTMA 1UGCA 4KUWA 3U45X 4K0SA 3KOKA 3V2MA 1G1DA 3V5GA 3S73B 4XZ5A 2GEHA 5DSRA 3MWOA 4YYTA 3IGPA 4E49A 4JSSA 1UGFA 5FDIA 3B4FA 1BNNA 1LZVA 4RIUA 1HCAA 2NNGA 1CNHA 1AVNA 1H9QA 3N4BA 4QTLA 4Q09A 4QK2A 2FOSA 4N0XB 5FDCA 3RZ8A 1CA2A 4BF6A 4CNRA 5CACA 4HU1A 1Y7WA 5BRUA 1RZAA 1CIMA 3K2FA 1RJ5A 1CNCA 4HT2A 2HKKA 4KNIA 5DSOA 4WUQA 3KKXA 5FLPA 4Q06A 3MNIA 1YDCA 4RUZA 2QOAA 4QK3A 2QO8A 1CNJA 1THKA 5EKMA 4Q8XA 3RG4A 1TB0X 4CA2A 4ZWYA 3D8WA 1I90A 5CJFA 2HFWA 3MDZA 3D9ZA 4KNNA 5FL5A 3PYKA 2WEJA 3U7CA 2H15A 3IBNA 4M2RA 1A42A 4HEZA 4PYXA 3U3AX 3P3JA 1CVAA 5DSLA 5SZ6A 12CAA 3OIKA 3K34A 5E28A 3RYVB 8CA2A 1I9QA 5FNMA 2NN7A 5DSMA 3RYZA 1F2WA 3BL0A 3IAIA 3KOIA 3N3JA 4JS6A 4TWMA 4YVYA 3MHIA 1CRAA 3RZ7A 1G4OA 2CBAA 4KAPA 4ZAOA 4Q87A 5AMGA 1G54A 5CLUA 3OKUA 3M2ZA 3M5SA 5SZ1A 5BRWA 4ZX0A 3OY0A 5DSQA 4E3GA 1CVCA 1FQLA 4HBAA 1DMXA 1G48A 4Q7VA 2O4ZA 3N2PA 1HECA 4FRCA 1CAMA 3DC9A 3MHOA 4KNJA 4G0CA 4QSBA 1OKNA 4R5BA 1RZDA 2X7SA 1CNWA 3S9TA 4YXUA 4YGKA 1LUGA 5DSPA 3CA2A 4E5QA 4MLXA 1UGEA 4LHIA 4Q08A 1MUAA 3PO6A 1YO0A 2FOUA 3UYQA 5JQ0A 1IF7A 5DOGA 3S77B 1LG5A 1XPZA 3V3IB 5FNIA 1KOPA 2X7UA 3P5LA 1TG9A 6CA2A 3N0NA 4K13A 5JEHB 2EU2A 4KUVA 1LGDA 5SZ5A 3RYYA 3JXGA 4YGLA 1I9NA 1CCSA 1TH9A 3T85A 4KUYA 1G4JA 5EHEA 1CZMA 4WW6A 3B1BA 3S8XA 3EFIA 4QJXA 1XQ0A 3M1WA 2OSMA 4FU5A 4Q07A 3MYQA 4KP5A 4YXIA 4Q7WA 5J8ZA 2AX2A 1IF4A 1XEGA 1TG3A 1ZSAA 2EZ7A 3DVDA 5FL6A 4K0ZA 1IF8A 2FMGA 5IPZA 1ZGEA 3T83A 5SZ0A 3F7UA 4MDGA 5FL4A 1IF6A 1YO2A 1FSQA 5DSJA 3NI5A 4BF1A 2FOQA 2HL4A 1ZSBA 4HEWA 3P4VA 4CACA 3KIGA 3M3XA 2F14A 4Q8ZA 3HKTA 5FLOA 2NXTA 2NXSA 3LXEA 3NB5A 5FNGA 1I9MA 3D93A 5FNKA 4IWZA 1BN4A 1I8ZA 5E5UA 3GZ0A 4CQ0A 2NNVA 1BNTA 3ML2A 3MNKA 3CAJA 1FR7A 2CBDA 5EHWA 4QSAA 1HUHA 4ETQC 1CINA 1RAZA 5FNJA 5EZTX 1G0FA 1CILA 1CVHA 4FVOA 1T9NA 4M2VA 2Q1QA 4M2WA 4RN4A 1UGDA 7CA2A 4PQ7A 5L6KA 5EHVA 1I91A 2HD6A 1CVFA 1HEDA 4K0TA 4PZHA 4RH2A 4ITOA 4KNMA 5C8IA 5JG5B 1DCAA 2NMXA 5JG3B 5SZ7A 1BNQA 3RYXB 5AMDA 3V3GB 4WR7A 4L5UA 4MTYA 3S75B 4JSWA 1OQ5A 4HEYA 2NWZA 4YWPA 2NXRA 3T82A 5EOIA 5FLQA 4Q0LA 1FSNA 3MHMA 3MNJA 3M1KA 4RFCA 1BNVA 4FVNA 4Q7PA 5E2NA 3EFTA 3F4XA 4L5WA 3F7BA 3M40A 4FL7A 2ILIA 4BCWA 4K1QA 5FNLA 3M2YA 3DVCA 3D92A 1ZFKA 2WD3A 4LU3A 4MLTA 4YX4A 1J9WA 1ZGFA 1G46A 3DA2A 3FFPX 9CA2A 3TMJA 3P3HA 4Q6EA 1G0EA 3M04A 3MHLA 4WW8A 4XFWA 5FLSA 5FNHA 3UYNA 4YHAA 2FNMA 5DRSA 1YDBA 2NN1A 1URTA 1RJ6A 5AMLA 4YGJA 4Q81A 3RG3A 1RZBA 3W6HA 3BL1A 4E3HA 1HVAA 3BETA 3V7XA 4QJOA 3M2NA 1CNXA 1G6VA 4E4AA 4XIWA 3L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R17 B;  4R5A A;  4G7A A;  1Z9Y A;  1UGB A;  3SBI A;  4ITP A;  4Q7S A;  3S76 A;  1CAH A;  4QJW A;  5E5R A;  2X7T A;  1TE3 X;  1BNM A;  3DCW A;  3V3F A;  4Y0J A;  3HFP A;  3M98 A;  3HLJ A;  3QYK A;  4PYY A;  3JXF A;  1CNK A;  2Q1B A;  3SAX A;  4E3D A;  3DD0 A;  3R16 A;  4Q83 A;  2ABE A;  4ZWZ A;  4Q90 A;  2IT4 A;  4QJM A;  4Z1K A;  4HT0 A;  1CAJ A;  1CVD A;  1JD0 A;  4QIZ A;  2WD2 A;  1RAY A;  1CNG A;  1TEU X;  4N16 A;  4PXX A;  4QEF A;  2HNC A;  4Q9Y A;  5JGT B;  3DCC A;  3KON A;  2VVB X;  4Z0Q A;  4QSJ A;  1CCT A;  1FQR A;  5G0C A;  1BV3 A;  5EKH A;  1CRM A;  3D0N A;  3HKN A;  1FR4 A;  2CAB A;  5EKJ A;  4RIV A;  3TVN X;  5EIJ A;  4Q99 A;  1KWQ A;  1JCZ A;  1HUG A;  5G0B A;  1I9P A;  4WL4 A;  1EOU A;  4CNV A;  1CAN A;  2FW4 A;  1YDA A;  4DZ9 A;  4QJP A;  4CNX A;  3MHC A;  2FOY A;  3P5A A;  3S74 B;  4JSA A;  3M1Q A;  5JEG B;  3S72 B;  3MNH A;  2CBB A;  4QIY A;  5SZ3 A;  3M5T A;  3S71 B;  3RZ0 B;  4Z1N A;  4X5S A;  3M1J A;  3W6I A;  3SBH A;  5DOH A;  1Z93 A;  2EU3 A;  1TEQ X;  1CAK A;  1V9E A;  5E2M A;  3IBU A;  2VVA X;  4YGF A;  2H4N A;  1CAO A;  1ZNC A;  5A6H A;  1ZH9 A;  4WUP A;  3V3J A;  3OIM A;  4MDM A;  1BZM A;  3HKQ A;  1BNW A;  5CA2 A;  3DBU A;  1I9O A;  2NNS A;  3M96 A;  4QK1 A;  1FSR A;  1BIC A;  4E9O X;  5BNL A;  3ML5 A;  5DVX A;  2POU A;  3V3H B;  3CZV A;  1CAY A;  1G3Z A;  3RGE A;  1JV0 A;  1OKM A;  4QJ0 A;  5JEP B;  2W2J A;  1AZM A;  3MZC A;  2CBE A;  3PJJ A;  3CYU A;  2CA2 A;  4UOV A;  3NJ9 A;  5E2S A;  5FLR A;  3S78 B;  5JES B;  5JQT A;  1KWR A;  4Q49 A;  2FOV A;  5A25 A;  3T84 A;  3DD8 A;  3FW3 A;  4FIK A;  1I9L A;  1HCB A;  1OKL A;  5LMD A;  5SZ4 A;  1V9I C;  3ZP9 A;  1ZSC A;  4M2U A;  1CNY A;  1LG6 A;  3OIL A;  1ZFQ A;  3P44 A;  2OSF A;  3OYS A;  3P58 A;  1H4N A;  2NWP A;  1BCD A;  5EH7 A;  2FNK A;  1YO1 A;  5EH5 A;  1IF5 A;  1CAZ A;  3DCS A;  4L5V A;  4R59 A;  4Q6D A;  4Z1E A;  1RZC A;  4MO8 A;  3IBI A;  4MDL A;  3RYJ B;  2WEO A;  4HF3 A;  1DMY A;  1CNB A;  3DAZ A;  3HS4 A;  3S97 A;  4QSI A;  2NWY A;  3M2X A;  4COQ A;  5HPJ A;  4Z1J A;  3FE4 A;  1FQM A;  1CCU A;  1KEQ A;  3RJ7 A;  3V2J A;  2FMZ A;  2ZNC A;  1CVE A;  3M5E A;  1CVB A;  1BN1 A;  1HEA A;  3KWA A;  4TWL A;  3Q31 A;  3K7K A;  1CAI A;  1CA3 A;  5DSN A;  4ZWI A;  4GL1 X;  1FLJ A;  4FPT A;  3MMF A;  5SZ2 A;  4KP8 A;  5G03 A;  3M14 A;  4IDR X;  4LP6 A;  2HOC A;  3HKU A;  2GD8 A;  3KLD B;  4RFD A;  4XIX A;  5DSI A;  1CAL A;  1CNI A;  4C3T A;  5L3O A;  3MNA A;  3KNE A;  4ZX1 A;  3OYQ A;  1G45 A;  3RLD A;  3JXH C;  5BYI A;  2POV A;  4Q8Y A;  2WEH A;  2AW1 A;  4ILX A;  1TBT X;  4CNW A;  3RZ1 B;  1UGA A;  1YDD A;  1FQN A;  3P55 A;  4YXO A;  4RUY A;  1KOQ A;  1RZE A;  1H9N A;  2Q38 A;  3DC3 A;  5BRV A;  1AM6 A;  1HEB A;  1G52 A;  3F8E A;  5E2K A;  4KV0 A;  1IF9 A;  3OKV A;  4QY3 A;  1MOO A;  1G53 A;  3TVO X;  1BN3 A;  4ZWX A;  3KS3 A;  3RZ5 A;  3IEO A;  4RUX A;  3ZNC A;  3VBD A;  1UGG A;  2NWO A;  2WEG A;  3DVB A;  1XEV A;  1Z97 A;  3DV7 A;  2POW A;  5DSK A;  1BNU A;  1ZE8 A;  5JDV B;  2FNN A;  4DZ7 A;  3T5Z A;  3T5U A;  4XE1 A;  5JGS B;  2CBC A;  3SAP A;  4Q78 A;  5E2R A;  2QP6 A;  3M67 A;  3C7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5EHEA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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