5EKJ | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__461570964580774__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__461570964580774__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5ekj/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__461570964580774__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"461570964580774","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5ekj/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__461570964580774__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01040a84c06aa91cdad858/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01040a84c06aa91cdad858/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01040a84c06aa91cdad858/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01040a84c06aa91cdad858/pdb.gz): 110 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Programming A Molecular Relay for Ultrasensitive Biodetection through (129) Xe NMR. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-11-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5ekjA00

5SZ4A 3UYQA 4QK1A 1G3ZA 4XZ5A 1CAKA 2HNCA 3NJ9A 3R17B 4ITPA 4Q7PA 5BRWA 2Q38A 5AMDA 4YGLA 3NB5A 3RZ7A 1CILA 3P4VA 4MDGA 1XEGA 3HKQA 3W6HA 3MNIA 5JG5B 3MNUA 1G0EA 3RGEA 3MDZA 4MLTA 3NI5A 12CAA 4QJ0A 1I90A 3M1WA 2NNSA 5L3OA 3V3FA 1AM6A 5FL4A 4LP6A 5A25A 3S97A 3M1JA 4G0CA 4C3TA 4Q7SA 3T84A 1RAYA 4YGFA 3S71B 4HEWA 1CVBA 2Q1BA 1HECA 5DSOA 1HEDA 1BNTA 3M67A 2NWOA 3IBUA 2WEOA 3OYSA 1H9QA 1T9NA 9CA2A 5LMDA 2NXRA 3KLDB 3VBDA 1IF5A 3DV7A 4YXUA 4XFWA 2EZ7A 3MNKA 2AW1A 5FDCA 1G54A 1UGFA 3EFTA 4WUQA 3IGPA 3RZ8A 5G01A 4RFCA 4XE1A 3HLJA 1ZSBA 3T83A 4KP8A 2GD8A 4Y0JA 3S72B 2HFWA 1I9NA 3PO6A 1JV0A 1CAYA 1RZCA 4UOVA 1YDCA 4YYTA 3KOKA 5JG3B 3F4XA 3IAIA 5DSQA 3P55A 3CAJA 3FFPX 4PQ7A 3MNHA 5FLQA 4CACA 3KONA 1CAZA 1OKMA 1YDDA 3MWOA 2H4NA 1UGAA 1YDBA 5DSIA 5DRSA 4MDMA 3DD8A 3TMJA 4KAPA 5EH5A 1CINA 3S78B 1KOQA 2X7TA 3D92A 4Q83A 1ZE8A 4R59A 5A6HA 5HPJA 2NNGA 4N0XB 5EKMA 5E28A 1CA3A 1CAMA 3SBIA 5FNLA 3RYZA 1OKLA 3DCWA 3M2ZA 3P5AA 3ZNCA 4E49A 3DC9A 5DSMA 1CNIA 4E3GA 4PXXA 1LG6A 4Q8YA 3MHIA 3S9TA 3MZCA 5SZ3A 2WD2A 4Q99A 4Q8ZA 1BNMA 1G46A 1Z97A 5JEPB 2QP6A 2F14A 5BRUA 1TE3X 1IF9A 4Q08A 4Q6EA 3M3XA 1JCZA 5E5RA 3M2XA 5JEGB 4E3HA 3QYKA 1FQNA 4LHIA 1I9QA 2FMGA 4JSSA 1TBTX 4ZWZA 4Z0QA 5BYIA 7CA2A 4WR7A 4HEYA 3M98A 3DVBA 1RJ5A 1FSRA 3LXEA 1RZEA 4DZ7A 3N2PA 3SAPA 2ABEA 3B1BA 4KP5A 3C7PA 4Q7VA 1G0FA 5BNLA 4CNVA 1CNYA 3T5UA 1MOOA 5EHWA 1XPZA 4M2RA 3OKVA 1CALA 4JS6A 3D9ZA 3MHOA 3RG3A 3PYKA 1A42A 1UGDA 1Y7WA 4Q81A 3HFPA 2POVA 5AMLA 3N4BA 1IF6A 3BETA 4K0ZA 3MHLA 3L14A 1CRMA 3OKUA 4Q09A 1J9WA 3M5SA 2CBDA 4R5AA 4YHAA 3HKNA 3KWAA 1G6VA 3S8XA 2Q1QA 4RUZA 1KWRA 4HF3A 3S75B 5FL6A 3U3AX 3ML5A 2HOCA 4HU1A 4YXIA 4DZ9A 1CVCA 1HUGA 3B4FA 4KNIA 4XIWA 1BNUA 2X7SA 3M14A 4Q78A 4Z1NA 1YO1A 3SAXA 4RFDA 1CAHA 2HKKA 3M5EA 3D0NA 1DCAA 1FQMA 4JSWA 5EH8A 1FQRA 3M1QA 2W2JA 4QK3A 3P58A 3M2YA 1RZBA 2NN1A 5FL5A 2EU2A 1I8ZA 4HEZA 3RYYA 4FRCA 5E2NA 3RG4A 3TVOX 1UGEA 3OILA 1BNVA 3UYNA 2WEJA 4ZWIA 2FOYA 1I9PA 3OYQA 5SZ6A 5C8IA 5JESB 1CIMA 4QSBA 4QEFA 2WD3A 3RJ7A 1LUGA 4QJOA 4IDRX 5JQ0A 4COQA 1LG5A 4X5SA 2FOSA 3HKUA 4JSAA 1YO2A 1OKNA 5DOGA 4K13A 3T82A 1ZH9A 1BICA 4QJWA 1G45A 3M5TA 5SZ2A 1CA2A 1FQLA 3MMFA 4RIUA 3K2FA 1TB0X 5IPZA 4WW6A 1CNXA 2WEHA 4ZAOA 1CAJA 2POWA 1CNHA 5BRVA 3V3JA 3RZ0B 4E3FA 1KWQA 4GL1X 4HT0A 5CA2A 4FIKA 3MNJA 1CAOA 4CNWA 4YWPA 1CNGA 1G52A 3DC3A 1UGBA 3D8WA 1I9MA 1TG9A 4CNRA 3F7UA 5EOIA 4IWZA 2GEHA 3MHMA 1FLJA 5FLTA 1Z9YA 2ZNCA 3DVDA 3DCSA 3N3JA 4KNNA 4WW8A 4Z1KA 3RZ5A 5JGSB 2FNKA 2NXTA 4KNJA 4QK2A 3IBIA 5CACA 2O4ZA 3PJJA 1BNQA 1CCTA 3JXFA 1RJ6A 4KNMA 1HEBA 4PYXA 5EKHA 3V2JA 1H4NA 5FDIA 4ZWXA 4K1QA 5E2MA 1CVEA 4Q07A 2FNMA 4MDLA 4ITOA 1HVAA 2FNNA 2VVBX 1Z93A 4QJMA 1FSNA 4L5WA 3S77B 4CQ0A 1FR4A 5FNJA 1HCAA 4Z1JA 1H9NA 3FW3A 5SZ5A 1IF7A 1BNWA 1I9LA 1YDAA 5EH7A 2HD6A 1CZMA 3W6IA 3V5GA 1BN1A 3V3GB 4M2VA 4QIYA 5FNGA 5JEHB 3M96A 1THKA 3ML2A 4N16A 5E2SA 4MLXA 4QSIA 4QTLA 3T5ZA 3S74B 4Q0LA 1IF8A 1LGDA 3U45X 4CA2A 4FVNA 2NWYA 3K34A 4FPTA 4ZWYA 4Q8XA 5EKJA 4YGKA 2NXSA 3U47A 3K7KA 1G4OA 4G7AA 5G03A 2AX2A 2NWZA 5DSLA 4HT2A 4PYYA 5E5UA 1ZGFA 1FR7A 5JQTA 1ZNCA 1BNNA 1I9OA 4XIXA 1HCBA 4ILXA 5FLRA 3RLDA 1G48A 5DSKA 3CA2A 4K0TA 3DBUA 2FOQA 1OQ5A 1F2WA 4YGNA 3CYUA 1CVFA 3M2NA 2NN7A 4BF1A 1ZSAA 2CBEA 4HBAA 4KUVA 4L5VA 3EFIA 5JDVB 4ZX0A 4E4AA 4TWMA 1G4JA 4QIZA 2FOUA 2NNOA 4RUXA 1CCSA 1UGCA 1BZMA 1XEVA 2QO8A 2IT4A 3ZP9A 1HUHA 5DOHA 4PZHA 5E2KA 1V9IC 1CNWA 4M2UA 5SZ1A 3RYJB 5L6KA 3V3HB 4WL4A 5FLSA 3FE4A 3V3IB 2CABA 4KV0A 1EOUA 3P3JA 5FNKA 4Q9YA 4Z1EA 1BN4A 5FNHA 1IF4A 2HL4A 1CVDA 1MUAA 3DVCA 1RAZA 3Q31A 4Q6DA 5EHEA 4ETQC 2X7UA 4LU3A 4Q87A 2FOVA 8CA2A 1CNCA 1XQ0A 1CVAA 1KOPA 6CA2A 3CZVA 4YVYA 3N0NA 1TH9A 4RIVA 4MO8A 5E2RA 1UGGA 5DSJA 3OY0A 3HS4A 2NMXA 3OIMA 2CBAA 5EZTX 2VVAX 3P5LA 4YX4A 4FL7A 3RZ1B 3F8EA 3V7XA 4RN4A 1CAIA 1AVNA 4RUYA 1RZDA 4K0SA 4R5BA 1CCUA 2NWPA 4E5QA 5DSRA 1BV3A 2WEGA 1TG3A 5AMGA 5FLPA 1CNJA 3RYVB 4QSAA 1JD0A 3D93A 3OIKA 3DA2A 2ILIA 3M1KA 2CBBA 4QSJA 2OSMA 4KUWA 1AZMA 4FU5A 3KKXA 4L5UA 4TWLA 5SZ7A 3BL0A 3MNAA 5SZ0A 1BCDA 1BN3A 4FVOA 4Q7WA 3S76A 1FSQA 3DCCA 3T85A 2NNVA 4QJPA 2EU3A 2CBCA 1I91A 4KUYA 4YGJA 4BCWA 1ZFQA 1CVHA 1DMXA 4CNXA 4E3DA 1G53A 4WUPA 1HEAA 3RYXB 3V2MA 4MTYA 1DCBA 1TTMA 4Q49A 1TEQX 1ZGEA 5DSNA 3KNEA 3U7CA 3S73B 3F7BA 2H15A 2FMZA 3MYQA 1CNBA 4QJXA 2OSFA 4QY3A 2FW4A 3P3HA 5CLUA 1G1DA 3HKTA 1CRAA 2QOAA 3JXHC 3R16A 5G0CA 5JGTB 3IBNA 5CJFA 5DSPA 3DD0A 1DMYA 4ZX1A 1URTA 3IBLA 5DVXA 3M04A 3P44A 4E9OX 1YO0A 2CA2A 1RZAA 3KIGA 4Q06A 1CANA 5FNIA 4JSZA 3KOIA 3JXGA 1KEQA 4BF6A 1ZFKA 3IEOA 3M40A 1LZVA 3TVNX 3MHCA 5EIJA 3DAZA 1V9EA 3SBHA 3GZ0A 4RH2A 1TEUX 2POUA 3BL1A 4M2WA 1ZSCA 5FNMA 5G0BA 4YXOA 1CNKA 5FLOA 5J8ZA 5EHVA 4Q90A 3KS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SZ4 A;  3UYQ A;  4QK1 A;  1G3Z A;  4XZ5 A;  1CAK A;  2HNC A;  3NJ9 A;  3R17 B;  4ITP A;  4Q7P A;  5BRW A;  2Q38 A;  5AMD A;  4YGL A;  3NB5 A;  3RZ7 A;  1CIL A;  3P4V A;  4MDG A;  1XEG A;  3HKQ A;  3W6H A;  3MNI A;  5JG5 B;  3MNU A;  1G0E A;  3RGE A;  3MDZ A;  4MLT A;  3NI5 A;  12CA A;  4QJ0 A;  1I90 A;  3M1W A;  2NNS A;  5L3O A;  3V3F A;  1AM6 A;  5FL4 A;  4LP6 A;  5A25 A;  3S97 A;  3M1J A;  4G0C A;  4C3T A;  4Q7S A;  3T84 A;  1RAY A;  4YGF A;  3S71 B;  4HEW A;  1CVB A;  2Q1B A;  1HEC A;  5DSO A;  1HED A;  1BNT A;  3M67 A;  2NWO A;  3IBU A;  2WEO A;  3OYS A;  1H9Q A;  1T9N A;  9CA2 A;  5LMD A;  2NXR A;  3KLD B;  3VBD A;  1IF5 A;  3DV7 A;  4YXU A;  4XFW A;  2EZ7 A;  3MNK A;  2AW1 A;  5FDC A;  1G54 A;  1UGF A;  3EFT A;  4WUQ A;  3IGP A;  3RZ8 A;  5G01 A;  4RFC A;  4XE1 A;  3HLJ A;  1ZSB A;  3T83 A;  4KP8 A;  2GD8 A;  4Y0J A;  3S72 B;  2HFW A;  1I9N A;  3PO6 A;  1JV0 A;  1CAY A;  1RZC A;  4UOV A;  1YDC A;  4YYT A;  3KOK A;  5JG3 B;  3F4X A;  3IAI A;  5DSQ A;  3P55 A;  3CAJ A;  3FFP X;  4PQ7 A;  3MNH A;  5FLQ A;  4CAC A;  3KON A;  1CAZ A;  1OKM A;  1YDD A;  3MWO A;  2H4N A;  1UGA A;  1YDB A;  5DSI A;  5DRS A;  4MDM A;  3DD8 A;  3TMJ A;  4KAP A;  5EH5 A;  1CIN A;  3S78 B;  1KOQ A;  2X7T A;  3D92 A;  4Q83 A;  1ZE8 A;  4R59 A;  5A6H A;  5HPJ A;  2NNG A;  4N0X B;  5EKM A;  5E28 A;  1CA3 A;  1CAM A;  3SBI A;  5FNL A;  3RYZ A;  1OKL A;  3DCW A;  3M2Z A;  3P5A A;  3ZNC A;  4E49 A;  3DC9 A;  5DSM A;  1CNI A;  4E3G A;  4PXX A;  1LG6 A;  4Q8Y A;  3MHI A;  3S9T A;  3MZC A;  5SZ3 A;  2WD2 A;  4Q99 A;  4Q8Z A;  1BNM A;  1G46 A;  1Z97 A;  5JEP B;  2QP6 A;  2F14 A;  5BRU A;  1TE3 X;  1IF9 A;  4Q08 A;  4Q6E A;  3M3X A;  1JCZ A;  5E5R A;  3M2X A;  5JEG B;  4E3H A;  3QYK A;  1FQN A;  4LHI A;  1I9Q A;  2FMG A;  4JSS A;  1TBT X;  4ZWZ A;  4Z0Q A;  5BYI A;  7CA2 A;  4WR7 A;  4HEY A;  3M98 A;  3DVB A;  1RJ5 A;  1FSR A;  3LXE A;  1RZE A;  4DZ7 A;  3N2P A;  3SAP A;  2ABE A;  3B1B A;  4KP5 A;  3C7P A;  4Q7V A;  1G0F A;  5BNL A;  4CNV A;  1CNY A;  3T5U A;  1MOO A;  5EHW A;  1XPZ A;  4M2R A;  3OKV A;  1CAL A;  4JS6 A;  3D9Z A;  3MHO A;  3RG3 A;  3PYK A;  1A42 A;  1UGD A;  1Y7W A;  4Q81 A;  3HFP A;  2POV A;  5AML A;  3N4B A;  1IF6 A;  3BET A;  4K0Z A;  3MHL A;  3L14 A;  1CRM A;  3OKU A;  4Q09 A;  1J9W A;  3M5S A;  2CBD A;  4R5A A;  4YHA A;  3HKN A;  3KWA A;  1G6V A;  3S8X A;  2Q1Q A;  4RUZ A;  1KWR A;  4HF3 A;  3S75 B;  5FL6 A;  3U3A X;  3ML5 A;  2HOC A;  4HU1 A;  4YXI A;  4DZ9 A;  1CVC A;  1HUG A;  3B4F A;  4KNI A;  4XIW A;  1BNU A;  2X7S A;  3M14 A;  4Q78 A;  4Z1N A;  1YO1 A;  3SAX A;  4RFD A;  1CAH A;  2HKK A;  3M5E A;  3D0N A;  1DCA A;  1FQM A;  4JSW A;  5EH8 A;  1FQR A;  3M1Q A;  2W2J A;  4QK3 A;  3P58 A;  3M2Y A;  1RZB A;  2NN1 A;  5FL5 A;  2EU2 A;  1I8Z A;  4HEZ A;  3RYY A;  4FRC A;  5E2N A;  3RG4 A;  3TVO X;  1UGE A;  3OIL A;  1BNV A;  3UYN A;  2WEJ A;  4ZWI A;  2FOY A;  1I9P A;  3OYQ A;  5SZ6 A;  5C8I A;  5JES B;  1CIM A;  4QSB A;  4QEF A;  2WD3 A;  3RJ7 A;  1LUG A;  4QJO A;  4IDR X;  5JQ0 A;  4COQ A;  1LG5 A;  4X5S A;  2FOS A;  3HKU A;  4JSA A;  1YO2 A;  1OKN A;  5DOG A;  4K13 A;  3T82 A; 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5EKJA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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