5EOI | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__957265166938942__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__957265166938942__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5eoi/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__957265166938942__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"957265166938942","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5eoi/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__957265166938942__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Crystal structure of copper bound human Carbonic anhydrase II rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-11-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5eoiA00

3OKUA 4K1QA 1JV0A 1Z93A 4QJPA 3M5TA 2POUA 1CVEA 2NWOA 1CAJA 3MNUA 4C3TA 3FFPX 3OIMA 1BNNA 4LP6A 3D9ZA 1KOQA 1F2WA 3W6HA 3S77B 1H9NA 1CAYA 1RJ5A 1CCTA 3D8WA 2QP6A 4BCWA 4HEWA 5FLSA 4Q81A 4RN4A 3PO6A 4QEFA 1G4JA 1CAOA 4HT0A 4ITPA 1ZE8A 3N0NA 5FNKA 4TWMA 1I9LA 3K7KA 1OKNA 1V9IC 2O4ZA 3Q31A 4R5AA 3JXHC 3MHMA 2FOYA 3DVDA 5EKMA 3V5GA 4Q7PA 4HT2A 5JG5B 3RG4A 3KOKA 1BV3A 2HL4A 1EOUA 3MHLA 5EOIA 3SBIA 3V3JA 2EU3A 4IWZA 5JG3B 3M1JA 5SZ6A 3RZ5A 1RZEA 1DMYA 2NWZA 4G0CA 4Q8YA 3N2PA 4RFCA 4XE1A 1BZMA 4KUYA 1CNWA 4YGKA 1HUGA 1YO0A 4MDLA 2F14A 3KIGA 2AX2A 3DC9A 3S76A 4G7AA 5JGSB 5BRVA 3M5EA 2Q1BA 1G52A 3NB5A 3IAIA 3F4XA 1RZCA 2CBAA 4L5WA 4Y0JA 1CAZA 5DVXA 4BF6A 4WL4A 1I9MA 1OKMA 5SZ2A 4YHAA 4HEYA 1I9OA 4Q87A 3MMFA 2QOAA 4KNMA 4MLTA 2NNVA 5CA2A 1AVNA 3BL0A 1I9QA 1LG6A 4Q7SA 5DOGA 4Q6EA 4Q49A 3U47A 4XIXA 5DSIA 1TB0X 1CVCA 8CA2A 4Q99A 3F8EA 3KONA 2X7TA 1CA3A 3MWOA 4Q9YA 3UYQA 1YDCA 5CJFA 4QK2A 1I9PA 5E28A 1IF9A 1FSQA 5DSRA 1BNWA 1CCSA 5L6KA 4E3HA 4ZX0A 1BICA 1UGFA 4HU1A 3HLJA 3DVCA 1CNCA 1CVFA 1OKLA 3OKVA 5AMDA 1TH9A 1CNHA 2FNMA 3M3XA 4QIYA 1AZMA 4KAPA 3RZ0B 5FL6A 2AW1A 4RUXA 4YWPA 1G53A 1XEGA 1FR7A 3DCWA 4JSWA 1H4NA 2W2JA 2GD8A 5E5RA 3MNIA 5FNIA 1FSRA 5EH8A 5G03A 2HFWA 1CALA 1JD0A 3SAXA 3P3JA 4M2VA 5E2KA 3MNAA 1G48A 3JXFA 3MHIA 1CNXA 1FR4A 1G6VA 5DOHA 1UGEA 4ITOA 4R5BA 2H15A 4ZWXA 1IF8A 7CA2A 5FLRA 1DCAA 3N4BA 1TEUX 3OY0A 3RYYA 3RZ8A 3PJJA 3R17B 3S72B 5SZ3A 3HKTA 1XPZA 4XZ5A 4DZ9A 5J8ZA 1FLJA 4CA2A 1HEDA 5EKHA 4PZHA 4LHIA 3RLDA 1LZVA 4QJMA 4QSAA 4E3FA 1TBTX 2NNGA 4Z1JA 2FOVA 2Q1QA 4Z1KA 2HOCA 3FE4A 5EKJA 2CABA 5JEHB 1CINA 3OILA 4YGFA 3P58A 5DSLA 1I91A 1ZFKA 5G0CA 5JEPB 1CIMA 1MUAA 3N3JA 2FOSA 1I8ZA 1DCBA 3R16A 4RUZA 1THKA 1YDAA 1CNJA 4JSSA 3KWAA 2WD2A 1BNVA 1J9WA 4PXXA 1TTMA 3L14A 3D0NA 4WW6A 5E5UA 3MDZA 4K13A 3OYSA 4RFDA 1CVHA 2FW4A 4CNVA 2NXTA 3BETA 1HCAA 3CAJA 1ZSBA 2OSMA 4ZWZA 1G54A 4X5SA 1TE3X 2HKKA 3MZCA 4KP5A 4KUWA 3KOIA 5FL4A 5HPJA 4XFWA 1RAYA 5DSNA 1UGBA 5BYIA 3CZVA 4HEZA 3MHOA 4QY3A 1CNKA 1FSNA 4TWLA 4E3DA 4E4AA 4YXIA 3SBHA 4ZX1A 1H9QA 3M1KA 4GL1X 2CBEA 3U7CA 5EHEA 4E49A 1UGDA 1CNGA 5E2RA 1RAZA 3V2JA 5BRUA 5FLTA 3DD0A 3IBIA 5A25A 5SZ4A 1G3ZA 3M1QA 3CYUA 2NXRA 3P5LA 4KNIA 3M98A 1CANA 4QSJA 3M96A 6CA2A 5JQTA 4FVNA 1CAHA 3KKXA 1BN1A 4QJXA 1TG9A 3HKNA 1ZSAA 5BRWA 1G4OA 1HEBA 1BNMA 1T9NA 3IBNA 4N0XB 1BN3A 2FNKA 4RUYA 4E3GA 4Q7WA 4N16A 4PYYA 5EHWA 5E2NA 1BNTA 4MDMA 1HVAA 2NN7A 2CA2A 2WEOA 4Q8ZA 3V3FA 4IDRX 4L5UA 5EHVA 5DSKA 5SZ7A 1CVBA 5A6HA 5BNLA 5C8IA 4CNWA 5DRSA 1CNIA 5FNJA 4Q90A 1LGDA 5G01A 5JEGB 4HBAA 4WUQA 5EZTX 3OYQA 4KNJA 5FLPA 3ZP9A 1ZSCA 3IGPA 3U45X 3T84A 3DCSA 4QJOA 3RYVB 3F7UA 3HS4A 3BL1A 3S75B 1CAIA 3P44A 2ILIA 5FL5A 4JSAA 3P55A 1ZH9A 3LXEA 3U3AX 4Q0LA 5CLUA 3EFTA 3V7XA 3FW3A 1BNUA 1UGGA 4FIKA 3RYJB 5DSQA 2VVAX 3NI5A 4Q09A 3KNEA 1HECA 4HF3A 5EIJA 4E9OX 4YGJA 1HEAA 3QYKA 1CRAA 4QK3A 4K0ZA 1IF4A 3P3HA 4KUVA 1KWQA 2POVA 3DBUA 5DSJA 4Q78A 3VBDA 1BCDA 3M04A 5FNHA 1FQNA 2HNCA 1ZFQA 1G0EA 1OQ5A 3TVNX 3CA2A 2FOQA 4PYXA 3V2MA 5G0BA 2NNSA 5JESB 2CBBA 3TMJA 3S9TA 1IF5A 1ZNCA 1Z9YA 2EZ7A 5FNGA 4YYTA 1YO2A 1KWRA 4Q83A 5FNMA 3V3GB 2WEHA 3S97A 4Q08A 3M2ZA 4RIVA 3RYXB 1JCZA 4YXUA 3RGEA 3S74B 2NN1A 4YGNA 3IEOA 3ML5A 1CA2A 5FNLA 4XIWA 1CAMA 3M40A 3UYNA 1FQLA 3ML2A 5FLQA 3MNHA 4KP8A 3DVBA 3HKQA 4QJWA 4QSBA 1MOOA 3C7PA 2GEHA 4Q7VA 9CA2A 4CQ0A 1RJ6A 4Q06A 1XQ0A 4MO8A 5FLOA 4Z1NA 4CNRA 3M14A 1RZBA 3RZ7A 2IT4A 3DC3A 1HUHA 1UGAA 4COQA 2WD3A 4MTYA 5LMDA 3K2FA 3W6IA 3V3HB 1UGCA 3MYQA 3M67A 3M1WA 4BF1A 2FMZA 5CACA 4QIZA 3SAPA 5L3OA 3OIKA 3JXGA 2CBCA 2VVBX 4WW8A 3S78B 3DD8A 1CVDA 1Z97A 1CNBA 5FDCA 4KNNA 1I9NA 4K0SA 1DMXA 2Q38A 1AM6A 4QSIA 4QK1A 4WUPA 3P4VA 4ZWIA 4Q07A 3M2YA 3HFPA 4QJ0A 2ZNCA 1A42A 4MDGA 2X7SA 5JDVB 3V3IB 3RZ1B 4KV0A 4WR7A 4YX4A 4FRCA 2POWA 1CAKA 1HCBA 3RJ7A 3T5ZA 5DSPA 2FNNA 5EH5A 4RIUA 3RYZA 3T85A 1RZAA 3DA2A 2ABEA 2NNOA 2NWPA 2NWYA 1CILA 3IBUA 1BN4A 3MNJA 1YDBA 4CNXA 3P5AA 4M2RA 4Q6DA 1ZGEA 3DV7A 4M2UA 1CVAA 1CNYA 1TEQX 3F7BA 4FVOA 3T83A 1KEQA 1XEVA 4ILXA 3S73B 4ZWYA 1G46A 1URTA 3TVOX 5SZ5A 2EU2A 5DSMA 3MNKA 4Z1EA 4CACA 1I90A 2WEGA 2OSFA 3M5SA 3DAZA 1V9EA 1TG3A 1CRMA 2HD6A 5SZ0A 4MLXA 1LG5A 2FMGA 4RH2A 3HKUA 4JS6A 4M2WA 3PYKA 4PQ7A 2NXSA 5E2SA 3RG3A 4LU3A 12CAA 3M2XA 3S71B 4R59A 4YVYA 3S8XA 1G0FA 5EH7A 3NJ9A 3DCCA 4FPTA 1CZMA 3K34A 3M2NA 4E5QA 5E2MA 1IF7A 3B1BA 4ZAOA 2CBDA 4QTLA 1YO1A 1LUGA 5IPZA 1IF6A 3GZ0A 3B4FA 3EFIA 3T5UA 4K0TA 5SZ1A 4DZ7A 2WEJA 2FOUA 5AMLA 5DSOA 1BNQA 1RZDA 3ZNCA 1CCUA 1G45A 2X7UA 4L5VA 5AMGA 4FU5A 4JSZA 4Z0QA 1YDDA 3KS3A 5FDIA 1KOPA 5JGTB 4FL7A 1ZGFA 1FQMA 3IBLA 3D92A 4Q8XA 2NMXA 1G1DA 2QO8A 5JQ0A 4YGLA 3T82A 1FQRA 3D93A 2H4NA 3KLDB 3MHCA 4UOVA 4ETQC 4YXOA 1Y7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OKU A;  4K1Q A;  1JV0 A;  1Z93 A;  4QJP A;  3M5T A;  2POU A;  1CVE A;  2NWO A;  1CAJ A;  3MNU A;  4C3T A;  3FFP X;  3OIM A;  1BNN A;  4LP6 A;  3D9Z A;  1KOQ A;  1F2W A;  3W6H A;  3S77 B;  1H9N A;  1CAY A;  1RJ5 A;  1CCT A;  3D8W A;  2QP6 A;  4BCW A;  4HEW A;  5FLS A;  4Q81 A;  4RN4 A;  3PO6 A;  4QEF A;  1G4J A;  1CAO A;  4HT0 A;  4ITP A;  1ZE8 A;  3N0N A;  5FNK A;  4TWM A;  1I9L A;  3K7K A;  1OKN A;  1V9I C;  2O4Z A;  3Q31 A;  4R5A A;  3JXH C;  3MHM A;  2FOY A;  3DVD A;  5EKM A;  3V5G A;  4Q7P A;  4HT2 A;  5JG5 B;  3RG4 A;  3KOK A;  1BV3 A;  2HL4 A;  1EOU A;  3MHL A;  5EOI A;  3SBI A;  3V3J A;  2EU3 A;  4IWZ A;  5JG3 B;  3M1J A;  5SZ6 A;  3RZ5 A;  1RZE A;  1DMY A;  2NWZ A;  4G0C A;  4Q8Y A;  3N2P A;  4RFC A;  4XE1 A;  1BZM A;  4KUY A;  1CNW A;  4YGK A;  1HUG A;  1YO0 A;  4MDL A;  2F14 A;  3KIG A;  2AX2 A;  3DC9 A;  3S76 A;  4G7A A;  5JGS B;  5BRV A;  3M5E A;  2Q1B A;  1G52 A;  3NB5 A;  3IAI A;  3F4X A;  1RZC A;  2CBA A;  4L5W A;  4Y0J A;  1CAZ A;  5DVX A;  4BF6 A;  4WL4 A;  1I9M A;  1OKM A;  5SZ2 A;  4YHA A;  4HEY A;  1I9O A;  4Q87 A;  3MMF A;  2QOA A;  4KNM A;  4MLT A;  2NNV A;  5CA2 A;  1AVN A;  3BL0 A;  1I9Q A;  1LG6 A;  4Q7S A;  5DOG A;  4Q6E A;  4Q49 A;  3U47 A;  4XIX A;  5DSI A;  1TB0 X;  1CVC A;  8CA2 A;  4Q99 A;  3F8E A;  3KON A;  2X7T A;  1CA3 A;  3MWO A;  4Q9Y A;  3UYQ A;  1YDC A;  5CJF A;  4QK2 A;  1I9P A;  5E28 A;  1IF9 A;  1FSQ A;  5DSR A;  1BNW A;  1CCS A;  5L6K A;  4E3H A;  4ZX0 A;  1BIC A;  1UGF A;  4HU1 A;  3HLJ A;  3DVC A;  1CNC A;  1CVF A;  1OKL A;  3OKV A;  5AMD A;  1TH9 A;  1CNH A;  2FNM A;  3M3X A;  4QIY A;  1AZM A;  4KAP A;  3RZ0 B;  5FL6 A;  2AW1 A;  4RUX A;  4YWP A;  1G53 A;  1XEG A;  1FR7 A;  3DCW A;  4JSW A;  1H4N A;  2W2J A;  2GD8 A;  5E5R A;  3MNI A;  5FNI A;  1FSR A;  5EH8 A;  5G03 A;  2HFW A;  1CAL A;  1JD0 A;  3SAX A;  3P3J A;  4M2V A;  5E2K A;  3MNA A;  1G48 A;  3JXF A;  3MHI A;  1CNX A;  1FR4 A;  1G6V A;  5DOH A;  1UGE A;  4ITO A;  4R5B A;  2H15 A;  4ZWX A;  1IF8 A;  7CA2 A;  5FLR A;  1DCA A;  3N4B A;  1TEU X;  3OY0 A;  3RYY A;  3RZ8 A;  3PJJ A;  3R17 B;  3S72 B;  5SZ3 A;  3HKT A;  1XPZ A;  4XZ5 A;  4DZ9 A;  5J8Z A;  1FLJ A;  4CA2 A;  1HED A;  5EKH A;  4PZH A;  4LHI A;  3RLD A;  1LZV A;  4QJM A;  4QSA A;  4E3F A;  1TBT X;  2NNG A;  4Z1J A;  2FOV A;  2Q1Q A;  4Z1K A;  2HOC A;  3FE4 A;  5EKJ A;  2CAB A;  5JEH B;  1CIN A;  3OIL A;  4YGF A;  3P58 A;  5DSL A;  1I91 A;  1ZFK A;  5G0C A;  5JEP B;  1CIM A;  1MUA A;  3N3J A;  2FOS A;  1I8Z A;  1DCB A;  3R16 A;  4RUZ A;  1THK A;  1YDA A;  1CNJ A;  4JSS A;  3KWA A;  2WD2 A;  1BNV A;  1J9W A;  4PXX A;  1TTM A;  3L14 A;  3D0N A;  4WW6 A;  5E5U A;  3MDZ A;  4K13 A;  3OYS A;  4RFD A;  1CVH A;  2FW4 A;  4CNV A;  2NXT A;  3BET A;  1HCA A;  3CAJ A;  1ZSB A;  2OSM A;  4ZWZ A;  1G54 A;  4X5S A;  1TE3 X;  2HKK A;  3MZC A;  4KP5 A;  4KUW A;  3KOI A;  5FL4 A;  5HPJ A;  4XFW A;  1RAY A;  5DSN A;  1UGB A;  5BYI A;  3CZV A;  4HEZ A;  3MHO A;  4QY3 A;  1CNK A;  1FSN A;  4TWL A;  4E3D A;  4E4A A;  4YXI A;  3SBH A;  4ZX1 A;  1H9Q A;  3M1K A;  4GL1 X;  2CBE A;  3U7C A;  5EHE A;  4E49 A;  1UGD A;  1CNG A;  5E2R A;  1RAZ A;  3V2J A;  5BRU A;  5FLT A;  3DD0 A;  3IBI A;  5A25 A;  5SZ4 A;  1G3Z A;  3M1Q A;  3CYU A;  2NXR A;  3P5L A;  4KNI A;  3M98 A;  1CAN A;  4QSJ A;  3M96 A;  6CA2 A;  5JQT A;  4FVN A;  1CAH A;  3KKX A;  1BN1 A;  4QJX A;  1TG9 A;  3HKN A;  1ZSA A;  5BRW A;  1G4O A;  1HEB A;  1BNM A;  1T9N A;  3IBN A;  4N0X B;  1BN3 A;  2FNK A;  4RUY A;  4E3G A;  4Q7W A;  4N16 A;  4PYY A;  5EHW A;  5E2N A;  1BNT A;  4MDM A;  1HVA A;  2NN7 A;  2CA2 A;  2WEO A;  4Q8Z A;  3V3F A;  4IDR X;  4L5U A;  5EHV A;  5DSK A;  5SZ7 A;  1CVB A;  5A6H A;  5BNL A;  5C8I A;  4CNW A;  5DRS A;  1CNI A;  5FNJ A;  4Q90 A;  1LGD A;  5G01 A;  5JEG B;  4HBA A;  4WUQ A;  5EZT X;  3OYQ A;  4KNJ A;  5FLP A;  3ZP9 A;  1ZSC A;  3IGP A;  3U45 X;  3T84 A;  3DCS A;  4QJO A;  3RYV B;  3F7U A;  3HS4 A;  3BL1 A;  3S75 B;  1CAI A;  3P44 A;  2ILI A;  5FL5 A;  4JSA A;  3P55 A;  1ZH9 A;  3LXE A;  3U3A X;  4Q0L A;  5CLU A;  3EFT A;  3V7X A;  3FW3 A;  1BNU A;  1UGG A;  4FIK A;  3RYJ B;  5DSQ A;  2VVA X;  3NI5 A;  4Q09 A;  3KNE A;  1HEC A;  4HF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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