5FNG | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5814049540810213__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5814049540810213__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5fng/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5814049540810213__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5814049540810213","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5fng/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5814049540810213__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0111a562bc07848fda8008/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0111a562bc07848fda8008/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0111a562bc07848fda8008/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0111a562bc07848fda8008/pdb.gz): 64 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance and X-Ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-11-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5fngA00

5CLUA 3M40A 4TWLA 2FNMA 3NB5A 5BRVA 3OYSA 1LG6A 5EKHA 4ZWXA 1G53A 1LUGA 3D9ZA 3DAZA 3TVOX 4YYTA 4JSWA 4M2WA 3V3JA 4FVOA 2WEJA 4ZWYA 1G0FA 3S75B 3W6HA 1XPZA 4QIZA 1AVNA 5FLQA 1J9WA 3ZP9A 4WL4A 3RLDA 3L14A 4YGFA 3UYQA 4JSZA 1CANA 1CVCA 1IF5A 4G7AA 2CABA 2FOYA 3P5LA 3MNHA 1CVEA 5FL6A 1HUHA 3OILA 2POVA 3DVCA 3PYKA 4ITPA 1T9NA 5DSQA 1G52A 4Q7WA 4Q7VA 1TG9A 1HECA 1FSQA 3JXFA 3V3IB 3S9TA 4TWMA 5E28A 5FNLA 1OKNA 3M1QA 1BNQA 4MDGA 3M96A 1JV0A 1CNWA 3RZ7A 4ETQC 5EIJA 4PQ7A 4QK2A 1IF4A 1YDBA 5FNKA 5JEHB 3EFTA 5G01A 1KWRA 1CNXA 1H9QA 4FVNA 2VVAX 2EZ7A 3S73B 3RG4A 4QK1A 3IBNA 4DZ9A 3IBIA 1HEDA 2EU3A 2FMZA 3KOKA 1TH9A 4CNWA 1G46A 5SZ2A 5E2SA 2ABEA 3M04A 3SAXA 3U3AX 3IEOA 1CZMA 4COQA 2VVBX 5AMDA 5E2KA 5EHVA 2WD2A 4RFCA 3T84A 4Y0JA 5EH5A 4Q9YA 1UGEA 5JEPB 3K2FA 5JG3B 1I9MA 2FOUA 3HKTA 2WEGA 3V5GA 1DCAA 4YGJA 3DCCA 1I9LA 2O4ZA 4HEWA 1TEUX 1TTMA 2FW4A 3RZ5A 3U47A 1BV3A 5DSRA 2FNKA 2ZNCA 2QO8A 3T85A 3V3HB 4BF6A 1Z9YA 1CAKA 1CIMA 3M14A 1A42A 1G4OA 5L6KA 1CNHA 3P5AA 4UOVA 1MOOA 3BETA 3KWAA 3MNKA 5FNJA 4FPTA 5JGTB 4YXIA 2NNSA 3S78B 2CA2A 3B1BA 4CNRA 3P58A 1TB0X 5DOGA 3DD8A 3DA2A 5SZ1A 1G4JA 3HLJA 4YGNA 2FMGA 3DVDA 5EOIA 1HCAA 5DSKA 1RJ6A 5EHWA 5JG5B 1FQRA 2QP6A 4WW8A 1MUAA 2HOCA 4Q8ZA 3TMJA 5E5UA 1BNTA 3MHCA 4QSBA 1Y7WA 3V3GB 3M2NA 3P4VA 5CA2A 1AM6A 2WD3A 1ZGEA 3IBLA 1DMYA 4YHAA 3OY0A 5SZ5A 1JD0A 3M3XA 4JS6A 4L5VA 5JEGB 3N4BA 3S76A 3DVBA 1XEGA 3DD0A 1BNUA 4G0CA 4CNXA 1G45A 1TE3X 3M2XA 5G0CA 1CA3A 3M5SA 4WUQA 4XZ5A 3RYZA 1TBTX 2WEOA 4Q6DA 2NNGA 4E3GA 4RN4A 4KUVA 5G03A 1FQLA 5E2NA 2FOVA 1CAJA 4E4AA 4ITOA 1G0EA 4Q08A 4Z1NA 5J8ZA 3N2PA 2AW1A 1ZSAA 1THKA 4HF3A 5DRSA 8CA2A 4RFDA 4E49A 1I9PA 3MNUA 5FL4A 1YO2A 5FL5A 5EH8A 3HFPA 3MHLA 3KOIA 1UGAA 5A6HA 1I8ZA 5LMDA 3HKUA 4LP6A 3V7XA 3MHOA 5DVXA 2FOSA 3DC3A 3P3HA 1RZBA 2HNCA 5FLSA 1CCSA 3F8EA 5DSMA 1RZCA 3MYQA 3SAPA 3T5UA 1KOQA 3RYYA 3M5EA 4ZX0A 3RGEA 4QTLA 3RYVB 5EKJA 4YXUA 1DMXA 4K0ZA 1F2WA 2CBDA 4QSAA 4Z1KA 3ML2A 1ZNCA 3D92A 3F7BA 2GEHA 3DC9A 5FDIA 5FNGA 1FQMA 2EU2A 2X7UA 5BRWA 2CBCA 1HVAA 2HD6A 2W2JA 1FQNA 4Q0LA 3M2ZA 3M98A 4R5BA 3W6IA 3KONA 4BF1A 2NWZA 1LGDA 3MNAA 1OKMA 4Z1JA 3RG3A 3C7PA 1FR7A 3RYXB 1BNVA 1BN3A 5BYIA 3S72B 5SZ4A 4CQ0A 4K13A 1H4NA 5E5RA 4Q78A 1BZMA 1CVAA 2HL4A 3MMFA 5JESB 4PZHA 3KS3A 3PJJA 1CRAA 3JXGA 3MNJA 4GL1X 4X5SA 1XQ0A 4RUZA 1LZVA 3MHMA 5DSOA 1BN4A 1UGGA 4PXXA 4KNIA 4Q83A 1BNNA 1G48A 3M1WA 5AMGA 4E9OX 4ZWZA 1BN1A 5A25A 3KLDB 2FOQA 3SBIA 4RH2A 5CJFA 2GD8A 1YDCA 3KKXA 4MLXA 3MDZA 2OSMA 5FNIA 1G54A 4RIUA 3ML5A 4MDLA 1I91A 4PYYA 3VBDA 4CACA 2NN7A 1HEAA 2CBBA 1HEBA 4Q8XA 12CAA 3LXEA 3N3JA 4LU3A 4L5WA 1KOPA 1RAYA 4Q90A 1CVDA 3OYQA 5EHEA 3JXHC 1UGBA 2NNVA 4JSAA 2NN1A 3GZ0A 1CALA 4Z1EA 3RZ8A 5JQ0A 4KNJA 1CAOA 1ZFQA 1CVFA 2Q1QA 6CA2A 2CBEA 1URTA 5BNLA 4Q49A 4MLTA 2X7TA 4PYXA 1OQ5A 4XIXA 4FL7A 2Q1BA 5E2RA 1FLJA 3CAJA 1ZFKA 4QJPA 4Z0QA 3V3FA 3U45X 2CBAA 1ZE8A 3KNEA 3IGPA 3RZ1B 2NWOA 4FRCA 3UYNA 5IPZA 1BNMA 1Z93A 4YGKA 3P3JA 1G6VA 3QYKA 1CAIA 1IF6A 3FW3A 5FNHA 3R17B 3K7KA 3MZCA 3S8XA 1KEQA 4HEYA 3PO6A 1CNBA 4KV0A 3R16A 1IF9A 4RIVA 3D93A 4QJXA 1HUGA 5FLRA 1YDAA 2NMXA 2H4NA 4ZX1A 5BRUA 4HBAA 3IBUA 4BCWA 3V2JA 1CAHA 1FSNA 1YDDA 1CNGA 1XEVA 3BL0A 3NI5A 4ILXA 3S74B 1FSRA 3S97A 2QOAA 5CACA 4K0TA 2POUA 3MHIA 4WUPA 1CRMA 1CVBA 2FNNA 3D0NA 3U7CA 1CAMA 1G3ZA 4E3DA 1IF7A 5JGSB 4Q06A 2HFWA 3OKVA 4Q7PA 5C8IA 1I9OA 1KWQA 4KP8A 3RYJB 5DSIA 1RZEA 5SZ6A 3MNIA 4K0SA 5FLTA 3M1KA 4KUWA 3FFPX 4QK3A 3P44A 3MWOA 5DSNA 4E5QA 3OIKA 1ZH9A 5HPJA 5JQTA 4R59A 3M67A 5DSJA 3T83A 4N0XB 1Z97A 3HKQA 1CAZA 1ZGFA 4KNMA 1RJ5A 5FDCA 3S77B 1BNWA 3F7UA 4Q87A 3CYUA 5DOHA 4MO8A 5DSPA 4YX4A 4Q7SA 4RUXA 4YXOA 3NJ9A 4Q81A 1OKLA 1CNYA 3OIMA 4MDMA 3K34A 1CILA 3M1JA 4IWZA 1RZDA 7CA2A 3Q31A 4Q07A 4QSJA 1YO0A 2ILIA 4QJ0A 2WEHA 3FE4A 4KNNA 4WW6A 4ZAOA 4QEFA 3IAIA 3DV7A 4QJWA 5FLPA 5E2MA 2NWYA 4XIWA 2HKKA 2NWPA 4ZWIA 3SBHA 1G1DA 1ZSBA 4M2VA 4CA2A 1LG5A 1CAYA 1CINA 2H15A 3CA2A 4KAPA 1CNCA 3KIGA 3T5ZA 4M2RA 4YVYA 3BL1A 1CCUA 1YO1A 3F4XA 4QJMA 4L5UA 1AZMA 5DSLA 3EFIA 4FIKA 3M2YA 1ZSCA 5FLOA 2F14A 4HT2A 5L3OA 1CNIA 4IDRX 3B4FA 3RJ7A 4MTYA 4RUYA 4E3HA 5SZ7A 1UGDA 1I90A 4XE1A 4Q99A 3T82A 1TEQX 4HU1A 2POWA 1V9IC 2NXSA 4XFWA 1EOUA 4KP5A 2AX2A 4C3TA 2IT4A 2NNOA 2NXTA 2NXRA 1HCBA 5EH7A 1H9NA 4K1QA 4QY3A 2OSFA 4QSIA 1IF8A 4R5AA 5SZ3A 3M5TA 1FR4A 4WR7A 4HEZA 5AMLA 2Q38A 5EZTX 4QJOA 3TVNX 4Q09A 5EKMA 1CNKA 1CNJA 4E3FA 4HT0A 3V2MA 3DCWA 3HS4A 1CA2A 3DCSA 4N16A 1RAZA 9CA2A 4JSSA 1CVHA 1JCZA 3ZNCA 3P55A 3RZ0B 3D8WA 5JDVB 1CCTA 1RZAA 1V9EA 4YGLA 4CNVA 1UGFA 3N0NA 3HKNA 3S71B 1BICA 5SZ0A 4FU5A 4Q6EA 4M2UA 4YWPA 4DZ7A 4Q8YA 1TG3A 4LHIA 1DCBA 3OKUA 1UGCA 2X7SA 3DBUA 5G0BA 1BCDA 4QIYA 4KUYA 1I9NA 5FNMA 3CZVA 1I9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CLU A;  3M40 A;  4TWL A;  2FNM A;  3NB5 A;  5BRV A;  3OYS A;  1LG6 A;  5EKH A;  4ZWX A;  1G53 A;  1LUG A;  3D9Z A;  3DAZ A;  3TVO X;  4YYT A;  4JSW A;  4M2W A;  3V3J A;  4FVO A;  2WEJ A;  4ZWY A;  1G0F A;  3S75 B;  3W6H A;  1XPZ A;  4QIZ A;  1AVN A;  5FLQ A;  1J9W A;  3ZP9 A;  4WL4 A;  3RLD A;  3L14 A;  4YGF A;  3UYQ A;  4JSZ A;  1CAN A;  1CVC A;  1IF5 A;  4G7A A;  2CAB A;  2FOY A;  3P5L A;  3MNH A;  1CVE A;  5FL6 A;  1HUH A;  3OIL A;  2POV A;  3DVC A;  3PYK A;  4ITP A;  1T9N A;  5DSQ A;  1G52 A;  4Q7W A;  4Q7V A;  1TG9 A;  1HEC A;  1FSQ A;  3JXF A;  3V3I B;  3S9T A;  4TWM A;  5E28 A;  5FNL A;  1OKN A;  3M1Q A;  1BNQ A;  4MDG A;  3M96 A;  1JV0 A;  1CNW A;  3RZ7 A;  4ETQ C;  5EIJ A;  4PQ7 A;  4QK2 A;  1IF4 A;  1YDB A;  5FNK A;  5JEH B;  3EFT A;  5G01 A;  1KWR A;  1CNX A;  1H9Q A;  4FVN A;  2VVA X;  2EZ7 A;  3S73 B;  3RG4 A;  4QK1 A;  3IBN A;  4DZ9 A;  3IBI A;  1HED A;  2EU3 A;  2FMZ A;  3KOK A;  1TH9 A;  4CNW A;  1G46 A;  5SZ2 A;  5E2S A;  2ABE A;  3M04 A;  3SAX A;  3U3A X;  3IEO A;  1CZM A;  4COQ A;  2VVB X;  5AMD A;  5E2K A;  5EHV A;  2WD2 A;  4RFC A;  3T84 A;  4Y0J A;  5EH5 A;  4Q9Y A;  1UGE A;  5JEP B;  3K2F A;  5JG3 B;  1I9M A;  2FOU A;  3HKT A;  2WEG A;  3V5G A;  1DCA A;  4YGJ A;  3DCC A;  1I9L A;  2O4Z A;  4HEW A;  1TEU X;  1TTM A;  2FW4 A;  3RZ5 A;  3U47 A;  1BV3 A;  5DSR A;  2FNK A;  2ZNC A;  2QO8 A;  3T85 A;  3V3H B;  4BF6 A;  1Z9Y A;  1CAK A;  1CIM A;  3M14 A;  1A42 A;  1G4O A;  5L6K A;  1CNH A;  3P5A A;  4UOV A;  1MOO A;  3BET A;  3KWA A;  3MNK A;  5FNJ A;  4FPT A;  5JGT B;  4YXI A;  2NNS A;  3S78 B;  2CA2 A;  3B1B A;  4CNR A;  3P58 A;  1TB0 X;  5DOG A;  3DD8 A;  3DA2 A;  5SZ1 A;  1G4J A;  3HLJ A;  4YGN A;  2FMG A;  3DVD A;  5EOI A;  1HCA A;  5DSK A;  1RJ6 A;  5EHW A;  5JG5 B;  1FQR A;  2QP6 A;  4WW8 A;  1MUA A;  2HOC A;  4Q8Z A;  3TMJ A;  5E5U A;  1BNT A;  3MHC A;  4QSB A;  1Y7W A;  3V3G B;  3M2N A;  3P4V A;  5CA2 A;  1AM6 A;  2WD3 A;  1ZGE A;  3IBL A;  1DMY A;  4YHA A;  3OY0 A;  5SZ5 A;  1JD0 A;  3M3X A;  4JS6 A;  4L5V A;  5JEG B;  3N4B A;  3S76 A;  3DVB A;  1XEG A;  3DD0 A;  1BNU A;  4G0C A;  4CNX A;  1G45 A;  1TE3 X;  3M2X A;  5G0C A;  1CA3 A;  3M5S A;  4WUQ A;  4XZ5 A;  3RYZ A;  1TBT X;  2WEO A;  4Q6D A;  2NNG A;  4E3G A;  4RN4 A;  4KUV A;  5G03 A;  1FQL A;  5E2N A;  2FOV A;  1CAJ A;  4E4A A;  4ITO A;  1G0E A;  4Q08 A;  4Z1N A;  5J8Z A;  3N2P A;  2AW1 A;  1ZSA A;  1THK A;  4HF3 A;  5DRS A;  8CA2 A;  4RFD A;  4E49 A;  1I9P A;  3MNU A;  5FL4 A;  1YO2 A;  5FL5 A;  5EH8 A;  3HFP A;  3MHL A;  3KOI A;  1UGA A;  5A6H A;  1I8Z A;  5LMD A;  3HKU A;  4LP6 A;  3V7X A;  3MHO A;  5DVX A;  2FOS A;  3DC3 A;  3P3H A;  1RZB A;  2HNC A;  5FLS A;  1CCS A;  3F8E A;  5DSM A;  1RZC A;  3MYQ A;  3SAP A;  3T5U A;  1KOQ A;  3RYY A;  3M5E A;  4ZX0 A;  3RGE A;  4QTL A;  3RYV B;  5EKJ A;  4YXU A;  1DMX A;  4K0Z A;  1F2W A;  2CBD A;  4QSA A;  4Z1K A;  3ML2 A;  1ZNC A;  3D92 A;  3F7B A;  2GEH A;  3DC9 A;  5FDI A;  5FNG A;  1FQM A;  2EU2 A;  2X7U A;  5BRW A;  2CBC A;  1HVA A;  2HD6 A;  2W2J A;  1FQN A;  4Q0L A;  3M2Z A;  3M98 A;  4R5B A;  3W6I A;  3KON A;  4BF1 A;  2NWZ A;  1LGD A; 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5FNGA

Total Genus

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Chain Sequence

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