5FNM | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__227207360976104__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__227207360976104__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5fnm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__227207360976104__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"227207360976104","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5fnm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__227207360976104__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance and X-Ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2015-11-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5fnmA00

4PZHA 1YDAA 5EHEA 4FPTA 4DZ9A 1CNWA 3PO6A 1TG9A 1IF7A 3M2XA 4JSWA 4YGKA 1MOOA 3MNIA 3RZ8A 1G4OA 4Q7VA 5FNJA 7CA2A 2QOAA 4ZX0A 4CNRA 5FNKA 4YXOA 4Z1KA 1Z97A 3M67A 4FU5A 4L5WA 1CVBA 4Q06A 1TBTX 4QK1A 1TE3X 3W6HA 1CAMA 1BCDA 1G1DA 3HKUA 3MHLA 3OY0A 2FOSA 3JXHC 3OKVA 3RG4A 3U47A 4ITPA 3UYNA 4QK3A 4PYYA 4YXUA 3IBLA 3HKNA 5G01A 5A25A 1CIMA 3L14A 5DSKA 3U7CA 3MZCA 4Q8ZA 3DC3A 1CVEA 4Z1EA 1CVAA 2GD8A 4JSZA 4MDGA 4M2RA 4E3DA 8CA2A 5JESB 2H4NA 4E49A 1Y7WA 1OKMA 3Q31A 5E2SA 3OIMA 2NMXA 4L5UA 1ZSBA 2AW1A 2NXRA 4WUPA 1DMYA 5L6KA 3S73B 3V3FA 3MHOA 1CCUA 4QJMA 1CNJA 1XQ0A 2OSMA 5JEHB 3DBUA 3M1QA 5IPZA 4QSBA 1CAJA 3T82A 5JEPB 1HUHA 4BF1A 5L3OA 2Q1BA 2NN7A 3V2JA 1FSQA 1FR7A 4FRCA 1UGFA 1G46A 4M2WA 1Z9YA 4Q09A 5CA2A 3CAJA 1BNMA 4Z1JA 2EZ7A 4PXXA 3V7XA 3P5LA 1I90A 5EKHA 2HL4A 1CINA 2HFWA 3M5TA 5DSRA 2FNKA 4ILXA 3IBNA 3KWAA 3M2YA 5CACA 4MDMA 4CACA 4UOVA 3KOIA 2QP6A 1CNCA 1CVFA 5AMGA 4YYTA 4Q49A 3M40A 5E2NA 1A42A 1CVDA 4YWPA 1CAKA 1YDDA 4HBAA 5FLTA 1CA2A 5G0CA 4E3GA 3S8XA 2FNNA 3M2ZA 3MHCA 3T84A 1YDBA 2EU3A 1CNKA 1J9WA 2Q38A 4YXIA 5SZ2A 3CYUA 4JS6A 1XEVA 4Q6DA 1G0EA 3MNHA 1H4NA 5FNGA 4ZWYA 1AM6A 2CABA 3T5UA 3S78B 1OQ5A 1CVHA 1EOUA 4Q99A 1I9LA 1KWQA 4ZX1A 1LZVA 2ZNCA 1BV3A 5JEGB 3QYKA 4E9OX 5E5UA 2POVA 1CA3A 3F7BA 5EH5A 4YVYA 1BNVA 3P5AA 4MLTA 4Q9YA 4XE1A 4CQ0A 1CAYA 3RJ7A 1BNNA 1XEGA 1JCZA 2IT4A 3T85A 2WEGA 4XIXA 5JG5B 1DCAA 4R59A 3VBDA 3KS3A 4Q78A 4QIZA 6CA2A 1CAOA 3RZ1B 3ZNCA 1BN4A 3MWOA 4IDRX 3FE4A 5G03A 2NXSA 2O4ZA 3CA2A 4FVNA 3S72B 2ABEA 3KOKA 3PYKA 3RYYA 3IEOA 1CNXA 4K0SA 1YDCA 1HEDA 4YGLA 2FNMA 1TG3A 4WL4A 1G48A 1TTMA 3P55A 9CA2A 1G53A 3F4XA 1HEAA 4ITOA 3N3JA 5E5RA 1HUGA 4Q8YA 5SZ5A 1Z93A 3M1WA 3DD8A 1CNYA 3N4BA 3DA2A 4Q6EA 2VVAX 4WW6A 4PQ7A 1H9NA 5JGTB 1RZBA 1HVAA 1I91A 4TWLA 4Q07A 1BZMA 2ILIA 2NWPA 4Q83A 4RH2A 4QJOA 4KNJA 5DSOA 3NB5A 4K0TA 2WD2A 5SZ1A 4WUQA 3PJJA 2NWOA 1FSNA 4RFCA 1DMXA 1FSRA 1ZSAA 1CNHA 1DCBA 2Q1QA 3P3JA 3M04A 3B4FA 3R16A 3HKTA 1LUGA 1RZAA 4ZAOA 1CALA 5JQTA 5G0BA 2H15A 1CANA 1BNUA 4COQA 1ZSCA 3IBUA 4KP8A 3N0NA 4RN4A 4Q0LA 1HCBA 3V3JA 3V2MA 4FVOA 3DCWA 5DOHA 5FLPA 2POWA 3RGEA 1I9OA 4WW8A 1RZCA 4JSAA 5FL5A 5EHWA 4E3FA 5DOGA 2X7TA 2CBBA 3D92A 3S77B 4KUWA 5JQ0A 5DVXA 4N16A 3FW3A 1KOQA 4IWZA 4QSJA 3OIKA 3S97A 4ETQC 3DVDA 4ZWZA 3V3GB 5SZ6A 4CNXA 5E28A 3HKQA 3CZVA 5SZ3A 3V3IB 2NNOA 1TB0X 1CCTA 4WR7A 1ZGEA 4QY3A 3HLJA 4E5QA 2FOUA 4Q8XA 3ML2A 2CBEA 3DC9A 1AZMA 5AMDA 1RZDA 2HD6A 4R5AA 2FOYA 1ZFQA 4LU3A 2WD3A 3RYZA 5E2KA 2HKKA 3OYQA 1ZGFA 2NNVA 4BF6A 2OSFA 5J8ZA 4K1QA 3RG3A 3D8WA 3C7PA 4KNIA 4QEFA 3D93A 1YO1A 1URTA 1RAZA 1TEQX 2FMZA 4M2UA 1G3ZA 4ZWXA 4QIYA 5HPJA 1AVNA 4N0XB 3K7KA 3OKUA 3M1KA 2WEOA 1ZE8A 5CLUA 1V9IC 5FL6A 2WEHA 4K13A 4QJXA 4QJWA 3MNKA 4MLXA 5EKMA 4E4AA 1RJ6A 3F8EA 1ZFKA 1MUAA 4MO8A 4QTLA 12CAA 2POUA 4Y0JA 1LG5A 5FLQA 3FFPX 1I9QA 3BL1A 1FQLA 1T9NA 3RYXB 4HF3A 5EHVA 3DAZA 1TH9A 1CCSA 1JD0A 4HEZA 3W6IA 3M96A 4ZWIA 2CBDA 1KWRA 1YO2A 1ZH9A 3M5SA 5FLRA 1FR4A 2NNGA 3KIGA 1UGGA 3S76A 3TVNX 1IF4A 5FNLA 2HNCA 2F14A 1FQRA 5FDIA 3V3HB 5JDVB 4X5SA 1CRAA 5DSIA 5SZ0A 5E2RA 4HT0A 1CNGA 4RIVA 3RZ5A 4G0CA 4K0ZA 5FDCA 3UYQA 3MHIA 4KP5A 3ZP9A 3IBIA 2EU2A 3BETA 1G45A 4KAPA 2FMGA 4HT2A 3B1BA 3MMFA 2CA2A 5C8IA 3OYSA 4Q08A 3SBIA 1BNTA 1BN1A 1UGAA 3KONA 4Q7SA 4Q81A 3RLDA 1JV0A 3IGPA 4GL1X 3M98A 1F2WA 4TWMA 5EZTX 5DSQA 3MYQA 5EH8A 4XFWA 3RYVB 3T83A 4BCWA 1V9EA 3HFPA 4RUZA 1IF5A 4R5BA 5EOIA 5DSNA 1RAYA 1IF9A 5BNLA 1THKA 4YX4A 4QJ0A 1KOPA 3SBHA 3MNAA 1BNWA 4LHIA 3NI5A 3M1JA 3KKXA 4KNNA 5DSLA 1G52A 4HEWA 2NWYA 4QK2A 5DSJA 1HEBA 1CAHA 1YO0A 2FOQA 4M2VA 3M3XA 4RUXA 5BRWA 1RZEA 1FQMA 1I9PA 5JG3B 3DCSA 1CNIA 1IF6A 3EFTA 2VVBX 1CZMA 3DVBA 4CNWA 3N2PA 3MDZA 2AX2A 2GEHA 2NWZA 5DRSA 1OKLA 5BRUA 3P4VA 4KV0A 4Q87A 3S71B 5FLSA 4XZ5A 1LG6A 3LXEA 1HECA 4XIWA 4CNVA 1BICA 3R17B 5AMLA 4PYXA 1UGEA 4QSAA 1I9NA 3MNJA 4FIKA 5FNIA 1UGCA 4KNMA 4LP6A 3M14A 5SZ4A 4JSSA 4HU1A 3D0NA 3RYJB 3DCCA 4Q7WA 1BNQA 4FL7A 1FLJA 4YGJA 1IF8A 4KUYA 3RZ7A 4QSIA 4DZ7A 4KUVA 3P44A 4L5VA 5FNMA 3ML5A 3OILA 2CBAA 1FQNA 1KEQA 3S75B 1I8ZA 4MTYA 4YGNA 5FL4A 5LMDA 3T5ZA 5CJFA 3JXGA 3HS4A 5DSPA 5DSMA 3V5GA 4QJPA 1BN3A 1HCAA 4Q90A 1CVCA 3MHMA 3P58A 3S74B 3K2FA 3P3HA 4YGFA 3GZ0A 4CA2A 1G6VA 4Z1NA 3U3AX 1CAIA 5A6HA 5BYIA 2QO8A 1CRMA 2FW4A 3M5EA 5BRVA 1UGBA 4RUYA 1TEUX 3SAXA 1LGDA 4Q7PA 5FNHA 1H9QA 3RZ0B 2NN1A 5EKJA 2FOVA 3DV7A 5SZ7A 3TMJA 2CBCA 3KNEA 3D9ZA 4YHAA 1G0FA 1G4JA 1ZNCA 5FLOA 3BL0A 2X7SA 5EIJA 4HEYA 1CILA 3IAIA 4RIUA 5E2MA 3U45X 3S9TA 2NXTA 1OKNA 2W2JA 2X7UA 4RFDA 4C3TA 1RJ5A 2NNSA 5JGSB 3EFIA 4MDLA 3SAPA 1CNBA 1UGDA 5EH7A 3TVOX 3M2NA 1I9MA 4Z0QA 3DD0A 2HOCA 3F7UA 3NJ9A 3KLDB 3DVCA 3JXFA 4G7AA 1CAZA 3K34A 1G54A 4E3HA 1XPZA 3MNUA 2WEJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PZH A;  1YDA A;  5EHE A;  4FPT A;  4DZ9 A;  1CNW A;  3PO6 A;  1TG9 A;  1IF7 A;  3M2X A;  4JSW A;  4YGK A;  1MOO A;  3MNI A;  3RZ8 A;  1G4O A;  4Q7V A;  5FNJ A;  7CA2 A;  2QOA A;  4ZX0 A;  4CNR A;  5FNK A;  4YXO A;  4Z1K A;  1Z97 A;  3M67 A;  4FU5 A;  4L5W A;  1CVB A;  4Q06 A;  1TBT X;  4QK1 A;  1TE3 X;  3W6H A;  1CAM A;  1BCD A;  1G1D A;  3HKU A;  3MHL A;  3OY0 A;  2FOS A;  3JXH C;  3OKV A;  3RG4 A;  3U47 A;  4ITP A;  3UYN A;  4QK3 A;  4PYY A;  4YXU A;  3IBL A;  3HKN A;  5G01 A;  5A25 A;  1CIM A;  3L14 A;  5DSK A;  3U7C A;  3MZC A;  4Q8Z A;  3DC3 A;  1CVE A;  4Z1E A;  1CVA A;  2GD8 A;  4JSZ A;  4MDG A;  4M2R A;  4E3D A;  8CA2 A;  5JES B;  2H4N A;  4E49 A;  1Y7W A;  1OKM A;  3Q31 A;  5E2S A;  3OIM A;  2NMX A;  4L5U A;  1ZSB A;  2AW1 A;  2NXR A;  4WUP A;  1DMY A;  5L6K A;  3S73 B;  3V3F A;  3MHO A;  1CCU A;  4QJM A;  1CNJ A;  1XQ0 A;  2OSM A;  5JEH B;  3DBU A;  3M1Q A;  5IPZ A;  4QSB A;  1CAJ A;  3T82 A;  5JEP B;  1HUH A;  4BF1 A;  5L3O A;  2Q1B A;  2NN7 A;  3V2J A;  1FSQ A;  1FR7 A;  4FRC A;  1UGF A;  1G46 A;  4M2W A;  1Z9Y A;  4Q09 A;  5CA2 A;  3CAJ A;  1BNM A;  4Z1J A;  2EZ7 A;  4PXX A;  3V7X A;  3P5L A;  1I90 A;  5EKH A;  2HL4 A;  1CIN A;  2HFW A;  3M5T A;  5DSR A;  2FNK A;  4ILX A;  3IBN A;  3KWA A;  3M2Y A;  5CAC A;  4MDM A;  4CAC A;  4UOV A;  3KOI A;  2QP6 A;  1CNC A;  1CVF A;  5AMG A;  4YYT A;  4Q49 A;  3M40 A;  5E2N A;  1A42 A;  1CVD A;  4YWP A;  1CAK A;  1YDD A;  4HBA A;  5FLT A;  1CA2 A;  5G0C A;  4E3G A;  3S8X A;  2FNN A;  3M2Z A;  3MHC A;  3T84 A;  1YDB A;  2EU3 A;  1CNK A;  1J9W A;  2Q38 A;  4YXI A;  5SZ2 A;  3CYU A;  4JS6 A;  1XEV A;  4Q6D A;  1G0E A;  3MNH A;  1H4N A;  5FNG A;  4ZWY A;  1AM6 A;  2CAB A;  3T5U A;  3S78 B;  1OQ5 A;  1CVH A;  1EOU A;  4Q99 A;  1I9L A;  1KWQ A;  4ZX1 A;  1LZV A;  2ZNC A;  1BV3 A;  5JEG B;  3QYK A;  4E9O X;  5E5U A;  2POV A;  1CA3 A;  3F7B A;  5EH5 A;  4YVY A;  1BNV A;  3P5A A;  4MLT A;  4Q9Y A;  4XE1 A;  4CQ0 A;  1CAY A;  3RJ7 A;  1BNN A;  1XEG A;  1JCZ A;  2IT4 A;  3T85 A;  2WEG A;  4XIX A;  5JG5 B;  1DCA A;  4R59 A;  3VBD A;  3KS3 A;  4Q78 A;  4QIZ A;  6CA2 A;  1CAO A;  3RZ1 B;  3ZNC A;  1BN4 A;  3MWO A;  4IDR X;  3FE4 A;  5G03 A;  2NXS A;  2O4Z A;  3CA2 A;  4FVN A;  3S72 B;  2ABE A;  3KOK A;  3PYK A;  3RYY A;  3IEO A;  1CNX A;  4K0S A;  1YDC A;  1HED A;  4YGL A;  2FNM A;  1TG3 A;  4WL4 A;  1G48 A;  1TTM A;  3P55 A;  9CA2 A;  1G53 A;  3F4X A;  1HEA A;  4ITO A;  3N3J A;  5E5R A;  1HUG A;  4Q8Y A;  5SZ5 A;  1Z93 A;  3M1W A;  3DD8 A;  1CNY A;  3N4B A;  3DA2 A;  4Q6E A;  2VVA X;  4WW6 A;  4PQ7 A;  1H9N A;  5JGT B;  1RZB A;  1HVA A;  1I91 A;  4TWL A;  4Q07 A;  1BZM A;  2ILI A;  2NWP A;  4Q83 A;  4RH2 A;  4QJO A;  4KNJ A;  5DSO A;  3NB5 A;  4K0T A;  2WD2 A;  5SZ1 A;  4WUQ A;  3PJJ A;  2NWO A;  1FSN A;  4RFC A;  1DMX A;  1FSR A;  1ZSA A;  1CNH A;  1DCB A;  2Q1Q A;  3P3J A;  3M04 A;  3B4F A;  3R16 A;  3HKT A;  1LUG A;  1RZA A;  4ZAO A;  1CAL A;  5JQT A;  5G0B A;  2H15 A;  1CAN A;  1BNU A;  4COQ A;  1ZSC A;  3IBU A;  4KP8 A;  3N0N A;  4RN4 A;  4Q0L A;  1HCB A;  3V3J A;  3V2M A;  4FVO A;  3DCW A;  5DOH A;  5FLP A;  2POW A;  3RGE A;  1I9O A;  4WW8 A;  1RZC A;  4JSA A;  5FL5 A;  5EHW A;  4E3F A;  5DOG A;  2X7T A;  2CBB A;  3D92 A;  3S77 B;  4KUW A;  5JQ0 A;  5DVX A;  4N16 A;  3FW3 A;  1KOQ A;  4IWZ A;  4QSJ A;  3OIK A;  3S97 A;  4ETQ C;  3DVD A;  4ZWZ A;  3V3G B;  5SZ6 A;  4CNX A;  5E28 A;  3HKQ A;  3CZV A;  5SZ3 A;  3V3I B;  2NNO A;  1TB0 X;  1CCT A;  4WR7 A;  1ZGE A;  4QY3 A;  3HLJ A;  4E5Q A;  2FOU A;  4Q8X A;  3ML2 A;  2CBE A;  3DC9 A;  1AZM A;  5AMD A;  1RZD A;  2HD6 A;  4R5A A;  2FOY A;  1ZFQ A;  4LU3 A;  2WD3 A;  3RYZ A;  5E2K A;  2HKK A;  3OYQ A;  1ZGF A;  2NNV A;  4BF6 A;  2OSF A;  5J8Z A;  4K1Q A;  3RG3 A;  3D8W A;  3C7P A;  4KNI A;  4QEF A;  3D93 A;  1YO1 A;  1URT A;  1RAZ A;  1TEQ X;  2FMZ A;  4M2U A;  1G3Z A;  4ZWX A;  4QIY A;  5HPJ A;  1AVN A;  4N0X B;  3K7K A;  3OKU A;  3M1K A;  2WEO A;  1ZE8 A;  5CLU A;  1V9I C;  5FL6 A;  2WEH A;  4K13 A;  4QJX A;  4QJW A;  3MNK A;  4MLX A;  5EKM A;  4E4A A;  1RJ6 A;  3F8E A;  1ZFK A;  1MUA A;  4MO8 A;  4QTL A;  12CA A;  2POU A;  4Y0J A;  1LG5 A;  5FLQ A;  3FFP X;  1I9Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5FNMA

Total Genus

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Chain Sequence

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