5G01 | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFKVNFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLTQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDASKASQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLNETVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__816291345798749__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__816291345798749__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5g01/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__816291345798749__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"816291345798749","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5g01/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__816291345798749__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	An Unusual Natural Product Primary Sulfonamide: Synthesis, Carbonic Anhydrase Inhibition and Protein X-Ray Structures of Psammaplin C. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	80
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-03-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5g01A00

2POUA 1H4NA 3OY0A 5JG3B 3B1BA 1XPZA 4QIZA 1CNCA 3M2NA 5EIJA 1FLJA 1DCBA 3P5AA 5HPJA 4M2RA 2EU3A 1CCTA 1THKA 3BL1A 3S9TA 1CRAA 5E2SA 3IEOA 3U3AX 8CA2A 3L14A 1CNWA 1RZAA 4E3DA 5JQ0A 3DD8A 4JS6A 4Q8YA 1CINA 3KKXA 4YGJA 4RIUA 4ZX1A 4YVYA 4LHIA 1FQLA 2ABEA 2Q1QA 3T83A 5E2MA 1ZSCA 3MNUA 1JCZA 3DCWA 4HF3A 2EU2A 3RYYA 5JQTA 4N0XB 5CLUA 2QP6A 3C7PA 5E5RA 1CVFA 4BF6A 2FW4A 4Q90A 1YDCA 4JSZA 1FSQA 2WD3A 1CNKA 1RAYA 4WW6A 2NNSA 4MTYA 1CVBA 1FSRA 3MHOA 1RZCA 4Q81A 5EKJA 1TG9A 3OYSA 4QJPA 3RZ0B 4IWZA 1FR7A 1RZBA 3QYKA 5L3OA 1BNMA 3BETA 4QSJA 4ITPA 5C8IA 5DSMA 5FNJA 4PXXA 1ZFKA 2FNNA 2NN7A 5FLSA 2GD8A 3MHLA 4K13A 4M2WA 1OKLA 3M5SA 2CA2A 5BRUA 3EFTA 3T85A 5JESB 3M96A 4PYYA 4Z1NA 4KUWA 5FDCA 3PYKA 4YWPA 1DMXA 1XEVA 1CILA 5CA2A 1IF9A 5JDVB 3NI5A 3NJ9A 5DOHA 3M98A 1BZMA 4Q87A 5DSKA 5FNHA 3DBUA 1YO2A 2CABA 1BN4A 4R5BA 3T82A 4YGKA 2VVAX 3EFIA 4Q7SA 3F7UA 2QOAA 4HT0A 3KWAA 1G1DA 4R5AA 2Q1BA 1YO1A 1I91A 3RZ5A 1BCDA 1G52A 3IBLA 1G53A 1CNJA 1IF7A 2NWYA 3KOKA 1T9NA 3M1WA 4CNRA 5JEGB 2AX2A 3Q31A 1ZGFA 3N3JA 2FNMA 4YGNA 3RYXB 1CAMA 3V3GB 4Z1EA 2Q38A 2EZ7A 1LZVA 1V9EA 4WW8A 1BNQA 1OQ5A 1I90A 4Q7VA 3SAXA 3D93A 5E5UA 4KNIA 3TVNX 4Q8XA 3K2FA 5DSPA 5SZ4A 1TE3X 1CNHA 3ML2A 1CVEA 3P3JA 5LMDA 5FLQA 1TH9A 3OKUA 3V3HB 1Z93A 3ZP9A 5JGTB 4Q9YA 3F7BA 1A42A 4TWLA 3MWOA 5EOIA 5SZ2A 2WEOA 3RYZA 3V5GA 4E5QA 1CRMA 1CIMA 1Z9YA 2WEGA 1Z97A 3M3XA 4QJWA 3P58A 3DAZA 1G0EA 3T5ZA 3P3HA 4M2VA 1XQ0A 3RG3A 3M2YA 1G54A 3KS3A 4UOVA 1EOUA 1CVHA 4FIKA 12CAA 2FOSA 5EKMA 3S72B 1MOOA 1RAZA 1CAHA 5FDIA 5FNMA 3S77B 4QY3A 5JG5B 1G0FA 4RUXA 3DVBA 4L5VA 1UGBA 4BCWA 3V2JA 3DCCA 4Q08A 4YGFA 2CBCA 5JGSB 2FOUA 2CBBA 4FU5A 3CYUA 5E28A 5DSQA 3M2ZA 5E2KA 4XE1A 3R17B 5BRWA 5DRSA 5G0CA 2NWZA 3MMFA 1JV0A 5EH8A 3RGEA 4Y0JA 1ZFQA 4KAPA 4KNJA 4R59A 2X7SA 5DSJA 3S71B 4HBAA 1RZEA 3KONA 4YXOA 3B4FA 3DVDA 4MO8A 5AMGA 5BYIA 1ZSAA 1LUGA 3UYNA 1URTA 3MNHA 5FNKA 4ZWZA 1G48A 4JSWA 3P44A 3M40A 2HNCA 1CNIA 4QSBA 3S8XA 2WEHA 3MNAA 4Q07A 1UGGA 2FOYA 1AM6A 5DSRA 4RUYA 3D8WA 5SZ6A 5CJFA 5AMLA 1YO0A 4KP8A 3M5TA 5G03A 4CNVA 4E3GA 4TWMA 9CA2A 1CVAA 3HKUA 3F4XA 2NN1A 2WD2A 4XIWA 1I9OA 2IT4A 3V3IB 3MHMA 3HFPA 1FQRA 3MHIA 1JD0A 4G7AA 1HEAA 1H9QA 4MLXA 3S75B 4YHAA 5FLPA 4FVNA 4K0SA 3P55A 1I9MA 1HECA 2HL4A 5EHEA 3BL0A 2W2JA 3M04A 1H9NA 4WL4A 1ZH9A 5DSOA 5DSIA 3OYQA 1ZGEA 1MUAA 2VVBX 5FNLA 4YGLA 1G46A 4PZHA 5L6KA 4E3HA 3U45X 1AZMA 1FQMA 1CALA 2POVA 4JSSA 4RFDA 3MZCA 1KEQA 5SZ0A 2NMXA 5FNIA 2FNKA 3IBIA 3DV7A 4QSIA 3M5EA 1YDDA 5SZ7A 1CNXA 1BNNA 4Q0LA 4DZ7A 4RIVA 4N16A 4Q06A 3V7XA 1UGCA 4CNXA 4L5UA 5EHVA 4YX4A 1UGDA 1BN1A 1TEQX 4MDMA 1LG5A 3DCSA 5FL6A 4YXUA 2X7UA 5DOGA 3RZ7A 3HS4A 1I9LA 2NNOA 1CZMA 5G01A 1I9PA 1AVNA 4KV0A 3GZ0A 2NWPA 3N0NA 3P4VA 2NWOA 4QEFA 4RFCA 4QJ0A 4RH2A 2OSMA 4Q83A 5IPZA 4CACA 2O4ZA 2FMGA 4RN4A 4MLTA 4X5SA 3S78B 1CANA 3DC9A 5DSLA 4WR7A 1CAKA 2OSFA 4YXIA 3U47A 7CA2A 4QK3A 4HU1A 1RJ5A 3PJJA 2FOVA 3MNIA 2CBDA 2CBAA 1CAIA 2HFWA 1CVCA 1HEBA 3HKNA 3KNEA 3V3FA 4K1QA 3D92A 3RJ7A 4HT2A 4Q78A 4CQ0A 1IF5A 3P5LA 4KP5A 3MNKA 3OIMA 1KWQA 3M1KA 1XEGA 5CACA 1OKNA 4Q99A 5JEPB 1OKMA 3DC3A 4HEZA 1IF8A 3RYJB 3OIKA 4XFWA 1IF6A 1G4OA 2NNGA 4KNMA 2WEJA 3OILA 1CA2A 2F14A 3VBDA 1RJ6A 4CNWA 3KIGA 3M2XA 2ILIA 4ZWIA 2FOQA 1TB0X 1HCAA 2H4NA 3SAPA 3SBHA 4MDGA 4FL7A 1FR4A 3V2MA 1I9NA 4KUVA 1G45A 3S97A 1CAJA 4ETQC 4LP6A 1CCSA 4COQA 4FVOA 1UGEA 5FL4A 1ZSBA 1Y7WA 2NXSA 3TMJA 4Q7WA 1HEDA 3JXFA 4ZX0A 3OKVA 3K7KA 1CNGA 3FE4A 3T5UA 4ITOA 5EZTX 3NB5A 1TBTX 4RUZA 1BNUA 3MDZA 1IF4A 5E2NA 4PYXA 4HEYA 3MNJA 3IAIA 3N2PA 2NXRA 3CZVA 3RYVB 3SBIA 4LU3A 4QTLA 3ZNCA 1I8ZA 1KWRA 3N4BA 4Q6DA 3RZ8A 1TTMA 4K0ZA 4E3FA 5J8ZA 1G6VA 5E2RA 5DVXA 1CNYA 1YDBA 1BNWA 1FSNA 4GL1X 1UGAA 3F8EA 1RZDA 1CCUA 3HKTA 4ZWXA 5SZ1A 1DCAA 5FLTA 1CAYA 3U7CA 3KLDB 2HD6A 1UGFA 5EH5A 1V9IC 1ZNCA 4QK1A 5FL5A 3CA2A 3JXGA 4FRCA 4Q49A 4Q8ZA 1CNBA 1BV3A 1ZE8A 4E4AA 3S76A 3D9ZA 3FW3A 3M67A 3IGPA 1FQNA 5EH7A 1CAOA 1CVDA 4PQ7A 4QSAA 4L5WA 3D0NA 1J9WA 1G4JA 4XZ5A 3FFPX 4E9OX 4CA2A 3ML5A 1LG6A 3IBUA 2H15A 3CAJA 2GEHA 1HUHA 4ZAOA 4C3TA 1HCBA 3M1QA 3DD0A 2FMZA 3RZ1B 5FLOA 5AMDA 1G3ZA 4Q6EA 3DA2A 1KOQA 3W6IA 1HUGA 3UYQA 2POWA 3MYQA 5BRVA 1BICA 1BN3A 5EHWA 5G0BA 5A6HA 1BNTA 2ZNCA 3R16A 4Q7PA 5SZ5A 1KOPA 4K0TA 2QO8A 1CAZA 1TG3A 1CA3A 1TEUX 4QIYA 4WUPA 4Z1KA 2HKKA 3PO6A 4QJXA 5JEHB 4FPTA 4YYTA 3M1JA 3DVCA 6CA2A 4G0CA 4Z1JA 4DZ9A 3JXHC 3LXEA 3S74B 3TVOX 5EKHA 5FNGA 1I9QA 4KUYA 3M14A 1HVAA 5SZ3A 4ZWYA 4QK2A 3RG4A 5A25A 3RLDA 2AW1A 3MHCA 4XIXA 3V3JA 1F2WA 3KOIA 3W6HA 3HLJA 3S73B 4M2UA 3HKQA 4WUQA 4QJOA 5FLRA 2NNVA 1BNVA 3T84A 4BF1A 5DSNA 4Z0QA 1LGDA 2CBEA 4QJMA 4HEWA 4ILXA 4Q09A 3K34A 1DMYA 2NXTA 1YDAA 5BNLA 4MDLA 4KNNA 2X7TA 4E49A 4IDRX 2HOCA 4JSAA 3IBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2POU A;  1H4N A;  3OY0 A;  5JG3 B;  3B1B A;  1XPZ A;  4QIZ A;  1CNC A;  3M2N A;  5EIJ A;  1FLJ A;  1DCB A;  3P5A A;  5HPJ A;  4M2R A;  2EU3 A;  1CCT A;  1THK A;  3BL1 A;  3S9T A;  1CRA A;  5E2S A;  3IEO A;  3U3A X;  8CA2 A;  3L14 A;  1CNW A;  1RZA A;  4E3D A;  5JQ0 A;  3DD8 A;  4JS6 A;  4Q8Y A;  1CIN A;  3KKX A;  4YGJ A;  4RIU A;  4ZX1 A;  4YVY A;  4LHI A;  1FQL A;  2ABE A;  2Q1Q A;  3T83 A;  5E2M A;  1ZSC A;  3MNU A;  1JCZ A;  3DCW A;  4HF3 A;  2EU2 A;  3RYY A;  5JQT A;  4N0X B;  5CLU A;  2QP6 A;  3C7P A;  5E5R A;  1CVF A;  4BF6 A;  2FW4 A;  4Q90 A;  1YDC A;  4JSZ A;  1FSQ A;  2WD3 A;  1CNK A;  1RAY A;  4WW6 A;  2NNS A;  4MTY A;  1CVB A;  1FSR A;  3MHO A;  1RZC A;  4Q81 A;  5EKJ A;  1TG9 A;  3OYS A;  4QJP A;  3RZ0 B;  4IWZ A;  1FR7 A;  1RZB A;  3QYK A;  5L3O A;  1BNM A;  3BET A;  4QSJ A;  4ITP A;  5C8I A;  5DSM A;  5FNJ A;  4PXX A;  1ZFK A;  2FNN A;  2NN7 A;  5FLS A;  2GD8 A;  3MHL A;  4K13 A;  4M2W A;  1OKL A;  3M5S A;  2CA2 A;  5BRU A;  3EFT A;  3T85 A;  5JES B;  3M96 A;  4PYY A;  4Z1N A;  4KUW A;  5FDC A;  3PYK A;  4YWP A;  1DMX A;  1XEV A;  1CIL A;  5CA2 A;  1IF9 A;  5JDV B;  3NI5 A;  3NJ9 A;  5DOH A;  3M98 A;  1BZM A;  4Q87 A;  5DSK A;  5FNH A;  3DBU A;  1YO2 A;  2CAB A;  1BN4 A;  4R5B A;  3T82 A;  4YGK A;  2VVA X;  3EFI A;  4Q7S A;  3F7U A;  2QOA A;  4HT0 A;  3KWA A;  1G1D A;  4R5A A;  2Q1B A;  1YO1 A;  1I91 A;  3RZ5 A;  1BCD A;  1G52 A;  3IBL A;  1G53 A;  1CNJ A;  1IF7 A;  2NWY A;  3KOK A;  1T9N A;  3M1W A;  4CNR A;  5JEG B;  2AX2 A;  3Q31 A;  1ZGF A;  3N3J A;  2FNM A;  4YGN A;  3RYX B;  1CAM A;  3V3G B;  4Z1E A;  2Q38 A;  2EZ7 A;  1LZV A;  1V9E A;  4WW8 A;  1BNQ A;  1OQ5 A;  1I90 A;  4Q7V A;  3SAX A;  3D93 A;  5E5U A;  4KNI A;  3TVN X;  4Q8X A;  3K2F A;  5DSP A;  5SZ4 A;  1TE3 X;  1CNH A;  3ML2 A;  1CVE A;  3P3J A;  5LMD A;  5FLQ A;  1TH9 A;  3OKU A;  3V3H B;  1Z93 A;  3ZP9 A;  5JGT B;  4Q9Y A;  3F7B A;  1A42 A;  4TWL A;  3MWO A;  5EOI A;  5SZ2 A;  2WEO A;  3RYZ A;  3V5G A;  4E5Q A;  1CRM A;  1CIM A;  1Z9Y A;  2WEG A;  1Z97 A;  3M3X A;  4QJW A;  3P58 A;  3DAZ A;  1G0E A;  3T5Z A;  3P3H A;  4M2V A;  1XQ0 A;  3RG3 A;  3M2Y A;  1G54 A;  3KS3 A;  4UOV A;  1EOU A;  1CVH A;  4FIK A;  12CA A;  2FOS A;  5EKM A;  3S72 B;  1MOO A;  1RAZ A;  1CAH A;  5FDI A;  5FNM A;  3S77 B;  4QY3 A;  5JG5 B;  1G0F A;  4RUX A;  3DVB A;  4L5V A;  1UGB A;  4BCW A;  3V2J A;  3DCC A;  4Q08 A;  4YGF A;  2CBC A;  5JGS B;  2FOU A;  2CBB A;  4FU5 A;  3CYU A;  5E28 A;  5DSQ A;  3M2Z A;  5E2K A;  4XE1 A;  3R17 B;  5BRW A;  5DRS A;  5G0C A;  2NWZ A;  3MMF A;  1JV0 A;  5EH8 A;  3RGE A;  4Y0J A;  1ZFQ A;  4KAP A;  4KNJ A;  4R59 A;  2X7S A;  5DSJ A;  3S71 B;  4HBA A;  1RZE A;  3KON A;  4YXO A;  3B4F A;  3DVD A;  4MO8 A;  5AMG A;  5BYI A;  1ZSA A;  1LUG A;  3UYN A;  1URT A;  3MNH A;  5FNK A;  4ZWZ A;  1G48 A;  4JSW A;  3P44 A;  3M40 A;  2HNC A;  1CNI A;  4QSB A;  3S8X A;  2WEH A;  3MNA A;  4Q07 A;  1UGG A;  2FOY A;  1AM6 A;  5DSR A;  4RUY A;  3D8W A;  5SZ6 A;  5CJF A;  5AML A;  1YO0 A;  4KP8 A;  3M5T A;  5G03 A;  4CNV A;  4E3G A;  4TWM A;  9CA2 A;  1CVA A;  3HKU A;  3F4X A;  2NN1 A;  2WD2 A;  4XIW A;  1I9O A;  2IT4 A;  3V3I B;  3MHM A;  3HFP A;  1FQR A;  3MHI A;  1JD0 A;  4G7A A;  1HEA A;  1H9Q A;  4MLX A;  3S75 B;  4YHA A;  5FLP A;  4FVN A;  4K0S A;  3P55 A;  1I9M A;  1HEC A;  2HL4 A;  5EHE A;  3BL0 A;  2W2J A;  3M04 A;  1H9N A;  4WL4 A;  1ZH9 A;  5DSO A;  5DSI A;  3OYQ A;  1ZGE A;  1MUA A;  2VVB X;  5FNL A;  4YGL A;  1G46 A;  4PZH A;  5L6K A;  4E3H A;  3U45 X;  1AZM A;  1FQM A;  1CAL A;  2POV A;  4JSS A;  4RFD A;  3MZC A;  1KEQ A;  5SZ0 A;  2NMX A;  5FNI A;  2FNK A;  3IBI A;  3DV7 A;  4QSI A;  3M5E A;  1YDD A;  5SZ7 A;  1CNX A;  1BNN A;  4Q0L A;  4DZ7 A;  4RIV A;  4N16 A;  4Q06 A;  3V7X A;  1UGC A;  4CNX A;  4L5U A;  5EHV A;  4YX4 A;  1UGD A;  1BN1 A;  1TEQ X;  4MDM A;  1LG5 A;  3DCS A;  5FL6 A;  4YXU A;  2X7U A;  5DOG A;  3RZ7 A;  3HS4 A;  1I9L A;  2NNO A;  1CZM A;  5G01 A;  1I9P A;  1AVN A;  4KV0 A;  3GZ0 A;  2NWP A;  3N0N A;  3P4V A;  2NWO A;  4QEF A;  4RFC A;  4QJ0 A;  4RH2 A;  2OSM A;  4Q83 A;  5IPZ A;  4CAC A;  2O4Z A;  2FMG A;  4RN4 A;  4MLT A;  4X5S A;  3S78 B;  1CAN A;  3DC9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5G01A

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