5G03 | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVTFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLLQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVDKALQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTEGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLAEGVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__822053096716158__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__822053096716158__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5g03/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__822053096716158__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"822053096716158","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5g03/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__822053096716158__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d011cb094da184a4cf54139/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d011cb094da184a4cf54139/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d011cb094da184a4cf54139/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d011cb094da184a4cf54139/pdb.gz): 79 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	An Unusual Natural Product Primary Sulfonamide: Synthesis, Carbonic Anhydrase Inhibition and Protein X-Ray Structures of Psammaplin C. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-03-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5g03A00

2WEOA 4QK2A 1IF6A 4Q8YA 2H4NA 4QJPA 1CANA 3HKQA 3MZCA 4ZWXA 2WEJA 2OSMA 3VBDA 1RZCA 3M40A 3N3JA 2X7TA 1CINA 3UYQA 2GEHA 1H4NA 3IBNA 4KP5A 2WEGA 5SZ1A 4ZAOA 3TVNX 1BN1A 4E5QA 1CNHA 3FW3A 3PO6A 5FNKA 2VVAX 1G53A 4M2UA 4QJWA 3M04A 9CA2A 2NMXA 3M2XA 4YHAA 2FNKA 3IBUA 3IBLA 3SBHA 1G3ZA 3ZNCA 3MDZA 5DOHA 4N16A 1I90A 4E49A 3SBIA 1YDBA 3DCWA 4E3FA 5FLPA 3ML5A 3U47A 1YO1A 4YGKA 1UGAA 3MHLA 5LMDA 1TBTX 1JD0A 1A42A 1G0EA 3K7KA 3UYNA 2CABA 3RZ0B 2FNNA 3KONA 1FR7A 1DMXA 1KOPA 4Z1NA 4Z1JA 4QIYA 4FRCA 2GD8A 3RYXB 1UGDA 4E3DA 1HUGA 4WUPA 4IWZA 5G0BA 5FNMA 1FSQA 3M67A 4FVOA 4WL4A 1EOUA 5E2KA 5JEHB 4WUQA 3P4VA 5FDIA 5DSQA 5JG3B 1HEAA 3M98A 1OKLA 1HCBA 4GL1X 1UGFA 4HU1A 4MLXA 4ZWIA 3T82A 3F8EA 3MNIA 4COQA 4CNXA 2WEHA 4ZWYA 1CNGA 1G54A 3RZ7A 4MTYA 5A6HA 4Q9YA 1I91A 4Q7WA 3IAIA 4CNVA 1CAJA 3L14A 4BCWA 3RYJB 5FNIA 1I9PA 3DCSA 4LHIA 2X7UA 5DRSA 1ZGEA 3MNKA 1FSNA 4KUYA 3S72B 4ZX1A 1KWQA 1G45A 2EU3A 4HF3A 3FE4A 3D92A 2X7SA 1HECA 3DVCA 4M2RA 1CILA 1T9NA 4Q09A 8CA2A 1DCAA 3HKTA 1CAKA 3IEOA 5JGTB 3MHMA 3KNEA 2ABEA 4FVNA 4LP6A 1G0FA 4M2WA 3NI5A 4YGJA 4DZ7A 1I9MA 5FNLA 2CA2A 5FLRA 3D8WA 3S77B 1CAOA 3M14A 1KWRA 3MHOA 1RZBA 3KOKA 5EKMA 3HKUA 5DSJA 1BNQA 2WD3A 1CCSA 5SZ3A 2NNGA 3HKNA 3K2FA 3M5TA 4Q7VA 3RLDA 5JQ0A 4YXIA 3DVDA 3BL1A 2OSFA 1CVBA 5E2MA 5EKHA 3T5ZA 1AM6A 3V2MA 1BNMA 3LXEA 3B1BA 4E3GA 2NNSA 3T83A 3DCCA 4QTLA 4Y0JA 3F7UA 3M5SA 1UGGA 2HKKA 1CVCA 5L6KA 3ML2A 4Z1EA 4KNJA 3RZ8A 5BNLA 1BCDA 3JXHC 1RZAA 1IF9A 4UOVA 4LU3A 4KNMA 4BF1A 4E4AA 1AVNA 2FNMA 4Q87A 1V9EA 2HL4A 4PYYA 3DV7A 4Q7PA 4RUYA 4XZ5A 5FNHA 2QO8A 4M2VA 1KOQA 3OYQA 1BNWA 3BL0A 4Z1KA 2NWZA 5JESB 1BZMA 1CALA 2NWOA 4HT0A 2CBEA 4ITOA 2HOCA 3D0NA 4C3TA 1JV0A 3V3FA 4FIKA 1Y7WA 4HBAA 4PYXA 1CCUA 2POWA 5E2NA 5E2SA 5JEGB 2ILIA 3M96A 5DSLA 1YDDA 1YDAA 2NNOA 4R5AA 1ZFKA 1UGCA 1Z97A 1HEDA 1XEVA 5JDVB 1ZSCA 3R16A 1TE3X 2Q38A 3RG4A 5DSPA 1KEQA 4XIWA 1THKA 2Q1BA 1YO0A 5BRUA 4E9OX 1ZH9A 3T85A 3S71B 3M1JA 1HEBA 1I9OA 4WR7A 3N0NA 5SZ0A 1FLJA 2HFWA 3DAZA 4QJ0A 4Z0QA 2FOQA 3MHCA 5A25A 5FL4A 3EFIA 1CNCA 3Q31A 3V7XA 1ZSAA 4FL7A 4JSZA 4TWLA 5JGSB 5SZ7A 1UGBA 4Q81A 4Q78A 5EH8A 5G0CA 4XFWA 4K0SA 3NB5A 3OYSA 3U3AX 3MNAA 3SAXA 7CA2A 3RG3A 1CNWA 4JSAA 4QY3A 2CBCA 1FSRA 1HUHA 12CAA 5FL5A 3MWOA 4JSSA 4Q8XA 4QJMA 3P58A 3V5GA 4YXOA 3CAJA 4L5VA 3OKUA 4QSJA 4KP8A 1OQ5A 3OY0A 3F7BA 4Q06A 4FPTA 6CA2A 5FLTA 2FOUA 5J8ZA 3KKXA 5HPJA 4RN4A 4QSIA 1G1DA 1G4OA 5G01A 3IGPA 3D93A 5EOIA 1CVEA 4XIXA 3M2ZA 1FR4A 4RUZA 4YVYA 4PXXA 1JCZA 5DOGA 4JS6A 3C7PA 3D9ZA 3W6IA 3JXFA 4YGLA 5IPZA 4K13A 2QP6A 3PYKA 5DSOA 3T84A 3P5AA 4CA2A 4KV0A 2CBAA 3P5LA 4YGNA 1G4JA 1BNUA 1BV3A 1FQMA 4DZ9A 4KUWA 4QEFA 3V3GB 5DSNA 1ZSBA 1CVDA 3KLDB 5CLUA 5JG5B 1G48A 1RAZA 3N2PA 3OIMA 5AMLA 5EKJA 4WW8A 3W6HA 1CAYA 2HNCA 4IDRX 3DC3A 4Q90A 1H9QA 4KAPA 2AW1A 1YO2A 3RYZA 3U45X 3HS4A 2NXSA 1CA3A 5DSMA 4MDGA 3M1WA 5SZ5A 5BYIA 1I9NA 5BRWA 1IF4A 5E5UA 3FFPX 3P3JA 4Q83A 4L5WA 3T5UA 4KUVA 1TG3A 3U7CA 5AMDA 2NXTA 1UGEA 1J9WA 4R59A 4K1QA 4Q0LA 5EHEA 5L3OA 2W2JA 1DMYA 4Q08A 1TG9A 1CCTA 4WW6A 3CYUA 2IT4A 3S8XA 4YXUA 1CNYA 1IF7A 4JSWA 4Q6EA 4MLTA 5E2RA 4QSBA 3DA2A 5BRVA 4RH2A 1CIMA 1CRMA 3S76A 3V2JA 1CAHA 3V3JA 4CNRA 2NN7A 4QJXA 3RZ1B 1TB0X 4CNWA 3CZVA 3M2YA 5G03A 1ZGFA 2POUA 3BETA 5DSRA 1FQLA 1AZMA 1TEQX 2VVBX 4N0XB 1Z9YA 2NNVA 5FDCA 4KNNA 1I9LA 4RFCA 4KNIA 3K34A 3P55A 1CNKA 1RJ5A 3S9TA 3RGEA 3HFPA 4YX4A 4FU5A 4RUXA 3V3IB 1HVAA 2FOVA 4Q6DA 4QK3A 3RJ7A 2FOYA 2HD6A 3M2NA 1CRAA 4E3HA 4ZWZA 2FOSA 5C8IA 3OILA 1I8ZA 3N4BA 4PZHA 1CAMA 1CNXA 3F4XA 5EHWA 3S73B 2CBDA 4RFDA 2NWPA 3MNJA 3KIGA 5FNGA 4HEYA 5E5RA 3KS3A 1Z93A 3RZ5A 2CBBA 4YYTA 1G6VA 3MNHA 4Q99A 2ZNCA 1YDCA 2H15A 5EHVA 3TMJA 1F2WA 1LGDA 1HCAA 1RJ6A 4Q49A 5DVXA 5FLOA 4G0CA 3DD8A 3RYYA 2NN1A 1XEGA 1OKMA 5CJFA 5FNJA 1BICA 1LG5A 4HEZA 4TWMA 3MMFA 4BF6A 3B4FA 1CVFA 1MOOA 1RAYA 5E28A 4YWPA 4Q07A 3S75B 2AX2A 5EH7A 3QYKA 3KOIA 3MHIA 3SAPA 3DC9A 1TEUX 4HT2A 1CNBA 1TH9A 1ZNCA 3R17B 4G7AA 3RYVB 4R5BA 1FQRA 1XPZA 1CVAA 4HEWA 1URTA 4QJOA 4X5SA 1I9QA 3CA2A 2NWYA 3OKVA 5SZ6A 1V9IC 3JXGA 3DD0A 5AMGA 3S97A 1CNJA 4ITPA 3HLJA 1IF8A 3OIKA 1BN4A 3EFTA 2QOAA 2F14A 4K0ZA 5FLQA 4RIUA 4QK1A 4PQ7A 4CACA 4K0TA 4YGFA 1MUAA 2EU2A 3ZP9A 1XQ0A 3PJJA 4MDMA 4QIZA 1LZVA 4XE1A 1BNNA 2FMGA 3V3HB 5EH5A 4ETQC 4RIVA 1RZEA 5CACA 1LUGA 3M3XA 1LG6A 3GZ0A 3TVOX 3KWAA 2EZ7A 3S74B 1H9NA 2POVA 4Q8ZA 1CZMA 3DVBA 1RZDA 1TTMA 3MYQA 3IBIA 1CVHA 1DCBA 2Q1QA 4Q7SA 5CA2A 1ZE8A 3P3HA 4QSAA 1G46A 3MNUA 1BNTA 2NXRA 2FW4A 5JEPB 4CQ0A 1CAZA 5FL6A 1CA2A 3NJ9A 1CNIA 4MO8A 2FMZA 5DSIA 1G52A 4L5UA 5SZ2A 1CAIA 1BN3A 1FQNA 3S78B 3M5EA 5FLSA 5JQTA 5SZ4A 2O4ZA 3P44A 3DBUA 1ZFQA 3M1KA 4MDLA 1BNVA 1IF5A 2WD2A 4ILXA 5EZTX 5DSKA 5EIJA 1OKNA 3M1QA 4ZX0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WEO A;  4QK2 A;  1IF6 A;  4Q8Y A;  2H4N A;  4QJP A;  1CAN A;  3HKQ A;  3MZC A;  4ZWX A;  2WEJ A;  2OSM A;  3VBD A;  1RZC A;  3M40 A;  3N3J A;  2X7T A;  1CIN A;  3UYQ A;  2GEH A;  1H4N A;  3IBN A;  4KP5 A;  2WEG A;  5SZ1 A;  4ZAO A;  3TVN X;  1BN1 A;  4E5Q A;  1CNH A;  3FW3 A;  3PO6 A;  5FNK A;  2VVA X;  1G53 A;  4M2U A;  4QJW A;  3M04 A;  9CA2 A;  2NMX A;  3M2X A;  4YHA A;  2FNK A;  3IBU A;  3IBL A;  3SBH A;  1G3Z A;  3ZNC A;  3MDZ A;  5DOH A;  4N16 A;  1I90 A;  4E49 A;  3SBI A;  1YDB A;  3DCW A;  4E3F A;  5FLP A;  3ML5 A;  3U47 A;  1YO1 A;  4YGK A;  1UGA A;  3MHL A;  5LMD A;  1TBT X;  1JD0 A;  1A42 A;  1G0E A;  3K7K A;  3UYN A;  2CAB A;  3RZ0 B;  2FNN A;  3KON A;  1FR7 A;  1DMX A;  1KOP A;  4Z1N A;  4Z1J A;  4QIY A;  4FRC A;  2GD8 A;  3RYX B;  1UGD A;  4E3D A;  1HUG A;  4WUP A;  4IWZ A;  5G0B A;  5FNM A;  1FSQ A;  3M67 A;  4FVO A;  4WL4 A;  1EOU A;  5E2K A;  5JEH B;  4WUQ A;  3P4V A;  5FDI A;  5DSQ A;  5JG3 B;  1HEA A;  3M98 A;  1OKL A;  1HCB A;  4GL1 X;  1UGF A;  4HU1 A;  4MLX A;  4ZWI A;  3T82 A;  3F8E A;  3MNI A;  4COQ A;  4CNX A;  2WEH A;  4ZWY A;  1CNG A;  1G54 A;  3RZ7 A;  4MTY A;  5A6H A;  4Q9Y A;  1I91 A;  4Q7W A;  3IAI A;  4CNV A;  1CAJ A;  3L14 A;  4BCW A;  3RYJ B;  5FNI A;  1I9P A;  3DCS A;  4LHI A;  2X7U A;  5DRS A;  1ZGE A;  3MNK A;  1FSN A;  4KUY A;  3S72 B;  4ZX1 A;  1KWQ A;  1G45 A;  2EU3 A;  4HF3 A;  3FE4 A;  3D92 A;  2X7S A;  1HEC A;  3DVC A;  4M2R A;  1CIL A;  1T9N A;  4Q09 A;  8CA2 A;  1DCA A;  3HKT A;  1CAK A;  3IEO A;  5JGT B;  3MHM A;  3KNE A;  2ABE A;  4FVN A;  4LP6 A;  1G0F A;  4M2W A;  3NI5 A;  4YGJ A;  4DZ7 A;  1I9M A;  5FNL A;  2CA2 A;  5FLR A;  3D8W A;  3S77 B;  1CAO A;  3M14 A;  1KWR A;  3MHO A;  1RZB A;  3KOK A;  5EKM A;  3HKU A;  5DSJ A;  1BNQ A;  2WD3 A;  1CCS A;  5SZ3 A;  2NNG A;  3HKN A;  3K2F A;  3M5T A;  4Q7V A;  3RLD A;  5JQ0 A;  4YXI A;  3DVD A;  3BL1 A;  2OSF A;  1CVB A;  5E2M A;  5EKH A;  3T5Z A;  1AM6 A;  3V2M A;  1BNM A;  3LXE A;  3B1B A;  4E3G A;  2NNS A;  3T83 A;  3DCC A;  4QTL A;  4Y0J A;  3F7U A;  3M5S A;  1UGG A;  2HKK A;  1CVC A;  5L6K A;  3ML2 A;  4Z1E A;  4KNJ A;  3RZ8 A;  5BNL A;  1BCD A;  3JXH C;  1RZA A;  1IF9 A;  4UOV A;  4LU3 A;  4KNM A;  4BF1 A;  4E4A A;  1AVN A;  2FNM A;  4Q87 A;  1V9E A;  2HL4 A;  4PYY A;  3DV7 A;  4Q7P A;  4RUY A;  4XZ5 A;  5FNH A;  2QO8 A;  4M2V A;  1KOQ A;  3OYQ A;  1BNW A;  3BL0 A;  4Z1K A;  2NWZ A;  5JES B;  1BZM A;  1CAL A;  2NWO A;  4HT0 A;  2CBE A;  4ITO A;  2HOC A;  3D0N A;  4C3T A;  1JV0 A;  3V3F A;  4FIK A;  1Y7W A;  4HBA A;  4PYX A;  1CCU A;  2POW A;  5E2N A;  5E2S A;  5JEG B;  2ILI A;  3M96 A;  5DSL A;  1YDD A;  1YDA A;  2NNO A;  4R5A A;  1ZFK A;  1UGC A;  1Z97 A;  1HED A;  1XEV A;  5JDV B;  1ZSC A;  3R16 A;  1TE3 X;  2Q38 A;  3RG4 A;  5DSP A;  1KEQ A;  4XIW A;  1THK A;  2Q1B A;  1YO0 A;  5BRU A;  4E9O X;  1ZH9 A;  3T85 A;  3S71 B;  3M1J A;  1HEB A;  1I9O A;  4WR7 A;  3N0N A;  5SZ0 A;  1FLJ A;  2HFW A;  3DAZ A;  4QJ0 A;  4Z0Q A;  2FOQ A;  3MHC A;  5A25 A;  5FL4 A;  3EFI A;  1CNC A;  3Q31 A;  3V7X A;  1ZSA A;  4FL7 A;  4JSZ A;  4TWL A;  5JGS B;  5SZ7 A;  1UGB A;  4Q81 A;  4Q78 A; 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5G03A

Total Genus

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Chain Sequence

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