5J8Z | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	261
structure length	261
Chain Sequence	GMSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__705208482472521__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__705208482472521__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5j8z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__705208482472521__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"705208482472521","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5j8z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__705208482472521__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d013adf93f625339ec3109f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d013adf93f625339ec3109f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d013adf93f625339ec3109f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d013adf93f625339ec3109f/pdb.gz): 142 ms

reading 261 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

261 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:260});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Kinetic and X-ray crystallographic investigations of substituted 2-thio-6-oxo-1,6-dihydropyrimidine-benzenesulfonamides acting as carbonic anhydrase inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	261
sequence length	261
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-04-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5j8zA00

3MNUA 5EH5A 5BYIA 1UGCA 4RN4A 2ZNCA 3V3FA 5BRVA 3M04A 4ITPA 1RAYA 1HVAA 1KWRA 3MNKA 3Q31A 3K2FA 4FPTA 1G0EA 1TE3X 4GL1X 4IDRX 1AM6A 3S74B 4HU1A 3TMJA 3M3XA 1RAZA 4Z0QA 3RGEA 2CABA 1IF7A 1UGGA 3D93A 5SZ1A 2NNGA 4E3HA 5SZ4A 4QK2A 1XPZA 2NXRA 4JSZA 4R5AA 4HEZA 4Q0LA 5DSMA 4Q7PA 3HKQA 1BNVA 2NNSA 2W2JA 1ZH9A 3VBDA 3N0NA 4LP6A 1CCTA 4BF6A 1FLJA 3M40A 5E28A 1CRMA 4XIXA 4UOVA 1I9NA 1G6VA 1FQMA 5A25A 1UGBA 4YGLA 4Q6DA 1KEQA 3IBNA 2QP6A 3U3AX 1CVCA 4PXXA 1H4NA 4MLTA 4MTYA 3V2MA 4YYTA 1YO1A 2OSFA 5SZ7A 3DV7A 1YDDA 1CALA 3KNEA 1ZNCA 1FSNA 1TTMA 2HKKA 4Q8ZA 3HFPA 1URTA 3RYYA 3T84A 5EIJA 3S72B 5E2MA 2FMZA 1KOPA 4QK1A 4Q87A 3RJ7A 3MNIA 1IF6A 3KLDB 5CA2A 4ZX0A 1CCUA 4G0CA 3PYKA 4K13A 3OYQA 2IT4A 3NJ9A 2FOUA 4Y0JA 3KOIA 4MDGA 4M2UA 3OYSA 4WL4A 5DSLA 1A42A 5FL5A 2NMXA 4QJOA 3RZ0B 1TG3A 3NB5A 4KP5A 4QIZA 4RUXA 2Q1BA 5FNMA 4X5SA 3PO6A 1CNIA 2NN7A 3P4VA 3M1QA 4CA2A 4K0ZA 2NWPA 3SBHA 3T85A 3V3HB 5FNKA 5EH8A 4E3GA 1HEAA 4XZ5A 5FNJA 3RYZA 7CA2A 1G1DA 4XFWA 4YGJA 3DCSA 4FL7A 3DBUA 3S78B 4CNWA 1Z97A 2POVA 2FMGA 5E5RA 4KP8A 3R17B 1I9LA 1I91A 1RZCA 5J8ZA 2O4ZA 3MMFA 3U45X 4FVNA 3HKTA 1CAJA 4YX4A 1HECA 4Q07A 1RZEA 3MZCA 3RYJB 3QYKA 4QSIA 3IGPA 4RIUA 5CACA 1CAZA 3M2ZA 3F4XA 3KS3A 2NWOA 3LXEA 3P3HA 3S76A 3FW3A 4N16A 4WR7A 4K0SA 2GD8A 2FOYA 5L3OA 4ETQC 1OKNA 3P3JA 1YO2A 3M2NA 1CIMA 3N3JA 4WW6A 3CYUA 12CAA 4ILXA 5BRWA 5EKMA 1ZSBA 1V9IC 2WD3A 4KUVA 5EKHA 3V2JA 2EU2A 3D0NA 1DMXA 4QK3A 4KNJA 1CCSA 2WEGA 3KKXA 4L5UA 5EHEA 1AVNA 4Q78A 4Q81A 4YHAA 3DVCA 5EZTX 4Q90A 3SAXA 1BV3A 8CA2A 3S9TA 3P55A 2CBDA 3DAZA 3KONA 5DOGA 3RZ1B 3UYQA 1CNXA 3M1JA 3N2PA 1CAKA 1XEVA 2HOCA 1TEQX 3EFTA 1IF5A 2CBBA 2F14A 4LHIA 5SZ2A 1CNHA 1CAMA 3K7KA 4WW8A 1CVDA 1AZMA 4PZHA 4RUYA 3T5ZA 1BCDA 1BNQA 3DVDA 3V7XA 4ZWZA 2HFWA 3M5EA 4K1QA 1BNNA 5DSOA 3MHCA 2CBEA 3M1KA 4KUYA 2WEOA 1BICA 1Z9YA 3M67A 1YDAA 4QIYA 5FL6A 4ZWXA 2QO8A 2FNKA 2HL4A 4M2WA 1MOOA 4QSAA 2POWA 4Q08A 3V3JA 4FVOA 4QEFA 4KUWA 2NWYA 1CVBA 2NNVA 3BL0A 3D8WA 4MO8A 4DZ7A 2GEHA 4E9OX 2Q38A 3M2XA 3ML2A 4Z1JA 1XEGA 5AMGA 2AX2A 3N4BA 3SBIA 3M5TA 5JQ0A 3RYVB 4ZWYA 2OSMA 4HF3A 4CNVA 2WEJA 1H9NA 4HBAA 4HT2A 1H9QA 1G54A 4Z1NA 3DC3A 2NWZA 4E49A 1G52A 5E5UA 1CA2A 1I9MA 4CQ0A 2NXTA 4YXIA 4ITOA 3CA2A 5FLOA 5JEHB 3T82A 4Q7VA 2FOVA 4YGFA 5DVXA 1G46A 4ZWIA 1TBTX 4KNIA 3HS4A 1YO0A 3DD8A 1CINA 4RIVA 5FLPA 4COQA 4E3DA 2FNNA 2WD2A 4Z1KA 5C8IA 5G01A 1IF8A 4KNMA 1BZMA 4E4AA 3OIKA 1BNUA 5DOHA 4RFDA 4QJPA 4R59A 3DC9A 4RH2A 1I8ZA 1OQ5A 4Q9YA 1FR4A 5A6HA 3W6IA 2POUA 3RZ8A 1RJ5A 1CVEA 5G0BA 3W6HA 5FLQA 9CA2A 3UYNA 5DSNA 2WEHA 3M1WA 3HKNA 1KOQA 4XIWA 2VVBX 1FQNA 4RUZA 3ML5A 1BN3A 1EOUA 1I9QA 4CNRA 3F8EA 1TB0X 3U47A 5IPZA 4XE1A 1HEBA 4Q99A 1FR7A 4MLXA 4M2RA 1CNWA 5BNLA 3IBLA 3OKUA 4Z1EA 1JCZA 4QJWA 3DCCA 5LMDA 3KOKA 1TG9A 4WUQA 1G4OA 3V3IB 4ZX1A 1ZFQA 1ZGFA 3M96A 1DCAA 5L6KA 3S8XA 1DMYA 3RLDA 5CJFA 5CLUA 1LG6A 4JSSA 3RZ7A 4L5WA 4RFCA 1CVFA 1CVHA 3GZ0A 1G45A 3MNAA 1I9OA 5E2SA 5SZ3A 3IAIA 3BL1A 3FFPX 1LGDA 4Q6EA 2Q1QA 1I9PA 1F2WA 4YWPA 1BNTA 2CBCA 4CNXA 4FRCA 1Y7WA 5JDVB 4CACA 5FNHA 1IF9A 5SZ5A 2NXSA 5JGTB 3D9ZA 5DSPA 3U7CA 1CAOA 2CA2A 3OIMA 1G48A 4JSWA 1LZVA 4WUPA 1OKLA 4IWZA 4KAPA 1XQ0A 5FNLA 1HCAA 1UGEA 3OILA 5SZ0A 3S75B 3M2YA 1V9EA 4C3TA 4R5BA 4K0TA 3CZVA 4E5QA 5EH7A 2HD6A 1HUGA 5DSKA 5JGSB 1OKMA 4HEWA 1YDBA 5FL4A 1HCBA 3HLJA 4TWMA 1FSRA 3S71B 4Q49A 3ZNCA 3NI5A 5FLSA 1JD0A 1CILA 3PJJA 3TVOX 1CAHA 1FQRA 4BCWA 5DSJA 6CA2A 3MNHA 3R16A 5JESB 4Q8YA 3MDZA 5G03A 4N0XB 1HEDA 4Q7WA 1BNWA 1UGFA 2H4NA 3DCWA 4L5VA 5EOIA 4YGNA 4MDLA 1ZFKA 2ILIA 1G4JA 4BF1A 2H15A 4G7AA 4PQ7A 4YXUA 3MHMA 1BNMA 1HUHA 1RJ6A 3MNJA 3P5LA 4Q06A 4QSBA 1ZSAA 1JV0A 1FSQA 5E2KA 4YGKA 1RZDA 3L14A 4Q8XA 1RZBA 3IBIA 1Z93A 1CNYA 3ZP9A 3KWAA 5EHWA 4ZAOA 2X7SA 3F7UA 3HKUA 1G3ZA 3S97A 1CRAA 5FLTA 4QJMA 3CAJA 4FIKA 5JEPB 2FOQA 3EFIA 1CNCA 2EU3A 4QSJA 1CNKA 5DSRA 3F7BA 4TWLA 5EHVA 2HNCA 3MWOA 4YVYA 1G0FA 1IF4A 5AMLA 5DRSA 5DSQA 3OKVA 3IBUA 3DVBA 4JS6A 5FDIA 4QJXA 3OY0A 1I90A 5E2NA 3MHLA 1CZMA 3MYQA 3FE4A 5FNIA 3TVNX 5AMDA 3P44A 5JG5B 1J9WA 3JXGA 4HEYA 4PYYA 5JEGB 4JSAA 4M2VA 4Q09A 4YXOA 1CVAA 3B4FA 3RZ5A 1CNGA 4QY3A 1BN1A 1LUGA 3M5SA 5FDCA 3JXFA 4HT0A 4PYXA 3T83A 4LU3A 2VVAX 5JG3B 4MDMA 1KWQA 4E3FA 3S77B 2ABEA 3MHOA 1CNJA 3S73B 3C7PA 3V3GB 1BN4A 3IEOA 1THKA 1T9NA 5E2RA 4QTLA 4KV0A 1DCBA 1UGAA 3V5GA 1CAYA 3P5AA 1ZGEA 2CBAA 3SAPA 3T5UA 3BETA 4DZ9A 3B1BA 3KIGA 5JQTA 1ZE8A 3M14A 3MHIA 4FU5A 2NNOA 1CANA 3RYXB 1LG5A 2FOSA 3RG4A 4Q7SA 5FLRA 2AW1A 3RG3A 5EKJA 4Q83A 5HPJA 4QJ0A 1CAIA 1MUAA 3D92A 5BRUA 2X7UA 5SZ6A 5DSIA 1TEUX 2NN1A 1G53A 3DD0A 1YDCA 2X7TA 5FNGA 3DA2A 3P58A 1TH9A 1UGDA 3M98A 1ZSCA 2QOAA 5G0CA 2EZ7A 1RZAA 3JXHC 4KNNA 1FQLA 2FNMA 2FW4A 1CA3A 1CNBA 3K34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MNU A;  5EH5 A;  5BYI A;  1UGC A;  4RN4 A;  2ZNC A;  3V3F A;  5BRV A;  3M04 A;  4ITP A;  1RAY A;  1HVA A;  1KWR A;  3MNK A;  3Q31 A;  3K2F A;  4FPT A;  1G0E A;  1TE3 X;  4GL1 X;  4IDR X;  1AM6 A;  3S74 B;  4HU1 A;  3TMJ A;  3M3X A;  1RAZ A;  4Z0Q A;  3RGE A;  2CAB A;  1IF7 A;  1UGG A;  3D93 A;  5SZ1 A;  2NNG A;  4E3H A;  5SZ4 A;  4QK2 A;  1XPZ A;  2NXR A;  4JSZ A;  4R5A A;  4HEZ A;  4Q0L A;  5DSM A;  4Q7P A;  3HKQ A;  1BNV A;  2NNS A;  2W2J A;  1ZH9 A;  3VBD A;  3N0N A;  4LP6 A;  1CCT A;  4BF6 A;  1FLJ A;  3M40 A;  5E28 A;  1CRM A;  4XIX A;  4UOV A;  1I9N A;  1G6V A;  1FQM A;  5A25 A;  1UGB A;  4YGL A;  4Q6D A;  1KEQ A;  3IBN A;  2QP6 A;  3U3A X;  1CVC A;  4PXX A;  1H4N A;  4MLT A;  4MTY A;  3V2M A;  4YYT A;  1YO1 A;  2OSF A;  5SZ7 A;  3DV7 A;  1YDD A;  1CAL A;  3KNE A;  1ZNC A;  1FSN A;  1TTM A;  2HKK A;  4Q8Z A;  3HFP A;  1URT A;  3RYY A;  3T84 A;  5EIJ A;  3S72 B;  5E2M A;  2FMZ A;  1KOP A;  4QK1 A;  4Q87 A;  3RJ7 A;  3MNI A;  1IF6 A;  3KLD B;  5CA2 A;  4ZX0 A;  1CCU A;  4G0C A;  3PYK A;  4K13 A;  3OYQ A;  2IT4 A;  3NJ9 A;  2FOU A;  4Y0J A;  3KOI A;  4MDG A;  4M2U A;  3OYS A;  4WL4 A;  5DSL A;  1A42 A;  5FL5 A;  2NMX A;  4QJO A;  3RZ0 B;  1TG3 A;  3NB5 A;  4KP5 A;  4QIZ A;  4RUX A;  2Q1B A;  5FNM A;  4X5S A;  3PO6 A;  1CNI A;  2NN7 A;  3P4V A;  3M1Q A;  4CA2 A;  4K0Z A;  2NWP A;  3SBH A;  3T85 A;  3V3H B;  5FNK A;  5EH8 A;  4E3G A;  1HEA A;  4XZ5 A;  5FNJ A;  3RYZ A;  7CA2 A;  1G1D A;  4XFW A;  4YGJ A;  3DCS A;  4FL7 A;  3DBU A;  3S78 B;  4CNW A;  1Z97 A;  2POV A;  2FMG A;  5E5R A;  4KP8 A;  3R17 B;  1I9L A;  1I91 A;  1RZC A;  5J8Z A;  2O4Z A;  3MMF A;  3U45 X;  4FVN A;  3HKT A;  1CAJ A;  4YX4 A;  1HEC A;  4Q07 A;  1RZE A;  3MZC A;  3RYJ B;  3QYK A;  4QSI A;  3IGP A;  4RIU A;  5CAC A;  1CAZ A;  3M2Z A;  3F4X A;  3KS3 A;  2NWO A;  3LXE A;  3P3H A;  3S76 A;  3FW3 A;  4N16 A;  4WR7 A;  4K0S A;  2GD8 A;  2FOY A;  5L3O A;  4ETQ C;  1OKN A;  3P3J A;  1YO2 A;  3M2N A;  1CIM A;  3N3J A;  4WW6 A;  3CYU A;  12CA A;  4ILX A;  5BRW A;  5EKM A;  1ZSB A;  1V9I C;  2WD3 A;  4KUV A;  5EKH A;  3V2J A;  2EU2 A;  3D0N A;  1DMX A;  4QK3 A;  4KNJ A;  1CCS A;  2WEG A;  3KKX A;  4L5U A;  5EHE A;  1AVN A;  4Q78 A;  4Q81 A;  4YHA A;  3DVC A;  5EZT X;  4Q90 A;  3SAX A;  1BV3 A;  8CA2 A;  3S9T A;  3P55 A;  2CBD A;  3DAZ A;  3KON A;  5DOG A;  3RZ1 B;  3UYQ A;  1CNX A;  3M1J A;  3N2P A;  1CAK A;  1XEV A;  2HOC A;  1TEQ X;  3EFT A;  1IF5 A;  2CBB A;  2F14 A;  4LHI A;  5SZ2 A;  1CNH A;  1CAM A;  3K7K A;  4WW8 A;  1CVD A;  1AZM A;  4PZH A;  4RUY A;  3T5Z A;  1BCD A;  1BNQ A;  3DVD A;  3V7X A;  4ZWZ A;  2HFW A;  3M5E A;  4K1Q A;  1BNN A;  5DSO A;  3MHC A;  2CBE A;  3M1K A;  4KUY A;  2WEO A;  1BIC A;  1Z9Y A;  3M67 A;  1YDA A;  4QIY A;  5FL6 A;  4ZWX A;  2QO8 A;  2FNK A;  2HL4 A;  4M2W A;  1MOO A;  4QSA A;  2POW A;  4Q08 A;  3V3J A;  4FVO A;  4QEF A;  4KUW A;  2NWY A;  1CVB A;  2NNV A;  3BL0 A;  3D8W A;  4MO8 A;  4DZ7 A;  2GEH A;  4E9O X;  2Q38 A;  3M2X A;  3ML2 A;  4Z1J A;  1XEG A;  5AMG A;  2AX2 A;  3N4B A;  3SBI A;  3M5T A;  5JQ0 A;  3RYV B;  4ZWY A;  2OSM A;  4HF3 A;  4CNV A;  2WEJ A;  1H9N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5J8ZA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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