5JEH | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	AHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSATTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2218304693157669__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2218304693157669__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5jeh/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2218304693157669__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2218304693157669","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5jeh/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2218304693157669__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e2c5ee830ce68657ca901/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e2c5ee830ce68657ca901/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e2c5ee830ce68657ca901/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e2c5ee830ce68657ca901/pdb.gz): 382 ms

reading 259 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

259 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:258});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Water-Restructuring Mutations Can Reverse the Thermodynamic Signature of Ligand Binding to Human Carbonic Anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	75
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-04-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5jehB00

3M67A 3VBDA 4M2VA 4N16A 3TVNX 1CVAA 5C8IA 3DD0A 5CJFA 4KUWA 2WEJA 4WL4A 3V3JA 5JEHB 1I9QA 1CNGA 4IDRX 3IBUA 4X5SA 1TG9A 3ZP9A 4QIZA 4Q81A 3OIMA 4ILXA 1XPZA 2Q1QA 5FLPA 1CVEA 2WEOA 3BL0A 3RYJB 3NB5A 4JS6A 1LUGA 4K13A 4E5QA 3M2YA 3S97A 5BNLA 5DOGA 5L6KA 1FR7A 3M04A 4QK2A 1KWQA 4K0TA 4Q7VA 1G0EA 1YDCA 2F14A 3GZ0A 3M5TA 5SZ3A 1F2WA 3JXHC 4E3HA 1G4OA 4WW6A 3M98A 5E2KA 1HEDA 4QIYA 4HT0A 1Z97A 3K2FA 1ZSBA 2AW1A 1I9NA 4QJMA 1AZMA 3P4VA 3SAXA 3SBIA 4E49A 1HUHA 5EOIA 3B4FA 3IBLA 1A42A 4ZWZA 5DSPA 3KOKA 5JGSB 3OIKA 4HBAA 3M2ZA 1FR4A 2H15A 3RLDA 1CAOA 3T85A 4E3FA 1V9IC 1FQNA 3S73B 1FQMA 1JD0A 4KP8A 4RUXA 4Q90A 4RFCA 3SBHA 1I9MA 2FMGA 1BCDA 1HVAA 3OY0A 4Q09A 3KS3A 3V2JA 1G45A 1LG6A 5FDCA 3M96A 1CANA 1BNNA 2HFWA 2QO8A 1CINA 1ZE8A 3OYSA 1ZNCA 4XIWA 1CNXA 5J8ZA 2X7TA 5FLOA 3M2XA 4Z1JA 3N3JA 1G3ZA 1BN3A 3KONA 4QSAA 5L3OA 3OYQA 3P44A 3DC9A 1KOQA 1RZEA 4Q9YA 3PJJA 1CVCA 4YGLA 4MDMA 4WUQA 3MNJA 2POWA 2FOSA 3DV7A 3IBNA 3BETA 5EHVA 4FL7A 4TWMA 5JG3B 4QSJA 3U45X 1XQ0A 3V3HB 5SZ2A 3DCSA 3ML5A 4PZHA 1CNIA 3R17B 4KNMA 4UOVA 4MTYA 4Q0LA 4YGKA 1DMYA 1TEUX 3M2NA 2OSFA 1OKNA 5AMLA 1KEQA 4FU5A 2EU3A 1CILA 3OKUA 5SZ6A 2FOUA 1BNVA 3T84A 1TH9A 3FFPX 5JQTA 3FW3A 4QEFA 2FNMA 4QY3A 2NWYA 3RYYA 5G0BA 5SZ0A 1YO1A 5EIJA 5SZ7A 3KIGA 1HEAA 4Z0QA 1UGCA 3RYXB 1LZVA 5EHEA 2GEHA 3OKVA 4PQ7A 5G01A 1KWRA 4WW8A 5BYIA 4R5AA 3JXGA 3MYQA 2CBCA 3RYZA 2FNNA 5JGTB 5FNLA 3P5AA 1G1DA 4XZ5A 3MHOA 2POVA 1IF5A 3B1BA 4KAPA 3K7KA 5IPZA 2Q38A 4R5BA 2WEHA 1I8ZA 1G54A 4LHIA 4BCWA 4MLTA 4KNJA 4QSBA 4QJOA 3DAZA 4Q87A 4E3GA 1RAYA 1BNQA 3MNHA 4YWPA 4QK1A 5EKHA 1CNKA 5E5RA 4ZWYA 5BRWA 4Q8ZA 2CBAA 4JSZA 3U3AX 1THKA 2NWOA 6CA2A 3S74B 4MDGA 3MNUA 1Z93A 4FPTA 4RUZA 2QOAA 5SZ1A 5BRUA 3EFIA 1IF7A 2QP6A 4XIXA 4KV0A 4K0ZA 2GD8A 1URTA 3HLJA 3Q31A 2HNCA 1G52A 2HL4A 2NWZA 1RJ5A 1H9QA 3PO6A 3P55A 3V7XA 4CQ0A 4DZ7A 3D9ZA 1IF8A 1YO2A 4L5UA 3M40A 4ZAOA 1G0FA 1IF4A 4WR7A 4ZX1A 3S71B 1AM6A 1CRAA 2VVBX 1DCAA 1J9WA 1HCBA 2IT4A 4YGFA 5CA2A 3MNKA 3S9TA 5JEPB 4Q83A 3M1WA 4CNRA 1Y7WA 3T5UA 2NNGA 2NXSA 4MLXA 4PXXA 5A6HA 5FLTA 3S72B 1FSQA 5DOHA 3KWAA 4K0SA 3K34A 3MHIA 5FLSA 1ZGFA 3UYNA 4FRCA 5JG5B 1BICA 3MHCA 1RZBA 1UGGA 2X7UA 3RG4A 1CAHA 4DZ9A 1DCBA 4CNXA 3DD8A 2H4NA 3HKNA 4Q06A 3M1JA 5E28A 2NXRA 5EH8A 4E3DA 1UGEA 2CBEA 5BRVA 3SAPA 3MDZA 4XE1A 3QYKA 5FDIA 3HKQA 1TBTX 5JQ0A 1RAZA 1CVFA 1HCAA 1KOPA 2HD6A 4RIUA 5DSJA 4M2UA 2CA2A 4FVNA 1CCSA 3N4BA 4PYXA 3MWOA 4Y0JA 3DCWA 2NNSA 2FOVA 1UGAA 2NWPA 2FW4A 4Z1EA 3RZ8A 1CZMA 3KLDB 5DSRA 1H4NA 5EKJA 5FNIA 3F7BA 12CAA 3HS4A 1CAIA 4LP6A 1FQLA 1OQ5A 3DVBA 4JSAA 3MMFA 1RZDA 4R59A 7CA2A 3P5LA 2WEGA 4FIKA 1YDDA 5SZ4A 2NN1A 3HKTA 1FSRA 3S76A 3PYKA 2NXTA 1UGBA 5JESB 3DVDA 1TG3A 4JSSA 5DSMA 2CBDA 5FL6A 5FLQA 1IF9A 4Q08A 1I9PA 1G53A 1CAMA 4E4AA 3KOIA 4ZWIA 2NN7A 3D0NA 4QSIA 5CACA 1IF6A 3T5ZA 1BN4A 4XFWA 4HEYA 4IWZA 4RN4A 4YVYA 2WD2A 2FNKA 3IBIA 1ZH9A 1CNCA 1CVHA 3M3XA 1CIMA 3DBUA 1TE3X 3N0NA 4Q07A 1G48A 1ZGEA 5E2SA 5SZ5A 3CA2A 4M2WA 5E5UA 3P3HA 3RZ1B 4N0XB 1YO0A 4KUYA 1I90A 5G0CA 4BF6A 5FNGA 5DSLA 2CABA 1JV0A 3LXEA 4FVOA 3RJ7A 1FSNA 5AMGA 1OKMA 1ZSCA 3F8EA 1HECA 4QJPA 3T82A 4Q49A 3U47A 5E2NA 1HEBA 3TMJA 1TTMA 1LG5A 3RZ7A 1ZFKA 4CNWA 3N2PA 1CALA 5JEGB 3JXFA 3IAIA 4YXOA 1FQRA 2NNVA 1I9LA 2ABEA 4E9OX 1CCUA 2EZ7A 2FOYA 5DSQA 1EOUA 2W2JA 3RYVB 5A25A 1BN1A 1ZFQA 1CA3A 1ZSAA 3T83A 5FNHA 1CNHA 1BNUA 1CRMA 5DSOA 4RIVA 3M1QA 5E2MA 1YDAA 3V3FA 3FE4A 4Q8YA 4L5WA 1I9OA 4LU3A 3D8WA 3DA2A 1MUAA 4QJWA 4YGNA 5FLRA 3MNIA 4QJ0A 4HF3A 3KKXA 3DVCA 3MNAA 4Q99A 3P3JA 4YHAA 3D93A 4HEWA 2ILIA 4JSWA 1LGDA 3V2MA 3RGEA 3V5GA 5DVXA 3S75B 1G4JA 4KNNA 3RZ5A 1UGDA 4ITOA 3V3GB 3S8XA 3TVOX 2O4ZA 4HU1A 1MOOA 1RZCA 3OILA 2POUA 3HKUA 5EH5A 1XEVA 3RZ0B 3S77B 3S78B 4HT2A 3M5SA 1CAJA 3NJ9A 4Q78A 4QJXA 4RH2A 4COQA 2Q1BA 1RZAA 4CNVA 3F7UA 3U7CA 4YXUA 1I91A 3F4XA 4ITPA 8CA2A 3UYQA 4Z1KA 4G0CA 1CAKA 2NMXA 3MZCA 4YXIA 2FMZA 3MHLA 5DRSA 1HUGA 4Q8XA 3IEOA 1FLJA 5FNJA 4YX4A 5JDVB 3P58A 5E2RA 1BNMA 3NI5A 2ZNCA 5HPJA 5EZTX 1CNJA 2HOCA 4PYYA 4RFDA 3DCCA 1CAZA 1T9NA 3HFPA 5EHWA 4K1QA 4Q7WA 1BV3A 5CLUA 4ETQC 4WUPA 9CA2A 3M1KA 4Q7SA 1V9EA 4ZX0A 1BZMA 3EFTA 4Q6DA 4GL1X 3L14A 2OSMA 3CAJA 5LMDA 4CA2A 3MHMA 4G7AA 1DMXA 2NNOA 2X7SA 2CBBA 4ZWXA 4M2RA 5AMDA 1CNBA 2EU2A 3D92A 4Q7PA 4TWLA 5FNMA 1CVDA 3CZVA 2VVAX 1XEGA 3RG3A 5DSNA 4KUVA 1BNWA 1OKLA 4HEZA 5EH7A 1YDBA 1TEQX 4YGJA 3BL1A 5EKMA 1CAYA 1JCZA 2HKKA 4KP5A 3R16A 3IGPA 1CA2A 4Z1NA 4QK3A 1CNWA 4BF1A 4Q6EA 5FNKA 2WD3A 3M14A 3DC3A 3W6HA 1TB0X 1G46A 4QTLA 5G03A 1RJ6A 5FL4A 2AX2A 3V3IB 4MO8A 1CNYA 3ZNCA 4KNIA 1UGFA 4MDLA 5DSIA 3C7PA 1Z9YA 3W6IA 4L5VA 4C3TA 3M5EA 4YYTA 5DSKA 1CCTA 3CYUA 3KNEA 4RUYA 1H9NA 1BNTA 1CVBA 2FOQA 1G6VA 3ML2A 1AVNA 5FL5A 4CACA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M67 A;  3VBD A;  4M2V A;  4N16 A;  3TVN X;  1CVA A;  5C8I A;  3DD0 A;  5CJF A;  4KUW A;  2WEJ A;  4WL4 A;  3V3J A;  5JEH B;  1I9Q A;  1CNG A;  4IDR X;  3IBU A;  4X5S A;  1TG9 A;  3ZP9 A;  4QIZ A;  4Q81 A;  3OIM A;  4ILX A;  1XPZ A;  2Q1Q A;  5FLP A;  1CVE A;  2WEO A;  3BL0 A;  3RYJ B;  3NB5 A;  4JS6 A;  1LUG A;  4K13 A;  4E5Q A;  3M2Y A;  3S97 A;  5BNL A;  5DOG A;  5L6K A;  1FR7 A;  3M04 A;  4QK2 A;  1KWQ A;  4K0T A;  4Q7V A;  1G0E A;  1YDC A;  2F14 A;  3GZ0 A;  3M5T A;  5SZ3 A;  1F2W A;  3JXH C;  4E3H A;  1G4O A;  4WW6 A;  3M98 A;  5E2K A;  1HED A;  4QIY A;  4HT0 A;  1Z97 A;  3K2F A;  1ZSB A;  2AW1 A;  1I9N A;  4QJM A;  1AZM A;  3P4V A;  3SAX A;  3SBI A;  4E49 A;  1HUH A;  5EOI A;  3B4F A;  3IBL A;  1A42 A;  4ZWZ A;  5DSP A;  3KOK A;  5JGS B;  3OIK A;  4HBA A;  3M2Z A;  1FR4 A;  2H15 A;  3RLD A;  1CAO A;  3T85 A;  4E3F A;  1V9I C;  1FQN A;  3S73 B;  1FQM A;  1JD0 A;  4KP8 A;  4RUX A;  4Q90 A;  4RFC A;  3SBH A;  1I9M A;  2FMG A;  1BCD A;  1HVA A;  3OY0 A;  4Q09 A;  3KS3 A;  3V2J A;  1G45 A;  1LG6 A;  5FDC A;  3M96 A;  1CAN A;  1BNN A;  2HFW A;  2QO8 A;  1CIN A;  1ZE8 A;  3OYS A;  1ZNC A;  4XIW A;  1CNX A;  5J8Z A;  2X7T A;  5FLO A;  3M2X A;  4Z1J A;  3N3J A;  1G3Z A;  1BN3 A;  3KON A;  4QSA A;  5L3O A;  3OYQ A;  3P44 A;  3DC9 A;  1KOQ A;  1RZE A;  4Q9Y A;  3PJJ A;  1CVC A;  4YGL A;  4MDM A;  4WUQ A;  3MNJ A;  2POW A;  2FOS A;  3DV7 A;  3IBN A;  3BET A;  5EHV A;  4FL7 A;  4TWM A;  5JG3 B;  4QSJ A;  3U45 X;  1XQ0 A;  3V3H B;  5SZ2 A;  3DCS A;  3ML5 A;  4PZH A;  1CNI A;  3R17 B;  4KNM A;  4UOV A;  4MTY A;  4Q0L A;  4YGK A;  1DMY A;  1TEU X;  3M2N A;  2OSF A;  1OKN A;  5AML A;  1KEQ A;  4FU5 A;  2EU3 A;  1CIL A;  3OKU A;  5SZ6 A;  2FOU A;  1BNV A;  3T84 A;  1TH9 A;  3FFP X;  5JQT A;  3FW3 A;  4QEF A;  2FNM A;  4QY3 A;  2NWY A;  3RYY A;  5G0B A;  5SZ0 A;  1YO1 A;  5EIJ A;  5SZ7 A;  3KIG A;  1HEA A;  4Z0Q A;  1UGC A;  3RYX B;  1LZV A;  5EHE A;  2GEH A;  3OKV A;  4PQ7 A;  5G01 A;  1KWR A;  4WW8 A;  5BYI A;  4R5A A;  3JXG A;  3MYQ A;  2CBC A;  3RYZ A;  2FNN A;  5JGT B;  5FNL A;  3P5A A;  1G1D A;  4XZ5 A;  3MHO A;  2POV A;  1IF5 A;  3B1B A;  4KAP A;  3K7K A;  5IPZ A;  2Q38 A;  4R5B A;  2WEH A;  1I8Z A;  1G54 A;  4LHI A;  4BCW A;  4MLT A;  4KNJ A;  4QSB A;  4QJO A;  3DAZ A;  4Q87 A;  4E3G A;  1RAY A;  1BNQ A;  3MNH A;  4YWP A;  4QK1 A;  5EKH A;  1CNK A;  5E5R A;  4ZWY A;  5BRW A;  4Q8Z A;  2CBA A;  4JSZ A;  3U3A X;  1THK A;  2NWO A;  6CA2 A;  3S74 B;  4MDG A;  3MNU A;  1Z93 A;  4FPT A;  4RUZ A;  2QOA A;  5SZ1 A;  5BRU A;  3EFI A;  1IF7 A;  2QP6 A;  4XIX A;  4KV0 A;  4K0Z A;  2GD8 A;  1URT A;  3HLJ A;  3Q31 A;  2HNC A;  1G52 A;  2HL4 A;  2NWZ A;  1RJ5 A;  1H9Q A;  3PO6 A;  3P55 A;  3V7X A;  4CQ0 A;  4DZ7 A;  3D9Z A;  1IF8 A;  1YO2 A;  4L5U A;  3M40 A;  4ZAO A;  1G0F A;  1IF4 A;  4WR7 A;  4ZX1 A;  3S71 B;  1AM6 A;  1CRA A;  2VVB X;  1DCA A;  1J9W A;  1HCB A;  2IT4 A;  4YGF A;  5CA2 A;  3MNK A;  3S9T A;  5JEP B;  4Q83 A;  3M1W A;  4CNR A;  1Y7W A;  3T5U A;  2NNG A;  2NXS A;  4MLX A;  4PXX A;  5A6H A;  5FLT A;  3S72 B;  1FSQ A;  5DOH A;  3KWA A;  4K0S A;  3K34 A;  3MHI A;  5FLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5JEHB

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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