5JG3 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	AHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFQVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLTHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__317496642091238__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__317496642091238__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5jg3/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__317496642091238__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"317496642091238","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5jg3/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__317496642091238__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e2c8b56ae3462f4c0ad4c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e2c8b56ae3462f4c0ad4c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e2c8b56ae3462f4c0ad4c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e2c8b56ae3462f4c0ad4c/pdb.gz): 1192 ms

reading 259 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

259 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:258});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Water-Restructuring Mutations Can Reverse the Thermodynamic Signature of Ligand Binding to Human Carbonic Anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	74
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-04-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5jg3B00

3KLDB 3OY0A 5G0CA 3RZ1B 2HKKA 4LHIA 2CBBA 4UOVA 3SAXA 2NMXA 1CVEA 1ZFQA 4XIXA 4KP5A 3M2XA 1YO1A 1XPZA 2NN7A 1HVAA 1BNWA 3DD8A 5DSQA 4Q07A 3OKVA 1TH9A 3B1BA 5J8ZA 1THKA 1G45A 4YHAA 2EU3A 1RAZA 2FNMA 3D93A 3MHLA 4Q09A 5FNHA 4FPTA 1I9PA 3IEOA 4MLTA 1CAYA 4XE1A 3RYVB 4RN4A 3V2MA 4PZHA 3TVNX 1AM6A 3ML2A 3DC9A 1CVAA 1ZGFA 4ILXA 1URTA 3DA2A 4Q7VA 3F7UA 4E9OX 1HUGA 3M3XA 3QYKA 3MNHA 5FDIA 3M2YA 4Q78A 3R16A 1CAZA 4L5WA 3MMFA 1CNWA 3HFPA 1BNMA 1ZH9A 5SZ0A 3V3GB 2OSFA 3M40A 3U7CA 1CNXA 2FMZA 1RZAA 1DMXA 5EKJA 5DSMA 5JEHB 4KUWA 4CACA 5E2MA 3RLDA 1A42A 5HPJA 4YVYA 3W6IA 6CA2A 5CJFA 4ETQC 4QSJA 4CNRA 1RZBA 5EHEA 3RZ7A 5AMLA 4DZ7A 2WD3A 1V9EA 3OIKA 1KWQA 4PXXA 1H9NA 3F4XA 3FW3A 1RZDA 4QJ0A 1CCSA 3S97A 3B4FA 1CVHA 3KOIA 5EH8A 4QJPA 1BV3A 4Q06A 4Q8ZA 1G0EA 4GL1X 4ZX0A 1G48A 5EH7A 4M2VA 3RG3A 1G3ZA 5DSNA 4ZAOA 1BZMA 4JSWA 4QTLA 1HEBA 4Q83A 4E49A 4FVNA 5JGTB 3NJ9A 1Z97A 1YO2A 3L14A 5SZ1A 3RJ7A 4YXOA 2QO8A 4X5SA 3TMJA 3V7XA 3MNAA 1CNBA 2ILIA 3LXEA 1CVFA 4MDGA 3MDZA 5DSPA 3HKNA 3DCWA 5JEGB 4YYTA 3HS4A 4FRCA 3M1KA 1I9NA 4RFCA 5E2NA 1ZSCA 3W6HA 5E2KA 4Z0QA 1CZMA 3M2ZA 5FLRA 1CNCA 5DVXA 1OQ5A 1MOOA 3BL1A 3V3JA 3M04A 1CNKA 4QJXA 3S76A 1AVNA 1CCUA 1RJ6A 1G54A 1ZSAA 3PO6A 3DAZA 2FOSA 5FLSA 4MTYA 1CNJA 5EZTX 3M1WA 4WR7A 3P58A 4QIYA 4KNIA 1CA2A 2NWYA 3GZ0A 4Q9YA 3S74B 3HKQA 5FL5A 5FL6A 3JXHC 1KOPA 4YGFA 1CA3A 2NXSA 1I90A 2FOQA 2X7UA 5G0BA 2IT4A 4YXIA 4ITOA 3SAPA 1RJ5A 1JCZA 3CAJA 1G53A 1CVDA 4KAPA 4Z1EA 4FVOA 3CYUA 3PJJA 2X7TA 3RYXB 4XZ5A 4TWLA 3MNKA 2F14A 5L3OA 4E4AA 1XEVA 1DCBA 12CAA 1OKMA 3CZVA 2WD2A 4PQ7A 4Z1NA 1FSQA 1CNYA 1OKLA 4QK3A 1IF8A 3OIMA 4IWZA 3D92A 2FMGA 3ML5A 1TEUX 5JG5B 4BCWA 2NWZA 4M2WA 5C8IA 1G6VA 9CA2A 4Q6DA 4Q6EA 5EHWA 3N0NA 2CABA 1CAJA 4Q7PA 4MO8A 4RUZA 1CAKA 5SZ4A 4QEFA 5G01A 1Y7WA 3ZP9A 3U45X 1LG6A 2WEJA 3M5EA 4HBAA 1FQMA 4TWMA 1F2WA 2Q1BA 5SZ6A 3M1QA 1DCAA 4Y0JA 3UYNA 4Q7WA 1BNQA 1MUAA 5AMDA 3C7PA 2ZNCA 3NB5A 1BNVA 4JSAA 4HEZA 4N16A 3IBNA 1ZSBA 1G4JA 3RYZA 1TG9A 1UGEA 3EFIA 4COQA 4YXUA 2OSMA 3K7KA 4R5AA 1I9OA 3MHOA 4ZX1A 1LUGA 1RZEA 4Z1JA 1CAOA 2GEHA 4G0CA 2CBDA 3P4VA 2VVBX 5SZ3A 4JSZA 3M14A 5EH5A 1JV0A 3DV7A 4KNMA 3MHMA 4HU1A 3M2NA 1YDAA 3M5SA 4Q81A 4WUPA 2H4NA 1TE3X 1KWRA 3DD0A 4PYXA 4WW8A 2AX2A 4ZWYA 4FU5A 2FNNA 3D9ZA 3Q31A 4Q49A 4RFDA 3S73B 4K0TA 1I91A 5FNMA 2VVAX 2H15A 5E2RA 1UGBA 4QK2A 5BNLA 1UGDA 3D8WA 4Q7SA 3KIGA 3P55A 1HCBA 5E5RA 2QP6A 4QJWA 5BYIA 4ZWXA 2GD8A 1HECA 1I9QA 4YGJA 1FSRA 4QY3A 2NXTA 3P5LA 4QSIA 3P44A 3VBDA 2NNVA 3DVDA 1CNHA 4XFWA 4HT0A 4ZWIA 5CACA 1LGDA 2CBCA 1UGGA 3F7BA 3CA2A 2WEGA 5SZ2A 3IGPA 1UGCA 3RYJB 1CINA 2NNSA 1CRMA 5EKHA 3OYQA 1CVCA 1UGAA 2POWA 3OYSA 3K34A 1BN4A 5DSKA 5LMDA 4C3TA 3MNJA 3UYQA 3N2PA 4L5UA 2CBAA 3DCCA 5EKMA 5L6KA 2NXRA 1YDDA 3DBUA 1OKNA 5FNGA 2CA2A 1AZMA 5DRSA 3S78B 2CBEA 3S71B 5E2SA 3DC3A 3P3HA 3V3IB 4KNNA 1TEQX 2NNGA 1I9LA 3FE4A 3RG4A 5FLQA 4CA2A 2HOCA 5G03A 5EIJA 4K13A 5BRVA 1H4NA 4G7AA 1XQ0A 3F8EA 3V2JA 3MNIA 3JXGA 3OKUA 4YWPA 5FLOA 4K1QA 1BICA 1I8ZA 1T9NA 4K0ZA 1RZCA 4HF3A 3KOKA 4WW6A 1HEDA 3KONA 4E3HA 5DSRA 4MLXA 2WEHA 1Z93A 3T83A 3MYQA 4JS6A 4YX4A 1CAMA 3D0NA 5FNIA 5JQ0A 1CAIA 4QIZA 8CA2A 2NN1A 3T82A 3IBLA 3FFPX 3DVCA 3NI5A 1CALA 1IF7A 1ZFKA 3IBIA 4M2UA 1LG5A 2HNCA 4CNXA 2QOAA 3KS3A 5JDVB 4RIVA 1HUHA 2ABEA 3KNEA 1FQLA 3N4BA 3KWAA 5E5UA 3S8XA 4DZ9A 4R59A 1CNGA 4QJOA 1IF6A 2FNKA 4L5VA 4HT2A 2NWPA 1CAHA 1TB0X 3IAIA 3TVOX 3V3HB 3BETA 4KNJA 5DSIA 3N3JA 1RAYA 1ZE8A 5JESB 4WL4A 5CLUA 3T5ZA 1FQRA 1V9IC 5FLPA 4LU3A 2X7SA 3S77B 4Q90A 4QJMA 1Z9YA 1YO0A 5FLTA 4IDRX 3MZCA 4FL7A 5FL4A 4KP8A 1G1DA 1CNIA 4PYYA 3R17B 4RUXA 5DSLA 2FOYA 4QK1A 3P3JA 3M98A 4BF1A 7CA2A 1FLJA 3M67A 1CILA 3EFTA 1FQNA 4M2RA 3DVBA 3JXFA 4R5BA 1DMYA 1KOQA 3ZNCA 4QSAA 2EZ7A 4Q99A 4YGKA 4N0XB 1BN1A 1YDBA 3S75B 3PYKA 4WUQA 4E3DA 3RZ5A 3T85A 4YGNA 1CRAA 3M1JA 1I9MA 3IBUA 3RZ8A 4CNVA 5BRWA 5JGSB 3S72B 1XEGA 3KKXA 4BF6A 2POVA 1G46A 3P5AA 4YGLA 1TG3A 2POUA 3MHCA 1BNNA 4E5QA 3V3FA 4KUYA 2NNOA 1CCTA 4Z1KA 3U3AX 3OILA 4HEWA 3HKUA 1CIMA 5JEPB 1BN3A 4HEYA 5FDCA 3T84A 2Q1QA 2NWOA 5EHVA 3HLJA 3T5UA 4JSSA 5DSJA 4K0SA 4ZWZA 5CA2A 5JQTA 1TTMA 1CVBA 4RH2A 1G4OA 1IF4A 5FNJA 1J9WA 2FW4A 1CANA 5DSOA 4RUYA 3HKTA 4FIKA 4MDLA 3U47A 3K2FA 4KV0A 5FNKA 3DCSA 1JD0A 1HEAA 5IPZA 3RZ0B 3BL0A 3SBIA 5JG3B 4Q87A 5A25A 5A6HA 3V5GA 4Q8XA 5FNLA 3MWOA 2EU2A 3M5TA 1IF9A 4ITPA 4Q8YA 3SBHA 2AW1A 3S9TA 1ZGEA 1FR7A 1HCAA 1LZVA 4CQ0A 4QSBA 1BCDA 2W2JA 3RYYA 2FOVA 1H9QA 1G0FA 4MDMA 5SZ7A 4LP6A 4Q08A 5E28A 3MNUA 3MHIA 5SZ5A 1G52A 1ZNCA 2HFWA 2WEOA 2Q38A 1FR4A 1YDCA 4RIUA 1BNUA 5AMGA 1IF5A 5DOGA 1KEQA 2HD6A 4E3GA 2O4ZA 5BRUA 1UGFA 2FOUA 2HL4A 1TBTX 1BNTA 4KUVA 4CNWA 1EOUA 5EOIA 3RGEA 3M96A 5DOHA 1FSNA 4XIWA 4E3FA 4Q0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KLD B;  3OY0 A;  5G0C A;  3RZ1 B;  2HKK A;  4LHI A;  2CBB A;  4UOV A;  3SAX A;  2NMX A;  1CVE A;  1ZFQ A;  4XIX A;  4KP5 A;  3M2X A;  1YO1 A;  1XPZ A;  2NN7 A;  1HVA A;  1BNW A;  3DD8 A;  5DSQ A;  4Q07 A;  3OKV A;  1TH9 A;  3B1B A;  5J8Z A;  1THK A;  1G45 A;  4YHA A;  2EU3 A;  1RAZ A;  2FNM A;  3D93 A;  3MHL A;  4Q09 A;  5FNH A;  4FPT A;  1I9P A;  3IEO A;  4MLT A;  1CAY A;  4XE1 A;  3RYV B;  4RN4 A;  3V2M A;  4PZH A;  3TVN X;  1AM6 A;  3ML2 A;  3DC9 A;  1CVA A;  1ZGF A;  4ILX A;  1URT A;  3DA2 A;  4Q7V A;  3F7U A;  4E9O X;  1HUG A;  3M3X A;  3QYK A;  3MNH A;  5FDI A;  3M2Y A;  4Q78 A;  3R16 A;  1CAZ A;  4L5W A;  3MMF A;  1CNW A;  3HFP A;  1BNM A;  1ZH9 A;  5SZ0 A;  3V3G B;  2OSF A;  3M40 A;  3U7C A;  1CNX A;  2FMZ A;  1RZA A;  1DMX A;  5EKJ A;  5DSM A;  5JEH B;  4KUW A;  4CAC A;  5E2M A;  3RLD A;  1A42 A;  5HPJ A;  4YVY A;  3W6I A;  6CA2 A;  5CJF A;  4ETQ C;  4QSJ A;  4CNR A;  1RZB A;  5EHE A;  3RZ7 A;  5AML A;  4DZ7 A;  2WD3 A;  1V9E A;  3OIK A;  1KWQ A;  4PXX A;  1H9N A;  3F4X A;  3FW3 A;  1RZD A;  4QJ0 A;  1CCS A;  3S97 A;  3B4F A;  1CVH A;  3KOI A;  5EH8 A;  4QJP A;  1BV3 A;  4Q06 A;  4Q8Z A;  1G0E A;  4GL1 X;  4ZX0 A;  1G48 A;  5EH7 A;  4M2V A;  3RG3 A;  1G3Z A;  5DSN A;  4ZAO A;  1BZM A;  4JSW A;  4QTL A;  1HEB A;  4Q83 A;  4E49 A;  4FVN A;  5JGT B;  3NJ9 A;  1Z97 A;  1YO2 A;  3L14 A;  5SZ1 A;  3RJ7 A;  4YXO A;  2QO8 A;  4X5S A;  3TMJ A;  3V7X A;  3MNA A;  1CNB A;  2ILI A;  3LXE A;  1CVF A;  4MDG A;  3MDZ A;  5DSP A;  3HKN A;  3DCW A;  5JEG B;  4YYT A;  3HS4 A;  4FRC A;  3M1K A;  1I9N A;  4RFC A;  5E2N A;  1ZSC A;  3W6H A;  5E2K A;  4Z0Q A;  1CZM A;  3M2Z A;  5FLR A;  1CNC A;  5DVX A;  1OQ5 A;  1MOO A;  3BL1 A;  3V3J A;  3M04 A;  1CNK A;  4QJX A;  3S76 A;  1AVN A;  1CCU A;  1RJ6 A;  1G54 A;  1ZSA A;  3PO6 A;  3DAZ A;  2FOS A;  5FLS A;  4MTY A;  1CNJ A;  5EZT X;  3M1W A;  4WR7 A;  3P58 A;  4QIY A;  4KNI A;  1CA2 A;  2NWY A;  3GZ0 A;  4Q9Y A;  3S74 B;  3HKQ A;  5FL5 A;  5FL6 A;  3JXH C;  1KOP A;  4YGF A;  1CA3 A;  2NXS A;  1I90 A;  2FOQ A;  2X7U A;  5G0B A;  2IT4 A;  4YXI A;  4ITO A;  3SAP A;  1RJ5 A;  1JCZ A;  3CAJ A;  1G53 A;  1CVD A;  4KAP A;  4Z1E A;  4FVO A;  3CYU A;  3PJJ A;  2X7T A;  3RYX B;  4XZ5 A;  4TWL A;  3MNK A;  2F14 A;  5L3O A;  4E4A A;  1XEV A;  1DCB A;  12CA A;  1OKM A;  3CZV A;  2WD2 A;  4PQ7 A;  4Z1N A;  1FSQ A;  1CNY A;  1OKL A;  4QK3 A;  1IF8 A;  3OIM A;  4IWZ A;  3D92 A;  2FMG A;  3ML5 A;  1TEU X;  5JG5 B;  4BCW A;  2NWZ A;  4M2W A;  5C8I A;  1G6V A;  9CA2 A;  4Q6D A;  4Q6E A;  5EHW A;  3N0N A;  2CAB A;  1CAJ A;  4Q7P A;  4MO8 A;  4RUZ A;  1CAK A;  5SZ4 A;  4QEF A;  5G01 A;  1Y7W A;  3ZP9 A;  3U45 X;  1LG6 A;  2WEJ A;  3M5E A;  4HBA A;  1FQM A;  4TWM A;  1F2W A;  2Q1B A;  5SZ6 A;  3M1Q A;  1DCA A;  4Y0J A;  3UYN A;  4Q7W A;  1BNQ A;  1MUA A;  5AMD A;  3C7P A;  2ZNC A;  3NB5 A;  1BNV A;  4JSA A;  4HEZ A;  4N16 A;  3IBN A;  1ZSB A;  1G4J A;  3RYZ A;  1TG9 A;  1UGE A;  3EFI A;  4COQ A;  4YXU A;  2OSM A;  3K7K A;  4R5A A;  1I9O A;  3MHO A;  4ZX1 A;  1LUG A;  1RZE A;  4Z1J A;  1CAO A;  2GEH A;  4G0C A;  2CBD A;  3P4V A;  2VVB X;  5SZ3 A;  4JSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5JG3B

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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