5JQ0 | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__018377583674566__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__018377583674566__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5jq0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__018377583674566__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"018377583674566","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5jq0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__018377583674566__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Benzoxaborole as a new chemotype for carbonic anhydrase inhibition. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-05-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5jq0A00

3V5GA 2FOUA 4KNNA 1HCBA 4FU5A 4XIXA 1H4NA 3K34A 4MTYA 2O4ZA 3D92A 3KONA 1FR7A 3KOIA 5FNIA 3GZ0A 3KNEA 4Q7SA 5SZ5A 2OSMA 4M2RA 9CA2A 1AZMA 1CRAA 1TTMA 5FNHA 4M2UA 3KIGA 3RG3A 1I91A 1BCDA 1TE3X 5G0BA 3MYQA 1CZMA 1YDAA 4Q7WA 1YO1A 1G52A 2EU3A 4CA2A 3C7PA 3D9ZA 4YXIA 3S72B 3ML2A 3MHLA 3MNKA 4TWLA 3HKUA 4G0CA 3V3FA 4RUXA 1CA2A 3D8WA 2EZ7A 3P3JA 4R59A 4WR7A 3T84A 5E2SA 3DCSA 3HKNA 1HECA 1ZE8A 5DSLA 1XEVA 4KNIA 4Z0QA 4LP6A 1I9LA 2FW4A 3RZ7A 1BNWA 1FLJA 2GD8A 5SZ6A 3F8EA 3IBNA 4MDGA 3M14A 5EH8A 5E28A 1DMXA 1CAHA 4RFCA 4Q99A 4QIZA 5JDVB 1THKA 5E2NA 4IWZA 4LU3A 4Q81A 2POWA 1ZSCA 1ZSBA 3DVCA 2FOSA 4XZ5A 2W2JA 1G0EA 1LG5A 3OKVA 1TG9A 3BL1A 4N16A 3CA2A 1CNKA 1J9WA 1UGFA 3DD0A 5FLTA 3NI5A 4KUWA 2F14A 4L5UA 1CNBA 3MHCA 4QY3A 3D93A 3R16A 1H9NA 2FMZA 4LHIA 1BV3A 5SZ4A 4HF3A 5EOIA 1RJ6A 3OYSA 3V3IB 1CAJA 4ZWZA 1BICA 1CAOA 4K1QA 5G0CA 3MMFA 1A42A 1DCBA 1IF4A 4HT0A 5BRUA 2QOAA 3F7UA 1CVHA 2FMGA 1HEAA 1CAMA 1XEGA 4QK1A 4DZ9A 5E5RA 1I9QA 2WD3A 3IEOA 4Z1KA 3DC3A 3S8XA 4JSZA 1RAZA 4QK2A 5JESB 1AVNA 4Z1NA 1FQMA 3M96A 1CNYA 3F4XA 7CA2A 4FVNA 4Q6DA 1IF5A 3DA2A 5AMGA 1JV0A 1HUGA 3EFTA 5E2MA 1BNNA 5SZ7A 1TEQX 2CBAA 1AM6A 3KLDB 4L5VA 3V3JA 5JQ0A 5FL5A 1BN3A 4BF1A 1CNGA 3DCCA 4HEZA 4UOVA 3V2MA 2ZNCA 5CA2A 3OYQA 5E2RA 3MHOA 1LGDA 1XQ0A 4RH2A 5BYIA 2WEOA 3NB5A 3F7BA 1ZFQA 3R17B 5EKHA 3M1QA 1Y7WA 2CA2A 2CBEA 1CA3A 3CZVA 3M2YA 3MNAA 3OIKA 3P5AA 4RIUA 5FNLA 4ZWXA 4YGFA 4E9OX 3S9TA 1I9OA 3TMJA 3JXGA 2NWYA 4FRCA 5BRWA 2VVAX 2HFWA 3RG4A 4YGJA 1HEDA 3RJ7A 4QSJA 3PYKA 5FNGA 4KNJA 1FQRA 3P3HA 4YHAA 3RZ8A 4COQA 1BN4A 1DCAA 2HNCA 2H4NA 2QP6A 3M2XA 5FNMA 1CVEA 3MNJA 1KOQA 3RGEA 3HFPA 5JG5B 1YDCA 3FW3A 4ZAOA 2NWOA 3JXFA 1YO2A 2WEGA 3RYYA 5EKMA 1Z97A 3L14A 1LUGA 5DOHA 4QIYA 2FOYA 4HT2A 4Z1EA 3UYQA 3MZCA 2Q1BA 1OQ5A 3DV7A 4KP5A 1LG6A 2VVBX 3HLJA 2NNVA 3SAPA 3DVBA 4GL1X 4KUYA 3ZP9A 1I9PA 3FE4A 4QJ0A 4CACA 1UGDA 3M5EA 6CA2A 1CILA 3UYNA 3N3JA 3K7KA 4Q06A 4QSIA 3DBUA 5EKJA 4K0TA 4R5AA 1LZVA 4QK3A 1CVFA 4E3DA 1YDDA 1HEBA 3HKTA 5FLRA 3S75B 4HEYA 3U45X 2AW1A 4E49A 5AMDA 2POVA 1JD0A 2HL4A 1G6VA 1TB0X 4WUPA 4Q9YA 3RYJB 3D0NA 3RYVB 4RIVA 4HEWA 3M67A 1CNWA 2HOCA 5DSKA 2GEHA 3T82A 4ITPA 1ZSAA 1HVAA 3RZ5A 2POUA 1CVAA 5JG3B 3DVDA 1G53A 4ZWYA 1G54A 1ZNCA 1Z9YA 1CVDA 3MNIA 3SAXA 3T83A 1IF8A 2OSFA 5A6HA 3MNUA 3PJJA 4CQ0A 2NWZA 4E3HA 2FNKA 2FOVA 3P44A 4XFWA 4CNRA 1DMYA 4MO8A 1CNCA 1OKNA 5EHEA 2WEJA 1YO0A 2NWPA 5E2KA 5G01A 1G46A 4Q09A 3P55A 4WL4A 4MLXA 4TWMA 3M1WA 4BCWA 1RAYA 3N2PA 8CA2A 5L3OA 2NN1A 4FVOA 5CACA 3M1JA 4ITOA 3QYKA 4KUVA 3DCWA 3V3HB 5DSIA 12CAA 5SZ1A 3RYZA 4Q49A 1G0FA 5C8IA 3IBLA 2FNMA 4YGKA 5DOGA 5SZ3A 3SBIA 5DSPA 1HUHA 1H9QA 5FLSA 4ZX1A 4PZHA 5FLPA 5FDIA 1JCZA 1IF7A 4K13A 5JGSB 4YGNA 3DAZA 1BNUA 1IF6A 5LMDA 1HCAA 4N0XB 3ZNCA 2AX2A 3CYUA 3FFPX 4JSSA 4M2WA 1BNQA 1RZEA 5CJFA 3EFIA 2IT4A 5DSQA 1RZAA 3HKQA 4QTLA 3P4VA 3N0NA 4KP8A 5FL6A 3N4BA 4KAPA 5DSRA 3U7CA 4E5QA 5FDCA 5BRVA 5EH5A 1FSNA 4C3TA 1CIMA 4Q90A 1CAKA 4KNMA 4K0ZA 4Q6EA 1CVCA 3PO6A 5E5UA 3OILA 3TVNX 2ABEA 2NNOA 2X7SA 3K2FA 1CCTA 3KKXA 5BNLA 3MDZA 3SBHA 4WW8A 5JEGB 4QJXA 4R5BA 4Q8YA 1MUAA 1V9EA 2X7TA 1UGCA 3KWAA 3NJ9A 5DSOA 1CCSA 1UGGA 5JEHB 4DZ7A 3V2JA 4Q0LA 1I8ZA 3KOKA 1KEQA 4IDRX 4M2VA 1FQLA 4Z1JA 4XE1A 5AMLA 4QJOA 3S74B 1G48A 1KWRA 2NNGA 3P5LA 4Q07A 2Q1QA 1ZGFA 5FL4A 3S78B 3T5ZA 1RZDA 3HS4A 4WUQA 2EU2A 2ILIA 3CAJA 3DC9A 4YYTA 1UGAA 3M5TA 1CNJA 1Z93A 1CCUA 1CALA 4ETQC 5DVXA 1ZFKA 3ML5A 1TEUX 2HKKA 3V7XA 3RZ1B 2NXSA 4QSAA 5FLQA 5HPJA 4ILXA 1TH9A 2HD6A 3IGPA 1CANA 4QEFA 2FOQA 3OY0A 1CVBA 4L5WA 3JXHC 1CRMA 1I9NA 3M40A 1BNMA 3LXEA 1BN1A 4RFDA 3TVOX 4PYYA 4ZWIA 4CNVA 3W6IA 3OKUA 3B1BA 2FNNA 4RN4A 4CNXA 4X5SA 2CBBA 3M2ZA 1CAYA 1I90A 1RZBA 3S97A 4QJWA 5JQTA 3RLDA 4K0SA 5EHWA 1XPZA 2NXRA 4MDMA 4Q7PA 3VBDA 4JSWA 1BNVA 2QO8A 4YXUA 5SZ0A 4Q7VA 2NNSA 3M04A 4RUZA 4E3GA 3S76A 4QSBA 1YDBA 4CNWA 2WEHA 1FQNA 5IPZA 4G7AA 1G3ZA 1UGEA 3M2NA 3Q31A 3U47A 3KS3A 3M5SA 2NN7A 4Q08A 3IBUA 5JEPB 3M1KA 3DD8A 5FNJA 1BNTA 3S77B 5L6KA 1G4JA 3IAIA 1G45A 2X7UA 1FSRA 1V9IC 2NMXA 5JGTB 1KWQA 1URTA 1MOOA 4YVYA 5A25A 1G4OA 1FSQA 4PYXA 1RZCA 5EH7A 4QJMA 1CNXA 2Q38A 1CNIA 3M98A 4KV0A 1OKMA 4WW6A 3V3GB 4HU1A 1I9MA 5DRSA 3W6HA 5DSNA 1TBTX 5FLOA 3S71B 4Q78A 4Y0JA 5EIJA 1CINA 5EZTX 3T5UA 4Q8XA 2CBCA 3RYXB 4HBAA 4Q87A 5DSMA 3T85A 1OKLA 1F2WA 2H15A 3B4FA 4XIWA 1CNHA 3BL0A 4JSAA 4PQ7A 1TG3A 3BETA 1ZGEA 4Q83A 5J8ZA 4YWPA 3MNHA 4FIKA 4ZX0A 1CAIA 1CAZA 1T9NA 2CBDA 1ZH9A 5G03A 2NXTA 4BF6A 4E4AA 4MDLA 5SZ2A 3P58A 4PXXA 4YX4A 2WD2A 4YXOA 4RUYA 5EHVA 3MHMA 1BZMA 4FL7A 4Q8ZA 4FPTA 5FNKA 4YGLA 3MHIA 3M3XA 1EOUA 3RZ0B 4QJPA 5CLUA 1UGBA 3IBIA 3MWOA 1G1DA 1KOPA 4JS6A 3S73B 3U3AX 5DSJA 3OIMA 2CABA 4MLTA 4E3FA 1FR4A 1IF9A 1RJ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3V5G A;  2FOU A;  4KNN A;  1HCB A;  4FU5 A;  4XIX A;  1H4N A;  3K34 A;  4MTY A;  2O4Z A;  3D92 A;  3KON A;  1FR7 A;  3KOI A;  5FNI A;  3GZ0 A;  3KNE A;  4Q7S A;  5SZ5 A;  2OSM A;  4M2R A;  9CA2 A;  1AZM A;  1CRA A;  1TTM A;  5FNH A;  4M2U A;  3KIG A;  3RG3 A;  1I91 A;  1BCD A;  1TE3 X;  5G0B A;  3MYQ A;  1CZM A;  1YDA A;  4Q7W A;  1YO1 A;  1G52 A;  2EU3 A;  4CA2 A;  3C7P A;  3D9Z A;  4YXI A;  3S72 B;  3ML2 A;  3MHL A;  3MNK A;  4TWL A;  3HKU A;  4G0C A;  3V3F A;  4RUX A;  1CA2 A;  3D8W A;  2EZ7 A;  3P3J A;  4R59 A;  4WR7 A;  3T84 A;  5E2S A;  3DCS A;  3HKN A;  1HEC A;  1ZE8 A;  5DSL A;  1XEV A;  4KNI A;  4Z0Q A;  4LP6 A;  1I9L A;  2FW4 A;  3RZ7 A;  1BNW A;  1FLJ A;  2GD8 A;  5SZ6 A;  3F8E A;  3IBN A;  4MDG A;  3M14 A;  5EH8 A;  5E28 A;  1DMX A;  1CAH A;  4RFC A;  4Q99 A;  4QIZ A;  5JDV B;  1THK A;  5E2N A;  4IWZ A;  4LU3 A;  4Q81 A;  2POW A;  1ZSC A;  1ZSB A;  3DVC A;  2FOS A;  4XZ5 A;  2W2J A;  1G0E A;  1LG5 A;  3OKV A;  1TG9 A;  3BL1 A;  4N16 A;  3CA2 A;  1CNK A;  1J9W A;  1UGF A;  3DD0 A;  5FLT A;  3NI5 A;  4KUW A;  2F14 A;  4L5U A;  1CNB A;  3MHC A;  4QY3 A;  3D93 A;  3R16 A;  1H9N A;  2FMZ A;  4LHI A;  1BV3 A;  5SZ4 A;  4HF3 A;  5EOI A;  1RJ6 A;  3OYS A;  3V3I B;  1CAJ A;  4ZWZ A;  1BIC A;  1CAO A;  4K1Q A;  5G0C A;  3MMF A;  1A42 A;  1DCB A;  1IF4 A;  4HT0 A;  5BRU A;  2QOA A;  3F7U A;  1CVH A;  2FMG A;  1HEA A;  1CAM A;  1XEG A;  4QK1 A;  4DZ9 A;  5E5R A;  1I9Q A;  2WD3 A;  3IEO A;  4Z1K A;  3DC3 A;  3S8X A;  4JSZ A;  1RAZ A;  4QK2 A;  5JES B;  1AVN A;  4Z1N A;  1FQM A;  3M96 A;  1CNY A;  3F4X A;  7CA2 A;  4FVN A;  4Q6D A;  1IF5 A;  3DA2 A;  5AMG A;  1JV0 A;  1HUG A;  3EFT A;  5E2M A;  1BNN A;  5SZ7 A;  1TEQ X;  2CBA A;  1AM6 A;  3KLD B;  4L5V A;  3V3J A;  5JQ0 A;  5FL5 A;  1BN3 A;  4BF1 A;  1CNG A;  3DCC A;  4HEZ A;  4UOV A;  3V2M A;  2ZNC A;  5CA2 A;  3OYQ A;  5E2R A;  3MHO A;  1LGD A;  1XQ0 A;  4RH2 A;  5BYI A;  2WEO A;  3NB5 A;  3F7B A;  1ZFQ A;  3R17 B;  5EKH A;  3M1Q A;  1Y7W A;  2CA2 A;  2CBE A;  1CA3 A;  3CZV A;  3M2Y A;  3MNA A;  3OIK A;  3P5A A;  4RIU A;  5FNL A;  4ZWX A;  4YGF A;  4E9O X;  3S9T A;  1I9O A;  3TMJ A;  3JXG A;  2NWY A;  4FRC A;  5BRW A;  2VVA X;  2HFW A;  3RG4 A;  4YGJ A;  1HED A;  3RJ7 A;  4QSJ A;  3PYK A;  5FNG A;  4KNJ A;  1FQR A;  3P3H A;  4YHA A;  3RZ8 A;  4COQ A;  1BN4 A;  1DCA A;  2HNC A;  2H4N A;  2QP6 A;  3M2X A;  5FNM A;  1CVE A;  3MNJ A;  1KOQ A;  3RGE A;  3HFP A;  5JG5 B;  1YDC A;  3FW3 A;  4ZAO A;  2NWO A;  3JXF A;  1YO2 A;  2WEG A;  3RYY A;  5EKM A;  1Z97 A;  3L14 A;  1LUG A;  5DOH A;  4QIY A;  2FOY A;  4HT2 A;  4Z1E A;  3UYQ A;  3MZC A;  2Q1B A;  1OQ5 A;  3DV7 A;  4KP5 A;  1LG6 A;  2VVB X;  3HLJ A;  2NNV A;  3SAP A;  3DVB A;  4GL1 X;  4KUY A;  3ZP9 A;  1I9P A;  3FE4 A;  4QJ0 A;  4CAC A;  1UGD A;  3M5E A;  6CA2 A;  1CIL A;  3UYN A;  3N3J A;  3K7K A;  4Q06 A;  4QSI A;  3DBU A;  5EKJ A;  4K0T A;  4R5A A;  1LZV A;  4QK3 A;  1CVF A;  4E3D A;  1YDD A;  1HEB A;  3HKT A;  5FLR A;  3S75 B;  4HEY A;  3U45 X;  2AW1 A;  4E49 A;  5AMD A;  2POV A;  1JD0 A;  2HL4 A;  1G6V A;  1TB0 X;  4WUP A;  4Q9Y A;  3RYJ B;  3D0N A;  3RYV B;  4RIV A;  4HEW A;  3M67 A;  1CNW A;  2HOC A;  5DSK A;  2GEH A;  3T82 A;  4ITP A;  1ZSA A;  1HVA A;  3RZ5 A;  2POU A;  1CVA A;  5JG3 B;  3DVD A;  1G53 A;  4ZWY A;  1G54 A;  1ZNC A;  1Z9Y A;  1CVD A;  3MNI A;  3SAX A;  3T83 A;  1IF8 A;  2OSF A;  5A6H A;  3MNU A;  3PJJ A;  4CQ0 A;  2NWZ A;  4E3H A;  2FNK A;  2FOV A;  3P44 A;  4XFW A;  4CNR A;  1DMY A;  4MO8 A;  1CNC A;  1OKN A;  5EHE A;  2WEJ A;  1YO0 A;  2NWP A;  5E2K A;  5G01 A;  1G46 A;  4Q09 A;  3P55 A;  4WL4 A;  4MLX A;  4TWM A;  3M1W A;  4BCW A;  1RAY A;  3N2P A;  8CA2 A;  5L3O A;  2NN1 A;  4FVO A;  5CAC A;  3M1J A;  4ITO A;  3QYK A;  4KUV A;  3DCW A;  3V3H B;  5DSI A;  12CA A;  5SZ1 A;  3RYZ A;  4Q49 A;  1G0F A;  5C8I A;  3IBL A;  2FNM A;  4YGK A;  5DOG A;  5SZ3 A;  3SBI A;  5DSP A;  1HUH A;  1H9Q A;  5FLS A;  4ZX1 A;  4PZH A;  5FLP A;  5FDI A;  1JCZ A;  1IF7 A;  4K13 A;  5JGS B;  4YGN A;  3DAZ A;  1BNU A;  1IF6 A;  5LMD A;  1HCA A;  4N0X B;  3ZNC A;  2AX2 A;  3CYU A;  3FFP X;  4JSS A;  4M2W A;  1BNQ A;  1RZE A;  5CJF A;  3EFI A;  2IT4 A;  5DSQ A; 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5JQ0A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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