5SZ7 | Genus

Total Genus 81

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVTFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTEGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLAECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3658187351952384__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3658187351952384__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5sz7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3658187351952384__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3658187351952384","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5sz7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3658187351952384__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01a6f9a43f683d6fddbfee/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01a6f9a43f683d6fddbfee/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01a6f9a43f683d6fddbfee/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01a6f9a43f683d6fddbfee/pdb.gz): 817 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Activity Relationships of Benzenesulfonamide-Based Inhibitors towards Carbonic Anhydrase Isoform Specificity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	81
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2016-08-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	5sz7A00

1KOPA 3M3XA 3IBUA 5CA2A 1CA2A 2FNKA 7CA2A 2ILIA 1RZDA 4FRCA 1RZCA 1LG5A 4WW6A 4QEFA 3KONA 3M98A 4Q7SA 5L6KA 2POVA 4TWMA 4FL7A 3N0NA 3HLJA 1CNXA 4YGLA 3BL1A 4RFDA 2FW4A 1TBTX 1CALA 3HKQA 3M2ZA 2NXTA 1BNMA 4QK1A 1LG6A 1XEVA 4Z1KA 1CILA 2NN1A 3TVNX 2GD8A 1CNHA 3DV7A 3IEOA 4QY3A 2CBBA 1XPZA 3IGPA 5AMDA 5E2KA 4ZWIA 4CA2A 1I9PA 2NNVA 5SZ3A 2CBDA 3VBDA 3S76A 3U7CA 1ZSBA 1J9WA 4QSIA 4YXUA 2FNMA 2WD2A 3DCSA 4JSAA 5EH7A 4G7AA 4FPTA 3HS4A 2X7UA 2HKKA 3JXFA 3DBUA 3F4XA 3DC9A 4ETQC 3HKNA 2WEJA 1IF6A 3M04A 1TH9A 1KEQA 4IWZA 4MTYA 3JXGA 3V2JA 4G0CA 3SBIA 5E2NA 4JSSA 2X7TA 5L3OA 2H15A 4KP5A 2IT4A 5HPJA 4KUYA 3M1KA 3V5GA 1KWQA 2EU2A 1I91A 5BRVA 2CABA 4ZWZA 1HEDA 4Q07A 1Z9YA 4LU3A 5SZ1A 3S75B 4KNNA 4Q09A 1CVEA 5BNLA 4C3TA 1BNVA 2CA2A 5JGTB 4ZX0A 2NNOA 3T85A 2Q38A 1CAJA 3B1BA 5EHVA 4RIVA 4ZWYA 5E2RA 3HKTA 2HNCA 1CAZA 5FLSA 3T5UA 5JEGB 4HEWA 3D8WA 3M2NA 1AVNA 1KOQA 1DMXA 1G52A 4K13A 4LHIA 1CAKA 1MUAA 4RH2A 5FNGA 5C8IA 1Y7WA 4Q0LA 1URTA 3ML5A 3V2MA 3MHOA 3V3FA 4E3FA 4Q78A 3KWAA 4YGNA 2NMXA 3OYQA 1YO0A 3OIKA 3DD8A 4QIYA 3MNUA 3OYSA 4CNWA 3S74B 1LZVA 1RAZA 1BNWA 1CNIA 5DVXA 1G4JA 1THKA 4RUYA 4JSWA 1IF8A 3EFTA 4X5SA 4R5BA 3RZ5A 3KOIA 3KNEA 1TB0X 2HD6A 5DSNA 2ZNCA 1IF4A 4PXXA 1XEGA 3T82A 3CAJA 5IPZA 1G48A 4QJXA 3IBLA 4COQA 2EU3A 5EOIA 2AX2A 3BL0A 4YGJA 1FSRA 1G4OA 5DSQA 4Y0JA 4JS6A 4RUXA 4Q9YA 1CVAA 2Q1QA 2O4ZA 4YHAA 1DMYA 3KOKA 4Q6EA 1HVAA 3KS3A 4N16A 4WR7A 4BF6A 4BF1A 1RZAA 1Z93A 5FNHA 4CNXA 3T83A 1FSNA 3M96A 1RAYA 5FL5A 4Q8YA 1YO1A 1RZEA 1G1DA 4DZ7A 4PYXA 4XIWA 4QJMA 5SZ4A 3RZ7A 3RZ8A 1FQLA 4LP6A 3DVCA 5E28A 1ZFQA 2QOAA 1CCTA 3P5LA 4E9OX 5E5RA 3IAIA 3M5EA 1EOUA 1OKMA 3M2XA 4K0TA 3CA2A 3M5SA 5SZ6A 4K1QA 3D0NA 6CA2A 1HCBA 2GEHA 3MNKA 2FOUA 4XFWA 5JEPB 5JG3B 5EKHA 3FE4A 1FSQA 2Q1BA 1JCZA 3EFIA 5J8ZA 1G0EA 4PYYA 4YVYA 12CAA 1IF5A 4MDMA 3F8EA 4QJOA 1T9NA 2FMZA 4MDLA 4FVOA 3SAXA 1G0FA 1MOOA 1FQNA 3PO6A 1BNNA 1YDDA 1ZGEA 3RG4A 1BNQA 3P58A 3U3AX 1CCUA 2EZ7A 4CACA 3DCCA 4HF3A 4ITPA 5FNLA 1OKNA 2F14A 1CAHA 5DSOA 2NXRA 1UGGA 2WEOA 1AM6A 3D93A 4Z0QA 2AW1A 3T84A 5DSJA 1YDAA 1I9QA 1CIMA 4K0ZA 3KIGA 2FOSA 3N2PA 4Q8ZA 4RFCA 1UGFA 4Q7WA 5DRSA 3ML2A 5FL6A 5EKJA 5A6HA 2VVAX 3DAZA 3MHLA 4HBAA 1I9LA 3MYQA 1G6VA 1IF9A 3RG3A 3HKUA 4FVNA 5FLPA 3N4BA 3GZ0A 4RUZA 1CVDA 1CAYA 4UOVA 1CVCA 3R16A 3S73B 2OSFA 3OILA 5BYIA 4GL1X 5JG5B 5E5UA 2NWOA 1H9NA 5CJFA 4Q7VA 1CNKA 1TEQX 1IF7A 5DSIA 4L5UA 4WUQA 5DOGA 5FNJA 4HT0A 1H9QA 5EIJA 1F2WA 1ZFKA 3BETA 4Q90A 2CBAA 1CAMA 4WW8A 3RZ1B 4FU5A 4Z1NA 5FLTA 3S78B 4E3HA 3DC3A 3F7UA 3M14A 1UGEA 3OKVA 3P44A 1JV0A 1I8ZA 1V9IC 1UGBA 3RJ7A 1RZBA 3DVDA 4Q7PA 5G0CA 1V9EA 5SZ7A 1CNBA 1ZNCA 2POWA 3P3JA 4QJPA 2NNSA 5AMLA 5EH8A 4WL4A 3DA2A 5DSRA 4E4AA 2NN7A 4YGFA 5SZ5A 3UYQA 1LUGA 3S9TA 3MMFA 1FQRA 4QJ0A 4ZX1A 1CVHA 1CAIA 1KWRA 1YO2A 4E49A 1CNCA 1ZSAA 3JXHC 5DSMA 3RYZA 5EHWA 1G54A 1CRAA 3HFPA 5FDCA 4FIKA 3W6HA 1RJ5A 1TG3A 2NXSA 1HEAA 5SZ2A 4M2WA 2FOVA 5G0BA 3P4VA 3LXEA 4QSBA 3S97A 4HEYA 1TTMA 3MDZA 5EKMA 5JEHB 3L14A 1CVFA 2HFWA 3MZCA 4RIUA 3PYKA 1ZSCA 3D9ZA 3P55A 3V3HB 3QYKA 5JQ0A 1ZE8A 1I9OA 1TE3X 3M1WA 1FR7A 5DSLA 1UGDA 3V7XA 1BICA 3V3GB 1JD0A 1CNYA 3KLDB 3RYYA 3M2YA 2WD3A 3C7PA 4KP8A 4CQ0A 3FFPX 2VVBX 3OY0A 3M40A 4KV0A 3S72B 4YYTA 3S71B 2ABEA 4Q83A 3W6IA 1G3ZA 3DD0A 1CZMA 3RGEA 4Z1EA 2FMGA 5E2SA 4QK2A 3NI5A 3OIMA 4K0SA 1CNWA 4WUPA 3MNAA 5FLOA 1A42A 1OQ5A 4TWLA 5FLRA 1AZMA 1LGDA 3M5TA 4ZAOA 1BN1A 4BCWA 2CBCA 3U47A 3IBNA 3ZP9A 2NWYA 1CANA 1CAOA 2WEGA 4KNMA 4Q99A 1CRMA 5LMDA 4RN4A 1RJ6A 4QIZA 4M2VA 4R59A 1G46A 5DOHA 3N3JA 1CINA 3Q31A 2W2JA 1HCAA 5BRUA 4QSAA 4ITOA 3NB5A 3RYVB 5G03A 2POUA 3IBIA 2QP6A 4XIXA 2WEHA 2FOYA 4IDRX 5AMGA 3MNIA 4Q6DA 5BRWA 5EZTX 4KNIA 5JDVB 4ILXA 3OKUA 2OSMA 4R5AA 3S8XA 2NWZA 3MWOA 4YXIA 4Q81A 4PQ7A 4ZWXA 4M2UA 4L5WA 3K7KA 4QK3A 4YWPA 3TMJA 1BN3A 4XE1A 3V3IB 1HUGA 5DSPA 2HOCA 2H4NA 1CVBA 4E3DA 4HEZA 4CNRA 1BV3A 5EH5A 4QSJA 2HL4A 1DCAA 3MHIA 9CA2A 5CLUA 4Q06A 3M1QA 1TEUX 1BZMA 5SZ0A 5A25A 4KUWA 1BN4A 4KNJA 1HEBA 5FL4A 1I90A 3P3HA 5G01A 5JESB 2QO8A 1CNGA 1I9NA 1ZGFA 3D92A 1CCSA 3CZVA 3T5ZA 4MLXA 1ZH9A 1BCDA 4KAPA 5FNKA 4QTLA 3V3JA 3FW3A 3NJ9A 3DCWA 1H4NA 3MHMA 1G53A 4Z1JA 4YGKA 1CNJA 3MNJA 4MLTA 1I9MA 5EHEA 5FNIA 4E5QA 4YX4A 1BNUA 4L5VA 3M1JA 3SAPA 3B4FA 5FLQA 1CA3A 3R17B 3RYXB 1FR4A 3DVBA 2CBEA 2NWPA 4PZHA 4E3GA 5DSKA 3M67A 4YXOA 4Q08A 2X7SA 3K2FA 3ZNCA 2NNGA 3K34A 8CA2A 4HT2A 4KUVA 3U45X 1BNTA 4Q49A 4CNVA 4M2RA 3P5AA 1UGAA 4MDGA 3RYJB 3KKXA 3S77B 3RZ0B 4Q87A 3UYNA 5CACA 3CYUA 1YDBA 2FOQA 4HU1A 2FNNA 1Z97A 4JSZA 3F7BA 5JQTA 3MNHA 1OKLA 4DZ9A 1HECA 4MO8A 1G45A 1TG9A 1UGCA 4Q8XA 3MHCA 3TVOX 5FNMA 1FQMA 3SBHA 4XZ5A 5JGSB 4N0XB 1HUHA 1YDCA 1FLJA 1XQ0A 1DCBA 3RLDA 5E2MA 5FDIA 4QJWA 3PJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KOP A;  3M3X A;  3IBU A;  5CA2 A;  1CA2 A;  2FNK A;  7CA2 A;  2ILI A;  1RZD A;  4FRC A;  1RZC A;  1LG5 A;  4WW6 A;  4QEF A;  3KON A;  3M98 A;  4Q7S A;  5L6K A;  2POV A;  4TWM A;  4FL7 A;  3N0N A;  3HLJ A;  1CNX A;  4YGL A;  3BL1 A;  4RFD A;  2FW4 A;  1TBT X;  1CAL A;  3HKQ A;  3M2Z A;  2NXT A;  1BNM A;  4QK1 A;  1LG6 A;  1XEV A;  4Z1K A;  1CIL A;  2NN1 A;  3TVN X;  2GD8 A;  1CNH A;  3DV7 A;  3IEO A;  4QY3 A;  2CBB A;  1XPZ A;  3IGP A;  5AMD A;  5E2K A;  4ZWI A;  4CA2 A;  1I9P A;  2NNV A;  5SZ3 A;  2CBD A;  3VBD A;  3S76 A;  3U7C A;  1ZSB A;  1J9W A;  4QSI A;  4YXU A;  2FNM A;  2WD2 A;  3DCS A;  4JSA A;  5EH7 A;  4G7A A;  4FPT A;  3HS4 A;  2X7U A;  2HKK A;  3JXF A;  3DBU A;  3F4X A;  3DC9 A;  4ETQ C;  3HKN A;  2WEJ A;  1IF6 A;  3M04 A;  1TH9 A;  1KEQ A;  4IWZ A;  4MTY A;  3JXG A;  3V2J A;  4G0C A;  3SBI A;  5E2N A;  4JSS A;  2X7T A;  5L3O A;  2H15 A;  4KP5 A;  2IT4 A;  5HPJ A;  4KUY A;  3M1K A;  3V5G A;  1KWQ A;  2EU2 A;  1I91 A;  5BRV A;  2CAB A;  4ZWZ A;  1HED A;  4Q07 A;  1Z9Y A;  4LU3 A;  5SZ1 A;  3S75 B;  4KNN A;  4Q09 A;  1CVE A;  5BNL A;  4C3T A;  1BNV A;  2CA2 A;  5JGT B;  4ZX0 A;  2NNO A;  3T85 A;  2Q38 A;  1CAJ A;  3B1B A;  5EHV A;  4RIV A;  4ZWY A;  5E2R A;  3HKT A;  2HNC A;  1CAZ A;  5FLS A;  3T5U A;  5JEG B;  4HEW A;  3D8W A;  3M2N A;  1AVN A;  1KOQ A;  1DMX A;  1G52 A;  4K13 A;  4LHI A;  1CAK A;  1MUA A;  4RH2 A;  5FNG A;  5C8I A;  1Y7W A;  4Q0L A;  1URT A;  3ML5 A;  3V2M A;  3MHO A;  3V3F A;  4E3F A;  4Q78 A;  3KWA A;  4YGN A;  2NMX A;  3OYQ A;  1YO0 A;  3OIK A;  3DD8 A;  4QIY A;  3MNU A;  3OYS A;  4CNW A;  3S74 B;  1LZV A;  1RAZ A;  1BNW A;  1CNI A;  5DVX A;  1G4J A;  1THK A;  4RUY A;  4JSW A;  1IF8 A;  3EFT A;  4X5S A;  4R5B A;  3RZ5 A;  3KOI A;  3KNE A;  1TB0 X;  2HD6 A;  5DSN A;  2ZNC A;  1IF4 A;  4PXX A;  1XEG A;  3T82 A;  3CAJ A;  5IPZ A;  1G48 A;  4QJX A;  3IBL A;  4COQ A;  2EU3 A;  5EOI A;  2AX2 A;  3BL0 A;  4YGJ A;  1FSR A;  1G4O A;  5DSQ A;  4Y0J A;  4JS6 A;  4RUX A;  4Q9Y A;  1CVA A;  2Q1Q A;  2O4Z A;  4YHA A;  1DMY A;  3KOK A;  4Q6E A;  1HVA A;  3KS3 A;  4N16 A;  4WR7 A;  4BF6 A;  4BF1 A;  1RZA A;  1Z93 A;  5FNH A;  4CNX A;  3T83 A;  1FSN A;  3M96 A;  1RAY A;  5FL5 A;  4Q8Y A;  1YO1 A;  1RZE A;  1G1D A;  4DZ7 A;  4PYX A;  4XIW A;  4QJM A;  5SZ4 A;  3RZ7 A;  3RZ8 A;  1FQL A;  4LP6 A;  3DVC A;  5E28 A;  1ZFQ A;  2QOA A;  1CCT A;  3P5L A;  4E9O X;  5E5R A;  3IAI A;  3M5E A;  1EOU A;  1OKM A;  3M2X A;  4K0T A;  3CA2 A;  3M5S A;  5SZ6 A;  4K1Q A;  3D0N A;  6CA2 A;  1HCB A;  2GEH A;  3MNK A;  2FOU A;  4XFW A;  5JEP B;  5JG3 B;  5EKH A;  3FE4 A;  1FSQ A;  2Q1B A;  1JCZ A;  3EFI A;  5J8Z A;  1G0E A;  4PYY A;  4YVY A;  12CA A;  1IF5 A;  4MDM A;  3F8E A;  4QJO A;  1T9N A;  2FMZ A;  4MDL A;  4FVO A;  3SAX A;  1G0F A;  1MOO A;  1FQN A;  3PO6 A;  1BNN A;  1YDD A;  1ZGE A;  3RG4 A;  1BNQ A;  3P58 A;  3U3A X;  1CCU A;  2EZ7 A;  4CAC A;  3DCC A;  4HF3 A;  4ITP A;  5FNL A;  1OKN A;  2F14 A;  1CAH A;  5DSO A;  2NXR A;  1UGG A;  2WEO A;  1AM6 A;  3D93 A;  4Z0Q A;  2AW1 A;  3T84 A;  5DSJ A;  1YDA A;  1I9Q A;  1CIM A;  4K0Z A;  3KIG A;  2FOS A;  3N2P A;  4Q8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5SZ7A

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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