8CA2 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	WGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAHLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4025975171077336__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4025975171077336__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/8ca2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4025975171077336__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4025975171077336","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/8ca2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4025975171077336__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d08e6d6c43e0f47009efd31/pdb.gz): 400 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Engineering the hydrophobic pocket of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
total genus	73
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1991-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	8ca2A00

5FDCA 3D93A 4KNMA 1ZNCA 2H4NA 3M2NA 4WL4A 5HPJA 5JEPB 4Q87A 5DSNA 4HU1A 3MNUA 1CA3A 1G45A 2ILIA 3MDZA 9CA2A 5FLOA 5E2NA 1HCAA 1LGDA 3IAIA 5DSPA 3HKTA 5C8IA 1RAYA 4YXIA 1J9WA 2VVAX 1THKA 4WW6A 4ETQC 3PJJA 2GD8A 3N4BA 2EU2A 3CYUA 2OSMA 3RYXB 3KWAA 4YGNA 4BF1A 1AVNA 4CQ0A 1AZMA 1CA2A 2NNSA 4YYTA 3KKXA 2F14A 4TWLA 3MZCA 4X5SA 4N16A 2WEGA 3KOKA 2POUA 3M1WA 3FW3A 5FLTA 3F7UA 1T9NA 2WEOA 1I9QA 5LMDA 3HKUA 1RZAA 1UGGA 3V3IB 2CBBA 1RZCA 5FL4A 3S77B 3M14A 1HEBA 5G0BA 1BN1A 4TWMA 3P5LA 4KAPA 1UGCA 1LG5A 1DMXA 3OIKA 5EZTX 1OKLA 1TEUX 5AMLA 4DZ7A 1YDBA 5CACA 3M2YA 4QJXA 1CRAA 2CBAA 3CZVA 4LP6A 5JDVB 1LUGA 3HLJA 3VBDA 5EH7A 3V3GB 4K0TA 1CVFA 4MLXA 3RZ8A 3DBUA 3RGEA 3M2ZA 2HKKA 3S75B 4HEYA 1HECA 3V3HB 1RAZA 4ILXA 3IBUA 2HFWA 3UYNA 2CBCA 1G46A 1HUGA 1CAMA 1CANA 3T82A 1RJ5A 1TH9A 3DD0A 4E3HA 4E4AA 4Q8YA 4UOVA 5DSLA 4YXUA 2FNKA 5A6HA 1CAHA 2NWOA 2CA2A 5DRSA 1UGFA 4RIVA 4Q07A 3V2JA 3NI5A 1YDCA 1ZFKA 1BNTA 4HT0A 3RYVB 2HNCA 4FVNA 1FR7A 3ML5A 1CVCA 3D92A 2NMXA 5FNJA 1KWRA 2WEHA 2ZNCA 3U7CA 1I91A 4QJWA 5DSOA 3MHLA 5FNMA 4Q8XA 3RLDA 3V7XA 4MO8A 4Q8ZA 3M3XA 5E2KA 3DC3A 2Q1QA 1CNBA 1JD0A 2QO8A 4YGKA 5DVXA 5JEGB 4KNNA 3OKVA 2HD6A 3U3AX 3B1BA 4R5AA 5E28A 1FQNA 1OQ5A 1I9PA 2NWPA 4WUPA 3RZ1B 3M5EA 1UGAA 4MDLA 3S8XA 1I9NA 3MMFA 4M2UA 3T83A 2CBDA 3RYYA 4L5UA 4YGLA 5SZ3A 4K0SA 3S9TA 1I9OA 4FIKA 4E49A 5SZ6A 5FNLA 1IF7A 5E5UA 1JV0A 3T5ZA 4QEFA 1HEAA 1G3ZA 2GEHA 3MNIA 1CVBA 1CVAA 5EKJA 5AMDA 1JCZA 5DSIA 4PYYA 3IBLA 1YO1A 1CNHA 5G0CA 4ZX1A 1HCBA 4QY3A 2FW4A 4FVOA 3MHMA 1EOUA 4K0ZA 4Q7SA 4JSAA 4QJOA 3S74B 1RZBA 4QJMA 1YDDA 4XIWA 1CRMA 1H9QA 4Q99A 1CAOA 5G03A 1TB0X 3S97A 4BCWA 5JG3B 1CZMA 4Q9YA 3KOIA 3RZ5A 4COQA 1CNWA 3P3HA 4KUWA 1IF5A 3R17B 3DCCA 5L3OA 4QK1A 2POVA 3V5GA 1RZEA 3RYJB 1CAZA 1ZSCA 3OYSA 1KEQA 3SAXA 1LZVA 4KP8A 4HEWA 3ZNCA 12CAA 2NN1A 1CINA 3DCSA 2POWA 2NNVA 4MLTA 3NJ9A 4KNIA 4XE1A 4RUZA 3F4XA 5DSJA 4L5WA 4RUXA 2AW1A 3B4FA 1CAJA 1CVDA 5J8ZA 1CNGA 1CAKA 2NXSA 1URTA 1DMYA 4E5QA 4Q09A 4QK3A 4ITOA 5FNGA 3T84A 3ML2A 1A42A 4RH2A 1YDAA 1UGDA 4QSJA 1KWQA 7CA2A 1I8ZA 4ZAOA 1CALA 3FE4A 3IBNA 3N2PA 3QYKA 1BV3A 4QK2A 3MYQA 1CNIA 4Z1KA 1ZGFA 2WD2A 3TMJA 4E3GA 1ZE8A 4WR7A 5FL5A 1CNYA 2FMGA 8CA2A 3S71B 2HL4A 4Q7WA 1HVAA 2WEJA 3MNHA 3U45X 3F8EA 1ZH9A 1CCTA 5FNHA 5SZ5A 4FPTA 1Y7WA 4RFDA 1CAIA 4JSZA 5FLPA 4Z1NA 1H9NA 1XQ0A 5FLRA 1TEQX 4Q90A 1BN4A 3MNAA 1BNMA 1BNWA 1TTMA 3M2XA 3KONA 4HF3A 4RFCA 1G0FA 3S72B 4FU5A 2NNOA 3OKUA 1UGEA 3GZ0A 1G6VA 1YO2A 3F7BA 4YXOA 4JSSA 3P55A 5JG5B 4YGFA 2NNGA 4K1QA 3RJ7A 3U47A 2Q1BA 5FLSA 3OYQA 2CBEA 1TG9A 2NXRA 4RIUA 1FLJA 5E2MA 4CA2A 1CAYA 4PZHA 3JXGA 4QTLA 3M04A 1HUHA 5EKMA 1FSRA 2FOYA 4Q6DA 3RG4A 4M2RA 5JGTB 1Z93A 3SAPA 4G7AA 5FNKA 1BNVA 2OSFA 3N3JA 3Q31A 4KNJA 5DSQA 4MDMA 5SZ2A 4Q83A 5SZ0A 5FDIA 3RG3A 4Q0LA 1CIMA 1LG6A 5BRUA 4N0XB 2IT4A 3W6IA 3CA2A 3KNEA 2FNMA 5EHVA 1FQRA 3MHCA 3M67A 1BNNA 1CNCA 3L14A 3HS4A 5AMGA 4QJ0A 4CNXA 1IF4A 1G0EA 2HOCA 5EIJA 3S73B 5E2SA 1F2WA 3DVBA 5A25A 3TVOX 1IF9A 3PO6A 1BN3A 1YO0A 4HT2A 1ZSBA 5DOHA 3JXFA 5DOGA 1AM6A 2EU3A 3MHOA 3LXEA 4M2VA 3MWOA 2W2JA 3V3JA 4LHIA 3DVCA 2VVBX 5L6KA 1ZFQA 1ZSAA 1DCAA 2X7SA 4PXXA 1TBTX 3M1JA 2WD3A 3JXHC 1CNJA 2Q38A 3DV7A 5FNIA 4YX4A 3W6HA 3BETA 3M96A 4ZWXA 4ZX0A 1KOQA 4G0CA 3P3JA 2NXTA 3RZ0B 3HKQA 4QSIA 1DCBA 1CNXA 3K7KA 2QP6A 1BNUA 4YHAA 5E2RA 3V3FA 3MNJA 5BNLA 3DAZA 3MNKA 4IDRX 4DZ9A 1V9EA 5EH5A 3NB5A 1TG3A 1ZGEA 4KUYA 4YWPA 3S76A 4Q06A 1XEVA 4M2WA 3SBHA 1G48A 3KS3A 2EZ7A 5E5RA 3P44A 1KOPA 2QOAA 1CVEA 3MHIA 3DC9A 4Z1JA 4MTYA 1HEDA 1CCUA 4CNRA 1CVHA 4ITPA 1FR4A 1IF6A 3D9ZA 4Q78A 4FRCA 3PYKA 4GL1X 1UGBA 4ZWIA 4IWZA 3KIGA 3SBIA 4CACA 4RUYA 4YVYA 4QSBA 3M5SA 3P5AA 3M1KA 4JSWA 3N0NA 3IEOA 1I90A 1I9LA 5DSMA 1V9IC 5EHEA 5SZ4A 4PYXA 2NWYA 1G4OA 2FOQA 3M40A 4RN4A 2FMZA 3M1QA 4HBAA 5CA2A 4KV0A 4MDGA 1CILA 3D8WA 1G4JA 3S78B 1FQLA 4XIXA 3C7PA 4KP5A 1CCSA 3HKNA 1G54A 5JEHB 5IPZA 3DD8A 4XZ5A 5BRWA 1OKMA 4Q7PA 1RJ6A 5JQTA 3CAJA 3FFPX 5EH8A 3OY0A 1XPZA 2FOUA 4R5BA 3OILA 4WUQA 4LU3A 1BZMA 2FOVA 4Z0QA 4E3FA 3DVDA 5FLQA 1CNKA 1IF8A 4HEZA 3IBIA 1MUAA 3V2MA 3R16A 3T5UA 4KUVA 4Q81A 4ZWZA 2X7TA 3DCWA 1G53A 3D0NA 5BRVA 3ZP9A 2CABA 3IGPA 1XEGA 1BICA 3EFTA 2NWZA 5FL6A 1FSNA 4Q08A 1G1DA 3UYQA 5SZ7A 5G01A 4FL7A 5JQ0A 2FOSA 1TE3X 3M5TA 3OIMA 4R59A 4XFWA 3P4VA 4Z1EA 6CA2A 5DSKA 4Q7VA 2O4ZA 3RYZA 4L5VA 3TVNX 1BCDA 5EKHA 4BF6A 4WW8A 2FNNA 4Y0JA 5DSRA 5EHWA 4Q49A 4K13A 2ABEA 5CJFA 4CNWA 3HFPA 3BL1A 5JGSB 3T85A 3P58A 4Q6EA 4E9OX 1Z9YA 4E3DA 5BYIA 4QIZA 3KLDB 3DA2A 1RZDA 1Z97A 5JESB 4QJPA 1MOOA 3BL0A 2X7UA 4CNVA 3EFIA 2H15A 4PQ7A 5SZ1A 4C3TA 1H4NA 1FQMA 4JS6A 3K2FA 4ZWYA 1FSQA 1OKNA 5CLUA 3RZ7A 4QIYA 1I9MA 1BNQA 5EOIA 2NN7A 3M98A 4QSAA 4YGJA 2AX2A 1G52A 3K34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FDC A;  3D93 A;  4KNM A;  1ZNC A;  2H4N A;  3M2N A;  4WL4 A;  5HPJ A;  5JEP B;  4Q87 A;  5DSN A;  4HU1 A;  3MNU A;  1CA3 A;  1G45 A;  2ILI A;  3MDZ A;  9CA2 A;  5FLO A;  5E2N A;  1HCA A;  1LGD A;  3IAI A;  5DSP A;  3HKT A;  5C8I A;  1RAY A;  4YXI A;  1J9W A;  2VVA X;  1THK A;  4WW6 A;  4ETQ C;  3PJJ A;  2GD8 A;  3N4B A;  2EU2 A;  3CYU A;  2OSM A;  3RYX B;  3KWA A;  4YGN A;  4BF1 A;  1AVN A;  4CQ0 A;  1AZM A;  1CA2 A;  2NNS A;  4YYT A;  3KKX A;  2F14 A;  4TWL A;  3MZC A;  4X5S A;  4N16 A;  2WEG A;  3KOK A;  2POU A;  3M1W A;  3FW3 A;  5FLT A;  3F7U A;  1T9N A;  2WEO A;  1I9Q A;  5LMD A;  3HKU A;  1RZA A;  1UGG A;  3V3I B;  2CBB A;  1RZC A;  5FL4 A;  3S77 B;  3M14 A;  1HEB A;  5G0B A;  1BN1 A;  4TWM A;  3P5L A;  4KAP A;  1UGC A;  1LG5 A;  1DMX A;  3OIK A;  5EZT X;  1OKL A;  1TEU X;  5AML A;  4DZ7 A;  1YDB A;  5CAC A;  3M2Y A;  4QJX A;  1CRA A;  2CBA A;  3CZV A;  4LP6 A;  5JDV B;  1LUG A;  3HLJ A;  3VBD A;  5EH7 A;  3V3G B;  4K0T A;  1CVF A;  4MLX A;  3RZ8 A;  3DBU A;  3RGE A;  3M2Z A;  2HKK A;  3S75 B;  4HEY A;  1HEC A;  3V3H B;  1RAZ A;  4ILX A;  3IBU A;  2HFW A;  3UYN A;  2CBC A;  1G46 A;  1HUG A;  1CAM A;  1CAN A;  3T82 A;  1RJ5 A;  1TH9 A;  3DD0 A;  4E3H A;  4E4A A;  4Q8Y A;  4UOV A;  5DSL A;  4YXU A;  2FNK A;  5A6H A;  1CAH A;  2NWO A;  2CA2 A;  5DRS A;  1UGF A;  4RIV A;  4Q07 A;  3V2J A;  3NI5 A;  1YDC A;  1ZFK A;  1BNT A;  4HT0 A;  3RYV B;  2HNC A;  4FVN A;  1FR7 A;  3ML5 A;  1CVC A;  3D92 A;  2NMX A;  5FNJ A;  1KWR A;  2WEH A;  2ZNC A;  3U7C A;  1I91 A;  4QJW A;  5DSO A;  3MHL A;  5FNM A;  4Q8X A;  3RLD A;  3V7X A;  4MO8 A;  4Q8Z A;  3M3X A;  5E2K A;  3DC3 A;  2Q1Q A;  1CNB A;  1JD0 A;  2QO8 A;  4YGK A;  5DVX A;  5JEG B;  4KNN A;  3OKV A;  2HD6 A;  3U3A X;  3B1B A;  4R5A A;  5E28 A;  1FQN A;  1OQ5 A;  1I9P A;  2NWP A;  4WUP A;  3RZ1 B;  3M5E A;  1UGA A;  4MDL A;  3S8X A;  1I9N A;  3MMF A;  4M2U A;  3T83 A;  2CBD A;  3RYY A;  4L5U A;  4YGL A;  5SZ3 A;  4K0S A;  3S9T A;  1I9O A;  4FIK A;  4E49 A;  5SZ6 A;  5FNL A;  1IF7 A;  5E5U A;  1JV0 A;  3T5Z A;  4QEF A;  1HEA A;  1G3Z A;  2GEH A;  3MNI A;  1CVB A;  1CVA A;  5EKJ A;  5AMD A;  1JCZ A;  5DSI A;  4PYY A;  3IBL A;  1YO1 A;  1CNH A;  5G0C A;  4ZX1 A;  1HCB A;  4QY3 A;  2FW4 A;  4FVO A;  3MHM A;  1EOU A;  4K0Z A;  4Q7S A;  4JSA A;  4QJO A;  3S74 B;  1RZB A;  4QJM A;  1YDD A;  4XIW A;  1CRM A;  1H9Q A;  4Q99 A;  1CAO A;  5G03 A;  1TB0 X;  3S97 A;  4BCW A;  5JG3 B;  1CZM A;  4Q9Y A;  3KOI A;  3RZ5 A;  4COQ A;  1CNW A;  3P3H A;  4KUW A;  1IF5 A;  3R17 B;  3DCC A;  5L3O A;  4QK1 A;  2POV A;  3V5G A;  1RZE A;  3RYJ B;  1CAZ A;  1ZSC A;  3OYS A;  1KEQ A;  3SAX A;  1LZV A;  4KP8 A;  4HEW A;  3ZNC A;  12CA A;  2NN1 A;  1CIN A;  3DCS A;  2POW A;  2NNV A;  4MLT A;  3NJ9 A;  4KNI A;  4XE1 A;  4RUZ A;  3F4X A;  5DSJ A;  4L5W A;  4RUX A;  2AW1 A;  3B4F A;  1CAJ A;  1CVD A;  5J8Z A;  1CNG A;  1CAK A;  2NXS A;  1URT A;  1DMY A;  4E5Q A;  4Q09 A;  4QK3 A;  4ITO A;  5FNG A;  3T84 A;  3ML2 A;  1A42 A;  4RH2 A;  1YDA A;  1UGD A;  4QSJ A;  1KWQ A;  7CA2 A;  1I8Z A;  4ZAO A;  1CAL A;  3FE4 A;  3IBN A;  3N2P A;  3QYK A;  1BV3 A;  4QK2 A; 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8CA2A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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