2D7IA

Crystal structure of pp-galnac-t10 with udp, galnac and mn2+
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 157
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7iA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7iA01
1TWEA 3BRDA 2A8UA 2L5XA 1FMZA 1FN0A 3K1XA 4LO3C 2E4MC 4KNRA 2W0WA 2BFHA 2RJ5A 3HOMA 3UJ0A 1R8NA 1R7TA 1ZI3A 4KC2A 1Z2VA 4J2XA 5CMHA 5AJNA 2WEEA 1H4EA 4QKRA 4HO4A 4IY9A 2HZ9A 1WD3A 2D43A 1Z4SA 2FYBA 3UD7A 3RTIB 1G9BA 3JUJA 3K8EA 1BA7A 2YQSA 2PGYA 5BXCA 2V0JA 5FTSA 3C9ZA 3N0KA 1LL0A 3BAOA 3BRFA 3OC9A 3ST8A 2X65A 4KC1A 3WMVA 4L4IA 3PUBA 4II0A 3RMVA 3RTJB 4IHZA 1G23A 3CA0A 4ISRA 2P72A 3OJ2A 3UD9A 4G9NA 21BIA 1ISVA 2V0LA 3TZTA 4FRAA 4KEJA 4FREA 5BXSA 2Z87A 1ISZA 3PMEA 31BIA 4EFPA 1V82A 2E3DA 1V6VA 1TP0A 4B5BA 4D11C 2VLCA 1ZJOA 2VU9A 4UEGA 3WINC 3S8JA 1WBCA 2Q9XA 5D63A 3CAHA 3D5NA 4B4MA 4JKQA 3WO3A 3CRHA 3F1YA 5BP5A 3ZX7A 3UD8A 2NZ9A 2M49A 2ZQNA 5DZUA 1GWWA 4LW3A 3OBTA 41BIA 1ZCTA 4Z8SB 3V8YA 1R82A 5AJOA 4CJCA 4EEAA 1PUUB 3IM5A 4I1EA 4LO0C 2PX7A 3BA4A 1ITBA 4Y7TA 5C3BA 5FZZA 1FQ9A 4AC3A 1YBIA 4HO8A 5AJPA 1L2HA 2GZBA 1FRWA 3V0PA 4QALA 1VH1A 2F8XC 3BAQA 4I1BA 1DZDA 3ILAA 1JLXA 1IRPA 2JCJA 3BAHA 2AECA 3U2XA 1Q03A 2Y9GA 1VZUA 3V90A 2FFVA 3Q7XA 1RMLA 4I4YA 4J23B 4CJ8A 5B2HA 1HWOB 2NTDA 1ZI1A 4BMAA 4LO2A 2BEBA 1H5SC 4D48A 3O4DA 3SXDA 4Y6NA 3BTAA 4KNXA 1F31A 2Y9XE 1MP5A 1EPWA 4B3UA 1MC3A 1OMXA 3U0YA 3IM7A 2VS4A 3NGWA 2X5ZA 1BFBA 4I4UA 3TQDA 4CVHA 3EF2A 1TFMB 2WRYA 1IILA 2D22A 1ON6A 3FJEA 5EJ1A 3F1RA 3CRIA 4KPXA 1NF5B 3V0LA 1QXMA 5C4EA 3ZLKA 4OUJA 1BLDA 2YCMA 4J2SA 2ET2A 5C1GA 1G3LA 1V83A 1NHEB 1HIBA 3H6SE 3RMYA 4Y64A 1FOAA 1NWGB 4Y63A 5F8SA 4ZFYB 1JY0A 2W0VA 5CMGX 4I0YA 4Z9WB 1S4PA 4QBVA 2WVLA 4HCQA 1VZXA 3W9TA 3USRA 1J0SA 5CMIA 4Y7FA 5C4CA 2WBCA 2V0KA 3SXCA 1YF8B 2I1BA 3JTJA 4EEMA 2P39A 2F2FA 1FGGA 2UX8A 4FRPA 1H7TA 1LL2A 2VXLA 3HL3A 3CKJA 4KPZA 1ONKB 3VT0A 3CKOA 3N7MA 1H4DA 1PZZA 4G3SA 1DIWA 3POKA 2X2TA 4LO3A 4ARWA 2GO2A 4J2YA 2AGDA 2ZU8A 1DZCA 1DLLA 4KRVA 5FZUA 2YUGA 1WVCA 4C2SA 1HM0A 2O1GA 4HJJA 5F90A 2VXMA 2XWLA 2Y4KA 3NBDA 1IRAX 1JTCA 1W3FA 4HR6C 5E24E 3I0IX 1KNMA 3N9WA 2VXRA 2VXTI 3U2VA 2IHOA 4LO1C 5EG6C 1G8OA 4QC4A 3OKRA 3I0CA 2RIYA 2RJ1A 4Y9XA 3SXEA 2FGFA 3FJAA 1ZJ2A 2FYCB 3ZLLA 2GGQA 3UJ4A 1HCDA 3POLA 3E8LC 5C4BA 2WGZA 1LVWA 3I0EA 1HM9A 1XG6A 3PKQA 3I2XA 1W57A 4NALA 3SXBA 1ZDFA 4FRLA 4QD2B 3AJ6A 5HPZA 3UDAA 4D11A 1S0EA 1FZWA 2RJ4A 4R6UB 3WINA 3CA3A 4LO7B 3B9UA 1HWMB 3BX1C 3CA1A 4Y7GA 1ZJPA 4GAFA 2V0HA 1DFCA 2RJ9A 4G87A 5IDTA 3OBRA 4B2XA 4H9WA 4Q9GA 3A21A 3FJCA 4GBPA 4ZFWB 3Q7YA 3Q7WA 1EYLA 1E5KA 1FWYA 1CVSA 3FJBA 5DSSB 2AXMA 4XWIA 5DDVA 1KWSA 2AM4A 2KKIA 2O1FA 5CMFX 7I1BA 1QG8A 5C3DA 3AJ5A 3NJ5A 3QR5A 4HO6A 2RIZA 3O49A 2Z48A 4B4BA 3FJFA 4LW6A 2A8WA 2MIBA 3BA7A 3CKVA 3V0NA 1WBAA 3BAGA 1FR9A 1FGAA 2OI7A 4G3PA 3FGMA 2I5EA 4JD0A 1I1BA 5CQOA 4CJBA 4ZLBB 1O7OA 4AN7B 4GAIA 1H5SA 4G1RA 1ZI4A 3O44A 4J18A 4PC4A 1GQ9A 2IWTB 1Q04A 3HN1A 4GOYA 1VM8A 2BO4A 3O5WB 9ILBA 1G93A 2VD4A 5FV9A 2QGIA 5L6SA 3R3IA 2K8RA 3V0MA 3HALA 3P53A 3RMXA 4GP0A 4I8MA 4OW4A 5D62A 4G3QA 3N7LA 4YS8A 4E1KA 3T7NA 5I1BA 3DUVA 2ZU7A 1JYKA 1GX4A 3D98A 3V91A 4IYBA 1JT7A 5I1FA 4QKSA 3FJ9A 2Y6PA 1MP3A 5EHAA 1H7GA 3MPPG 5DVHA 3N7JA 1W55A 3U2TA 5C48A 2YC3A 4FVVA 1G9CA 3ZGFA 3USQA 1O7QA 2RJ0A 2K43A 3SX8A 4ZBVB 1LZ0A 2RQ9A 1EV2A 5C4FA 1LZIA 4FQWA 3FJHA 4X37A 4HA2A 1QQKA 1TVYA 2FYDB 3I0KA 1G95A 3I0LA 3CQAA 2MC2A 3BA5A 8I1BA 2VFZA 3GUEA 3VT1A 1JT5A 2ZR1B 5CQMX 2ICYA 2BO8A 1TOOA 4P02A 4KC3A 3FUOA 1AVUA 3PHZA 4QBCA 1IINA 1YP3A 3BADA 1ZJ1A 3EE5A 1S0FA 3H6RA 4EEGA 2DREA 2VS5A 3V0BA 5BXRA 4IZEA 1HJJA 2OEFA 3OH4A 4HO9A 1TWMA 3O4BA 5C4DA 2LIQA 3SNVA 1AXMA 1FG5N 1JLYA 4I37A 1TW5A 1MD6A 1PWAA 5G00A 4I4QA 4EEEB 3Q4SA 4OWLA 4X38A 1WSZA 5F8YA 2YQCA 5BXPA 3KIAA 2WVMA 2WAWA 3O4CA 2AAIB 2BEAA 4J2KA 4ZFUB 4KT7A 2AE7A 1YP4A 4XKIA 1SR4A 1R8OA 3JUTA 4ZKTB 1OQMB 2YESA 5EIYA 3NBNA 2MZBA 3CRGA 4DDZA 1NQIB 1JQZA 3AKFA 1A8DA 4KEKA 2OI6A 2P6WA 3NBEA 2PA4A 3I0HA 1N4KA 1AF9A 4FCUA 4EE3A 5FTVA 4XFSA 2VSAA 1IOBA 5C8RA 2Q4JA 4LO8B 5C38A 3AZWA 1ON8A 1LL3A 2QH5A 5GAQA 1H5RA 1CE7B 4FRMA 1IHKA 4JAWA 4OWJA 3K8DA 4FRBA 4AAWA 2E8BA 4EEOA 5C1LA 2YQJA 2NP0A 2ERMA 3H6RB 2Y4LA 1GA8A 2DRYA 3V0BB 4A7ZA 2ICXA 2RITA 4G6JA 2E4MA 1H7LA 1VGUA 2P73A 1GGPB 1RY7A 2Y7AA 3E26A 4EKXB 1Z90A 3IOIA 1IJTA 3WA1A 1G82A 2I7BA 1V6UA 3ZC9A 1S0BA 4HO5A 1VZTA 4I96A 3I29B 4X3AA 4ZOTA 2FY7A 3CU0A 3D8VA 3ZGGA 5C49A 1HV9A 3DK5A 1R80A 1II4A 3AZVA 1JVDA 1JYLA 1NMMB 2UUSA 3RSJA 3Q80A 2XMHA 4P00A 2NXVA 1DFQA 3O4OA 2VS3A 4R7PA 3ZC8A 5CQLX 1VGZA 4I4VA 4DE7A 1ZCUA 3VWCA 2BO6A 3Q7UA 4OEGA 1YROB 5DDTA 1RZOB 1JVGA 1BFCA 1YP2A 3DJ4A 4USOA 1FR8A 1DJSB 3OH2A 3OJVA 4ISQA 3FFZA 3VT2A 5BQUC 3RMWA 3HMYA 1AVXB 4I4XA 2KI6B 1JV3A 3N7KA 4D0ZA 4LO2C 4ZA3B 5CMJA 1T9FA 3T7MA 1H7EA 1G9DA 1R7UA 4OEEA 4HOCA 3AH2A 5BVPI 5CQPA 1Q1UA 4I4SA 4L4HA 4EVWA 5IFYA 4B42A 4ECMA 5L6VA 5IDSA 1S0GA 1FXOA 1BFGA 4P0LA 1VGWA 2JCOA 2OI5A 1W3AA 4M28A 1OQLB 2D23A 3ZF8A 3O3QA 2Y9WC 3TC2A 1SS9A 1VICA 2YC5A 3FWWA 2DS0A 1ZCYA 2RJ6A 3FJKA 4KEIA 3WO2A 3OJMA 2D7IA 4X39A 4IONA 2Y4MA 4LO0A 3FOQA 1M2TB 1QGQA 1ZIZA 5JQQA 1AVWB 4Q9PA 2V0IA 1I1EA 3T7OA 1H4CA 4DENA 1W77A 1DQOA 2RJ8A 1FMMS 3O4AA 1BARA 1R7VA 1HCEA 3PKPA 1DQGA 4QD2C 4P0JA 3F1CA 4Y7UA 2OEGA 2F2FC 3FJ8A 2FFUA 1QWJA 1FO8A 3JRRA 5C47A 1WD4A 2Y9FA 3E25A 1UPSA 1H7FA 1GQCA 4LO7C 4DCKC 1O23B 1ABRB 1R7XA 1S4OA 3FJJA 1NUNA 1XZ6A 4KXOA 2Z49A 2RSTA 1ZI5A 1W3GA 3RSBA 1ZJ0A 1FWUA 4DEPA 1LZ7A 3IAGC 4HG6A 5C3AA 3LLPA 1HJLA 3D7WB 2QYIB 1PZYB 4NAIA 3NBCA 3CKQA 2NVHA 3PG0A 5F8WA 2X2SA 3ZXGA 2QN4A 1TTUA 3I0GA 3R2WA 4L41C 2KI4A 4F83A 4CJMA 3V0AA 1G97A 1HKNA 1AFCA 1HWPB 2LIEA 4XFUA 2VSEA 1EYRA 1MP4A 4IRQA 4Y6UA 3LTQA 4FGFA 3VSZA 1PZTA 2VSHA 2AH9A 3PNNA 3CGXA 3BAVA 2RG9B 3AH4A 1H3MA 2D0JA 1VGTA 1ZHJA 1FGXA 3IOJA 1INIA 1ILR1 4B4GA 1YYNA 4IY8A 4ENDA 4A7KA 4DECA 4JKXB 5FZYA 1EZIA 4HO3A 1S0CA 5FU0A 3U2UA 1AVAC 1LZJA 3U0XA 4H04A 2CU2A 4G9MA 1G9RA 3AKGA 2GGOA 3I0DA 2XWMA 3KMVA 3VEQA 1TIEA 1GX0A 2KH2A 4KQLA 4I4PA 1H5SB 4JISA 3V8ZA 1G2VA 1V84A 2XWNA 4JQ0A 3SX3A 3U2WA 2D7RA 1XYFA 2XOAA 3IM6A 1SZ6B 4Q91A 3OH0A 3CA4A 2O1HA 1XHBA 3WO4A 3CKNA 5J49A 3H6QA 3S8KA 5FUHA 4GOVA 1WT1A 2YQHA 1JT4A 1MC9A 4TLPA 1GWVA 5CQNX 1VCLA 1WT2A 2D24A 4OEFA 3VSFA 2ZQOA 3V79C 1OMZA 3OGZA 2XMEA 1IT0A 4Y7VA 1FWVA 4LO1A 3FUQA 3V0AB 3P6JA 2BO7A 1NZKA 2QKXA 1QQLA 4JP0A 4HO2A 5EJZA 3AKIA 1ISWA 3P6IA 3BB2A 3T8SA 1IIMA 2RIXA 4QO3A 2AM5A 2FDBM 4FROA 3CU1B 5FYEA 1S0LA 3HBWA 4I4OA 5BQUA 3O3PA 3BRKX 4MNDA 1PC8B 1YXWA 4A7YA 4EB2B 3SX7A 3R4SA 3ZXDA 4D8HA 3V0QA 4D0TA 2ESUA 3SPTA 2DPWA 4EE4A 2Z86A 1JT3A 1K4VA 3BAUA 2D20A 3F62B 4XFTA 5BXTA 1ZJ3A 4M2AA 1S4NA 4FRQA 2VUAA 3IIRA 5C36A 1WT3A 3A07A 2HWMA 3BRGC 4EFQA 1R7YA 4FRHA 4FRDA 3AH1A 1P63A 2AQZA 1WT0A 1VH3A 4AN6A 1S0DA 2MLLB 5BP5C 4I4RA 3I0FA 4EE5A 1H5TA 1V6XA 3JUKA 2RJ7A 2Q3NB 4ZGRB 2NYYA 1G9AA 3MALA 3R4UA 2FO1A 1HWNB 1H5SD 2D1ZA 4I2SA 3A22A 4EFRA 4G6MA 2X60A 4USPA 3FJDA 2FYAA 4P6AA 3LW6A 1D0HA 2HWAA 1G1LA 1V6WA 1K5UA 2KLLA 2NM1A 2AESA 3OGFA 4WBCA 2JCKA 3QVBA 4M2BA 3OAMA 1I52A 2X5SA 1NKHB 4M4KA 4GP3A 5HS2A 1YTOA 2WVKA 4KBBA 3HSMA 4NAKA 1G0RA 5FNXA 1ZDGA 3SXGA 3FJIA 4BQHA 6I1BA 2DRZA 1H5RB 3AKHA 4OWKA 4F34A 1ISXA 1PUMB 1Z0HA 3IOHA 5FNWA 3OH3A 4KC4A 5C1HA 1R81A 2I5KA 2K4AB 3CA5A 1FV2A 1XZZA 2P23A 4IZXA 1H7HA 1HM8A 3CA6A 2AM3A 1H7QA 2ZU9A 4AYLA 5FU8A 4I3NA 4AYJA 1BFFA 5JLVA 1H5TB 1TW1A 4I6IA 3V0OA 1SR4C 2J3PA 3I2AA 3VUOA 2APCA 5D61A 1VPAA 4ZDQA 1INJA 5EC5A 1E0OA 2VSIA 4FCEA 3A23A 1O0RA 4ASJA 2Y4JA 1M16A 2JCLA 4MYBA 2HW9A 2R9KB 2WE9A 1K5VA 1T4QA 4Y62A 4YOLA 3QYDA 4JPZA 4K6RA 5JMCA 5DUYA 3SX5A 3OH1A 4JRAA 4HO0A 4P0KA 1JV1A 2AFGA 4I7IA 1FXJA 3I0JA 4IRPA 3WMUA 2PGVA 1ZCVA 1FV3A 1RG8A 3OGGA 1TZFA 3BCVA 1BLAA 5BOWA 4NANA 1QGSA 1ISYA 3SXAA 4B2WA 1BASA 4IQPA 4ASYA 1EVTA 2D44A 1FO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TWEA 3BRDA 2A8UA 2L5XA 1FMZA 1FN0A 3K1XA 4LO3C 2E4MC 4KNRA 2W0WA 2BFHA 2RJ5A 3HOMA 3UJ0A 1R8NA 1R7TA 1ZI3A 4KC2A 1Z2VA 4J2XA 5CMHA 5AJNA 2WEEA 1H4EA 4QKRA 4HO4A 4IY9A 2HZ9A 1WD3A 2D43A 1Z4SA 2FYBA 3UD7A 3RTIB 1G9BA 3JUJA 3K8EA 1BA7A 2YQSA 2PGYA 5BXCA 2V0JA 5FTSA 3C9ZA 3N0KA 1LL0A 3BAOA 3BRFA 3OC9A 3ST8A 2X65A 4KC1A 3WMVA 4L4IA 3PUBA 4II0A 3RMVA 3RTJB 4IHZA 1G23A 3CA0A 4ISRA 2P72A 3OJ2A 3UD9A 4G9NA 21BIA 1ISVA 2V0LA 3TZTA 4FRAA 4KEJA 4FREA 5BXSA 2Z87A 1ISZA 3PMEA 31BIA 4EFPA 1V82A 2E3DA 1V6VA 1TP0A 4B5BA 4D11C 2VLCA 1ZJOA 2VU9A 4UEGA 3WINC 3S8JA 1WBCA 2Q9XA 5D63A 3CAHA 3D5NA 5D91A 4JKQA 3WO3A 3CRHA 3F1YA 5BP5A 3ZX7A 3UD8A 2NZ9A 2M49A 2ZQNA 5DZUA 1GWWA 4LW3A 3OBTA 41BIA 1ZCTA 4Z8SB 3V8YA 1R82A 5AJOA 4CJCA 4EEAA 1PUUB 3IM5A 4I1EA 4LO0C 2PX7A 3BA4A 1ITBA 4Y7TA 5C3BA 5FZZA 1FQ9A 4AC3A 1YBIA 4HO8A 5AJPA 1L2HA 2GZBA 1FRWA 3V0PA 4QALA 1VH1A 2F8XC 3BAQA 4I1BA 1DZDA 3ILAA 1JLXA 1IRPA 2JCJA 3BAHA 2AECA 3U2XA 1Q03A 2Y9GA 1VZUA 3V90A 2FFVA 3Q7XA 1RMLA 4I4YA 4J23B 4CJ8A 5B2HA 1HWOB 2NTDA 1ZI1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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