1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
4OWJA 2GO2A 1O4YA 4Y1YA 4XTMA 4UW6A 4IY8A 4HEVA 5GZEA 2DVBA 2W2DA 3B9CA 3FLPA 4XDQA 2ENRA 4OW4A 4R9BA 2AYHA 3C89A 1QU0A 1I1BA 3PMEA 2AR6A 4I30A 3VWCA 1RIRA 4Y1VA 3WZ1A 5T55A 4EL4A 1BLAA 2D20A 5FZUA 3ZXLA 3IMNA 2VUAA 3CNAA 3O5SA 3AP9A 1ZM1A 3WLUA 1W3AA 3BIWE 1F5FA 3RTIB 3CRHA 3WCSA 5GLTA 4XILA 1HCEA 2VXRA 2JJ6A 4KEKA 1URXA 3PHZA 5CNAA 4Y20A 1M16A 1PUUB 3CA0A 3LSDA 5GZFA 2ZHLA 1N47A 2W68A 5GZDA 2ZMNA 3AH1A 2VXTI 2KM2A 4RA0A 5GM0A 3FJHA 1X50A 3QCWA 3WUCA 2DU1A 4KEIA 2F8XC 1WW6A 2JE9A 1ONKB 2VY0A 4PBPA 4YLZA 1SR4A 3ZSKA 1APNA 1LU2A 1WLDA 1AXZA 4I4UA 4CZSA 2D6LX 2WSVA 3WDTA 3WDXA 1EVTA 4YM0A 1S0JA 4XKIA 3M3OA 4FPEA 4ISRA 1SCRA 3ZUQA 2ZMKA 1JT5A 3O5WB 1S1AA 1C57A 3O49A 4YGEA 1R8NA 4J2XA 1S0CA 1MS9A 1ZL6A 1LEMA 1LGBA 1ENSA 1ISWA 1LENA 3ZYRA 1S0BA 3FJCA 4IZXA 2ZGRA 4A7ZA 5GAQA 2Y9XE 1KRIA 4Q91A 3WMVA 2L5XA 1A8DA 1V6KA 1XHBA 3BB2A 3WINC 5HCBA 4DEPA 3OJ2A 2ZZJA 3B69A 2FHRA 4YG0A 4FPLA 2E4MA 1IS4A 1WW4A 3JUTA 1GLHA 2X2SA 4OUJA 4I4OA 4XJ8A 1HKDA 1SBFA 2A70A 5KXBA 1I1EA 3SLIA 2D6MA 3AJ6A 2DU0A 3B3QE 5JMCA 4J2YA 1SLTA 2EALA 4M3CE 4QD2B 3BRFA 2KI4A 4YM1A 2IHOA 3AP6A 4XBQA 3U4XA 4NO4A 3ASIA 3C88A 2W52A 4AGGA 2OW4A 1IKPA 1HQWA 2HWAA 3JUUA 1LGCA 1XTFA 4I0YA 2HWMA 2ISEA 3RMXA 3AYCA 1YF8B 1ULFA 3DS9A 2DUQA 4JRAA 4Y1ZA 1Q8QA 1AX1A 1RZOB 4DRVA 3P53A 4Q1RA 2ZGQA 4WBCA 4G6JA 1RINA 1QDOA 1WW7A 3R4SA 3A0NA 2ESUA 3ZC9A 1MACA 2ZAAA 3NV3A 1DQGA 3VT0A 1Z4SA 4YW4A 4BLIA 3N7JA 1LOCA 2AUYA 4ELCA 3T1LA 2CY6A 3V0AA 4D0ZA 4YW5A 3BONA 3RQ0A 4AGRA 4KC3A 2KKIA 4OEFA 3QW5A 2J3PA 3H6SE 1JN2P 1LTEA 5EYYA 3VV1A 3A22A 1XYFA 2E7TA 1XTGA 1ILR1 4HANA 4DQAA 3WO4A 3N7MA 4WVVA 3WVJA 2E53A 1NUNA 3VUOA 1PZ7A 3H6QA 1A3KA 2A8AA 4GAIA 1QDCA 2D3SA 5BXSA 2ZGNA 3B01A 2AREA 4U36A 1JY0A 1QXMA 3VKOA 4PQ9A 8I1BA 2YMZA 1DQOA 4I7IA 1JUIA 1OQ1A 2YV8A 3AZWA 1BXHA 3BODA 4FPJA 1FATA 2NYYA 4XIOA 3LCPA 4XOGA 4BMEA 1ZKXA 5DZFA 2AAIB 2WLQA 4QBVA 1MR5A 3FBYA 2ZQOA 5EC5A 3C8BA 3NJ5A 3QR5A 3IM0A 3N35A 1MS8A 4ASMB 2E51A 1QMJA 3MW3A 5DG2A 4FPFA 1KJLA 1UZZA 1K5VA 4HA2A 21BIA 2GMPA 2QN0A 3ZSMA 1JW6A 4XBLA 1QOTA 2CWSA 3AYAA 2D44A 2ET2A 4FPKA 3ZXDA 1T3AA 2EXKA 4USOA 4JPZA 3AP5A 2D6OX 1SACA 1FMZA 5IK5A 3IPVA 2LTNA 3CA6A 1JYCA 1LECA 1UZYA 3T8SA 3MPPG 3L2YA 3PJQA 3HN1A 2XHLA 1DQ1A 3UJQA 3D4KA 1YIFA 2Y9FA 3M2MA 3H0OA 4HL0A 2JD4A 2ZQNA 5DZGA 4AVTA 1WBAA 5I1BA 2JE7A 4UW5A 4Y22A 1CJPA 3AXDA 2WQZC 4OZXA 1RITA 5E8AA 2A75A 1IT0A 4JAWA 1IOBA 4ITCA 2PHFA 5CA6A 1K5UA 3OBRA 5EG6C 4L8QA 2CTVA 3AKGA 1G9CA 1BFFA 3OJMA 1UMZA 1KITA 2FGFA 1SR4C 1AZDA 3RMYA 2EAKA 3V0BB 2VU9A 3KQRA 1SLLA 1V6XA 3IM7A 2ETFA 2D7RA 1DIWA 2R1DA 3ILAA 4AYUA 3HALA 5HCFA 1V6LA 1CQ9A 1E1HA 4PC4A 5EHAA 4F34A 1JTCA 1ONAA 2G7KA 2NVHA 4XYXA 4P0KA 2V5YA 3BAVA 5T52A 3SH4A 1Q56A 1QQKA 4QKRA 4JKXB 3H6RB 5CB7A 4CJMA 2KLLA 2IMCA 5E24E 4P14A 2D7FA 1MS5A 1W6OA 4XXAA 1H30A 1GYKA 3BAHA 5FZZA 4JP0A 1JQZA 4IONA 3C9ZA 1YYNA 3BRDA 5DUVA 1F31A 2VW1A 3AXEA 1OQLB 5SV8A 4R9DA 1BZWA 3QIYA 3M1HA 4LO7C 5DUUA 4EJ5A 5BYNA 1DZDA 4M3CA 3W9TA 1ISZA 2VW2A 4LO8B 3ZUSA 3SNMA 1SZ6B 3AP4A 1BFGA 3IN9A 1W3FA 1WW5A 1F9KA 3FJ8A 2R1BA 2ARBA 3OYWA 3D7WB 4G6MA 3D5OA 1V6OA 1HLCA 4C1WA 2UWAA 1ISVA 1MZ6A 2FFUA 3RTJB 4YZ3A 1LULA 1W6PA 4XBNA 1F82A 2HZ9A 1ULGA 5BP5A 1HDKA 3DSEA 4DRRA 1AXMA 1AVWB 1GANA 1W0OA 1LODA 2A71A 3VSFA 1L2HA 2RG9B 1DJSB 2GNDA 4P9YA 3UD7A 1SBEA 4XJWA 2H0BA 4JCKA 5G00A 3CA1A 4LBMA 4ZJXA 2ZGLA 1IILA 1JT7A 4UW3A 2DUOA 5IK4A 2LIEA 2DS0A 2M49A 2AFGA 3WO3A 2A3YA 4FGFA 2DV9A 1PZ9A 1FQ9A 4EFQA 1GNZA 1LOGA 5KXCA 3FJDA 1S0EA 2R0FA 4FP2A 5FRAA 2Q3NB 4OEGA 1SLIA 1GBGA 2PHUA 4XIKA 2P37A 4G9MA 5BVPI 4PCRA 7I1BA 5DG1A 5F8WA 5B2HA 3HMYA 3OJBA 4AN6A 1GZWB 1PWAA 2UWCA 1BQPA 2ZACA 2X2TA 5GLUA 3WO2A 1EPWA 1RY7A 2DVDA 4TLPA 4FOVA 3HOMA 4JKQA 3DUIA 4LO1A 3PVNA 5BQMB 4GWMA 2ERFA 4GOVA 3TAYA 2YROA 3GNEA 2JKBA 4K1ZA 3ILNA 1W6NB 2WJSA 3W59A 3P6IA 4GWNA 2R0HA 3CAHA 4KEJA 3K3QB 4IYBA 4J1LA 2EF6A 3GALA 4QD2C 5F9TA 4AWDA 4JQ0A 3FJAA 3IAGC 1VAMA 1Q8OA 3BA7A 2VH9A 1LOAA 1W6MB 2NN8A 1CN1A 4I2SA 4XHBA 3SNVA 1LHOA 3OPZA 4FVVA 2ZGTA 5AVAA 1CPMA 3WG4A 2R16A 1C1LA 1DZQA 1GICA 1V6MA 2FO1A 3BOKA 3NBEA 4RL7A 1LHNA 1Q8PA 3F1RA 4YG6A 1FNZA 1UAIA 1YO8A 4I4YA 5HCAA 4JC1A 3A0KA 4KUFA 2OUHA 2A6VA 1Q04A 1KJRA 3FLRA 3NWKA 4XMAA 4ZKTB 5JOWA 1FMMS 1ULEA 1IRAX 2A3WA 3WDWA 5EXOA 4OEEA 2RQ9A 1PZ8A 4ZLBB 4LO0C 4LO2A 5EYXA 1IS6A 3IKWA 2RSTA 1V6VA 3BAOA 1DQ5A 1J0SA 2MLLB 4K21A 3BA4A 3NBCA 3AFKA 2CWMA 5BXPA 4YOLA 1MS0A 3USUB 3ZPYA 2PHWA 3P6JA 4XE9A 4LBQB 1YXWA 1AJKA 2ERMA 4BM8A 4YFZA 4GA9A 2I1BA 3O4OA 2ZGPA 4Q9PA 4XJUA 3O3QA 4LBLA 4Q2FA 2W08A 3UK9A 1FWVA 4QKSA 4HJJA 4WVWA 2ZHNA 2WT0A 2GN7A 2ILPA 2ZA9A 3PUBA 2JECA 2Z49A 2FMDA 3O4BA 1HWOB 1G8WA 3AJ5A 5F8YA 2DRYA 2BEAA 4ZFWB 4DPNA 2E6VA 3TC2A 4II0A 2SLIA 2CL2A 3AKFA 4LO3C 3Q9OA 2IWTB 3OGGA 3C8AA 1BFCA 1XG6A 4XJ9A 1GV9A 2PHRA 4OWLA 1MVEA 4G1RA 3O12A 2UWBA 1IKQA 4YM2A 1LHUA 2DVAA 1FV2A 3POWA 2R9KB 3RSJA 4XFTA 4FPOB 5BP5C 3I8TA 1T3CA 4YG3A 5JDBA 2VLCA 4D69A 1QQLA 9ILBA 5KXEA 3ZURA 3UL2A 4FPYA 3DDBA 2EXIA 1ABRB 1NLSA 4CTEA 1EYLA 1V6NA 3F62B 2DVFA 2JDZA 1TFMB 3FUOA 3N7LA 1ISXA 1W6QB 5BQUA 1LCLA 1BJQA 1LOFA 2WRYA 6I1BA 1W0PA 2CNAA 3ZXKA 2BQPA 4XJAA 4R9AA 1S0GA 1XQNA 4XZPA 4P9WA 3MEPA 1CVSA 3MW2A 1GZCA 2DTYA 4KS6A 1GSLA 3AJZA 2D6NA 1ZN3A 3UJOA 5CAZA 4A7KA 1U0AA 4MYEA 1DLLA 3V79C 2AENA 5IUQA 1JBCA 5GJ6A 1MS1A 1H9PA 3ZC8A 1NZKA 3POYA 1FAYA 3UDAA 3OY8B 1ZA4A 3CQAA 1IHKA 4NOTA 4G9NA 2PELA 2E7QA 4Z8SB 2P3JA 1G7YA 2C5DA 5IT6A 1MC9A 1KQRA 1II4A 2FDBM 1FV3A 1SFYA 31BIA 3B00A 3BX1C 3O0VA 3Q7YA 4I37A 1OKQA 1ZL5A 5L73A 4EKXB 1AX0A 1J1TA 1Q03A 4C1XA 1FNYA 4LO1C 4UW4A 1BA7A 3ZXFA 4AVVA 1HWMB 2D6PA 4FOWA 1DFCA 2W2DB 4PF5A 4YFWA 3R4UA 4LO0A 3SH5A 1YBIA 4Q8KA 3WCRA 3S8KA 1Z0HA 2Y9WC 3O0XA 4YM3A 2D1ZA 1AXKA 1UX6A 4YGBA 4YZ4A 3FJEA 4XXPA 5JVVA 2DYCA 2P3KA 5EWSA 2EIGA 4ENDA 3O44A 1D0HA 4J2SA 3BAQA 3E8LC 1DZCA 4Y20B 4YGCA 4YGDA 1HIBA 4X3AA 4H04A 3WOGA 4GP0A 1V6IA 1CPNA 2D3RA 1WD4A 3MW4A 1W3GA 4QC4A 2D7IA 1WBLA 2GALA 3WMUA 3INAA 3ZSJA 3AH4A 3SISA 1WD3A 3I4IA 4F83A 5DUWA 2WT2A 4WZFA 1IOAA 2A3XA 4J23B 4XJZA 3O4AA 3FJJA 5H9SA 5HPZA 1UN1A 1LOEA 1G86A 2P39A 3VKFC 2WKKA 3IM6A 2AGSA 3AZZA 3N0KA 4LO3A 1LHWA 3V64A 4LO2C 1TWEA 1LEDA 5GALA 2YZ4A 4EEEB 4XFSA 4M01A 1LU1A 1ZKWA 4A7YA 4YW3A 1HCDA 1FGAA 2DTWA 2EXHA 1BYHA 4GP3A 1LESA 4FPCA 4GKXA 1QKQA 4I4XA 1YTOA 2WSUA 4D0TA 3HBWA 3ZYPA 3Q7XA 2GDFA 3OY8A 3K1XA 5T54A 2Q5TA 3N7KA 5DUXA 3A4UA 2YY1A 2BEBA 3UD8A 1QOSA 3NV2A 2B7YA 4DS0A 3UJ4A 4Z8BA 5BXTA 4LBJA 1LHVA 5GZCA 2GNTA 4L4IA 3FGMA 3AJYA 5BQNA 3ENRA 1N3OA 3QJ0A 2F2FC 5GLZA 3WUDA 2DURA 2UU8A 3ZXEA 3JRRA 4QO3A 1QF3A 3O0WA 3V0BA 1HWPB 1AFCA 5IK7A 2DVGA 2P23A 4Y24A 4BMBA 3M3CA 3RS6A 2ZGMA 3N36A 4QBCA 1ULDA 1N1YA 3R05A 4X38A 4SLIA 4GALA 3FJKA 3CA4A 1TP0A 2EXJA 1JLYA 2WNEA 5FREA 2G7NA 3FIEA 1JOJA 3AK0A 4YW2A 4KBBA 2I2SA 1BFBA 4GOYA 2Z48A 3M3QA 2ZABA 2NMNA 2PHXA 5DVHA 1PZZA 3V65A 4I4PA 3DEBA 4FQ4A 1LGNA 2DRZA 2D43A 2NMOA 2MC2A 4ATFA 3A21A 4XTPA 2A97A 5GLVA 3V0AB 1N1SA 5T5JA 4GAFA 5F8SA 4EFRA 2ZGSA 3H6RA 2IMBA 3QYDA 3BRGC 2D6KA 1N3PA 4BPZA 5GLWA 1MZ5A 4FOQA 2FFVA 1CR7A 4Y1XA 1BLDA 1DGLA 2NP0A 1HKNA 1TOOA 4X37A 4EFPA 5CBLA 2P34A 3T1MA 4D8HA 5H9QA 3ZX7A 1E0OA 5BQUC 1DQ6A 1WBCA 1V6WA 1LOFC 5GZGA 4I4QA 5T5PA 2ARXA 3AKIA 4FPGA 2NZ9A 2AH2A 2AQZA 1XZZA 2A6YA 1R8OA 4FP3A 1H9WA 1QGLA 1AVAC 1I3HA 1HWNB 1VALA 3WDYA 5D61A 5E88A 2ZGUA 1ITBA 2XOAA 3FFZA 4OWKA 3NBNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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