3ZXGA

Lysenin sphingomyelin complex
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AAEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin
molecule keywords LYSENIN
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Eisenia fetida
total genus 60
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxgA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxgA02
2Y9XE 4OWKA 1S0CA 4EFPA 1RY7A 4EFRA 4X38A 4D8HA 4J23B 5BP5A 1IRAX 4ZFUB 4ZA3B 1S0FA 6I1BA 5HPZA 3BAGA 3BA5A 5D63A 2ZQNA 4JPZA 4A7YA 1CVSA 3R4SA 4I37A 4QKRA 1W3AA 4P0LA 3CA6A 2LIEA 1DQOA 2Q9XA 3HN1A 2Y9GA 2D23A 1QQKA 4P0JA 3A23A 4JAWA 2RG9B 1JTCA 4GOYA 1RZOB 1I1BA 3H6QA 3FFZA 1BLAA 3MPPG 3Q7WA 3PMEA 3ZXGA 3BAOA 3O4DA 2BEBA 2HZ9A 4G9MA 3FJBA 1HCDA 4F34A 3FJDA 1I1EA 2VXTI 1FMZA 1G9DA 4P0KA 2F2FA 2NM1A 2KKIA 4OUJA 2QYIB 3VSZA 1BA7A 1JT7A 4OEFA 2GZBA 1QQLA 1PUMB 5DZUA 1V6XA 2XOAA 5FZZA 3BADA 4LO1C 2NP0A 3RMYA 1Q1UA 4ENDA 3RTIB 1ISZA 4QALA 3NBNA 4JKQA 1DIWA 1ISYA 1HCEA 5FNWA 1Q03A 4II0A 2VSEA 1AXMA 1ONKB 4Z8SB 4XFUA 3B9UA 1G9BA 4I3NA 4ZFYB 4JQ0A 3O49A 1FWVA 4AN7B 3CQAA 3OBRA 4ISRA 3P53A 2D7IA 4HR6C 2RSTA 4LO2C 4LO1A 3AZVA 4IY9A 3CU1B 4PC4A 4GAIA 3I29B 3UD8A 3CA1A 4EEEB 4DENA 1HWNB 1ISVA 4X3AA 2AFGA 1GGPB 4XFSA 4LO7B 4ZKTB 3OBTA 4JP0A 2Q3NB 4D0ZA 4GOVA 4F83A 3BRFA 2BFHA 4I96A 5BXPA 2Y9WC 3FJ8A 4I1BA 5GAQA 4I8MA 4ZFWB 2FGFA 3O4BA 3AJ5A 1FWUA 5BOWA 4LO2A 3ZC8A 3NBCA 1JY0A 4QD2B 1YF8B 3BA7A 2D1ZA 5F90A 2DRYA 5FNXA 3VWCA 5BVPI 3O44A 2HWMA 4LO8B 4L4HA 1YXWA 3JRRA 2VXRA 1HWOB 1DZCA 3RSJA 3VT1A 5EG6C 3FUQA 1OQLB 1IT0A 1XG6A 3OGGA 4LO3C 2LIQA 4I2SA 3V0BB 3BA4A 2D44A 3N7LA 5F8SA 3I2XA 2HWAA 1Z4SA 2E4MA 2D24A 1S0EA 3BAVA 4AN6A 1VCLA 3A22A 2VLCA 3UJ4A 3N0KA 4J2KA 4IQPA 3LLPA 3O4CA 4YOLA 4XFTA 4KEKA 3WMUA 3CAHA 2WBCA 3MALA 3N7MA 1WD3A 3A21A 3PHZA 2R9KB 4G9NA 4LO0C 4X39A 1NUNA 1AFCA 2Y9FA 5EC5A 1HKNA 3D7WB 2DRZA 4DEPA 1JLYA 2KLLA 4G6MA 4ZGRB 2J3PA 4ZOTA 2FFVA 3BAHA 1S0DA 1JQZA 1AVUA 3E8LC 4I4SA 2IWTB 3IAGC 3I2AA 5D62A 2D22A 1YYNA 3HALA 1V6WA 2D7RA 1NZKA 1DZDA 1IILA 1TOOA 4Q9GA 4GP3A 5DSSB 3BRDA 5DVHA 4I4OA 3AKHA 4IHZA 3UDAA 3BAQA 1FN0A 3WO2A 1MD6A 5D61A 1TWMA 4CJMA 4EB2B 4KC3A 3QR5A 1PC8B 1BARA 2ET2A 3V79C 4QBCA 1FV2A 1HWPB 5BQUC 1K5UA 2MC2A 4OWLA 7I1BA 4IONA 3HSMA 4G1RA 1CE7B 1P63A 31BIA 4TLPA 1TP0A 3OGFA 3EF2A 4OEGA 2VU9A 1M2TB 3FJIA 4QC4A 4I1EA 1IHKA 3AH1A 1V6UA 4I4QA 2RQ9A 1ISWA 3AZWA 1EPWA 4DCKC 1XZZA 4ZLBB 1G9CA 5E24E 3IIRA 3NBDA 4L4IA 3FJFA 4A7KA 1G82A 3CRHA 3FJHA 1W3FA 3AH2A 3WO3A 2ERMA 3P6IA 5BQUA 3HOMA 1BLDA 1SR4C 2UUSA 3W9TA 2Z48A 1JT3A 3IM6A 1A8DA 5F8YA 3P6JA 3WMVA 1XHBA 2D20A 1L2HA 1BASA 3R4UA 4ISQA 1FQ9A 3IM7A 1D0HA 3CRGA 1JT5A 3ZX7A 3H6RA 5FZUA 4I6IA 2ZR1B 3V0AA 3FGMA 3PUBA 1T9FA 1DJSB 1XYFA 4Z9WB 2QN4A 5BXTA 3AKIA 3WINC 1TTUA 4FGFA 3AKGA 3OJ2A 3VT2A 4G6JA 1F31A 21BIA 2NTDA 4USPA 3BRGC 4I4YA 1ISXA 2NYYA 3FJJA 3T8SA 1R8OA 3F62B 4IY8A 2KI4A 1YBIA 1DLLA 3VT0A 3QYDA 2K8RA 3WO4A 3VSFA 3LTQA 2VUAA 4GP0A 2VSAA 4KBBA 4OWJA 2Z49A 4JRAA 4D0TA 2AAIB 2MIBA 3UD7A 1N4KA 2ZQOA 4H9WA 3ZXDA 2YUGA 3FUOA 1RMLA 4Q9PA 4I4UA 1RG8A 3H6SE 1FGAA 3O4OA 3N7JA 3H6RB 3WINA 3BTAA 2ESUA 3OJVA 8I1BA 3V0AB 3O4AA 3JUTA 1R8NA 2D43A 4QKSA 4FVVA 4LO3A 2K43A 41BIA 1IOBA 2NVHA 3RMXA 1BFCA 4P6AA 5JLVA 4A7ZA 4JKXB 5BXRA 1SZ6B 2X2SA 2P23A 3S8KA 2X2TA 4R6UB 1ABRB 4HA2A 3BAUA 4I4VA 3WA1A 2F8XC 5I1BA 4I4PA 4I4RA 3Q7YA 1WD4A 1JT4A 2F2FC 2FFUA 5B2HA 1S0BA 4EKXB 3CA5A 1K5VA 1BFBA 1S0LA 1S0GA 4LO0A 2K4AB 1DQGA 1T4QA 5DUYA 3VUOA 1BFFA 3CRIA 1G9AA 4LO7C 3HBWA 1M16A 1EV2A 3PG0A 1W3GA 3AJ6A 5JMCA 3KMVA 2KH2A 1DFQA 4HJJA 5EHAA 3OJMA 2GO2A 3IM5A 4X37A 4J2YA 4QD2C 1AVWB 4OW4A 3VEQA 3AH4A 3Q7XA 4QBVA 1WBCA 1JLXA 2DREA 4QO3A 3BB2A 1BFGA 2BEAA 1AVAC 3POKA 2DS0A 4I4XA 5BXSA 1TWEA 1Q04A 4J2XA 1PWAA 4KEJA 3FJCA 3BX1C 3ZC9A 4OEEA 4GAFA 1ITBA 1MC9A 3HMYA 3FJKA 4IZEA 5F8WA 1TIEA 3FJ9A 4EFQA 1Z0HA 2L5XA 4H04A 5G00A 1PZZA 4KEIA 1FMMS 1TFMB 3TC2A 3RTJB 1II4A 1E0OA 3A07A 3O3QA 1YTOA 2HW9A 1V6VA 2AQZA 3FJEA 4IZXA 5FZYA 4USOA 2KI6B 3N7KA 2I1BA 1FV3A 1ILR1 3CA4A 2WRYA 3C9ZA 3F1RA 1J0SA 1QXMA 3V0BA 2FO1A 3SNVA 1SR4A 3FJAA 4WBCA 1DFCA 2P39A 4ZBVB 4XKIA 3UJ0A 2MLLB 1IJTA 1WBAA 3K1XA 5BP5C 4Q91A 9ILBA 2M49A 1Z2VA 2IHOA 1KNMA 2E4MC 3CA0A 4IYBA 1EYLA 4I0YA 1EVTA 3NJ5A 3O5WB 4J2SA 3UD9A 1HWMB 1UPSA 3AKFA 4I7IA 1AVXB 2FDBM 2NZ9A 1HIBA 3ILAA 3S8JA 3CA3A 1AF9A 1IRPA 1PUUB 3NBEA 2AXMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OD5A 3WDTA 1IG0A 1S0CA 2VCMA 2XLAA 1QJX1 1RMU3 5A3WA 1RY7A 3BTXA 1HB3A 1GQGA 3HIFA 1AL21 1HQNA 3IMNA 5CFCC 4XACA 4D8HA 3O1MA 5GLZA 4ZFUB 2WO1A 1S0FA 4QDSA 2OVUA 3GCXA 3ZSJA 3WF1A 3KWVA 1RUG3 1VR3A 2VR4A 2A71A 1BVVA 3MIFA 3WG1A 2NLRA 3TNQA 1XNTA 3FE5A 1ZBE2 2VJXA 3B02A 5F5QA 5KXCA 5D63A 2ARAA 1YQ8A 1CVSA 2OA2A 3JCIA 4Y4RA 1QJY3 1VBE2 2QQVA 4I3PA 4CCCA 4BQ2A 3O1OA 2VOVA 5BNOC 4GKYA 2LIEA 3WINC 1DGLA 5EQUA 3M8LA 3I3DA 2Q8DA 3ZN5A 5ACA2 3MF9A 4L0PA 2Y6HA 2BBAA 3A23A 3NJYA 5A3OA 2VZRA 4LHSA 3ZSLA 2YUEA 4YZ4A 1WA4A 1XYFA 4FFIA 2RJ2A 3WCSA 4N9HA 2CWMA 5L19A 1PK6B 3KHCA 1QJX3 2JG9B 3I3MA 2AEZA 1HB4A 2ZEXA 3J8F2 5FJKA 2R041 4FO9A 5F2WA 5CFCA 4IGQA 1I1BA 3FFZA 3AVRA 1O3SA 3OTFA 3D6EA 4XJUA 5EP9A 4M4RA 3AKRA 5L9VA 4M3CF 4R52A 4H2AA 1TVGA 3ATGA 4QPYA 4WM8B 1CAXB 3TWIA 4AOCA 3BUCA 5CA6A 2VOKA 1WKYA 4FTSA 1UWWA 3BAOA 3ASIA 3EBRA 2VC9A 5BNOA 4OI1A 2WFF1 3VDDB 4YVSB 1IQAA 1ULEA 3OEBA 3O7OA 4NE9A 1O8PA 3ZDSA 1I1EA 5GALA 2OS2A 3IDCB 2ETEA 2HWF2 2F4PA 3L9JT 3AX4A 2HWE1 2FDHA 2XJTA 2BVVA 3LB9A 3WNOA 5FZGA 1PUMB 4Y1VA 3ORJA 4Z1VA 1LNSA 1RXGA 2OPKA 3IIAA 1CR7A 1UW8A 4LBKA 4CXXA 5JAXA 2JB4A 3B01A 5H9PA 5JI9A 1SBDA 4AF9A 1H2KA 3CBNA 2C6SA 4LUKA 1JH5A 1BBT2 3OB8A 5LA9A 5CFCB 1CESA 2A3YA 2VGDA 2ZKLA 4YG3A 1ISZA 4A3XA 5I0TA 4JKQA 5IFPA 5CZKA 2E31A 2QE3A 4ASLA 3HNBM 5I0RA 2WFPA 2QQLA 2WQ8A 4XIKA 5LZ6A 5FNWA 5JXIA 2UYBA 4II0A 4UFHA 1E57A 1IPKA 2F6BA 4Z8SB 5ISLA 1VBA1 2QQMA 4LLOA 2YC0A 3UKVA 4B3NA 4MGSA 4S2HA 4ZFYB 5BNOB 2LALA 4IEPA 4HONA 4LO8A 5DG1A 4AAPA 1RUC1 1RTVA 4XVHA 2VMEA 3RWKX 5FZHA 2PYTA 2BRTA 1OD3A 3CQAA 4CDQA 5M0TA 1YQCA 4Z2AA 3T0DA 2RSTA 2BQPA 1ACCA 2VVFA 5T3NA 4HR6C 4MZUA 1RUNA 3R4DB 1WW7A 2GN3A 1W8UA 4R8HA 4MOAA 3TYJA 3WV6A 5C33A 4DUWA 2J1AA 3UD8A 2WYFA 4K1YA 3RJRA 4AI9A 4U36A 2PQSA 1TG7A 3C7HA 4IEUA 4QHBA 1ISVA 3M1HA 5DN2A 1APNA 5CADA 2AFGA 3L2YA 5FY9A 1NUKA 4Q4X2 4BJ0A 1EV12 1FOD2 4IEXA 4LO7B 1R1A1 4CU9A 4D6SA 4YM3A 1RUJ3 4GOVA 4N8MA 3MYXA 2BFHA 1HV1A 3PJQA 4ZOTA 4PT6A 4BK4A 3PIJA 4HETA 3LOBA 3GJAA 4W50A 3O4BA 5GAQA 3JQWA 3E6CC 4ZFWB 3AJ5A 1DZTA 2HWC2 1J3QA 1UIJA 2V4AA 3ZC8A 4P9YA 1K5MC 4BQ3A 4E8CA 2XJVA 2GMPA 1W0OA 3VKFC 1X9TA 3VWCA 1XNCA 3MHZA 1H8TC 1JZ3A 4LO8B 1CJDA 2AGSA 2VOTA 4QXHA 3JRRA 1HWOB 2D6OX 1SQ4A 3AKQA 1VBB2 1W6QA 2VZ3A 4L2NA 4AYUA 4CDQB 1VBE1 4A41A 1IT0A 1YJKA 5LRRA 1XYNA 4IEOA 1AR92 2VPVA 3ZYBA 1KJLA 4CCOA 2LIQA 1VRBA 3H0OA 5F5AA 5A1LA 4OMCA 5FUPA 5C7GA 2VUCA 5C6CA 1R1A3 1CX1A 2D44A 2D3SA 4AG4A 5ACA1 4P9XA 1BVP1 5F8SA 1W04A 3LAGA 1JMUB 2HWAA 1UY0A 1RHI2 2JD9A 2ZGKA 3WP6A 4L99A 3ZN6A 1PMHX 1VE0A 1ZZ7A 3J8F1 3KF3A 1LRHA 3LIGA 4IQPA 4XURA 5C3OA 4NIDA 3MFCA 4XTMA 3U75A 1K5MA 2DFBA 4Y26A 3I4IA 3WZ1A 3O4CA 1LODA 2UY8A 1ZBA2 3M3CA 4LUMA 4PDWC 3VHPA 4XFTA 4KEKA 1H8TA 4LHKA 1XE7A 3WMUA 3IDAA 3MALA 3PHZA 1ZBE3 3A21A 5FYSA 5K8SA 1AYN2 5FZ9A 4LO0C 3VZNA 3K46A 1VBE3 4MXVA 4YW2A 3RZHA 2D98A 5GZEA 2Y9FA 2ZGPA 4RR3C 2ES3A 3DV8A 1MQTC 2WT2A 1D4VB 2B4KA 1U12A 1OPOA 4G6MA 2J3PA 4QGNA 1EY2A 3DYOA 3IWZA 3EXUA 3VBRB 3ZKYA 5TSWA 5ACA3 4OQ8A 1YEWA 2AZ5A 1AVUA 1UYZA 2E6VA 4GJZA 1JQZA 1UN1A 2IWTB 4I4SA 1GBGA 1CPNA 1W6QB 2Z5WA 2BUKA 1C1LA 4QPIC 5IVVA 1LHWA 3TOJA 1MS5A 3VB9A 4E8DA 5I8YA 4Q2FA 3J8F3 4LE3A 3O0VA 1Q8VA 2E33A 4LBOA 4Q9GA 5AC92 1W9SA 2X10A 3FFQA 4N53B 3H8XA 1OPMA 5T55A 3THDA 5DSSB 5DVHA 3T2PA 3QH6A 4FBFA 4P5YA 4QX5A 3ZN6B 1O91A 4BWOA 4GAZA 3BAQA 4QU2A 3K4AA 4YFZA 1MD6A 3M70A 5JWPA 3I2XA 4EB2B 3DKWA 3ENRA 3HR9A 4KC3A 1ZRRA 4RR3A 1K5MB 4YARA 1C3HA 1MQTA 1W3VA 1NLRA 3CU7A 4PI0A 5FZIA 2IXKA 2DCTA 4BISA 5A3UA 2DURA 3V79C 1XYPA 2HWF3 1XOYA 1RVF2 3E5QA 4IONA 3HQUA 1MEC2 4LORA 4MZGB 4FOYA 3K77A 4K8FA 4TLPA 4QDRA 4B1LA 1RB8G 4QPIA 3OGFA 3DCQA 4AHXA 4OEGA 1J3PA 1POV0 2VU9A 1RL3A 4OHZA 4G4FA 1DCSA 2H0VA 5CB7A 4TLFA 3WY6A 1S2KA 4YZ3A 4DCKC 4ZLBB 4FQZA 4HSLA 4OMDA 2FGFA 3NBDA 4L4IA 2HLEA 4UFLA 2IFWA 2PLV2 1SLLA 1BBT3 1TEIA 2AC1A 2TBVA 4XOGA 5G05L 5FYUA 1G82A 3FJFA 1W6PA 1FNYA 1YQ5A 4GWJA 3WO3A 2PHFA 2ERMA 2AREA 4IE4A 3P6IA 3IM0A 3IB3A 4RQPC 4Q4X1 5FTTC 3SISA 2ARBA 3FLPA 2KXLA 1FOD1 1W39A 4MGTA 5FQ0A 1JYVA 3IM6A 5DUUA 3TNPB 1OMIA 3HNMA 1N3OA 4CCNA 3WMVA 3WQBA 4NHKA 1MQTB 5EPAA 4DNYA 4DY5A 2P17A 2R6QA 1LKNA 1QNYA 3NNGA 1J1TA 2JDKA 4PF5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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