5BXSA

Lnbase in complex with lnb-nhaccas
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 234
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxsA01
5A8MA 3VIKA 5HPOA 3W28A 3WIJA 3CUIA 3S6TA 3IJ8A 31BIA 1W3AA 1E72M 4W5ZA 7A3HA 1ITXA 2GK1B 2VMFA 3K1XA 3SCQA 4B9ZA 4IQPA 3VGBA 41BIA 1VFMA 1XGZA 1M16A 2WBCA 3WD2A 4D6IA 3TTOA 3HALA 2W62A 5A6BD 3FAXA 5E0CA 1MWOA 4MB4A 1PIGA 1K9DA 1TE1A 2WSKA 2V5CA 3CBWA 2W67A 2JIWA 2VRJA 2BHYA 4DWSB 2VT0A 4HU0A 4FLOA 3WL1A 3W6LA 1V0KA 3M46A 2F2FA 1GONA 3WF2A 5BOWA 1KNMA 5D9OA 1B31A 4GZJA 1CE7B 4HPGA 1LG1A 4UQDA 1JYWA 3L4UA 4R5EA 3AIEA 4GQRA 3ZSSA 4JPZA 4KWUA 2BY2A 1XH2A 1PX3A 3N15A 1AFCA 3AIUA 1QXMA 1V08A 1EDTA 3QHOA 1HIZA 4UFJA 1FV3A 4NZCA 4AIOA 3K46A 1VCLA 4AN6A 1U30A 1VB9A 1QI5A 1TP0A 1EH9A 2LIQA 2XHYA 3PZIA 4OUEA 1HJXA 4ZFWB 2VCBA 3OGSA 1AF9A 3T0AA 3VD5A 2EJ1A 4BQ2A 3FHAA 1UH2A 2YL8A 1BLIA 4OOUA 4C7GA 1UWQA 3PZVA 4DEPA 1JXJA 1G94A 4PMXA 4W8LA 1PZ2A 1ZJAA 4PTWA 1EPWA 1HP4A 2WC4A 2HZ9A 4RL3A 5FNWA 3EYPA 1W1TA 2J75A 1R8NA 2OSWA 4CCCA 4B9YA 4PSPA 1JAEA 1KCLA 3TTYA 3B9AA 4LQ1A 4UQAA 5BYWA 4F9JA 1GQLA 4TX6A 4Z2LA 4OBRA 4HA3A 1B2YA 5D61A 1FH8A 4IUGA 3ZOAA 1GJWA 5JMCA 1WBAA 2WSPA 2GO2A 5AY7A 4AZGA 5E6ZA 2WHJA 5D9NA 2FDBM 4X39A 1YYNA 1BA7A 2ZXBA 3WFLA 5AYBA 3I2XA 2VXRA 5BXSA 2ZUSA 2OWXA 1EQPA 1JT4A 3WDJA 4II0A 4S3KA 1EVTA 2BFGA 1RG8A 1PZZA 3SCVA 4OIFA 2E4TA 3IANA 1GVYA 3LPFA 4RE4A 4U2ZA 1KCKA 3L2LA 1H5VA 1FMZA 2YLLA 4AZBA 1HKNA 4I1BA 1SFSA 2Y9FA 4PMZA 2BVYA 4ZKTB 2XUCA 4ACYA 3W9TA 2DT1A 1H11A 1HP5A 1Q6FA 2FHCA 3SCRA 3KZSA 1AQ0A 1GPFA 4UOJA 3I29B 4HJJA 4QKRA 3N7JA 3MPPG 2Y4SA 2BEAA 3KL5A 1UD5A 3JUGA 1JG9A 3A3HA 1B3VA 5C71A 3WMVA 1ZS2A 4QKSA 1LLOA 1RH9A 5GNZA 3CHDA 1W9XA 4A7ZA 3ZJKA 3MV11 4UOZA 1G01A 5I0DA 2BY0A 2G3NA 3VX0A 1E6ZA 1MQQA 4FF5A 3CUGA 1MFUA 3EBVA 1XSJA 2DGAA 3AS1A 5IFPA 3VSZA 1ITCA 1H0GA 5A8OA 1W32A 1JZ3A 4ISRA 3AJ6A 2ZUTA 1WB0A 1V6YA 4QDMA 3W29A 3TOPA 3WEMA 5F7UA 4NRSA 2DIJA 4AWEA 4B15A 4I4SA 1RY7A 3T09A 4AD5A 4X3AA 2W5FA 4EB2B 3ZM8A 2YA1A 2ZXAA 4D6FA 4H41A 3HMCA 2FH6A 1TWMA 1V3KA 2XFFA 1UKTA 4ZEPA 4J3XA 3RMXA 5D8ZA 1E56A 2YDQA 1BFCA 3O2LA 1B9ZA 2NTDA 2CERA 5B2HA 4OKDA 4OEEA 1UQYA 1VBRA 2WRYA 3VUPA 1AVWB 4UFIA 4G6JA 3SEPA 1OINA 1G9HA 2IWTB 2IXUA 3VM7A 3WH5A 3PZGA 4UZSA 3LTQA 4RE2A 1W3GA 4D0TA 1W9VA 4Z2IA 3WFZA 3CHFA 2CYGA 3AXHA 2WHLA 1OD0A 3EF2A 1VENA 2JE8A 5I5RA 4IYBA 4FLRA 3OBAA 3AIWA 4D0ZA 1ZU8A 2YKKA 2E9MA 3AZRA 3WF1A 2G3MA 5LA0A 1HJQA 3VGEA 5IHSA 1OD8A 3VT0A 1M04A 1SMDA 3CZKA 3DYPA 2IXVA 9CGTA 1OBAA 4LO8B 4AW7A 1VFFA 4HZ7A 2A3AA 1V6XA 1WNOA 1E0XA 1UG6A 1V3JA 1BSIA 1UWRA 3K8LA 3GNPA 2VVNA 4KEKA 4ZFUB 3BX1C 1EHAA 4YOLA 1KBKA 4JP0A 4XUYA 4AISA 1UHVA 5KEZA 3ARWA 2WKGA 1WCGA 4XX6A 3AYRA 1QNOA 4W93A 2XIIA 4W7UA 3ARVA 3MU7A 4MTVA 3KL3A 1TOOA 1OQLB 4W7WA 3RPMA 4AZCB 4JKQA 2PWFA 1VFUA 4GXPA 4I4PA 3TA9A 3WO4A 3VD3A 4P7NA 1E43A 4Q7NA 3QGVA 1HCEA 4Z2KA 4PUDA 4U3CA 3BSHA 4JFUA 4HOZA 1MW2A 2WHMA 1S0FA 1YTOA 2GZBA 4PN2A 4Z2JA 1ISYA 3FY1A 2E8ZA 3WN6A 3QOMA 3WO2A 3VO0A 3RTIB 3WNMA 1V03A 1O6IA 2BY3A 3ZC9A 1SYTA 3AKGA 2XSBA 3AHVA 3BLPX 4QP0A 3II1A 1KR1A 2J62A 3WNKA 2GJRA 3RTJB 1QNSA 3K8MA 3AIVA 4M81A 3PUBA 3O4AA 1OM0A 3ARUA 3V0AA 1CZ1A 3AZTA 5A2BA 4W8AA 4KRTA 3IJ9A 1EGZA 1L2HA 1JD9A 4JRAA 3UR8A 1WKYA 2J47A 3CA0A 3AZSA 1WDRA 3WF0A 1YXWA 3ILAA 1Q6CA 4H9WA 3EDDA 4CD7A 2V38A 1JQZA 1FH7A 1NM9A 3KL0A 2CKRA 1C8YA 2QHAA 1AVAA 3BAHA 1RP9A 3AS0A 3IJ7A 1RPKA 1T4QA 1OT1A 3NYDA 5ABHA 1JF5A 2CIPA 4I4QA 2WZHA 3F4VA 3PHZA 4LYQA 1CECA 5DUYA 3WNOA 2FDMA 3WDIA 4J2XA 3VINA 3L4YA 3AIQA 3ARPA 2Y8KA 1NWRA 4WSKA 2W63A 1R8OA 1QI4A 1B0IA 1A47A 3CHCA 2CPUA 1R7OA 3WY1A 3SCPA 3AHXA 1W9DM 1YBIA 5F8SA 3BAKA 1GNXA 1XCXA 1JZ6A 3CA3A 3S8JA 2CNCA 1PUUB 2V3EA 2VCCA 3S8KA 1DJSB 4AEFA 5ABGA 1S46A 1GUVA 3AMCA 3E1F1 2YBUA 2GJXA 3VDBA 1W91A 3CGTA 4W5UA 2XGIA 1WPCA 3A6OA 1FA2A 1JT7A 2J7BA 3AIBA 1VF8A 4JL2A 1UR0A 1CVSA 2JALA 3VDHA 4ZOTA 4ML4A 4PUEA 4DWSC 4PRWA 4F8XA 3CH9A 2WMIA 2J7HA 4QFUA 1R8LA 1H09A 2YDRA 1SZ6B 5HPCA 3PG0A 5JUVA 5M17A 5CSYA 3VKKA 2XGBA 5CPQA 1E3ZA 4C91A 1J9YA 1BYBA 2NYYA 4DCKC 3AZVA 4J7RA 2W92A 4OEGA 3BADA 4D6GA 2DS0A 5I2UA 4JQ0A 1CYGA 3MO4A 3OIHA 1JT5A 21BIA 3NBDA 1G9AA 3GTNA 3OB8A 1QW8A 1S0EA 1OSEA 2OYKA 1HVQA 5A1AA 4I4YA 1FHDA 4AD4A 2NW0A 1ONKB 3NJ5A 2FHFA 3AKIA 3OZPA 1W3LA 1JIBA 3HMYA 1XZZA 1MW0A 1QHPA 5DEZA 3OGFA 3ZXGA 4KEIA 2J25A 4YPJA 5ABFB 3WNPA 1PWAA 2FGFA 5D62A 2FH8A 2AAIB 3NSNA 3L4TA 2VQUA 3NBEA 1FQ9A 1QHOA 4D71A 1V0NA 2WZIA 3PMEA 3UR7A 2VX5A 3RIKA 3CHEA 4TVUA 3WQVA 2UWFA 5BQUA 4AD0A 1ISZA 3VD4A 1H0IA 5JLVA 1V3LA 4R27A 4R6UB 3AOFA 3DYMA 3OLEA 1XYZA 3W82A 2ZE0A 1BVZA 3PTMA 1J11A 3VDAA 4G9MA 3MANA 1ZB5A 2VC9A 3WQ4A 2A3BA 3ZQ9A 2ZUMA 1MW3A 4W87A 3I3DA 3FFZA 4AD2A 4OZOA 1SR4C 2OWWA 4FGFA 2AMGA 4PMVA 1C92A 5A69A 1H41A 2V3DA 2WK2A 1UWSA 3UEQA 3N12A 1ZL1A 3UG5A 2Y24A 5BP5C 4PEEA 1YHTA 3BAUA 1VAHA 1WZAA 2PWGA 2XG9A 1NZKA 3MSDA 3WF4A 4HMCA 3POCA 4J2KA 3WNLA 4GIAA 2WVUA 1IRAX 2BFHA 1UR9A 2XWDA 5FOOA 1LL7A 3FGMA 1CXEA 2BVDA 4H7VA 5A8PA 4P6AA 3CZ8A 2PBOA 4C7FA 1QNQA 4IM4A 3GDBA 4GI8A 3OJVA 1XSKA 1QI0A 3AH1A 4MNKA 1QW9A 5HNNA 1GGPB 4JZ5A 1C90A 3CIVA 5CJ5A 4QLKA 4HA2A 3W4RA 1ODUA 3AIRA 1KFWA 2X05A 2ZUUA 4J2SA 3CU1B 1PEZA 1WBCA 3CZJA 2D0FA 2FHBA 1LWJA 2WMFA 4MNMA 1T9FA 3WMBA 3K4AA 4YN5A 3VTRA 7I1BA 4DWSD 4HMEA 2VX6A 1Q04A 1FP8A 1X6LA 4HZ6A 3FJJA 2UY4A 3AMKA 4J3UA 4X37A 1TIEA 3QYDA 1BPLB 4EANA 4JFWA 4GO9A 4V28A 3MS8A 4Q91A 4X9YA 1KR0A 3FJ9A 1G9BA 3N13A 4EEEB 2Y9GA 3UD9A 3RJXA 1AMYA 4XV0A 1H3GA 1AXMA 2DSWA 2NM1A 2KH2A 2BEBA 1BFGA 3POKA 1E0OA 3BCDA 2X1IA 2WM0A 1V0MA 3WH9A 1CLXA 3SCUA 3SUTA 3BMWA 1Q6EA 1DEDA 1IHKA 4HR6C 3BCFA 2IUZA 2MC2A 1JDAA 4ZE4A 1DHKA 4GKLA 1QQKA 1C7TA 4E8CA 4OJYA 1UWTA 1S0LA 3BRDA 3CMJA 4I4VA 5A6BA 4L4OA 5GPRA 2WKLA 4LO7B 1ZBVA 4PSRA 1X1NA 4QCEA 1ISXA 4TVCA 1FWVA 3WEOA 1E6QM 2J3PA 3HBWA 3VIIA 2QMJA 3WINA 2Z1SA 1KGUA 2DEPA 2JF6A 2VUAA 2L5XA 3AMGA 1U2YA 3FW6A 4PMNA 4GOYA 2F2HA 3MMUA 4W89A 2BVTA 4CU7A 3EMZA 4JAWA 1EV2A 3C9ZA 2I1BA 1B30A 4DM1A 4LO3C 1NWTA 1WZMA 2ZICA 5LYRA 3ARSA 2Y2WA 5I1BA 3CRHA 2JF7A 3ZXDA 2VXTI 4I3NA 2DRZA 1IOBA 3WH8A 1CXLA 4LX4A 1WDPA 2EPMX 1F4HA 1E6RA 3HN1A 4M29A 2WCSA 1HWMB 4CVWA 6CGTA 2XVLA 5BVPI 2WCGA 3CA4A 1HJUA 1V6VA 2WVSA 1NWSA 5E9AA 1XRVA 1X6NA 1BG9A 3HSMA 4I37A 4HA4A 1M01A 1HWPB 2J74A 3T08A 4CU8A 3OLDA 3F5KA 4N0RA 3N17A 2NSXA 1S0CA 5BXPA 1V0LA 2A3HA 4UTFA 3VMNA 5A94A 4JFVA 2Q8XA 2ZIDA 2X2TA 4ACZA 5JIWA 2GUYA 4WKHA 1UD3A 3WSUA 1VFOA 1UD2A 3AISA 6TAAA 3RILA 4W88A 3EDKA 2WBKA 3OGVA 4CCEA 3AROA 4GAFA 4Q22A 3OBTA 1IV8A 1OCQA 4DENA 4P7OA 3W38A 1IT0A 3PHAA 4HZ8A 1WDQA 2DRYA 4JL1A 5G00A 3A4AA 4PMRA 1QI2A 4A7KA 3FJDA 1ECEA 2M49A 1EHNA 3WKZA 1UR2A 3WQ6A 2AAAA 2Z49A 3IAPA 1DIWA 4JKKA 4AD3A 4B16A 3UG3A 1UQZA 3RM9A 3TP4A 3CA5A 3WMUA 4AZIA 1HIBA 1UWIA 3AHYA 2D2OA 3SCNA 3WD3A 3WENA 5A6MA 4ZFMA 3AS3A 4MADA 3W27A 3NBCA 5KZ6A 1GOWA 3THCA 1US2A 2VUYA 3SCTA 2GDUA 1JYXA 2HVMA 1OGSA 3ZSTA 3BA5A 3MMWA 4TX8A 4M56A 3BAOA 2DPEA 1OB0A 2D22A 4I8MA 1SMAA 5CZKA 3O5WB 3GXFA 3IM6A 4GI6A 1TA3A 4I0YA 3FUQA 3I2AA 3ARQA 1W1VA 3GNRA 3WBAA 4N42A 1MW1A 2O9OA 1CGWA 2VR5A 2DT0A 2G3IA 1DQOA 3CZEA 2MLLB 1KGWA 5M5DA 1S0BA 3M7SA 2VX7A 1L8NA 4I4OA 4J3VA 3MSGA 1UKOA 3FHQA 2VO5A 3ALFA 3CO4A 3VD7A 5FZZA 1NWUA 3CTTA 3CA1A 5D4YA 4TUFA 1JYVA 1OGGA 2WYSA 4FK9A 1NOWA 1YF8B 3NJ3A 3FUOA 3B9EA 4W84A 1C93A 4D6HA 3T2OA 2UY5A 5I77A 2YL6A 4UFHA 5BRPA 3T2PA 3UDAA 1ZBCA 4W86A 5IHRA 3GNOA 2XTKA 4AZ5A 3AH4A 3VWCA 4AIUA 2Y5EA 1TCMA 2DREA 3RMYA 4IY9A 2DDXA 5EG6C 4MB3A 1UH3A 3AYSA 4OWJA 3F5LA 3BH4A 2BHUA 4X0NA 1W9PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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