3RMXA

Crystal structure of hcr/d f1240a mutant
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
415
structure length
404
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRASFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 89
structure length 404
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmxA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmxA02
1H9PA 1JOJA 2D7RA 4QD2C 1N3QA 2ZGKA 3OY8A 2NMNA 4BMEA 4OWKA 1NLSA 1IS5A 3AXDA 4U36A 3DGTA 1URXA 3H6RB 2ZHMA 2D7IA 4IYBA 4XBLA 5T55A 2P3KA 3ZSLA 3PHZA 5FRAA 4YZ3A 3N36A 3UJQA 3BAUA 3O3QA 1BXHA 3C9ZA 1II4A 3IM6A 1SLLA 1MS8A 3JRRA 3UJOA 1S0CA 2I1BA 1DQ4A 4L8QA 2V5YA 5IK5A 1PZZA 3AH1A 3LSEA 3SH5A 4ENDA 2YY1A 3ZSJA 2DWRA 1YRZA 3AYDA 3RSJA 4XHBA 1UZZA 1MS9A 5JVVA 4YGBA 4HR6C 1DGLA 1GZ9A 3N7JA 2EIGA 3B00A 2A71A 2VW0A 3ILAA 3AFKA 2CY6A 4XIKA 1WBCA 4IQPA 2XB6C 2K4AB 2Q5TA 2W39A 2OUJA 2CNAA 1FNZA 4P9XA 3W9TA 3AP5A 1W6NA 4IY8A 2P39A 1DQ1A 2HYKA 5F5QA 4D0TA 3AKIA 4M3CB 4Y1UA 1WD3A 3FBYA 2GDFA 5EWSA 1LGCA 2ZHLA 1CIWA 1FWUA 1BARA 3R05A 1CPMA 3B01A 1GSLA 4DCKC 1W6OB 4FPHA 4QBVA 2ESUA 2BEAA 3UDAA 2YXSA 1LOCA 2R0FA 5DZFA 4YFZA 1FMZA 3IN9A 4I4QA 1BFFA 3EF2A 3AH2A 4TZDA 1KJLA 5KXBA 5BYNA 4X37A 3BAHA 4R9AA 3O4CA 2OW4A 4CRQA 2W68A 3AP7A 1IS6A 1BLDA 4EFPA 3NV1A 1NUNA 1KQRA 3MW3A 5FNXA 2KM2A 2ERMA 5BXTA 1WD4A 1IILA 4XMIA 5HCAA 5IUQA 4M01A 1YF8B 1NZKA 3V64A 1QQKA 2D20A 2R16A 5H9RA 2P3JA 2YMZA 1D2SA 5E88A 1BYHA 1QGLA 1WLWA 2D1ZA 1C1LA 5GLVA 1ISWA 1IHKA 1QDCA 3INAA 1Z4SA 5GJ6A 1W3FA 5IK7A 1LOEA 2ZR1B 1APNA 1JBCA 4JPZA 2B7YA 3B9CA 3L2YA 4PBPA 2BFHA 2RQ9A 4OEFA 1PZ9A 1KDKA 4IY9A 3O4DA 1Q1UA 4I2SA 6I1BA 1JT4A 4OZXA 2ZGOA 3BODA 1V6OA 3RTIB 2Q9XA 3FJAA 3MALA 3MW4A 4X38A 2PHFA 3A07A 5BP5A 2YUGA 2ZGQA 2AYHA 1W3AA 2A7AA 1S0LA 5KXDA 3ZXLA 2MLLB 3OJVA 2AUYA 4Y24A 2EXHA 4BQ1A 3BA7A 3AJ6A 1DIWA 1S0EA 1TTUA 2HW9A 4H04A 2DURA 1LOBA 3POYA 3S8KA 2ET2A 2VXTI 1LJ7A 4M3CA 4XJ8A 4Z8SB 1MS3A 3WINA 1AF9A 4I4VA 1W0OA 4P0KA 1HCEA 2A6VA 2UWAA 3M3EA 1ZM1A 3AJYA 5GLTA 1SBEA 1ISYA 3H6QA 1O4YA 2FFVA 1V00A 3AP6A 4CZSA 5JLVA 3PVNA 1QOTA 2DUQA 3APBA 3CRHA 3BIWE 1ISVA 3P53A 2D6KA 2D22A 1WW7A 1QNYA 4DENA 1W0PA 1KNMA 3O4BA 4BPZA 8I1BA 1AX1A 1ULDA 4YGDA 1SLAA 4QKRA 4F83A 4HL0A 31BIA 1AJKA 4YM2A 4I8MA 1SFYA 1BFGA 4AGRA 4IZEA 3AKFA 2AXMA 2CWMA 2LALA 4R9CA 3AJZA 3A22A 4J2YA 3WO4A 3ZXEA 2ZGSA 4JP0A 3WG2A 3WA1A 4UW4A 3KMVA 4Y1ZA 4XJ9A 2LTNA 3SNMA 4FVVA 1JTCA 5DZEA 4YM1A 4GAIA 4IZXA 4J2SA 4ZXKA 5DZUA 2E4MA 5H9QA 2JDZA 4K21A 4DQAA 1AZDA 5EYXA 3AZVA 3W59A 2X2TA 4DRVA 3M3QA 1JW6A 1AVUA 4USPA 2GNDA 1JXNA 1LENA 4LBJA 4Q27A 2AGSA 2W52A 5JDBA 5BP5C 2D6LX 1YO8A 3HMYA 3BA4A 4YW3A 5GZGA 1SLTA 5T5JA 4A7KA 3FJ9A 1RIRA 1FV2A 3HR9A 3RG0A 4XKIA 1DZDA 1ONAA 3M3CA 3AYAA 1KITA 1FQ9A 2D3SA 4XZPA 4F34A 1BQPA 1Q8QA 1G86A 1AVWB 2A3WA 3WV6A 3D5OA 1OKQA 4RL7A 3WINC 3BAQA 4P0LA 3IAGC 1H30A 1QOSA 4W65A 2QYIB 1LCLA 3PJQA 5T52A 1ULCA 3E8LC 1CE7B 3N3HA 2RHPA 4I96A 4EB2B 2FMDA 1KDMA 2C5DA 4JRAA 2ENRA 3O12A 3I4IA 3WDXA 1Q03A 4KEJA 1W6PB 4GKXA 1WW4A 4QKSA 3WCRA 4XFSA 1Q8SA 2QN4A 1X50A 1K5UA 5D62A 1DQ5A 4I3NA 4G9NA 4BOWA 1CVSA 2R1DA 1SR4A 1R1ZA 3O4AA 3SH4A 1CPNA 4XFTA 2A6YA 2EXJA 4HANA 1G82A 1N1TA 4XFUA 3PG0A 5L73A 2FGFA 4BLIA 1HWNB 4YM3A 2R9KB 4QO3A 2VUAA 4I4RA 3V0AB 4XTMA 2E7TA 1V6LA 3WNXA 3MPPG 1WLDA 1ZA4A 2DREA 4PC4A 3JUUA 3AX4A 2VXRA 3NBDA 2ERFA 3AYCA 3ZYRA 3ZVXA 4H55A 2WNEA 4GP0A 4I37A 1XZZA 4A7ZA 2GNTA 1RY7A 2ZGMA 4R9DA 2E4MC 1AX2A 1MC9A 3R4UA 2WT1A 2JKBA 1IRAX 5DUUA 4ISQA 4YFWA 4YG6A 1JQZA 1QXMA 5JOWA 1HCDA 3CA0A 4FPGA 3QLQA 1QOOA 4I4XA 1T9FA 1Q8OA 3BAGA 3CU1B 2ZAAA 1N3PA 2AR6A 5H9SA 1MS4A 1EVTA 3AP9A 4YW4A 2PHUA 2ZGTA 4XXPA 1IT0A 4JKXB 1JYCA 1EV2A 4G1RA 1LU1A 4QALA 2A6WA 1UX6A 4YZ4A 2E51A 4ISRA 1LEMA 2NP0A 4FPLA 1LOFA 1JYIA 5FZUA 4ZOTA 41BIA 1M16A 2SLIA 2NM1A 1YTOA 4XHXA 1IRPA 1AXZA 2EXIA 5GAQA 2ZMNA 5T5OA 1GZCA 1W6QB 3FJEA 2DUPA 3V79C 4I0YA 3ZSMA 1K5VA 1L2HA 1SACA 3WDYA 1OQLB 4XBNA 2UWBA 1FAYA 3FJCA 1GBGA 1TWEA 3IPVA 3WHTA 2YZ4A 3RTJB 3TB0A 3I29B 1YIFA 2EALA 4DEPA 2DS0A 1SR4C 1N47A 1FYUA 4PCRA 4OUJA 2WT2A 3Q7WA 3SNVA 4X39A 3I2XA 1W6PA 4USOA 4Q8LA 4ZFUB 2L5XA 1DQ2A 1LESA 1QMJA 1KJRA 5AVAA 3Q7XA 4GOYA 2FDBM 4PBOA 1MR5A 1PC8B 3WG1A 3WUDA 5HPZA 1CR7A 1GNHA 2Y9GA 3ILFA 1IS3A 1JUIA 1ENSA 1DQOA 5FZZA 5GLWA 1S0IA 2J3PA 2X2SA 3O4OA 3LLPA 3FJ8A 4ZLBB 3WG4A 1BA7A 2IHOA 1F9KA 4BMBA 3WDTA 3FJDA 4EFQA 3A0KA 1WW6A 2DUOA 5I1BA 4LBOA 4XMAA 1QF3A 4Y26A 4QC4A 3D4KA 2D7FA 2K8RA 1KRIA 3C2UA 3OJBA 1JT3A 3H6SE 4ASMB 1OQ1A 1DQGA 1AFCA 2JE9A 1AXYA 2ZHNA 1ABRB 4Q2FA 3LTQA 1HDKA 3WDWA 1CVNA 4Y20A 2A6XA 3AZZA 3AYEA 3KQRA 3OBTA 4XJWA 5BXPA 4H9WA 3BB2A 3VWCA 1LOFC 2OUHA 3FFZA 3D7WB 4X3AA 5FZYA 5GZDA 1MS0A 3QYDA 2CWSA 2DRYA 3BA5A 2NN8A 1UKGA 1G7YA 2DU0A 3CNAA 2VW2A 1V6NA 4WVVA 3BX1C 3AKHA 5KXCA 4EKXB 4FOQA 4YOLA 2GO2A 2WT0A 1IS4A 3AZWA 3H6RA 2ZQNA 3N7MA 3BRGC 3Q7YA 1SCSA 3RRDA 2YV8A 1CQ9A 3WDUA 3VT1A 2BEBA 4YW5A 4UW3A 1T4QA 4YGEA 5E24E 1CESA 3WLUA 1SBFA 1Z0HA 2BQPA 2MC2A 2FFUA 3T2TA 3FLPA 2LIEA 5DXDA 3AP4A 2DRZA 4J2XA 1UMZA 3OGGA 4AVSA 3VKMA 1N1VA 1Q04A 1A78A 1DLLA 3UD7A 4U2AA 1I3HA 2KI4A 3OGFA 2AAIB 1ENQA 2AENA 3T1MA 4WBCA 5GZEA 4WV8A 1JN2P 3MW2A 5G00A 4KEKA 2DVFA 2UU8A 1UZYA 3AZXA 1JHNA 5T50A 2AQZA 1V6VA 4I1BA 4OWJA 2P23A 2F2FC 4FP2A 2A3YA 4FPKA 5IK8A 4FQ4A 3NBCA 4R9BA 5F90A 3HSMA 3Q9OA 1G9AA 4YZ5A 3USUB 3ZXGA 1EPWA 4XJAA 1HLCA 4XIOA 1TWMA 1FGAA 1PUUB 3O5SA 3CAHA 1W6OA 4LO7B 1SZ6B 1TFMB 4NOTA 3VKOA 4OEGA 3POWA 2P2KA 5CA6A 3GNEA 2ZGRA 2NZ9A 3ZC8A 4C1XA 1HKDA 2CL2A 3FUOA 1CJPA 4LBKA 1TOOA 1IJTA 4I1EA 2R49A 2GN3A 3M2MA 3CA1A 4P14A 3FJJA 3A21A 1BFBA 3RMXA 1EYLA 4Q1RA 1YXWA 4TLPA 1S0FA 2IWTB 4FQZA 4LO3C 3A4UA 2P37A 3NWKA 2D6NA 3V0BB 4I4YA 2C9AA 3LSDA 3ENRA 3NV3A 1MS1A 4BM8A 3NV4A 3WZ1A 3WMVA 1BLAA 3F1RA 2DYCA 3QCWA 4KEIA 1BJQA 2ZZJA 1VCLA 1A3KA 5CB7A 2F8XC 1WCSA 2Y9XE 3UD8A 1CONA 1H9WA 2AH2A 4FPCA 4Q1PA 2AREA 4L4HA 1LHUA 1MD6A 2VY0A 4GALA 1RMLA 3A0NA 5F8YA 3BTAA 3OY8B 1PUMB 4I4SA 2WSUA 4OW4A 2VW1A 4LO8B 1ULEA 5DUXA 3NBEA 4CTEA 1Q8VA 5HCFA 1JLXA 4AN7B 2XOAA 3RQ0A 1V6WA 2GMPA 3FUQA 3BAOA 4XYXA 3OJMA 3KM5A 4M00A 4XXAA 5IT6A 3VSFA 3OPZA 1W6MB 4Q26A 2HZ9A 3AH4A 3T1LA 5EYYA 4FPFA 1IOAA 1GANA 4EEEB 1XQNA 2I2SA 5DUVA 5CAZA 2SBAA 1AXMA 4Z8BA 1V6UA 3B9UA 2NVHA 2VH9A 3RMYA 2CYFA 4G6JA 1DBNA 2K43A 1C4RA 4XJZA 1V6JA 1R8NA 1YI7A 3WHUA 2DVDA 5DZGA 1FATA 4WVWA 4DFSA 2PHRA 4CJMA 1YYNA 5HCBA 2RSTA 2GNBA 1DHKB 1WLCA 3IM0A 1PWAA 1W3GA 2JE7A 2GZBA 5T5PA 4FPEA 4LO1A 3WO2A 4TYSA 2DTYA 1W6NB 1LHVA 4IONA 2VSEA 1ULFA 1DJSB 4GKYA 4G6MA 3ASIA 5JOXA 2KKIA 3LCPA 2G4IA 4PQ9A 4WZFA 2KLLA 4JAWA 1AVAC 4P0JA 4ZFWB 1LHOA 4LO2C 5F8SA 1LODA 4ZFYB 2ARXA 4D0ZA 5EG6C 4R6UB 4LBLA 2WJSA 1AJOA 3P6IA 5FREA 4ATEA 4XJUA 1M2TB 4YGCA 2E6VA 4P6AA 4Y22B 3FJIA 1DZQA 4JC1A 7I1BA 2DU1A 3ZSKA 5F8WA 5BXSA 2Y9FA 1Q8PA 2WLQA 1V6IA 5DUWA 1TIEA 1RZOB 3ILRA 3N7LA 5DG1A 4YW2A 1RITA 1SBDA 1Z2VA 1DQ0A 3VEQA 4FOWA 2A70A 3PVOA 2R0HA 2D6PA 2UWCA 2WKKA 3O44A 3IIRA 4GAFA 1ILR1 1I1EA 5D63A 2V73A 4XDQA 3FJFA 2ZA9A 1HWMB 1LU2A 2P34A 3UD9A 3ATGA 3OYWB 4UW5A 2A6ZA 1N4KA 1GZWB 3N0KA 4GP3A 1WBFA 4EFRA 1XG6A 3FLTA 1S0DA 3CQAA 1HWOB 4D69A 4HA2A 4AYUA 1S1AA 1LTEA 3VSZA 3NBNA 1WW5A 3BRFA 3CA5A 2ZQOA 3ZXDA 4FOVA 4KC3A 1SLBA 4ZA3B 1MS5A 1NXD1 5SV8A 3O0WA 2EXKA 5D61A 5EHAA 1F5FA 3NJ5A 1W6MA 3FGMA 1Y7BA 4I4OA 5GALA 2MIBA 5BQUA 5JMCA 2DV9A 1Z78A 1BFCA 2VU9A 4XOGA 1MZ5A 4NO4A 3UJ4A 4LO1C 4FPJA 2ARBA 4LO7C 3WMUA 3AXEA 21BIA 3K1XA 3VKLA 3HBWA 3NV2A 3ZPYA 3IKWA 1VIWB 3UL2A 1VALA 3WUCA 4L4IA 2D44A 1QNWA 4I6IA 4OEEA 3U4XA 1IKQA 1LEDA 3SH3A 1G9FA 2D6OX 1LGNA 3M3OA 5EXOA 3ZX7A 2FO1A 1R8OA 4JKQA 5GZFA 5B2HA 1ULGA 1SLCA 4UW6A 3H0OA 4YW1A 1LGBA 2LIQA 4GWMA 2Z48A 1C1FA 3V0AA 3ZC9A 3UK9A 5BOWA 3CA4A 1WBAA 3FJHA 1JLYA 1Q56A 2HWAA 2F2FA 1UL9A 2ZABA 1CN1A 3JU9A 4AN6A 4YM0A 3VKFC 2PHTA 5EC5A 1LOAA 1I1BA 1XYFA 4M3CE 3IM5A 1S0BA 4Y22A 3O0VA 2M49A 4AGVA 2FHRA 2D43A 3GALA 3SITA 3DUIA 3ZXFA 1D0HA 2JJ6A 1AX0A 1AVBA 1GKBA 4K20A 4LBQD 2AFGA 1GNZA 4FOYA 4QBCA 4XTPA 5CNAA 2WQZC 1O4ZA 2DVBA 1JT7A 1WBLA 4M3CF 2E53A 3F62B 1GGPB 4ZBVB 3B69A 4LO3A 3SLIA 4I30A 3FJKA 4HJJA 1DQ6A 3JUTA 3IMNA 2EF6A 3OYWA 4IHZA 1GZWA 4LO0A 5IK4A 3VT2A 1MACA 3AZYA 1J1TA 4XILA 2WBCA 5BQUC 3ZXJA 3BADA 1W6QA 2P3IA 2GN7A 2TEPA 1G9BA 4Q9PA 3PVEA 4GXLA 1J0SA 3S8JA 3QR5A 1PZ7A 1SCRA 3POKA 1V6MA 3N7KA 1N3OA 4K1YA 2R1BA 1FMMS 3PUBA 4G9MA 3BRDA 5LK5A 4QD2B 1LULA 1VAMA 2VSAA 3FJBA 4LBQB 3CRIA 1B09A 3VT0A 1PZ8A 5GLZA 2D3PA 2ZGLA 2PHXA 3RS6A 4Y1VA 4JQ0A 4A7YA 2ZGUA 2ZGNA 1JT5A 5KXEA 1G9CA 1VLNA 1LECA 4ITCA 1G9DA 5CBLA 4FGFA 4JCKA 1DFQA 1QDOA 1LHNA 1ITBA 1IKPA 4MYEA 1E0OA 3WOGA 1MZ6A 4RA0A 3VV1A 2GNMA 1AXKA 3CRGA 3AKGA 2GMEA 1HQLA 1OFSA 1LOGA 4OWLA 4Q8KA 1S0GA 1HIBA 3WG3A 1WUVA 4BLJA 4SLIA 1GYKA 1UAIA 1U0AA 3POSA 2ZACA 3UJ0A 1UPSA 1ENRA 1GLHA 4DS0A 3WCSA 4FPYA 3O5WB 4P9WA 2DVGA 4I4PA 1VAVA 2NMOA 1IOBA 2ES3A 1HWPB 3M1HA 4FP3A 4KBBA 1LHWA 5BVPI 3MEPA 2XG3A 4LO0C 4LO2A 4XE9A 3FLRA 5GZCA 4II0A 2KH2A 2D23A 1DYPA 4YLZA 5T5LA 2ZMKA 3ILNA 2A5ZA 2OVUA 4Q9GA 5FNWA 2ZGPA 9ILBA 5JOYA 4GOVA 2D6MA 2UURA 1FX5A 3W58A 3BOPA 1F31A 4LBMA 5DUYA 3VKNA 5F9TA 4YZ1A 3OJ2A 1A8DA 4Y1XA 4GWNA 2Y9WC 5E8AA 1QQLA 2D24A 2EAKA 3BAVA 4YG0A 3HALA 3HN1A 3CA6A 5GM0A 3OBRA 5BXRA 4AWDA 2Q3NB 1UN1A 1BZWA 5H9PA 3O0XA 5E89A 1ONKB 1GICA 3R4SA 3P6JA 3I2AA 4LBQA 2ZKNA 1TP0A 3SISA 3T8SA 3VUOA 4YZ2A 1S0JA 3AK0A 2GMMA 4FPOB 5DG2A 2CTVA 2KI6B 1C57A 5GLUA 1QU0A 4C1WA 4P9YA 2Z42A 2YROA 5JOZA 1FWVA 3ZYPA 3IPVB 2HWMA 2RG9B 1JY0A 2JD4A 3O49A 3A23A 1BKZA 3IM7A 4Q91A 4ZGRB 4AGGA 1BASA 1N1YA 1RINA 4I7IA 2PELA 3PMEA 1FNYA 1ISZA 3USUA 1TEIA 2DTWA 2DVAA 1MVQA 3WVJA 1DYKA 1GV9A 1AVXB 2A75A 4Y1YA 1FN0A 4YG3A 2WSVA 4DPNA 1ISXA 3TC2A 2A3XA 2ZMLA 1XHBA 1N1SA 3I8TA 4XBQA 1DZCA 2NTDA 1HKNA 4LBNA 3CA3A 2WRYA 4D8HA 2NYYA 2JECA 1YBIA 3AJ5A 4J23B 1P63A 3V0BA 2D3RA 4PF5A 4K1ZA 3B3QE 1SLIA 3ZXKA 4Z9WB 5DVHA 3HOMA 4ZKTB 2Z49A 1MVEA 3V65A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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