1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
4AVVA 4GAFA 1V6KA 3FIEA 1LOGA 1V6NA 1DYPA 3Q9OA 3OYWA 5DSSB 3S8KA 4Y22A 1IILA 4D0ZA 2W08A 1Q03A 1HCDA 4QBCA 1BLAA 4AYUA 1ZKWA 1A8DA 1AF9A 4WBCA 3O0VA 2WBCA 1MS5A 2A75A 5F5QA 1M2TB 3HR9A 1WLCA 1DQ6A 5F8WA 4XMAA 2P37A 4EJ5A 1JN2P 2F2FA 4YZ1A 2DVFA 1RIRA 4PBOA 2ERFA 1K5VA 2EAKA 2PHXA 4D0TA 4LBMA 5JOYA 4P0KA 2PHUA 4ISRA 5JDBA 3BA5A 1BLDA 3IIRA 3OJVA 2C5DA 1F82A 1HWMB 4FVVA 3BAGA 5GLUA 3D6EA 4NOTA 2AR6A 4PCRA 1F9KA 1DQOA 2D6MA 5HCAA 3BB2A 1IS3A 1RITA 1E0OA 4LO0A 2A5ZA 1AXKA 3MW2A 2Z48A 1MVEA 1ZM1A 4XXPA 1ULCA 1XG6A 5GZCA 2DU1A 3WOGA 3VUOA 4KEJA 5EYXA 5T55A 1JT4A 2PHTA 5BXPA 3AZWA 1WD4A 2A3XA 4XIOA 2R16A 4FPHA 3VWCA 1WW7A 3U4XA 3BA7A 1LOBA 3HMYA 1IJTA 3WO3A 1CIWA 1UX6A 4BM8A 5BQNA 4LO2A 1UZYA 1VAVA 5EG6C 4GALA 3O0WA 1W6QA 3A0KA 2BFHA 3QLQA 5FZZA 3AJZA 1SZ6B 1J0SA 1N1TA 3WA1A 3UDAA 3W9TA 4M3CE 4IYBA 1GANA 3MALA 3ZXFA 1LHWA 4J2SA 1WW6A 4I3NA 1BXHA 1G86A 2VY0A 2VU9A 4JPZA 3O4BA 1LOCA 2GMMA 4IQPA 1FQ9A 1ZL5A 3D4KA 4WVWA 1EYLA 3AZVA 2P2KA 3AKGA 4QD2B 3LSDA 4QC4A 3O4DA 1LHNA 2R49A 4YG6A 4G6JA 5B2HA 1FGAA 1SBEA 1YTOA 4R9BA 3ZXEA 4Y22B 4RA0A 2ZGKA 1LOAA 31BIA 3OBRA 4ELCA 1QF3A 4P0LA 2D6PA 5AVAA 4GP3A 3R05A 2B7YA 4AGGA 2A6YA 3AH2A 2E53A 5DG1A 1HKDA 2MC2A 1WBLA 1MZ5A 1QQKA 3B01A 4I96A 2PHRA 4J23B 2LIQA 1WCSA 5CAZA 3BAVA 3CQAA 4W65A 2NP0A 4DENA 3D3XA 4TYSA 4L8QA 8I1BA 1R1ZA 4H04A 4P14A 3NV4A 3AP4A 1S0FA 3JU9A 2ZA9A 4CTEA 4LO8B 3QW6A 2HW9A 1ENRA 3N7LA 2UURA 4GWMA 1MS3A 1S1AA 3V0BA 4Q27A 4I30A 2P34A 3AH1A 1PUUB 3AZXA 3PVEA 2V73A 1LOEA 2VW2A 5HPZA 2UWBA 4Y1YA 2GNBA 1FMZA 2MIBA 2E7QA 2JJ6A 1NZKA 4QBVA 3FJBA 2XHLA 2D3RA 4YGEA 2A6VA 2DVAA 2VSAA 4K1YA 1W6QB 2ARXA 2OUJA 1MS1A 1V6JA 2RQ9A 2D6OX 4XDQA 3DDAA 1FWVA 4IY9A 4R9AA 1H30A 4XBQA 4OZXA 4PQ9A 5E8AA 2KKIA 1PZ8A 1Q04A 3GNEA 1LOFC 3O12A 2KH2A 2IMAA 4SLIA 3QCWA 1RMLA 4ZLBB 1MC9A 3B9CA 1JT3A 1SLIA 3WG1A 4YZ2A 1SLCA 4FPCA 2W68A 5FNXA 1X50A 4DRRA 2I2SA 3AXEA 4I4PA 4EFQA 4Q2FA 2ZAAA 3QIZA 3KQRA 3RTIB 2UU8A 4KBBA 5JOXA 1JHNA 3AYCA 5BOWA 1DZQA 2A71A 3M3EA 2DUQA 3IPVA 5DUWA 2ZGLA 1IOAA 4M01A 4OWKA 4Y1VA 1G8WA 1MD6A 3WG2A 2ESUA 4IONA 1DQ1A 1FX5A 4Q8KA 2D1ZA 2ZZJA 1VAMA 1LESA 3WUCA 3C8AA 3V0AA 2EXKA 1YYNA 2DVGA 3IKWA 1XQNA 1R8OA 1ISYA 4OWLA 1KDMA 3AJYA 1I1BA 1JW6A 1PZ7A 3WMVA 4IZXA 1WD3A 3SLIA 1FNZA 2D6LX 3POYA 4XFUA 1H9PA 1SLTA 3LLPA 3CRHA 1V6UA 1RINA 3ZYRA 3A4UA 2AREA 2GMPA 4EL4A 3ZC8A 3BTAA 4XKIA 4BPZA 1WLDA 1W6OA 3WDTA 3UJOA 41BIA 1UL9A 1F31A 2DU0A 4A7KA 4CZSA 3V0BB 5GLVA 4I0YA 4HA2A 3QIYA 3DEBA 4LBKA 3FUOA 2P39A 5GLTA 1JLYA 1QXMA 5T5JA 2ENRA 4AN6A 3USUA 3C2UA 3B3QE 5T5LA 3IM0A 2UWAA 4GKXA 3WLUA 2XHLB 4M3CF 1ZN3A 4XTPA 5IK7A 1LGCA 1M16A 4Z9WB 4I4UA 3OJMA 2E51A 3ZSMA 1LEMA 3RQ0A 1S0BA 5GALA 2UUSA 1Y7BA 3UJ0A 1HCEA 1V6MA 4YGDA 3K3QB 3PVNA 2QN0A 2WT2A 3BX1C 2K43A 1GKBA 1GNHA 1YO8A 5LK5A 2DWRA 3ZXJA 4AGVA 1N47A 1GICA 3NBCA 3CRIA 4YM2A 2ZQOA 4DFSA 4OEFA 3ILFA 4OEEA 3WCSA 1CPNA 5KXCA 2D7IA 2ILPA 2ZGUA 4ZOTA 1WW5A 2VUAA 2KLLA 2GNDA 3Q7YA 3IPVB 3E8LC 4Y1XA 1BYHA 1T3AA 2AXMA 4ZFUB 4I4SA 2D3SA 3ZVXA 1AZDA 3WDUA 1PZZA 3I2XA 3MPPG 1LOFA 1F5FA 2H0BA 1UKGA 4U2AA 1FMMS 1LGNA 3VT1A 3VSFA 4OUJA 3JUUA 2JKBA 3V0AB 4UW4A 3FJHA 3KMVA 2ZHKA 3AX4A 1TWMA 5JMCA 1YXWA 2Y9XE 2A70A 4XJAA 5F8SA 4C1XA 2OVUA 2PELA 2ETFA 5CB7A 4XOGA 1N3QA 3VKFC 1N4KA 5DUUA 2D6KA 2W2DA 1QMJA 2Z42A 1W6OB 5GZDA 1DHKB 1FV2A 3I2AA 1Q8OA 1HWOB 2NYYA 4QALA 3NV1A 3N35A 1ULFA 4HJJA 3OY8A 4XFSA 2AFGA 1H9WA 3SISA 2P3KA 1N1YA 4YOLA 1QNYA 4FOQA 3CA4A 4JAWA 1DQ5A 4FQ4A 3USUB 4M00A 3AYEA 3C8BA 4J1LA 3HOMA 1QOOA 1AJOA 1G9FA 3POWA 3BIWE 1SCRA 4I4VA 3TC2A 3FJKA 9ILBA 1MACA 2GZBA 1URXA 3O4OA 3PHZA 2D20A 3WUDA 1LCLA 4XJZA 5FRAA 4I2SA 3L2YA 1DJSB 4XXAA 5T54A 4M3CA 1CVNA 2DVDA 2ZQNA 3VT2A 3S8JA 4K1ZA 4BOWA 3H0OA 1JUIA 1Q8VA 1KDKA 2AYHA 4OWJA 2DTWA 4HEVA 4F83A 1WBCA 5GLZA 5GJ6A 3WDYA 2ZBJA 1CN1A 3N36A 3Q7WA 3WZ1A 3FGMA 3CA1A 1Z0HA 3BA4A 3FJAA 3JRRA 2ARBA 1ZA4A 4ENDA 4YW4A 3ZXDA 1ZKXA 4P9WA 4IZEA 5BP5C 2LALA 4ZJXA 1O4ZA 1AXMA 4G9NA 3M3OA 3NBNA 2D3PA 4Q1PA 1Z2VA 3C88A 4AGRA 1JYIA 1Z78A 2D7FA 1MS0A 3CA3A 5DZFA 3NWKA 3ZXLA 5BQUC 2A6WA 1TTUA 4PBPA 4GXLA 5JLVA 3CAHA 1KJLA 3R4UA 3C9ZA 3AFKA 2GN3A 4IY8A 1XHBA 1OQLB 1TEIA 3AKIA 2C9AA 2D6NA 3I29B 3CA5A 2EXJA 3B9UA 1MS8A 1HLCA 1GLHA 1C57A 1AVUA 2W2DB 4R9DA 4HR6C 2D23A 1N3OA 2DTYA 3V79C 3ASIA 2FGFA 3W59A 3MW3A 3SH4A 2FFVA 4ZFWB 3R4SA 2ERMA 2GNTA 4DRVA 4YZ4A 3OY8B 3O44A 4Q9PA 1MR5A 3IMNA 2VXRA 1JTCA 3FJ8A 5FNWA 1CPMA 1GGPB 4FPLA 2YZ4A 3O3QA 3ZX7A 1ENQA 2KI4A 1S0CA 3WO2A 1HKNA 5DVHA 2Y9GA 2YUGA 5H9RA 2J3PA 1ONAA 4JC1A 4UW5A 2V5YA 2D44A 4XJ9A 4Q8LA 1LHUA 4ZGRB 2RHPA 1AVAC 3PMEA 4F34A 3PG0A 1WW4A 2QN4A 3VKMA 4R9CA 5SV8A 1DYKA 1IT0A 3SH3A 2VXTI 5GAQA 4ZKTB 2CNAA 1LHVA 3ILNA 1LU1A 2DUPA 2WT1A 1CR7A 1UMZA 4M3CB 5DXDA 1V6XA 3ZXKA 1G9DA 5GM0A 3WDXA 3AXDA 4G1RA 4Q9GA 3WINC 2CWMA 3PVOA 2GMEA 2ZHNA 2K8RA 2D43A 2IHOA 2GNMA 1GNZA 2AQZA 4J2XA 5GZGA 1QU0A 5JOWA 1AFCA 4UW3A 1G9CA 1WUVA 3OJBA 1GZ9A 1VLNA 4JKQA 4YW1A 1BQPA 1G7YA 5BXTA 2A8AA 3AKFA 2FPQA 2BQPA 2LTNA 4XHBA 5CBLA 1DFQA 4LO7C 3AZYA 1AX0A 5IK4A 1QKQA 2EXIA 4BMBA 4Y1UA 2YV8A 4Y20A 2A6XA 4WV8A 3TAYA 5HCFA 2Z49A 2RG9B 2GALA 3UD7A 2GDFA 2R9KB 1JYCA 3HSMA 2WRYA 4C1WA 3BAOA 3ENRA 3AH4A 1CE7B 2Q3NB 4L4IA 2CTVA 3UL2A 3WO4A 1QDOA 1DQ0A 1N3PA 3LSEA 1S0JA 3UK9A 4TZDA 3WCRA 1TWEA 1ISZA 4K20A 4DQAA 2ZGSA 3QIXA 3H6QA 1DQ4A 2VW1A 5BP5A 3QYDA 1XYFA 3O0XA 2G7QA 1W6MA 4PF5A 2KI6B 4JQ0A 5EXOA 4XMIA 1LULA 2SBAA 2IWTB 4K21A 1YF8B 2A97A 5DZEA 1ISVA 5BQUA 4XHXA 3ZXGA 1W3FA 3AP5A 1BFBA 1W3GA 4BLJA 5FZYA 1VALA 1PUMB 3FFZA 4GAIA 3FLRA 1JOJA 3UD9A 1CQ9A 1OQ1A 4GKYA 3WHUA 5DZGA 3FUQA 2ZMLA 21BIA 5T5OA 1IHKA 3M3CA 1DZCA 5H9SA 4J2KA 2FFUA 4FPFA 4LBNA 1GYKA 3W58A 3FJFA 1UZZA 5DUVA 4I4OA 1AXZA 4CRQA 1SFYA 2M49A 4GWNA 5DZUA 5DUYA 5EYYA 1HIBA 1KRIA 3GALA 3T8SA 4WVVA 4KEKA 4H55A 1HWNB 4KEIA 3Q7XA 2JE9A 4II0A 5T52A 3TB0A 4LO1C 1HWPB 2VH9A 5T5PA 2F8XC 4Q1RA 1DBNA 4I37A 3BAHA 3NV3A 3CU1B 4Y26A 1T4QA 1DZDA 3ZSJA 3QW8A 2VSEA 3UD8A 4X38A 3BONA 5F9TA 2PHFA 3O5SA 3DUIA 4LBQA 1NUNA 1ENSA 2ZGMA 1KJRA 3FLPA 4GOVA 4OEGA 1NLSA 3QW7A 4Y20B 2ZMKA 4EFRA 1JY0A 4P6AA 3WINA 3BOPA 1V6WA 2E7TA 3O4AA 4FPKA 1TIEA 4XIKA 1QGLA 1LJ7A 1Q8SA 1JQZA 4XYXA 4YFZA 3A07A 4EKXB 2A3WA 2ET2A 4XBLA 5JOZA 4U36A 4J2YA 1WBFA 4I4QA 2ZGNA 3O49A 3FJDA 4QKSA 1TOOA 4FOYA 5D61A 1UPSA 1GZWA 1B09A 3RMYA 1G9AA 2E4MC 1W3AA 2ZKNA 3B69A 3T2TA 1XZZA 3FJCA 1AJKA 2ZHLA 4Y1ZA 5BVPI 2FMDA 1JT5A 3HALA 3QR5A 1BARA 2GN7A 4H9WA 3DS9A 1IOBA 2EXHA 2YY1A 3AP9A 2HYKA 1W6MB 3SNVA 2YXSA 1A78A 2XG3A 4I8MA 1S0IA 1DQ2A 2JDZA 1VIWB 3VKOA 1ZB7A 2NMOA 4QKRA 3ATGA 5BQMA 1LU2A 2DREA 4FP3A 4FPEA 4P9YA 4ZA3B 1ABRB 2AGSA 3VKNA 1AVWB 2I1BA 1PWAA 2JE7A 3CA0A 1AXYA 1C1LA 5F90A 1W6PA 3RSJA 3WNXA 1LTEA 2G7NA 4ATEA 1O4YA 1QQLA 6I1BA 4JCKA 4XTMA 1ZL6A 2CY6A 2Y9FA 5IT6A 2GO2A 3BRFA 4P0JA 2WT0A 3UJ4A 1V6OA 1Q56A 2A7AA 7I1BA 1ILR1 1MS4A 1Q8QA 4CJMA 1AVXB 4ZFYB 5KXDA 3QW5A 1D0HA 3HN1A 1KQRA 3ZUSA 4Z8BA 4XFTA 2ES3A 1FATA 1OKQA 4YGCA 1W0OA 3T1LA 1TP0A 3IM7A 1NXD1 3VV1A 5EC5A 4ISQA 4X37A 3H6SE 3BOOA 2ZGOA 2D22A 3SNMA 3OPZA 3O5WB 4I4XA 2P23A 2YROA 4AN7B 2HZ9A 4HL0A 2FO1A 1CVSA 4LBQB 3MW4A 5JVVA 1II4A 3AJ5A 1SBFA 1IKQA 2NZ9A 1IRPA 1DLLA 2DV9A 1HDKA 2K4AB 2HWAA 3AP6A 4Y24A 1DFCA 4FPJA 4QO3A 3WMUA 3WHTA 4YG3A 4AWDA 2ISEA 4LO1A 3I4IA 4D8HA 3BAQA 3QJ0A 1QOSA 1GZWB 2WSVA 3BOKA 3V64A 2L5XA 5DG2A 2WSUA 4I6IA 1JBCA 2DRYA 1W6NB 4YFWA 2R0HA 1W0PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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