3ML2 | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__53660423725455__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__53660423725455__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ml2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__53660423725455__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"53660423725455","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ml2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__53660423725455__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff9032b8ec2d8fedb21278/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff9032b8ec2d8fedb21278/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff9032b8ec2d8fedb21278/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff9032b8ec2d8fedb21278/pdb.gz): 1007 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Coumarinyl-substituted sulfonamides strongly inhibit several human carbonic anhydrase isoforms: solution and crystallographic investigations. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	72
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3ml2A00

3KLDB 3M96A 2EZ7A 1Y7WA 3BETA 3BL0A 5EIJA 4BF6A 3W6HA 4KNJA 4QK3A 3DC9A 4E49A 3KWAA 2QOAA 4PXXA 4UOVA 5JQTA 4ETQC 1JCZA 1OKLA 1XPZA 4WR7A 3OKUA 3RLDA 3SAPA 2OSMA 2CBCA 4WL4A 5SZ6A 4Z1KA 12CAA 3V3GB 3Q31A 4QSAA 1CVCA 5EKMA 2WD2A 3V5GA 2NNVA 4LHIA 1TG3A 4HEYA 1CA3A 3FW3A 3W6IA 4XIWA 3SAXA 1BN1A 4CACA 2AX2A 4WUQA 3HKUA 3DD0A 4IWZA 5JGSB 3TVNX 3CA2A 5EHEA 3D0NA 2POVA 5CACA 1G0EA 2WD3A 7CA2A 3S73B 1JD0A 5SZ5A 4Q8ZA 3V3FA 1TEQX 2CA2A 1UGAA 2H15A 2NN7A 4K0SA 3T84A 1KOQA 2OSFA 3M2ZA 3NI5A 4CA2A 4E4AA 5G03A 1IF9A 2GEHA 5DSOA 1XQ0A 1AM6A 3OYSA 3CZVA 1IF5A 2X7SA 3MNKA 3P4VA 4ZWXA 3S97A 3P3HA 1BCDA 3MWOA 4N16A 4HF3A 1CNBA 1Z9YA 4Q90A 3HKQA 1TH9A 2HNCA 1FQNA 4FIKA 4Q08A 4RUXA 4M2WA 4QJOA 3S9TA 3OKVA 1YDCA 3MNJA 5IPZA 4GL1X 4L5VA 1T9NA 4KUWA 3P5AA 3P44A 3KS3A 4Q7VA 1KEQA 3M2YA 1KWRA 4Q6DA 2WEGA 1CVAA 2QP6A 4XFWA 4G7AA 5BNLA 5JGTB 5EHVA 3ZP9A 4ITPA 4Q6EA 4N0XB 4XE1A 5AMDA 3RYZA 2ILIA 5JG3B 4KNMA 5DSMA 1BN3A 3V2MA 1IF8A 5AMLA 5BRVA 4Q9YA 1LUGA 1G46A 3MHIA 4Q09A 5EOIA 3S76A 3N4BA 4CNWA 4Q7WA 2Q38A 1YO0A 4KUYA 1FQMA 2NN1A 4Q8YA 3M67A 1THKA 1DCBA 2FNNA 2CBAA 1BICA 1TBTX 1ZFQA 4QJPA 1BNNA 1HCAA 3GZ0A 4HU1A 4CNXA 1CZMA 2NWOA 5A25A 1XEGA 1V9IC 1ZFKA 3U45X 4XIXA 5JG5B 3RZ5A 1BNMA 4MLTA 2W2JA 4QJMA 5G0CA 3IGPA 3IBUA 4K1QA 4Q8XA 5JQ0A 4DZ7A 4E3DA 4QJXA 5FL5A 1CAKA 2POUA 1FSQA 2NNGA 4WW8A 4MLXA 1CAYA 4YYTA 1OKMA 1TTMA 5FLRA 4Z1JA 3UYQA 1FQLA 3D9ZA 1G54A 3QYKA 5G0BA 9CA2A 3IBIA 3T83A 3S78B 4Y0JA 3L14A 4M2UA 1MOOA 4MTYA 3N0NA 4FU5A 4TWLA 5BRWA 1G4OA 4XZ5A 1CAIA 3RZ7A 4RFCA 3F7UA 4Q49A 1F2WA 1I91A 4YGJA 5FDCA 5SZ2A 2VVAX 1EOUA 1UGDA 4Q0LA 4YXIA 3BL1A 3T82A 1YDDA 5DRSA 1IF7A 2HD6A 4JS6A 1CNIA 4Z1NA 5JEGB 2FOVA 3C7PA 3OIKA 2CBBA 4KNNA 5JEHB 5SZ3A 3JXHC 1RZDA 1HVAA 2FNMA 1H9QA 1ZH9A 4JSSA 2Q1QA 3JXGA 1TB0X 3DVBA 3F8EA 4TWMA 4ZWYA 1G45A 1BNVA 2ZNCA 4RUYA 1UGCA 1UGBA 3KKXA 3NB5A 3B1BA 3OIMA 5SZ0A 1CA2A 1BN4A 3S75B 4JSAA 2NXRA 4KP8A 4MDLA 3M1WA 4Q87A 2NWYA 3NJ9A 5FNJA 3DVDA 1FSNA 1RZEA 1HUGA 5CA2A 5BRUA 3RZ0B 3HKTA 1RJ5A 4K13A 1CILA 4QIZA 4RN4A 4PYXA 1HCBA 1CCUA 2NXTA 5E5RA 5FLQA 3P58A 4COQA 3V2JA 2GD8A 4QY3A 4LP6A 3PJJA 3S77B 3S71B 3MNAA 3SBIA 5FNKA 2CABA 3DAZA 2FOQA 4YGKA 5FLTA 3TMJA 4Q81A 1CNXA 5FLOA 4Z1EA 1HUHA 1RZBA 2POWA 3KOKA 4QJWA 4Q83A 2NNSA 5E28A 3HFPA 1FQRA 4BCWA 4CNRA 1KOPA 3IBNA 5DOHA 3RG4A 4PYYA 3R16A 3ML5A 3M1QA 4PZHA 3EFIA 4RFDA 3P5LA 3DA2A 1H4NA 4HT2A 1CNWA 2HL4A 1I9OA 4FVNA 4CQ0A 1RZCA 5LMDA 5EH8A 2FOSA 3MHCA 1FR7A 4HBAA 2AW1A 4HT0A 3F4XA 4RIUA 5FLSA 4Q7SA 2ABEA 5CJFA 5DSRA 4YGNA 3IEOA 6CA2A 3D93A 4QEFA 3MYQA 4DZ9A 3OILA 3DV7A 1CAJA 1HEAA 1CNGA 3N2PA 5DOGA 3CAJA 4WW6A 4K0ZA 1LG5A 2CBDA 4FRCA 4C3TA 2H4NA 1CANA 3N3JA 3R17B 5J8ZA 3U47A 1LZVA 5DSPA 4HEZA 2HKKA 1CAMA 1CVHA 4L5UA 1G0FA 1RAYA 4ZX0A 1CNKA 3DD8A 1HEBA 1J9WA 1G3ZA 3ML2A 5DSQA 4RH2A 1YDBA 1BNUA 3FFPX 2NWZA 1CRAA 4Q7PA 2NMXA 3FE4A 4WUPA 3RZ8A 3PYKA 4QK2A 1RZAA 3KONA 3MZCA 3S74B 1CNHA 1BNQA 1YDAA 4FL7A 2EU2A 1UGFA 3KNEA 4QSJA 1G1DA 1CAHA 1TG9A 3K2FA 1ZSBA 4YVYA 5FL6A 3U3AX 3DCWA 3MNIA 3M5TA 2FOYA 4M2VA 3DBUA 4YGLA 4HEWA 3LXEA 3DVCA 1YO2A 1I90A 5AMGA 2EU3A 1IF6A 1YO1A 5SZ7A 1JV0A 3RYXB 3P3JA 3IAIA 1AVNA 4Q07A 3U7CA 3VBDA 1ZSCA 4E5QA 5C8IA 1LGDA 2O4ZA 1I9PA 2WEJA 1G48A 3M2XA 3M40A 4YX4A 3MDZA 5JEPB 3RYJB 2CBEA 3UYNA 4R5BA 1I9QA 3CYUA 5EKJA 3M5SA 4QJ0A 4KP5A 8CA2A 1I9MA 2F14A 2NXSA 5G01A 1UGEA 1H9NA 5FLPA 1CAOA 3PO6A 3V3JA 4ZWIA 1ZGEA 4JSZA 1Z93A 5SZ4A 4ITOA 1CVFA 4R59A 4QIYA 1RAZA 3T85A 1ZGFA 1CCTA 3M2NA 3MMFA 5SZ1A 2X7TA 2QO8A 1CRMA 2FW4A 4BF1A 5EHWA 5A6HA 5DSKA 1CINA 4ZX1A 4YXUA 3RJ7A 3M98A 3DCCA 3OYQA 5BYIA 2FMZA 3S8XA 2FNKA 3KIGA 3HLJA 1G6VA 4YXOA 3V3IB 3T5ZA 4ZAOA 1BNTA 5L6KA 1BNWA 1IF4A 2FMGA 5E2KA 3F7BA 4KUVA 3MNHA 1G52A 4E9OX 4MDGA 1XEVA 1CIMA 4Z0QA 3RYVB 4YWPA 3RG3A 1HECA 1V9EA 2WEHA 5EH5A 3M1JA 1CCSA 1Z97A 1BZMA 4KAPA 2HFWA 5DVXA 5DSIA 5JDVB 4MO8A 4G0CA 4PQ7A 5FDIA 4YHAA 2VVBX 4Q99A 4FVOA 2IT4A 3M5EA 2HOCA 3JXFA 3S72B 4E3FA 4RIVA 2FOUA 3ZNCA 3D92A 3DC3A 4Q78A 3K34A 4ZWZA 5E2SA 5EH7A 1CVBA 3IBLA 3M1KA 1FR4A 3K7KA 4QSIA 3V7XA 3RZ1B 4M2RA 1HEDA 1OQ5A 1RJ6A 4KNIA 1I9NA 5JESB 3MHMA 5FL4A 3TVOX 1FSRA 2Q1BA 4ILXA 3SBHA 5DSNA 4QK1A 1DMYA 3OY0A 5FNIA 1LG6A 1G4JA 3KOIA 1CNCA 4RUZA 4LU3A 5E2RA 1ZSAA 4QSBA 4IDRX 1A42A 2WEOA 3DCSA 4JSWA 3HKNA 5FNGA 3V3HB 4MDMA 5FNHA 3RYYA 1DMXA 3MHOA 4E3GA 3M3XA 4L5WA 1ZE8A 4Q06A 4YGFA 1CNYA 1DCAA 1TEUX 3P55A 1AZMA 4CNVA 1CAZA 3RGEA 1FLJA 5E2NA 1ZNCA 2NWPA 1UGGA 3T5UA 3EFTA 3M14A 3MHLA 3MNUA 3D8WA 1CVDA 2NNOA 4X5SA 3HS4A 1CNJA 5EZTX 4FPTA 1MUAA 1I9LA 1KWQA 5DSJA 1URTA 5EKHA 5E5UA 1OKNA 4R5AA 5DSLA 5E2MA 1TE3X 5HPJA 4K0TA 5CLUA 4E3HA 1CALA 1I8ZA 1G53A 4KV0A 5FNMA 5L3OA 3B4FA 3M04A 5FNLA 1BV3A 2X7UA 1CVEA 4QTLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KLD B;  3M96 A;  2EZ7 A;  1Y7W A;  3BET A;  3BL0 A;  5EIJ A;  4BF6 A;  3W6H A;  4KNJ A;  4QK3 A;  3DC9 A;  4E49 A;  3KWA A;  2QOA A;  4PXX A;  4UOV A;  5JQT A;  4ETQ C;  1JCZ A;  1OKL A;  1XPZ A;  4WR7 A;  3OKU A;  3RLD A;  3SAP A;  2OSM A;  2CBC A;  4WL4 A;  5SZ6 A;  4Z1K A;  12CA A;  3V3G B;  3Q31 A;  4QSA A;  1CVC A;  5EKM A;  2WD2 A;  3V5G A;  2NNV A;  4LHI A;  1TG3 A;  4HEY A;  1CA3 A;  3FW3 A;  3W6I A;  4XIW A;  3SAX A;  1BN1 A;  4CAC A;  2AX2 A;  4WUQ A;  3HKU A;  3DD0 A;  4IWZ A;  5JGS B;  3TVN X;  3CA2 A;  5EHE A;  3D0N A;  2POV A;  5CAC A;  1G0E A;  2WD3 A;  7CA2 A;  3S73 B;  1JD0 A;  5SZ5 A;  4Q8Z A;  3V3F A;  1TEQ X;  2CA2 A;  1UGA A;  2H15 A;  2NN7 A;  4K0S A;  3T84 A;  1KOQ A;  2OSF A;  3M2Z A;  3NI5 A;  4CA2 A;  4E4A A;  5G03 A;  1IF9 A;  2GEH A;  5DSO A;  1XQ0 A;  1AM6 A;  3OYS A;  3CZV A;  1IF5 A;  2X7S A;  3MNK A;  3P4V A;  4ZWX A;  3S97 A;  3P3H A;  1BCD A;  3MWO A;  4N16 A;  4HF3 A;  1CNB A;  1Z9Y A;  4Q90 A;  3HKQ A;  1TH9 A;  2HNC A;  1FQN A;  4FIK A;  4Q08 A;  4RUX A;  4M2W A;  4QJO A;  3S9T A;  3OKV A;  1YDC A;  3MNJ A;  5IPZ A;  4GL1 X;  4L5V A;  1T9N A;  4KUW A;  3P5A A;  3P44 A;  3KS3 A;  4Q7V A;  1KEQ A;  3M2Y A;  1KWR A;  4Q6D A;  2WEG A;  1CVA A;  2QP6 A;  4XFW A;  4G7A A;  5BNL A;  5JGT B;  5EHV A;  3ZP9 A;  4ITP A;  4Q6E A;  4N0X B;  4XE1 A;  5AMD A;  3RYZ A;  2ILI A;  5JG3 B;  4KNM A;  5DSM A;  1BN3 A;  3V2M A;  1IF8 A;  5AML A;  5BRV A;  4Q9Y A;  1LUG A;  1G46 A;  3MHI A;  4Q09 A;  5EOI A;  3S76 A;  3N4B A;  4CNW A;  4Q7W A;  2Q38 A;  1YO0 A;  4KUY A;  1FQM A;  2NN1 A;  4Q8Y A;  3M67 A;  1THK A;  1DCB A;  2FNN A;  2CBA A;  1BIC A;  1TBT X;  1ZFQ A;  4QJP A;  1BNN A;  1HCA A;  3GZ0 A;  4HU1 A;  4CNX A;  1CZM A;  2NWO A;  5A25 A;  1XEG A;  1V9I C;  1ZFK A;  3U45 X;  4XIX A;  5JG5 B;  3RZ5 A;  1BNM A;  4MLT A;  2W2J A;  4QJM A;  5G0C A;  3IGP A;  3IBU A;  4K1Q A;  4Q8X A;  5JQ0 A;  4DZ7 A;  4E3D A;  4QJX A;  5FL5 A;  1CAK A;  2POU A;  1FSQ A;  2NNG A;  4WW8 A;  4MLX A;  1CAY A;  4YYT A;  1OKM A;  1TTM A;  5FLR A;  4Z1J A;  3UYQ A;  1FQL A;  3D9Z A;  1G54 A;  3QYK A;  5G0B A;  9CA2 A;  3IBI A;  3T83 A;  3S78 B;  4Y0J A;  3L14 A;  4M2U A;  1MOO A;  4MTY A;  3N0N A;  4FU5 A;  4TWL A;  5BRW A;  1G4O A;  4XZ5 A;  1CAI A;  3RZ7 A;  4RFC A;  3F7U A;  4Q49 A;  1F2W A;  1I91 A;  4YGJ A;  5FDC A;  5SZ2 A;  2VVA X;  1EOU A;  1UGD A;  4Q0L A;  4YXI A;  3BL1 A;  3T82 A;  1YDD A;  5DRS A;  1IF7 A;  2HD6 A;  4JS6 A;  1CNI A;  4Z1N A;  5JEG B;  2FOV A;  3C7P A;  3OIK A;  2CBB A;  4KNN A;  5JEH B;  5SZ3 A;  3JXH C;  1RZD A;  1HVA A;  2FNM A;  1H9Q A;  1ZH9 A;  4JSS A;  2Q1Q A;  3JXG A;  1TB0 X;  3DVB A;  3F8E A;  4TWM A;  4ZWY A;  1G45 A;  1BNV A;  2ZNC A;  4RUY A;  1UGC A;  1UGB A;  3KKX A;  3NB5 A;  3B1B A;  3OIM A;  5SZ0 A;  1CA2 A;  1BN4 A;  3S75 B;  4JSA A;  2NXR A;  4KP8 A;  4MDL A;  3M1W A;  4Q87 A;  2NWY A;  3NJ9 A;  5FNJ A;  3DVD A;  1FSN A;  1RZE A;  1HUG A;  5CA2 A;  5BRU A;  3RZ0 B;  3HKT A;  1RJ5 A;  4K13 A;  1CIL A;  4QIZ A;  4RN4 A;  4PYX A;  1HCB A;  1CCU A;  2NXT A;  5E5R A;  5FLQ A;  3P58 A;  4COQ A;  3V2J A;  2GD8 A;  4QY3 A;  4LP6 A; 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3ML2A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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